275 499 1 SM

BioTrends Vol.11 No.
1 Tahun 2020
Mengenal Karakteristik Virus SARS-CoV-2 Penyebab

Penyakit COVID-19 Sebagai Dasar Upaya Untuk
Pengembangan Obat Antivirus Dan Vaksin
ANIKA PRASTYOWATI
Pusat Penelitian Bioteknologi – LIPI
Kompleks Cibinong Science Center
Jl. Raya Jakarta Bogor KM 46, Cibinong, Kab. Bogor, Jawa Barat 16911
Tel. 021 – 8754587/ Fax. 021 8754588
Email: anika.prastyowati@gmail.com
Pendahuluan zoonosis, yang artinya dapat dari total 216 negara yang
menular dari hewan ke telah terpapar COVID-19
Dewasa ini, dunia manusia. Yang lebih dengan persentase kematian
dikejutkan dengan mengejutkan lagi, bahwa akibat COVID-19 sebesar
munculnya wabah penyakit virus jenis baru ini telah 6,7% di seluruh dunia (WHO,
pernapasan baru yang diketahui dapat menular dari 2020). Di Indonesia, dua
pertama kali dilaporkan dari manusia ke manusia (Chan et kasus COVID-19 pertama kali
kota Wuhan, Cina pada akhir al., 2020). Akibatnya, dilaporkan pada tanggal 2
Desember 2019 lalu dan penyakit COVID-19 kini Maret 2020, dan jumlahnya
meluas hingga ke negara- menyebar secara masif ke semakin meningkat. Hingga
negara di seluruh dunia. seluruh dunia dan menjadi artikel ini direvisi (20 Mei
Oleh WHO (World Health pandemi karena persebaran 2020), jumlah kasus
Organization), penyakit ini virus terjadi dalam waktu terkonfirmasi COVID-19 di
diberi nama COVID-19 yang yang bersamaan serta Indonesia telah mencapai
merupakan singkatan dari meliputi daerah geografis total 19.189 jiwa, dengan
Coronavirus Disease 2019. yang luas. Wabah ini muncul jumlah total pasien yang
Sesuai dengan namanya, di Cina diduga karena meninggal sebanyak 1242
penyebab COVID-19 adalah masyarakat mengkonsumsi jiwa dan jumlah pasien yang
virus Korona jenis baru, hewan liar hidup yang dijual sembuh sebanyak 4.575 jiwa
yakni virus 2019-nCoV, yang di pasar tradisional di Cina. (www.covid19.go.id).
kini dikenal dengan sebutan Ashour et al. (2020) Upaya penanganan dan
virus SARS-CoV-2 (severe menduga bahwa virus ini pencegahan terhadap infeksi
acute respiratory syndrome bersirkulasi di antara hewan- SARS-CoV-2 telah dilakukan
coronavirus 2) (WHO, 2020). hewan di Cina lebih banyak oleh berbagai negara, di
Penelitian oleh Li et al. daripada hewan-hewan di antaranya dengan
(2020) menjelaskan bahwa tempat lain di dunia seperti pemakaian masker,
transmisi virus SARS-CoV-2 Amerika Serikat, Italia, pencucian tangan setiap kali
ini bermula dari sebuah ataupun Australia. menyentuh benda,
pasar tradisional makanan Sejak pertama kali pemberlakuan lockdown, tes
laut Huanan di ibukota dilaporkan, WHO telah massal, hingga karantina di
Wuhan, provinsi Hubei. mengonfirmasikan sebanyak sejumlah wilayah. Sejumlah
Penyakit COVID-19 bersifat lebih dari empat juta orang dokter, tenaga medis, aparat
1
BioTrends Vol.11 No.1 Tahun 2020
keamanan negara, serta pertama dari uji rRT-PCR ini sampel pada lokasi tubuh
relawan telah dikerahkan di adalah dengan melakukan yang tepat.
berbagai daerah di Indonesia ekstraksi asam ribonukleat Pemahaman yang
sebagai antisipasi (RNA) dari SARS-CoV-2. RNA menyeluruh mengenai
penyebaran penyakit virus virus ini dipersiapkan untuk karakteristik virus SARS-CoV-
yang begitu cepat. rRT-PCR yaitu dengan 2 meliputi taksonomi,
Penyebaran yang cepat ini melakukan amplifikasi dari morfologi, genomik, inang,
berkaitan dengan gen target open reading dan cara penularan dapat
mekanisme penularan virus frame (orf1ab) virus gen digunakan untuk membantu
