PROPOSAL PROGRAM KREATIVITAS MAHASISWA

DNA BARCODING ANDALIMAN (Zanthoxylum acanthopodium)

DI SUMATERA UTARA MENGGUNAKAN PENANDA ISSR
DAN TRNL-F

BIDANG KEGIATAN:
PKM PENELITIAN

Diusulkan oleh :

Johannes S. Manurung; 4153220009; 2015

Hary Prakasa ; 4143220011; 2014
Ulfa Jamily Tanjung ; 4161220024; 2016

UNIVERSITAS NEGERI MEDAN

MEDAN
2017

i
 PENGESAHAN PROPOSAL PKM-PENELITIAN

1. Judul Kegiatan : DNA Barcoding Andaliman

2. Bidang Kegiatan
3. Ketua Pelaksana Kegiatan
a. Nama Lengkap
b. NIM
c. Jurusan
d. Universitas/Institusi/Politeknik
e. Alamat Rumah dan No. Tel./HP
f. Alamat email
4. Anggota Pelaksana Kegiatan/Penulis
5. Dosen Pendamping
a. Nama Lengkap dan Gelar
b. NIDN
c. Alamat Rumah dan No. Tel/.HP
6. Biaya Kegiatan Total
a. Kemristekdikti
b. Sumber lain
7. Jangka Waktu pelaksanaan
(Zanthoxylum acanthopodium DC.)
di Sumatera Utara Menggunakan
Penanda ISSR dan trnL-F
: PKM-P
: Johannes S. Manurung
: 4153220009
: Biologi
: Universitas Negeri Medan
: Jl. Damai Komplek SD Impres Desa
Huta Rakyat, kecamatan Sidikalang,
kabupaten Dairi/082276053727
: Johannesmanurung1597@gmail.com
: 2 orang
: Dr. Tri Harsono, M.Si.
: 0031126503
: Jalan Seto Gg. Pribadi No. 75-C
Medan / 081370488042
: Rp. 12.000.000,-
: Rp. 12.000.000,-
:-
: 4 Bulan

Medan, 21 Nopember 2017

Menyetujui
Wakil Dekan Bidang Kemahasiwaan Ketua Pelaksana Kegiatan
FMIPA Universitas Negeri Medan

(Drs. Mhd. Yusuf Nasution, M.Si) (Johannes S. Manurung)

NIP. 19631209 198903 100 5 NIM. 4153220009

Wakil Rektor Bidang Kemahasiswaan Dosen Pendamping

Universitas Negeri Medan

(Prof. Dr. Sahat Siagian, M.Pd) (Dr. Tri Harsono M.Si)

NIP. 19610104 198703 1017 NIDN. 0031126503

ii
DAFTAR ISI

Halaman Sampul .............................................................................................. i

Halaman Pengesahan ....................................................................................... ii
Daftar Isi........................................................................................................... iii
Bab 1. Pendahuluan .......................................................................................... 1
1.1. Latar Belakang Masalah .................................................................. 1
1.2. Rumusan Masalah ............................................................................ 2
1.3. Tujuan Gagasan ............................................................................... 3
1.4. Urgensi Penelitian ............................................................................ 3
1.5 Luaran yang Diharapkan.................................................................. 3
1.6 Manfaat ........................................................................................... 3
Bab 2. Tinjauan Pustaka ................................................................................... 4
2.1. Ciri dan Klasifikasi Andaliman (Zanthoxylum
acanthopodium DC.) ....................................................................... 4
2.2. DNA Barcoding ............................................................................... 4
2.3. Penanda Molekuler ISSR dan trnL-F .............................................. 6
Bab 3. Metode Penelitian ................................................................................ 7
3.1. Pengambilan Sampel Daun .............................................................. 7
3.2. Isolasi DNA ..................................................................................... 7
3.3. PCR ISSR dan PCR trnL-F ............................................................. 7
3.4. Visualisasi hasil PCR, Scoring dan Sekuensing .............................. 8
3.5. Analisis Data Mokuler ..................................................................... 8
Bab 4. Biaya dan Jadwal Kegiatan ................................................................... 9
4.1 Anggaran Biaya ................................................................................ 9
4.2 Jadwal Kegiatan ................................................................................ 9
Daftar Pustaka .................................................................................................. 10
Lampiran-Lampiran

iii
DAFTAR TABEL

Tabel 4.1. Anggaran Biaya............................................................................... 9

Tabel 4.2. Jadwal Kegiatan .............................................................................. 9

