PRAKTIKUM KIMIA FARMASI I

PERCOBAAN X
ASAM NUKLEAT

NAMA : RALITZA DIVA SALSABILLA

NIM : 2013016172
KELOMPOK : 2
PRODI : S-1 FARMASI
ASISTEN : PUTRI RINJANI

LABORATORIUM KIMIA FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS MULAWARMAN
2021
 PERCOBAAN X
ASAM NUKLEAT

A. WAKTU PRAKTIKUM
Hari/Tanggal : Selasa, 18 Mei 2021
Waktu : 07.30-10.30
B. JUDUL PRAKTIKUM
Asam Nukleat
C. TUJUAN PRAKTIKUM
Praktikum ini bertujuan untuk mengetahui penampakan asam nukleat dari
bagian tanaman.
D. DASAR TEORI
Asam nukleat merupakan polimer dari monomer-monomer yang disebut
nukleotida. Masing-masing nukleotida itu sendiri terdiri atas tiga bagian :
suatu molekul organik yang disebut basa nitrogen, suatu pentosa (gula
berkarbon lima), dan gugus fosfat. Terdapat dua keluarga basa nitrogen :
pirimidin dan purin. Pirimidin memiliki cincin enam-anggota yang terdiri dari
atom karbon dan atom nitrogen. (Atom nitrogen itu cenderung mengambil H+
dari larutan, yang menjelaskan istilah basa nitrogen). Anggota keluarga
pirimidin adalah sitosin (C), timin (T), dan urasil (U). Purin lebih besar,
dengan cincin enam-anggota yang menyatu dengan suatu cincin lima-
anggota. Yang termasuk purin adalah adenin (A) dan guanin (G). Pirimidin
dan purin yang spesifik berbeda dalam hal gugus fungsional yang terikat ke
cincinnya. Adenin, guanin, dan sitosin ditemukan pada kedua jenis asam
nukleat. Timin hanya ditemukan dalam DNA dan urasil ditemukan pada RNA.
Komponen utama penyusun nukleotida terdiri atas gula, basa, dan fosfor.
Nukleotida berbeda satu terhadap yang lain bergantung pada jenis gula dan
basa nitrogen yang dikandungnya. Ada dua macam gula yaitu ribose dan
deoksiribosa. Kelompok basa terbagi menjadi purin dan pirimidin. Basa pun
terdiri atas Adenin (A) dan Guanin (G), sedangkan Pirimidin terdiri atas
Sitosin (S), Timin (T), dan Urasil (U).
 Masing-masing basa purin (Adenin dan Guanin) selalu berpasangan
dengan basa pirimidin (Timin dan Sitosin). Semua basa dari molekul DNA
selalu berada di sebelah dalam pilin ganda dengan gula-fosfat disebelah luar.
Pasangan-pasangan basa ini ditautkan oleh ikatan-ikatan hidrogen yang relatif
lemah, adenin selalu berpasangan dengan timin (diikatkan oleh 2 ikatan
hidrogen) , guanin selalu berpasangan dengan sitosin (diikatkan oleh 3 ikatan
hidrogen).
Sel tumbuhan terbungkus dalam membran sitoplasmayang dikelilingi sel
yang kuat. Untuk mengeluarkan DNA dari dalam sel terlebih dahulu harus
menghancurkan membran dan dinding sel tersebut. Cara yang paling sering
dilakukan pada bakteri adalah dengan menggunakan bahan kimia. Selain itu,
seperti yang sering dilakukan pada tanaman, dapat pula dilakukan dengan cara
fisik yaitu menghancurkan sel menggunakan mortar dan pestle. Tepung sel
yang diperoleh melalui cara fisik ini kemudian dilarutkan dengan beberapa
bahan kimia, kemudian disentrifugasi untuk memisahkan supernatan yang
mengandung DNA, RNA dan protein.
Asam nukleat telah menjadi bahan peneliti para ahli biokimia sejak
senyawa ini diisolasi dari inti sel untuk pertamakalinya. Ada dua jenis asam
nukleat, yaitu DNA dan RNA. DNA dan RNA mempunyai beberapa
perbedaan diantaranya sebagai berikut.:
DNA RNA
 Hanya ditemukan di nucleus  Dapat ditemukan di nucleus dan
 Berupa rantai ganda panjang sitoplasma, terutama ribosom
 Kadarnya tidak dipengaruhi oleh  Berupa rantai tunggal pendek
aktivitas sintesis protein  Kadarnya dipengaruhi oleh
 Basa pirimidin terdiri atas timin aktivitas sintesis protein
(T) dan sitosin (C)  Basa pirimidin terdiri dari urasil
 Komponen gula berupa (U) dan sitosin (C)
deoksiribosa.  Komponen gula berupa ribose.

