HASIL PERCOBAAN ISOLASI DNA BUAH DAN SAYUR

DNA ISOLATION RESULTS ON FRUITS AND VAGETABLES

Riska Mardius Ramadhani*, Kayyskaff Dze Tsaroy 1Afaf Syaima 1,
Dwi Rismayanti1,Tasha Suciati Amanda Putri 1
1
Program Studi Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi (FST) UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, Jl.
Ir. Hj. Juanda No. 95 Ciputat, Tangerang Selatan, Banten, Indonesia 15412
*Corresponding author: riskamardiusrammadhani@gmail.com

PENDAHULUAN dari bahan lain seperti protein, lemak, dan

DNA (Deoxyribose Nucleic Acid)
karbohidrat. Prisnsip utama dalam isolasi
adalah molekul utama yang mengode
DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis),
semua informasi yang dibutuhkan untuk
ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan
proses metabolisme dalam setiap
padat seperti selulosa dan protein, serta
organisme. DNA tersusun atas 3 komponen
pemurnian DNA (Corkill dan Rapley,
utama yaitu gula deoksiribusa, basa
2008; Dolphin, 2008). Menurut Surzycki
nitrogen dan fosfat yang tergabung
(2000), ada beberapa hal yang perlu
membentuk nukleotida. Molekul DNA ini
diperhatikan dalam proses isolasi DNA
terikat membentuk kromosom, dan
antara lain harus menghasilkan DNA tanpa
ditemukan di nukleus, mitokondria dan
adanya kontaminan seperti protein dan
kloroplas. DNA dapat mengalami
RNA; metodenya harus efektif dan bisa
denaturasi dan renaturasi. Selain itu, DNA
dilakukan untuk semua spesies metode
juga bisa diisolasi. Isolasi DNA adalah
yang dilakukan tidak boleh mengubah
suatu teknik dimana hasil akhirnya strand-
struktur dan fungsi molekul DNA; dan
strand DNA dapat terpisah dalam bentuk
metodenya harus sederhana dan cepat.
kumpulan strand berwujud benang-benang
putih. Tujuan isolasi DNA adalah
mendapatkan ekstrak DNA pada jaringan
atau sel yang diinginkan (Agus dan MATERIAL DAN METODE
Sjafaraenan, 2014). Praktikum dilakukan pada 19
November 2019 dan bertempat di
Molekul DNA dalam suatu sel Laboratorium Terpadu UIN Syarif
dapat diekstraksi atau diisolasi untuk Hidayatullah Jakarta. Spesimen yang
berbagai macam keperluan seperti digunakan berupa sayuran berupa sawi
amplifikasi dan analisis DNA melalui hijau, kangkung, bayam, salada, dan
elektroforesis. Isolasi DNA dilakukan berbagai macam buah-buahan berupa
dengan tujuan untuk memisahkan DNA nanas, papaya, stroberi, serta naga.
 Langkah pertama yang dilakukan
adalah dengan memasukkan 3 gram garam
dapur kedalam 10 ml sabun cair, kemudian
aduk hingga garam larut dan tambahkan
akuades sampai 100 ml. Pengadukan
dilakukan dengan hati-hati supaya tidak
terjadi banyak busa yang
menghalangi pengamatan. Kemudian
buah/sayuran dipotong kecil-kecil dan
dimasukkan kedalam beaker gelas yang
terdapat larutan sabun dan
Penambahan larutan tersebut berfungsi
untuk melisis dinding sel buah/sayuran
yang terdapat dalam larutan
sehingga dinding sel bias rusak dan
kandungan DNA bias terambil. Kemudian
beaker gelas diletakkan kedalam water
bath yang suhunya sudah diatur menjadi
60̊c selama 15 menit sambil diaduk
perlahan. Setelah 15 menit dipanaskan,
beaker gelas dimasukkan kedalam beaker
yang berisi es batu selama 5 menit sambil
diaduk perlahan. Kemudian campuran
tersebut diblender selama 5 detik. Lalu,
disaring dengan menggunakan saringan
teh. Tuangkan 10 ml kedalam tabung reaksi
dan tambahkna enzim protease. Enzim
dapat protease berfungsi dalam memecah protein
menjadi molekul yang lebih sederhana.
Tuangkan 10 ml etanol dingin dan letakkan
di rak tabung reaksi. Etanol berfungsi
garam. membantu proses pengendapan terhadap
organel-organel yang sudah keluar dari sel
atau memisahkan bagian-bagian yang
sampel terurai tersebut berdasarkan berat molekul.
Etanol berperan dalam pengumpulan dan
penggumpalan DNA karena sifatnya yang
dingin. Sehingga didapatkan hasil
pengamatan meliputi waktu yang
diperlukan, warna, bentuk, serta banyak
sedikitnya DNA yang
terbentuk seperti hasil berikut.

