“MEKANISME PEMBENTUKAN GERMACRADIENOL DARI

FARNESYL DIFOSFAT (FPP) DENGAN KATALIS

GERMACRADIENOL SINTASE/GEOSMIN SINTASE DALAM
SINTESIS SENYAWA GEOSMIN”

MAKALAH SEMINAR KIMIA

Diajukan Sebagai Syarat dalam Menyelesaikan

Mata Kuliah Seminar Kimia

OLEH :
REZKI FABILLA DANDULANA
1605115132

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN KIMIA

JURUSAN PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN IPA
FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS RIAU
PEKANBARU
2019

KATA PENGANTAR
 Puji syukur penulis ucapkan kehadirat ALLAH SWT, karena berkat
rahmat, hidayah dan izin-Nya penulis dapat menyelesaikan makalah seminar
kimia yang berjudul “Mekanisme Pembentukan Germacradienol dari
Farnesyl Difosfat (FPP) Dengan Katalis Germacradienol Sintase/Geosmin
Sintase dalam Sintesis Senyawa Geosmin”. Makalah ini diajukan sebagai salah
satu syarat untuk menyelesaikan mata kuliah seminar kimia pada Program Studi
Pendidikan Kimia FKIP Universitas Riau.

Makalah ini disusun, tidak lepas dari bantuan dan bimbingan dari beberapa
pihak. Pada kesempatan ini dengan ketulusan dan kerendahan hati, penulis
mengucapkan terimakasih kepada:

1. Ibu Dr. Susilawati, S.Si, M.Si dan bapak Drs. H. Johni Azmi, MS
selaku dosen Pengampu mata kuliah Semiar Kimia yang telah banyak
meluangkan waktu, fikiran dan tenaganya guna memberikan
bimbingan dan arahan kepada penulis sehingga makalah ini dapat
selesai dengan baik.
2. Bapak dan Ibu dosen Pendidikan Kimia yang telah mendidik dan
mencurahkan ilmunya kepada penulis selama ini.
3. Para sahabat dan rekan mahasiswa yang telah banyak membantu dan
memberikan dukungan kepada penulis.

Penulis menyadari bahwa dalam penyusunan makalah ini masih banyak

terdapat kekurangan, untuk itu diharapkan saran dan masukan dari pembaca agar
dapat memberikan kesempurnaan pada makalah ini.

Pekanbaru, April 2019

Penulis

DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR ................................................................................ i

DAFTAR ISI ............................................................................................... ii

DAFTAR GAMBAR .................................................................................. iii

RINGKASAN .............................................................................................. iv

BAB I PENDAHULUAN ............................................................................ 1

BAB II TINJAUAN PUSTAKA ................................................................ 2

2.1 Geosmin....................................................................................... 2

2.1.1 Geosmin tergolong Terpenoid............................................. 2

2.1.2 Geosmin dihasilkan oleh Streptomyces............................... 3

2.2 Germacradienol Sintase............................................................... 4

2.2.1 Enzim................................................................................... 4

2.2.1.1 Klasifikasi Enzim.............................................................. 5

2.2.2 Geosmin Sintase/Germacradienol Sintase........................... 6

2.3 Reaksi Adisi................................................................................. 8

2.3.1 Reaksi Hidrasi...................................................................... 9

BAB III MEKANISME PEMBENTUKAN GERMACRADIENOL

DARI FARNESYL DIFOSFAT (FPP) DENGAN KATALIS
GERMACRADIENOL SINTASE/GEOSMIN SINTASE DALAM
SINTESIS SENYAWA GEOSMIN............................................................ 10
3.1 Reaksi Umum............................................................................... 10
3.2 Reaksi Enzimatis Pembentukan Germacradienol........................ 11
3.3 Reaksi Adisi dan Hidrasi Pembentukan Geosmin....................... 11
BAB IV KESIMPULAN ............................................................................. 12

DAFTAR PUSTAKA

DAFTAR GAMBAR
Gambar 2.1........................................................................................................... 2

Gambar 2.2........................................................................................................... 4

Gambar 2.3........................................................................................................... 5

Gambar 2.4........................................................................................................... 7

Gambar 2.5........................................................................................................... 8

Gambar 2.6........................................................................................................... 8

Gambar 2.7........................................................................................................... 9

Gambar 3.1........................................................................................................... 10

Gambar 3.2........................................................................................................... 11

Gambar 3.3........................................................................................................... 12

Gambar 3.4........................................................................................................... 13

Gambar 3.5........................................................................................................... 13

Gambar 3.6........................................................................................................... 14

Gambar 3.7........................................................................................................... 14

Gambar 3.8........................................................................................................... 15

Gambar 3.9........................................................................................................... 15

