1

I. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Logam mangan (Mn) merupakan salah satu logam berat yang banyak

terkandung kawasan bekas tambang dan industry. Kandungan mangan yang

terlalu banyak dapat menyebabkan polusi lingkunga. Selain itu, keberadaan

mangan yang berlebihan dapat menyebabkan penyakit Parkinson pada manusia,

infertilitas pada mamalia dan malfungsi pada sistem imun.

Di sisi lain, proses urbanisasi dan industrialisasi yang semakin meningkat

menyebabkan aktivitas penambangan dan metalurgi juga turut meningkat. Namun,

persediaan bahan tambang logam dengan konsentrasi tinggi semakin menurun,

sehingga diperlukan teknologi yang tidak hanya mereduksi kandungan logam

berat tetapi juga dapat menggunakan kembali logam berat dari limbah tambang

dan industri. Apabila limbah tambang dan industri dapat diolah dengan baik maka

tidak hanya menguntungkan bagi pelaku industri namun juga bermanfaat untuk

menekan kontaminasi logam berat ke lingkungan.

Saat ini banyak dikembangkan recovery dan penggunaan kembali Mn dari

limbah bijih dan residu lainnya. Namun, berbagai metode kimia yang digunakan

untuk mengoksidasi Mn menyebabkan kontaminasi polutan berbahaya ke

lingkungan. Oleh karena itu, saat ini dikembangkan metode recovery logam Mn

yang ramah lingkungan yaitu biomining. biomining merupakan ekstraksi logam

dari material yang mengandung sulfur dengan melibatkan mikroorganisme.

 2

Ekstrak logam pada proses biomining dilarutkan ke dalam air sehingga proses ini

disebut bioleaching.

Bioleaching merupakan proses pelarutan atau pelepasan logam dari bijih

(ore) atau tailing menjadi bentuk yang larut dengan menggunakan

mikroorganisme. Metode ini merupakan salah satu alternatif metode bioremediasi

yang ramah lingkungan. Bioleaching hanya dapat diaplikasikan pada logam yang

terikat pada mineral yang mengandung sulfur, besi atau sulfur tereduksi. Mangan

merupakan salah satu logam yang dapat dipisahkan dari mineralnya oleh

mikroorganisme.

Bioleaching dilakukan oleh bakteri kemoautotrof seperti Acidithiobacillus

ferrooxidans, Acidithiobacillus thiooxidans, Leptospirillum spp dan kapang

autotrofik seperti anggota genus Aspergillus dan Penicillum yang diketahui aktif

melakukan bioleaching. Spesies yang dominan dalam melakukan bioleaching

adalah bakteri pengoksidasi besi seperti Leptospirillium ferriphilum, bakteri

pengoksidasi sulfur seperti Acidithiobacillus caldus, dan bakteri pengoksidasi besi

atau sulfur seperti Acidithiobacillus ferrooxidans dan Sulfobacillus

thermosulfidooxidans.

Proses bioleaching diawali dari mikroorganisme pengoksidasi besi yang

mendapatkan energi dari oksidasi besi ferro (Fe2+) menjadi besi ferri (Fe3+) dan

melarutkan mineral sulfida sulfur. Selain itu mikroorganisme pengoksidasi besi

juga akan menyebabkan akumulasi sulfur elemental atau polisulfida pada

permukaan mineral. Kemudian bakteri pengoksidasi sulfur akan mengoksidasi

sulfur elemental menjadi asam sulfat sehingga akan menurunkan pH dan

menyebabkan proses terjadinya leaching logam yang terkandung.

 3

Oleh karena itu bioleaching logam menggunakan kultur campuran lebih

efisien daripada hanya menggunakan kultur murni (Li et al., 2014). Hal ini

disebabkan karena fungsi sinergisitas antar mikroorganisme dalam konsorsium

dan kultur campuran dapat menyeimbangkan metabolisme besi dan sulfur (Behera

et al., 2011). Kultur campuran antara bakteri kemolitotrof (Acidithiobacilli) dan

organisme heterotrof (Aspergillus niger) menunjukkan efisiensi yang baik dalam

pelarutan logam Ni dari limbah tambang chromite. Selain itu, kultur campuran

antara bakteri pengoksidasi sulfur (Alicyclobacillus sp. ) dan bakteri pengoksidasi

