LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI PANGAN

FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN

PROGRAM STUDI TEKNOLOGI PANGAN
UNIKA SOEGIJAPRANATA
SEMARANG

ISOLASI DAN PENGECEKAN KUALITAS DNA

David Jordan 17.I1.0016

Abstrak
DNA adalah materi berupa informasi genetic yang membentuk kromosom-kromosom dan DNA
sendiri tersimpan di dalam tubuh makhluk hidup. Prinsip utama isolasi DNA ada tiga yaitu
penghancuran/lisis, ektraksi atau separasi DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta
pemurnian DNA. Bahan yang digunakan adalah nanas untuk kelompok E1-E3 dan ikan gabus
untuk kelompok E4-E6 dan metode yang digunakkan adalah metode salting out dengan kombinasi
2 perlakuan yaitu pemanasan dan pendinginan. Hasilnya bentuk DNA sel dari ikan gabus (sel
hewan) memiliki dna serabut dan berwarna sedangkan bentuk sel dari buah nanas (sel tumbuhan)
berbentuk bintik-bintik dan berwarna putih.
Kata kunci : DNA, nanas, ikan gabus, bentuk sel

1. TUJUAN PRAKTIKUM seperti selulosa dan protein, serta pemurnian

Tujuan dilakukannya praktikum ini adalah
untuk mengetahui cara mengekstraksi,
pemurnian, isolasi DNA, untuk mengetahui
perbedaan isolasi DNA metode salting out,
pemanasan, dan untuk mengetahui bentuk
DNA pada sel hewan maupun sel tumbuhan.
2. TINJAUAN PUSTAKA
DNA adalah materi berupa informasi genetic
yang membentuk kromosom-kromosom dan
DNA sendiri tersimpan di dalam tubuh
makhluk hidup. Informasi genetik dalam
DNA merupakan kumpulan instruksi-
intruksi dalam mengatur sel untuk dapat
melakukan hal-hal terperintah. (Tohib,
2012).
Isolasi DNA merupakan suatu langkah dalam
mempelajari DNA. Prinsip utama isolasi
DNA ada tiga yaitu penghancuran/lisis,
ektraksi atau separasi DNA dari bahan padat
DNA (Corkill dan Rapley, 2008).
Metode penghancuran/lisis dapat dilakukan
dengan menghaluskan bahan tersebut atau
dengan menambahkan detergen. Detergen
dapat melarutkan lemak dalam membran sel,
sehingga sel dapat terlisis. Selain itu,
detergen ini dapat menghambat DNase yang
dapat merusak DNA dan dapat
mendenaturasi protein, sehingga protein
dapat hilang dari larutan (Surzycki, 2000).
Setelah dilakukan lisis dengan detergen,
larutan tersebut kemudian dipanaskan pada
air yang bersuhu 55-60◦ C. pada suhu ini
protein akan terdenaturasi, namun tidak
dengan DNA yang akan terdenaturasi jika
suhu melebihi 60◦C. Selain itu pemanasan
bertujuan agar detergen menguraikan
membrane yang telah dilunakkan dengan
adanya suhu tinggi (Yulianti, 2006).
Metode ekstraksi DNA dapat dilakukan
dengan menggunakan beberapa metode yang
telah banyak diterapkan. Ekstraksi atau

