Dosen Pembimbing :
1. Bapak Agung Witjoro
2. Bapak Suhadi
Penyusun :
Offering I
S1 KIMIA 2017
a. Bakteri
Bakteri menguntungkan :
Bakteri merugikan :
7. Predatorisme
Hampir sama dengan parasitisme tetapi dalam ukuran parasit lebih
kecil dari inangnya sedangkan predator lebih besar dari yang
dimangsa. Contoh : Amoeba (predator) merupakan pemangsa dari
bakteri (mangsa).
2. Katabolisme
Katabolisme adalah penguraian bahan organik kompleks menjadi
bahan organik yang lebih sederhana, pembentukan energi dengan
menguraikan karbohidrat melalui reaksi oksidasi substrat. Merupakan
oksidasi substrat yang diiringi dengan terbentuknya energi, meliputi proses
degradasi sebagai reaksi penguraian bahan organik kompleks menjadi bahan
organik sederhana atau bahan anorganik yang menghasilkan energi dalam
bentuk ATP. Katabolisme disini terdiri dari dua macam yaitu :
Respirasi
Respirasi merupakan proses terjadinya pembongkaran suatu
zat makanan sehingga menghasilkan energi yang diperlukan oleh
mikroorganisme tersebut.
Respirasi aerob
Jika oksigen yang diperlukan dalam proses respirasi
maka disebut respirasi aerobtahapan respirasi ini dibagi
menjadi 3 yaitu :
1. Glikolisis
Glikolisis adalah serangkaian reaksi
enzimatis yang memecah glukosa (terdiri dari 6
atom C) menjadi dua molekul asam piruvat (terdiri
dari 3 atom C). Glikolisis juga menghasilkan ATP
dan NADH + H+
2. Tricarboxylic acid cycle (Siklus Krebs)
Merupakan serangkaian reaksi metabolisme
yang mengubah asetil koA yang direaksikan dengan
asam oksaloasetat (4C) menjadi asam sitrat (6C).
Selanjutnya asam oksaloasetat memasuki daur
menjadi berbagai macam zat yang akhirnya akan
membentuk oksaloasetat lagi.
3. Transfer Elektron
Transfer elektron merupakan reaksi pemindahan
elektron melelui reaksi redoks (reduksi-oksidasi).
karena respirasi mebutuhkan jumlah ATP dari
proses oksidasi NADH dan FADH.
Pembawa elektron terdiri
dari flavoprotein (contohnya FAD dan
mononukleotida flavin, FMN), besi sulfur (FeS),
dan sitokrom, protein dengan cincin yang berisi besi
yang disebut heme. Gugus non-protein seperti lipid-
soluble (larutan dalam lemak) yang lebih dikenal
dengan quinones.
Respirasi Anaerob
Bakteri anaerob fakultatif adalah bakteri yang dapat
hidup dengan baik bila ada oksigen maupun tidak ada
oksigen. Contoh bakteri anaerob fakultatif antara
lain Escherichia coli, Streptococcus, Alcaligenes,
Lactobacillus, dan Aerobacter aerogenes. Anaerob
fakultatif dapat hidup dengan adanya atau tidak adanya
oksigen, tetapi lebih memilih untuk menggunakan
oksigen. Contoh jenis ini termasuk Escherichia coli.
Contoh respirasi anaerob yaitu sebagai berikut :
1. Respirasi Nitrat
Proses ini memiliki beberapa
langkah, yang mana nitrat direduksi menjadi
nitrit dan nitrogen oksida menjadi
dinitrogen, yang disebut
sebagai dissimilatory nitrate reduction atau
denitrifikasi. Reaksi denitrifikasi sebagai
berikut:
2NO3- + 12 e- + 12 H+ → N2 + 6 H2O
Denitrifikasi dilakukan oleh spesies
Pseudomonas stutzeri, Pseudomonas
aeruginosa, Paracoccus denitrificans dan
Thiobacillus denitrificans.