RINGKASAN
 Aroma khas yang terhirup pada saat hujan turun di tanah kering diberi nama
Petrichor. Aroma tersebut bukanlah aroma dari air hujan melainkan campuran
senyawa-senyawa kimia yang terdapat di tanah. Penghasil utama aroma petrichor
ini adalah senyawa bernama Geosmin. Geosmin dihasilkan oleh bakteri
Streptomyces, sebuah bakteri yang tergolong sebagai Actinobacteria yang hidup
di tanah. Geosmin merupakan senyawa terpenoid-alkohol bisiklik dengan rumus
molekul C12H22O. Senyawa geosmin disintesis dari bakteri streptomyces
coelicolor yang menghasilkan senyawa farnesyl difosfat ketika ia mati. Diketahui
bahwa sebuah enzim bifungsional mampu merubah farnesyl difosfat menjadi
germacradienol, senyawa prekusor geosmin, yang kemudian diubah menjadi
geosmin melalui rangkaian reaksi adisi dan hidrasi. Senyawa geosmin yang
terbentuk bersifat volatil yang mampu menghasilkan aroma walaupun dengan
konsentrasi yang sangat kecil.

Kata Kunci: sintesis, geosmin, germacradienol, geosmin

sintase/germacradienol sintase, reaksi adisi, reaksi hidrasi, Streptomyces.

BAB I
PENDAHULUAN
 Hujan adalah proses kondensasi uap-uap air di atmosfir, yang cukup berat
untuk jatuh ke daratan. Hujan biasanya didahului dengan hadirnya awan
mendung, kilat, dan suhu dingin. Cuaca sejuk yang dibawa oleh hujan mampu
memberikan suasana terapi yang menenangkan bagi manusia.
Salah satu terapi alami yang disajikan oleh hujan adalah aroma khas yang
timbul ketika air hujan jatuh di tanah yang kering. Aroma tersebut bukanlah
aroma yang dibawa oleh air hujan, melainkan campuran dari bahan-bahan kimia.
Nama yang diberikan untuk aroma khas tersebut adalah petrichor.
Masyarakat yunani kuno percaya bahwa aroma tersebut berasal dari darah
yang mengalir di nadi para dewa dalam mitologi. Namun pada tahun 1964 peneliti
CSIRO, Isabel Joy Bear, dan Roderick G. Thomas menjelaskan bahwa bau
tersebut berasal dari minyak yang dikeluarkan dari tumbuhan tertentu saat cuaca
kering, kemudian diserap oleh tanah dan batuan yang terbentuk dari tanah liat.
Ketika hujan turun, minyak tersebut dilepaskan ke udara bersama suatu senyawa
bernama Geosmin, produk sampingan metabolisme aktino bakteria, yang
dikeluarkan oleh tanah basah dan menghasilkan bau yang unik. Geosmin
bertanggung jawab atas bau khas tanah yang lembab dan rasa tak sedap pada air
minum dan bahan makanan. Beberapa peneliti juga mengatakan bahwa geosmin
berperan pada rasa lumpur yang khas pada ikan yang hidup di air tawar (Dhrubo,
2016).
Besarnya peran geosmin sebagai penyumbang bau petrichor ini menarik
minat penulis untuk membahas proses pembentukannya dari streptomyces
coelicolor yang ketika mati menghasilkan senyawa Farnesyl Difosfat, yang akan
penulis bahas dalam makalah berjudul “Mekanisme Pembentukan
Germacradienol dari Farnesyl Difosfat (FPP) Dengan Katalis
Germacradienol Sintase/Geosmin Sintase dalam Sintesis Senyawa Geosmin”

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Geosmin
Geosmin yang namanya berarti “bau bumi”, merupakan sebuah senyawa
volatil metabolit mikroba yang bertanggung jawab atas bau khas dari tanah basah
ataupun tanah yang baru dibajak. Geosmin dihasilkan oleh beberapa
mikroorganisme, mencakup sebagian besar Streptomyces dan beberapa spesies
cyanobakteria, myxobacteria, dan jamur (Jiang, 2007).
Dalam ranah kimia, geosmin merupakan alkohol bisiklik dengan rumus kimia
C12H22O, dan merupakan salah satu turunan terpenoid.

Sumber:www.wikipedia.com
Gambar 2.1 Geosmin
Geosmin dihasilkan oleh bakteri gram positif Streptomyces, genus
Actinobakteria dari ordo Actinomycetales, geosmin dilepaskan saat
mikroorganisme ini mati (Gerber, 1965).
Geosmin memiliki nama IUPAC (4S,4aS,8aR)-4,8a-
dimethyloctahydronaphthalen-4a(2H)-ol. Memiliki rumus kimia C12H22O dan
berat molar 187,307 g mol-1 dengan titik didih 270-271oC (Wikipedia, 2019).