besi (Sulfobacillus sp.) menunjukkan kapasitas bioleaching Mn yang tinggi (Xin

et al., 2012). Mikroorganisme yang berperan pada bioleaching Mn adalah bakteri

pengoksidasi sulfur seperti Lysinibacillus sp., Acinetobacter sp (Ghosh et al.,

2015), yang bersifat asidofilik seperti Enterobacter sp., Bacillus cereus, Bacillus

nealsonii dan Staphylococcus hominis (Sanket et al., 2016), dan Staphylococcus

epidermidis yang memiliki aktivitas pada bijih mangan low-grade (Das et al.,

2012).

Selain itu beberapa bakteri pengoksidasi sulfur seperti Acidiphilum spp.,

Thiobacillus spp., Leptospirilum, spp., dan Ferroplasma spp., juga memiliki

aktivitas bioleaching pada tanah bekas tambang. Kapang anggota genus

Penicillium juga diketahui memiliki akitivitas bioleaching pada bijih mangan.

Pada proses bioleaching diketahui bahwa mikroorganisme dapat menghasilkan

matriks polimer ekstraseluler yang terdiri dari polisakarida, protein dan lipid yang

menyediakan tempat pelekatan mikroorganisme pada permukaan mineral sulfida

dan membentuk biofilm bersama dengan sel bakteri. Adanya EPS yang
 4

membentuk biofilm membantu pelarutan logam karena dapat mengikat lebih

banyak ion Fe3+ pada permukaan mineral sulfide.

Limbah tambang yang mengandung Mn dan bersifat asam diasumsikan

dapat menjadi substrat bioleaching bagi konsorsium pengoksidasi sulfur. Namun,

tidak hanya limbah tambang yang dapat digunakan sebagai substrat bioleaching,

bijih mangan juga dapat digunakan sebagai substrat untuk aktivitas bioleaching.

Hal ini disebabkan bijih mangan (manganese ore) memiliki kadar Mn mencapai

35% dan banyak digunakan sebagai pilihan bagi pelaku industri untuk ekstraksi

mangan dari bijih mangan dengan bioleaching yang dilakukan oleh bakteri

pengoksidasi sulfur.

Mikroorganisme yang memiliki kemampuan mengoksidasi sulfur dan

logam dapat diisolasi dari tempat yang memiliki pH yang rendah, kisaran suhu

yang beragam, dan lingkungan yang ekstrim. Salah satu jenis bakteri pengoksidasi

sulfur yang berperan dalam bioleaching yaitu Thiobacillus memiliki habitat pada

lingkungan perairan dan tanah yang memiliki sumber sulfur melimpah. Salah satu

lingkungan yang memiliki sumber sulfur melimpah dengan pH yang rendah

adalah kawasan pemandian Ungaran (Gedong Songo).

Kawasan pemandian Ungaran (Gedong Songo) merupakan daerah

geothermal yang berada sisi selatan Gunung Ungaran. Kawasan pemandian

Ungaran memiliki komposisi air panas yang dibagi menjadi dua tipe yaitu air

panas yang memiliki kandungan klorida yang rendah, kandungan sulfat tinggi

(mencapai 1000 pm), dan pH rendah (mencapai 5) berada pada area fumarolik

sedangkan air yang mengandug bikarbonat netral atau klorida berada pada area

lain.
 5

Ekstraksi logam dengan menggunakan mikrobia lebih ekonomis dan

ramah lingkungan daripada ekstraksi secara kimia. Hal ini disebabkan karena

bioleaching juga tidak memerlukan energi dalam jumlah besar untuk proses

pembakaran dalam ekstraksi logam secara tradisional. Oleh karena itu, perlu

dilakukan penelitian mengenai kemampuan kultur campuran isolat

mikroorganisme dari kawasan pemandian belerang Ungaran untuk aktivitas

bioleaching Mn.

1.2 Tujuan dan Manfaat Penulisan

Tulisan yang membahas sulphur and iron oxidizing bacteria bertujuan

untuk melatih dan meningkatkan kemampuan mahasiswa, serta untuk mengetahui

reproduksi dan klasifikasi bakteri pengoksidasi sulfur dan besi dan menambah

ilmu pengetahuan tentang bakteri pengoksidasi sulfur dan besi.

