Berdiri sejak tahun 1861, membuat GPIB Immanuel menjadi gereja tertua di Malang.

Untuk
melakukan renovasi terhadap gereja ini dibutuhkan izin dari Pemerintah Kota Malang, karena
GPIB Immanuel termasuk salah satu cagar budaya yang dilindungi. Tidak mengherankan jika
arsitektur bagian dalam dan luar gereja ini masih sama seperti gereja-gereja umat Kristiani pada
zaman penjajahan Belanda dahulu. Di dalamnya, hanya ada tempat duduk jemaat dan mimbar
saja. Gereja ini telah mengalami beberapa kali renovasi, di antaranya pada tahun 1912 dan 2005
silam. Tempat beribadah kaum Kristiani ini masih kokoh berdiri hingga kini dan mampu
melayani sekitar 1.200 jemaat yang selalu memadati tempat ibadah ini setiap pekan.

Selain itu, GPIB Immanuel juga menyimpan dua Alkitab kuno yang usianya hampir 400 tahun.
Alkitab-alkitab kuno itu tersimpan rapi di sebuah lemari di dalam gereja. Alkitab yang memiliki
tahun cetak 1618 itu masih utuh dan dapat dibaca jelas. Dua Alkitab itu memiliki sampul dengan
bahan kulit dan dilengkapi dengan pengait sampul depan dan belakang yang terbuat dari besi.
Konon berat masing-masing Alkitab ini hampir mencapai lima kilogram dan memiliki ketebalan
sekitar sepuluh centimeter.

GPIB Immanuel diresmikan 30 Juli 1861 dengan nama Protestanche Gemente te Malang.
Pembangunannya didasarkan pada terbentuknya jemaat Protestan di Malang kala itu. Jalan
tempat gedung gereja Protestan ini berdiri dulunya disebut Alun-alun Kulon No. 9. Sejak 1948,
nama GPIB Immanuel mulai dipakai oleh gereja tersebut.

Gereja ini awalnya digunakan sebagai tempat ibadah orang-orang Belanda dan Eropa lainnya
yang beragama Kristen Protestan. Gedung gereja ini juga digunakan sebagai tempat pelayanan
bagi orang-orang Belanda, Pendeta Belanda dan juga guru-guru agama dari Belanda. Pendeta
dan pengurus gereja ini yang merupakan orang Belanda pun menggunakan bahasa Belanda
dalam peribadatannya.

Sebuah catatan sejarah mengatakan, pada tahun 1912 gereja ini pernah dibongkar, namun
kemudian dibangun kembali dengan bentuk yang sama seperti yang berdiri kokoh hingga saat
ini. Karena bentuknya dinilai terlalu sederhana, pada saat dibangun kembali itu, gereja Protestan
ini dibuat dengan konsep gereja Gothic. Halaman depan gereja ini pada waktu itu masih cukup
luas dan didominasi oleh tanaman hijau. Seiring perkembangan Kota Malang yang pesat dan
lokasinya yang berada di pusat kota kala itu, halaman depan gereja ini pun menyempit.

Semakin banyaknya orang-orang bumiputera yang menjadi tentara Belanda (KNIL), maka
didirikanlah gedung gereja setengah gedek di Klojen Lor No. 10 Malang. Gereja ini khusus bagi
golongan bumiputera beserta keluarganya yang ingin beribadah. Namun demikian, pendeta dan
pengurus gereja (majelis) masih dijabat oleh orang-orang Belanda. Kala itu terdapat dua majelis
gereja, yaitu Majelis Gereja Belanda dan Majelis Gereja Melayu. Majelis Gereja Melayu baru
diakui oleh pejabat gereja pemerintah (Kerkbestuur) pada 18 September 1938. Sementara itu,
Majelis Gereja Belanda mendirikan sebuah gedung permanen menggantikan gedung setengah
gedek di Klojen Lor No. 10. Gereja bernama Christ. Inh. Militair Tehui, Huize “Ora et Labora”
ini diresmikan pada 31 Oktober 1940.

