Coffee: fermentation and microbiota

M. Huch, C.M.A.P. Franz Max Rubner-Institut, Karlsruhe, Germany

21.3.1 Mikrobiota hadir dalam fermentasi kopi

Mikrobiota hadir selama fermentasi biji kopi tergantung pada varietas kelembaban tanaman dan kacang, metode
pengolahan, kompetisi substrat, kapasitas enzimatik dari spesies yang berkoloni, aktivitas antimikroba dan

Gambar 21.4 Dikupas, biji kopi hijau. Foto milik Dr Louis Ban-Koffi.

506 Uang Muka dalam Makanan dan Minuman Fermentasi

faktor lingkungan (mis. kelembaban, suhu dan mikrobiota tanah) (Batista et al., 2009; Silva et al., 2008; Vilela et al.,
2010). Perubahan paling penting selama fermentasi kopi adalah pemecahan pektin oleh mikrobiota dan produksi
asam organik bersamaan (Silva et al., 2000). Waktu fermentasi yang terlalu lama, karena keadaan lingkungan yang
tidak cocok, mis. kurangnya sinar matahari atau kelembaban yang tinggi, dapat mendukung pertumbuhan
mikroorganisme pembusuk dan jamur penghasil mikotoksin (Silva et al., 2000). Perbedaan dalam mikrobiota selama
pemrosesan basah dan pemrosesan kering ada, dan mikrobiota yang terkait dengan pemrosesan kering jauh lebih
bervariasi dan kompleks daripada yang terkait dengan pemrosesan basah (Silva et al., 2008). Umumnya, mikrobiota
fermentasi diwakili oleh suksesi bakteri, ragi dan jamur berfilamen (Silva et al., 2008). Jumlah bakteri yang terlibat
dalam fermentasi bervariasi dari 104 hingga 109 CFU / ceri (Silva et al., 2000) dan mikrobiota yang terlibat cukup
beragam. Ratusan jenis bakteri, ragi dan jamur dapat diisolasi dari fermentasi kopi. Di masa lalu, beberapa spesies
dan genera baru dapat dideteksi dalam ekosistem yang terkait dengan kopi. Sebagai contoh, spesies bakteri asam
laktat baru Leuconostoc holzapfelii (De Bruyne et al., 2007) dan dua spesies bakteri asam asetat baru
Gluconacetobacter johannae dan Gluconacetobacter azotocaptans (Fuentes-Ramirez et al., 2001) diisolasi dari kopi
dan fermentasi kopi . Jamur berfilamen baru juga diisolasi dari asosiasi ekosistem dengan kopi, mis. Penicillium
brocae, yang diisolasi dari penggerek biji kopi di Meksiko (Peterson et al., 2003), dan Aspergillus sclerotiicarbonarius
dan Aspergillus aculeatinus (Nooim et al., 2008) dari biji kopi Thailand. Dapat diharapkan bahwa di masa depan
bahkan lebih banyak spesies baru, dan mungkin juga genera, akan ditemukan dari fermentasi kopi. Sebuah studi
suksesi dari Silva et al. (2008) menunjukkan bahwa lebih dari 78% mikroorganisme hadir selama fermentasi kopi
olahan kering diwakili oleh bakteri, pertama Gram-negatif, kemudian Gram-positif dari hari 0 hingga hari 6,
sedangkan ragi dan jamur berfilamen hadir pada angka di bawah 20% dalam periode ini. Bakteri Gram-negatif yang
ada pada tahap awal fermentasi kopi milik Enterobacteriaceae, dan dalam fermentasi kopi basah dari Ethiopia
Enterobacter cloacae, Klebsiella oxytoca dan Hafnia alvei adalah isolat yang umum (Holzapfel & Müller, 2007). Dalam
fermentasi kopi basah dari Ethiopia, jumlah bakteri meningkat dari awal 102-103 CFU / g hingga 108 CFU / g dalam
