Anda di halaman 1dari 9

HASIL PERCOBAAN ISOLASI DNA BUAH DAN SAYUR

DNA ISOLATION RESULTS ON FRUITS AND VAGETABLES


Riska Mardius Ramadhani*, Kayyskaff Dze Tsaroy 1Afaf Syaima 1,
Dwi Rismayanti1,Tasha Suciati Amanda Putri 1
1
Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi (FST) UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, Jl.
Ir. Hj. Juanda No. 95 Ciputat, Tangerang Selatan, Banten, Indonesia 15412
*Corresponding author: riskamardiusrammadhani@gmail.com

PENDAHULUAN dari bahan lain seperti protein, lemak, dan


DNA (Deoxyribose Nucleic Acid)
karbohidrat. Prisnsip utama dalam isolasi
adalah molekul utama yang mengode
DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis),
semua informasi yang dibutuhkan untuk
ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan
proses metabolisme dalam setiap
padat seperti selulosa dan protein, serta
organisme. DNA tersusun atas 3 komponen
pemurnian DNA (Corkill dan Rapley,
utama yaitu gula deoksiribusa, basa
2008; Dolphin, 2008). Menurut Surzycki
nitrogen dan fosfat yang tergabung
(2000), ada beberapa hal yang perlu
membentuk nukleotida. Molekul DNA ini
diperhatikan dalam proses isolasi DNA
terikat membentuk kromosom, dan
antara lain harus menghasilkan DNA tanpa
ditemukan di nukleus, mitokondria dan
adanya kontaminan seperti protein dan
kloroplas. DNA dapat mengalami
RNA; metodenya harus efektif dan bisa
denaturasi dan renaturasi. Selain itu, DNA
dilakukan untuk semua spesies metode
juga bisa diisolasi. Isolasi DNA adalah
yang dilakukan tidak boleh mengubah
suatu teknik dimana hasil akhirnya strand-
struktur dan fungsi molekul DNA; dan
strand DNA dapat terpisah dalam bentuk
metodenya harus sederhana dan cepat.
kumpulan strand berwujud benang-benang
putih. Tujuan isolasi DNA adalah
mendapatkan ekstrak DNA pada jaringan
atau sel yang diinginkan (Agus dan MATERIAL DAN METODE
Sjafaraenan, 2014). Praktikum dilakukan pada 19
November 2019 dan bertempat di
Molekul DNA dalam suatu sel Laboratorium Terpadu UIN Syarif
dapat diekstraksi atau diisolasi untuk Hidayatullah Jakarta. Spesimen yang
berbagai macam keperluan seperti digunakan berupa sayuran berupa sawi
amplifikasi dan analisis DNA melalui hijau, kangkung, bayam, salada, dan
elektroforesis. Isolasi DNA dilakukan berbagai macam buah-buahan berupa
dengan tujuan untuk memisahkan DNA nanas, papaya, stroberi, serta naga.
Langkah pertama yang dilakukan yang berisi es batu selama 5 menit sambil
adalah dengan memasukkan 3 gram garam diaduk perlahan. Kemudian campuran
dapur kedalam 10 ml sabun cair, kemudian tersebut diblender selama 5 detik. Lalu,
aduk hingga garam larut dan tambahkan disaring dengan menggunakan saringan
akuades sampai 100 ml. Pengadukan teh. Tuangkan 10 ml kedalam tabung reaksi
dilakukan dengan hati-hati supaya tidak dan tambahkna enzim protease. Enzim
terjadi banyak busa yang dapat protease berfungsi dalam memecah protein
menghalangi pengamatan. Kemudian menjadi molekul yang lebih sederhana.
buah/sayuran dipotong kecil-kecil dan Tuangkan 10 ml etanol dingin dan letakkan
dimasukkan kedalam beaker gelas yang di rak tabung reaksi. Etanol berfungsi
terdapat larutan sabun dan garam. membantu proses pengendapan terhadap
Penambahan larutan tersebut berfungsi organel-organel yang sudah keluar dari sel
untuk melisis dinding sel buah/sayuran atau memisahkan bagian-bagian yang
yang terdapat dalam larutan sampel terurai tersebut berdasarkan berat molekul.
sehingga dinding sel bias rusak dan Etanol berperan dalam pengumpulan dan
kandungan DNA bias terambil. Kemudian penggumpalan DNA karena sifatnya yang
beaker gelas diletakkan kedalam water dingin. Sehingga didapatkan hasil
bath yang suhunya sudah diatur menjadi pengamatan meliputi waktu yang
60̊c selama 15 menit sambil diaduk diperlukan, warna, bentuk, serta banyak
perlahan. Setelah 15 menit dipanaskan, sedikitnya DNA yang
beaker gelas dimasukkan kedalam beaker terbentuk seperti hasil berikut.

