BAGIAN 3 EVOLUSI MIKROBA

Sementara banyak prinsip dasar evolusi dilestarikan di semua bidang kehidupan,

aspek-aspek tertentu dari evolusi mikroba jarang terjadi pada tumbuhan dan
hewan. Sebagai contoh, Bakteri dan Archea umumnya haploid dan aseksual,
mereka memiliki beberapa mekanisme untuk transfer gen horizontal yang
menghasilkan pertukaran asimetris dari bahan genetik yang tidak terpisahkan dari
reproduksi, dan genom mereka dapat sangat heterogen dan sangat dinamis. Pada
bagian ini kami mempertimbangkan proses yang menyebabkan diversifikasi garis
keturunan mikroba dan bagaimana kekuatan ini berdampak pada evolusi genom
mikroba.

12.6. PROSES EVOLUSI

Dalam bentuknya yang paling sederhana, evolusi adalah perubahan frekuensi alel
di seperangkat organisme dari waktu ke waktu. Alel adalah versi alternatif dari
gen yang diberikan. Alel baru muncul karena mutasi dan rekombinasi, dan
perubahan frekuensi alel dapat terjadi melalui berbagai perubahan, termasuk
seleksi dan pergeseran genetik. Bagaimana mekanisme sederhana ini
memunculkan asal dan divergensi spesies mikroba?

asal mula keanekaragaman genetik

Mutasi adalah perubahan acak dalam urutan DNA yang menumpuk

dalam semua urutan DNA dari waktu ke waktu; mereka adalah sumber
fundamental variasi alami yang mendorong proses evolusi.
mutasi bersifat netral atau merusak, meskipun beberapa dapat bermanfaat.
Mutasi mengambil beberapa bentuk termasuk pergantian, penghapusan,
sisipan, dan duplikasi (Bab 10). Peristiwa duplikasi menghasilkan salinan gen
yang berlebihan yang dapat dimodifikasi dengan mutasi lebih lanjut tanpa
kehilangan fungsi yang disandikan oleh gen asli. Oleh karena itu, duplikasi
memungkinkan diversifikasi fungsi gen.

Rekombinasi adalah proses dimana segmen-segmen DNA berada

rusak dan bergabung kembali untuk membuat kombinasi materi genetik baru.
Rekombinasi dapat menyebabkan reassortment materi genetik yang sudah ada
dalam genom dan juga diperlukan untuk integrasi ke dalam genom DNA yang
diperoleh melalui transfer gen horizontal. Rekombinasi dapat secara luas
diklasifikasikan sebagai homolog atau non-homolog. Rekombinasi homolog
membutuhkan segmen pendek dari sekuens DNA yang sangat mirip yang
mengapit daerah DNA yang ditransfer. Sebaliknya, rekombinasi nonhomologis
dimediasi oleh beberapa mekanisme (Bagian 10.5) yang memiliki kesamaan fakta
bahwa mereka tidak memerlukan tingkat kemiripan sekuens tingkat tinggi untuk
memulai kesuksesan Integrasi DNA.

Seleksi dan penyimpangan genetik

Alel baru terjadi ketika mutasi dan rekombinasi menyebabkan variasi dalam
urutan gen. Evolusi terjadi ketika alel-alel yang berbeda berubah frekuensinya
dalam suatu populasi dalam suatu rentang dari banyak generasi. Ahli biologi
evolusi telah menjelaskan banyak mekanisme berbeda yang mungkin mengatur
proses evolusi ini, tetapi yang paling utama di antaranya adalah kekuatan seleksi
dan pergeseran genetik.

Seleksi didefinisikan berdasarkan kemampuan/kecocokan, kemampuan suatu

organisme untuk menghasilkan keturunan dan berkontribusi pada susunan genetik
generasi mendatang. Sebagian besar mutasi bersifat netral sehubungan dengan
kemampuan/kecocokan dan mereka tidak memiliki efek pada sel karena
degenerasi kode genetik (Bagian 4.11). Mutasi ini umumnya terakumulasi dalam
DNA dari waktu ke waktu. Beberapa mutasi merusak; ini mengurangi kemamuan
suatu organisme dengan mengganggu fungsi gen. Mutasi yang merusak umumnya
dibersihkan dari populasi seiring waktu melalui seleksi alam. Beberapa mutasi
dapat bermanfaat, meningkatkan kemampuan suatu organisme, dan mutasi ini
disukai oleh seleksi alam, yang meningkatkan frekuensi dalam suatu populasi dari
waktu ke waktu. Contoh mutasi yang menguntungkan adalah mutasi yang
menginduksi resistensi antibiotik pada bakteri patogen yang menginfeksi
seseorang yang menjalani terapi antibiotik. Penting untuk diingat bahwa semua
mutasi terjadi secara kebetulan; sifat selektif dari lingkungan tidak menyebabkan
mutasi adaptif tetapi hanya memilih untuk pertumbuhan dan reproduksi
organisme yang telah mengalami mutasi yang memberikan keuntungan
kecocokan.