24 jam pertama. Bakteri asam laktat (LAB) menjadi dominan dan menurunkan pH bahan fermentasi, sehingga
mencegah pertumbuhan bakteri pembusuk (Holzapfel & Müller, 2007). Ini jelas berbeda dari fermentasi Brasil, di
mana LAB tidak mendominasi. Pada tahap awal fermentasi kopi Ethiopia, genera Leuconostoc dan Weissella hadir
dalam jumlah tinggi, sementara lactobacilli homofermentatif dan heterofermentatif, serta enterococci, juga diisolasi
dari fermentasi. Di antara cocci heterofermentatif ini, genera Leuconostoc mesenteroides, Leuconostoc citreum,
Leuconostoc pseudomesenteroides, Weissella cibaria dan Weissella soli dapat diidentifikasi (Schillinger et al., 2008),
sementara spesies baru, Leuc. holzapfelii dapat baru dijelaskan (De Bruyne et al., 2007). Isolat Lactobacillus
plantarum dan Lactobacillus brevis mendominasi di antara isolat lactobacilli (Holzapfel & Müller, 2007). Dari hari ke 8
hingga 14 (Silva et al., 2008), jumlah bakteri menurun dari kurang dari 50% menjadi ∼10%, sedangkan jumlah ragi
meningkat menjadi hampir 80%. Ragi terjadi pada jumlah tinggi selama fermentasi kopi, dengan jumlah total antara
4 × 104 dan 5 × 107 CFU / g telah dilaporkan dalam pengolahan basah C. arabica di Tanzania, dengan jumlah
meningkat dengan waktu fermentasi (Masoud, Cesar , Jespersen, & Jakobsen, 2004). Nilai rata-rata mikroorganisme
yang ada pada ceri kopi yang diproses dengan metode kering di Brasil adalah log 7,2 CFU / ceri (Silva et al., 2000).
Dalam studi Silva et al. (2000), total 754 jenis bakteri, ragi dan jamur diisolasi dan diidentifikasi setidaknya tingkat
genus. Bakteri, jamur berfilamen dan ragi masing-masing mewakili 43,8%, 40,1%, dan 16,1%. Kelompok bakteri yang
paling melimpah (46,5%, 118 isolat) yang ada adalah kelompok pembentuk gram positif, non-spora, yang
mengandung spesies dari genus Cellulomonas, Arthrobacter, Microbacterium, Brochothrix, Dermabacter dan
Lactobacillus. Silva et al. (2008) melaporkan insiden Enterobacteriaceae (<104 CFU / g) yang lebih rendah jika
dibandingkan dengan bakteri gram positif pembentuk spora selama tahap awal fermentasi kopi kering di Brasil.
Sekitar 80% dari yang terakhir milik genus Bacillus (terutama Bacillus polymyxa dan Bacillus subtilis), sedangkan di
antara Enterobacteriaceae genera yang didominasi oleh Enterobacter dan Serratia. Mikroorganisme yang termasuk
dalam genus Pseudomonas, Klebsiella dan Acinetobacter juga diisolasi (Silva et al., 2008). Genus ragi yang paling
sering diisolasi ditentukan oleh Silva et al. (2000, 2008) adalah Pichia, Debaryomyces, Candida, Arxula dan
Saccharomycopsis, dan jamur yang paling sering diisolasi dan ditandai termasuk genus Cladosporium, Fusarium,
Penicillium, Aspergillus, Pestalotia dan Paecelomyces. Hasil yang menarik dari studi Silva et al. (2008) adalah bahwa
jumlah jamur berbanding terbalik dengan jumlah ragi; misalnya, ragi Debaryomyces hansenii mendukung penurunan
populasi jamur. D. hansenii dapat berperan dalam mencegah degradasi buah dan biji-bijian yang disimpan (Payne &
Bruce, 2001).