2. Respirasi Sulfat
Respirasi sulfat dilakukan oleh
sebagian kecil bakteri heterotrophic, yang
semuanya oligatif anaerob, seperti bakteri
dari spesies Desulfovibrio. Bakteri ini
membutuhkan sulfat sebagai aseptor proton
dan terduksi menjadi sulfit. Reaksi sulphate
respiration sebagai berikut:
SO42- + 8 e- + 8 H+ → S2- + H2O
3. Respirasi Karbonat
Respirasi Karbonat dilakukan oleh
bakteri seperti Methanococcus dan
Methanobacterium. Bakteri tersebut
merupakan anaerob obligat yang mereduksi
CO2, dan kadang-kadang karbon monoksida,
untuk menjadi metana. Reaksi respirasi
karbonat hingga membentuk metan sebagai
berikut :
CO2 + 4H2 →CH4 + 2H2O
Fermentasi
Fermentasi adalah proses perombakan senyawa organik dalam
kondisi anaerob menghasilkan produk berupa asam-asam organik,
alkohol dan gas, yang kemudian dikeluarkan dari sel, sedangkan
fermentasi itu bermacam-macam seperti :
a. Fermentasi alkohol dilakukan oleh yeasts, jamur, dan bakteri.
Fermentasi alkohol merupakan suatu reaksi pengubahan
glukosa menjadi etanol (etil alkohol) dan karbondioksida.
Organisme yang berperan yaitu Saccharomyces cerevisiae
(ragi) untuk pembuatan tape, roti atau minuman keras.
Reaksi kimia : C6H12O6→ 2 C2H5OH + 2 CO2 + 2 H2O + 2
ATP
b. Fermentasi asam laktat yang dilakukan oleh sejumlah bakteri,
seperti Streptococcus, Lactobacillus, Lactococcus dan
Leuconostoc, serta beberapa jamur, alga dan protozoa.
c. Fermentasi asam campuran yang dilakukan oleh E. coli dan
bakteri fakultatif anaerob. Produknya meliputi laktat, asetat,
dan etanol. Beberapa organisme memiliki kemampuan untuk
mereduksi piruvat menjadi hidrogen dan CO2.
d. Fermentasi 2,3-Butanediol dilakukan oleh Enterobacter,
Erwinia, Klebsiella dan Serratia. Sama seperti fermentasi
campuran asam, namun menghasilkan butanadiol, netanol dan
asam.
e. Fermentasi asam propionat dilakukan oleh beberapa bakteri d
usus, seperti Propionibacterium dan sejenisnya, beberapa
terlibat dalam produk komersil Swiss-keju dan vitamin
B12 (cobalamin). Propionat yang terbentuk dari piruvat yang
melalui jalur methylmalonyl CoA, dimana piruvat
terkarboksilasi menjadi oksaloasetat, dan kemudian direduksi
menjadi propionat melalui malate, fumarate dan suksinate.
f. Fermentasi asam butirat dilakukan oleh spesies Clostridium.
Bakteri ini memproduksi aseton, butanol, propanol, alkohol dan
asam lainnya. Bakteri ini juga memfermentasi asam amino dan
senyawa nitrogen lainnya, serta karbohidrat.
BAB 2 : EKOLOGI MIKROBA.
pH
Enzim, transpor elektron dan sistem transpor nutrient
pada membran sel mikroba sangat peka terhadap pH,
dimana mikroba pada umumnya menyukai pH netral (pH
7), kecuali jamur umumnya dapat hidup pada kisaran pH
rendah . Apabila mikroba ditanam pada media dengan pH 5
maka pertumbuhan didominasi oleh jamur, tetapi apabila
pH media 8 maka pertumbuhan didominasi oleh bakteri.
Berdasarkan pH minimum, optimum dan maksimum untuk
pertumbuhan, mikroba dapat digolongkan menjadi :
- Mikroba asidofilik : pH antara 2,0 – 5,0
- Mikroba mesofilik : pH antara 5,5 – 8,0
- Mikroba alkalifilik : pH antara 8,4 – 9,5
Tekanan osmosis
Tekanan osmosis sangat erat hubungannya dengan
kandungan air, dimana konsentrasi zat terlarut akan
menetukan tekanan osmosis suatu larutan. Semakin tinggi
konsentrasi zat terlarut semakin tinggi pula tekanan
osmosis tersebut. Demikin pula sebaliknya, tekanan
osmosis mempengaruhi sel mikroba karena berkaitan
dengan air bagi sel mikroba.