iv
 1

BAB 1. PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.) merupakan jenis dari
famili Rutaceae yang tersebar di wilayah Sumatera Utara, Indonesia (Siregar,
2002). Buah andaliman digunakan sebagai bumbu masakan tradisional khas suku
Batak (Suriawati & Kristanty, 2015), seperti ikan arsik, gota, dan saksang (Nina,
2011). Bumbu ini dikenal dengan nama “merica batak” karena makanan khas
suku Batak tidak bisa terlebas dari bumbu ini (Hidayah, 2015). Buah andaliman
mengandung senyawa aromatik dengan rasa getir dan pedas yang khas dan
memberikan efek yang menggetarkan pada alat pengecap (Siregar, 2002).
Andaliman menjadi salah satu tanaman endemik yang mendukung dalam
rangka pembangunan Geopark Caldera Toba oleh UNESCO Global Geopark
(UGG) (Medantribbun, 2016). Andaliman merupakan tumbuhan endemik pada
kawasan Danau Toba dan sekitarnya (Perpres Nomor 81 Tahun 2014). Tanaman
andaliman memiliki daya kecambah yang rendah dan umur berkecambah yang
lama serta bervariasi yaitu berkisar 24-100 hari dengan persentase perkecambahan
17,5% (Khoiriah, 2009). Menurut Simatupang (2013), budidaya andaliman secara
konvensional dengan konservasi in situ secara tidak langsung telah oleh suku
Batak. Kebutuhan akan tanaman andaliman sebagai bumbu khas masakan suku
Batak menyebabkan tanaman andaliman dibudidaya di lokasi asalnya. Saat ini
populasi andaliman sangat terbatas, berkisar 1000-2000 pohon. Bibit yang
diperoleh petani berasal dari hutan, karena benih andaliman sulit untuk
berkecambah walau pun kondisi tempat tumbuhnya sudah optimal (Napitupulu, et
al., 2004). Belum terdapat pertanian andaliman yang cukup luas yang dijumpai di
Indonesia. Karena itu, perlu dibuat konservasi dan pemuliaan khusus untuk
tanaman andaliman agar status keberadaannya hidupnya tetap eksis, tidak dalam
kondisi rawan dan tidak mengalami kepunahan (Siregar, 2002).
Hubungan kekerabatan antar organisme dianggap oleh banyak ahli
sistematika dan ahli biologi evolusi merupakan pondasi utama dalam berbagai
penelitian biologi lanjutan, serta penting dalam studi genetika, studi evolusi, studi
perbandingan, kawin silang maupun klasifikasi ulang (Soltis and Soltis, 2000).
Hubungan kekerabatan organisme dapat direkonstruksi berdasarkan karakter
morfologi, namun dengan berkembangnya teknik molekuler penggunaan karakter
genetik menjadi pilihan utama. Sifatnya yang obyektif dan stabil membuat
karakter genetik lebih dapat diandalkan dalam studi sistematika. Penggunaan
karakter genetik juga menguntungkan karena tetap dapat mendeteksi variasi walau
tidak terekspresi menjadi perbedaan morfologi. Variasi genetik tersebut penting
untuk meningkatkan keanekaragaman yang mampu memperbesar peluang
keberhasilan bertahan hidup di tengah perubahan kondisi lingkungan (Frankham
et al., 2010).
 2

Pengetahuan tentang keragaman genetik sangat penting sebagai dasar

pengembangan tanaman andaliman melalui program pemuliaan. Keragaman
genetik yang dihasilkan dari analisis DNA juga berguna dalam penentuan
hubungan kekerabatan antar individu atau populasi yang diteliti (Pharmawati,
2009). Populasi berbeda, terutama pada lokasi yang berlainan, memiliki tingkat
variasi yang berbeda.Perbedaan variasi dapat dilihat dari karakter morfologis
sampai ke karakter molekular antara lain urutan DNA, asam amino dan protein
(Frankham, et.al., 2002).
Sulitnya andaliman berkecambah diluar habitat aslinya membutuhkan
strategi penentuan konservasi dan penentuan tempat pemuliaan yang sesuai
dengan karakteristik habitat tanaman andaliman. Salah satu metode konservasi
yang dapat dilakukan adalah konservasi in situ. Penelitian ini bertujuan untuk
menganalisis tingkat keragaman genetik andaliman dengan menggunakan
penanda ISSR dan sekuen trnL-F yang terdapat pada DNA kloroplas untuk
melihat diversitas dan variasi andaliman yang ada di Indonesia serta
mengkombinasikan keduanya. Analisis dilakukan pada tiga wilayah kabupaten di
Sumatera Utara yang memiliki tingkat populasi Andaliman yang tinggi,
diantaranya Kabupaten Simalungun, Kabupaten Humbang Hasundutan dan
Kabupaten Dairi (Harsono et.al, 2016). Studi untuk mengetahui variasi genetik
Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.) dengan menggunakan penanda
molekuler ISSR dan sekuen trnL-F belum pernah dilakukan. Penanda molekuler
ISSR termasuk PCR-based marker, yang tidak memerlukan informasi tentang
sekuen genom yang akan diuji (Bardakci, 2001). ISSR memiliki kemampuan
mendeteksi polimorfisme tinggi, dan diketahui potensial untuk mendeteksi variasi
antar populasi yang terpisah secara geografis, juga variasi individu di dalam
populasi (Luque, et.al., 2002; Vijayan, et.al., 2006). Analisis variasi genetik
berperan mendukung identifikasi dan karakterisasi spesies. Oleh karena itu,
penelitian mengenai variasi genetik Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium
DC.) menggunakan penanda molekuler ISSR dan sekuen trnL-F ini perlu
dilakukan. Wilayah dengan tingkat keragaman genetik tertinggi akan menjadi
prioritas wilayah konservasi in situ dan wilayah pemuliaan tanaman andaliman.

1.2. Rumusan Masalah

Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.) merupakan tumbuhan khas
Sumatera Utara dan termasuk juga ke dalam simbol kebudayaan suku Batak. Saat
ini populasi andaliman sangat terbatas, berkisar 1000-2000 pohon. Keragaman
genetik andaliman tertinggi dapat menjadi informasi penting dalam pemuliaan
tanaman andaliman kedepan dan untuk mempertahankan eksistensi tumbuhan ini
sebagai tanaman khas Sumatera Utara khususnya sebagai simbol pada
kebudayaan suku Batak.
 3

1.3. Tujuan Penelitian

Tujuan dari penelitian ini adalah sebagai berikut :
1. Mengetahui hubungan kekerabatan spesies Andaliman (Zanthoxylum
acanthopodium DC.) di Sumatera Utara.
2. Mengetahui perbandingan variasi genetik Andaliman (Zanthoxylum
acanthopodium DC.) yang tersebar di Kabupaten Simalungun, Kabupaten
Humbang Hasundutan dan Kabupaten Dairi.
3. Mengetahui DNA Barcoding Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium
DC.) di Sumatera Utara

