5

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Isolasi Bakteri

Flora mikroba atau mikroorganisme yang terdapat dilingkungan pada

umumnya merupakan populasi campuran. Pemisahan bakteri diperlukan

untuk. mengetahui jenis, ciri – ciri kultural, morfologis, fisiologis, maupun

karakteristik. Teknik pemisahan tersebut dinamakan isolasi yang disertai

dengan pemurnian (Soeroso, 1999).

Isolasi adalah suatu cara untuk memisahkan mikroorganisme tertentu

dari lingkungan, sehingga diperoleh biakan yang tidak tercampur dengan jenis

lainnya atau biakan murni (Gandjar dkk., 1992). Biakan murni diperlukan

untuk mempelajari sifat – sifat biokimia dan morfologi biakan tersebut

(Cappucino & Sherman, 2002).

Teknik kultur untuk mendapatkan isolat murni terbagi menjadi tiga

macam teknik, yaitu :

a. Metode poure plate (penuangan)

Metode pour plate merupakan metode untuk memperoleh biakan

murni dari populasi campuran mikroorganisme dengan cara mengencerkan

specimen yang kemudian dituangkan kedalam cawan steril dan diikuti

dengan menuangkan medium agar yang telah dicairkan dan didinginkan

(pada suhu ±500C) (Hadioetomo, 1983). Tujuan dari metode ini adalah

untuk menentukan perkiriaan jumlah bakteri hidup dalam cairan atau

spesimen. Hasil perhitungan bakteri dinyatakan dalam koloni (Irianto,

2012).

Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017

 6

b. Metode steak (cawan gores)

Metode steak merupakan cara untuk mengisolasi bakteri dengan

cara menggores permukaan medium dengan menggunakan jarum ose .

Penggoresan bertujuan untuk membuat garis sebanyak mungkin pada

permukaan medium agar bakteri yang tumbuh pada garis – garis terakhir

berupa koloni yang terpisah – pisah (Irianto, 2012).

c. Metode spread plate (penyebaran)

Isolasi dengan penyebaran serupa dengan isolasi bakteri pada

penuangan. Hal yang membedakan adalah pada saat penuangan suspensi

sampel kedalam medium Isolasi diawali dengan pengenceran sampel pada

setiap penuangan. Medium yang telah dipersiapkan dituangkan kedalam

cawan petri steril. Tunggu hingga medium memadat, setelah itu tuangkan

suspense sampel kedalam cawan petri yang telah berisi medium yang

memadat. Penyebaran suspensi sampel dilakukan dengan menyebarkan

suspense dengan batang Drugalsky yang telah dipanaskan terlebih dahulu

(Waluyo, 2007)

2.2 Identifikasi Bakteri

Identifikasi bakteri merupakan kelanjutan dari kegiatan isolasi bakteri.

Identifikasi adalah suatu kegiatan untuk mengelompokkan makhluk hidup ke

dalam suatu kelompok tertentu berdasarkan karakteristik persamaan dan

perbedaan yang dimiliki oleh masing – masing makhluk hidup. Identifikasi

mikroorganisme yang baru diisolasi memerlukan perincian, deskripsi, dan

perbandingan yang cukup dengan deskripsi, dan perbandingan yang cukup

Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017

 7

dengan deskripsi yang telah dipublikasikan untuk jasad – jasad renik lain yang

serupa (Pelczar & Chan, 2008).

Karakteristik yang digunakan untuk mengidentifikasi bakteri dapat

dilakukan dengan mmengamati karakteristik makroskopis, dan uji biokimia

bakteri. Karakteristik makroskopis bakteri dilakukan dengan mengamati

bentuk koloni yaitu berbentuk bulat tak teratur, seperti akar dan filament. Tipe

koloni bakteri terdiri dari tipe koloni utuh, halus, berombak, dankal, dan

berombak dalam. Warna dari koloni bakteri yang tumbuh terdiri dari kuning,

merah, dan putih. Elevasi koloni bakteri terdiri dari rata, cembung rendah, dan

cembung tinggi. Struktur permukaan koloni bakteri yakni halus dan kasar.

Ukuran koloni bakteri dilakukan dengan mengukur diameter koloni bakteri

yang tumbuh (Cappucino & Sherman, 1987).