yang mudah yaitu melalui SARS-CoV-2 (Wang D et al., dalam strategi
percikan cairan ludah dan 2020a). Selain penggunaan pengembangan obat
pernapasan (droplet) orang metode diagnosis yang antivirus maupun vaksin di
yang terinfeksi, yang masuk tepat, lokasi pengambilan masa pandemi dan sebagai
ke saluran pernapasan. sampel pun perlu dilakukan upaya pencegahan di masa
Eksperimen oleh van secara tepat pula agar tidak yang akan datang. Artikel ini
Doremalen et al. (2020) menimbulkan hasil negatif akan membahas berbagai
menunjukkan bahwa virus ini yang palsu (false negative). karakteristik virus meliputi
mampu bertahan pada Wang et al. (2020c) taksonomi, morfologi,
permukaan plastik selama mengaplikasikan rRT-PCR genomik, inang, dan cara
hampir 72 jam, stainless untuk menguji sebanyak penularan.
steel 42 jam, tembaga empat total 205 pasien dengan
jam, dan kardus 24 jam, 1.070 spesimen dari Taksonomi Virus SARS-
serta sebagai aerosol selama beberapa lokasi tubuh CoV-2
tiga jam. Selain itu, pasien seperti: cairan Virus Korona ditemukan
manifestasi klinis yang bronchoalveolar lavage pada tahun 1960-an dan
terjadi akibat COVID-19 (BAL), dahak, nasal, biopsi diklasifikasikan ke dalam
cukup beragam, mulai dari usap bronkoskopi (fibro famili Coronaviridae, yang
tidak bergejala hingga gejala bronchoscope brush biopsy), merupakan famili terbesar
pneumonia parah. Pembawa faring, feses, darah, dan urin. dalam ordo Nidovirales.
virus tanpa gejala Hasil pengujian rRT-PCR Famili Coronaviridae terbagi
(asimptomatik) ini perlu tersebut menunjukkan menjadi dua subfamili:
diwaspadai karena mereka bahwa RNA virus SARS-CoV-2 Orthocoronavirinae dan
dapat menularkan virus terdeteksi pada semua Torovirinae. Subfamili
tanpa diketahui bahkan oleh spesimen, kecuali urin, Orthocoronavirinae memiliki
dirinya sendiri (Bai et al., dengan tiga persentase anggota empat genus yaitu
2020). tertinggi pertama dari Alphacoronavirus,
Gejala penderita COVID- spesimen cairan BAL (14 dari Betacoronavirus,
19 cukup beragam, mulai 15; 93%), kedua dari Gammacoronavirus, dan
dari tidak berkomplikasi spesimen dahak (72 dari Deltacoronavirus (Gambar 1,
(ringan) hingga syok septik 104; 72%), dan ketiga dari Woo et al., 2010).
(berat) (WHO, 2020). spesimen nasal (5 dari 8; Suatu Tim kerja
Metode rRT-PCR (real-time 63%). Meskipun masih Coronaviridae Study Group
reverse-transcriptase- terbatas karena jumlah (CSG), yang merupakan
polymerase chain reaction) sampel yang sedikit, tetapi bagian dari International
digunakan untuk hasil penelitian ini cukup Committee on Taxonomy of
mengkonfirmasi diagnosis berkontribusi dalam Viruses, menyampaikan
klinis COVID-19. Langkah penentuan pengambilan pernyataan konsensus yang
2
sedikit berbeda dengan Woo Taksonomi SARS-CoV-2 yang (Gorbalenya et al., 2020)
et al. (2010) mengenai dinyatakan dalam jurnal adalah sebagai berikut:
klasifikasi virus SARS-CoV-2. Nature Microbiology
Kingdom : Riboviria
Ordo : Nidoverales
Subordo : Cornidovirineae
Famili : Coronaviridae
Subfamili : Orthocoronavirinae
Genus : Betacoronavirus
Subgenus : Sarbecovirus
Spesies : Severe acute respiratory syndrome-SARS-related coronavirus
Individu : SARS-CoVUrbani, SARS-CoVGZ-02, Bat SARS CoVRf1/2004, Civet
SARS CoVSZ3/2003, SARS-CoVPC4-227, SARSr-CoVBtKY72,
SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1, SARSr-CoVRatG13, dan seterusnya.
Gambar 1. Klasifikasi virus Korona dalam famili Coronaviridae, subfamili