Asam nukleat adalah suatu polimer yang terdiri atas banyak molekul
 nukleotida Asam-asam nukleat terdapat pada jaringan-jaringan tubuh sebagai
nucleoprotein, yaitu gabungan antara asam nukleat dengan protein. Molekul
nukleotida terdiri atas nukleosida yang mengikat asam fosfat. Molekul
nukleosida terdiri atas pentose (deoksiribosa atau ribose) yang mengikat suatu
basa (purin atau pirmidin). Jadi apabila suatu nucleoprotein di hidrolisis
sempurna akan dihasilkan protein, asam fofat, pentose dan basa purin atau
pirimidin.
DNA berfungsi sebagai pengatur perkembangan biologis seluruh bentuk
kehidupan secara seluler, DNA hanya terdapat pada inti sel, mitokondria dan
kloroplas DNA juga merupakan serangkaian molekul tersusun dan basa (purin
dan pirimidin) serta gula dan fosfat sebagai bahan dasar penyusun gen.

E. ALAT DAN BAHAN

1. Alat
No. Alat Gambar Fungsi
1. Batang Pengaduk a. Mengaduk larutan
atau suspense dalam
wadah.
b. Membantu
menuangkan cairan
dalam erlenmeyer /
gelas beker.
2. Beaker Glass a. Melarutkan suatu
padatan
b. Mencampurkan
cairan
c. Memanaskan
larutan.
3. Corong a. Untuk memasukkan
bahan kimia ke
dalam alat yang
memiliki lubang
kecil, yang mana
sulit untuk
memasukkan bahan
kimia secara
langsung dari gelas
kimia atau alat
lainnya.
b. Menyaring endapan
yang terdapat dalam
larutan.
4. Gelas Ukur Mengukur volume suatu
larutan tertentu yang
tidak memerlukan
ketelitian yang tinggi.

5. Kertas Saring Menyaring endapan

yang ukuran lebih besar
dari pori pori kertas
saring. Pada proses
penyaringan, dalam
penuangan cairan ke
dalam corong dibantu
dengan gelas pengaduk.
6. Mortat dan pestle Menghaluskan atau
menggerus.

7. Pipet ukur Mengambil larutan atau

cairan dalam jumlah
sedikit.

8. Propipet Mengambil/menghisap
larutan dengan pipet
volume atau pipet ukur.

9. Rak Tabung Tempat meletakkan

tabung reaksi pada saat
mereaksikan bahan
kimia.

10. Spatel Logam Mengambil objek yang

telah diiris untuk
sediaan mikroskop.
11. Tabung a. Tempat mengukur,
Erlenmeyer membuat,
mencampur,
menyimpan, dan
memanaskan
senyawa kimia.
b. Untuk analisis
kuantitatif secara
volumetri (titrasi).
12. Tabung Reaksi a. Tempat
mereaksikan
larutan/cairan.
b. Memanaskan
larutan pada nyala
api oksidasi.