HASIL
Tabel 1. Hasil Pengamatan Isolasi DNA Buah dan Sayur
No. Sample Hasil Pengamatan
Buah/Sayur
Waktu Warna Bentuk Jumlah
1. Sawi Hijau 00.03.0 Hijau Muda Serabut ++++
0

2. Kangkung 00.18.0 Putih Lendir +


0

3. Bayam 00.21.1 Putih Gumpalan +


1

4. Selada 00.05.1 Coklat Lendir ++++


0
5. Nanas 00.20.0 Putih Lendir ++++
0

6. Pepaya 00.02.3 Jingga Gumpalan +++


1

7. Stroberi 00.02.0 Putih Gumpalan ++


0

8. Naga 00.02.0 Merah Muda Gumpalan ++


0

Keterangan :
+ : Sedikit
++ : Sedang
+++ : Banyak
++++ : Sangat Banyak
berat molekul besar akan berada di bagian
bawah tabung dan molekul ringan akan
PEMBAHASAN
berada pada bagian atas tabung. Isolasi
DNA tersusun atas 3 komponen utama DNA dapat dilakukan melalui tahapan-
yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen, dan tahapan antara lain: preparasi ekstrak sel,
fosfat yang tergabung membentuk pemurnian DNA dari ekstrsk sel dan
nukleotida. DNA terdapat di dalam setiap presipitasi DNA (Krisman, 2011).
sel makhluk hidup yang sangat berperan
penting sebagai pembawa informasi Pada perlakuan awal, yaitu
hereditas yang menentukan stuktur protein mengupas kulit buah diisolasi DNA-nya.
dan proses metabolisme lain. DNA Kemudian dilakukan pelumatan buah
memiliki struktur pilinan utas ganda yang tersebut dengan menggunakan blender.
anti pararel dengan komponen- Proses pelumatan ini bertujuan untuk
komponennya, yaitu gula pentosa memisahkan DNA dengan partikel lain
(deoksiribosa), gugus fosfat dan pasangan yang tidak diinginkan. Proses ekstraksi ini
basa. Sebuah sel memiliki DNA yang harus dilakukan dengan sebaik mungkin
merupakan materi genetik dan bersifat dan secara hati-hati, agar tidak terjadi
herediter pada seluruh sistem kehidupan. kerusakan pada DNA dari buah
Genom adalah set lengkap dari materi tersebut. Selanjutnya, menambahkan 8 gra
genetik (DNA) yang dimiliki suatu m garam dapur (NaCl) pada masing-
organisme dan terorganisasi menjadi masing hasil pelumatan sampel buah yang
kromosom. DNA juga dapat diisolasi, baik ada. Penambahan garam ini bertujuan
pada manusia maupun untuk memekatkan DNA. Ion Na+ yang
tumbuhan (Muslimah, 2011). terkandung dalam garam akan mampu
membentuk ikatan dengan kutub negatif
Pada dasarnya Isolasi DNA pada ikatan fosfat DNA, saat ion Na+ dari
merupakan langkah mempelajari DNA. garam tersebut berikatan dengan fosfat,
Salah satu prinsisp isolais DNA yaitu pada saat itulah DNA akan berkumpul atau
dengan sentrifugasi. Sentrifugasi memekat.Setelahitu, menambahkan campu
merupakan teknik untuk memisahkan ran sabun sunlight dan aquades 1 : 1.
campuran berdasarkan berat molekul Penambahan ini bertujuan untuk merusak
komponennya. Molekul yang mempunyai membran sel dan membran plasma yang
terdapat di dalam buah tersebut, dimana sebab jika etanol tersebut dalam keadaan
perusakan ini terjadi melalui ikatan yang panas, maka DNA yang terkandung dalam
dibentuk pada sisi hidrofobik sabun ekstrak buah akan mengalami denaturasi
dengan protein dan lemak, pada membran (kerusakaan) sehingga tidak dapat teramati
sel membentuk senyawa lipid-protein- (Lehninger, 1982).
sabun kompleks. Senyawa tersebut dapat
terbentuk karena pada protein dan lipid Setelah penambahan etanol,
yang memiliki ujung hidrofobik dan beberapa saat kemudian akan terbentuklah
hidrofilik. Demikian juga dengan sabun tiga lapisan di dalam larutan tersebut,
sehingga dapat membentuk suatu ikatan dimana etanol absolut berada pada lapisan
kimia dan diperoleh DNA dari tanaman atas, kemudian pada lapisan tengah asam
tersebut. Kemudian menambahkan dengan nukleat atau massa putih DNA, sedangkan
