com
Deteksi
JSV 35 (1), Juni 2017 Virus Newcastle Disease dari Sampel Organ Ayam Menggunakan Reverse Transcriptase Polymerase Chain
Reaction
Deteksi Virus Newcastle Disease dari Sampel Organ Ayam dengan Reverse
Transcriptase Polymerase Chain Reaction
Abstrak
Newcastle Penyakit (ND) adalah penyakit pernapasan sistemik, virus yang bersifat akut dan mudah
menular yang menyerang berbagai jenis unggas, terutama ayam. Diagnosis ND yang umumnya melibatkan
isolasi virus dan identifikasi lanjutan dengan uji serologis memiliki keterbatasan yang membutuhkan waktu
lebih lama. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi virus Newcastle Disease (NDV) pada ayam suspek ND
menggunakan teknik Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Sembilan sampel organ
ayam seperti lien, trakea, dan paru-paru dikumpulkan dari peternakan ayam yang didiagnosis ND. Sampel
organ diproses dan RNA virus yang ditargetkan diekstraksi menggunakan kit ekstraksi RNA. Amplifikasi
genom dilakukan dengan RT-PCR menggunakan primer spesifik untuk menargetkan gen F. Hasil amplifikasi
menghasilkan produk amplikon sebesar 565 pasangan basa (bp). Sampel produk PCR kemudian
divisualisasikan menggunakan elektroforesis gel agar dan dilihat menggunakan sistem dokumentasi gel terpadu.
Hasil amplifikasi menunjukkan sembilan sampel positif untuk pita DNA yang sesuai dengan pita target dari
fragmen gen NDV F. Hasil penelitian ini menegaskan bahwa metode RT-PCR dapat diterapkan untuk deteksi
NDV dari sampel organ ayam.
Kata kunci: Virus Newcastle Disease, sampel organ, amplifikasi.
Abstrak
Penyakit Newcastle (ND) adalah suatu penyakit pernafasan dan sistematik, yang bersifat akut dan
mudah menular, yang disebabkan oleh virus dan menyerang berbagai jenis unggas, ayam. Diagnosis penyakit
ND yang umumnya dilakukan dengan virus tersendiri dan serologis memiliki keterbatasan, antara lain yang
diperlukan waktu lebih lama. Penelitian ini bertujuan mendeteksi virus Newcastle Disease (NDV) pada ayam
yang dicurigai dengan penyakit ND dengan menggunakan teknik Reverse Transcriptase-Polymerase Chain
Reaction (RT-PCR). Sembilan sampel organ ayam yaitu: lien, trakea, dan paru dikoleksi dari peternakan ayam
yang didiagnosis penyakit ND. Sampel organ tersebut diperiksa dan diekstraksi RNA virus target dengan kit
ekstraksi RNA. Amplifikasi genom virus dilakukan dengan RT-PCR menggunakan spesifik spesifik pada gen
target
F. Hasil amplifikasi menghasilkan produk amplikon sebesar 565 pasangan basa (bp). Sampel produk PCR
kemudian divisualisasikan menggunakan elektroforesis gel dan diamati menggunakan sistem dokumentasi gel
terpadu. Hasil amplifikasi menunjukkan sembilan sampel positif teramati pita DNA sesuai fragmen target gen F
virus ND. Hasil penelitian ini mengkonfirmasi bahwa metode RT-PCR dapat digunakan untuk mendeteksi virus
ND dari sampel organ ayam.
Kata Kunci: virus Newcastle Disease, sampel organ, amplifikasi.
1
Lehgarubini Shanmuganathan dkk.
129
lebih cepat dalam menilai infeksi ND pada unggas, penelitian untuk mengetahui apakah RT-PCR dapat
namun saat ini tes HI merupakan teknik yang diterapkan untuk deteksi ND dari sampel organ
paling banyak digunakan (Alexander et al., 2004). ayam yang diduga NDV.
Penggunaan umum vaksin pada unggas
domestik membatasi nilai pengujian ini; maka
teknik molekuler seperti reverse transcription-
polymerase chain reaction (RT-PCR) diterapkan
untuk mendeteksi NDV dalam spesimen klinis
(OIE, 1996). Metode RT-PCR lebih unggul
daripada metode diagnostik konfirmasi NDV
lainnya (Singh et al., 2005). Metode ini
menggunakan primer spesifik gen untuk
menghasilkan salinan cDNA untai tunggal dari gen
RNA NDV, dengan bantuan enzim reverse
transcriptase (RT). Salinan cDNA digunakan
sebagai template PCR untuk menghasilkan
amplifikasi eksponensial dari asam nukleat virus,
bahkan jika ada dalam jumlah kecil (Rio et al.,
2011).