Mengenalkan sekaligus memberikan gambaran maupun deskripsi kepada

mahasiswa mengenai mikroorganisme bakteri pengoksidasi sulfur dan besi,

termasuk reproduksi dan klasifikasi.

 6

II. ISI

2.1 Reproduksi Bakteri Pengoksidasi Sulfur dan Besi

Isolasi bakteri pengoksidasi besi dan sulfur dilakukan dengan

memasukkan 1 g sampel tanah ke dalam 9 ml akuades steril hingga pengenceran

10-4 kemudian diinokulasikan pada medium cair dan diinkubasi 14x24 jam pada

suhu 300C. Hasil positif pertumbuhan pada medium cair di tumbuhkan pada

medium 9K secara spread plate. Jumlah koloni yang tumbuh pada medium 9K

dihitung dengan metode TPC dan dikarakterisasi morfologi koloni, sel dan sifat

Gram.

Seleksi isolat bakteri yang mempunyai kemampuan tumbuh terbaik pada

medium yang mengandung Fe dan S dilakukan dengan inokulasi koloni bakteri

sebanyak satu ose dan dicampurkan ke dalam medium cair. Media yang telah

diinokulasi selanjutnya diinkubasi pada suhu ruang selama 7 hari sambil

dilakukan pengocokan secara terus-menerus dengan menggunakan shaker

incubator dengan kecepatan 125 rpm. Pada akhir inkubasi, dilakukan pengukuran

OD (Optical Density) dengan menggunakan UV -Spektrofotometer pada panjang

gelombang 432 nm.

Ekstraksi DNA isolat terpilih dilakukan dengan menggunakan 3 ml kultur

cair sel bakteri dalam eppendorf steril (1,5 ml), kemudian disentrifugasi dengan

kecepatan 10.000 rpm selama 15 menit pada suhu ruang. Supernatan dibuang dan

ditambahkan dengan 1 ml TE 1x, setelah itu disentrifugasi dengan kecepatan

10.000 rpm selama 15 menit. Sel bakteri yang mengendap dilarutkan dalam 50 μl

tenderizer 30% kemudian inkubasi pada suhu 37°C selama 60 menit. SDS 10%
 7

ditambahkan ke eppendorf sebanyak 50 μl dan diinkubasi pada suhu 37°C selama

30 menit, kemudian disentrifugasi dengan kecepatan 10.000 rpm selama 15 menit.

Supernatan dipindahkan ke eppendorf steril baru dan ditambahkan alkohol absolut

sebanyak setengah dari volume supernatan yang dipindahkan dan di bolak balik

dengan hati-hati agar terbentuk benang-benang DNA, kemudian disentrifugasi

pada suhu 4°C dengan kecepatan 10.000 rpm selama 5 menit. Supernatan

dibuang, kemudian ditambahkan 100 μl etanol dingin dan disentrifugasi pada suhu

4°C dengan kecepatan 10.000 rpm selama 15 menit. Supernatan dibuang, setelah

itu DNA yang telah mengendap dikering anginkan selama ± 10 menit dan

selanjutnya dilarutkan dalam 100 μl TE 1x.

Amplifikasi gen 16S rRNA dilakukan dengan Polymerase Chain Reaction

(PCR). Proses amplifikasi dimulai dengan membuat campuran 17,5 μl ddH2O, 25

μl KAPA 2G Fast Ready Mix, 1,25 μl forward primer, 1,25 μl reverse primer dan

5 μl templat DNA. Campuran tersebut diamplifikasi menggunakan mesin PCR.

PCR dilakukan dengan tahapan pre PCR 950C selama 5 menit, denaturasi 940C

selama 1 menit, annealing 500C selama 1 menit dan ekstensi 720C selama 2

menit. Running PCR dilakukan sebanyak 30 siklus dan post PCR 720C selama 10

menit. Suhu kemudian diturunkan 40C selama 5 menit.

DNA hasil amplifikasi PCR selanjutnya di elektroforesis pada gel agarosa.