Sementara Darwin mengusulkan seleksi alam sebagai mekanisme

perubahan frekuensi gen dari waktu ke waktu, perubahan evolusioner dapat terjadi
melalui mekanisme selain seleksi. Contoh utama adalah pergeseran genetik
(Gambar 12.20), sebuah proses acak yang dapat menyebabkan frekuensi gen
berubah seiring waktu, menghasilkan evolusi tanpa adanya seleksi alam.
Penyimpangan genetik terjadi karena beberapa anggota populasi akan memiliki
lebih banyak keturunan daripada yang lain sebagai hasil dari kebetulan; seiring
waktu peristiwa-peristiwa kebetulan ini dapat menghasilkan perubahan
evolusioner dengan tidak adanya seleksi. penyimpangan Genetika paling kuat di
populasi kecil dan dalam populasi yang sering mengalami peristiwa “bottleneck”.
Yang terakhir terjadi ketika suatu populasi mengalami pengurangan parah dalam
ukuran populasi diikuti oleh pertumbuhan kembali dari sel-sel yang tersisa.
Sebagai contoh, pergeseran genetik bisa sangat penting dalam evolusi patogen
karena setiap infeksi baru disebabkan oleh sejumlah sel kecil yang menjajah inang
baru. Oleh karena itu, populasi patogen dapat berubah dengan cepat sebagai akibat
dari penyimpangan genetik acak. seperti yang diilustrasikan pada Gambar 12.20.

Ciri-ciri baru Dapat Berevolusi dengan Cepat dalam Mikroorganisme

Perubahan lingkungan atau pengenalan sel ke lingkungan baru dapat
menyebabkan perubahan evolusioner cepat dalam populasi mikroba.
Mikroorganisme biasanya membentuk populasi besar dan dapat bereproduksi
dengan cepat, menghasilkan generasi baru hanya dalam 20 menit untuk beberapa
spesies, dan dengan demikian peristiwa evolusi dalam populasi mikroba sering
dapat diamati di laboratorium pada skala waktu yang relatif singkat. Variasi yang
diwariskan yang sudah ada dalam suatu populasi menyediakan bahan mentah,
yang di mana seleksi alam bertindak mengikuti perubahan dalam lingkungan
selektif tersebut. Di sini kami mempertimbangkan dua contoh perubahan
evolusioner cepat pada bakteri, satu melibatkan hilangnya sifat secara cepat di
Rhodobacter, dan satu melibatkan perolehan sifat baru dalam Escherichia coli.

Rhodobacter adalah bakteri ungu fototrofik yang melakukan fotosintesis

anoksigenik (Bagian 13.3) pada anoksik yang menyala lingkungan. Ketika
dikultur secara anaerob dalam cahaya atau gelap, sel-sel mensintesis
bakterioklorofil dan karotenoid. hal ini tidak adanya O2, bukan adanya cahaya,
yang menandai bakteru sintesis pigmen. dalam cahaya pigmen ini berpartisipasi
dalam reaksi fotosintesis yang menyebabkam sintesis ATP, namun dalam
kegelapan, pigmen ini tidak memberi manfaat bagi sel.

Mutasi acak kadang-kadang menghasilkan sel-sel Rhodobacter yang

menghasilkan penurunan tingkat photopigment atau tidak ada photopigment sama
sekali. Di alam, kemampuan untuk melakukan fotosintesis adalah sifat adaptif dari
nilai yang signifikan, dan dengan demikian mutan fotosintesis hilang dan sel tipe
liar mendominasi. Namun, berbeda dengan kondisi alam, tidak ada pilihan
terhadap sel-sel Rhodobacter yang memiliki kapasitas berkurang untuk
berfotosintesis jika mereka dikultur di laboratorium dalam kegelapan konstan.
Mutan yang menghasilkan penurunan tingkat fotopigmen muncul dalam kultur
gelap seperti halnya pada kultur fototrofik, tetapi dalam gelap, mutan ini dipilih
untuk dan dengan cepat mengambil alih populasi (Gambar 12.21).

