KERAGAMAN GENETIK TANAMAN MENYERBUK SENDIRI

(Tugas Makalah Pemuliaan Tanaman)

Oleh:

Endah Kusumayuni
1824011012

MAGISTER AGRONOMI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS LAMPUNG
BANDAR LAMPUNG
2018
 I. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Dalam upaya memperbaiki kualitas dan kuantitas tanaman untuk memenuhi

kebutuhan pangan harus memperhatikan faktor-faktor produksi yang terdiri dari

faktor eksternal dan faktor internal dari tanaman itu sendiri. Faktor eksternal yang

mempengaruhi produktifitas tanaman adalah faktor lingkungan yang meliputi

kondisi kesuburan tanah, kondisi iklim dan kultur teknis, sedangkan faktor

internal yang mempengaruhi produkifitas tanaman adalah faktor genetik tanaman.

Salah satu cara untuk meningkatkan kualitas dan kuantitas tanaman adalah dengan

pemuliaan tanaman.

Pemuliaan tanaman adalah kegiatan perbaikan genetik tanaman dengan

mengkombinasikan pengetahuan dan seni sehingga diperoleh suatu varietas

unggul. Varietas unggul adalah varietas tanaman yang memiliki sifat unggul

seperti nilai ekonomi tinggi, tahan terhadap cekaman lingkungan dan faktor

biotik, berkualitas dan menarik (Utomo, 2015). Keberhasilan pemuliaan tanaman

dipengaruhi oleh beberapa faktor penting salah satunya perluasan keragaman

genetik tanaman.

Keragaman genetik menjadi salah satu faktor penting penentu keberhasilan

pelaksanaan pemuliaan tanaman karena dengan genetik yang beragam maka

peluang para pemulia untuk mengembangkan varietas baru dengan sifat unggul
yang diinginkan akan lebih mudah. Keragaman genetik juga dapat menentukan

keanekaragaman hayati dan keragaman spesies, antar spesies dan ekosistem

sehingga peneliti dapat menggabungkan dua sifat unggul yang disukai petani dan

peternak dan menghasilkan varietas yang memiliki produktivitas tinggi, memiliki

biji besar, tahan terhadap hama dan penyakit serta tahan terhadap cekaman

lingkungan (Govindaraj dkk, 2015).

1.2 Tujuan

Tujuan pembuatan makalah ini adalah :

a. Mengertahui Sumber Keragaman Genetik Tanaman Menyerbuk Sendiri

b. Mengetahui Metode Menentukan Keragaman Genetik

 II. ISI

b.1 Keragaman Genetik

Keragaman genetik merupakan perbedaan suatu sifat genotif individu yang

menjadi ciri pembeda antara spesies yang satu dengan spesies lainnya dalam suatu

populasi. Keragaman genetik merupakan salah satu faktor yang sangat

mempengaruhi keberhasilan pemuliaan tanaman. Semakin tinggi keragaman

genetik suatu populasi tanaman maka semakin besar kombinasi sifat yang dapat

diperoleh sehingga memudahkan untuk mendapatkan sifat unggul yang sesuai

dengan keinginan pemulia (Apriliyanti dkk., 2016). Keragaman genetik tanaman

diperoleh dari berbagai sumber diantaranya introduksi, mutasi, segregasi, varietas

lokal dan persilangan.

Menurut WWF dalam Triyono (2013), keragaman hayati dapat digolongkan

menjadi 3 tingkat yaitu:

a. Keanekaragaman spesies yaitu adanya perbedaan bentuk, sifat dan penampilan

antara spesies satu dengan spesies lainnya.

b. Keanekaragaman genetik yaitu adanya perbedaan antara tanaman satu dengan

tanaman lainnya dalam satu spesies yang sama. Keragaman genetic

ditentukan oleh susunan gennya.

c. Keanekaragaman ekosistem yaitu adanya kemampuan interaksi yang berbeda

antara spesies dengan lingkungan. Keanekaragaman ekosistem disebabkan

oleh adanya perbedaan iklim, geografis, fisika dan kimia tanah.