Orthocoronavirinae. Virus SARS-CoV-2 termasuk dalam genus Betacoronavirus (Woo et al.,
2010)
Ada tujuh tipe virus manusia. Di samping itu, ada pernapasan berat pada
Korona yang diidentifikasi juga jenis virus Korona yang manusia (Su et al., 2016; Cui
menjadi penyebab penyakit dapat menyebabkan infeksi et al., 2019). Tipe virus
pada manusia (Bassetti et berat pada individu bayi, Korona penyebab penyakit
al., 2020). Dari tujuh tipe anak-anak, dan lansia. Dua pada manusia yang ketujuh
virus Korona tersebut, empat tipe selanjutnya di antara adalah SARS-CoV-2,
di antaranya adalah: HcoV- virus Korona tersebut merupakan jenis virus baru
NL63, HcoV-229E, HcoV- adalah: SARS-CoV dan MERS- penyebab pandemi di tahun
OC43 dan HKU1, yang dapat CoV (Middle east respiratory 2020. Jika dilakukan analisis
menyebabkan penyakit syndrome coronavirus), yang filogenetik, virus SARS-CoV-2
pernapasan ringan pada dapat menyebabkan sindrom ini berhubungan dekat
3
dengan dua jenis virus (virion) dan memiliki materi pada beberapa jenis
Korona asal kelelawar, bat- genetik berupa RNA rantai Betacoronavirus (Wang et
SLCoVZC45 dan bat-SL- tunggal. Kata corona dalam al., 2020b; Gambar 2).
CoVZXC21 dengan homologi bahasa Latin mengandung Protein S, M, dan E melekat
sebesar 89–96,3%. Jika arti crown atau mahkota pada selubung lipid bilayer,
dibandingkan dengan SARS- (Barcena et al., 2009; sedangkan protein N
CoV, virus SARS-CoV-2 Neuman et al., 2006). Jika berinteraksi dengan RNA dan
memiliki homologi sekuens dilihat dari mikroskop berlokasi di inti partikel virus
sebesar 79% dan dengan elektron, bentuk partikel yang kemudian akan
MERS-CoV sebesar 50%. virus SARS-CoV-2 ini membentuk nucleocapsid
Selain itu, variasi protein menyerupai mahkota (Fehr & Perlman, 2015).
antara virus SARS-CoV dan sehingga disebut Protein S merupakan protein
SARS-CoV-2 juga telah coronavirus, Gambar 2 terglikosilasi kuat yang
dipelajari. Pada virus SARS- menunjukkan struktur virus membentuk spike
CoV-2, tidak ada protein 8a Korona. homotrimerik pada
dan ada fluktuasi jumlah Virus Korona adalah permukaan virus dan
asam amino pada protein 8b jenis virus berselubung menjadi perantara untuk
dan 3c (Wu et al., 2020; Lu et dengan selubung lipid bilayer virus masuk ke dalam sel
al., 2020). yang berasal dari membran inang (Bosch et al., 2003).
sel inang). Virus ini memiliki Protein S pada virus SARS-
Morfologi Virus SARS- diameter sekitar 50-200nm CoV-2 membentuk domain
(Wang et al., 2020b) dengan S1 dan S2. Protein S tetap
CoV-2
struktur virus yang dibentuk utuh pada partikel virus dan
Virus Korona, termasuk
dari protein struktural hanya membelah dalam
SARS-CoV-2 yang baru-baru
seperti protein spike (S), vesikel endocytic selama
ini ditemukan, merupakan
protein membrane (M), proses masuknya virus ke
virus berbentuk bulat
protein envelope (E), dan dalam sel inang (Xiao et al.,
dengan protein spike (S)
protein nucleocapsid (N) 2003; Bosch et al., 2008).
yang menonjol dari
serta protein hemaglutinin
permukaan partikel virus
esterase (HE) yang terdapat
Gambar 2. Struktur virus Korona (Shereen et al., 2020)
4
Struktur Genom SARS- (2007), ada enam protein dan 278nt) merupakan
CoV-2 struktural tambahan yang bagian sekuens pengkode
Virus Korona merupakan disandi oleh gen ORF3a, gen orf lab. Region RD4 dan
virus berselubung yang ORF6, ORF7a, ORF7b, dan RD5 (315nt dan 80nt) adalah
mengandung materi genetik ORF8 pada SARS-CoV-2. bagian sekuens pengkode
berupa RNA rantai tunggal Perbandingan antara gen S. Region RD6 (214nt)
dengan ukuran panjang 26- genom SARS-CoV-2 dan adalah bagian dari sekuens
32 kb (Su et al., 2016). SARS-CoV menggunakan pengkode gen orf7b dan
Gambar 3 memperlihatkan analisis zpicture orf8. Keseluruhan region
susunan genom dari virus memperlihatkan adanya tersebut dapat dijadikan
Korona jenis yang baru. Dua homologi yang tinggi pada penanda molekuler baru
pertiga genom SARS-CoV-2 level nukleotida (Xu et al., untuk identifikasi jenis virus
meliputi gen orf1ab 2020). Ada enam daerah baru dan juga untuk
penyandi orf1abpolyprotein, (region) yang berbeda (RD) pengembangan obat
sedangkan sepertiga genom dalam sekuen kedua virus antivirus baru sebagai
virus terdiri dari gen Korona tersebut yang bentuk penanganan
penyandi protein struktural dinamai berdasarkan urutan terhadap infeksi SARS-CoV-2
S, E, M, dan N. Menurut Li et penemuannya. Region RD1, (COVID-19).
al. (2005) dan Oostra et al. RD2, dan RD3 (448nt, 55nt,
Gambar 3. Struktur genom SARS-CoV-2 29903nt (Khailany et al., 2020)
Inang dan Penularan CoV-2 ini, apakah infeksi manusia dengan masa
Virus SARS-CoV-2 virus terjadi secara langsung inkubasi virus setelah masuk
Hewan liar dianggap (direct) dari kelelawar ke tubuh sekitar 3-7 hari,
sebagai inang alami virus manusia atau terjadi melalui bahkan hingga 14 hari (Zhu
SARS-CoV-2, termasuk di inang perantara (indirect), et al., 2020). Selama itu,
antaranya hewan kelelawar yakni dari kelelawar lalu ke pasien dapat mudah
(Cui et al., 2019). Inang asal hewan liar lain, baru terakhir menularkan virus secara
SARS-CoV-2 ini diduga ke manusia? (Jin et al., 2020; langsung melalui droplet
berasal dari kelelawar Zhou et al., 2020). Adapun pernapasan yang
karena genom virus baru ini hewan liar seperti cerpelai mengandung virus atau
diketahui identik dengan dan trenggiling berpotensi penularan secara tidak
genom virus Korona pada menjadi inang perantara langsung melalui kontak
kelelawar sebesar 96%. dalam proses penularan dengan benda-benda yang
Namun demikian, masih SARS-CoV-2 dari hewan ke terkena droplet tersebut (Jin
perlu diteliti lebih lanjut lagi manusia (Lam et al., 2020). et al., 2020). Adapun dugaan
perihal infeksi virus SARS- SARS-CoV-2 dapat para ahli mengenai
menular dari manusia ke penularan virus melalui fekal
5
oral-penularan melalui mulut menyebabkan epidemi ini afinitas SARS-CoV pada