1
 isolasi pada umumnya adalah pemisahan
DNA dari bahan-bahan yang tidak
dikehendaki. Selain proses grinding
(penghancuran), larutan buffer yang
digunakan sangat menentukan proses
ekstraksi (Komar, 1999). Salah satu prinsip
dari isolasi DNA adalah sentrifugasi.
Sentrifugasi merupakan metode untuk
memisahkan campuran larutan berdasarkan
berat molekul komponennya. Molekul yang
berat molekulnya besar akan berada di dasar
tabung sedangkan molekul yang berat
molekulnya kecil akan berada di atas tabung
(Mader, 1993). Metode Salting out
merupakan metode yang menggunakan
garam konsentrasi tinggi (seperti NaCl),
untuk medenaturisasi protein (Barnum,
2005).
Penggunaan koliform haruslah disertai
dengan sentrifugasi yang kuat karena
koliform dan air yang sulit untuk menyatu.
Koliform bertujuan untuk mendapatkan
sampel DNA yang murni (Surzycki, 2000).
Pada saat melakukan permurnian DNA bahan
dengan isopropanol yaitu dengan larutan
etanol berfungsi untuk menghilangkan residu
garam yang tersisa sehingga derajat
kemurnian DNA meningkat (Keller dan
Mark, 1989). Molekul DNA pada sel hewan
berbentuk benang-benang lurus karena
molekul DNA hewan terletak pada nukleus,
sedangkan DNA tumbuhan yang terletak
pada mitokondria dan plastida memiliki
bentuk lingkaran (Suryo, 2012).
3. MATERI & METODE
3.1. Materi
3.1.1. Alat
2
Alat yang digunakan adalah timbangan
analitik, petridish, kain kasa (kain saring),
corong, gelas ukur, bekker glass, tabung
sentifuge, sentrifuge, bunsen, tripod,
pengaduk, pipet tetes, pipet volume, pompa
pilleus, dan baskom.
3.1.2. Bahan
Bahan yang digunakan adalah nanas, ikan
gabus, larutan sukrosa 0,5 M, larutan NaCl,
larutan 10% deterjen “Mama Lemon”,
larutan kloform, larutan etanol 95%, dan es
batu.
3.2. Metode
Pertama-tama hancurkan 5 gram bahan
hingga halus, lalu ditambahkan 20 ml larutan
sukrosa 0,5 M kemudian disaring dengan
kertas saring. Sentrifuge filtrat selama 10
menit dengan kecepatan 3000 rpm, endapan
diambil dan cairan dibuang, ditambahkan 5
ml larutan sukrosa 0,5 M dan disentrifugasi
kembali selama 10 menit. Endapan diambil,
kemudian ditambahkan 10 ml NaCl 1 M
dingin dan 0,5 ml larutan “Mama Lemon”
10%. Larutan diaduk dalam baskom berisi es
batu hingga mengental (kelompok 1-3).
Larutan dipanaskan diatas Bunsen selama 1
menit sambil diaduk perlahan, kemudian
ditambahkan 0,2 ml kloroform dan
disentrifugasi kembali selama 10 menit.
Cairan diambil dan dipindahkan ke dalam
petridish lalu difoto. Kemudian ditambahkan
15 ml etanol dan diamati perubahan yang
terjadi serta difoto. Foto diambil sebelum dan
sesudah ditambahkan etanol.
4. HASIL PENGAMATAN
Tabel 1. Isolasi DNA
 Gambar DNA (Corkill dan Rapley, 2008). Metode
Kel Bahan Ket ekstraksi DNA dapat dilakukan dengan
Sebelum Sesudah
Bulat, putih, menggunakan beberapa metode yang telah
1 Nanas jumlah DNA banyak diterapkan. Ekstraksi atau isolasi
banyak pada umumnya adalah pemisahan DNA dari
bahan-bahan yang tidak dikehendaki.
Bulat, tidak
Larutan buffer yang digunakan sangat
beraturan,
menentukan proses ekstraksi (Komar, 1999).
2 Nanas putih,
Pemurnian DNA digunakan larutan koliform
jumlah DNA
yang pencampuran dengan air diperlukan
sedikit
sentrifugasi yang bertujuan untuk
Bulat, tidak
mendapatkan sampel DNA yang murni
beraturan,
(Surzycki, 2000). Setelah itu larutan dicuci
3 Nanas putih,
menggunakkan etanol. Tujuan dari
jumlah DNA
penggunaan etanol untuk menghilangkan
sedikit,
residu garam yang tersisa sehingga derajat
Serabut, kemurnian DNA meningkat (Keller dan
Ikan putih, Mark, 1989).
4
Gabus jumlah DNA
sedikit Metode isolasi DNA dilakukan dengan
Serabut, salting out yaitu penambahan garam
Ikan putih, berkonsentrasi tinggi untuk mendenaturasi
5
Gabus jumlah DNA protein (Barnum, 2005). Larutan yang
sedikit dibutuhkan untuk metode salting out yaitu
Serabut, NaCl dan larutan deterjen (Mama Lemon).
Ikan putih, Tujuan penambahan NaCl untuk
6
Gabus jumlah DNA memekatkan DNA karena dalam
sedikit penambahan garam dapur, Na+ ini akan
membentuk ikatan dengan kutub negatif ion
Dapat diketahui pada Table 1. diatas bahwa fosfor DNA. Kutub ini dapat menyebabkan
DNA pada ikan gabus E4-E6 memiliki hasil molekul-molekul saling tolak-menolak
yang sama yaitu berbentuk serabut, putih dan sehingga pada saat ion Na+ membentuk
berjumlah sedikit, sedangkan pada nanas E1- ikatan dengan kation kutub negatif fosfat
E3 memiliki bentuk DNA bulat, ada yang DNA, dan DNA akan berkumpul (Jamilah,
tidak beraturan, dan jumlah DNA ada yang 2005). Sedangkan tujuan penambahan
banyak, cukup banyak, dan ada pula yang larutan deterjen adalah untuk dapat
sedikit. melarutkan lemak dalam membran sel,
sehingga sel dapat terlisis. Selain itu,
detergen ini dapat menghambat DNase yang
dapat merusak DNA dan dapat
5. PEMBAHASAN
mendenaturasi protein, sehingga protein
Isolasi DNA merupakan suatu langkah dalam dapat hilang dari larutan (Surzycki, 2000).
mempelajari DNA. Prinsip utama isolasi larutan tersebut diperlakuan pemanasan pada
DNA ada tiga yaitu penghancuran/lisis, air yang bersuhu 55-60◦ C. pada suhu ini
ektraksi atau separasi DNA dari bahan padat protein akan terdenaturasi, namun tidak
seperti selulosa dan protein, serta pemurnian