Keragaman genetik dapat diperbanyak dengan varietas lokal, introduksi, mutasi,

segregasi, persilangan, fusi protoplasma dan rekayasa genetik. Varietas lokal

merupakan varietas yang memang sudah ada pada suatu daerah dan telah

beradaptasi pada kondisi agroekosistem dan cekaman biotik dan abiotik di suatu

daerah. Introduksi merupakan mendatangakan suatu varietas dari negara lain

dengan tujuan untuk memperluas keragaman genetik. Mutasi merupakan

perubahan jumlah materi genetic suatu spesies. Fusi protoplasma merupakan

salah satu metode persilangan denagn penggabungan dua sel dengan

menghilangkan dinding sel menggunakan medan listrik sedangkan rekayasa

genetik merupakan manipulasi gen dengan menyisipkan DNA ke organisme inang

(Syukur dkk., 2015).

b.2 Metode Pendugaan Keragaman Genetik

Keragaman genetik tanaman dapat dinilai dengan menggunakan penanda

morfologi, biokimia dan molekuler DNA. Penilaian keragaman genetik tanaman

secara morfologi dilakukan dengan mengamati penampilan fenotif tanaman yang

diberi perlakuan tertentu misalnya diberi perlakuan cekaman lingkungan dan

aplikasi penyakit pada tanaman tetapi pengujian ini membutuhkan waktu yang

lama dan dipengaruhi oleh faktor lingkungan lainnya serta memiliki tingkat

keragaman yang rendah. Penanda biokimia merupakan penanda yang dalam

pengujiannya menggunakan isoenzim yang tidak mudah dipengaruhi oleh faktor

lingkungan tetapi hanya dapat diekspresikan pada organ tertentu. Sedangkan

penanda molekuler DNA merupakan penanda yang paling banyak digunakan

karena stabil dan dapat dideteksi pada semua jaringan tanaman serta tidak

dipengaruhi oleh lingkungan (Zulfahmi, 2013).

b.3 Cara Menduga Keragaman Genetik

Menurut Hallauer dan Miranda (1995) dalam Hermanto dkk., (2017), pendugaan

ragam genetik (σ 2g) , ragam interaksi genetik dan lingkungan (σ 2gxe), ragam

lingkungan (σ 2e) dan ragam fenotif (σ 2p) serta koefisien keragaman genetik

(KKG) dapat diduga dengan rumus sebagai berikut :

Menurut Pinaria dkk., (1995) dalam Hermanto dkk., (2017), luas atau sempitnya

nilai keragaman genetik suatu karakter ditentukan berdasarkan ragam genetic dan

standar deviasi ragam genetik berdasarkan rumus berikut :

b.4 Kriteria Keragaman Genetik

b.5 Ancaman Terhadap Keragaman Genetik

Keragaman hayati dapat terancam melalui beberapa cara diantaranya :

a. Eksplotasi hutan dapat mengakibatkan punahnya varietas lokal.

b. Alih fungsi lahan menjadi perkantoran, pemukiman, industry dan lain – lain.

c. Pencemaran lingkungan mengakibatkan varieta non target mati.

d. Terdesaknya varietas lokal oleh varietas unggul

e. Perkembangan biotipe hama dan penyakit baru (Triyono,2013).

a. Keragaman Genetik Tomat

Berdasarkan hasil penelitian Hermanto dkk., (2017), pendugaan keragaman

genetik dilakukan pada 19 genotif galur murni tomat koleksi PT BISI

Internasional Tbk yaitu 42D, 50D, 96D, 61I, 40D, 21D, 59I, 57D, 40I, 102D, 58I,

59D, 94D, 43D, 60I, 99D,100D, 98D dan 04I dan 1 genotif komersil bersari bebas

yaitu Tora yang telah dilepas oleh Tim Pemuliaan Tomat bagian Genetika dan

Pemuliaan Tanaman. Departemen Agronomi dan Hortikultura Institut Pertanian

Bogor. Penelitian ini dilakukan pada bulan Juni sampai Desember 2015 di

Citapen, Ciawi dan Lembang Jawa Barat .