Photopigment tidak berguna dalam gelap, dan mutan menghemat energi

dengan menghindari biaya metabolisme untuk mensintesisnya. Oleh karena itu,
mutan fotosintetik mampu mengalahkan tipe liar sel yang menghasilkan
pelengkap fotopigmen. Meskipun mutan-mutan ini telah mengurangi kapasitas
fototropik atau dalam beberapa kasus benar-benar kehilangan kemampuan untuk
tumbuh secara fototropis (lihat inset foto pada Gambar 12.21), dalam kegelapan
permanen mereka dengan cepat menjadi organisme yang paling cocok dalam
populasi dan karenanya menikmati keberhasilan reproduksi terbesar. Mutasi yang
mempengaruhi fotosintesis terjadi pada kecepatan yang sama dalam cahaya
seperti dalam gelap, tetapi dalam cahaya seleksi untuk fototropi begitu kuat
sehingga mutan seperti itu dengan cepat hilang dari populasi.

Evolusi eksperimental adalah bidang studi yang berkembang yang

dimungkinkan oleh pertumbuhan populasi bakteri yang cepat dan kemampuan
untuk melestarikan bakteri tanpa batas dengan pembekuan. Yang terakhir
memungkinkan untuk mempertahankan "catatan fosil" hidup dari organisme
leluhur yang dapat dicairkan kemudian dan dibandingkan dengan strain yang
berevolusi. Misalnya, eksperimen evolusi jangka panjang (LTEE) Escherichia
coli, yang telah berjalan sejak 1988, telah melacak evolusi 12 parallellines dari
E.colith melalui lebih dari 50.000 generasi. Kultur LTEE E. coli telah tumbuh
secara aerobik pada media minimal dengan glukosa sebagai satu-satunya sumber
karbon dan energi. E. coli biasanya diperbanyak dalam medium kaya yang
mengandung kelebihan semua nutrisi yang dibutuhkan sel untuk tumbuh dan
media glukosa minimal yang digunakan dalam LTEE mewakili lingkungan
adaptif baru di mana E. coli dapat berkembang dari waktu ke waktu.

Dalam LTEE, leluhur dan garis evolusi adalah direkayasa secara genetik
mengandung penanda netral yang dibuat koloni, mereka berwarna merah atau
putih. Marker memungkinkan untuk mengukur kesesuaian strain yang berevolusi
relatif terhadap leluhur dengan bersaing satu sama lain (Gambar 12.22a). Genom
sekuensing selama percobaan mengungkapkan bahwa mutasi terakumulasi secara
acak dari waktu ke waktu dalam garis yang berevolusi. Namun, kesesuaian relatif
dari garis yang berevolusi pada media glukosa minimal meningkat secara dramatis
selama 500 generasi pertama sebagai hasil dari seleksi yang bekerja pada mutasi
yang bermanfaat dalam lingkungan baru ini. (Gambar 12.22b). Kemampuan garis
evolusi terus meningkat, meskipun pada tingkat yang dikurangi, sebagai hasil
seleksi lebih lanjut selama percobaan. Paling luar biasa, setelah 31.500 generasi,
salah satu garis yang berevolusi memperoleh kemampuan untuk menggunakan
sitrat sebagai sumber energi (Gambar 12.22c). Sitrat hadir sebagai penyangga pH
dalam media yang digunakan dalam percobaan ini dan tidak dianggap sebagai
sumber karbon potensial untuk E. coli karena ketidakmampuan untuk tumbuh
secara aerobik pada sitrat adalah sifat diagnostik untuk E. coli. Namun, akumulasi
acak dari mutasi dalam satu ini berevolusi garis memodifikasi gen yang sudah ada
sedemikian rupa sehingga memungkinkan evolusi sifat adaptif baru. Strain yang
berbeda sekarang dapat mengeksploitasi sumber daya baru yang tidak tersedia
untuk populasi leluhur. Karena mereka sekarang dapat menggunakan sitrat dan
glukosa, sel-sel ini tumbuh dengan kepadatan sel yang jauh lebih tinggi daripada
leluhur (Gambar 12.22c). Fakta bahwa hanya satu dari 12 garis paralel yang
berevolusi kemampuan tumbuh pada sitrat menunjukkan sifat kesempatan evolusi.
Transisi yang ditunjukkan dalam percobaan ini mengingatkan kita tentang
seberapa cepat tekanan evolusioner dapat menggeser bahkan sifat-sifat utama
(seperti strategi metabolisme) dari populasi sel mikroba. Dalam kasus
Rhodobacter, mutasi yang merusak di alam liar memberikan keuntungan selektif
ketika organisme ditanam di laboratorium dalam lingkungan yang gelap terus-
menerus. Di bawah kondisi baru ini, evolusi menyebabkan Rhodobacter
kehilangan mesin metabolisme yang tidak dibutuhkan. Dalam kasus E. coli,
akumulasi mutasi acak memungkinkan akumulasi keanekaragaman genetik dalam
suatu populasi. Miliaran mutasi berbeda disampel oleh populasi selama ribuan
generasi dan beberapa kombinasi mutasi yang langka, secara kebetulan, memberi
sel kemampuan untuk mengeksploitasi sitrat sebagai sumber daya. Variasi alami
yang disebabkan oleh mutasi kebetulan menghasilkan sifat baru, kemampuan
menggunakan sitrat, dan karena lingkungan di mana sel-sel tumbuh mengandung
sitrat, mutasi ini memberikan keuntungan selektif pada sel-sel itu. Dengan tidak
adanya sitrat, mutasi ini akan tetap terjadi pada tingkat yang sama. Namun,
dengan tidak adanya manfaat selektif, sel yang dapat menggunakan sitrat
kemungkinan akan menghilang dari populasi seiring waktu.