Gedung GPIB Immanuel berfungsi sebagai tempat Perkumpulan Kerohanian Kristen ketika
pecah Perang Dunia II. Sedangkan pada masa pendudukan penjajah Jepang, gedung gereja ini
dipakai sebagai gudang beras. Warga jemaat pun sempat kocar-kacir di masa itu. Pada 3
Desember 1948 semua hak milik jemaat Belanda diserahkan kepada GPIB Jemaat Malang,
termasuk pula Panti Asuhan Kristen (kini PAK Kampar), berdasarkan Staatsblad Indonesia tahun
1948 No. 305 tanggal 3 Desember 1948 tentang penetapan GPIB sebagai gereja berdiri sendiri
dan sebagai badan hukum. Sejak saat itu, pendeta dan pejabat gereja dijabat oleh orang-orang
Indonesia dan anggota jemaatnya terdiri dari berbagai suku bangsa di Indonesia. GPIB Immanuel
Malang menjadi Jemaat ke-36 di jajaran Gereja Protestan di Indonesia bagian Barat.

Pada tahun 1950, gedung gereja setengah gedek di Klojen Lor No. 10 (kini Jl. Pattimura No. 10)
kembali digunakan sebagai tempat ibadah dengan nama Gereja Ebed Jemaat GPIB Immanuel
Malang. Gereja ini masuk dalam wilayah Sektor Pelayanan 9. Di tahun itu pula, GPIB Jemaat
Immanuel Malang pun ditetapkan sebagai gereja induk jemaat-jemaat di Karesidenan Malang,
Besuki dan Kediri.

Seiring berjalannya waktu, GPIB Jemaat Immanuel Malang memiliki berbagai macam
perkumpulan, seperti Perkumpulan Kaum Ibu Kristen di Malang, organisasi-organisasi pemuda
Kristen, Gerakan Mahasiswa Kristen Indonesia dan lain sebagainya.

Pada awal pelembagaan, wilayah pelayanan GPIB Jemaat Immanuel meliputi hampir seluruh
Malang. Setelah tahun 1984, berdasarkan laman resmi gereja ini, terjadi pembagian wilayah dan
pelembagaan GPIB Jemaat Sejahtera Malang sehingga wilayah pelayanan menjadi 15 sektor.
Pada tahun 2002, terjadi lagi pemekaran wilayah pelayan dan pelembagaan GPIB Jemaat
Getsemani Malang 2002 sehingga GPIB Jemaat Immanuel Malang terdiri dari sembilan sektor
pelayanan. GPIB Jemaat Immanuel Malang memiliki tiga gedung gereja, yaitu di Jalan Merdeka
Barat No. 9, Jalan Pattimura No. 10 untuk wilayah sektor pelayanan 9 dan di Pakisaji untuk
wilayah sektor pelayanan 1. Berdasarkan SK Dirjen Bimas Kristen Departemen Agama No.35
tahun 1988 tanggal 6 Februari 1988 menetapkan GPIB (termasuk Immanuel Malang) sebagai
lembaga keagamaan Kristen Protestan yang bersifat gereja. GPIB Jemaat Immanuel Malang juga
terdaftar di Kanwil Departemen Agama Provinsi Jawa Timur berdasarkan Surat Keterangan
No.Kw.13.7/B.A.01.1/01318/2009 tanggal 15 Juni 2009.

Gedung GPIB Immanuel mengalami renovasi di beberapa bagian tertentu, tanpa mengubah
struktur bangunan aslinya yang bersejarah. Pada mulanya, gedung gereja menjadi satu dengan
Kantor Majelis Jemaat GPIB Jemaat Immanuel Malang. Kemudian diadakan renovasi dan
tambahan bangunan untuk Kantor Majelis Jemaat di bagian belakang gedung gereja serta
pengalihan fungsi Kantor Majelis Jemaat di lantai dua menjadi Pastori pada tahun 1991.
Sebelumnya, pastori GPIB Jemaat Immanuel juga telah ada di Jalan Gondosuli No. 3
Malang, sejak tahun 1980.