2. Bahan
No. Bahan Sifat Fisika Sifat Kimia
1. Alkohol 96% Cairan tidak berwarna, Senyawa organik yang
jernih, mudah menguap, memiliki gugus hidroksil (-
mudah bergerak dan bau OH) yang terikat pada
khas. Sangat mudah larut atom karbon, yang ia
dalam air, dalam sendiri terikat pada atom
kloroform dan dalam eter hidrogen dan atau atom
(Muliana, 2014). karbon lain. Rumus
fungsional dari alkohol
adalah OH dengan formula
umum untuk alkohol ROH,
dimana R adalah alkil atau
substitusi kelompok alkil.
 Alkohol lebih polar
dibanding hidrokarbon, dan
alkohol merupakan pelarut
yang baik untuk molekul
polar (Muliana, 2014).
2. Brokoli Tinggi tanaman herba Brokoli mengandung rata-
brokoli sekitar 50-80 cm rata (88 g air; protein 4 g;
pada tahap vegetatif lemak 0,3 g; karbohidrat 6
matang dan 90-150 cm g; serat 1,5 g; Ca 150 mg;
saat tumbuhan berbunga. K 325 mg; karoten 800 mg;
Sistem akar bercabang vitamin C 100 mg). Nilai
banyak, ter- kumpul pada energi 245 kJ/100 g. Berat
tanah kedalaman 30 cm. 1000 biji adalah 2,5-4
Batang tidak bercabang gram. Selain itu, dalam
dengan panjang 20-30 cm brokoli terdapat vitamin
dan menebal ke atas. (A, C, E, tiamin, riboflavin,
Daun terkumpul (roset) nikotinamid), beta-karoten,
terdiri dari 15-25 daun sianohidroksibutena
(Jannah, 2016). CHB), sulforafan, dan
iberin yang merangsang
pembentukan glutation.
Kandungan zat yang
berkhasiat yaitu sulforafan
yang dapan mencegah
penyakit kanker (Jannah,
2016).
3. Detergen Senyawa deterjen Sifat kimia deterjen yang
umumnya mudah larut terpenting adalah sebagai
dalam air, dan dalam air zat pengemulsi
sadah tidak membentuk (emulgator). Emulsi adalah
endapan dengan logam dispersi atau suspensi suatu
magnesium dan kalsium cairan dalam cairan yang
serta mempunyai gugus lain, yang molekul molekul
RSO3 yang sangat stabil, kedua cairan tersebut tidak
sehingga sukar diuraikan saling bercamptir tetapi
oleh bakteri. Deterjen saling antagonis. Air dan
ataupun sabun merupakan minyak merupakan dua
zat aktif permukaan yang cairan yang tidak saling
dapat menurunkan bercampur, tetapi saling
tegangan permukaan air ingin berpisah, karena air
dan meningkatkan daya mempunyai polaritas yang
pembersih air dengan tinggi (merupakan senyawa
jalan mengemulsikan polar) sedangkan minyak
lemak atau kotoran- mempunyai polaritas yang
kotoran yang ada (Hendra, sangat rendah (senyawa
dkk., 2016). non polar). Setiap emulsi
biasanya terdiri dari tiga
bagian utama yaitu bagian
terdispersi, pendispersi,
dan emulsifier. Bagian
terdispersi terdiri dari
butir-butir molekul organik
(biasanya senyawa non
polar seperti molekul
lemak), bagian pendispersi
(continue phase) terdiri
dari molekul-molekul polar
yaitu air, sedangkan bagian
emulsifier berfungsi untuk
menjaga kestabilan emulsi
(Hendra, dkk., 2016).
4. Garam Padatan serbuk putih, BM Garam natrium klorida
58,44 g/mol. Titik Leleh : bereaksi dengan garam
810°C dan titik didih : ammonium sulfat
1413°C. Densitas : membentuk garam
1,18614 g/cm3 (40℃) ammonium klorida dan
(Ahmada, 2020) garam natrium sulfat.
Senyawa ini merupakan
bahan pemula bagi proses
klor alkali, yang
menghasilkan klorin dan
natrium hidroksida sesuai
dengan persamaan kimia
(Ahmada, 2020).
F. PROSEDUR KERJA

Ditimbang brokoli sebanyak 5 gram.