Apabila mikroba diletakkan pada larutan hipertonis,
maka selnya akan mengalami plasmolisis, yaitu
terkelupasnya membran sitoplasma dari dinding sel akibat
mengkerutnya sitoplasma. Apabila diletakkan pada larutan
hipotonis, maka sel mikroba akan mengalami plasmoptisa,
yaitu pecahnya sel karena cairan masuk ke dalam sel, sel
membengkak dan akhirnya pecah.
Oksigen
Meskipun banyak mikroba yang tidak dapat tumbuh
bila tidak tersedia oksigen tetapi ada pula mikroba yang
tidak dapat tumbuh bila ada oksigen bebas. Berdasarkan
keperluan oksigen ini maka mikroba ada yang bersifat
aerob, anaerob anaerob fakultatif dan mikroaerofil.
Senyawa toksik
Ion-ion logam berat seperti Hg, Ag, Cu, Zn, Li, dan
Pb walaupun pada kadar yang sangat rendah akan bersifat
toksis terhadap mikroba karena ion-ion logam berat
bereaksi dengan gugusan senyawa sel. Daya bunuh logam
berat pada kadar rendah disebut daya oligodinamik.
Radiasi
Umumnya cahaya mempunyai daya merusak
kepada sel mikroba yang tidak mempunyai pigmen
fotosintesis. Jika energi radiasi diabsorpsi oleh mikroba
akan menyebabkan terjadinya ionisasi komponen sel.
Energi radiasi sinar x, sinar γ dan terutama sinar ultra violet
banyak digunakan untuk sterilisasi, pengawetan bahan
makanan dan untuk mendapatkan muatan.
b. Faktor biotik :
Hubungan antara spesies
Di alam, mikroba tidak tumbuh dalam kultur murni.
melainkan tumbuh bersama mikroba bahkan organism
lainnya. Oleh karena itu, dapat terjadi saling mempengaruhi
antar mikroba satu dengan yang lainnya.
- Mutualisme
Hubungan antara dua spesies dimana masing
masing spesies mendapat keuntungan. Contoh :
bakteri Rhizobium dengan Leguminosae
- Komensalisme atau metabiosis
Hubungan antara dua spesies dimana satu spesies
mendapat keuntungan sedang yang lain tidak diuntungkan
Contoh: Saccharomycesdengan Acetobacter
- Parasitisme
Hubungan antara dua spesies dimana satu pihak
diuntungkan sedangkan yang lainnya dirugikan. Contoh :
bakteriofage dengan bakteri
- Antagonisme/Antibiosis/Amensalisme
Hubungan antara dua spesies dimana salah satu
akan terhambat atau terbunuh pertumbuhannya karena
senyawa yang dihasilkan oleh spesies yang lain. Contoh :
pigmen biru Psedomonas deruginosa
- Sinergisme
Hubungan antara spesies dimana kegiatan masing-
masing berupa suatu urut-urutan yang saling
menguntungkan.
contoh : pembuatan tape yang mengandung Aspergillus,
Saccharomyces, Candida, Hansenula dan Acetobacter.
- Kompetisi
Hubungan antar spesies dimana terjadi persaingan
karena adanya keperluan akan zat makanan yang sama.
spesies yang dapat bertahan yang akan mengalami
pertumbuhan paling subur. Misalnya bila persediaan
oksigen dalam suatu medium berkurang, maka bakteri
aerob akan dikalahkan oleh bakteri aerob fakultatif. Jika
persediaan oksigen habis, maka pertumbuhan bakteri
anaerob fakultatif akan berhenti sedang bakteri anaerob
akan tumbuh subur.
Bebas Hama
Hewan percobaan yang bebas mikroba disebut mengalami
kehidupan aksenik atau tanpa benda-benda asing. Hewan aksenik
yang telah diinfeksi dengan suatu jasad disebut gnotobiosis.
Misalnya marmut gnotobiosis yang diinfeksi dengan Entamoeba
histolyticatidak menderita penyakit disentri karena di dalam usus
marmot gnotobiosis tidak terdapat bakteri yang berfungsi sebagai
makanan Entamoeba histolytica. Bakteri tersebut tidak mampu
berkembang biak sehingga tidak mampu menyebabkan penyakit.