Spesiasi Mikroorganisme Dapat memakan waktu lama

Spesies dapat memiliki beragam individu dengan berbeda sifat-sifat. Seperti yang
kita bahas di atas, mikroorganisme dapat mengembangkan sifat-sifat baru dengan
kecepatan luar biasa dan sebagai hasilnya, spesies mikroba dapat beragam secara
genetik dan fenotip. Perubahan urutan dapat digunakan sebagai jam molekuler,
untuk memperkirakan waktu karena dua garis keturunan telah berbeda. Asumsi
utama dari pendekatan jam molekuler adalah nukleotida itu perubahan menumpuk
secara berurutan sesuai dengan waktu, bahwa perubahan uch umumnya netral dan
tidak mengganggu fungsi gen, dan bahwa mereka acak. Perkiraan jam molekuler
paling dapat diandalkan ketika mereka dapat dikalibrasi dengan bukti dari catatan
geologis. Pendekatan jam molekuler memiliki telah digunakan untuk
memperkirakan waktu divergensi organisme yang berhubungan jauh, seperti
domain Archaea dan Eukarya (sekitar 2,8 miliar tahun yang lalu, Gambar 1.4b).
Data ini telah digabungkan dengan bukti dari catatan geologis dari isotop stabil
(Bagian 18.9) dan penanda biologis spesifik untuk memperkirakan kapan pola
metabolisme yang berbeda mungkin muncul pada bakteri (Bagian 12.1, 12.2;
Gambar 12.1). Perkiraan jam molekuler telah dikalibrasi pada skala waktu yang
lebih kontemporer menggunakan simbol bakteri obligat dari serangga (Bagian
22.9) di mana inang serangga menyediakan catatan fosil yang sesuai untuk
menentukan waktu peristiwa evolusi. Dari perhitungan seperti itu adalah mungkin
untuk memperkirakan bahwa dua galur E. coli yang ditandai dengan baik, galur
K-12 yang tidak berbahaya dan galur patogen bawaan makanan O157: H7,
berbeda sekitar 4,5 juta tahun yang lalu. Demikian juga, diperkirakan bahwa E.
coli dan Salmonella enterica serovar Typhimurium, yang memiliki keterkaitan
2,8% dalam gen 16S rRNA mereka, terakhir memiliki leluhur bersama sekitar
120-140 juta tahun yang lalu. Oleh karena itu, sementara mikroorganisme dapat
berevolusi dengan cepat, sebagian besar spesies mikroba adalah purba dan
spesiasi mikroba tampaknya membutuhkan waktu yang sangat lama.

12.7 Evolusi Genom Mikroba

Sifat dinamis genom mikroba terungkap secara dramatis mode ketika genom
pertama diurutkan dari beberapa strain dari satu spesies. Sekuensing genom dari
strain Escherichia coli K-12 dan dua strain patogen menunjukkan bahwa hanya
39% dari gen mereka dibagi di antara ketiga genom (Gambar 12.23). Tiga genom
bervariasi dalam ukuran lebih dari satu juta pasangan basa panjang dan masing-
masing berisi pelengkap gen yang unik dan beragam yang diperoleh melalui
transfer gen horizontal. Genom dari banyak spesies mikroba sekarang telah
diperiksa dengan cara ini dan telah mengungkapkan bahwa gen dalam genom
mikroba dapat ditempatkan ke dalam dua kelas: genom inti, gen yang dimiliki
oleh semua anggota suatu spesies, dan genom pan, genom inti ditambah gen yang
tidak dimiliki oleh semua anggota spesies dan yang sering diperoleh melalui
transfer gen horizontal (Gambar 12.19). Dalam Bab 6 kami memperkenalkan
konsep ini dan di sini kami mempertimbangkan kekuatan yang mendorong pola-
pola ini evolusi genom.

