PLASMID

ALHAWARIS
 Plasmid merupakan DNA ekstrakromosomal berukuran kecil dan berpilin
ganda yang dapat bereplikasi secara autonom (tidak seirama dengan
kromosom).

 Plasmid mengandung berbagai jenis dan jumlah gen serta jumlah salinan yang
bervariasi antar sel. Bahkan antar sel dalam satu spesies bakteri.

 Plasmid bukan merupakan genom sel. Plasmid tertentu dapat ditemukan dalam
sel-sel spesies yang berbeda dan dapat berpindah dari satu spesies ke spesies
(host) yang lain.

 Meskipun membawa informasi genetik, plasmid bukan bagian konstan yang

dibutuhkan untuk pertumbuhan dan pembelahan sel dalam kondisi normal.
BENTUK PLASMID
 Sebagian besar plasmid berbentuk sirkular
(lingkaran tertutup) berpilin ganda

 Ada pula plasmid yang memiliki struktur linear

(double stranded lurus) seperti yang ditemukan
pada Streptomyces sp and Borrelia sp

 Sebagian plasmid sirkular di dalam sel

membentuk struktur superkoil (covalently
closed cirkular DNA) untuk memudakan
pengepakan materi genetik secara efisien di
dalam sel

 Supercoiling pada plasmid dapat dibuka dengan

enzim topoisomerase yang memuat potongan
pada salah satu strand double helix plasmid
superkoil hingga plasmid terelaksasi dan kembali
membentuk DNA sirkuler biasa (open circular)

 Tujuan relaksasi plasmid superkoil adalah untuk

memudahkan enzim DNA polimerase mereplikasi
DNA plasmid yang mengalami supercoiling
KROMOSOM
 Mengandung sekitar 3000 gen
 Setiap 1 sel memiliki satu salinan
 Berlipat kuat dalam sel
 Mengkode gen-gen pertumbuhan
dan struktur sel

PLASMID
 Mengandung sekitar 5 – 100 gen
 Setiiap 1 sel memiliki 1 – ratusan
salinan
FUNGSI PLASMID PADA SEL ASAL
 Mengkode gen-gen tertentu, seperti
 Resistensi antibiotik
resistensi terhadap antibiotik
 Resistensi logam-logam berat
 Dalam keadaaan normal, apabila
 Faktor virulensi
plasmid dihilangkan, sel bakteri akan
 Adaptasi terhadap lingkungan
tetap mengalami pertumbuhan
 Fungsi metabolisme
 TIPE PLASMID

 WILD PLASMID. Ditemukan secara alami pada mikroorganisme

 RECOMBINANT PLASMID. Merupakan hasil kombinasi antara plasmid alami dengan bagian plasmid
atau gen lain yang berasal dari sel atau mikroorganisme lain.
 CRYPTIC PLASMID. Plasmid ini tidak memiliki gen yang berkontribusi pada fenotipe sel inang. Plasmid
ini biasanya memiliki gen untuk direplikasi sendiri.
 INTEGRATIVE PLASMID. Dapat berintegrasi dengan kromosom mikroorganisme dalam 1 sel. Dahulu
disenut episom.
 METABOLIC PLASMID. Membawa gen-gen yang dapat membantu metabolisme sel.
 VIRULENCE PLASMID. Membawa satu atau beberapa gen yang menyebabkan sifat virulensi pada
bakteri.
 CONJUGATIVE PLASMID. Memiliki gen-gen yang dapat menyebabkan plasmid mengalami
perpindahan ke sel lain.
 SUICIDE PLASMID. Plasmid yang ditransfer ke sel bakteri lain tetapi tidak mengalami replikasi lanjutan
 R (RESISTANCE) PLASMID. Membawa satu atau lebih gen-gen resiten antibiotik.
 COLICIN PLASMID. Mengkode gen-gen untuk mensintesis kolisin (bakteriosin).
 F (FERTILITY) PLASMID. Memiliki gen-gen yang berfungsi sebagai mediator perpindahan plasmid ke
sel lain .
 REPLIKASI PLASMID

REPLIKASI THETA
 Plasmid mengalami penggelembungan pada suatu titik
hingga nampak seperti lambang theta (ϴ)

 Proses replikasi DNA plasmid dimulai pada

situs/daerah khusus pada plasmid yang disebut oriV
(origin of replication, V berarti vegetative growth)

 Replikasi theta plasmid dimulai dengan membukanya

lilitan double strand DNA plasmid pada oriV yang
dilanjutkan dengan pembuatan primer oleh RNA
polimerase pada oriV tersebut. Selanjutnya, DNA
polimerase III mulai menyintesis untai baru DNA
plasmid
Mechanism of theta mode of replication in E.coli
 REPLIKASI PLASMID

ROLLING CIRCLE REPLICATION

 Replikasi secara utuh yang terjadi pada satu utas DNA plasmid
induk, setelah utas tersebut lengkap direplikasi, satu utas induk lain
terlepas.

 Utas yang terlepas direplikasi menjadi DNA plasmid utuh secara

otonom dari pasangan awalnya.

 Molekul-molekul utama yang terlibat dalam proses ini antara lain:

 Rep protein: Protein yang memiliki fungsi membuka utas ganda
plasmid dan menstabilkan pembukaan itu dengan mengikat
asam amino tirosinnya pada ujung fosfat DNA plasmid (5′)
 DNA Pol III: Enzim yang menyintesis untai baru DNA plasmid
 Enzim ligase: Melengkapi proses sintesis DNA plasmid pada
akhir tahap dua
 Enzim Helicase: Melepaskan untaian ganda DNA
Rolling Circle Replication
PERKEMBANGBIAKAN BAKTERI
ASEKSUAL SEKSUAL

KONJUGASI

• Perpindahan DNA dari satu sel (sel donor)

ke dalam sel bakteri lainnya (resipien)
melalui kontak fisik antar kedua sel

TRANSFORMASI

• Pengambilan DNA oleh bakteri dari

lingkungan di sekelilingnya

TRANSDUKSI

• Pemindahan DNA dari satu sel ke sel

lainnya
KONJUGASI
 An F+ (contains "fertility factor", a small circular DNA molecule) E. coli cell can "donate" parts of its
chromosome to a recipient (F-) cell through a conjugation tube called a sex pilus. This conjugation
produces recombinant DNA in the recipient, which also becomes F+.
TRANSFORMASI
TRANSDUKSI
EcoRI  Escherichia coli strain R, 1st enzyme

BamHI  Bacillus amyloliquefaciens strain H, 1st enzyme

DpnI  Diplococcus pneumoniae, 1st enzyme

HindIII  Haemophilus influenzae, strain D, 3rd enzyme

BglII  Bacillus globigii, 2nd enzyme

PstI  Providencia stuartii 164, 1st enzyme

Sau3AI  Staphylococcus aureus strain 3A, 1st enzyme

KpnI  Klebsiella pneumoniae, 1st enzyme

KINERJA ENZIM RESTRIKSI
T
E
K
N
I
K

R TRANSFORMASI
E
K
O
M
B
I
N
A
N
 SELEKSI KLON

SELEKSI MENGGUNAKAN ANTIBIOTIK

 SELEKSI KLON

SELEKSI BERDASARKAN AKTIVITAS ENZIM β-GALAKTOSIDASE

(SELEKSI PUTIH-BIRU)
 DETEKSI KEBERADAAN DNA SISIPAN

1. Polymerase Chain Reaction (PCR)  Elektroforesis

Contoh:

2. Sequencing
 Bandingkan urutan nukleotida DNA rekombinan hasil sequencing dengan
urutan DNA sisipan asal  Program BLAST dari NCBI