2.1.1 Geosmin tergolong Terpenoid

Menurut Ralp J. Fessenden dalam buku Kimia Organik (1986), senyawa
terpene awalnya ditemukan berdasarkan ketertarikan ilmuwan terhadap ciri khas
minyak terpentin yang memiliki perbandingan banyaknya atom karbon dan
hidrogen 5:8. Maka hasil alam lain dengan rasio karbon-hidrogen sebesar 5:8
dikelompokkan sebagai terpena.
Definisi awal dari terpena kemudian dikembangkan lagi untuk mencakup
semua senyawa yang mengandung satuan-satuan kerangka isoprena. Terpena
dapat mengandung dua, tiga atau lebih satuan isoprena. Molekul-molekulnya
dapat berupa rantai terbuka ataupun siklik. Mereka dapat mengandung ikatan
rangkap, gugus hidroksil, gugus karbonil, atau gugus fungsional lainnya. Struktur
mirip-terpena yang mengandung unsur-unsur lain di samping C dan H disebut
terpenoid.
Terpena dikategorikan berdasarkan banyaknya pasangan satuan isoprena yang
dikandungnya:
Monoterpena : dua satuan isoprena
Seskuiterpena : tiga satuan isoprena
Diterpena : empat satuan isoprena
Triterpena : enam satuan isoprena
Tetraterpena : delapan satuan isoprena
(Ralp J. Fessenden, 1986)
Berdasarkan bentuk molekul dan rumus kimianya, geosmin (C12H22O)
termasuk dalam golongan monoterpena dengan jumlah isoprena sebanyak dua
satuan.

2.1.2 Geosmin dihasilkan oleh Streptomyces

Geosmin dihasilkan dari bakteri streptomyces yang dilepaskan setelah bakteri
tersebut mati. Streptomyces adalah bakteri gram positif yang menghasilkan spora
yang dapat ditemukan di tanah. Bakteri ini nonmotil dan berfilamen. Selain
ditemukan pada tanah, bakteri ini juga dapat ditemukan pada tumbuhan yang
membusuk (Madigan MT, 2006).
Streptomyces berkoloni keras, berbulu dan tidak/jarang berpigmen.
Streptomyces adalah organisme kemoheteroorganotrof yaitu organisme yang
mampu menggunakan materi organik yang kompleks sebagai sumber karbon dan
energi. Materi yang mereka dapatkan berasal dari degradasi molekul ini di dalam
tanah. karena sifat ini bakteri ini penting untuk menjaga tekstur dan kesuburan
tanah (Paustian T, 2008).
Streptomyces jarang bersifat patogen, tetapi beberapa spesies seperti S.
somaliensis dan S. sudanensis dapat menyebabkan mycetoma serta dapat
menyebabkan penyakit scabies pada tanaman disebabkan oleh S. caviscabies dan
S. scabies (Paredes MGP, 2007).
 Sumber:www.wikipedia.com
Gambar 2.2 Streptomyces

Berikut merupakan klasifikasi saintifik dari bakteri Streptomyces Coelicolor.

Nama : Streptomyces Coelicolor
Domain : Bakteria
Filum : Actinobacteria
Ordo : Actinomycetales
Family : Streptomycetaceae
Genus : Streptomyces
Species : S. Coelicolor

2.2 Germacradienol Sintase

Reaksi pembentukan Geosmin melewati dua tahap reaksi yakni enzimatis dan
reaksi adisi (hidrasi). Dalam reaksi enzimatis tentunya terdapat enzim yang
berperan untuk mengkatalisis proses reaksi. Enzim ini bernama Germacradienol
Sintase. Sebelum ditinjau tentang Germacradienol Sintase, perlu diketahui terlebih
dahulu apa itu enzim.

2.2.1 Enzim
Enzim adalah biomolekul berupa protein yang berfungsi sebagai katalis dalam
suatu reaksi kimia organik. Semua proses biologis sel memerlukan enzim agar
dapat berlangsung dengan cukup cepat dalam suatu arah lintasan metabolisme
(Grisham,1999).
 Untuk aktivitas biologis, beberapa enzim memerlukan gugus-gugus prostetik,
atau kofaktor. Kofaktor ini merupakan bagian non-protein dari enzim itu yang
dapat berupa ion logam sederhana seperti ion tembaga dan ion magnesium.
Sedangkan gugus prostetik organik seringkali dirujuk sebagai koenzim, contohnya
Koenzim A pada jalur metabolisme (Ralp J. Fessenden,1986).
Menurut Johni Azmi dalam buku ajar Biokimia 1 (2016), mekanisme reaksi
enzim sulit untuk diramalkan karena begitu kompleknya molekul yang berperan.
Tetapi dapat dilakukan dengan pendekatan teori Lock and Key dan Induction Fit.