Sifat Dinamis Genome Escherichia coli

Lebih dari 20 genom telah diurutkan dari berbagai gen strain E. coli, memberikan
wawasan lebih lanjut tentang sifat genom inti dan pan. Genom E. coli memiliki
rata-rata 4.721 gen, dengan masing-masing strain memiliki sedikitnya 4.068 atau
sebanyak 5379 total gen. Genom inti hanya terdiri dari 1976 genhadir dalam
semua strain, terhitung kurang dari setengah gen hadir dalam genom E. coli rata-
rata. Ukuran genom inti bisa diperkirakan akan berkurang seiring dengan
meningkatnya jarak evolusi dari strain. Dengan mengambil prediksi ini secara
ekstrem, hanya 50 hingga 250 gen yang diprediksi hadir secara universal di semua
spesies Bakteri dan Archaea. konten gen antara galur satu spesies tunggal
menunjukkan hal itu genom mikroba sangat dinamis; artinya, genom dapat
menyusut atau membesar dengan relatif cepat dari waktu ke waktu. Keberadaan
genom pan menunjukkan bahwa Bacteria dan Archaea secara konstan mengambil
sampel informasi genetik dari lingkungan mereka melalui transfer gen horizontal.

Sifat dinamis dari genom mikroba adalah manifestasi dari mekanisme

evolusi yang telah kami jelaskan (Bagian 12.6). Variasi antara genom muncul
karena kekuatan mutasi dan rekombinasi, dan dinamika evolusi genom diatur oleh
seleksi dan pergeseran genetik. Selain itu, bukti untuk transfer gen horizontal
tersebar luas di genom mikroba. Pola pertukaran gen tampaknya diatur oleh jarak
filogenetik, dengan tingkat pertukaran gen antara genom menurun dengan
meningkatnya jarak filogenetik. Pada intinya Dengan genom E. coli, sebagian
besar transfer gen horizontal terjadi antara kerabat dekat dan terjadi dengan
penggantian segmen DNA homolog dengan panjang 50 hingga 500 pasangan
basa. Sementara banyak peristiwa transfer gen horizontal disebabkan oleh
penggantian homolog, insersi yang dihasilkan dari rekombinasi nonhomologis
juga umum pada genom mikroba. Analisis komparatif genom E. coli
menunjukkan bahwa panjang gen rata-rata penyisipan 4 gen tetapi dalam beberapa
kasus mengandung 10 gen atau lebih

Penghapusan Gen dalam Genom Mikroba

Penghapusan memainkan peran penting dalam dinamika genom mikroba (lihat

Jelajahi Dunia Mikroba, “Hipotesis Ratu Hitam”). Penghapusan terjadi dengan
frekuensi yang jauh lebih besar daripada penyisipan dalam genom mikroba, dan
bias terhadap penghapusan ini adalah kekuatan yang mempertahankan ukuran
kecil genom mikroba. Seleksi adalah kekuatan utama yang melawan efek
penghapusan,melestarikan gen-gen yang memberikan manfaat kebugaran pada
sel. Materi yang tidak penting dan tidak berfungsi dihapus dari waktu evolusi,
itulah sebabnya genom mikroba sangat padat gen dan mengandung sekuens
nonkode yang relatif sedikit. Sebagian besar gen yang diperoleh dengan transfer
gen horizontal, seperti kebanyakan mutasi pada umumnya, dapat diharapkan
netral atau merusak sel. Oleh karena itu, ada kemungkinan bahwa gen-gen baru
diperoleh dari lingkungan dan gen-gen yang tidak memberikan manfaat kebugaran
terkikis dari genom seiring waktu karena akumulasi penghapusan yang tak ada
habisnya. Selain itu, pergeseran genetik (Gambar 12.20) dapat meningkatkan
akumulasi cepat dari peristiwa penghapusan ketika ukuran populasi kecil atau
ketika populasi melewati hambatan. Penghapusan diperkirakan menyebabkan
genom sangat kecil yang ditemukan di banyak simbion intraseluler obligat dan
patogen (Bagian 6.4 dan 22.9).