Tabel 1. Nilai Tengah Karakter bobot buah dan bobot buah pertanaman 20
genotipe tomat pada dua lokasi

Berdasarkan data penelitian diatas maka 5 genotif yang dapat dikembangkan

menjadi varietas tomat dengan produktivitas tinggi adalah genotipe 42D dengan

bobot buah 48.16 g dan bobot buah per tanaman 2.35kg, genotipe 59D dengan

bobot buah 62.20 g dan bobot buah per tanaman 2.48 kg, genotipe Tora dengan

bobot buah 58.56 g dan bobot buah per tanaman 1.89 kg, genotipe 97D dengan

bobot buah 90.35 g dan bobot buah per tanaman 2.24 kg dan genotipe 94D dengan

bobot buah 88.34 g dan bobot buah per tanaman 2.67 kg.

Variabilitas atau keragaman pada populasi tanaman sangat menentukan

keberhasilan program pemuliaan tanaman. Variabilitas genetik merupakan nilai

yang harus diketahui sebelum menetapkan metode seleksi sedangkan variabilitas

fenotipe merupakan interaksi antara ragam genetik dan ragam lingkungan.

Berdasarkan penelitian Hariyono dkk., (2015) mengenai keragaman/variabilitas

genetik tomat didapatkan bahwa pada semua karakter yang diamati memiliki nilai

variabilitas genetik dan variabilitas fenotipe yang sempit pada karakter umur

berbunga, umur panen, tinggi tanaman, bobot perbuah dan bobot buah total per

tanaman. Sedangkan pada karakter diameter batang, panjang buah, diameter

buah, tebal daging buah dan jumlah rongga buah memiliki karakter luas. Hal

Pemilihan genotipe yang baik dilakukan adalah pada keragaman genetik yang luas

karena dalam proses seleksi akan lebih efektif dibandingkan dengan karater yang

memiliki keragaman genetik yang sempit. Genotipe dengan diameter batang

terbesar adalah Ipb T 13 x Ipb T 64, genotipe dengan panjang buah, diameter buah

dan tebal daging buah tertinggi adalah genotipe Ipb T 78 x Ipb T64 sedangkan

genotipe yang memiliki rongga terbanyak adalah Ipb T 78 x Ipb T 13.

b. Keragaman Genetik Kedelai

Penelitian Krisnawati dan Adie (2015), menunjukkan adanya pengaruh genotipe

yang nyata untuk sifat umur berbunga, umur masak, berat 100 biji, dan hasil biji.

Dari hasil seleksi genotipe berdaya hasil tinggi menggunakan intensitas seleksi

30%, terpilih 14 genotipe kedelai berdaya hasil antara 2,63 - 2,96 t/ha, umur

masak genjah hingga sedang (kisaran 77 - 84 hari), dan ukuran biji sedang hingga

besar (13,71 - 16,75 g/100 biji); 4 genotipe kedelai berdaya hasil tinggi dan

berumur genjah (< 80 hari); dan 13 genotipe berdaya hasil tinggi dan berukuran

biji besar (>14 g/100 biji). Genotipe terpilih terpilih dapat digunakan sebagai

tetua persilangan (Sumber gen) atau digunakan sebagai bahan uji daya hasil dalam

perakitan varietas unggul baru kedelai.