HASIL
Tabel 1. Hasil Pengamatan Isolasi DNA Buah dan Sayur
No. Sample Hasil Pengamatan
Buah/Sayur
Waktu Warna Bentuk Jumlah
1. Sawi Hijau 00.03.0 Hijau Muda Serabut ++++
0

2. Kangkung 00.18.0 Putih Lendir +

0

3. Bayam 00.21.1 Putih Gumpalan +

1

4. Selada 00.05.1 Coklat Lendir ++++

0
 5. Nanas 00.20.0 Putih Lendir ++++
0

6. Pepaya 00.02.3 Jingga Gumpalan +++

1

7. Stroberi 00.02.0 Putih Gumpalan ++

0

8. Naga 00.02.0 Merah Muda Gumpalan ++

0

Keterangan :
+ : Sedikit
++ : Sedang
+++ : Banyak
++++ : Sangat Banyak
PEMBAHASAN
DNA tersusun atas 3 komponen utama
yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen, dan
fosfat yang tergabung membentuk
nukleotida. DNA terdapat di dalam setiap
sel makhluk hidup yang sangat berperan
penting sebagai pembawa informasi
hereditas yang menentukan stuktur protein
dan proses metabolisme lain. DNA
memiliki struktur pilinan utas ganda yang
anti pararel dengan komponen-
komponennya, yaitu gula pentosa
(deoksiribosa), gugus fosfat dan pasangan
basa. Sebuah sel memiliki DNA yang
merupakan materi genetik dan bersifat
herediter pada seluruh sistem kehidupan.
Genom adalah set lengkap dari materi
genetik (DNA) yang dimiliki suatu
organisme dan terorganisasi menjadi
kromosom. DNA juga dapat diisolasi, baik
pada manusia maupun
tumbuhan (Muslimah, 2011).
Pada dasarnya Isolasi DNA
merupakan langkah mempelajari DNA.
Salah satu prinsisp isolais DNA yaitu
dengan sentrifugasi. Sentrifugasi
merupakan teknik untuk memisahkan
campuran berdasarkan berat molekul
komponennya. Molekul yang mempunyai
berat molekul besar akan berada di bagian
bawah tabung dan molekul ringan akan
berada pada bagian atas tabung. Isolasi
DNA dapat dilakukan melalui tahapan-
tahapan antara lain: preparasi ekstrak sel,
pemurnian DNA dari ekstrsk sel dan
presipitasi DNA (Krisman, 2011).
Pada perlakuan awal, yaitu
mengupas kulit buah diisolasi DNA-nya.
Kemudian dilakukan pelumatan buah
tersebut dengan menggunakan blender.
Proses pelumatan ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan partikel lain
yang tidak diinginkan. Proses ekstraksi ini
harus dilakukan dengan sebaik mungkin
dan secara hati-hati, agar tidak terjadi
kerusakan pada DNA dari buah
tersebut. Selanjutnya, menambahkan 8 gra
m garam dapur (NaCl) pada masing-
masing hasil pelumatan sampel buah yang
ada. Penambahan garam ini bertujuan
untuk memekatkan DNA. Ion Na+ yang
terkandung dalam garam akan mampu
membentuk ikatan dengan kutub negatif
pada ikatan fosfat DNA, saat ion Na+ dari
garam tersebut berikatan dengan fosfat,
pada saat itulah DNA akan berkumpul atau
memekat.Setelahitu, menambahkan campu
ran sabun sunlight dan aquades 1 : 1.
Penambahan ini bertujuan untuk merusak
membran sel dan membran plasma yang
terdapat di dalam buah tersebut, dimana
perusakan ini terjadi melalui ikatan yang
dibentuk pada sisi hidrofobik sabun
dengan protein dan lemak, pada membran
sel membentuk senyawa lipid-protein-
sabun kompleks. Senyawa tersebut dapat
terbentuk karena pada protein dan lipid
yang memiliki ujung hidrofobik dan
hidrofilik. Demikian juga dengan sabun
sehingga dapat membentuk suatu ikatan
kimia dan diperoleh DNA dari tanaman
tersebut. Kemudian menambahkan dengan
20 mL aqaudes, tujuannya untuk
melarutkan semua zat yang ditambahkan
seperti garam dan sabun dan mengaduknya
secara perlahan agar tidak merusak
struktur DNA. Selain itu tujuan
pengadukan agar larutan bercampur
hingga homogen. Selanjutnya
mendiamkan selama + 15 menit, tujuannya
untuk merekasikan semua zat-zat yang ada
dalam larutan tersebut (Tim Penyusun,
2013).
Pada perlakuan