Hasil amplifikasi dapat diketahui dari fraksinasi pita DNA pada gel agarose 1,5%

dalam buffer TAE (Tris Asam asetat glasial EDTA) yang ditambahkan Fluorosafe

DNA staining sebanyak 4μl/40ml agarosa. DNA hasil amplifikasi PCR kemudian

dimasukkan ke dalam sumuran gel agarose. Running elektroforesis dilakukan

selama 50 menit pada 100 V dan 400 mA. Hasil pemisahan divisualisasi
 8

menggunakan UV transluminator dengan menggunakan standar 1 kb DNA ladder

untuk mengetahui hasil dan ukuran pita DNA hasil amplifikasi.

2.2 Bakteri Alyciclobacillus feroxidans

Bakteri Alyciclobacillus ferooxidans mampu mengubah magnesium

kedalam bentuk ionnya dan terekstrak ke ruah larutan berikatan dengan ion sulfat

menurut reaksi:

Mg2SiO4 + 2H2SO4 –> 2MgSO4 + SiO2 + 2H2O

Magnesium sulfat yang terbentuk dapat diperoleh dalam bentuk kristalnya

melalui presipitasi pada suhu tertentu. Hasil analisa XRD residu pelindian ini

menunjukkan bahwa kristal yang terbentuk adalah magnesium sulfat yang

mengikat 6 molekul air (MgSO4.6H2O)[6]. Produk hasil ekstraksi yang dihasilkan

bervariasi tergantung pada kondisi presipitasi. Beberapa produk yang dapat

dihasilkan diantaranya MgSO4.12H2O, MgSO4.7H2O, MgSO4.6H2O, MgSO4.H2O

(5/4 hidrat atau kiserit sintesis), dan MgSO4.H2O (kiserit).

Salah satu produk yang dapat dihasilkan adalah kiserit dengan rumus

kimia MgSO4.H2O. selain dimanfaatkan dalam bidang kosmetik, dan industri

makanan, kiserit umumnya dimanfaatkan sebagai pupuk tunggal yang bermanfaat

dalam perbaikan sifat fisik dan kimia tanah dengan kemampuan menetralisir pH

tanah dan juga kapasitas tukar kation. Pemanfaatan terak nikel sebagai pupuk

dengan bantuan bakteri Alyciclobacillus ferooxidans ini selain dapat

meningkatkan nilai tambah juga dapat menghindari terjadinya kerusakan

lingkungan akibat deposit terak nikel yang menumpuk. Ditinjau dari sisi ekonomi,

pengolahan melalui jalur bioleaching ini lebih hemat dibandingkan pengolahan

dengan jalur piro dan hidrometalurgi. Meskipun pemanfaatan terak nikel ini
 9

belum diaplikasikan secara komersil di industri, namun hasil penelitian yang telah

dilakukan memungkinkan untuk diaplikasikan.

Alicyclobacillus adalah genus bakteri gram-variabel , berbentuk batang ,

pembentuk spora. Bakteri mampu tumbuh dalam kondisi asam, sementara spora

mampu bertahan dari prosedur pasteurisasi yang khas. Alicyclobacilli adalah

organisme aerobik, asidofilik, mesofilik hingga termofilik, yang sangat aerob,

aerob, aerofilik , dan telah terbukti tumbuh pada suhu antara 20 dan 70°C (dengan

kisaran suhu optimal 42-60°C) dan nilai pH 2,0 hingga 6,0. Alicyclobacilli sangat

menarik bagi industri pengalengan jus buah karena teknik pasteurisasi biasa (92°

C selama 10 detik) tidak menonaktifkan spora; Spesies Alicyclobacillus dapat

memiliki nilai D lebih dari 8 menit (membutuhkan perawatan lebih dari 8 menit

pada 95 ° C untuk membunuh 90% spora). Ketika produk rusak oleh

Alicyclobacillus, produk jus mengembangkan bau dan / atau rasa seperti

disinfektan (karena produksi guaiacol), tetapi bakteri tidak menyebabkan

pembengkakan paket atau perubahan warna pada produk, juga tidak bersifat

patogen bagi manusia. Alicyclobacilli terlibat dalam pembusukan pir, jeruk,

persik, mangga, dan jus anggur putih, campuran jus buah, dan produk tomat.