Karakteristik mikroskopis bakteri terdiri dari bentuk sel, ukuran sel, dan

pewarnaan. Bentuk sel bakteri meliputi basil, kokus, dan spiral dengan masing

– masing kombinasinya. Pengukuran sel bakteri secara mikroskopis dilakukan

menggunakan micrometer. Pewarnaan yang dilakukan meliputi pewarnaan

Gram dan pewarnaan endospore (Soeroso, 1999; Carg, 2005).

Uji biokimia diperlukan untuk memperkuat data – data yang telah

diperoleh. Beberapa uji biokimia yang dapat diterapkan yaitu uji katalase, uji

oksidase, uji reduksi nitrat, uji fermentasi karbohidrat, uji methyl red, dan uji

voges proskauer (Barrow & Feltham, 1993; Irianto, 2006).

2.2.1 Ukuran Bakteri

Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017

 8

Menurut Pelczar & Chan (2008) ukuran bakteri sangat kecil,

umumnya bentuk tubuh bakteri dapat dilihan dengan menggunakan

mikroskop dengan perbesaran 1000x atau lebih. Satuan ukuran tubuh

bakteri dapat dinyatakan dalam mikrometer atau mikron. Satu mikron

(µ) ama dengan 1/1000 milimeter (mm). Panjang tubuh bakteri antara

1 – 2 µ, dan lebar tubuhnya antara 1 – 1,5 µ.

Bakteri bentuk cocus memilikidiameter 1 µ. Bakteri berbentuk

spiral memiliki ukuran lebar 0,5 µ.- 1 µ., panjang 2 µ.-5 µ.dan kadang

kadang panjangnya ada yang mencapai 10 µ. Bakteri berbentuk koma

(vibrio) (Pelczar & Chan., 2008).

2.2.2 Bentuk Bakteri

Bentuk morfologi bakteri dapat dibagi menjadi 3 bagian, antara

lain:

a. Basil

Bentuk sel bakteri basil adalah seperti batang pendek, agak

silindris. Bentuk basil meliputi sebagian besar bakteri. Ujung

beberapa basilus ada yang tampak persegi, ada yang bundar, da

nada pula yang meruncing, atau lancip seperti cerutu. Basilus juga

ada yang saling melekat satu dengan yang lainnya dan adaa yang

saling lepas (Pelczar & Chan, 2008). Basil dapat dibedakan

menjadi beberapa kelompok berdasarkan jumlah koloni, yaitu :

monobasil yakni satu sel bakteri yang bentuknya satu batang

tunggal, diplobasil yaitu sel bakteri berbentuk batang yang

Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017

 9

bergandeng dua – dua, dan stereobasil yaitu sel bakteri berbentuk

batang yang bergandeng memanjang membentuk rantai (Irianto,

2012).

b. Cocus

Bentuk sel bakteri ini bulat seperti bola- bola kecil. Golongan

bakteri ini tidak sebanyak bakteri basil. Bakteri kokus dibedakan

menjadi beberapa kelompok, yakni : monokokus adalah sel bakteri

bola tunggal, diplokokus adalah sel bakteri bola bergandeng dua –

dua, sarkina adalah sel bakteri yang berbentuk bola berkelompok

empat – empat menyerupai kubus, streptokokus adalah sel bakteri

yang berbentuk bola panjang membentuk rantai, dan stafilokokus

adalah sel bakteri yang memiliki bentuk sekelompok sel tidak

teratur sehingga mirip dompolan buah anggur (Irianto, 2012).

c. Spiral

Bentuk sel bakteri yang melilit atau berbengkok – bengkok

dinamakan spirilium. Golongan ini tidak banyak dibandingkan

dengan basil dan kokus. Ada tiga macam bentuk spiral, yakni :

spiral yaitu sel bakteri bentuknya seperti spiral dan tubuhnya kaku,

vibrio yaitu berbentuk seperti koma dianggap sebagai bentuk spiral

tak sempurna, dan spirochete yaitu sel bakteri yang berbentuk

spiral dan tubuhnya lentur (Irianto, 2012).

2.2.3 Pewarnaan Bakteri

Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017

 10

Sebagian besar mikroorganisme tidak berwarna, maka untuk

melakukan pengamatan dibawah mikroskop diperlukan pewarnaan

mikroorganisme dengan menggunakan pewarna. Pewarnaan

mikroorganisme pada dasarnya adalah prosedur mewarnai

mikroorganisme menggunakan zat warna yang dappat menonjolkan

struktur tertentu dari mikroorganisme. Sebelum dilakukan pewarnaan,

mikroorganisme harus difiksasi terlebih dahulu agar terikat pada kaca

objek. Tanpa adanya fiksasi akan mengakibatkan zat warna yang

diberikan pada mikroorganisme tidak melekat karena luntur setelah

pencucian zat warna dengan air mengalir (Brown, 2005).

