PENGANTAR

Kepala WHO menyatakan bahwa varian delta Covid-19 yang pertama kali terlihat di India, adalah
varian yang paling menular dari yang sudah diidentifikasi dan virus itu menyebar di setidaknya 85
negara. Varian Delta adalah varian COVID-19 yang sangat menular. Otoritas kesehatan sangat
mengkhawatirkannya karena tampaknya lebih menular daripada varian lain, lebih tahan terhadap
kontrol dan pencegahan kesehatan seperti isolasi, menyebabkan gejala yang lebih bervariasi dan
parah di antara pasien, menyebar lebih mudah di antara anak-anak . Varian Delta juga dikenal
sebagai B.1.617.2 dan sebelumnya dikenal sebagai varian India.

Pengertian

Varian delta COVID-19 atau B.1.617.2 adalah salah satu mutan dari virus COVID-19 yang populer
(B.1.617). Varian ini pertama kali ditemukan di India pada Oktober 2020. Varian Delta telah
menyebar ke 74 negara/wilayah di seluruh dunia, termasuk Indonesia. Varian Delta lebih berbahaya
dan menular daripada virus asli, dan bahkan dapat menyebabkan tingkat keparahan yang lebih
serius. Hasilnya menunjukkan bahwa orang yang terinfeksi varian Delta dua kali lebih mungkin
memerlukan pengobatan dibandingkan varian lainnya (seperti alfa).

Gejala varian Delta COVID-19 dapat menimbulkan gejala yang berbeda untuk setiap orang. Berbagai
gejala COVID-19 Ini juga dapat bervariasi dari ringan hingga parah karena infeksi varian Delta dari
Coronavirus. Perhatikan bahwa beberapa orang yang dites positif varian Delta COVID-19 tidak
memiliki gejala apa pun, tetapi sebagian besar lainnya Mengalami keluhan yang memburuk dalam
waktu 3-4 hari. Berikut beberapa gejala yang mungkin terjadi saat terpapar varian COVID-19 Delta:

• Demam

• Pilek

• Sakit kepala

• Sakit tenggorokan

Di samping tanda-tanda tersebut, COVID-19 varian Delta pula mungkin akan mengakibatkan tanda-
tanda generik COVID-19 lainnya, misalnya batuk, sesak napas, kelelahan, anosmia, nyeri otot, dan
gangguan pencernaan. Hingga saat ini, tanda-tanda-tanda-tanda COVID-19 varian Delta masih terus
dipantau dan diteliti. Selain itu, buat mendiagnosis COVID-19, permanen dibutuhkan inspeksi fisik
dan penunjang menurut dokter, termasuk tes PCR.

Studi Global
Delta telah dilaporkan di 80 negara. Sekarang varian yang paling umum di India dan Inggris, di mana
menyumbang lebih dari 90% kasus. Delta pertama kali diidentifikasi di Amerika Serikat pada bulan
Maret. Meskipun Alpha tetap menjadi varian paling umum di sini, Delta telah menyebar dengan
cepat. Pada awal April, menurut CDC, Delta hanya mewakili 0,1% kasus di Amerika Serikat Serikat.
Pada awal Mei, Delta menyumbang 1,3% kasus, dan pada awal Juni, angka itu melonjak menjadi
9,5%. Beberapa hari yang lalu, perkiraannya mencapai 20,6%.

