1.

IDENTIFIKASI DAN KARAKTERISTIK

GENETIK POPULASI IKAN

Stok ikan umumnya didefinisikan sebagai populasi ikan di

perairan tertentu. Namun, orang sering kali memahami istilah stok dan
populasi ikan sebagai suatu hal yang sama saja sehingga penggunaan
kedua istilah ini menjadi sering rancu. Sebenarnya istilah stok lebih
mengarah pada kelimpahan dan pengelolaan sumber daya tersebut,
sedangkan populasi lebih terfokus pada aspek biologinya. Para ahli
perikanan membedakan stok dan populasi ikan lebih tegas lagi. Stok
memiliki pola migrasi dan lokasi pemijahan tertentu, sedangkan
populasi ikan adalah kelompok suatu jenis ikan tertentu yang
menempati daerah tertentu pada waktu tertentu.
Sampai saat ini ikan di dunia diperkirakan ada 28.400 jenis,
sedangkan yang ditemukan di perairan Indonesia ada lebih dari 25.000
jenis (Fish Base 2000). Walaupun demikian, jenis yang dapat
dimanfaatkan sebagai ikan pangan jumlahnya terbatas, hanya berkisar
1-5 persen, ikan hias kurang dari 1 persen, dan selebihnya
diperkirakan berperan dalam sistem rantai makan di ekosistem
perairan.
Perlu sekali dipikirkan langkah-langkah ke depan yang lebih
sistematik untuk mendukung pengkajian stok ikan secara baik dan
benar. Sedikitnya ada dua pekerjaan yang sangat diperlukan, yaitu
mengetahui komposisi jenis ikan menurut skala ruang dan waktu
dengan fokus pada jenis yang bernilai ekonomi. Adapun pekerjaan
berikutnya adalah mengidentifikasi apakah populasi ikan-ikan tersebut
berasal dari stok yang sama atau tidak.
Identifikasi subpopulasi biasanya berdasarkan karakter
morfometrik dan meristik. Pendekatan berupa studi kromosom,
rangkaian asam amino dan perbandingan tingkah laku (Lagler et al,
1977) serta biologi dan sel mulai digunakan dalam interpretasi
sistematik vertebrata dari tingkatan subspesies hingga ordo (Yapp,
1965).

Disusun Oleh : Noor Syarifuddin Yusuf 1

 Moyle dan Cech (1982) membagi taksonomi menjadi enam
kategori:
1. Ukuran Morfometrik
Berupa beberapa ukuran standar ikan seperti panjang, tinggi
dam lain-lain. Karena ukuran akan berubah seiring pertumbuhan ikan,
biasanya dinyatakan dengan perbandingan.
2. Karakteristik Meristik
Meliputi bagian-bagian yang dapat dihitung, seperti tulang
punggung, jari-jari sirip dan sisik garis sisis. Untuk menghindari bias,
diperlukan contoh yang banyak.
3. Karakteristik Anatomi
Meliputi bentuk, kelengkapan dan posisi garis sisi, posisi dan
ukuran organ internal, bentuk anatomi khusus seperti alat pernafasan,
karakteristik seksual sekunder dan bentuk, ukuran, posisi dan
hubungan tulang dan otot.
4. Pola warna
Karekter ini bervariasi, dapat berubah karena umur atau
lingkungan hidupnya. Namun warna penting untuk mendeksripsikan
spesies karena mengambarkan kekasan spesies, habitat, kondisi
reproduktif dan sebagainnya.
5. Kariotif
Merupakan deksripsi dari jumlah dan morfologi kromosom.
Jumlah kromososm dalam satu sel termasuk karakteristik yang
konservatif sehingga dapat dipergunakan sebagai indikator.
6. Elektroforesis
Metode ini merupakan suatu teknik yang berguna bagi evaluasi
protein terutama enzim yang serupa pada suatu spesies dan sangat
membantu di dalam menentukan variasi genetik dalam populasi.
Setiap metode ini memiliki kelebihan dan kekurangan, dan
tentunya akan berpengaruh pada hasil yang dicapai. Sebagai contoh,
parameter populasi, morfometrik, dan meristik dapat dikerjakan
dengan peralatan yang sederhana, yaitu mikroskop, alat ukur panjang
dan timbangan untuk mengukur bobot ikan, di samping buku