berikutnya, melakukan penyaringan
larutan dan memasukkan filtrat hasil
penyaringan tersebut ke dalam tabung
reaksi. Penyaringan ini bertujuan agar
komponen-komponen sel lainnya yang
tidak diinginkan selain sampel DNA, tidak
mengkontaminasi sampel DNA buah yang
akan diisolasi. Selain itu, penyaringan ini
bertujuan untuk memisahkan antara residu
dan filtratnya. Kemudian menambakan
etanol absolut dingin melalui dinding
tabung yang bertujuan agar tidak merusak
proses pemurnian DNA pada bagian
tengah. Penambahan ini juga
berfungsi sebagai
pengkoagulan DNA, dimana molekul
etanol absolut dingin yang tak bermuatan
akan menarik molekul DNA yang
bermuatan negative sehingga terjadi
koagulasi atau penggumpalan. Sehingga
DNA yang bersifat transparan dapat
terlihat dengan jelas berupa benang-
benang halus pada lapisan tengah
campuran buah dan sabun. Etanol yang
digunakan harus dalam keadaan dingin,
sebab jika etanol tersebut dalam keadaan
panas, maka DNA yang terkandung dalam
ekstrak buah akan mengalami denaturasi
(kerusakaan) sehingga tidak dapat teramati
(Lehninger, 1982).
Setelah penambahan etanol,
beberapa saat kemudian akan terbentuklah
tiga lapisan di dalam larutan tersebut,
dimana etanol absolut berada pada lapisan
atas, kemudian pada lapisan tengah asam
nukleat atau massa putih DNA, sedangkan
pada lapisan ketiga yang berada paling
bawah adalah filtrat buah. Terbentuknya 3
lapisan ini diakibatkan perbedaan massa
jenis dari ketiga senyawa tersebut. Hasil
positif yang terlihat pada percobaan yang
telah kami lakukan merupakan suatu hasil
yang dapat membuktikan serta
menunjukkan cara isolasi DNA tumbuhan
(Krisman, 2011).
Berdasarkan percobaan yang
dilakukan, warna ekstrak dari masing
buah-buahan berbeda-beda. Hal ini
disebabkan karena perbedaan susunan
DNA yang terdapat dalam tiap buah.
Dimana struktur DNA memiliki ciri khas
untuk setiap buah, meski hanya disusun
dari sitosin (C), timin (T), adenine (A) dan
guanin (G), tetapi perbedaan susunan
kombinasinya di dalam sel makhluk hidup
dapat menyebabkan ciri khusus untuk tiap
buah. Selain itu, dari hasil yang diperoleh,
banyaknya lapisan endapan asam nukleat
yang diperoleh dari tiap-tiap sampel buah
yang berbeda-beda. Hal ini disebabkan
karena perbedaan sifat serta struktur dari
ekstrak buah tersebut. Selain itu, pada
percobaan ini hanya sampel buah pepaya
sajay yang dapat dibentuk untaian DNA-
nya selebihnya dari sampel tidak
terbentuk. Hal ini dikarenakan adanya
kesalahan dari praktikan pada saat
pelumatan dan eksraksi, dimana DNA dari
buah tersebut mengalami
kerusakan (Anonim, 2010).
Meskipun isolasi DNA dapat
dilakukan dengan berbagai cara, akan
tetapi pada setiap jenis atau bagian
tanaman dapat memberikan hasil yang
berbeda, hal ini dikarenakan adanya
senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat
pemurnian DNA. Jika isolasi DNA
dilakukan dengan sample buah, maka
kadar air pada masing-masing buah
berbeda, dapat memberi hasil yang
berbeda-beda pula. Semakin tinggi kadar
air, maka sel yang terlarut di dalam ekstrak
akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga akan sedikit.
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA
dapat menyebabkan rusaknya membrane
sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui
sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan
lemak pada membrane membentuk
senyawa “lipid protein-deterjen
kompleks”. Senyawa tersebut dapat
terbentuk karena protein dan lipid
memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik,
demikian juga dengan deterjen, sehingga
dapat membentuk suatu ikatan
kimia (Krisman, 2011).