Ditumbuk sampai halus dengan mortar dan pestle.

Ditambahkan aquadest sebanyak 50 mL.

Ditambahkan garam : detergen sesuai perbandingan (½ : 1, 1 : 1, 1 : ½)

Ditunggu selama 15 menit

Disaring, diambil 2,5 mL dan dimasukkan ke dalam tabung reaksi.

Ditambahkan 5 mL alkohol 96%.

Diamati perubahan yang terjadi.

G. PENGAMATAN

No Perbandingan Gambar Hasil

1. ½:1 Terdapat benang kromatin di

permukaan atas dengan
jumlah yang lebih sedikit,
berbentuk serabut, larutan
menjadi warna kuning
kehijauan dan sedikit bening.
(+)

2. 1:1 Terdapat benang kromatin di

permukaan atas dengan
jumlah yang sangat banyak,
berbentuk serabut, larutan
menjadi warna kuning
kehijauan.
(+++)

3. 1:½ Terdapat benang kromatin di

permukaan atas dengan
jumlah yang banyak,
berbentuk serabut, larutan
menjadi warna kuning
kehijauan.
(++)

H. PEMBAHASAN
Pada praktikum ini, bahan yang digunakan adalah alkohol, brokoli,
detergen, dan garam. Alasan menggunakan brokoli ialah karena memiliki
kromatin yang banyak, kadar air yang sedang, tekstur yang lebih padat dan
keras agar efisien, dan juga dinding selnya lebih kuat. Fungsi garam pada
percobaan ini adalah untuk mempertahankan struktur DNA, membantu
memperjelas kromatin, melisiskan membrane inti dan mengeluarkan DNA.
Fungsi detergen untuk memecahkan dinding sel dan membrane sel,
membebaskan isi dari membrane inti, dan melarutkan lemak pada larutan.
Setelah bahan uji ditimbang sebanyak 5 gram, bahan uji dihaluskan
dengan menggunakan mortar dan pistil yang bertujuan untuk merusak
membran sel dan membran inti secara mekanik agar dapat terlihat
penampakan asam nuklear dan mengeluarkan kromatin yang terbuat dari asam
nukleat. Kemudian disiapkan larutan yang terdiri dan 50 ml aquades, garam
dapur dan detergen sesuai perbandingan. Ditambahkannya detergen juga
memiliki tujuan yang sama dengan proses penghalusan bahan uji, yaitu untuk
membebaskan isi dari menban intidebris sel.
Penambahan garam bertujuan untuk melarutkan DNA ion Na + yang
terdapat dalam garam mampu membentuk kutub negatif fosfat DNA. Kutub
tersebut dapat menyebabkan molekul-molekul saling menolak satu sama lain
sehingga pada saat itu ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat
DNA. Selain itu dengan ditambahkannya alkohol bertujuan agar benang
kromatin naik ke permukaan atas sehingga dapat terlihat dengan jelas.
Pada tabung reaksi yang pertama yaitu perbandingan garam : detergen ½ :
1. Hasil percobaan menunjukkan terdapat benang kromatin di permukaan atas
dengan jumlah yang lebih sedikit, berbentuk serabut, larutan menjadi warna
kuning kehijauan dan sedikit bening.
Pada tabung reaksi yang kedua yaitu perbandingan garam : detergen 1 : 1.
Hasil percobaan menunjukkan terdapat benang kromatin di permukaan atas
dengan jumlah yang sangat banyak, berbentuk serabut, larutan menjadi warna
kuning kehijauan.
Pada tabung reaksi yang ketiga yaitu perbandingan garam : detergen 1 : ½.
Hasil percobaan menunjukkan terdapat benang kromatin di permukaan atas
dengan jumlah yang banyak, berbentuk serabut, larutan menjadi warna kuning
kehijauan.
I. KESIMPULAN
Berdasarkan percobaan yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa:
1. Pada sampel tanaman brokoli menunjukkan bahwa adanya penampakan
asam nukleat dari bagian tanaman dengan menggunakan isolasi DNA dari
brokoli.
2. Pengujian isolasi DNA menggunakan beberapa perbandingan garam dan
detergen, yaitu ½ : 1, 1 : 1, dan 1 : ½ . Diperoleh hasil adanya perbedaan
warna pada masing-masing tabung reaksi yang berisi perbandingan garam
dan detergen yang berbeda-beda.
3. Hasil percobaan perbandingan ½ : 1 menunjukkan hasil terdapat benang
kromatin di permukaan atas dengan jumlah yang lebih sedikit, berbentuk
serabut, larutan menjadi warna kuning kehijauan dan sedikit bening.
4. Hasil percobaan perbandingan 1 : 1 menunjukkan hasil terdapat benang
kromatin di permukaan atas dengan jumlah yang sangat banyak, berbentuk
serabut, larutan menjadi warna kuning kehijauan.
5. Hasil percobaan perbandingan 1 : ½ menunjukkan hasil terdapat benang
kromatin di permukaan atas dengan jumlah yang banyak, berbentuk
serabut, larutan menjadi warna kuning kehijauan.