Disusun Oleh : Noor Syarifuddin Yusuf 2

identifikasi, sehingga biayanya murah tetapi memerlukan banyak
sampel, membutuhkan tenaga kerja dan waktu yang banyak.
Teknik dengan prinsip genetika secara molekuler memang akan
menghasilkan komposisi genetika dari setiap individu sample ikan, dan
tentunya ini akan sangat akurat dalam membedakan stok ikan.
Namun, biaya analisisnya masih dianggap mahal. Hal itu disebabkan
mahalnya harga bahan kimia dan peralatan yang dipergunakan. Di
samping itu, juga diperlukan tenaga-tenaga yang terlatih baik dalam
mengerjakan analisis ini. Kendala lain yang dihadapi adalah
penyediaan fasilitas laboratorium untuk analisis, terutama
laboratorium genetika perikanan, dan juga sumber daya manusia yang
memadai.

VARIASI DAN KERAGAMAN GENETIK

Keragaman genetik suatu populasi mempunyai arti penting,

karena faktor inilah yang akan mempengaruhi respon populasi
tersebut terhadap seleksi baik alam maupun seleksi buatan yang
dilakukan oleh manusia (Imron, 1998).
Populasi dengan keragaman genetik tinggi mempunyai peluang
hidup yang lebih baik karena memiliki kemampuan beradaptasi dengan
lingkungan lebih baik. Frankham (1999) menyatakan bahwa
kehilangan keragaman genetik akan mengurangi kemampuan spesies
tersebut untuk beradaptasi terhadap perubahan lingkungan. Individu
dengan keragaman genetik besar akan mempunyai komponen fitness
yang besar pula (laju pertumbuhan, fekunditas, viabilitas, daya tahan
terhadap perubahan lingkungan dan stress).
Lebih jauh Masyud (1992) menyatakan bahwa genetik sering
digunakan sebagai indikator kunci dalam kegiatan konservasi, agar
tetap menjamin kemurnian jenis dan mutu variasi genetik serta sejauh
mungkin tidak menimbulkan polusi genetik. Dari sudut pemuliaan,
keragaman genetik (heterosigositas) yang tinggi memungkinkan
perbaikan mutu genetik populasi populasi dengan mengeksploitasi
gen-gen yang menguntungkan (Harti 1980; Alledorf et al, 199).

Disusun Oleh : Noor Syarifuddin Yusuf 3

 Karakteristik suatu populasi menunjukkan adanya heterogenitas
spasial, bahkan pada jarak yang sangat dekat. Sebagian dari proses
ini disebabkan oleh proses stokastik dan sebagian lagi oleh seleksi
yang mencerminkan adaptasi terhadap kondisi lingkungan lokal.
Perubahan genetik populasi karena mutasi, selesi, persilangan acak
(random mated) dan penghanyutan gen (genetik drift) akan merubah
genetic make up populasi (Garner et al. 1991) serta migrasi yang
menyebabkan terjadinya evolusi (harti 1980). Menurut Berry (1992)
hal tersebut dapat memperkaya atau sebaliknya mengurangi
keragaman genetik. Sebaliknya keragaman genetik tidak berkembang
jika perpindahan (migrasi) materi antar dua pupolasi atau lebih tidak
terputus (Soelistyowati 1996).
Menurut Ferguson et al. (1995), bahwa keragaman genetik
mempunyai arti penting dalam stabilitas dan ketahanan populasi.
Pada usaha budidaya, keragaman genetik juga penting dalam selektif
breeding dan pencegahan terhadap kehilangan fitness individu yang
disebabkan oleh inbreeding yang pada akhirnya mengakibatkan
kepunahan.
Isolasi dalam bentuk habitat dapat juga menyebabkan
keragaman genetik yang berbeda. Sumantadinata (1982) menyatakan
bahwa keragaman genetik antar populasi merupakan hasil interpretasi
dari isolasi secara fisik maupun terhalang secara ekologis, terpisah
jauh secara geografis atau pengaruh behaviour seperti migrasi dan
waktu memijah. Nei (1987) mengemukakan habitat yang kuran baik
dapat menyebabkan perkembangan populasi tertekan dan kemampuan
reproduksi menurun. Demikian pula penanganan dalam budidaya
dapat menyebabkan penghanyutan gen yang berakibat hilangnya
variasi genetik yang akan mengurangi peluang satu atau lebih genotif
yang akan diwariskan pada generasi berikutnya (Chamber 1983).
Untuk menduga keragaman genetik Alledorf dan Phelp (1981)
menggunakan metode biometrik, yaitu keragaman fisiologis atau
morfologis yang terukur seperti: bobot, panjang, umur kematangan,
ketahanan terhadap penyakit, toleransi terhadap salinitas dan lain-lain,

