6104 13542 1 PB
6104 13542 1 PB
Legiran1*
Abstrak
Latar belakang. Sejak pertama kali ditemukan pada tahun 1940an, circulating nucleid acid in plasma and serum
(CNAPS) masih banyak hal perlu dijawab sebelum konsep ini dapat benar-benar diterapkan untuk mendeteksi DNA dan
RNA dalam plasma atau serum. Berbagai penelitian mendukung bahwa DNA dan RNA bebas memiliki peluang untuk
menjadi pemeriksaan laboratorium untuk diagnosis dan prognosis penyakit terutama keganasan.
Tujuan. Memberi gambaran perkembangan konsep CNAPS dari awal ditemukan disertai hasil-hasil penelitian yang
mendukungnya.
Hasil. DNA sel bebas (cell-free DNA) dapat berasal dari sel nekrosis, apoptosis, atau yang asalnya dari sel itu sendiri,
khususnya sel limfosit dan dapat disimpulkan dua sumber yang mungkin CNAPS adalah pelepasan pasif dari sel mati
(apoptosis) dan dari pelepasan aktif dari sekresi sel. Asal CNA pada orang normal dari hasil apoptosis limfosit dan inti
sel lainnya dan pada pasien kanker, dimana apoptosis sel hilang karena proliferasi sel meningkat yang ditunjukkan
seringkali pada elektroforesis muncul pola tangga (pada kanker paru dan pankreas) yang mirip seperti pola apoptosis
sel. Untuk DNA fetal yang masuk ke plasma maternal, dapat berasal dari berbagai kemungkinan yaitu transfer DNA
langsung, sel-sel placenta dan hematopoeitic, dan placenta sebagai sumber predominan.
Kesimpulan. Penelitian-penelitian yang telah dilakukan memberi harapan CNAPS dapat menjadi metode pemeriksaan
yang cepat, non invasif, sensitif, dan akurat jika diteliti dengan standarisasi teknik pemeriksaan, evaluasi yang hati-hati,
dan analisis data sesuai parameter.
117
Disampaikan pada Pertemuan Ilmiah Nasional Perhimpunan Ahli Anatomi Indonesia (PIN PAAI) 2016 tanggal 29-30
Juli 2016 di Surabaya
118 Legiran: Asam nukleat bebas untuk deteksi DNA dan RNA….
baru diagnosis non invasif pada prenatal (5) kanker paru dan pankreas) yang mirip seperti
dan pemanfaatannya dalam diagnosis dan pola apoptosis sel (16, 17).
manajemen sejumlah patologi, paling tidak Sumber DNA fetal yang masuk ke plasma
sebagai sebuah alat (tools) pelengkap maternal, berasal dari berbagai kemungkinan
diagnosis (6-8). Nilai potensial CNAPS dan yaitu transfer DNA langsung, sel-sel placenta
sedikitnya pengetahuan dasar dan dan hematopoeitic, dan placenta sebagai
implikasinya telah menarik perhatian para sumber predominan (2). Untuk RNA dengan
peneliti khususnya dua dekade terakhir yang sifat yang sangat labil dan mudah terdegradasi
dapat diketahui dari publikasi pada tahun 2011 karena enzim RNA-ase yang ada dimana-
lebih dari 100 sementara di tahun 1999 hanya mana, kemudian orang tidak menduga akan
ada 30 publikasi (9). adanya cell-free RNA dalam plasma. Namun
hadirnya RNA endogenus stabil yang sama
2. Hasil dengan eksogenusnya dalam sirkulasi
memberi kesan bahwa RNA bisa saja
Konsep CNAPS telah dimulai sejak terkandung dalam badan apoptosis (apoptosis
pertengahan abad keduapuluh ketika Mandel bodies) atau terikat pada protein/phospolipid
and Métais untuk pertama kalinya melaporkan dan terlindungi dari degradasi oleh enzim
adanya cell-free DNA (cfDNA) dalam plasma nuclease (18).
