ISOLASI DNA SEDERHANA DARI EKSTRAKSI BERBAGAI JENIS SAYUR DAN

BUAH DALAM KAJIAN BIOLOGI MOLEKULER

Daniatul Isra
Program Studi Pendidikan Biologi, Jurusan PMIPA FKIP
Universitas Riau, Pekanbaru 28293
E-mail: daniatulisra84@gmail.com

ABSTRAK

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui prosedur isolasi DNA dengan teknik sederhana
pada berbagai sayur dan buah dan mengetahui faktor-faktor yang dapat mempengaruhi isolasi
DNA. Penelitian dilakukan pada tanggal 06 Maret 2020 di Laboratorium PMIPA FKIP
Universitas Riau. Pada penelitian ini metode yang digunakan yaitu metode eksperimen, caranya
dengan mengekstraksi buah dan sayur. Teknik isolasi dilakukan dengan cara pelisisan dinding
sel, presipitasi dan pemurnian DNA. Pada hasil penelitian ini menunjukkan terdapat perbedaan
jumah DNA dan rentang waktu yang berbeda setelah ditetesi menggunakan alkohol.
Kata kunci : Isolasi DNA, Sayur, Buah
PENDAHULUAN
Pesatnya perkembangan ilmu biologi yang didukung dengan teknologi saat ini
menjadikan abad 21 ini disebut sebagai abad biologi (Yulaikah, 2015). Hampir semua
masalah-masalah biologi yang telah, sedang dan akan terus dijawab mengarah pada tingkat
molekuler. Hasil penelitian Ekasari et al., (2012), analisis keanekaragaman genetik
menggunakan penanda molekuler yaitu deoxyribonucleic acid (DNA) sebagai penanda dari
spesies tertentu untuk tujuan pengembangan sistem pemuliaan berbasis molekular.
DNA menjadi salah satu kajian materi dalam biologi molekuler. DNA mengandung
materi genetik yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme
dalam setiap organisme. Suatu molekul DNA tersusun atas basa nitrogen, gula, dan fosfat
(Yuwono, 2006).
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk memelajari DNA. DNA dapat diisolasi
baik dari sel tanaman, hewan, manusia maupun bakteri (Faatih, 2009). Salah satu rangkaian
teknik rekayasa genetika adalah isolasi DNA, yang melibatkan suatu proses memindahkan
DNA dari suatu organisme ke organisme lain dengan tujuan tertentu. Melalui isolasi DNA kita
dapat memeroleh DNA murni, yaitu tanpa protein maupun RNA dari suatu sel dalam jaringan.
Sayuran dan buah termasuk sel eukariotik. Bayu (2005) sel eukariotik memiliki inti sejati
(karion atau nukleus) yang mengandung DNA, juga terdapat organel seperti kloroplas dan
mitokondria yang mengandung DNA.
Tahapan pada proses isolasi DNA ini, adalah ekstraksi dan pelisisan sel secara
mekanik maupun kimia melalui penggerusan serta penggunaan garam dan detergent, ,
presipitasi DNA dari bahan yang lain yang tidak diinginkan menggunakan ethanol atau alkohol
dingin (Yulianti, 2006). Melalui isolasi DNA tersebut, mengubah paradigma yang ada selama
ini, dimana bahan dan alat seperti seperti buffer, sentrifugasi, PCR, elektroforesis sulit
diperoleh dan mahal harganya. Selain itu, alat dan bahan tersebut juga belum tentu terdapat
disemua civitas akademik ditambah dengan protokol yang rumit sehingga menjadi hambatan
 dalam memahami dan menyampaikan materi biologi molekuler. Melalui isolasi dna pada
sayuran dan buah ini, maka dapat dilakukan secara sederhana dengan menggunakan alat,
bahan disekitar serta protokol yang tidak rumit