Pewarnaan yang sering digunakan dalam mengidentifikasi

bakteri adalah pewarnaan Gram. Berdasarkan pewarnaan Gram,

bakteri dibagi menjadi dua golongan yaitu Gram negatif dan Gram

positif. Prinsip pewarnaan Gram tergantung dengan reaksi dindig sel

bakteri terhadap tinta safranin dan krista violet. Bakteri yang telah diuji

dengan pewarnaan berwarna ungu menunjukkan Gram positif,

sedangkan bakteri yang berwarna merah menunjukkan Gram negatif

(Brown, 2005).

2.3 Probiotik

Menurut Fuller (1987) probiotik merupakan makanan tambahan

(suplemen) berupa sel – sel mikroba hidup, yang memiliki pengaruh

menguntungkan bagi hewan inang yang mengkonsumsinya melalui

penyeimbangan flora mikroba intestinalnya. Definisi ini ditunjukkan pada

Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017

 11

hewan terestrial dan manusia dengan menekan bahwa probiotik merupakan

mikroba hidup yang diberikan melalui makanan. Definisi Fuller dalam

aplikasinya pada akuakulture perlu peninjauan kembali, karena karakter

lingkungan perairan berbeda dengan terestrial.

Flora normal mikroba intestinum hewan air terbentuk akibat interaksi

konstan dengan lingkungan. Bakteri yang hadir dalam lingkungan akuatik

mempengaruhi komposisi mikroba intestinum ikan dan sebaliknya (Cahill,

1990).

Gatesoupe (2000) mendefinisikan probiotik sebagai sel – sel mikroba

yang diberikan dengan cara tertentu agar masuk kedalam saluran

gastrointestinal dan tetap hidup dengan tujuan memperbaiki kesehatan.

Menurut Salminen et al., (1999) dalam buku Probiotik Akuakultur yang ditulis

oleh Irianto (2003) probiotik merupakan segala bentuk preparasi sel mikroba

(tidak selalu hidup) atau komponen sel – sel mikroba yang memiliki pengaruh

menguntungkan bagi kesehatan dan kehidupan inang. Berdasarkan pengertian

tersebut probiotik tidak selalu terkait dengan pangan dan probiotik tidak harus

dalam bentuk sel hidup. Moriarty (1998) melakukan penelitian dengan

menambahkan bakteri ke dalam tangki atau kolam ikan, kemudian bakteri

tersebut mampu memodifikasi komposisi bakteri pada air dan sedimen.

Berdasarkan definisi – defenisi tersebut dapat di re-definisikan probiotik

adalah suplementasi sel mikroba utuh (tidak harus hidup) atau komponen sel

mikroba pada pakan atau lingkungan hidupnya, yang menguntungkan inang

(Irianto, 2003).

Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017

 12

2.3.1 Karakteristik Probiotik

Menurut Fuller (1987), probiotik harus memiliki karakteristik sebagai

berikut :

1. Menguntungkan inang.

2. Mampu hidup (tidak harus tumbuh) di intestinum.

3. Dapat disiapkan sebagai produksi sel hidup pada skala industri.

4. Dapat terjaga stabilitas dan sintasan untuk waktu lama pada penyimpanan

maupun dilapangan.

Menurut Feliatra dkk (2004) pemilihan mikroorganisme probiotik atas

berdasarkan syarat – syarat sebagai berikut :

a. Tidak bersifat pathogen atau mengganggu inang, tidak bersifat pathogen

bagi konsumen (mausia dan hewan lain).

b. Tidak mengganggu keseimbangan ekosistem setempat.

c. Mikroba dapat dan mudah dipeliharaan diperbanyak.

d. Dapat hidup dan bertahan serta berkembangbiak didalam organ

pencernaan.

e. Dapat dipelihara dalam media yang memungkinkan untuk

diintroduksikaan dalam organ pencernaan.

f. Dapat hidup dan berkembang air wadah pemeliharaan.

2.3.2 Mekanisme Kerja Bakteri Probiotik

Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017

 13

Mekanisme probiotik melindungi atau memperbaiki kondisi inangnya

antara lain dengan menghambat pertumbuhan bakteri patogen melalui beberapa

cara antara lain dengan (Simadibrata, 2010) :

1. Memproduksi substansi-substansi penghambat. Bakteri probiotik mampu

memproduksi zat-zat penghambat pertumbuhan bakteri gram positif maupun

negatif. Zat-zat ini termasuk asam organik, hidrogen peroksida (H2O2),

bakteriosin, reuterin yang mampu menghambat tidak hanya bakteri hidup

namun juga produksi toksin.