1.4. Urgensi Penelitian

Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.) yang merupakan tumbuhan
khas Sumatera Utara dan juga termasuk simbol kebudayaan suku Batak telah
mengalami kelangkaan diakibatkan ekspoitasi hutan secara besar-besaran untuk
memenuhi kebutuhan hidup manusia. Jumlah andaliman yang sedikit dan
kemungkinan besar akan berkurang karena sulitnya andaliman berkecambah di
luar habitatnya aslinya sehingga dibutuhkan strategi pemuliaan untuk
mempertahankan eksistensi tumbuhan ini di Sumatera Utara. Penelitian ini
memiliki urgensi untuk dilakukan dikarenakan informasi mengenai keragaman
genetik Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.) masih sangat terbatas
sehingga menjadi kendala dalam menentukan dan memutuskan strategi konservasi
in situ tanaman tersebut. Data informasi keragaman genetik dapat digunakan
untuk menyusun strategi konservasi yang efektif dan efisien sehingga dapat
menjaga kelestarian Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.) di Sumatera
Utara dari kelangkaan bahkan kepunahan.

1.5 Luaran yang Diharapkan

Luaran yang diharapkan dari penelitian ini adalah :
1. Menghasilkan karya ilmiah dalam bentuk jurnal yang akan di upload di Jurnal
Biosintifika UNNES
2. Menghasilkan paper untuk Seminar Nasional Biologi dan Pembelajarannya

1.6 Manfaat
Manfaat dari penelitian ini adalah hasil penelitian dapat menjadi informasi
mengenai keragaman genetik Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.)
yang dapat digunakan menyusun strategi konservasi yang efektif dan efisien
sehingga dapat menjaga kelestarian Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium
DC.) di Sumatera Utara dari kelangkaan bahkan kepunahan.
 4

BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA

2.1. Ciri dan Klasifikasi Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.)

Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.), famili Rutaceae, adalah
tanaman yang khas dijumpai di Sumatera Utara, Indonesia (Siregar, 2003).
Tumbuhan ini merupakan jenis yang sangat dekat kekerabatannya dengan
Zanthoxylum piperitum yang banyak ditemukan di daratan Cina serta Z. stimulans
yang banyak dijual di Eropa. Di Indonesia, tumbuhan ini tumbuh liar di
pegunungan dengan ketinggian 1400 m dpl pada temperatur 15˚-18˚ C. Asal
tumbuhan ini dari daerah Himalaya Subtropis (Wijaya, 1999).
Hartley (1966) menuliskan bahwa Zanthoxylum adalah genus dari famili
Rutaceae yang memiliki kombinasi ciri berikut: tumbuhan berduri, daun tersebar
dan majemuk, bakal buah apokarp atau semikarp. Keempat ciri ini ada pada
andaliman. Dari satu bunga dapat terbentuk satu hingga empat buah yang masing-
masing mempunyai satu biji. Beberapa ciri genus Zanthoxylum menurut van
Balgooy (1997, 1998) ialah berdaun majemuk, ibu tangkai daun bersayap, batang
dan cabang berduri sejati atau berduri tempel. Ketiga ciri tersebut dimiliki oleh
andaliman (Zanthoxylum acanthopodium). Permukaan batang, cabang, dan
rantingnya berduri tempel (aculeus), duri yang mudah ditanggalkan. Daun
majemuk menyirip beranak daun gasal, terdiri atas 3-11 anak daun. Ibu tangkai
daun pipih dan tepinya melebar atau bersayap. Ketiga ciri ini tidak ditemui pada
spesies Piper (van Steenis, 1992).
Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.) buahnya umum digunakan
sebagai bumbu masakan tradisional suku Batak (Siregar, 2003). Buahnya antara
lain digunakan untuk membuat ikan na niarsik (sejenis makanan yang diberi
bumbu gulai tetapi tidak menggunakan santan) dan ikan na niura (sejenis
makanan yang diolah dengan pengasaman), sangsang daging, dan berbagai jenis
sambal (benedicta). Masyarakat Batak mengadakan acara besar seperti perayaan
pernikahan dan kelahiran, masakan ini selalu tersaji dalam hidangan mereka.
(Republika, 2011). Andaliman bagi masyarakat Simalungun disebut rempah tuba.
Di dalam upacara adat (ritual) masyarakat etnik Batak Simalungun selalu
menggunakan rempah tuba pada upacara pernikahan, kelahiran, memasuki rumah
baru, kematian dan lainnya (Miftakhurohmah, 2009).

2.2. Barcoding DNA

DNA barcoding merupakan salah satu teknik yang digunakan untuk
mempercepat dan mempermudah proses identifikasi organisme dengan
menggunakan potongan gen tertentu (Rimbawanto et al., 2012). DNA barcoding
dapat digunakan oleh ahli taksonomi dengan cepat dan relatif murah untuk
mengidentifikasi spesies yang sulit dilakukan secara morfologi. Identifikasi dan
mempertahankan keanekaragaman genetik suatu populasi sangat penting dalam
suatu konservasi (Rimbawanto et al., 2012). Metode DNA barcoding ini diawali
 5

dengan tahap isolasi DNA total, dilanjutkan dengan tahap amplifikasi gen standar
ribulosa-1,5-bifosfat karboksilase (rbcL) atau maturase K(matK) menggunakan
Polymerase Chain Reaction (PCR) dan tahap sekuensing untuk mengidentifikasi
sekuens DNA barcode pada tumbuhan. Gen standar ini digunakan untuk
mempelajari keanekaragaman genetik tumbuhan berdasarkan sekuens DNA-nya.
Perbedaannya, gen matK lebih sulit diamplifikasi tetapi memberikan resolusi yang
lebih tinggi dalam membandingkan spesies tumbuhan, sedangkan gen rbcL lebih
mudah diamplifikasi, akan tetapi resolusinya rendah untuk dapat membedakan
beberapa spesies yang berkerabat dekat. Konfirmasi keberhasilan amplifikasi
fragmen gen dilakukan dengan visualisasi melalui elektroforesis. Fragmen gen
yang berhasil diamplifikasi akan dianalisis untuk sekuensing DNA (Hollingsworth
et al., 2011).