- Penggunaan turbidometer
Pengukuran ini didasarkan atas asumsi bahwa apabila sinar
diarahkan kepada suspense sel bakteri maka jumlah sel bakteri
di dalam suspense berbanding lurus dengan jumlah cahaya
yang dihamburkan, atau berbanding terbalik dengan cahaya
yang diteruskan. Ukuran kekeruhan dinyatakan dengan nilai
O.D (Optical density). Untuk mengukur nilai O.D suatu
populasi bakteri dapat dilakukan dengan menggunakan
spektrofotometer.
BAB 3 : PENGARUH LINGKUNGAN DAN FAKTOR FAKTOR
YANG MEMPENGARUHI PERTUMBUHAN MIKOBA.
4. Sumber oksigen
Untuk sel pada mikroba, oksigen tersedia dalam bentuk air.
Selanjutnya oksigen juga terdapat dalam CO2 dan dalam bentuk senyawa
organik.
1. Jasad osmotrof
Mengambil nutrien dalam bentuk larutan, misal bakteri dan
fungi.
2. Jasad fagotrof
Mengambil nutrien secara fagotosis lalu dicerna di dalam vakuola
makanan, misalnya protozoa.
1. Katabolisme
Katabolisme adalah degradasi atau proses penguraian mengubah
molekul besar menjadi molekul kecil dengan menghsilkan energi.
2. Anabolisme
Anabolisme adalah sintesis molekul dan komponen sel yang
biasanya membutuhkan energi.
BAB 5 : PENGENDALIAN MIKROORGANISME.
Bahan kationik
Bahan kationik dapat memasuki sel dan
mendenaturasi protein.
Bahan anionik
Bahan anionik menyebabkan kerusakan besar pada
lipoprotein membran sel.
Senyawa fenolik
Pada konsentrasi rendah, senyawa ini bersifat
bakterisida secara cepat menyebabkan kebocoran
kandungan sel dan secara irreversibel meng-inaktifkan
okidase dan hidrogenase-terikat membran.
Senyawa difenil
Sangat efektif menyerang bakteri gram-poitif,
khususnya streptococcus dan staphylococcus. Contohnya
heksaklorofen.
Alkohol
Alkohol memecah struktur lipid melalui
penembusan ke dalam daerah hidrokarbon sehingga dapat
mendenaturasi protein seluler dan menyebabkan membran
sel rusak dan enzim-enzim mengalami inaktivasi.
Ada tiga jenis alkohol yang digunakan yaitu
metanol {CH3OH}, etanol {CH3CH2OH}dan isopropanol
{(CH3)2CHOH}. Menurut ketentuan, semakin tinggi berat
molekulnya, semakin meningkat pula daya bakterisidanya.
2. Bahan pengubah grup fungsional pada protein dan asam nukleat
Logam berat
Logam berat berperan sebagai antimikroba, karena
dapat mempresipitasikan enzim-enzim atau protein
esensial lain dalam sel. Logam-logam berat yang
digunakan secara umum adalah Hg, Ag, As, Zn, dan Cu.
Bahan pengoksidasi
Yang sering digunakan pada umunya yaitu hidrogen
peroksida, halogen, iodin, klorin.
Zat pewarna
Bersifat menghambat pada pengenceran yang sangat
tinggi.
Bahan pengalkilasi
Efek mematikan formaldehid (formalin),
etilenoksida, dan glutaraldehida disebabkan peran
alkilasinya pada protein.Penghambatan dari bahan tersebut
bersifat irreversible, menyebabkan modifikasi enzim dan
menghambat aktivitas enzim.
3. Bahan pendenaturasi protein.
Bahan yang merubah konfromasi protein melalui
denaturasi menyebabkan pembentangan rantai polipeptida
sehingga rantai menjadi melilit atau melengkung secara
acak dan tidak teratur. Diantara bahan kimia yang dapat
mendenaturasi protein seluler ialah asam, alkali, alcohol,
aseton dan pelarut organic lain.
Pencemaran oleh mikroba dibagi menjadi tiga yaitu pencemaran air, tanah,
dan udara.