2. Menghambat perlekatan bakteri patogen dengan berkompetisi di tempat

perlekatan permukaan mukosa saluran cerna diduga juga merupakan salah

satu cara probiotik menghambat invasi dari bakteri patogen.

3. Kompetisi nutrisi. Bakteri-bakteri yang menguntungkan (probiotik) akan

berkompetisi dengan bakteri patogen dalam hal memperebutkan nutrisi dalam

saluran cerna.

Probiotik dianggap menguntungkan untuk inangnya karena

menghambat kolonisasi intestinum oleh mikroba yang merugikan,

memproduksi senyawa – senyawa anti mikroba, serta kompetisi terhadap

nutrien dan ruang didalam organ pencernaan (Irianto, 2003). Pendapat lain

tentang keuntungan probiotik ialah dapat memperbaiki nutrisi dengan

memproduksi vitamin – vitamin, detoksisikasi pangan, serta melalui aktivitas

enzimatis (Fuller & Turvy, 1971; Parker, 1974; Roach & Tannock, 1980;

Fuller, 1992; Smoragiewicz et al., 1993). Beberapa penelitian menunjukkan

bahwa beragam mikroba yang menguntungkan memiliki kemampuan

mensintesis biotin (Sugita et al., 1992), Vitamin B12 (Sugita et al., 1991),

Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017

 14

senyawa antibacterial (Westerdahl et al., 1991), dan enzim – enzim hidrolitik

seperti amylase (Sugita et al., 1996) dan protease (Hoshino et al., 1997).

2.4 Ikan Patin (Pangasius hypophthalmus)

2.4.1 Klasifikasi

Menurut Sanin (1968) , urutan taksonomi Ikan Patin dapat dijabarkan

sebagai berikut :

Filum : Chordata

Kelas : Pisces

Sub kelas : Teleostei

Ordo : Ostariophysi

Sub Ordo : Siluroidae

Famili : Pangasidae

Genus : Pangasius

Spesies : Pangasius hypopthalmus.

2.4.2 Morfologi Ikan Patin

Ciri – ciri morfologi ikan patin adalah memiliki badan memanjang

berwarna putih seperti perak dengan punggung berwarna kebiruan.

Panjang tubuh ikan patin mencapai 120 cm. Kepala relative kecil dengan

mulut terletak di ujung kepala agak disebelah bawah. Pada sudut

mulutnya terdapat dua pasang kumis pendek yang berfungsi sebagai

peraba (Susanto & Amri, 2008).

Tubuh ikan patin terbagi menjadi tiga bagian, yaitu kepala, badan,

dan ekor. Bagian kepala mulai dari ujung mulut sampai akhir tutup insang.

Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017

 15

Bagian tubuh dari akhir tutup insang sampai pangkal sirip anal. Bagian

ekor dimulai dari sirip anal sampai ujung ekor. Sirip ekor ikan patin

bentuknya seperti gunting (bercagak) dan simetris. Ikan patin memiliki 5

sirip, yaitu sepasang sirip dada (pectoral fin), sepasang sirip perut (ventral

fin), satu sirip punggung (dorsal fin), satu sirip dubur (anal fin), dan satu

sirip ekor (caudal fin). Ikan pain memiliki sirip tambahan (adipose fin)

yang terletak diantara sirip punggung dan sirip ekor. Sirip punggung ikan

patin memiliki 1 jaringan keras (patil) dan 6 – 7 buah jari – jari lunak.

Sirip dubur ikan patin cukup panjang, yakni mulai dari belakang dubur

hingga pangkal sirip ekor, memiliki jari – jari lunak sebanyak 30 – 33

buah. Sirip perut ikan patin terdapat 6 jari – jari lunak. Sirip dada ikan

patin terdapat 1 jari – jari keras (patil) dan 12 – 13 jari – jari lunak

(Mahyuddin, 2010).

2.4.3 Sifat Biologis Ikan Patin

Ikan patin merupakan ikan yang aktif pada malam hari (nocturnal).

Ikan patin sering bersembunyi di liang – liang di tepi sungai. Benih ikan

patin di alam biasanya bergerombol dan sesekali muncul dipermukaan air

untuk menghirup oksigen langsung dari udara pada saat menjelang fajar.