Sumber: http//tatangsma.com
Gambar 2.3 Teori Lock and Key dan Induced
Teori lock and key menganggap substrat sebagai anak kunci mempunyai
gugus fungsi yang sesuai dengan sisi aktif dari enzim, sehingga reaksi langsung
terjadi. Sedangkan mekanisme induced fit yaitu substrat mempunyai gugus fungsi
yang berbeda dengan sisi aktif enzim, tetapi gugus fungsi dari substrat ini akan
menekan gugus aktif enzim sehingga terjadi kesesuaian antara kedua gugus
tersebut sehingga reaksi berlangsung (Johni A, 2016).
2.2.1.1 Klasifikasi Enzim
Klasifikasi enzim didasarkan pada jenis reaksi yang dikatalisisnya. Berikut
klasifikasi enzim yang diusulkan oleh Komisi Enzim dari Uni Biokimia
International tahun 1961, yaitu:
1. Oksidoreduktase, mengkatalisis reaksi oksidasi reduksi atau
dehidrogenase dan oksidase.
2. Transferase, mengkatalisis pemindahan atau transfer gugus dari satu
senyawa ke senyawa lain.
3. Hidrolase, mengkatalisis reaksi-reaksi hidrolisis dengan pemisahan
ikatan kovalen dengan memecah satu molekul air.
 4. Liase, mengkatalisis reaksi yang mengeluarkan suatu gugus dari
substrat bukan dengan cara hidrolisis atau sebaliknya.
5. Isomerase, mengkatalisis pemindahan gugus di dalam molekul untuk
membentuk suatu isomer.
6. Ligase, mengkatalisis pembentukan ikatan, yang menyebabkan produk
substrat lebih besar dari substrat awal.

2.2.2 Geosmin Sintase/Germacradienol Sintase

Geosmin sintase/germacradienol sintase termasuk dalam kelas enzim liase.
Dalam fisiologi, liase adalah enzim yang secara katalitik membantu dalam
memutus berbagai ikatan kimia melalui reaksi “eliminasi”, selain hidrolisis dan
oksidasi. Reaksi ini sering menghasilkan pembentukan struktur siklik baru atau
ikatan rangkap baru, dan reaksi balik yang disebut “adisi Michael” juga mungkin
terjadi di bawah katalisis liase.
Untuk mendapatkan ikatan rangkap atau pun cincin baru, liase bekerja pada
substrat tunggal dan sebuah molekul di eliminasi. Liase secara sistematis dinamai
“grup substrat-liase”, seperti decarboxylase, dehydratase, aldolase, dll. Ketika
suatu produk lebih signifikan, sintase dapat disematkan dalam namanya seperti
phosphosulfolactate sintase (Creative Enzymes, 2011).
Geosmin sintase dari bakteri tanah Streptomyces coelicolor (ScGS) adalah
enzim sesquiterpen/terpenoid siklase bifungsional dengan panjang sekitar 726
asam amino yang mengkatalisis perubahan farnesyl difosfat (FPP) menjadi
geosmin, aseton, dan difosfat, dengan kofaktor Mg2+ (Golda,2015).
Farnesyl difosfat/farnesyl pirofosfat (FPP) adalah senyawa intermediat yang
terdapat baik di dalam jalur mevalonat maupun non-mevalonat yang digunakan
oleh organisme dalam biosintesis terpena, terpenoid dan sterol (Davis, 2000).
Sisi aktif dari bagian N-terminal-nya mengkatalisis siklisasi yang bergantung
pada ionisasi farnesyl difosfat untuk membentuk difosfat dan dua produk siklik:
germacradienol (produk utama 85%) dan germacrene D (produk sampingan 15%).
 Setelah ioniasi dari N-terminal, germacradienol diikat kembali pada sisi aktif
C-terminal yang kemudian diubah menjadi geosmin melalui siklisasi dengan
protonasi disertai dengan dilepaskannya aseton.
Sisi aktif N-terminal dari geosmin sintase adalah Tyrosin 326, Arginin 184,
Arginin 236, Arginin 325, Serine 233, Arsenin 229 dan Valine 82. Sedangkan sisi
aktif C-terminalnya adalah Aspartat 455.
(Golda, 2015)