akibat benda, makanan, atau terkait dengan reseptor reseptor yang sama (Wrapp
minuman yang telah angiotensin-converting et al., 2020). Sebagai
terkontaminasi kotoran enzyme 2 (ACE2) pada akibatnya, organ manusia
pasien- (Holshue et al., 2020) manusia. Berdasarkan seperti sel epitel alveolar
dan aerosol (WHO, 2020) analisis struktur Cryo-EM, paru-paru dan enterosit usus
masih perlu dilakukan protein S pada SARS-CoV-2 kecil yang mengekspresikan
pengujian lebih lanjut. diketahui memiliki afinitas banyak ACE2 pada manusia,
Mekanisme penyebaran yang lebih tinggi terhadap berpotensi menjadi target
virus yang terjadi secara reseptor ACE2, jika infeksi SARS-CoV-2 (Zou et
cepat sehingga dibandingkan dengan al., 2020).
Gambar 4. Siklus hidup virus Korona setelah masuk sel inang (Du et al., 2009)
Secara umum, virus S yang ada di permukaan untuk mengaktifkan aktivitas
masuk ke saluran virus. Protein S pada fusi. Genom virus keluar dari
pernapasan atas setelah permukaan virus ini akan selubung virion dan
terjadi penularan, kemudian menempel pada reseptor ditranslasikan menjadi
virus bereplikasi di sel epitel ACE2 pada sel inang, poliprotein replikase virus
saluran pernapasan atas kemudian ikatan ACE2-virus pp1a dan 1ab, yang
untuk melakukan siklus ditranslokasikan ke endosom kemudian akan dipotong-
hidupnya. Virus SARS-CoV tempat di mana protein S potong oleh enzim
menginfeksi sel inang dipotong oleh protease asam proteinase virus. Untai
melalui perantaraan protein endosomal (cathepsin L) negatif RNA akan dibuat
6
sebagai cetakan untuk penemuan-penemuan baru COVID-19. The Journal of the