Varian SARS-CoV-2 yang menjadi perhatian B.1.617.2 menggantikan B.1.1.7 sebagai varian dominan
di Inggris dan negara lain. Studi ini juga dilakukan untuk menentukan apakah B.1.617.2 juga
menggantikan B.1.1.7 di Amerika Serikat. Menganalisis hasil pengujian PCR dan hasil sekuensing
virus dari sampel yang dikumpulkan di seluruh Amerika Serikat, dan menunjukkan bahwa B.1.1.7
dengan cepat dipindahkan dan tidak lagi bertanggung jawab atas sebagian besar kasus baru.
Persentase kasus positif SARS-CoV-2 yaitu B.1.1.7 turun dari 70% pada April 2021 menjadi 42%
hanya dalam 6 minggu. Analisis menunjukkan pertumbuhan yang cepat dari varian B.1.617.2 dan P.1
sebagai pendorong utama perpindahan ini. Saat ini, tingkat pertumbuhan B.1.617.2 lebih tinggi dari
P.1 di AS (0.61 vs. 0.22), yang konsisten dengan laporan dari negara lain.

varian delta

Ketika infeksi Covid-19 merebak di Wuhan, China, itu strain pertama adalah virus "tipe liar". Ini
adalah jenis yang digunakan oleh para ilmuwan di seluruh dunia untuk mengembangkan alat uji,
rencana perawatan, dan bahkan vaksin. Sudah menjadi sifat virus untuk bermutasi, dan memang
begitu. Tetapi tidak semua mutasi serius, dan biasanya tidak mengharuskan negara untuk
memikirkan kembali tindakan kesehatan masyarakat mereka. Varian yang menjadi perhatian Alpha
(pertama kali diidentifikasi di Inggris), Beta (Afrika Selatan), Gamma (Brasil) dan Delta-berbeda dari
semua varian lain yang tak terhitung jumlahnya karena alasan ini. Varian Delta memiliki mutasi
signifikan tertentu pada protein lonjakan virus—elemen runcing yang memberinya bentuk mahkota
(itulah sebabnya disebut virus corona). Paku ini seperti kait yang harus menemukan reseptor di sel
manusia untuk dihubungkan. Penelitian telah menunjukkan bahwa paku ini terhubung ke reseptor
yang disebut ACE-2. Setelah protein lonjakan ini dapat membuka kunci sel, infeksi menyebar dengan
mereplikasi kode genetik virus. Beberapa mutasi kunci pada varian Delta seperti E484Q, L452R, dan
P614R-memudahkan lonjakan virus untuk menempel pada reseptor ACE-2. Ini berarti dapat
menginfeksi dan mereplikasi lebih cepat, dan bahkan menghindari kekebalan tubuh melawan
penyakit secara lebih efisien. Mutasi protein lonjakan membuat varian Delta menjadi varian
"tercepat dan terkuat", menurut WHO. Penyakit yang disebabkan oleh varian ini mungkin juga
menunjukkan gejala yang berbeda dari mutasi virus lainnya. Mereka yang memiliki varian Delta
sering mengeluh sakit kepala, sakit tenggorokan, dan pilek, menggantikan batuk dan kehilangan
indra penciuman sebagai gejala yang paling umum. (10)

Delta, sebelumnya dikenal sebagai B.1.617.2, diyakini sebagai varian yang paling menular, lebih
mudah menyebar daripada strain virus asli dan varian Alpha yang pertama kali diidentifikasi di
Inggris. Pejabat kesehatan masyarakat di sana mengatakan bahwa Delta bisa 50% lebih menular
daripada Alpha, meskipun perkiraan penularannya bervariasi. Bukti lain menunjukkan bahwa varian
tersebut sebagian dapat menghindari antibodi yang dibuat oleh tubuh setelah infeksi atau vaksinasi
virus corona. Dan varian tersebut dapat membuat perawatan antibodi monoklonal tertentu kurang
efektif, catatan CDC. Delta juga dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah. Sebuah studi
Skotlandia baru-baru ini, misalnya, menemukan bahwa orang yang terinfeksi oleh varian Delta kira-
kira dua kali lebih mungkin dirawat di rumah sakit daripada mereka yang terinfeksi Alpha. (4)