Gambar 2.4 Geosmin Sintase

Karena tahap pertama dari siklisasi yang dikatalis oleh enzim terpenoid siklase
selalu diawali oleh ionisasi gugus difosfat dari FPP, suatu kontur tiga dimensi dari
sisi aktif enzim menandakan semua informasi yang dibutuhkan untuk
mengarahkan urutan reaksi ikatan karbon-karbon yang unik.
Tahap inisiasi konformasi ikatan FPP ditetapkan oleh kontur sisi aktif dan
menentukan apakah reaksi siklisasi 1,6 atau siklisasi 1,7 terjadi melalui ionisasi-
isomerisasi-reionisasi. Apakah reaksi siklisasi 1,10 terjadi dengan atau tidak
melalui ionisasi alilik, atau apakah yang terjadi justru reaksi siklisasi 1,11.
Sisi aktif enzim yang menginisasi reaksi siklisasi 1,6 cenderung agak sempit
dan dalam. Sebaliknya enzim yang menginisasi reaksi siklisasi 1,10 semua
muncul dengan sisi aktif yang lebih luas dan dangkal.
Menariknya, N-terminal dari geosmin sintase memiliki kontur sisi aktif yang
lebih dalam dari enzim lain yang mengkatalisis reaksi siklisasi 1,10, dan juga
memiliki leher yang lebih luas dibandikan dengan enzim yang menginisiasi
katalisis reaksi siklisasi 1,6. Dengan demikian, kontur tiga dimensi dari sisi aktif
enzim ini muncul sebagai struktur yang hybrid dari kedua terminalnya (Golda,
2015).
2.3 Reaksi Adisi
Tiga reaksi lazim alkena adalah reaksi dengan hidrogen, dengan klor, dan
dengan suatu hidrogen halida.
H 2

H3C CH3

Cl Cl
C l2
H2C CH2 H2C CH2

H C l
H3C CH2 Cl

Gambar 2.5 Reaksi adisi alkena

Tiap reaksi adalah reaksi adisi. Dalam tiap kasus, suatu pereaksi diadisikan
kepada alkena, tanpa terlepasnya atom-atom lain. Segera diketahui bahwa
karakteristik utama senyawa tak jenuh ialah adisi pereaksi kepada ikatan-ikatan pi
(Ralp J. Fessenden, 1989).
Pada umumnya, ikatan rangkap karbon-karbon tidak diserang oleh nukleofil
karena tak memiliki atom karbon yang positif parsial untuk dapat menarik
nukleofil. Namun elektron pi yang tak terlindung dalam ikatan rankap karbon-
karbon akan menarik elektrofil (E+) seperti H+. Oleh karena itu banyak reaksi
alkena dan alkuna diawali dengan suatu serangan elektrofilik, suatu tahap reaksi
yang menghasilkan sebuah karbokation. Kemudian karbokation itu diserang oleh
sebuah nukleofil dan menghasilkan produk (Ralp J. Fessenden, 1989).
-
Nu
H Nu H
+
H +
H2C CH2 H2C CH2 CH2 CH2

suatu alkena suatu karbokation

Gambar 2.6 Mekanisme umum reaksi adisi

2.3.1 Reaksi Hidrasi
Dalam larutan asam kuat (seperti H2SO4 dalam air), air mengadisi suatu
ikatan rangkap dan menghasilkan alkohol. Reaksi ini disebut reaksi hidrasi suatu
alkena (Ralp J. Fessenden, 1989).
Reaksi hidrasi adalah suatu reaksi kimia dimana suatu zat
dikombinasikan dengan air. Air ditambahkan pada substrat tak jenuh, biasanya
merupakan suatu alkena atau alkuna. Jenis reaksi ini digunakan secara industri
untuk menghasilkan etanol, isopropanol, dan 2-butanol (Falbe, 2005).
OH
+
H
H3C CH CH2 + H2O H3C CH CH3
propena 2-propanol

Gambar 2.7 Reaksi hidrasi terhadap propena menghasilkan 2-propanol

Kedua reaksi itu berlangsung dalam dua tahap, tepat sama seperti adisi
hidrogen halida. Tahap pertama ialah protonasi alkena dan menghasilkan suatu
karbokation. Tahap kedua ialah adisi suatu nukleofil ke karbokation itu. Karena
mula-mula terbentuk karbokation, kedua reaksi itu tunduk pada aturan
Markovnikov. Penataan ulang dapat terjadi bila karbokation itu dapat menjalani
geseran-1,2 dari H atau R untuk menghasilkan karbokation yang lebih stabil
(Ralp J. Fessenden, 1989).

BAB III
 MEKANISME PEMBENTUKAN GERMACRADIENOL DARI
FARNESYL DIFOSFAT (FPP) DENGAN KATALIS GERMACRADIENOL
SINTASE/GEOSMIN SINTASE DALAM SINTESIS SENYAWA
GEOSMIN

3.1 Reaksi Umum

Geosmin dihasilkan dari mikroorganisme di dalam tanah, khususnya bakteria

Streptomyces yang hidup di dalam tanah dan zat-zat yang membusuk dan
menghasilkan sebagian besar antibiotik. Namun, biosintesis geosmin baru
ditemukan pada tahun 2007 setelah kode genetik dari Streptomyces coelicolor,
yakni bakteri pengkonsumsi zat tanaman di tanah, terpecahkan, (Dhrubo, 2016).
Pembentukan senyawa Geosmin akan dibahas melalui reaksi umum berikut.
CH3 CH3 CH3
8 4
6 2