20 mL aqaudes, tujuannya untuk pada lapisan ketiga yang berada paling
melarutkan semua zat yang ditambahkan bawah adalah filtrat buah. Terbentuknya 3
seperti garam dan sabun dan mengaduknya lapisan ini diakibatkan perbedaan massa
secara perlahan agar tidak merusak jenis dari ketiga senyawa tersebut. Hasil
struktur DNA. Selain itu tujuan positif yang terlihat pada percobaan yang
pengadukan agar larutan bercampur telah kami lakukan merupakan suatu hasil
hingga homogen. Selanjutnya yang dapat membuktikan serta
mendiamkan selama + 15 menit, tujuannya menunjukkan cara isolasi DNA tumbuhan
untuk merekasikan semua zat-zat yang ada (Krisman, 2011).
dalam larutan tersebut (Tim Penyusun,
2013). Berdasarkan percobaan yang
dilakukan, warna ekstrak dari masing
Pada perlakuan buah-buahan berbeda-beda. Hal ini
berikutnya, melakukan penyaringan disebabkan karena perbedaan susunan
larutan dan memasukkan filtrat hasil DNA yang terdapat dalam tiap buah.
penyaringan tersebut ke dalam tabung Dimana struktur DNA memiliki ciri khas
reaksi. Penyaringan ini bertujuan agar untuk setiap buah, meski hanya disusun
komponen-komponen sel lainnya yang dari sitosin (C), timin (T), adenine (A) dan
tidak diinginkan selain sampel DNA, tidak guanin (G), tetapi perbedaan susunan
mengkontaminasi sampel DNA buah yang kombinasinya di dalam sel makhluk hidup
akan diisolasi. Selain itu, penyaringan ini dapat menyebabkan ciri khusus untuk tiap
bertujuan untuk memisahkan antara residu buah. Selain itu, dari hasil yang diperoleh,
dan filtratnya. Kemudian menambakan banyaknya lapisan endapan asam nukleat
etanol absolut dingin melalui dinding yang diperoleh dari tiap-tiap sampel buah
tabung yang bertujuan agar tidak merusak yang berbeda-beda. Hal ini disebabkan
proses pemurnian DNA pada bagian karena perbedaan sifat serta struktur dari
tengah. Penambahan ini juga ekstrak buah tersebut. Selain itu, pada
berfungsi sebagai percobaan ini hanya sampel buah pepaya
pengkoagulan DNA, dimana molekul sajay yang dapat dibentuk untaian DNA-
etanol absolut dingin yang tak bermuatan nya selebihnya dari sampel tidak
akan menarik molekul DNA yang terbentuk. Hal ini dikarenakan adanya
bermuatan negative sehingga terjadi kesalahan dari praktikan pada saat
koagulasi atau penggumpalan. Sehingga pelumatan dan eksraksi, dimana DNA dari
DNA yang bersifat transparan dapat buah tersebut mengalami
terlihat dengan jelas berupa benang- kerusakan (Anonim, 2010).
benang halus pada lapisan tengah
campuran buah dan sabun. Etanol yang Meskipun isolasi DNA dapat
digunakan harus dalam keadaan dingin, dilakukan dengan berbagai cara, akan
tetapi pada setiap jenis atau bagian
tanaman dapat memberikan hasil yang
berbeda, hal ini dikarenakan adanya
senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat
pemurnian DNA. Jika isolasi DNA
dilakukan dengan sample buah, maka
kadar air pada masing-masing buah
berbeda, dapat memberi hasil yang
berbeda-beda pula. Semakin tinggi kadar
air, maka sel yang terlarut di dalam ekstrak
akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga akan sedikit.
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA
dapat menyebabkan rusaknya membrane
sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui
sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan
lemak pada membrane membentuk
senyawa “lipid protein-deterjen
kompleks”. Senyawa tersebut dapat
terbentuk karena protein dan lipid
memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik,
demikian juga dengan deterjen, sehingga
dapat membentuk suatu ikatan
kimia (Krisman, 2011).