genom RNA. Penggabungan di masa depan terkait American Medical
kompleks virus terjadi di dengan karakteristik SARS- Association. 2020, 323(14),
dalam sitoplasma, kemudian CoV-2 sebagai agen 1406-1407.
doi:10.1001/jama.2020.256
diikuti dengan proses penyebab COVID-19 pun
5.
budding ke lumen retikulum sangat besar. Oleh sebab itu,
Barcena M, Oostergetel GT,
endoplasma. Virus baru akan perkembangan dan Bartelink W, Faas FG,
berfusi dengan membran penelitian kasus COVID-19 Verkleij A, Rottier PJ, Koster
plasma dan dikeluarkan dari dari seluruh belahan dunia AJ, and Bosch BJ. (2009):
sel inang (Gambar 4, Du et sangat diperlukan untuk Cryo-electron tomography
al., 2009). terus memperbarui data- of mouse hepatitis virus:
Masa inkubasi virus data COVID-19 yang sudah Insights into the structure of
sampai kemudian muncul ada. Dengan demikian, dapat the coronavirion.
gejala penyakit adalah diperoleh rekomendasi yang Proceedings of the National
sekitar 3-7 hari sebelum tepat untuk menangani Academy of Sciences of the
United States of America,
timbulnya manifestasi klinis. COVID-19 terutama dalam
106, 582–587.
Kebanyakan pasien hal pembuatan obat Bassetti M, Vena A, and
mengalami gejala dari ringan antivirus dan vaksin. Giacobbe DR. (2020): The
sampai sedang, seperti suhu novel Chinese coronavirus
tubuh yang tinggi dan gejala Daftar Pustaka (2019-nCoV) infections:
lain yang berhubungan Adhikari SP, Meng S, Wu Y, Challenges for fighting the
dengan pernapasan (batuk, Mao Y, Ye R, Wang Q, Sun storm. European journal of
tenggorokan kering dan sakit C, Sylvia S, Rozelle S, Raat H, clinical investigation, 50(3),
kepala). Beberapa pasien and Zhou H. (2020): e13209.
mengalami gejala parah Epidemiology, causes, doi:10.1111/eci.13209
seperti pneumonia, clinical manifestation and Bosch BJ, Bartelink W, and
diagnosis, prevention and Rottier PJ. (2008): Cathepsin
khususnya mereka yang
control of coronavirus L functionally cleaves the
memiliki penyakit penyerta disease (COVID-19) during severe acute respiratory
seperti penyakit jantung, the early outbreak period: a syndrome coronavirus class I
paru-paru, atau diabetes. scoping review. Infectious fusion protein upstream of
Adanya penyakit penyerta ini Diseases of Poverty, 9(1), 29. rather than adjacent to the
diduga menjadi penyebab doi: 10.1186/s40249-020- fusion peptide. Journal of
timbulnya gejala klinis yang 00646-x. Virology, 82, 8887–8889.
lebih parah pada penderita Ashour HM, Elkhatib WF, Bosch BJ, van der Zee R, de
COVID-19 (Chen et al., 2020; Rahman MM, and Haan CA, and Rottier PJ.
Adhikari et al., 2020). Elshabrawy HA. (2020): (2003): The coronavirus
Insights into the Recent spike protein is a class I virus
2019 Novel Coronavirus fusion protein: Structural
Penutup (SARS-CoV-2) in Light of Past and functional
Pandemi COVID-19 Human Coronavirus characterization of the
belum dinyatakan berakhir Outbreaks. Pathogens, 9, fusion core complex. Journal
dan masih akan ditemukan 186. of VIrology, 77, 8801–8811.
data-data baru seiring doi:10.3390/pathogens9030 Chan JF, Yuan S, Kok K, To KK,
dengan semakin banyaknya 186. Chu H, Yang J, Xing F, Liu J,
kejadian positif COVID-19 Bai Y, Yao L, Wei T, Tian F, Jin D, Yip CC, Poon RW, Tsoi H, Lo
yang dilaporkan dari Chen L, Wang M. (2020): SK, Chan K, Poon VK, Chan
berbagai negara di dunia. Presumed asymptomatic W, Ip JD, Cai J, Cheng VC,
carrier transmission of Chen H, Hui CK, and Yuen K.
Kemungkinan adanya
7
(2020): A familial cluster of Committee on Taxonomy of 10.1016/j.genrep.2020.1006