Disusun Oleh : Noor Syarifuddin Yusuf 4

metode studi kromosom dan marker genetik biokimia. Kemudian
Chamber dan bayles (1983) mengemukakan tujuh cara yang dapat
digunakan yaitu: pengukuran asam inti, protein sekuen, elektroforesis,
imunologi, kromososm, hubungan antar lokus, morfometrik dan studi
perkembangbiakan. Pendeteksian keragaman genetik dapat juga
dilakukan melalui metode asam inti, yaitu DNA (Power 1991; Hillis et
al. 1996). Analisis DNA dapat mendeteksi variabilitas genetik pada
tingkat yang lebih tinggi.

KARAKTER FENOTIPE

Salah satu cara untuk mengetahui keragaman genetik adalah

dengan mempelajari perbedaan fenotipe. Karakter morfologis
merupakan fenotipe atau bentuk luar atau bagaimana kenyataannya
karakter yang dikandung oleh suatu individu.
Karakter ialah sifat fisik dan psikis bagian-bagian tubuh atau
jaringan. Karakter diatur olah banyak macam gen, atau satu gen saja.
Berhubung dengan banyaknya gen yang menumbuhkan karakter,
maka dibuat dua kelompok karakter yaitu karakter kualitatif dan
karakter kuantitatif. Karakter kualitatif ialah karakter yang dapat
dilihat ada atau tidaknya suatu karakter. Karakter ini tidak dapat
dibuat gradasi (diskontinyu). Sedangkan karakter kuantitatif ialah
karakter yang dapat diukur nilai atau derajatnya, sehingga ada urutan
gradasi dari yang rendah sampai tinggi (kontinyu). Karakter kualitatif
ditentukan oleh satu atau dua gen saja sedangkan karakter kuantitatif
disebabkan oleh banyak gen (tiga atau lebih) Yatim (1986).
Tave (1986) menyatakan bahwa hasil percobaan untuk
memanipulasi dan mengeksploitasi gen-gen pada ikan hanya dapat
dievaluasi dan diukur melalui fenotipenya. Variasi yang terdapat untuk
tiap-tiap karakter fenotipe bersifat tetap, sehingga variasi dari karakter
fenotipe, baik kualitatif maupun kuantitatif menjadi penting untuk
dipelajari.
Menurut Yatim (1986), fenotipe ialah bentuk luar atau
bagaimana kenyataannya karakter yang dikandung oleh suatu

