Bahan organik merupakan sumber energi bagi makro dan mikro organisme
tanah. Sumber energi berupa bahan organik yang cukup merupakan salah satu
faktor yang menentukan agar mikroorganisme dapat tumbuh dan berkembang
(Anas et al. 1997). Perbaikan sifat fisik dan kimia tanah akibat pemberian bahan
organik dapat mempengaruhi kehidupan organisme di dalam tanah karena
lingkungan fisik dan kimia tanah dapat berpengaruh langsung terhadap jenis dan
jumlah mikroorganisme. Biomassa mikroorganisme berkaitan erat dengan kadar
bahan organik tanah sehingga sangat dipengaruhi oleh penambahan bahan organik
seperti sisa tanaman dan pupuk kandang. Pengaturan kuantitas dan kualitas input
residu tanaman sangat mempengaruhi biomassa mikroorganisme. Semakin besar
peningkatan input residu tanaman, semakin besar peningkatan biomassa
mikroorganisme tanah pada lapisan atas.
Karbon dalam tanah disekuestrasi dari atmosfir atau udara dalam bentuk
organik melalui deposisi tanaman dan akumulasi bahan organik recalcitrant dan
bersumber dari bahan induk tanah dalam bentuk bikarbonat dari pelapukan
mineral silikat. Proses dekomposisi dan sekuestrasi bahan organik dalam tanah
merupakan sumber utama input atau penambahan karbon dalam tanah.
Temperatur, sisa tanaman atau biomas, dan hara akan sangat menentukan proses
dekomposisi biologi dan mineralisasi menjadi dissolved organik carbon (DOC),
CO2 dan CH4.Vegetasi juga berkontribusi terhadap peningkatan karbon tanah
melalui eksudat akar, namun dalam waktu bersamaan juga menurunkan
kandungan karbon melalui respirasi akar tanaman. Curah hujan berkontribusi
terhadap karbon tanah dalam bentuk DOC dan dissolved inorganik carbon (DIC).