1. Pencemaran air
Pertumbuhan mikroba dalam air dalam jumlah berlebih membuat
A. Kromosom
Kromosom adalah benda seperti benang lurus atau bengkok
terdapat dalam nukleus, yang akan tampak bila diberi warna pada berbagai
stadium dari pembelahan sel.
Bagian bagian kromosom :
a. Kromonema, ialah benang spiral dalam kromosom.
b. Kromoner , ialah penebalan –penebalan pada kromonema
c. Sentromer , ialah lekukan primer pada kromosom ,
berfungsi sebagai tempat berpegangnya benang plasma.
Kromosom tanpa asentris disebut kromosom asentris.
d. Pengatur nukeolus, ialah lekukan sekunder pada kromosom.
Di daerah ini biasanya tampak nukleolus terbentuk.
e. Satelit , ialah tambahan pada sebuah kromosom. Tidak
semua kromosom memiliki satelit.
Bentuk bentuk kromosom :
B. Konsep gen
Konsep tentang gen sebenarnya telah digambarkan secara implisit
oleh Mendel sebagai faktor dasar yang berperan dalam perkembangan
sifat. Ia sendiri belum mengetahui bentuk maupun susunan faktor
keturunan tersebut dan hanya menyebutnya sebagai faktor penentu.
C. Replikasi dan Duplikasi
Replikasi
Replikasi adalah peristiwa penggandaan DNA yang terjadi pada
semua sel hidup.
Hasil akhir replikasi adalah dua DNA yang memiliki sifat yang
sama, dan masing-masing tersusun atas rantai induk dan rantai baru
yang terbentuk.
Duplikasi
Duplikasi , adalah peristiwa di mana sebuah kromosom putus di
dua tempat dan penggabungan ujung ujung yang luka itu terjadi setelah
kromosom mengalami replikasi, potongan kromosom itu dapat
membentuk segmen yang memiliki gen gen terulang.
- Oogenesis
Gametogenesis pada tumbuhan tingkat tinggi
- Mikrosporogenesis
- Megasporogenesis
E. Mutasi gen
BAB 9 : ENZIM.
1. Suhu, Enzim dapat bekerja optimum pada kisaran suhu tertentu, yaitu
sekitar suhu 40˚ C. Pada suhu 0˚ C.
2. pH, Jika enzim yang bekerja optimum pada suasana netral ditempatkan
pada suasana basa ataupun asam, enzim tersebut tidak akan bekerja atau
bahkan rusak. Begitu juga sebaliknya.
3. Inhibitor :
- Inhibitor kompetisi, penambahan substrat dapat mengurangi daya
hambatnya, karena inhibitor bersaing dengan substrat untuk mengikta
bagian aktif enzim.
- Inhibitor non kompetisi, dengan adanya penambahan substrat lain,
dimana inhibitor ini akan berikatan dengan permukaan enzim tanpa
lepas dan lokasinya tidak dapat diganti oleh substrat.
4. Konsentrasi substrat, Jika jumlah substratnya sedikit, kecepatan kerja
enzim juga rendah. Sebaliknya, jika jumlah substrat yang tersedia banyak,
kerja enzim juga cepat.
2) Fermentasi alcohol
Hasil tambahannya adalah alkohol
BAB 10 : BIOGEOKIMIA.
Zat aditif bahan pangan merupakan suatu substansi bukan gizi yang
ditambahkan ke dalam bahan pangan dengan sengaja, yang pada umumnya
dalam jumlah kecil, untuk memperbaiki kenampakan, cita rasa, tekstur atau
sifat-sifat penyimpanannya
c. Sulfur dioksida
Sulfur Dioksida banyak ditambahkan pada sari buah,
buah kering, kacang kering, sirop, dan acar. Meskipun
bermanfaat, penambahan bahan pengawet tersebut berisiko
menyebabkan perlukaan lambung, mempercepat serangan
asma, mutasi genetik, kanker, dan alergi.
d. Kalium nitrit
Dapat menghambat pertumbuhan bakteri pada daging
dan ikan dalam waktu yang singkat. Kalium nitrit sering
digunakan pada daging yang telah dilayukan untuk
mempertahankan warna merah agar tampak selalu segar,
semisal daging kornet. Penggunaan yang berlebihan, bisa
menyebabkan keracunan. Selain memengaruhi kemampuan sel
darah membawa oksigen ke berbagai organ tubuh, juga
menyebabkan kesulitan bernapas, sakit kepala, anemia, radang
ginjal, dan muntah-muntah.