Delta plus Varian

Sejak deteksi pertama varian Delta di India pada akhir 2020, strain tersebut telah menyebabkan
peningkatan infeksi COVID-19 di berbagai negara. Itu terus berkembang juga, memperluas garis
keturunannya menjadi berbagai subtipe. Pada 11 Juni 2021, Public Health England mulai melaporkan
sub-garis keturunan varian delta AY.1 dalam pengarahan teknisnya, yang memiliki mutasi K417N
tambahan pada spike protein. Varian AY.1 ini, juga dikenal sebagai varian "Delta Plus", dikhawatirkan
memiliki lebih banyak lagi sifat meloloskan antibodi karena mutasi K417N yang sebelumnya terlihat
pada varian Beta. Per 31 Agustus 2021, 895 sekuens genom varian Delta Plus telah diidentifikasi
setidaknya di 32 negara di dunia, mayoritas berada di Amerika Serikat.

Epidemiologi Varian Delta

Menurut CDC, varian delta menyebar dua kali lebih mudah daripada varian alfa. Profil tingkat infeksi
dan kematian dari Dasbor WHO Coronavirus (COVID-19) menunjukkan berbagai gelombang, dengan
gelombang kedua dimulai sekitar Februari 2021 dan terdiri dari persentase varian delta yang lebih
tinggi daripada lonjakan sebelumnya. American Society for Microbiology melaporkan bahwa jenis
yang lebih baru ini menyumbang 83% kasus di AS dan 90% di Inggris. Mereka bahkan melaporkan
peningkatan 40-60% dalam penularan dibandingkan dengan varian alfa, yang dengan sendirinya dua
kali lebih menular daripada strain asli dari Wuhan. Bahkan terlihat pada tingkat kualitatif bahwa
tingkat infeksi dan kematian melonjak jauh lebih cepat meskipun terjadi dalam jangka waktu yang
jauh lebih singkat. Kasus puncak pada gelombang pertama adalah 5.001.049 vs. 5.703.208 pada
gelombang kedua; tingkat kematian puncak pada gelombang pertama adalah 101.084 vs. 96.684
pada gelombang kedua; dan gelombang pertama meningkat secara bertahap selama bulan Maret,
hingga melonjak dengan cepat dari sekitar Oktober 2020 hingga Februari 2021, ketika gelombang
kedua melonjak dengan cepat dari Februari 2021 hingga sekitar Juni. Pada tingkat kuantitatif, varian
delta telah terbukti memiliki 108% peningkatan risiko rawat inap, 235% peningkatan masuk ICU, dan
133% kemungkinan kematian lebih tinggi daripada varian asli.

Tingkat penularan yang tinggi pada varian delta dapat menyebabkan tingginya tingkat mutasi dan
munculnya galur baru. Karena munculnya varian baru virus corona, Moderna dan Pfizer mungkin
perlu memproduksi dosis booster untuk vaksin mereka.