2.3. Penanda Molekuler ISSR dan trnL-F

Menurut Romeida et.al. (2012), penanda molekuler Inter Simple Sequence
Repeats (ISSR) merupakan salah satu penanda dengan motif sekuen berulang.
Ada kalanya terdapat penambahan sekuen nukleotida baik pada bagian ujung 3’
maupun ujung 5’ seperti (CA)8RG dan (CA)8RY. ISSR adalah fragmen DNA
dengan ukuran 100-3.000 bp berlokasi di antara wilayah mikrosatelit, wilayah
amplifikasi sekuen DNA yaitu pada inter-SSR bagian flanked genom secara
berlawanan pada area yang dekat dengan sekuen berulang (Zietkiewicz et al.,
1994). Keuntungan penggunaan marker ISSR antara lain (1) tidak dipengaruhi
musim dan lingkungan (Azrai, 2005), (2) hanya membutuhkan 5-50 ng cetakan
(template) DNA per reaksi, (3) ISSR tersebar di seluruh genom, (4) dapat
menghasilkan pola polimorfisme lebih tinggi dari pada RAPD (Guo et al., 2009),
(5) menghasilkan polimorfisme pada tingkat kultivar (Lu et al., 2011; Sanjay et
al., 2011), (6) bersifat dominan (Kumar, 2009), dan (7) dapat digunakan untuk
analisis keragaman genetik dan analisis kekerabatan (Trojanowska dan Bolibok,
2004).
Marka Inter Simple Seguence Repeats (ISSR) menggunakan Simple
Seguence Repeats sebagai primer dengan atau tanpa penambahan sekuen anchor
pada ujung 3’ atau 5’. Sekuen anchor berfungsi untuk menyesuaikan annealing
primer ke situs target DNA cetakan yang diapit oleh sekuen anchor yang
komplementer. Amplifikasi terjadi jika dua mikrosatelit sekuen berulang yang
sama, dalam orientasi terbalik, berlokasi cukup dekat satu sama lain sehingga
memungkinkan sekuen diantaranya untuk teramplifikasi (Pharmawati, 2009).
Marka ISSR terbukti potensial digunakan untuk mendeteksi keragaman
baik pada tingkat intraspecies maupun pada tingkat interspecies, antara lain :
ISSR digunakan untuk membentuk hubungan kekerabatan Grevillea, tanaman asli
Australia (Pharmawati et al., 2004), penentuan kekerabatan strawberry (Fragaria
x ananassa Duch) yang diambil dari Fruit Breeding Departmen’s, Research
Institute of Pomology and Floriculture, Polandia (Kuras et al., 2004), keragaman
 6

genetik gandum di Cina Barat (Hou et al., 2005), keragaman genetik jarak pagar
di India dan Meksiko (Basha dan Sujatha, 2007), serta variasi genetik Vigna
umbellata, tanaman leguminosae di daerah tropis yang dikoleksi dari Meghalaya
State, India (Muthusamy et al., 2008).
Intron trnL merupakan salah satu non coding-region pada genom
kloroplas yang sesuai untuk analisis filogenetik dari antar spesies sampai antar
famili (Kojoma, dkk., 2002). Pada tumbuhan tingkat tinggi intron trnL merupakan
intron grup satu yang tidak mengalami self-splicing (Simon dkk., 2003). Hal
inilah yang menyebabkan intron trnL pada tumbuhan tingkat tinggi mempunyai
variasi sekuen yang tinggi bila dibandingkan dengan intron trnL pada
Cyanobacteria (Basendahl dkk., 2000).
trnL-F merupakan daerah yang terbentang dari trnL (UAA) 5’ ekson
hingga trnF (GAA) (Adjie et al., 2008). Gen plastid trnL (UAA) dan trnF (GAA)
merupakan gen pengkode RNA transfer dan di antara kedua gen tersebut terdapat
sekitar 1.000 bp sekuen daerah non-pengkode (intron dari trnL (UAA) dan
intergenic spacer (IGS) dari trnL-trnF (GAA)) (Gambar 2.3) (Holt et al., 2005).
Daerah non-pengkode tersebut merupakan daerah yang menunjukkan
frekuensi mutasi paling tinggi dan mudah diamplifikasi maupun disekuen secara
langsung karena ukurannya yang tidak terlalu panjang (Taberlet et al., 1991).
Daerah non-pengkode pada genom kloroplas ini dianggap lebih sesuai untuk studi
filogenetik mulai dari tingkatan di dalam jenis hingga antar suku dibanding plastid
non-pengkode lainnya (Tsai et al., 2006). Daerah trnL-F (intron dan IGS) ini
dapat menghubungkan banyak sekuen melalui perbandingan basis data di tingkat
marga pada hampir seluruh keturunan tumbuhan darat. trnL-F IGS juga lebih
sesuai untuk identifikasi jenis pada tumbuhan paku dibandingkan dengan rbcL (Li
et al., 2009). Daerah trnL-F ini diharapkan dapat menjadi pengganti matK dan
kombinasinya dengan gen rbcL akan memenuhi kualitas yang dibutuhkan untuk
membentuk barcode yang kuat bagi identifikasi jenis pada tumbuhan paku (de
Groot et al., 2011).
 7