BAHAN DAN METODE

Penelitian dilakukan pada tanggal 06 maret 2020 di Laboratorium PMIPA FKIP
Universitas Riau. Adapun alat yang yang digunakan yaitu bekker glass, sendok makan, sendok
teh, pipet tetes,mortal dan pastle, tabung reaksi, pipet kaca, Water bath,sedangkan bahan yang
digunakan yaitu air, garam dapur, buah dan sayur, sabun cuci piring cair, ssabun fixal, es batu,
kertas saring, tusuk gigi, dan alkohol.
Adapun prosedur kerja dari isolasi DNA, yaitu pertama siapkan larutan ekstraksi dengan
memasukkan 100 ml air ke dalam gelas, tambahkan satu sendok makan penuh garam dapur,
satu sendok makan sabun cuci piring cair dan 10 tetes sabun Fixal (sabun untuk membersihkan
flek-flek) sebagai biokatalisator/enzim untuk menghancurkan protein. Masukkan 20 ml larutan
ekstraksi ke dalam tabung reaksi. Haluskan bahan-bahan sayuran atau buah. Kemudian ambil
sebanyak 3 sendok teh, masukkan ke dalam larutan ekstraksi. Panaskan larutan dalam air
bersuhu 60oC selama 15 menit (membran sel hancur dan DNA lepas dari inti sel). Dinginkan
larutan dalam es selama 10 menit. Saring larutan dengan menggunakan kertas saring. Masukkan
alkohol (etanol, lebih bagus bila ada isopropanol) secara hati-hati melalui dinding tabung reaksi
ke dalam cairan hasil penyaringan (DNA tidak larut dalam alkohol dan mengalami presipitasi).
Dan DNA akan muncul kepermukaan berwarna keputihan dan bisa diambil hati-hati dengan
tusuk gigi atau pipet kaca yang ujungnya dibengkokkan.

HASIL
Tabel.1 Hasil Pengamatan
No Bahan Perlakuan Hasil Pengamatan
. Warna Bentuk Waktu Jumlah
1 Kangkung 20 ml larutan ektraksi Putih Benang-benang Cepat +++
& 3 sendok teh ekstrak halus
kangkung
2 Semangka 20 ml larutan ektraksi Putih Benang-benang Cepat +++
& 3 sendok teh ekstrak halus
semangka
3 Sawi putih 20 ml larutan ektraksi Putih Gumpalan awan Sangat ++++
& 3 sendok teh ekstrak Cepat +
sawi putih
4 Kol 20 ml larutan ektraksi Putih Benang-benang Cepat +++
& 3 sendok teh ekstrak halus
kol
5 Pepaya 20 ml larutan ektraksi Putih Bintik-bintik Sedang +++
& 3 sendok teh ekstrak putih
pepaya
 6 Naga 20 ml larutan ektraksi Putih Benang-benang Cepat +++
& 3 sendok teh ekstrak halus
naga
7 Bayam 20 ml larutan ektraksi Putih Bintik-bintik Cepat +++
& 3 sendok teh ekstrak putih
bayam
8 Pisang 20 ml larutan ektraksi Putih Bintik-bintik Cepat +++
& 3 sendok teh ekstrak putih
pisang
9 Daun ubi 20 ml larutan ektraksi Putih Benang-benang Cepat +++
& 3 sendok teh ekstrak halus
daun ubi
10 Tomat 20 ml larutan ektraksi Putih Awan Cepat ++++
& 3 sendok teh ekstrak
tomat
11 Sawi manis 20 ml larutan ektraksi Putih Gumpalan awan Cepat ++
& 3 sendok teh ekstrak
sawi manis
12 Nanas 20 ml larutan ektraksi Putih Gumpalan awan Cepat +++
& 3 sendok teh ekstrak
nanas
13 Seledri 20 ml larutan ektraksi Putih Gumpalan awan Lambat ++
& 3 sendok teh ekstrak
seledri
14 Alpukat 20 ml larutan ektraksi Putih Awan Cepat ++++
& 3 sendok teh ekstrak
alpukat
Keterangan:
+++++ : Sangat banyak
++++ : Banyak
+++ : Sedang
++ : Sedikit
+ : Tidak ada

