Flagela menggerakan sel dengan cara mendorong atau menarik, selain itu berfungsi
mengarahkan tubuh sel. Pada beberapa mastighopora flagellanya melekat di sepanjang
membran tipis dan longgar memberntuk struktur yang disebut membran bergelombang.
Struktur ini adalah karakteristik dari beberapa parasit darah dan jaringan yang berbahaya dan
diyakini dapat memfasilitasi pergerakan dari flagellata ini.pergerakan melalui cairan tubuh
yang kental dengan memperkuat kekuatan propulis yang dihasilkan flagel.
Beberapa organisme yang berflagel menghasilkan kista – kista yang lain seperti yang
ditularkan melalui kontak langsung antara inang dengan vektor.
Sebagian besar spesies masyigophora hidup bebas, namun beberapa menyebabkan penyakit
pada manusia. Yang paling serius adalah penyakit tidur Afrika, disebabkan oleh
Trypanosoma gambiense dan Trypanosoma rhodensiense) dan penyakit chagas (
Trypanosoma cruzi). Dua mastigophora parasit lainnya menyebabkan penyakit yang kurang
parah tetapi sangat umum. Mereka adalah Giardia lamblia penyebab penyakit usus, dan
Trichomonas vaginalis penyebab penyakit alat kelamin.