BAB 3. METODE PENELITIAN

3.1. Pengambilan Sampel Daun

Informasi letak tanaman Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.)
didasarkan penelitian sebelumnya (Harsono, 2016). Pengambilan sampel daun
Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.) dari 15 spesies secara random
sampling di setiap kabupaten yang telah ditentukan di Sumatera Utara, yaitu
Kabupaten Simalungun, Kabupaten Humbang Hasundutan dan Kabupaten Dairi
dan selanjutnya dianalisis secara molekuler di Laboratorium Molekuler
Universitas Negeri Medan.

3.2. Isolasi DNA

Isolasi DNA menggunakan DNA extraktion kit (Ilustra Phytopure). Sampel
daun ditimbang sebanyak 0,5 gr kemudian digerus menggunakan mortar steril dan
diberi tambahan 500 l Reagen Phytopure I ke dalam mortar hingga sampel
menjadi halus. Campuran sampel dan reagen tersebut dituang kedalam tube 1,5 ml
dan ditambahkan Reagen Phytopure II sebanyak 200 l, divortex hingga homogen
dan diinkubasi pada suhu 650C selama 10 menit dan didiamkan di dalam es
selama 20 menit. Setelah itu, menambahkan 500 l cloroform dingin dan 50 l
Reagen Resin Phytopure ke dalam tube. Tahap selanjutnya, campuran
disentrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan 3000 rpm. Supernatan yang
dihasilkan dipindahkan ke dalam tube 1,5 ml yang baru dan diberi tambahan
isopropyl alcohol dengan perbandingan supernatan : isopropyl alcohol = 1:1
kemudian vortex hingga homogen, kemudian dilanjutkan kembali sentrifugasi
selama 10 menit dengan kecepatan 10.000 rpm. Supernatan yang dihasilkan
dibuang dan tertinggal pelet yang transparant di dasar tube. Pelet dicuci
menggunakan 100 l ethanol 70%. Pencucian dilakukan tiga kali dengan
membuang supernatan setelah sentrifugasi. Pelet kemudian dikering anginkan dan
ditambahkan dengan 50 l TE Buffer 1x untuk storage.

3.3. PCR ISSR dan PCR trnL-F

PCR (polymerase chain reaction) menggunakan penanda ISSR dilakukan
dengan menggunakan primer 5 primer ISSR (Zietkiewicz et al., 1994)
menggunakan PCR mix 2G Fast Ready Mix with Dye (KAPA BIOSYSTEMS),
ddH2O, dan DNA template. Reaksi PCR dilakukan dengan mencampurkan 10 l
PCR mix, 2,5 l primer, 2,5 l DNA template, dan 5 l ddH2O dengan total
volume 20 l ke dalam PCR tube 0,2 ml. PCR menggunakan penanda sekuen
trnL-F dilakukan dengan menggunakan primer trnL-F forward 5’-GGTTCAAGT
CCCTCTATCCC -3’ dan primer trnL-F reverse 5’-ATTTG AACTGGTGACAC
GAG -3 dengan total reaksi PCR 50 l (5l primer forward, 5l primer reverse, 5
DNA template, 10 l ddH2O, 25 l PCR mix).
 8

Reaksi PCR diprogram dengan formula predenaturasi pada suhu 970C

selama 3 menit, kemudian dilanjutkan dengan 35 siklus PCR yang terdiri
denaturasi (950C selama 1 menit), annealing (360C selama 1 menit) dan
elongation (720C selama 2 menit). Tahapan diakhiri dengan post-elongation pada
suhu 720C selama 5 menit. Produk PCR kemudian disimpan dalam lemari es
untuk storage.

3.4. Visualisasi hasil PCR, Scoring dan Sekuensing

Visualisasi hasil PCR menggunakan gel agarose 1% (1 gram agarose dan
100 ml buffer TBE) yang telah diberi SYBR ® Safe DNA Gel Stain sebanyak 4
l. sebanyak 6 l produk PCR di running bersama dengan marker 100 bp DNA
Ladder menggunakan elektroforesis dengan tegangan 100 Volt selama 45 menit.
Visualisasi pita yang muncul dilakukan dengan menggunakan Gel
Documentation. Visualisasi hasil PCR ISSR akan di scoring dengan
menggunakan software Gel Pro Analyzer. Visualisasi hasil PCR trnL-F akan di
kirim ke First Base DNA Sequencing Service untuk disekuensing.