Varian B.1.617.2 dengan cepat menjadi varian umum dari pandemi COVID-19. Wilayah di AS yang
menunjukkan kasus varian delta berada pada populasi yang kurang divaksinasi. Namun, kasus di
seluruh 50 negara bagian meningkat, tetapi ini bisa menjadi kombinasi dari penularan varian delta
yang lebih mudah, serta orang Amerika yang menggunakan lebih sedikit masker dan jarak sosial.
Lebih banyak strain dapat muncul dari varian delta karena semakin banyak orang yang terinfeksi.
Karena keseriusan varian delta baru ini, Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit kini
merekomendasikan bahwa bahkan individu yang divaksinasi harus mengenakan masker di dalam
ruangan di populasi di mana tingkat penularan COVID-19 tinggi. Ini terjadi setelah kasus harian
COVID-19 meningkat empat kali lipat sejak awal Juli 2021.
Varian B.1.1.7 (juga dikenal dengan nama 20I/501Y.
V1 atau VoC 202012/01) pertama kali diisolasi dan
diidentifikasi di Kent dan London Raya, Britania Raya.
Dalam kurun beberapa minggu, strain baru ini menyebar
ke seluruh Britania Raya dan juga terdeteksi di beberapa
Negara lain. Varian ini memiliki banyak titik mutasi, yaitu
6 mutasi sinonim, 13 mutasi non-sinonim, dan 4 mutasi
delesi.
Strain mutan B.1.351, dengan nama lain 20H/501Y.
V2, pertama kali dilaporkan oleh pusat riset untuk program
AIDS di Afrika Selatan pada 18 Desember 2020. Derivat
Atau turunan ini awalnya dideteksi di pesisir pantai Tanjung
Timur di Afrika Selatan kemudian mendominasi hingga
Tanjung Barat dalam kurun beberapa minggu. Varian
B.1.351 memiliki 21 mutasi, 9 di antaranya teridentifikasi
di bagian protein S.
Turunan B.1.1.28.1 (juga dikenal dengan nama P.1)
pertama kali dilaporkan dalam 4 pelaku perjalanan yang
berasal dari Brasil, oleh Institut Nasional Penyakit Infeksius
di Jepang pada 6 Januari 2021. Kejadian luar biasa terkait
varian P.1 sebagian besar ditemukan di Manaus, yang
sudah mengalami infeksi secara luas pada Mei 2020.
Strain tersebut membawa 21 mutasi, termasuk 1 insersi,
1 delesi, 4 mutasi sinonim, dan 15 mutasi non-sinonim. Dibandingkan dengan 501Y.V1 dan 501Y.V2,
varian P.1 muncul dengan lebih banyak mutasi di protein S. Studi terkini menunjukkan varian P.1
menyebabkan kejadian luar biasa kedua di Manaus, yang meningkatkan perhatian bahwa varian
baru dapat memicu pengelakan dari sistem imun.Varian Delta (B.1.617.2) pertama kali dilaporkan di
negara bagian Maharashtra pada Oktober 2020 dan
kemudian menyebar ke seluruh negara India. Bahkan saat
ini menjadi varian utama di Britania Raya.17 Konsorsium
Genomik SARS-CoV-2 India melaporkan varian ini dengan
dua mutasi L452R dan E484Q. Seiring berjalannya waktu,
muncul subvarian dari virus yang memiliki sedikit mutasi
E484Q. Saat ini ada tiga subvarian yang dikenal dari
B.1.617, yaitu B.1.617.1 (dengan mutasi E484Q), B.1.617.2
(dengan mutasi Δ 157, 158), dan B.1.617.3. Subvarian yang
dimasukkan ke dalam VoC oleh WHO adalah B.1617.2 atau
Delta.