PEMBAHASAN
Adapun buah dan sayur yang dipakai dalam melakukan praktikum ada 14 macam yaitu,
kangkung, semangka, sawi putih, kol, pepaya, naga, bayam, pisang, daun ubi, tomat, sawi manis,
nanas, seledri, dan alpukat. Berdasarkan tabel dari hasil pengamatan diatas, dapat dilihat bahwa
sayuran yang memiliki hasil isolasi terbanyak yaitu pada sayur sawi putih, sedangkan pada buah
hasil isolasi terbanyak ditunjukkan oleh buah alpukat. Selain kedua buah dan sayuran tersebut,
jenis sayuran dan buah seperti kangkung, kol, bayam, daun ubi, tomat, sawi manis, seledri,
semangka, pepaya, naga, pisang, dan nanas menunjukkan jumlah isolasi DNA yang sedikit,
padahal jumlah larutan ekstraksi yang diberikan adalah sama.
 Salah satu faktor penyebab DNA yang dihasilkan sedikit karena selama proses
praktikum, praktikan mungkin banyak berbicara sehingga berpotensi mengeluarkan air liur yang
dapat merusak DNA, yang mana pada isolasi DNA, pengerjaannya harus sangat hati-hati karena
DNA sangat mudah rusak oleh enzim DNAse yang terdapat pada kulit, saliva maupun air mata
pemeriksa (Faatih, 2009).
Oleh karena itu selama pengerjaan harus mengenakan sarung tangan dan berbicara
sesedikit mungkin. Adapun faktor lain yang menyebabkan sedikitnya perolehan DNA adalah
teknik penggerusan yang berbeda. Hal ini terjadi karena saat penggerusan terjadi pelepasan
senyawa polifenol dan polisakarida. Polifenol yang teroksidasi kovalen akan terikat dengan
DNA, sedangkan polisakarida mengalami koprespitasi dengan asam nukleat sehingga DNA akan
rusak.

KESIMPULAN
Berdasarkan hasil pengamatan, dapat dilihat bahwa buah dan sayuran yang paling banyak
menghasilkan DNA adalah buah alpukat dan sawi putih. Sedangkan buah dan sayuran yang
paling sedikit menghasilkan DNA yaitu nanas, pisang naga dan semangka serta sayur seledri dan
sawi manis. Hal disebabkan karena selama proses praktikum, banyak berbicara sehingga
berpotensi mengeluarkan air liur yang dapat merusak DNA, faktor lainnya disebabkan oleh
teknik penggerusan yang berbeda.

DAFTAR PUSTAKA
Ardiana DW. 2009. Teknik Isolasi DNA genom tanaman pepaya dan jeruk menggunakan
modifikasi CTAB. Buletin Teknik Pertanian 14:12-16
Bayu, E.S. 2005. Genom Kloroplas. E-USU Repsoitori
Faatih, Mukhlissul. 2009. Isolasi Dan Digesti Dna Kromosom Isolation And Digestion Of
Chromosomal DNA. Jurnal Penelitian Sains & Teknologi 10(1): 61 – 67
Tohib, 2012. Macam Metode Isolasi DNA. http://www.tohib.web.id. Diakses pada tanggal 12
Maret 2020, pada pukul 01.00 WIB.
Doyle JJ, Doyle JL,. 1990. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus 12:13 15
Yulaikah, S. Alfindasari, D. dan Adawiyah,R. 2015. Integrasi Scientific Inquiry dengan
Kompetensi Profesional Guru Biologi pada pembelajaran Biologi di Abad ke-21.
Prosiding Seminar Nasional Pendidikan Biologi
Yulianti E, 2006. Pengembangan Teknik Isolasi DNA Tumbuhan Menggunakan Detergen
Komersial. Semnas MIPA
Yuwono, T. 2006. Biologi Molekuler, Jakarta: Erlangga