S cG S +

CH3 CH3 H
7 CH3 5 Ha 3 1
M g 2+
CH3
10 H 2O
12

Hb
9 OH
11
CH3 OH CH3
PPO
H3C

Farnesyl Difosfat (FPP) Germacradienol Geosmin

Gambar 3.1 Reaksi umum pembentukan Geosmin dari Farnesyl Difosfat

Reaksi biosintesis geosmin melibatkan enzim bifungsional Geosmin sintase

sebagai katalisis. Geosmin sintase yang tergolong dalam kelas enzim liase
membantu mengkatalisis reaksi adisi air (hidrasi) ke ikatan rangkap Farnesyl
difosfat/Farnesyl pirofosfat (FPP). Dimana sisi aktif N-terminal dari enzim ini
berperan dalam katalisis pembentukan germacradienol dan sisi aktif C-terminal-
nya mengkatalisis pembentukan Geosmin dari germacradienol. Namun Joseph P
Noel (2007) mengatakan bahwa masih dibutuhkan pembelajaran yang jauh untuk
menggambarkan bagaimana mekanisme C-terminal dari enzim ini bekerja.
Sehingga reaksi pembentukan senyawa geosmin dari germacradienol hanya dapat
dijelaskan melalui reaksi adisi.
 Sumber: Digging for answer

Gambar 3.2 Model peranan enzim ScGS pada reaksi pembentukan

Geosmin

Reaksi yang terjadi antara substrat dan enzim dapat dituliskan:

E+S ES E+P

3.2 Reaksi Enzimatis Pembentukan Germacradienol

Reaksi pembentukan germacradienol dikatalisis oleh enzim germacradienol
sintase. Menurut Golda (2015) dalam jurnal Structural studies of geosmin
synthase, enzim germacradienol sintase/geosmin sintase mengadopsi motif a-
helical dengan kelas lipatan alpha, yang memiliki fitur utama berupa motif ikatan
ion-logam. Dengan motif ini, sisi aktif berupa Ser234, Asn229, dan Val82
bekerjasama dengan 3 ion Mg2+ mengikat gugus difosfat.
http://www.rcsb.org/pdb/results/results.do?tabtoshow=Current&qrid=E322CF8
 Gambar 3.3 Sisi aktif enzim mengikat gugus difosfat dari FPP

Difosfat juga distabilisasi dengan ikatan hidrogen oleh Arg184, Arg236,

Arg325 dan Tyr326. Dengan demikian, 3 ion logam, 3 residu basa dan grup
hidroksi fenol dari sebuah Tirosin menstabilkan anion difosfat.
Golda (2015) juga menambahkan bahwa di dalam stuktur enzim, 3 residu basa
yang menyumbangkan ikatan hidrogen pada substrat difosfat meliputi kombinasi
dari Arginin dan Lisin. Namun, pada N-terminal ScGS, 3 residu basa yang terlibat
hanya terdiri dari Arginin saja (Arg184, Arg236 dan Arg325). Selain itu pada
beberapa sisi aktif siklase, terdapat satu Tirosin yang menyumbangkan ikatan
hidrogen ke oksigen pada gugus difosfat.
Dari keterangan di atas, dapat disimpulkan bahwa germacradienol sintase
bekerja secara lock and key untuk mengionisasi gugus difosfat. Ionisasi ini
meninggalkan suatu karbokation pada atom C12.
CH3 CH3
CH3 CH3
8 4
6 2 8 4 +
6 C
S cG S 2
CH3
7 CH3 5 Ha 3 1 CH3
M g 2 + 7 CH3 5 Ha 3 1
10
12 10 +
Hb C
12
9
11
Hb
9
11
PPO

Farnesyl Difosfat (FPP)

Gambar 3.4 Ionisasi Farnesyl Difosfat (FPP)