21.3.2 Aktivitas enzim dari mikrobiota fermentasi

Fermentasi gula pektin oleh mikrobiota fermentasi kopi mengarah pada produksi etanol dan asam asetat, laktat,
butirat dan asam karboksilat yang lebih tinggi lainnya (Silva et al., 2000). Spesies Bacillus selulolitik menghasilkan
berbagai enzim ekstraseluler, yang berkontribusi pada degradasi selulosa dan pektin (Coughlan & Mayer, 1991), yang
terdapat dalam kulit, pulpa dan lendir buah kopi (Silva et al., 2008). Silva et al. (2008) menunjukkan bahwa tidak ada
bakteri yang diisolasi dari fermentasi kopi olahan kering di Brasil yang memiliki kemampuan untuk memproduksi
polygalacturonase, suatu enzim yang bertanggung jawab untuk pemecahan asam polygalacturonic. Namun, isolat
spesies bakteri Gram-negatif Tamutella ptyseos, Pseudomonas putrefaciens, Enterobacter aerogenes, Acinetobacter
sp. dan Provindencia mirabilis menghasilkan pektin lyase, yang dapat mempercepat fermentasi dengan
merendahkan pektin yang ada di lendir (Silva et al., 2008). Spesies ragi Pichia burtonii, Debaryomyces polymorphus,
Arxula adeinivorans, Pichia holstii dan Pichia anomala yang diisolasi dari fermentasi kopi olahan kering juga
dilaporkan memiliki aktivitas pektin lyase (Silva et al., 2008). Dalam sebuah studi tentang enzim pendegradasi pektin
dari ragi yang terlibat dalam fermentasi kopi, P. anomala,

508 Uang Muka dalam Makanan dan Minuman Fermentasi

Galur Pichia kluyveri dan Hanseniaspora uvarum terbukti menghasilkan polygalacturonase tetapi tidak pectin
esterase atau pectin lyase (Masoud & Jespersen, 2006).

 Leuconostoc mesenteroides, spesies bakteri asam laktat yang paling dominan dalam fermentasi kopi, tidak
menunjukkan aktivitas pektinolitik dalam studi Avallone,

 Brillouet, Guyot, Olguin, dan Guiraud (2002), sedangkan hanya spesies L. brevis yang jarang diisolasi yang memiliki
aktivitas polygalacturonase. Dalam studi Avallone et al. (2002), spesies pectolytic yang paling sering diisolasi adalah
Erwinia herbicola dan Klebsiella pneumoniae, yang menghasilkan lyase pektat, suatu enzim yang hanya dapat
mendepolimerisasi pektin yang tidak diesterifikasi dan bukan zat pektik kopi yang sangat teresterifikasi metil
(Avallone, Guyot, Brillouet, Olguin , & Guiraud, 2001). Avallone et al. (2002) dengan demikian menyarankan bahwa
degradasi lendir disebabkan oleh pengasaman daripada enzim pektinolitik mikroba.

21.4 Menuju penggunaan biakan starter untuk mengoptimalkan fermentasi

Kualitas adalah aspek terpenting yang memengaruhi pemasaran kopi. Karakteristik kualitas organoleptik dan visual
adalah akumulasi dari berbagai parameter yang mempengaruhi kopi selama pemrosesan. Kualitas intrinsik
ditetapkan di tingkat petani, dengan metode pemrosesan mungkin memiliki dampak terbesar pada kualitas
(Velmourougane, 2013). Praktik pengolahan yang salah atau tidak bersih (kematangan buah, kebersihan tong
fermentasi, lama fermentasi, kualitas air yang digunakan untuk pemrosesan) dapat menghasilkan cacat sensorik.
Fermentasi yang benar sangat penting untuk kualitas kopi. Pertama, fermentasi dapat mengurangi asam dan
mengurangi waktu untuk demucilasi, yang sangat penting dalam produksi ceri kopi Robusta dengan lendir yang lebih
tebal jika dibandingkan dengan ceri Arabika (Velmourougane,