J. DAFTAR PUSTAKA
Ahmada, Safarina Tsulusia. 2020. Pra Rencana Pabrik Ammonium Klorida
Dari Ammonium Sulfat Dan Natrium Klorida Dengan Cara
Dekomposisi Ganda Kapasitas Produksi 50.000 Ton/Tahun Alat
Utama Rotary Dryer. Skripsi Thesis. Institut Teknologi Malang.
Emda, Amna. 2014. Laboratorium Sebagai Sarana Pembelajaran Kimia Dalam
Meningkatkan Pengetahuan dan Keterampilan Kerja Ilmiah.
Lantanida Journal. 2(2): 219-229.
Helawati, E. 2017. Laporan Praktikum Biokimia Asam Nukleat.
Hendra, H., Barlian, E., Razak, A., & Sanjaya, H. 2016. Photo-Degradation of
Surfactant Compounds Using Uv Rays With Addition of Tio2
Catalysts in Laundry Waste. Sainstek: Jurnal Sains dan
 Teknologi, 7(1).
Jannah, N. U. 2016. Perbandingan Aktivitas Antioksidan dan Kadar
Flavonoid Total pada Bonggol serta Daun Brokoli (Brassica
Oleracea L. Cv. Groups Broccoli). Doctoral dissertation. Fakultas
MIPA UNISBA
Manjilatussifa, F. T. 2017. Laporan Praktikum Biokimia Asam Nukleat.
Muliana, Dewi. 2014. Analisis kadar alkohol dalam obat batuk sirup yang
beredar di kota Pemalang. Thesis. UIN Walisongo.
Susanti, R. S. 2017. Pengembangan Ensiklopedia Peralatan Laboratorium
Kimia Sebagai Sumber Belajar Siswa Sma Negeri 10
Pontianak (Doctoral dissertation).
K. JAWAB SOAL
No.
1. Soal Sebutkan judul dari percobaan yang telah anda lakukan!
Jawaban Asam Nukleat
Referensi Penuntun Kimia Farmasi I
2. Soal Jelaskan prinsip kerja dari ekstraksi asam nukleat!
Jawaban Prinsip dasar ekstraksi DNA adalah menghancurkan
dinding dan membran sel tanaman lalu mengeluarkan DNA
yang terdapat dalam nukleus tanpa menyebabkan
kerusakan pada DNA tersebut. Secara umum proses
ekstraksi DNA dibagi menjadi beberapa tahap yaitu
persiapan materi yang akan digunakan, proses
penghancuran sel, penghilangan senyawa kontaminan, dan
pengumpulan DNA. DNA yang diekstrak harus terbebas
dari senyawa kontaminan seperti polisakarida, polifenol,
dan tanin yang seringkali ikut terbawa dan dapat
menghambat kerja beberapa enzim dalam kegiatan
molekuler.
Referensi Nugroho, K., Terryana, R. T., & Lestari, P. (2017). Metode
 ekstraksi DNA cabai (Capsicum annuum L.)
menggunakan modifikasi buffer CTAB (Cethyl
Trimethyl Ammonium Bromide) tanpa nitrogen
cair. Scripta Biologica, 4(2)
3. Soal Gambarkan struktur dasar DNA!
Jawaban