 Structural study of Germacradienol synthase

Gambar 3.5 Model lock and key FPP di dalam gugus aktif enzim ScGS

Dengan FPP terkunci melalui cara ini, terdapat volume sisi aktif yang cukup
bagi FPP untuk mengadopsi konformasi yang diperlukan untuk reaksi siklisasi
1,10 setelah ionisasi gugus difosfat dan menghasilkan isolepidozene. Kation
germacradienyl yang terbentuk harus dideprotonisasi untuk membentuk senyawa
isolepidozene (Golda,2015). (Gambar 3.6)
Reaksi siklisasi 1,10 memiliki artian bahwa siklik yang dihasilkan akan
terbentuk atas 10 atom C, atau dalam reaksi pembentukan germacradienol ini
atom C yang berikatan untuk membentuk siklik adalah atom C12 dengan atom
C3, sehingga terpenuhi 10 atom C terkandung dalam siklik yang terbentuk.
Untuk memenuhi reaksi siklisasi 1,10 ini, elektron pada ikatan rangkap terjauh
dari gugus difosfat berperan untuk menetralkan kation germacradienyl yang
terbentuk, menghasilkan siklik dan memindahkan karbokation ke atom C2.
Deprotonasi kemudian dilanjutkan dengan melepaskan H+ yang terikat pada atom
C12 sehingga membentuk Isolepidozene. (Gambar 3.6)
Keseluruhan tahap reaksi tersebut dapat digambarkan sebagai berikut.
 CH3 CH3
CH3 CH3 CH3
8 4
6 2 8 4 + 8 4
6 C 6
S cG S 2 -H b
CH3 Ha 3
7 CH3 5 Ha 3 1 CH3
M g 2+ 7 CH3 5 Ha 3 1 7 CH3 5
10
12 10 10 12
12
Hb
9
11
Hb
9 9
11 11 C
PPO

Farnesyl Difosfat (FPP) Isolepidozene

Gambar 3.6 Mekanisme pembentukan Isolepidozene

Joseph P Noel (2007) mengatakan bahwa isolepidozene yang terbentuk siap

untuk pembukaan cincin yang dikatalisis asam dan selanjutnya pendinginan
dengan penangkapan air. (Gambar 3.7)
Sebagaimana reaksi adisi air (hidrasi) pada umumnya, molekul air akan
masuk menggantikan ikatan rangkap pada FPP dan menghasilkan suatu alkohol.
Selama proses reaksi hingga terbentuk isolepidozene, ikatan rangkap pada atom
C2 telah terputus. Pada atom C2 itulah air akan masuk dan membentuk senyawa
germacradienol yang merupakan suatu alkohol bisiklik, menurut reaksi berikut.
CH3
CH3
8 4
8 4 6
6
3
-
+ +
Ha CH3
7 CH3 5
Ha 3
CH3 H OH 7 CH3
10
5
C
+
CH3
HO CH3
10 12 12 2
2
9 11
CH3
9
11 CH3 1
CH3 OH
1 H
CH 3
Germacradienol
isolepidozene

Gambar 3.7 Reaksi hidrasi pertama kepada isolepidozene membentuk

Germacradienol

Elektron pada ikatan rangkap C10-C11 menyerang H+ yang berperan sebagai

elektrofil pada molekul air. Karbokation yang terbentuk pada C11 mengalami
penataan ulang menurut aturan Markovnikov berpindah menuju C2 yang lebih
stabil (karbokation tersier). Karbokation ini yang nantinya akan diserang oleh OH -
dan kemudian membentuk germacradienol. (Gambar 3.7)
3.3 Reaksi Adisi dan Hidrasi Pembentukan Geosmin
Reaksi pembentukan geosmin dibahas melalui mekanisme reaksi adisi yang
diikuti dengan reaksi hidrasi. Reaksi diawali dengan pembentukan siklik
berbantuan proton, menghubungkan C2 dan C7 secara kovalen dan mengeliminasi
rantai sisi 2-propanol sebagai aseton.

Gambar 3.8 Pembentukan Oktalin dari Germacradienol

Senyawa bisiklik yang dihasilkan, yakni Oktalin memiliki konfigurasi seperti

trans-dekalin dan selanjutnya mengalami protonasi dan pergeseran hidrida untuk
menghasilkan karbokation tersier, yang kemudian dinetralkan oleh molekul air
untuk menghasilkan alkohol sebagai produk akhir. Berikut mekanisme reaksi
yang berlaku.

Gambar 3.9 Pergeseran hidrida dan penyerangan molekul air terhadap

oktalin membentuk Geosmin

Pergeseran hidrida terjadi akibat karbokation sekunder yang ditinggalkan oleh

ikatan rangkap pada oktalin ketika elektronnya menyerang H+ dan menghasilkan
karbokation tersier yang lebih stabil. Gugus OH - yang nukleofil akan menetralkan
karbokation tersebut sehingga senyawa Geosmin dapat dihasilkan.
Geosmin seperti dapat dilihat dari hasil reaksi di atas, merupakan suatu
senyawa terpenoid yang termasuk dalam kelas monoterpene dengan jumlah 2
isoprene yang saling berikatan membentuk suatu siklik. Dalam jurnalnya, Dhrubo
(2016) dari Gujarat menggolongkannya sebagai alkohol bisiklik terpene dengan
rumus kimia C12H22O.
Selain peranannya terhadap bau yang dihasilkan saat hujan turun, Geosmin
sebagai senyawa terpenoid yang dihasilkan oleh bakteri actinomicetes juga
berguna sebagai bahan dasar untuk pembuatan antibiotik seperti actinorhodin,
methylenomycin, dan perimycin.