 Shanmukhappa, Venkatesh, Prakasan, & Jayarama, 2008). Fermentasi tidak hanya berfungsi untuk membantu
menghilangkan lapisan lendir yang tebal, tetapi juga telah dilaporkan penting untuk pengembangan rasa
(Velmourougane et al., 2000). Selain itu, beberapa ragi mampu menghambat pertumbuhan jamur filamen
mycotoxinogenic. Sebagai contoh, diketahui bahwa kopi adalah substrat yang menguntungkan untuk produksi
ochratoxin A (OTA) oleh spesies Aspergillus atau Penicillium (Mantle & Chow, 2000; Silva et al. 2013). Masoud, Poll,
dan Jakobsen (2005) menunjukkan bahwa ester utama dan alkohol yang diproduksi oleh ragi P. anomala, P. kluyveri
dan H. uvarum yang menghambat Aspergillus (A.) pertumbuhan ochraceus adalah etil asetat, isobutil asetat, 2-fenil
etil asetat, etil propionat dan isoamil alkohol. Di antara ini, senyawa penghambat yang paling efektif adalah 2-fenil
etil asetat. Proses fermentasi kopi terkontrol dengan mikrobiota terkontrol dapat menjamin kualitas standar dan
mengurangi kerugian ekonomi bagi produsen. Dalam literatur, hanya beberapa penelitian yang telah diterbitkan
mengenai penggunaan kultur starter untuk fermentasi kopi, meskipun upaya untuk mengendalikan fermentasi kopi
telah ada selama lebih dari 40 tahun. Ragi pektolitik (Agate & Bhat, 1966; Avallone et al., 2002) dan

509 Kopi: fermentasi dan mikrobiota

air limbah dari fermentasi sebelumnya (Avallone et al., 2002; Butty, 1973; Calle, 1957, 1965) digunakan sebagai
inokulasi merupakan upaya awal untuk memanfaatkan starter dalam fermentasi kopi. Dalam studi yang lebih baru,
Silva et al. (2013) menggunakan persiapan starter multikomponen yang meliputi ragi dan bakteri pektinolitik. Lima
belas strain dipilih terlebih dahulu berdasarkan kemampuan mereka untuk memproduksi pektin lyase dan senyawa
organik dan termasuk Bacillus cereus, Bacillus megaterium, Bacillus subtilis, Candida parapsilosis, Pichia carribica,
Pichia guilliermondii dan S. cerevisia. Dari jumlah tersebut, S. cerevisiae, P. guilliermondii dan C. parapsilosis akhirnya
dipilih berdasarkan profil senyawa aromanya sebagai biakan starter di masa depan untuk pemrosesan kopi
fermentasi kering Brasil (Silva et al., 2013). Massawe dan Lifa (2010) menggunakan kombinasi starter dari enam
strain ragi (tiga strain P. anomala dan tiga strain P. kluyveri) dan enam strain bakteri asam laktat (Leuconostoc,
Weissella, homo- dan heterofermentative lactobacilli dan strain Enterococcus) dalam fermentasi kopi untuk
menghambat dua produksi OTA

 A. strain ochraceus. Para penulis ini dapat menunjukkan bahwa tidak ada pertumbuhan jamur setelah periode
fermentasi dan pengeringan dan bahwa kombinasi starter dapat berhasil digunakan sebagai agen biokontrol
terhadap A. ochraceus (Massawe & Lifa, 2010). Bahkan hari ini, sedikit yang diketahui hari ini tentang kontribusi ragi
atau bakteri terhadap rasa kopi, dan penggunaan kultur starter untuk fermentasi terkontrol ukuran lapangan masih
dalam masa pertumbuhan. Ini jelas membutuhkan studi lebih lanjut. Namun, sebelum biakan pemula yang efektif
dapat dikembangkan, ada juga kebutuhan untuk studi yang lebih mendalam tentang ekologi mikroba fermentasi
kopi, lebih disukai dengan teknik biologi molekuler yang bebas kultur. Hanya gambaran terperinci tentang jenis dan
peran mikroorganisme yang terkait dengan fermentasi yang akan menghasilkan informasi tentang bakteri dominan
dalam berbagai tahap fermentasi dan akan memungkinkan pemilihan strain starter fungsional yang sesuai.