Berdasarkan penelitian Sulistyo (2015) tentang karakterisasi plasma nutfah

berdasarkan karakter morfologinya, terdapat 14 aksesi kedelai yang berpotensi

dijadikan tetua dalam perakitan varietas unggul yaitu MLGG0019, MLGG0112,

MLGG0113, MLGG0233, MLGG0388, MLGG0465, MLGG0476, MLGG0489,

MLGG0603, MLGG0610 untuk tetua varietas berumur genjah sedangkan 4 tetua

lainnya yaitu MLGG0392, MLGG0393, MLGG0613 dan MLGG0624 untuk tetua

varietas kedelai berbiji sedang. Aksesi tersebut telah menunjukkan keragaman

baik secara kualitatif maupun kuantitatif dengan mengukur parameter umur

berbunga, umur masak polong, tinggi tanaman, jumlah polongm jumlah cabang,

warna bijim warna hilum, jumlah biji, dan parameter lainnya.

c. Keragaman Genetik Padi

Penelitian Nurhasanah dan Sunaryo (2015), menunjukkan bahwa terdapat 44

kultivar padi lokal yang berhasil diidentifikasi yang terdiri dari 39 kultivar padi

beras dan 5 kultivar padi ketan. Keragaman genetik padi lokal tersebut dibedakan

berdasarkan bentuk gabah (Bulat pendek dan ramping panjang) dan warna beras

(Putih, kekuningan, merah dan hitam).

Tabel 2. Keanekaragaman Jenis Padi Lokal Asal Kabupaten Kutai Barat,

Kalimantan Timur
Hossain dkk., (2016), menyatakan bahwa pengetahuan tentang keragaman genetik

penting untuk dipelajari karena dapat digunakan sebagai pengetahuan awal dalam

menciptakan varietas unggul baru yang sesuai dengan kebutuhan dimasa depan.

Penelitian dilakukan untuk mengetahui karakteristik dan keragaman genetik 34

varietas padi lokal Bangladesh yang dibandingkan dengan 1 varietas padi hasil

pemuliaan Sher-e-Bangladesh Agricultur University melalui analisis multivariat.

Pengujian dilakukan dengan mengelompokkan 35 varietas kedalam 5 cluster yang

berbeda berdasarkan pola keragaman spesies.

Tabel 3. Nilai Rata – Rata 13 Karakter yang Berbeda dari 35 Genotipe Padi

Berdasarkan tabel diatas, kelompok III memiliki nilai rata – rata tertinggi pada

parameter panjang malai (LP : 29.92), jumlah cabang malai (NPBP : 11.57),

jumlah gabah kosong per malai (NUFGP : 37.09), bobot 1000 butir (1000GW :
23.73), panjang akar (RL : 11.23), jumlah rambut akar (NRH : 1361.28), dan hasil

gabah per hill (GYH : 26.90). Selanjutnya dilakukan analisis PCA 1 dan PCA 2

untuk mengetahui kontribusi karakter terhadap keragaman dengan dan didapatkan

bahwa pada PCA 1 lebih unggul dari PCA 2 terhadap parameter jumlah anakan

efektif (0.134), hari berbunga (0.464), jumlah cabang utama malai (0.240), jumlah

cabang sekunder malai (0.447), bobot 1000 butir (0.118), jumlah rambut akar

(0.489), dan hasil gabah per hill (0.472). Berdasarkan uji – uji yang telah

dilakukan didapatkan bahwa varietas yang dapat dijadikan sebagi tetua varietas

unggul adalah G10 (Patnai), G13 (Hogla), G15 (Jota Balam), G18 (Malagoti) dan

G24 (Mota Aman).

d. Keragaman Genetik Cabai

Tabel 4. Data Karakter Kualitatif Populasi F3 (TW2 x Jatilaba)

Hasil penelitian Apriliyanti dkk., (2016) menyatakan bahwa karakter kualitatif

suatu tanaman dapat dijadikan sebagai patokan untuk menentukan jenis spesies

tanaman. Karakter yang diamati adalah tipe pertumbuhan, posisi bunga, warna

mahkota, warna kotak sari, warna putik, posisi putik, warna buah mentah, warna

buah matang, bentuk ujung buah, dan bentuk buah. Dari semua karakter tersebut
menunjukkan bahwa hampir semua karakter kualitatif beragam yang dipengaruhi

oleh gen heterozigot dan diduga adanya penyerbukan silang alami. Hasil

penelitian menunjukkan bahwa 7 famili generasi F3 hasil persilangan TW2 x

Jatilaba memiliki koefisien keragamana genotipe dan fenotipe terhadap karakter

jumlah buah baik dan jumlah buah buruk.

