DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) merupakan suatu makromolekul beruntai ganda

dan berbentuk heliks dengan basa yang menonjol ke bagian dalam molekul tersebut. Basa
nitrogen DNA terdiri atas adenin, timin, sitosin dan guanin. Adenin selalu berikatan dengan
timin dan sitosin dengan guanian, urutan nukleotida kedua untai bersifat komplementer.
Untaian yang satu merupakan cetakan pembentuk untaian yang lain (Mathews dan van
Holde, 1997).

Suatu molekul DNA berukuran sangat panjang dan umumnya terdiri atas ratusan atau
bahkan ribuan gen. Ketika sel bereproduksi sendiri dengan cara membelah, DNA-nya akan
disalin dan diteruskan dari satu generasi sel ke generasi sel berikutnya. Informasi yang
terkode dalam struktur DNA merupakan program dari aktivitas sel tersebut (Gibbons, 1993).

Gibbons, A. 1993. Genetics Trace the DNA Trail of the First American. Journal Science
News 15(01):82-83

DNA mempunyai struktur yang disebut struktur heliks ganda. Ciri-ciri penting dari
struktur heliks ganda (Nur dan Adijuwanda, 1989):

1. DNA terdiri dari 2 rantai polinukleotida yang melingkar menurut satu sumbu
heliks.
2. Kedua helix bersifat putar kanan dan arahnya berlawanan menurut ujung-ujung 3’
dan 5’nya.
3. Basa purinnya.
Nur, M.A dan Adijuwana. 1989. Teknik Pemisahan dalam Analisis Biologis. IPB, Bogor.
DNA dan RNA termasuk kedalam anggota makromolekul yang disebut asam nukleat.
Asam nukleat adalah polinukleotida yaitu gabungan lebih dari satu nukleotida. Nukleotida
terdiri atas satu siklik yang tersusun atas 5 ikatan karbon gula, 1 phospat dan 1 basa nitrogen.
Gula pada DNA berupa deoxyribosa sedangkan gula pada RNA adalan ribosa. Ribosa
memiliki gugus hydroksil (OH) pada karbon ke-2 sedangkan deoxyribosa tidak ada, sehingga
deoxyribosa bersifat lebih stabil. Phospat terikat pada karbon ke-5 dari gula DNA maupun
RNA. Basa nitrogen pada DNA diantaranya adalah adenine(A), guanine(G), cytosine(C),
thymine(T), dan uracil(U). Nuklotida terbentuk saat phospat menempel (berikatan) dengan
karbon ke-5 dari gula dan basa Nitrogen menempel pada karbon ke-1 glukosa. Molekul DNA
tersusun atas dua rantai nukleotida dan membetuk double helik. Ikatan gula-phospat berada di
bagian luar heliks dan basa berada diantara dua rantai gula-basa. Ikatan Nitrogen
menggabungkan basa tersebiut dan mempertahankan struktur double heliks (Alberts dkk.
1994).

Albert,B; D.Bray; J.Lewis; M.Raff; K.Robets; J.D.Watson. 1994. Molecular biology Of The
Cell. Third Edition. Garland Publishing. New York

DNA pada sel-sel eukariotik sebagian besar terdapat di dalam nukleus dan DNA
tersebut yang dinamakan DNA kromosomal. DNA kromosomal dipisahkan dengan bagian sel
lainnya lapisan ganda membran. Mitokondria yang berperan dalam degradasi oksidatif
molekul nutrisi juga mengandung DNA dan disebut DNA mitokondria. Sel-sel eukariot yang
mampu melaksanakan fungsi fotosintesis memiliki kloroplas yang mengandung DNA
kloroplas (Viers, 1999). Baik DNA kromosomal maupun DNA ekstrakromosomal memiliki
ukuran yang berbeda-beda tergantung pada jenis organisme dan lokasinya.

Ekstraksi DNA merupakan prosedur rutin dalam analisis molekuler. Masalah-masalah

dalam ekstraksi DNA masih merupakan hal penting yang perlu diatasi. Jumlah dan kualitas
DNA hasil ekstraksi bervariasi tergantung dari spesies tanaman sehingga mempengaruhi
analisis lebih lanjut seperti hibridisasi DNA, pemotongan DNA dengan enzim restriksi
maupun analisis dengan polymerase chain reaction (PCR) (Pharmawati, 2009).

Pharmawati, made. 2009. OPTIMALISASI EKSTRAKSI DNA DAN PCR-RAPD PADA

Grevillea spp. (PROTEACEAE). Jurnal Biologi XIII (1) : 12 -16.

Elektroforesis adalah perpindahan partikel-partikel bermuatan karena pengaruh

medan listrik. Kegunaan elektroforesis antara lain menentukan berat molekul ( estimasi) dan
mendeteksi terjadinya pemalsuan bahan dapat mendeteksi terjadinya kerusakan bahan seperti
protein dalam pengolahan dan penyimpanan untuk memisahkan species molekul yang
berbeda secara kualitatif dan kuantitatif yang selanjutnya masing-masing species yang
dianalisis menetapkan titik isoelektrik protein. Waktu yang diperlukan untuk tercapainya
pemisahan molekul yang optimum tergantung pada jenis molekul yang dipisahkan, serta
buffer yang digunakan (Nur dan Adijuwanda, 1989).