3.5. Analisis Data Mokuler

Data molekuler berupa hasil scoring akan dianalisis menggunakan software
NTSys 3.1 untuk membangun dendogramnya, data berupa hasil sekuensing akan
dianalisis menggunakan software BioEdit 7.0.1 untuk membentuk sekuen
konsensus dan menggunakan software MEGA 6.06 untuk membangun pohon
filogenetik berdasarkan sekuen DNA yang diperoleh dengan tambahan data
sekuen dari GeneBank.
 9

BAB 4. BIAYA DAN JADWAL KEGIATAN

4.1. Anggaran Biaya

Tabel 4.1. Anggaran Biaya

No. Jenis Pengeluaran Biaya
1. Peralatan Penunjang Rp 3.123.000,-
2. Bahan Habis Pakai Rp 4.375.000,-
3. Perjalanan Rp 3.125.000,-
4. Lain-lain Rp 1.875.000,-
Jumlah Rp 12.000.000,-

4.2. Jadwal Kegiatan

Tabel 4.2. Jadwal Kegiatan

Bulan
Jenis
No. 1 2 3 4
Kegiatan
1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3 4
Persiapan
Diskusi
1.
Studi Literatur
Presurvey
Pelaksanaan
Pengumpulan
Data
2
Interpretasi
Data Dan
Analisis Data
Membuat
3
Laporan
Seminar/
4
Publikasi
 10

DAFTAR PUSTAKA

de Groot, G. A. 2011. Use of rbcL and trnL-F as a Two-Locus DNA Barcode for
Identification of NW European Ferns: an Ecological Perspective. PloS ONE
6 (1):e16371. DOI : 10.1371/journal.pone.0016371.
Harsono et.al. 2016. Analisis Spasial Geografi Dan Maximum Entropy Untuk
Menentukan Zona Konservasi In Situ Pada Andaliman (Zanthoxylum
Acanthopodium Dc.) Di Sumatera Utara. Seminar Nasional Perhimpunan
Ilmu Pemuliaan Indonesia. Abstrak. Strategi Pemuliaan dalam
Mengantisipasi Perubahan Iklim Global.
Hollingsworth, P.M., S.W. Graham, dan D.P. Little. 2011. Choosing and using a
plant DNA barcode. PloS ONE. 6:e19254.
Khoiriah, N. 2009. Kultur Jaringan Daun Andaliman (Zanthoxylum
acanthopodium DC.) dengan Perlakuan EMS (Ethyl Methana Sulphonate).
Skripsi. Departemen Biologi, FMIPA, Universitas Sumatera Utara.
Miftakhurohmah dan Sintha, S. 2009. Potensi Andaliman Sebagai Sumber
Antioksidan dan Antimikroba alami. Warta Penelitian dan Pengembangan
Tanaman Industri, 15(2).
Muthusamy, S., Kanagarajan, S., dan Ponnusamy, S. 2008. Efficiency of RAPD
and ISSR Marker System in Accessing Genetic Variation of Rice Bean
(Vigna umbellata) Landraces. Electronic Journal of Biotechnology. 11 (3) :
1 – 8.
Napitupulu, B., Sortha, S., dan Mery, S., 2004. Potensi Andaliman sebagai Food
Additive Tradisional Etnis Batak Sumatera Utara. BPTP Sumatera Utara.
Medan, hlm. 53-56.
Nina, 2011. Istimewanya Ikan Arsik. Republika Edisi Ahad.
Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 81 Tahun 2014 Tentang Rencana
Tata Ruang Kawasan Danau Toba dan Sekitarnya.
Pharmawati M. 2009. Optimalisasi ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada Grevilla
spp (Proteaceaceae). Jurnal Biologi XIII (1): 12-16
Simatupang, Karmel Hebron. 2016. Keuntungan Danau Toba jadi Geopark Global
GGN. http://medan.tribunnews.com. (Diakses pada tanggal 7 September
2016 jam 17.30 WIB)
Siregar, B. L. 2012. Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC) dan Potensi
Pemanfaatannya. Majalah Ilmiah Media Unika. 84(2) : 123-132
Siregar, BL. 2002. Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.) di Sumatera
Utara: Deskripsi dan Perkecambahan. Hayati. Vol. 10, No. 1: 38-40
Soltis, D. E. and. Soltis, P. S. 2000. Contributions of Plant Molecular Systematics
to Studies of Molecular Evolution. Plant Molecular Biology 42:45-75.
Suriawati, J. dan Kristanty, RE. 2015. The Indonesian Zanthoxylum
acanthopodium DC. : Chemical and Biological Values. International
Journal of PharmTech Research Vol. 8, No. 6: 313-321
LAMPIRAN-LAMPIRAN
Lampiran 1. Biodata Ketua dan Anggota dan Dosen Pembimbing

1. Biodata Ketua
A. IDENTITAS DIRI
1. Nama Lengkap Johannes S. Manurung
2. Jenis kelamin L
3. Program Studi Biologi
4. NIM 4153220009
5. Tempat Tanggal lahir Sidikalang, 15 Maret 1997
6. Email Johannesmanurung1597@gmail.com
7. Nomor telepon /Hp 082276053727

B. RIWAYAT PENDIDIKAN
SD SMP SMA
Nama Institusi SD Negeri 034782 SMPN 3 SMA N 2
Sidikalang Sidikalang Sidikalang
Jurusan - - IPA
Tahun Masuk- 2002-2008 2008-2011 2011-2014
Lulus

C. PEMAKALAH SEMINAR ILMIAH (Oral Presentation)

No. Nama Pertemuan Judul Artikel Ilmiah Waktu dan
Ilmiah/Seminar tempat
1. -

D. PENGHARGAAN DALAM 10 TAHUN TERAKHIR

No Jenis penghargaan Institusi pemberi penghargaan Tahun
1. Lomba Cerdas HMJ-BIOLOGI UNIVERSITAS 2016
Cermat Biologi NEGERI MEDAN

Semua data yang saya isikan dan tercantum dalam biodata ini adalah benar dan
dapat dipertanggungjawabkan secara hukum. Apabila di kemudian hari ternyata
dijumpai ketidak-sesuaian dengan kenyataan, saya sanggup menerima sanksi.
Demikian biodata ini saya buat dengan sebenarnya untuk memenuhi salah satu
persyaratan dalam pengajuan Hibah Program Kreativitas Mahasiswa Penelitian.