 III. KESIMPULAN

Kesimpulan dari makalah ini adalah :

1. Keragaman genetik merupakan perbedaan suatu sifat genotif individu yang

menjadi ciri pembeda antara spesies yang satu dengan spesies lainnya dalam
suatu populasi. Semakin tinggi keragaman genetik suatu populasi tanaman
maka semakin besar kombinasi sifat unggul yang dapat diperoleh.
2. Keragaman genetik tanaman dapat dinilai dengan menggunakan penanda
morfologi, biokimia dan molekuler DNA.
 DAFTAR PUSTAKA

Apriliyanti N. F., L. Seotopo dan respatijarti. 2016. Keragaman Genetik pada

Generasi F3 Cabai (Capsicum annuum L.). Jurnal Produksi Tanaman 4
(3) ; 209 – 217.

Govindaraj M., M. Vertiventhan dan M. Srinivasan. 2015. Importance of Genetic

Diversity Assessment in Crop Plants and Its Recent Adcances: An
Overview of Its Analytical Perspectives. Jurnal Genetic Research
International. Hindawi Publishing Corporation.

Hariyono R., E. Zuhry, dan Deviona. 2015. Variasi Genetik Hasil Persilangan
Tomat (Lycopersicum esculentum Mill.) dan Resiprokalnya di Dataran
Rendah. Jom Faperta 2 (1). Jurusan Agroteknologi Fakultas Pertanian
Universitas Riau. Riau.

Hermanto R., M. Syukur, dan Widodo. 2017. Pendugaan Ragam Genetik dan
Heritabilitas Karakter Hasil dan Komponen Hasil Tomat (Lycopersicum
esculentum Mill.) di Dua Lokasi. Jurnal Hort. Indonesia 8 (1) ; 31 - 38.

Hossain S., M. M. Haque, dan J. Rahman. 2016. Genetic Diversity Analysis of

Some Extict Local Aman Rice Genotypes (Oryza sativa L.) in Bangladesh.
Haya : The Saudi Jurnal of Life Sciences 1 (3) ; 93 – 99.

Krisnawati A., dan M. M. Adie. 2015. Seleksi Populasi F5 Kedelai Berdasarkan

Karakter Agronomis. Jurnal Pros Sem Nas Masy Biodiv Indon 1 (3) ; 434 –
437. Balai Penelitian Tanaman Aneka Kacang dan Umbi (Balitkabi).
Malang.

Mulyaningsih E. S. dan S. Indriyani. 2014. Keragaman Morfologi dan Genetik

Padi Gogo Lokal Asal Banten. Jurnal Biologi Indonesia 10(1) ; 119-128.
Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. Cibinong.

Nurhasanah dan W. Sunaryo. 2015. Keragaman Genetik Padi Lokal Kalimantann

Timur. Jurnal Pros Sem Nas Masy Biodiv Indon 1 (7) ; 1553 – 1558.
Jurusan Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Mulawarman.
Samarinda, Kalimantan Timur.

Sulistyo A. 2015. Keragaman Genetik Plasma Nutfah Kedelai Berdasarkan

Karakter Morfologi. Prosiding Seminar Nasional Hasil Penelitian
Pertanian. Balai Penelitian Tanaman Kacang – Kacangan dan Umbi – Umbian.
Malang.

Utomo S. D. 2015. Pemuliaan Tanaman : Perbaikan Genetik Volume 1. Bandar

Lampung. CV. Anugrah Utama Raharja.

Zulfahmi. 2013. Penanda DNA untuk Analisis Genetik Tanaman. Jurnal

Agroteknologi 3(2) ; 41 - 52. Program Studi Agroteknologi Fakultas
Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim.
Riau.