Disusun Oleh : Noor Syarifuddin Yusuf 5

individu, sedangkan menurut Tave (1986), fenotipe ialah setiap
karakteristik yang dapat diukur atau sifat nyata yang dipunyai oleh
organisme. Fenotipe merupakan hasil interaksi antara genotipe dan
lingkungan serta merupakan bentuk luar atau sifat-sifat yang tampak.
Genotipe menentukan sampai di mana tercapai potensi itu. Fenotipe
tidak bisa melewati kemampuan atau potensi genotipe (Yatim 1986).
Menurut Rustidja (1995), seleksi fenotipe kualitatif ialah seleksi
ikan berdasarkan sifat genetik kualitatif seperti misalnya warna
ataupun bentuk tubuh yang diinginkan sedangkan seleksi fenotipe
kuantitatif ialah seleksi terhadap penampakan ikan dengan ciri-ciri
atau parameter yang dapat diukur, misalnya: panjang, bobot,
persentase daging, viabiliti, kandungan lemak, protein, fekunditas dan
lain sebagainya.
Imron (1998) menyatakan bahwa perbedaan morfologis antar
populasi atau spesies digambarkan sebagai kontras dalam bentuk
tubuh secara keseluruhan atau dengan ciri anatomis tertentu. Jika
suatu spesies mempunyai bentuk tubuh lebih sempit dan lebih dalam
daripada spesies lain atau mempunyai bentuk mata yang relatif lebih
besar atau sirip punggung yang lebih pendek merupakan deskripsi
kualitatif. Deskripsi secara kualitatif dianggap belum memadai,
sehingga seringkali diperlukan ekspresi kuantitatif dengan mengambil
berbagai ukuran dari individu-individu dan dinyatakan dengan nilai
statistik seperti rata-rata, kisaran, ragam, korelasi, dll. Hal yang sama
dilakukan terhadap ciri-ciri meristik (ciri-ciri yang dapat dihitung)
misalnya jari-jari sirip, tulang punggung dan sisik garis sisi (Moyle dan
Cech 1988). Strauss dan Bond (1990) menyatakan bahwa antara sifat
morfometrik dan meristik berbeda, dimana ciri-ciri meristik lebih stabil
jumlahnya selama masa pertumbuhan sampai ukuran tubuh mantap
tercapai, sedangkan karakter morfometrik berubah secara kontinyu
sejalan ukuran dan umur (panjang badan, tinggi badan, dll).
Selanjutnya Strauss dan Bond (1990) menjelaskan bahwa studi
morfometrik secara kuantitatif mempunyai manfaat yaitu (1) dapat
membedakan individu antar jenis kelamin atau spesies, (2) dapat

Disusun Oleh : Noor Syarifuddin Yusuf 6

menggambarkan pola-pola keragaman morfologis antar populasi atau
spesies, (3) dapat mengklasifikasi hubungan filogenik. Karakter
morfometrik yang biasa diukur adalah pengukuran panjang total
tubuh, panjang baku, panjang kepala, tinggi badan, dll. Pengukuran
terhadap karakter-karakter tersebut dinilai masih mempunyai
kelemahan karena hanya memberikan gambaran bentuk tubuh ikan
secara umum (Brzeski dan Doyle 1988), sedangkan perbedaan bentuk
merupakan faktor penting untuk membedakan spesies dan varietas.
Untuk memperoleh informasi yang lebih lengkap dalam
menggambarkan suatu bentuk individu sebaiknya digunakan metode
truss morphometrics (Strauss dan Bookstein dalam Sudarto 1992).
Pada metode ini terlebih dahulu ditentukan titik-titik tanda truss baik
secara vertikal, horizontal maupun diagonal. Pemilihan titik truss di
sepanjang tubuh ikan merupakan faktor penting dalam upaya
memperoleh informasi sebanyak-banyaknya tentang bentuk tubuh
ikan. Oleh sebab itu penentuan titik truss khas bagi setiap jenis ikan.

Disusun Oleh : Noor Syarifuddin Yusuf 7

2. KARAKTER MORFOMETRIK DAN MERISTIK

Variasi morfologi dapat dipertimbangkan sebagai indikator

perbedaan genetik antar spesies, strain, jenis kelamin atau populasi.
Sebagai contoh bentuk ikan yang hidup di sungai dengan arus yang
deras biasanya lebih pipih, sementara yang hidup di lingkungan
budidaya atau lingkungan yang lebih baik bentuknya lebih tebal.