b. Erythosine
- Dampak
Air sisa penggunaan bahan pembersih yang dibuang di sungai
menimbulkan pencemaran
Ekosistem yang ada di sungai menjadi rusak karena air sungai
yang telah tercemar
Masyarakat yang masih memanfaatkan air sungai untuk
kehidupan sehari-hari akan menderita penyakit kulit
Pemakaian detergen berlebih menyebabkan iritasi kulit. Kulit
terasa kering, melepuh, retak-retak, dan mudah terkelupas. Hal
ini jika dibiarkan berlanjut dapat mengakibatkan eksim kulit.
2. Pewangi
Pada umumnya pewangi yang dikemas dengan bentuk semprot
menggunakan bahan pendorong (propelan) dari golongan kloro fluoro
karbon (CFC). Bahan kimia inilah yang dapat mengakibatkan kebocoran
lapisan ozon. Selain itu, kebocoran lapisan ozon dapat menyebabkan efek
negatif bagi kesehatan manusia. Penyakit-penyakit yang dapat timbul
akibat kebocoran lapisan ozon antara lain penyakit kanker kulit dan
katarak. Sampai saat ini penyakit kanker merupakan salah satu penyakit
yang sulit disembuhkan.
Zat adiktif
1. Alkohol
2. Nikotin
3. Kafein
4. Zat desainer, zat yang dibuat oleh ahli obat jalanan yang dibuat secara
rahasia karena dilarang oleh pemerintah.
Psikotropika
Zat atau obat yang mempengaruhi aktivitas mental dan perilaku
biasa yang digunakan untuk mengatasi berbagai gangguan kejiwaan.
1. Golongan 1, berpotensi sangat kuat menyebabkan ketergantungan
Contoh : ekstasi
2. Golongan 2, berpotensi kuat menyebabkan ketergantungan
Contoh : PCP
3. Golongan 3, berpotensi sedang menyebabkan ketergantungan
Contoh : megadon
4. Golongan 4, berpotensi ringan menyebabkan ketergantungan
Contoh : diazepam
Pembagian ekologi
Tingkatan organisme
1. Protoplasma adalah zat hidup dalam sel yang terdiri atas senyawa
organik kompleks seperti lemak , protein dan sebagainya
2. Sel adalah satuan dasar organisme yang terdiri atas protoplasma dan inti
3. Jaringan adalah kumpulan sel yang memiliki bentuk dan fungsi yang
sama
4. Organ adalah bagian organisme yang mempunyai fungsi tertentu
5. Sistem adalah kerja sama antara struktur dan fungsional yang harmonis
6. Organisme adalah makhluk hidup
7. Populasi adalah kelompok organisme sejenis pada suatu waktu dan
tempat tertentu
8. Komunitas adalah seluruh populasi pada daerah tertentu
9. Ekosistem adalah suatu kesatuan utuh antar organisme dan
lingkungannya yang saling mempengaruhi
10. Biosfer adalah lapisan bumi dimana ekosistem ada
1. Ekosistem
kawasan alam yang didalamnya tercakup unsur-unsur hayati dan
unsur-unsur non-hayati. Ekosistem pertama kali dikemukakan oleh
Tansley pada tahun 1935
a. Pembagian ekosistem
1) Berdasarkan fungsional
a. Aliran energi
b. Rantai makanan
c. Pola keanekaragaman dalam waktu dan ruang
d. Daur makanan
e. Pengembangan dan evolusi
f. pengendalian
2) Berdasarkan makanan
a. Autotrofik, merupakan organisme yang mampu
menyediakan makanan sendiri atau dinamakan
berfotosintesis
b. Heterotrof, merupakan organisme yang hanya
memanfaatkan bahan organik
3) Berdasarkan Unsur penyusunnya
a. Senyawa anorganik misalnya unsur C,N,P
b. Senyawa organik misalnya protein, lemak
c. Resim Iklim, berupa faktor fisik
d. Produsen yaitu organisme autotrof
e. Konsumen, yaitu organisme heterotrof
f. Pengurai, yaitu saprotrof