Medan, 21 Nopember 2017

Pengusul

(Johannes S. Manurung)
 2. Biodata Anggota 1

A. IDENTITAS DIRI
1. Nama Lengkap Hary Prakasa
2. Jenis kelamin L
3. Program Studi Biologi
4. NIM 4143220011
5. Tempat Tanggal lahir Kisaran, 19 November 1996
6. Email haryprakasa425@gmail.com
7. Nomor telepon /Hp 085830950188

B. RIWAYAT PENDIDIKAN
SD SMP SMA
Nama Institusi SD Negeri SMP N 2 SMA N 3
017973 Kisaran Kisaran Kisaran
Jurusan - - IPA
Tahun Masuk- 2002-2008 2008-2011 2011-2014
Lulus

C. PEMAKALAH SEMINAR ILMIAH (Oral Presentation)

No. Nama Pertemuan Judul Artikel Ilmiah Waktu dan
Ilmiah/Seminar tempat
1. Seminar Nasional Analisis spasial 20 Juli 2016 di
Perhimpunan Ilmu Geografi dan Ballroom
Pemuliaan Indonesia Maximum Entropy Hotel The
(PERIPI) Untuk Menentukan Premiere
Zona Konservasi In Pekanbaru
Situ pada Andaliman
(Zanthoxylum
acanthopodium DC.)
di sumatera utara

D. PENGHARGAAN DALAM 10 TAHUN TERAKHIR

No Jenis penghargaan Institusi pemberi Tahun
penghargaan
1. Penerima Dana Hibah MENRISTEKDIKTI 2016
Dikti 2016
2. Penerima Dana Hibah LEMBAGA 2017
Lemlit 2017 PENELITIAN
UNIVERSITAS
NEGERI MEDAN
 (LEMLIT UNIMED)

Semua data yang saya isikan dan tercantum dalam biodata ini adalah benar dan
dapat dipertanggungjawabkan secara hukum. Apabila di kemudian hari ternyata
dijumpai ketidak-sesuaian dengan kenyataan, saya sanggup menerima sanksi.
Demikian biodata ini saya buat dengan sebenarnya untuk memenuhi salah satu
persyaratan dalam pengajuan Hibah Program Kreativitas Mahasiswa Penelitian.

Medan, 21 Nopember 2017

Pengusul

(Hary Prakasa)
 3. Biodata Anggota 2

A. IDENTITAS DIRI
1. Nama Lengkap Ulfa Jamily Tanjung
2. Jenis kelamin P
3. Program Studi Biologi
4. NIM 4161220024
5. Tempat Tanggal lahir Tanjung Marulak, 9 Agustus
1998
6. Email Ulfajamilytjg98@gmail.com
7. Nomor telepon /Hp 082272209458

B. RIWAYAT PENDIDIKAN
SD SMP SMA
Nama Institusi SD Negeri MTS Daarul MAS Daarul
106400 Janji Muhsisinin Kab. Muhsinin Kab.
Manahan Labura Labura
Jurusan - - IPA
Tahun Masuk- 2005-2010 2010-2013 2013-2016
Lulus

C. PEMAKALAH SEMINAR ILMIAH (Oral Presentation)

No. Nama Pertemuan Judul Artikel Waktu dan
Ilmiah/Seminar Ilmiah tempat
1. -

D. PENGHARGAAN DALAM 10 TAHUN TERAKHIR

No Jenis penghargaan Institusi pemberi Tahun
penghargaan
1. -

Semua data yang saya isikan dan tercantum dalam biodata ini adalah benar dan
dapat dipertanggungjawabkan secara hukum. Apabila di kemudian hari ternyata
dijumpai ketidak-sesuaian dengan kenyataan, saya sanggup menerima sanksi.
Demikian biodata ini saya buat dengan sebenarnya untuk memenuhi salah satu
persyaratan dalam pengajuan Hibah Program Kreativitas Mahasiswa Penelitian.

Medan, 21 Nopember 2017

Pengusul

(Ulfa Jamily Tanjung)

 4. Biodata Dosen Pembimbing

A. IDENTITAS DIRI
1. Nama Lengkap Dr. Tri Harsono M.Si
2. Jenis kelamin L
3. NIDN 0031126503
4. Tempat Tanggal lahir Tebing tinggi, 31 Desember 1965
5. Email Triharsonounimed@gmail.com
6. Nomor telepon /Hp 081370488042

B. RIWAYAT PENDIDIKAN
SD SMP SMA
Nama Institusi SDN 163095 SMPN 1 Tebing SMAN 1
Tebing tinggi tinggi Tebing tinggi
Jurusan - - IPA
Tahun Masuk- 1971-1977 1977-1981 1981-1984
Lulus

C. PEMAKALAH SEMINAR ILMIAH (Oral Presentation)

No. Nama Pertemuan Judul Artikel Ilmiah Waktu dan
Ilmiah/Seminar tempat
1. Seminar Nasional Karakterisasi 2 11 Mei 2012 di
Biologi FMIPA USU Varian Gandaria FMIPA
Medan (Bouea macrophylla Universitas
Griffith) Yang berasal Sumatera
dari Ambon dan Utara
Paluta (Sumut)
2. Semirata BKS PTN Gandaria (Bouea 11-12 Mei
Wilayah Barat Di macrophylla Griffith) 2012 di Hotel
Unimed Distribusi, Taksonomi Madani Medan
dan Pemanfaatan Di
Indonesia
3. Seminar Nasional Gandaria (Bouea 13 April
Biologi FMIPA USU Lindl.) di Malesia 2013di FMIPA
Medan Universitas
Sumatera
Utara
4. 9th Flora Male siana Distribution and 27-31 Agt
Symposium - Bogor Germplasm of Bouea 2013 IPB
(Anacardiaceae) in Convention
Malesia Center Bogor
 5. Semnas Biologi Unand- Jenis, Varian dan 14 September
Padang Persebaran Marga 2013. Kampus
Bouea Limau Manis
(Anacardiaceae) UNAND