Referensi Nuraini.A., Mukaromah.A.S., & Muhlisoh.S. (2019).

Pengenalan Deoxyribonuclead Acid Dengan
Marker-Based Augmentes Reality. Jurnal
Informasi Teknologi.
4. Soal Jelaskan cara-cara ekstraksi asam nukleat!
Jawaban Ekstraksi DNA terdiri dari tiga tahap utama yakni
perusakan dinding sel (lisis), pemisahan DNA dari
komponen lainnya serta pemurnian DNA (Corkill dan
Rapley 2008). Pemecahan sel atau lisis pada proses
ekstraksi sel bertujuan untuk menghancurkan membran dan
dinding sel sehingga bagian dalam sel dapat keluar (Holme
dan Peck, 1998). Selanjutnya tahap pemisahan DNA dari
makromolekul lain seperti protein, sebagian kecil RNA,
lipid dan polisakarida (Muladno (2010); Utami (2012)).
Tahap terakhir ialah pemurnian DNA. Tahap ini bertujuan
 untuk menghilangkan residu dari zat yang digunakan pada
tahap lisis dan pemisahan DNA.
Referensi Hutami, R., dkk. 2018. Ekstraksi DNA dari Daging
Segaruntuk Analisis dengan Metode Loop-Mediated
Isothermal Amplification (LAMP). Jurnal
Agroindustri Halal. 4(2): 210-216.
5. Soal Uraikan fungsi penambahan garam, detergen dan alkohol
pada ekstraksi asam nukleat!
Jawaban Fungsi garam pada percobaan ini adalah untuk
mempertahankan struktur DNA, membantu memperjelas
kromatin, melisiskan membrane inti dan mengeluarkan
DNA.
Detergen juga memiliki tujuan yang sama dengan proses
penghalusan bahan uji, yaitu untuk membebaskan isi dari
menban intidebris sel.
Ditambahkannya alkohol bertujuan agar benang kromatin
naik ke permukaan atas sehingga dapat terlihat dengan
jelas.
Referensi Helawati, E. 2017. Laporan Praktikum Biokimia Asam
Nukleat.
Manjilatussifa, F. T. 2017. Laporan Praktikum Biokimia
Asam Nukleat.
6. Soal Uraikanlah hasil pengamatan yang anda dapatkan selama
praktikum ekstraksi asam nukleat!
Jawaban a. Perbandingan (1/2 : 1), terdapat benang kromatin di
permukaan atas dengan jumlah yang lebih sedikit,
berbentuk serabut, larutan menjadi warna kuning
kehijauan dan sedikit bening.

b. Perbandingan (1 : 1), terdapat benang kromatin di

permukaan atas dengan jumlah yang lebih banyak,
berbentuk serabut, larutan menjadi warna kuning
kehijauan.
 c. Perbandingan (1 : 1/2 ), terdapat benang kromatin di
permukaan atas dengan jumlah yang lebih banya,
berbentuk serabut, larutan menjadi warna kuning
kehijauan.

Referensi -
 LEMBAR PENGESAHAN

Samarinda, 20 Mei 2021

Asisten Praktikum, Praktikan,

Putri Rinjani Ralitza Diva Salsabilla

NIM. 1713015147 NIM. 2013016172