(1). Pengertian “CNAPS” merujuk pada
perbedaan tipe dari cell-free nucleic acids 3. Metode analisis CAN
(cfNAs), seperti genomic-DNA (gDNA),
mitochondrial-DNA (mitDNA), viral-DNA DNA sirkulasi umumnya diisolasi
and RNA, messenger (m)RNA, dan menggunakan kit seperti QIAmp 96 spin Blood
microRNA (miRNA), yang telah dilaporkan DNA extraction dari Qiagen. Sistem isolasi
ada dalam plasma (10, 11). otomatis seperti MagNa Pure LC dapat
Analisis fragmen cfDNA dapat dipahami menghasilkan copy DNA/RNA yang tinggi
dari asalnya yaitu dari sel nekrosis, apoptosis, secara signifikan dan tampak lebih baik dari
atau yang asalnya dari sel itu sendiri, sistem manual (19). DNA plasma dengan
khususnya sel limfosit (12-14). Sehingga kadar dibawah nanogram dapat dideteksi
dapat disimpulkan dua sumber yang mungkin dengan radio imunoassay. Dan sekarang
CNAPS adalah pelepasan pasif dari sel mati dengan kadar dibawah picogram dapat
dan dari pelepasan aktif dari sekresi sel (15). dideteksi dengan PCR. Bahkan sekarang
Teka-teki asal CNA masih mengemuka dengan real time (RT) quantitative PCR
walaupun kadar DNA dan RNA dalam plasma digunakan untuk mengamplifikasi dan
pada pasien terjadi peningkatan dari hari ke mengkuantifikasi DNA/RNA. Light-cycler
hari. RT-PCR prosesnya cepat, mampu
Pada orang normal, diyakini asal CNA mengeliminasi masalah kontaminasi serta
dari hasil apoptosis limfosit dan inti sel tidak membutuhkan proses pasca PCR (20).
lainnya. Hal ini didukung oleh temuan bahwa Efisiensi ekstraksi CNAPS juga lebih baik
kadar DNA plasma normal pada elektroforesis dengan memberikan representasi fragmen
menunjukkan ukuran pita ekuivalen dengan DNA lebih kecil pada saat ekstraksi (21). Cell-
jumlah multiplikasi keseluruhan (1-5x) dari free RNA (cfRNA) dapat dideteksi dalam
DNA nucleosomal (185 – 200 bp) sehingga cairan tubuh lainnya seperti saliva dan urine,
bisa dikatakan apoptosis merupakan sumber hasilnya memuaskan yaitu dilaporkan mampu
utama CNAPS (16). Sementara pada pasien mendeteksi sebagai marka diagnosis kanker
kanker, dimana apoptosis sel hilang karena mulut dan urologi (22).
proliferasi sel meningkat sehingga seringkali
pada elektroforesis muncul pola tangga (pada
JKK, Volume 4, No 3, Oktober 2017: 117-120 119
p-ISSN 2406-7431; e-ISSN 2614-0411
119
120 Legiran: Asam nukleat bebas untuk deteksi DNA dan RNA….
human tumours. Cancer Lett. 1995 May infection by real-time PCR. J Virol
8;91(2):221-7. Methods. 2003 Oct;113(1):43-9.
18. Kopreski MS, Benko FA, Kwak LW, 21. Devonshire AS, Whale AS, Gutteridge A,
Gocke CD. Detection of tumor messenger Jones G, Cowen S, Foy CA, et al.
RNA in the serum of patients with Towards standardisation of cell-free DNA
malignant melanoma. Clin Cancer Res. measurement in plasma: controls for
1999 Aug;5(8):1961-5. extraction efficiency, fragment size bias
19. Alp A, Us D, Hascelik G. [Comparison of and quantification. Anal Bioanal Chem.
manual and automated (MagNA Pure) 2014 Oct;406(26):6499-512.
nucleic acid isolation methods in 22. Tzimagiorgis G, Michailidou EZ, Kritis
molecular diagnosis of HIV infections]. A, Markopoulos AK, Kouidou S.
Mikrobiyol Bul. 2004 Jan-Apr;38(1- Recovering circulating extracellular or
2):77-83. cell-free RNA from bodily fluids. Cancer
20. Gueudin M, Plantier JC, Damond F, Epidemiol. 2011 Dec;35(6):580-9.
Roques P, Mauclere P, Simon F. Plasma
viral RNA assay in HIV-1 group O