BAB IV
KESIMPULAN

Geosmin yang merupakan senyawa terpenoid-alkholol bisiklik merupakan

senyawa yang berperan penting dalam memberikan aroma khas pada saat hujan
turun. Pembentukan Geosmin dari Farnesyl Difosfat (FPP) diawali dengan
ionisasi difosfat secara enzimatis dengan katalis enzim geosmin
sintase/germacradienol sintase berbantuan kofaktor Mg2+. Enzim yang tergolong
dalam kategori liase ini juga digolongkan sebagai enzim siklase, yakni enzim
yang mengkatalis terbentuknya siklik pada senyawa produk. Hasil reaksi
enzimatis berupa senyawa Germacradienol. Germacradienol yang dihasilkan
kemudian diteruskan dengan serangkaian reaksi hidrasi berbantuan proton (H+)
sehingga menghasilkan senyawa Geosmin.
 DAFTAR PUSTAKA

Creative Enzyme. 2011. Lyase. [Online]. http://www.creative-

enzymes.com/cate/lyases_76.html. [13 Maret 2019]

Davis, Edward M., Croteau, Rodney. 2000. Cyclization Enzymes in the

Biosynthesis of Monoterpenes, Sesquiterpenes, and Diterpenes. Topic in
Current Chemistry. 209: 53-95. doi: 10.1007/3-540-48146-X_2

Dhrubo Jyoti Sen. (2016, July). Moist Earth Smelling Geosmin as a Terpene
Bicyclic Alcohol. World Journal of Pharmaceutical Research, 5(8), 01-08,
doi:10.20959/wjpr20168-6805.

Falbe, Jurgen., Bahrmann, Helmut., Lipps, Wolfgang., Mayer, Dieter. 2005.

Alcohol, Aliphatic, Ullmann’s Encyclopedia of Industrial Chemistry.
Weinheim: Wiley-VCH. doi: 10.1002/14356007.a01_279

Gerber, NN. Lechevalier, HA. (1965, November). Geosmin, an Earthly-smelling

Substance Isolated from Actinomycetes. Applied Microbiology. 13(6), 935-
8. PMC 1058374. PMID 5866039.
Golda G. Harris, Patrick M. Lombardi, Travis A. Pemberton, Tsutomu Matsui,
Thomas M. Weiss, Kathryn E. Cole, Mustafa Koksal, Frank V. Murphy IV,
L. Sangeetha Vedula, Wayne K. W. Chou, David E.Cane, and David W.
Christianson. (2015, November). Structural Studies of Geosmin Synthase, a
Bifunctional Sesquiterpene Synthase with αα Domain Architecture That
Catalyzes a Unique Cyclization-Fragmentation Reaction Sequence. ACS
Publication, 54(48), 7142-7155. doi: 10.1021/acs.biochem.5b01143.

Grisham, Charles M., Reginald H. Garrett. 1999. Biochemistry. Philadelphia:

Saunders College Pub. 426-7. ISBN 0-03-022318-0

Jiang, Jiaoyang,. Xiaofei He, David E. Cane. (2007, November). Biosynthesis of

the Earthy Odorant Geosmin by a Bifunctional Streptomyces Coelicolor
Enzyme. Nat Chem Biol, 3(11): 711-715. doi: 10.1038/nchembio.2007.29.

Johni Azmi, MS. 2016. Buku Ajar Biokimia I (Biomolekul). Untuk kalangan
sendiri. Pekanbaru

Joseph P Noel. (2007, November). Digging for Answer, Smelling a Hint of

Success and Tasting Triumph. Nat Chem Biol, 3(11), 690-691,
10.1038/nchembiol107-690.

Madigan MT, Martinko JM. 2006. Brock Biology of Microorganisms (11th ed.).
Prentice Hall. ISBN 978-0-13-144329-7

Parades MGP et al. 2007. Catheter-related Bacteremia due to Streptomyces:

Clinical significance of Streptomyces: Clinical Significance of Streptomyces
isolation in cultures. Rev Clin Esp 1:21-23

Paustian T. 2008. Microbiology and Bacteriology: The World of Microbes.

http://www.bact.wisc.edu/microtextbook/index.php?
module=Book&func=displayarticle&art_id=93 [25 April 2009]

Ralp J. Fessenden, Joan S. Fessenden. 1986. Kimia Organik Jilid 1 Edisi Ketiga.
Erlangga: Jakarta

Ralp J. Fessenden, Joan S. Fessenden. 1989. Kimia Organik Jilid 2 Edisi Ketiga.
Erlangga: Jakarta

Yohanis, Ngili., Richardo Ubyuan. 2015. Enzimologi, Sifat, Mekanisme, Katalis

dan Kinetika Enzim. Innosain: Yogyakarta