Studi analisis isolat NDV oleh Angeliya et
al. (2014) berhasil mendeteksi NDV dalam sampel
dengan menggunakan primer yang menargetkan
gen F. Penelitian oleh Haque et al. (2010)
menggunakan primer spesifik yang
mengamplifikasi sekuens gen F sepanjang 356 bp
yang mengkode situs pembelahan protein fusi.
Demikian juga, Singh et al. (2005) menggunakan
primer yang menargetkan sekuens internal aktivasi
pembelahan gen NDV F. Hasil penelitian
menunjukkan bahwa penargetan RT-PCR dapat
digunakan secara efektif untuk deteksi NDV.
RT-PCR dilakukan di Laboratorium
Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Hewan
Universitas Gadjah Mada. Tujuan dari penelitian
ini adalah untuk mendeteksi NDV pada sampel
organ seperti lien, trakea, dan paru-paru yang
dikumpulkan dari ayam yang divaksinasi yang
diduga NDV menggunakan RT-PCR. Manfaat
130
Tabel 1. Data sampel organ ayam yang diduga terinfeksi NDV yang digunakan dalam penelitian ini.
Gambar 1: Hasil amplifikasi genom NDV panjang 565 bp yang ditargetkan. Jalur 1 berisi
Tangga DNA 100bp. Jalur 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, dan 10 yang berisi sampel
menunjukkan hasil amplifikasi positif. Jalur K+ adalah kontrol positif dan jalur
K- adalah kontrol negatif.
ukuran. Penelitian oleh Haque et al. (2010) Kesimpulan
menggunakan primer spesifik yang mengamplifikasi
Kesembilan sampel dikonfirmasi positif
sekuens gen F sepanjang 356 bp yang mengkode
sebagai NDV oleh RT-PCR menggunakan primer
situs pembelahan protein fusi. Demikian juga, Singh
spesifik target
et al. (2005) menggunakan primer yang sama untuk
amplikon 356 bp, bersama dengan pasangan primer
lain yang menargetkan sekuens internal 216 bp dari
aktivasi pembelahan gen NDV F. Hasil dari
penelitian ini menunjukkan bahwa amplifikasi RT-
PCR yang menggunakan gen F sebagai sekuens
target efektif untuk deteksi NDV. Urutan NDV
menggunakan RT-PCR telah ditetapkan sebagai
metode yang efektif, terutama setelah isolasi dan tes
serologi sebelumnya seperti yang ditentukan oleh
Komisi Standar OIE (Oberdorfer & Werner, 1998).
Sebuah penelitian oleh Kencana et al. (2012)
menggunakan teknik ini untuk konfirmasi diagnosis
ND pada ayam asli Bali. Kencana (2012) melakukan
perbanyakan sampel dalam telur ayam berembrio
dan uji serologi konfirmasi selanjutnya sebelum
amplifikasi RT-PCR. Cara yang sama juga
dilaporkan oleh Dharmayanti et al. (2014).
Namun pada penelitian ini dilakukan RT-
PCR untuk mendeteksi NDV secara langsung dari
sampel organ ayam. Menurut Kant dkk. (1997)
menemukan kemungkinan deteksi RT-PCR
langsung dari sampel organ yang mengandung NDV
virulen, tetapi gagal mendeteksi NDV pada
beberapa sampel jaringan yang mengandung NDV
non-virulen karena sensitivitas pengujian. Laporan
lain oleh Gohm et al. (2000) menyatakan bahwa
deteksi NDV yang cepat dicapai dengan
menggunakan RT-PCR langsung pada sampel dari
unggas yang terinfeksi tanpa isolasi virus
sebelumnya. Temuan ini sangat sesuai dengan
penelitian ini.
Fragmen gen F dan menghasilkan produk amplikon
565 pasangan basa. Hasil penelitian menunjukkan
bahwa metode ini dapat digunakan untuk deteksi
NDV dari sampel organ ayam tanpa isolasi dan
perbanyakan terlebih dahulu pada telur berembrio.
Oleh karena itu, metode RT-PCR dapat diterapkan
untuk mendeteksi NDV pada sampel organ ayam.
Pengakuan
Referensi
Alexander, DJ 2000. Penyakit Newcastle dan
paramyxovirus unggas lainnya. Revue
Scientifique et Technique de L`Office
International Des Epizooties 19(2): 443-462.