Buah dengan kadar air tinggi akan

menghasilkan isolat yang berbeda jika
dibandingkan dengan buah berkadar air
rendah (kaya serat). Semakin tinggi kadar
air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak
akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga akan sedikit. Suatu
sumber menyatakan bahwa dalam proses
pembuatan sumber DNA untuk isolasi
DNA hendaknya jangan terlalu encer
karena semakin encer sumber DNA, DNA
yang terpresipitasi akan semakin sedikit.
Karena sel yang lisis di dalam air tentunya
lebih sedikit jika dibandingkan dengan
sumber DNA yang lebih kental (Anonim,
2005). Namun, masalah pengaruh
keenceran terhadap hasil isolasi DNA
dapat diatasi dengan pengurangan jumlah
Akuades yang digunakan sehingga
walaupun sumber DNA yang digunakan
adalah buah dengan kadar air tinggi, tetap
dapat diperoleh ekstrak yang cukup kental.

KESIMPULAN
Pada dasarnya Isolasi DNA merupakan
langkah mempelajari DNA. Salah satu
prinsisp isolais DNA yaitu dengan
sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik
untuk memisahkan campuran berdasarkan
berat molekul komponennya. Molekul yang
mempunyai berat molekul besar akan berada
di bagian bawah tabung dan molekul ringan
akan berada pada bagian atas tabung. Isolasi
DNA dapat dilakukan melalui tahapan-
tahapan antara lain: preparasi ekstrak sel,
pemurnian DNA dari ekstrsk sel dan
presipitasi DNA.
Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan
dengan merusak dinding membrane sel dan
juga membrane inti. Perusakan ini dapat
dilakukan dengan pemblenderan,
penggerusan, atau yang lainnya. Namun
dalam praktikum kali ini digunakan dengan
cara pemblenderan. DNA daapat
diisolasikan dari sumber DNA beruoa buah
dengan penambahan latutan deterjen, garam
dan etanol dingin untuk membantu
presipitasi DNA.
Hasil isolasi DNA sangat dipengaruhi oleh
jenis buah. Terbukti dari hasil pengamatan,
pada masing- masing buah didapatkan hasil
yang berbeda
JAWAB PERTANYAAN
1. Apa fungsi garam dapur, sabun cair, dan
alkohol 95%?
Jawab :
Penambahan garam ini bertujuan untuk
memekatkan DNA. Ion Na+ yang terkandung
dalam garam akan mampu membentuk
ikatan dengan kutub negatif pada ikatan
fosfat DNA, saat ion Na+ dari garam
tersebut berikatan dengan fosfat, pada saat
itulah DNA akan berkumpul atau memekat.
Sabun cair berfungsi untuk mengeluarkan
DNA dari sel secara kimiawi dengan
memecahkan atau merusak dinding sel,
membrane plasma dan membrane inti
sehingga DNA yang diinginkan dapat
terpisah dari dalam sel.
etanol absolut dingin melalui dinding tabung
yang bertujuan agar tidak merusak proses
pemurnian DNA pada bagian tengah.
Penambahan ini juga berfungsi sebagai
pengkoagulan DNA, dimana molekul etanol
absolut dingin yang tak bermuatan akan
menarik molekul DNA yang bermuatan
negative sehingga terjadi koagulasi atau
penggumpalan. Sehingga DNA yang bersifat
transparan dapat terlihat dengan jelas
berupa benang-benang halus pada lapisan
tengah campuran buah dan sabun.
2. Sebutkan cara atau bahan sederhana yang
mudah didapat untuk mengisolasi DNA
selain bahan diatas!
Jawab :
Bahan lain yang mudah didapatkan
adalah buah tomat Solanum lycopercium,
dan dapat menggunakan detergen.
 DAFTAR PUSTAKA

Anonim, 2010. Isolasi

DNA. Http://www.biology.arizona.edu/bioch
emistry.

Hawab, H. M. 2004. Pengantar

Biokimia.Bayumedia. Bogor.

Lehninger. 1982. Dasar-Dasar Biokimia

Jilid 3.Gramedia. Jakarta.

Sakung, Jamaluddin. 2007. Dasar-Dasar

Biomedik. UNTAD-Press. Palu

Tim Pembina Mata Kuliah. 2128. Penuntun

Praktikum Biokimia
Dasar. UNTAD-Press. Palu.