Buah dengan kadar air tinggi akan


menghasilkan isolat yang berbeda jika
dibandingkan dengan buah berkadar air
rendah (kaya serat). Semakin tinggi kadar
air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak
akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga akan sedikit. Suatu
sumber menyatakan bahwa dalam proses
pembuatan sumber DNA untuk isolasi
DNA hendaknya jangan terlalu encer
karena semakin encer sumber DNA, DNA
yang terpresipitasi akan semakin sedikit.
Karena sel yang lisis di dalam air tentunya
lebih sedikit jika dibandingkan dengan
sumber DNA yang lebih kental (Anonim,
2005). Namun, masalah pengaruh
keenceran terhadap hasil isolasi DNA
dapat diatasi dengan pengurangan jumlah
Akuades yang digunakan sehingga
walaupun sumber DNA yang digunakan
adalah buah dengan kadar air tinggi, tetap
dapat diperoleh ekstrak yang cukup kental.
ikatan dengan kutub negatif pada ikatan
KESIMPULAN fosfat DNA, saat ion Na+ dari garam
tersebut berikatan dengan fosfat, pada saat
Pada dasarnya Isolasi DNA merupakan
langkah mempelajari DNA. Salah satu itulah DNA akan berkumpul atau memekat.
prinsisp isolais DNA yaitu dengan Sabun cair berfungsi untuk mengeluarkan
sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik
untuk memisahkan campuran berdasarkan DNA dari sel secara kimiawi dengan
berat molekul komponennya. Molekul yang memecahkan atau merusak dinding sel,
mempunyai berat molekul besar akan berada
di bagian bawah tabung dan molekul ringan membrane plasma dan membrane inti
akan berada pada bagian atas tabung. Isolasi sehingga DNA yang diinginkan dapat
DNA dapat dilakukan melalui tahapan-
tahapan antara lain: preparasi ekstrak sel, terpisah dari dalam sel.
pemurnian DNA dari ekstrsk sel dan etanol absolut dingin melalui dinding tabung
presipitasi DNA.
yang bertujuan agar tidak merusak proses
pemurnian DNA pada bagian tengah.
Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan
dengan merusak dinding membrane sel dan Penambahan ini juga berfungsi sebagai
juga membrane inti. Perusakan ini dapat pengkoagulan DNA, dimana molekul etanol
dilakukan dengan pemblenderan,
penggerusan, atau yang lainnya. Namun absolut dingin yang tak bermuatan akan
dalam praktikum kali ini digunakan dengan menarik molekul DNA yang bermuatan
cara pemblenderan. DNA daapat
negative sehingga terjadi koagulasi atau
diisolasikan dari sumber DNA beruoa buah
dengan penambahan latutan deterjen, garam penggumpalan. Sehingga DNA yang bersifat
dan etanol dingin untuk membantu
transparan dapat terlihat dengan jelas
presipitasi DNA.
berupa benang-benang halus pada lapisan
Hasil isolasi DNA sangat dipengaruhi oleh tengah campuran buah dan sabun.
jenis buah. Terbukti dari hasil pengamatan,
pada masing- masing buah didapatkan hasil
yang berbeda 2. Sebutkan cara atau bahan sederhana yang
mudah didapat untuk mengisolasi DNA
JAWAB PERTANYAAN
selain bahan diatas!
1. Apa fungsi garam dapur, sabun cair, dan Jawab :
alkohol 95%? Bahan lain yang mudah didapatkan
Jawab : adalah buah tomat Solanum lycopercium,
Penambahan garam ini bertujuan untuk dan dapat menggunakan detergen.
memekatkan DNA. Ion Na+ yang terkandung
dalam garam akan mampu membentuk
DAFTAR PUSTAKA

Anonim, 2010. Isolasi


DNA. Http://www.biology.arizona.edu/bioch
emistry.

Hawab, H. M. 2004. Pengantar


Biokimia.Bayumedia. Bogor.

Lehninger. 1982. Dasar-Dasar Biokimia


Jilid 3.Gramedia. Jakarta.

Sakung, Jamaluddin. 2007. Dasar-Dasar


Biomedik. UNTAD-Press. Palu

Tim Pembina Mata Kuliah. 2128. Penuntun


Praktikum Biokimia
Dasar. UNTAD-Press. Palu.