Perbedaan morfologis antar populasi dapat berupa perbedaan

seluruh ukuran atau bentuk, tetapi secara umum cenderung
melibatkan keduanya (Sprent 1972). Perbedaan bentuk antar populasi
ikan dinyatakan sebagai fungsi ukuran (McGlade & Boulding 1985).
Oleh karena itu perbandingan ukuran tidak boleh diabaikan, bahkan
merupakan bagian dari analisis (Humpries et al. 1981).
Pendekatan dengan ukuran komersil (panjang dan bobot badan)
dan karakteristik meristik dapat dilakukan dengan menggunakan
pengukuran konvensional dan dengan menggunakan truss.
Pengukuran secara konvensional atau metode baku umumnya
berdasarkan pengukuran panjang standar, panjang badan, panjang
total dan lainnya sehingga cenderung mendapatkan ukuran yang
bertumpu pada satu daerah tertentu sehingga hanya menggambarkan
bentuk ikan secara umum saja. Hal ini menyebabkan munculnya
metode pengukuran truss morfometrik yang lebih menekankan pada
bentuk tubuh dan kekhasan ciri dari individu yang diamati.
Book stein et al. (1985) mengembangkan ukuran truss
morfometrik menunjukkan bahwa ukuran ini meningkatkan
kemampuan untuk membedakan bentuk intraspesifik. Pada metode
truss morfometrik ditetapkan seperangkat ukuran, termasuk pemilihan
garis (titik homolog) sepanjang garis luar badan ikan.

Disusun Oleh : Noor Syarifuddin Yusuf 8

3. FLUKTUASI ASIMETRI

Fluktuasi asimetri adalah perbedaan antara karakter sisi kiri dan

sisi kanan yang menyebar secara normal dengan rataan mendekati
nol sebagai akibat dari ketidakmampuan individu untuk berkembang
secara tepat dan normal (Van Valen, 1962). Fluktuasi asimetri ini
merupakan pencerminan dari ketidakstabilan perkembangan dan
ketidakmampuan perkembangan individu sehingga menyebabkan
perbedaan fenotip.

Beberapa tekhnik untuk menganalisis kestabilan perkembangan

organisme, yaitu melalui pendekatan heterozigositas antara lain
dengan tekhnik elektroforesis dan fluktuasi asimetri. Walaupun relatif
sederhana dan tidak memerlukan alat yang rumit, namun fluktuasi
asimetri dapat menunjukkan adanya perbedaan kestabilan
perkembangan seperti halnya tekhnik elektroforesis dengan analisis
jumlah loci heterozigot.
Untuk menghitung fluktuasi asimetri dilakukan pengukuran
menurut metode dari Leary et al. (1985a). Ciri meristik bilateral yang
diamati adalah jumlah jari-jari lemah sirip dada, jari-jari lemah sirip
perut dan tapis insang pada lengkung insang bagian luar. Karakter
meristik tersebut selain lebih awal terbentuk, juga lebih mudah dan
lebih tepat dalam penghitungannya. Penghitungan jari-jari lemah sirip
dada dan sirip perut dengan cara merentangkan kedua sirip tersebut
sehingga jari-jari lemah sirip dada dan perut akan terlihat jelas.
Sedangkan penghitungan jumlah tapis insang dilakukan dengan
memotong operculum, selanjutnya tulang lengkung insang dikeluarkan
dan tapis insang dihitung dengan bantuan mikroskop.
Lebih jauh Leary et al. (1985) mengemukakan bahwa
rendahnya keragaman genetik akan berakibat negatif terhadap sifat-
sifat penting dalam budidaya ikan, antara lain menurunnya tingkat
kelangsungan hidup, pertumbuhan dan keragaman ukuran.
Selanjutnya rendahnya keragaman genetik dapat mengurangi
kemampuan ikan untuk beradaptasi terhadap perubahan lingkungan.

Disusun Oleh : Noor Syarifuddin Yusuf 9

 Wright dalam Leary et al. (1985) menyatakan bahwa rendahnya
keragaman genetik berhubungan dengan terjadinya silang dalam yang
dapat meningkatkan homozigositas. Jika frekuensi silang dalam
meningkat, maka akan terjadi perubahan morfologi pada individu yang
disebabkan oleh meningkatnya homozigositas. Secara umum
homozigositas menyebabkan menurunnya kemampuan individu untuk
berkembang secara normal.

Disusun Oleh : Noor Syarifuddin Yusuf 10