pneumonia associated with Viruses. (2020): The species 82.
the 2019 novel coronavirus Severe acute respiratory Lam TT, Shum MH, Zhu H, Tong
indicating person-to-person syndromerelated Y, Ni X, Liao Y, Wei W,
transmission: A study of a coronavirus: classifying Cheung WY, Li W, Li L, Leung
family cluster. Lancet, 395, 2019-nCoV and naming it GM, Holmes EC, Hu Y, and
514–523. doi: SARS-CoV-2. Nature Guan Y. (2020): Identifying
10.1016/S0140- Microbiology. of SARS-CoV-2 related
6736(20)30154-9. doi:10.1038/s41564-020- coronaviruses in Malayan
Chen N, Zhou M, Dong X, Qu J, 0695-z. pangolins. Nature.
Gong F, Han Y, Qiu Y, Wang Holshue ML, DeBolt C, doi:10.1038/s41586-020-
J, Liu Y, Wei Y, Xia J, Yu T, Lindquist S, Lofy KH, 2169-0.
Zhang X, and Zhang L. Wiesman J, Bruce H, Spitters Li F, Li W, Farzan M, and
(2020): Epidemiological and C, Ericson K, Wilkerson S, Harrison SC. (2005):
clinical characteristics of 99 Tural A, Diaz G, Cohn A, Fox Structure of SARS
cases of 2019 novel L, Patel A, Gerber SI, Kim L, coronavirus spike receptor-
coronavirus pneumonia in Tong S, Lu X, Lindstrom S, binding domain complexed
Wuhan, China: a descriptive Pallansch MA, Weldon WC, with receptor. Science, 309,
study. Lancet, 395, 507–513. Biggs HM, Uyeki TM, and 1864–1868.
doi: 10.1016/S0140- Pillai SK. (2020): First case of Li Q, Guan X, Wu P, Wang X,
6736(20)30211-7. 2019 novel coronavirus in Zhou L, Tong Y, Ren R, Leung
Cui J, Li F, and Shi ZL. (2019): the United States. The New KSM, Lau EHY, Wong JY,
Origin and evolution of England Journal of Medicine, Xing X, Xiang N, Wu Y, Li C,
pathogenic coronaviruses. 382, 929-936. doi: Chen Q, Li D, Liu T, Zhao J,
Nat. Rev. Microbiol, 17, 10.1056/NEJMoa2001191. Liu M, Tu W, Chen C, Jin L,
181–192. Jin Y, Cai L, Cheng Z, Cheng H, Yang R, Wang Q, Zhou S,
Du L, He Y, Zhou Y, Liu S, Zheng Deng T, Fan Y, Fang C, Wang R, Liu H, Luo Y, Liu Y,
B, and Jiang S. (2009): The Huang D, Huang L, Huang Q, Shao G, Li H, Tao Z, Yang Y,
spike protein of SARS-CoV - Han Y, Hu B, Hu F, Li B, Li Y, Deng Z, Liu B, Ma Z, Zhang Y,
A target for vaccine and Liang K, Lin L, Luo L, Ma J, Shi G, Lam TTY, Wu JT, Gao
therapeutic development. Ma L, Peng Z, Pan Y, Pan Z, GF, Cowling BJ, Yang B,
Nature reviews. Wang Y, Ren X, Sun H, Wang Leung GM, and Feng Z.
Microbiology. 7, 226-36, Y, Weng H, Wei C, Wu D, Xia (2020): Early transmission
10.1038/nrmicro2090. J, Xiong Y, Xu H, Zhang Y, dynamics in Wuhan, China,
Fehr AR and Perlman S. (2015): Yao X, Yuan Y, Ye T, Zhang X, of novel coronavirus-
Coronaviruses: An overview Zhang Y, Zhang H, Zhao Y, infected pneumonia. The
of their replication and Zhao M, Zi H, Zeng X, Wang New England Journal of
pathogenesis. Methods in Y, and Wang X. (2020): A Medicine, 382,1199-1207.
Molecular Biology, 1282, 1– rapid advice guideline for doi:10.1056/NEJMoa200131
23. doi: 10.1007/978-1- the diagnosis and treatment 6.
4939-2438-7_1. of 2019 novel coronavirus Lu R, Zhao X, Li J, Niu P, Yang B,
Gorbalenya AE, Baker SC, Baric (2019-nCoV) infected Wu H, Wang W, Song H,
RS, de Groot RJ, Drosten C, pneumonia (standard Huang B, Zhu N, Bi Y, Ma X,
Gulyaeva AA, Haagmans BI, version). Military Medical Zhan F, Wang L, Hu T, Zhou
Lauber C, leontovich AM, Research, 7, 16. H, Hu Z, Zhou W, and Zhao l.
Neuman BW, Penzar D, Khailany RA, Safdar M and (2020): Genomic
Perlman S, Poon IIM, Ozaslan M. (2020): Genomic characterisation and
Samborskiy DV, Sidorov IA, characterization of a novel epidemiology of 2019 novel
Sola I, and Ziebuhr J. SARS-CoV-2. Gene, 19, coronavirus: implications for
Coronaviridae Study Group 100682. doi: virus origins and receptor
of the International binding. The Lancet, 395,
8