Kebiasaan ini dimanfaatkan oleh petani dan nelayan ikan dalam

melakukan penangkapan benih. Kemunculan benih ikan patin dalam

jumlah besar biasanya menjelang akhir musim hujan (Kordi, 2010).

Patin merupakan ikan pemakan tumbuhan dan hewan lain (omnivore)

dan cenderung pemakan hewan lain (karnivora). Di alam patin memakan

Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017

 16

ikan – ikan kecil, cacing, detritus, serangga, biji – bijian, potongan daun

tumbuhan, rumput, udang kecil dan molusca. Ketika baru menetas (larva)

ikan patin memakan dari cadangan makanan berupa kuning telur. Setelh

kuning telur habis, beni ikan patin memakan plankton (Kordi, 2010).

2.5 Bakteri Aeromonas hydrophylla

2.5.1 Klasifikasi (Holt et al., 1998)

Kingdom : Monera

Filum : Protozoa

Ordo : Pseudanonadales

Familia : Fibrionaceae

Genus : Aeromonas

Spesies : Aeromonas hydrophylla

2.5.2 Morfologi Bakteri Aeromonas hydrophylla

Bakteri Aeromonas hydrophylla adalah bakteri Gram negative,

berbentuk batang dengan ukuran 0,7 – 0,8 µm, bersifat fakultatif anaerob,

kemoorganotrof, fermentative, sitokrom oksidase positif, dan bersifat motil.

Bakteri ini resisten terhadap penisilin, tumbuh optimum pada suhu 37 0C dan

dapat tumbuh pada kisaran suhu 4 – 450C. Bakteri A. hydrophylla tidak

membentuk kapsul maupun spora. Koloni berbentuk bulat, tepi rata,

cembung dan berwarna kuning keputih – putihan (krem) (Mulia, 2012).

2.5.3 Habitat Bakteri Aeromonas hydrophylla

Dilihat dari cara hidupnya, bakteri ini bersifat patogen oportunistik,

selalu berada didalam air dan menyerang ikan pada saat ikan dalam kondisi

Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017

 17

lemah. Bakteri ini juga dapat hidup di perairan tawar maupun pada perairan

payau dan laut dan mempunyai toleransi suhu yang lebar. Perairan air tawar

khususnya yang mengandung bahan organic merupakan habitat yang baik

bagi perkembangan bakteri A. hydrophylla. Bakteri ini memiliki sifat

biokimia, genetic, serologi, dan fenotif yang beragam (Mulia, 2012).

2.5.4 Patogenitas Bakteri Aeromonas hydrophylla

Kemampuan bakteri A. hydrophila dalam menimbulkan penyakit

cukup tinggi. Tingkat keganasan bakteri ini dapat diukur dengan LD 50

cukup bervariasi, yaitu berkisar antara 104 – 106 sel/ml (Mulia, 2012).

Penyakit bacterial yang disebabkan oleh bakteri A. hydrophylla

disebut dengan MAS (Motile Aeromonas Septicemia). Gejala eksternal yang

muncul akibat penyakit MAS adalah adanya ulse yang berbentuk bulat atau

tidak teratur dan berwarna merah keabu – abuan, inflamasi, dan erosi

didalam rongga dan sekitar mulut, seperti redmouth diasease. Selain itu,

terjadi hemorrhagic pada sirip serta mata membengkak dan menonjol

(eksophtalmia/popeye). Gejala internal dari penyakit MAS adalah

pembengkakan ginjal, tetapi tidak lembek; petikiae (bintik merah) pada otot

daging dan peritoneum, usus tidak berisi makanan, tetapi berisi cairan

kuning. Gejala khas dari bakteri ini adalah adanya cairan kuning dalan

jumlah besar didalam rongga perut (Mulia, 2012).

Di Indonenesia, bakteri A. hydrophylla menyerang ikan air tawar

seperti ikan gurami, ikan lele, ikan patin, dan ikan karper. Didaerah

subtropik yang banyak terserang oleh bakteri ini adalah rainbow trout dan

Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017

 18

Chinook salmon. Selain menyerang ikan, bakteri ini juga dapat menyerang

amphibian, reptil (ular, kura – kura), buaya, bahkan berpotensi menyerang

manusia. Bakteri A. hydrophylla dapat menyebabkan diare pada manusia

(Mulia, 2012).

Isolasi Dan Identifikasi..., Putri Utami, FKIP UMP, 2017