Tidak semua Alicyclobacilli menghasilkan guaiacol , dan karenanya tidak semua

spesies menjadi perhatian

Klasifikasi Ilmiah
Domain: Bakteri

Divisi: Firmicutes

Kelas: Bacilli
 10

Memesan: Bacillales

Keluarga: Alicyclobacillaceae

Alicyclobacillus
Marga:
Wisotzkey 1992

2.3 Bakteri Thiobacillus sp

Thiobacillus adalah genus Betaproteobacteria Gram-negatif . Thiobacilus

T
thioparus adalah jenis spesies dari genus, dan jenisnya adalah strain Starkey ,

yang diisolasi oleh Robert Starkey pada 1930-an dari sebuah ladang di Universitas

Rutgers di Amerika Serikat . Sementara lebih dari 30 "spesies" telah dinamai

[1] [2]
dalam genus ini sejak ditetapkan oleh Martinus Beijerinck pada tahun 1904,

(jenis pertama diamati oleh ahli kelautan biologi Alexander Nathansohn pada

tahun 1902 - kemungkinan apa yang sekarang kita sebut Halothiobacillus

neapolitanus ), sebagian besar nama tidak pernah diterbitkan secara valid atau

efektif. Sisanya direklasifikasi ke Paracoccus, Starkeya (keduanya di

Alphaproteobacteria); Sulfuriferula, Annwoodia, Thiomonas (dalam

Betaproteobacteria); Halothiobacillus, Guyparkeria (dalam

Gammaproteobacteria), atau Thermithiobacillus atau Acidithiobacillus (dalam

Acidithiobacillia ). "Spesies" Thiobacillus trautweinii yang didefinisikan secara

sangat longgar adalah tempat heterotrof dan kemolitoheterotrof pengoksidasi

belerang ditetapkan pada era 1910-1960-an, yang sebagian besar di antaranya

mungkin merupakan spesies Pseudomonas. Banyak spesies yang disebutkan

dalam genus ini tidak pernah disimpan dalam koleksi layanan dan telah hilang.
 11

Semua spesies adalah autotrof obligat (menggunakan bentuk transaldolase

dari siklus Calvin-Benson-Bassham ) menggunakan sulfur elementer, tiosulfat,

atau polionionat sebagai sumber energi - mantan Thiobacillus aquaesulis dapat

tumbuh lemah. pada media yang kompleks sebagai heterotrof, tetapi telah

direklasifikasi ke Annwoodia aquaesulis . Beberapa strain (E6 dan Tk-m) dari

spesies jenis Thiobacillus thioparus dapat menggunakan sulfur dari

dimethylsulfide , dimethyldisulfide , atau carbon disulfide untuk mendukung

pertumbuhan autotrophic - mereka mengoksidasi karbon dari spesies ini menjadi

karbon dioksida dan berasimilasi. Oksidasi belerang dicapai melalui jalur Kelly-

Trudinger .

Klasifikasi Ilmiah :

Kerajaan: Bakteri

Divisi: Proteobacteria

Kelas: Betaproteobacteria

Memesan: Nitrosomonadales

Keluarga: Thiobacillacaeae

Marga: Thiobacillus
 12

III. PENUTUP

3.1 Kesimpulan

Isolasi bakteri pengoksidasi besi dan sulfur dilakukan dengan

memasukkan 1 g sampel tanah ke dalam 9 ml akuades steril hingga pengenceran

10-4 kemudian diinokulasikan pada medium cair dan diinkubasi 14x24 jam pada

suhu 300C. Hasil positif pertumbuhan pada medium cair di tumbuhkan pada

medium 9K secara spread plate. Jumlah koloni yang tumbuh pada medium 9K

dihitung dengan metode TPC dan dikarakterisasi morfologi koloni, sel dan sifat

Gram. Klasifikasi ilmiah Alicyclobacillus adalah

Domain: Bakteri

Divisi: Firmicutes

Kelas: Bacilli

Memesan: Bacillales

Keluarga: Alicyclobacillaceae

3.2 Saran

Penulis membuat paper ini sebagai bahan pembelajaran bersama. Saya

mengambil informasi dari berbagai sumber, seperti internet, jurnal, dan buku.

Apabila pembaca menemukan kesalahan dan kekurangan di dalam paper ini,

pembaca dapat membaca buku lain yang menjadi referensi yang lebih lengkap dan

baik.
 13

DAFTAR PUSTAKA

https://translate.google.com/translate?u=https://en.wikipedia.org/wiki/Alicycloba

illus&hl=id&sl=en&tl=id&client=srp