565-574. doi: with SARS-CoV-1. The New Wrapp D, Wang N, Corbett KS,
10.1016/S0140- England Journal of Goldsmith JA, Hsieh C,
6736(20)30251-8. Medicine. 2020,1-3. Abiona O, Graham BS, and
Neuman BW, Adair BD, Wang D, Hu B, Hu C, Zhu F, Liu McLellan JS. (2020): Cryo-
Yoshioka C, Quispe JD, Orca X, Zhang J, Wang B, Xiang H, EM structure of the 2019-
G, Kuhn P, Milligan RA, Cheng Z, Xiong Y, Zhao Y, Li nCoV spike in the prefusion
Yeager M, and Buchmeier Y, Wang X, and Peng Z. conformation. Science,
MJ. (2006): Supramolecular (2020a): Clinical 367(6483),1260-1263. doi:
architecture of severe acute characteristics of 138 10.1126/science.abb2507.
respiratory syndrome hospitalized patients with Wu A, Peng Y, Huang B, Ding X,
coronavirus revealed by 2019 novel coronavirus– Wang X, Niu P, Meng J, Zhu
electron cryomicroscopy. infected pneumonia in Z, Zhang Z, Wang J, Sheng J,
Journal of Virology, 80, Wuhan, China. The Journal Quan L, Xia Z, Tan W, Cheng
7918–7928. of the American Medical G, and Jiang T. (2020):
Oostra M, de Haan CA, and Association, 323(11),1061- Genome composition and
Rottier PJ. (2007): The 29- 1069. doi: divergence of the novel
nucleotide deletion present 10.1001/jama.2020.1585. coronavirus (2019-nCoV)
in human but not in animal Wang W, Xu Y, Gao R, Lu R, Han originating in China. Cell
severe acute respiratory K, Wu G, and Tan G. (2020c): Host Microbe, 27, 325–328.
syndrome coronaviruses Detection of SARS-CoV-2 in doi:
disrupts the functional Different Types of Clinical 10.1016/j.chom.2020.02.00
expression of open reading Specimens. Journal 1.
frame 8. Journal of Virology. American Medical Xiao X, Chakraborti S, Dimitrov
81, 13876–13888. Association, 323(18),1843- AS, Gramatikoff K, and
Shereen MA, Khan S, Kazmi A, 1844. Dimitrov DS. (2003): The
Bashir N, and Siddique R. doi:10.1001/jama.2020.378 SARS-CoV S glycoprotein:
(2020): COVID-19 infection: 6. Expression and functional
Origin, transmission, and Wang Z, Qiang W, and Ke H. characterization.
characteristics of human (2020b): A Handbook of Biochemical and Biophysical
coronaviruses. Journal of 2019-nCoV Pneumonia Research Communications,
Advanced Research, 24, 91- Control and Prevention. 312, 1159–1164.
98. Hubei Science and Xu J, Zhao S, Teng T , Abdalla
doi:10.1016/j.jare.2020.03.0 Technologi Press. China. AE, Zhu W, Xie L, Wang Y,
05. Woo PC, Huang Y, Lau SK, and and Guo X. (2020):
Su S, Wong G, Shi W, Liu J, Lai Yuen KY. (2010): Systematic Comparison of
AC, Zhou J, Liu W, Bi Y, and Coronavirus genomics and Two Animal-to-Human
Gao GF. (2016): bioinformatics analysis. Transmitted Human
Epidemiology, genetic Viruses, 2, 1804–1820. Coronaviruses: SARS-CoV-2
recombination, and World Health Organization. and SARS-CoV. Viruses, 12,
pathogenesis of (2020): How does COVID-19 244.
coronaviruses. Trends in spread?. Available at:. doi:10.3390/v12020244.
Microbiology, 24, 490–502. https://www.who.int/newsr Zhou P, Yang X, Wang X, Hu B,
van Doremalen N, Bushmaker oom/q a-detail/q-a- Zhang L, Zhang W, Si H, Zhu
T, Morris DH, Holbrook MG, coronaviruses. Y, Li B, Huang C, Chen H,
Gamble A, Williamson BN, World Health Organization. Chen J, Luo Y, Guo H, Jiang
Tamin A, Harcourt JL, (2020): WHO coronavirus R, Liu M, Chen Y, Shen X,
Thornburg NJ, Gerber SI, disease (COVID-19) Wang X, Zheng X, Zhao K,
Lloyd-Smith JO, de Wit E, dashboard. Chen Q, Deng F, Liu L, Yan B,
and Munster VJ. (2020): https://covid19.who.int/. Zhan F, Wang Y, Xiao G, and
Aerosol and Surface Stability 20th May 2020. 8.00 pm. Shi Z. (2020): A pneumonia
of SARS-CoV-2 as Compared outbreak associated with a
9
new coronavirus of probable W. (2020): A novel analysis on the receptor