3
dengan DNA yang akan terdenaturasi jika
suhu melebihi 60◦C (Yulianti, 2006).
Metode isolasi DNA juga dilakukan
sentrifugasi yang bertujuan untuk
memisahkan campuran larutan berdasarkan
berat molekul komponennya. Molekul yang
berat molekulnya besar akan berada di dasar
tabung sedangkan molekul yang berat
molekulnya kecil akan berada di atas tabung
(Mader, 1993). Dari hasil pengamatan pada
Tabel. 1 diketahui pada nanas kelompok E1-
E3 berbentuk bintik-bintik, sedangkan ikan
gabus kelompok E4-E6 berbentuk serabut.
Hal ini karena molekul DNA pada sel hewan
berbentuk benang-benang lurus karena
molekul DNA hewan terletak pada nukleus,
sedangkan DNA tumbuhan yang terletak
pada mitokondria dan plastida memiliki
bentuk lingkaran (Suryo, 2012).
Ketika melakukan pengamatan terhadap
jumlah DNA yang tampak, terdapat
kesalahan pada kelompok E1 yang
menyimpulkan bahwa DNA yang tampak
banyak. Hal ini karena praktikan salah dalam
memperhitungkan banyak jumlah DNA dan
mengikutsertakan endapan yang tercampur
ke larutan sebagai DNA itu sendiri.
6. KESIMPULAN
 Prinsip utama isolasi DNA ada tiga
yaitu penghancuran/lisis, ektraksi atau
separasi DNA dari bahan padat seperti
selulosa dan protein, serta pemurnian
DNA.
 Pemanasan bertujuan agar detergen
menguraikan membrane yang telah
dilunakkan dengan adanya suhu tinggi.
 Ekstraksi atau isolasi pada umumnya
adalah pemisahan DNA dari bahan-
bahan yang tidak dikehendaki.
 Pemurnian DNA digunakan larutan
koliform yang pencampuran dengan air
diperlukan sentrifugasi yang bertujuan
4
untuk mendapatkan sampel DNA yang
murni.
 Metode isolasi DNA dilakukan dengan
salting out yaitu penambahan garam
berkonsentrasi tinggi untuk
mendenaturasi protein.
 Tujuan penambahan larutan deterjen
adalah untuk dapat melarutkan lemak
dalam membran sel, sehingga sel dapat
terlisis.
 Tujuan penambahan NaCl untuk
memekatkan DNA.
 Tujuan penambahan etanol untuk
menghilangkan residu garam dapur.
 Molekul DNA pada sel hewan
berbentuk benang-benang lurus karena
molekul DNA hewan terletak pada
nukleus, sedangkan DNA tumbuhan
yang terletak pada mitokondria dan
plastida memiliki bentuk lingkaran.
7. DAFTAR PUSTAKA
Tohib, 2012. Macam Metode Isolasi
DNA. http://www.tohib.web.id.
Diakses pada tanggal 3 Oktober 2019,
pada pukul 17.12 WIB.
Mader S.S. (1993). Biology. Wm. C Brown
Publishers: Lowa.
Barnum, Susan R. 2005. Biotechnology an
Introduction, 2nd edition. USA :
Thomson Brooks/Cole.
Corkill, G., Rapley, R. 2008. The
Manipulation of Nucleic Acids: Basic
Tools and Techiques in Molecular
Biomethods Handbook Second Edition.
Ed: Walker, J.M., Rapley, R. Humana
Press, NJ,USA.
Komar, T.E.(1999).Petunjuk Teknis Analisa
DNA dengan Random Amplified P
Diambil pada tanggal 18 Juni 2006 dari
olymorphic DNA (RAPD).
Laboratorium Genetika Molekular.
 Balai Penelitian dan Pengembangan
Tanaman Hutan. Yogyakarta.
Surzycki, S. (2000). Basic Techniques in
Molecular Biology, Springer-Verlay,
Berlin Heidelberg. Germany.
Keller, G. H & Mark M. M. (1989). DNA
Probe. Macmilan: University Michgan.
Suryo, 2012. Genetika Strata 1. Gajah Mada
University Press.
Yulianti, E. 2006. Pengembangan Teknik
Isolasi DNA Tumbuhan Menggunakan
Detergen Komersial. Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan
Alam UNY. Yogyakarta.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam
Detergen, Penambahan Enzim, dan
Ekstrak Nanas (Ananas comusus (L)
Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA
Beragai Macam Buah sebagai Topik
Praktikum Matakuliah Genetika.
Malang: UNM.

8. LAMPIRAN
8.1. Laporan Sementara
8.2. Plagscan