D. PENGHARGAAN DALAM 10 TAHUN TERAKHIR

No Jenis penghargaan Institusi pemberi Tahun
penghargaan
1. -

Semua data yang saya isikan dan tercantum dalam biodata ini adalah benar dan
dapat dipertanggungjawabkan secara hukum. Apabila di kemudian hari ternyata
dijumpai ketidak-sesuaian dengan kenyataan, saya sanggup menerima sanksi.
Demikian biodata ini saya buat dengan sebenarnya untuk memenuhi salah satu
persyaratan dalam pengajuan Hibah Program Kreativitas Mahasiswa Penelitian.

Medan, 21 Nopember 2017

Dosen Pendamping

(Dr. Tri Harsono, M.Si.)

Lampiran 2. Justifikasi Anggaran Kegiatan

1. Peralatan Penunjang
Justifikasi Jumlah
Harga satuan
Material pemakai- Volume Biaya
No (Rp)
An (Rp)
Penyewaan
1. Kamera Digital 12 hari 1 unit 75.000/hari 900.000
Canon Eos
Pembelian PCR
2. 1 kali 1 pack 300.000/pack 300.000
tube
Penyewaan
1 ruang
3. Laboratorium 20 hari 100.000 2.000.000
lab
UNIMED
SUB TOTAL (Rp) 3.200.000

2. Bahan Habis Pakai

Jumlah
Justifikasi Harga
No Material Volume Biaya
pemakaian satuan (Rp)
(Rp)
DNA extraction
1. Kit 20 kali 1 unit 1.500.000 1.500.000
(Ilustra Phytopure)

2. PCR Master Mix 20 kali 1 unit 900.000 900.000

3. Primer ISSR 20 kali 1 unit 800.000 800.000

4. Primer trnL-F 20 kali 1 unit 180.000 200..000

5. Sequencing 20 kali 1 unit 1.100.000 1.100.000

SUB TOTAL (Rp) 4.400.000

3. Perjalanan
Harga
Justifikasi Jumlah
No Material Kuantitas satuan
perjalanan (Rp)
(Rp)
Biaya transportasi 5
1. 4 orang 100.000 2.000.000
perjalanan perjalanan
 Konsumsi 5
2. 4 orang 30.000 600.000
perjalanan perjalanan
SUB TOTAL (Rp) 2.600.000

4. Lain-lain
Jumlah
Justifikasi Harga
No Material Kuantitas Biaya
pemakaian satuan (Rp)
(Rp)
Penggandaan
1 3 kali 10 lembar 2.000 60.000
proposal
Penggandaan
2 1 kali 50 lembar 2.000 200.000
laporan
3 Publikasi/Seminar 1 kali 1 kali 1.400.000 1.400.000
4 Penjilidan laporan 5 kali 2 jilid 10.000 100.000
Pengadaan
5 1 kali 4 jilid 10.000 40.000
laporan akhir
SUB TOTAL (Rp) 1.800.000
Total Keseluruhan (Rp) 12.000.000
Lampiran 3. Susunan Organisasi Tim Kegiatan dan Pembagian Tugas

Alokasi
Program Bidang waktu Uraian
Nama /NIM
No Study ilmu (jam / kegiatan
minggu)
Ketua
Johannes S. pelaksana,
1 Manurung Biologi Biologi 10-12 koordinator di
/4153220009 tempat
penelitian
Mencatat dan
mengumpulkan
Hary Prakasa
2 Biologi Biologi 10-12 data
/4143220011
&
Documentasi
Ulfa Jamily
Penyusunan
3 Tanjung Biologi Biologi 10-12
artikel ilmiah
/4161220024
Lampiran 4. Surat Pernyataan Ketua

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI, DAN

PENDIDIKAN TINGGI
UNIVERSITAS NEGERI MEDAN
Jalan Williem Iskandar Psr V-Kotak Pos No.1589-Medan-20221
Telepon (061) 6613365, 6613276, 6618754 Fax (061) 6614002 –
6613319

SURAT PERNYATAAN KETUA PENELITI

Yang bertanda tangan di bawah ini:

Nama : Johannes S. Manurung
NIM : 4153220009
Program Studi : Biologi
Fakultas : Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

Dengan ini menyatakan bahwa proposal PKM-P saya dengan judul:

“DNA Barcoding Andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC.) di Sumatera
Utara Menggunakan Penanda ISSR dan trnL-F” yang diusulkan untuk tahun
anggaran 2017/2018 adalah asli karya kami dan belum pernah dibiayai oleh
lembaga atau sumber dana lain.

Bilamana di kemudian hari ditemukan ketidaksesuaian dengan pernyataan ini,

maka saya bersedia dituntut dan diproses sesuai dengan ketentuan yang berlaku
dan mengembalikan seluruh biaya yang sudah diterima ke kas negara.
Demikian pernyataan ini dibuat dengan sesungguhnya dan dengan sebenar-
benarnya.

Medan, 21 Nopember 2017

Mengetahui, Yang menyatakan,
Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan
Universitas Negeri Medan

(Drs. Mhd. Yusuf Nasution, M.Si) (Johannes S. Manurung)

NIP. 19631209 198903 100 5 NIM. 4153220009