bat origin. Nature, coronavirus from patients ACE2 expression reveals the
579(7798),270-273. doi: with pneumonia in China, potential risk of different
10.1038/s41586-020-2012- 2019. The New England human organs vulnerable to
7. Journal of Medicine, 382, Wuhan 2019-nCoV
Zhu N, Zhang D, Wang W, Li X, 727–733. doi: infection. Frontiers in
Yang B, Song J, Zhao X, 10.1056/NEJMoa2001017. Medicine, 14(2), 185-192.
Huang B, Shi W, Lu R, Niu P, Zou X, Chen K, Zou J, Han P, doi: 10.1007/s11684-020-
Zhan F, Ma X, Wang D, Xu Hao J, and Han Z. (2020): 0754-0.
W, Wu G, Gao GF, and Tan The single-cell RNA-seq data
10

275 499 1 SM

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

275 499 1 SM

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

BioTrends Vol.11 No.

Mengenal Karakteristik Virus SARS-CoV-2 Penyebab

Gambar 1. Klasifikasi virus Korona dalam famili Coronaviridae, subfamili

Gambar 2. Struktur virus Korona (Shereen et al., 2020)

Gambar 3. Struktur genom SARS-CoV-2 29903nt (Khailany et al., 2020)

oral-penularan melalui mulut menyebabkan epidemi ini afinitas SARS-CoV pada

sebagai cetakan untuk penemuan-penemuan baru COVID-19. The Journal of the

(2020): A familial cluster of Committee on Taxonomy of 10.1016/j.genrep.2020.1006

new coronavirus of probable W. (2020): A novel analysis on the receptor

Anda mungkin juga menyukai