Gejala Umum Varian Delta

Beberapa gejala umum untuk varian delta adalah demam, batuk, sesak napas, muntah, diare, sakit
tenggorokan, dan sakit kepala [20,27]. Gejala lain termasuk: mialgia, kehilangan rasa, kehilangan
penciuman, kelelahan, dan rinore. Saat ini, penelitian menunjukkan bahwa gejala varian delta dan
varian alfa serupa, tetapi pasien dengan varian delta menjadi lebih cepat sakit dan meningkatkan
viral load di saluran pernapasan. Pemeriksaan di Inggris telah menunjukkan varian delta secara unik
menyebabkan gangguan pendengaran dan gangren dari pembekuan darah yang lebih buruk
sementara lebih jarang menyebabkan batuk dan kehilangan indera penciuman. Studi lebih lanjut dan
laporan kasus diperlukan untuk mendokumentasikan apakah varian delta benar-benar menyebabkan
gejala yang berbeda dari varian alfa untuk memperjelas laporan yang saling bertentangan.
VARIANT ALPHA
Varian ini dikenal dalam berbagai nama. Dalam laporan pemerintah Britania Raya dan media
massa, ia disebut dengan UK COVID-19 variant, UK coronavirus variant, UK variant tau
(khususnya di luar Britania Raya) varian Britania Raya atau varian Inggris. Ia terkadang
disebut varian Kent karena ditemukan pertama kali di Kent. Dalam dunia ilmiah, varian ini
diberi nama the first Variant Under Investigation in December 2020 (VUI – 202012/01) pada
awalnya oleh Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE) tetapi diklasifikasikan ulang menjadi
Variant of Concern (Variant of Concern 202012/01, disingkat VOC-202012/01) oleh Meera
Chand dan koleganya dalam laporan yang dipublikasikan oleh PHE pada 21 Desember 2020
Dalam laporan yang ditulis oleh Andrew Rambaut dkk. yang mewakili Konsorsium Britania
Raya untuk Genom COVID-19, dengan alat Pangolin, varian ini disebut Lineage B.1.1.7.
Varian ini ditemukan pertama kali pada awal Desember 2020 dengan menganalisis data
genom akibat laju infeksi di Kent yang tak kunjung turun walau sudah ada pembatasan skala
nasional Pelacakan mundur dengan bukti genetik menunjukkan bahwa varian ini muncul
pada September 2020 dan kemudian meluas pada tingkat sangat rendah dalam populasi
sampai pertengahan November 2020. Peningkatan jumlah kasus mulai dikaitkan dengan
varian ini pada akhir November 2020 ketika Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE) menyidiki
laju infeksi di Kent yang tak kunjung turun walau ada pembatasan skala nasional. PHE lalu
menemukan suatu klaster yang terkait dengan varian ini menyebar cepat ke London dan
Essex. Ada dugaan bahwa varian ini mungkin berasal dari pasien luluh imun sehingga virus
punya waktu lama untuk memperbanyak diri dan berevolusi.
Sebanyak 47% dari perubahan genetik varian Alpha yang dilaporkan terjadi pada protein S,
termasuk RBD. Mutasi ini berperan dalam (i) mengubah interaksi dengan reseptor ACE2 di
manusia sehingga meningkatkan laju infeksi; (ii) membahayakan efikasi dari antibodi
penetralisir dan sel T spesifik yang dikeluarkan saat infeksi maupun vaksinasi; atau (iii)
mengubah sensitivitas terhadap netralisasi oleh antibodi monoklonal atau serum dari pasien
yang sembuh, dan membahayakan efikasi dari pengobatan. Tiga mutasi varian Alpha yang
paling berpotensi memengaruhi karakter biologis dari virus adalah H69-V70del, N501Y, dan
P681H.15.

GEJALA
Imperial College London menyidiki lebih dari sejuta orang di Inggris ketika varian Alpha
sedang dominan dan menemukan banyak gejala yang terkait dengan Covid-19. Menggigil,
tidak nafsu makan, sakit kepala, dan nyeri otot jamak ditemui pada penderita. Gejala yang
lebih sering dijumpai pada varian ini adalah batuk, nyeri tenggorokan, kelelahan (fatigue),
dan mialgia. Sedangkan anosmia lebih jarang ditemukan.

TRANSMISI
Perkiraan kemampuan penularan varian ini beragam. Dalam sebuah pracetak, London School
of Hygiene & Tropical Medicine melaporkan bahwa varian ini 56% (50%–74%) lebih mudah
menular daripada varian lain di antara tiga wilayah di Inggris (Inggris Timur, Inggris.
Tenggara, dan London) pada Desember 2020, sedangkan artikel yang telah ditelaah sejawat
menyimpulkan bahwa varian ini 75% (70%–80%) lebih menular di Britania Raya antara
Oktober dan November 2020. Varian Alpha (B.1.1.7) memiliki kemampuan transmisi 43-
82% lebih tinggi, namun tidak memengaruhi keparahan gejala penyakit.6 Pendapat berbeda
disampaikan oleh studi lain, yaitu varian Alpha berpotensi meningkatkan keparahan dan
mortalitas COVID-19. Salah satu perubahan penting pada varian ini adalah N501Y, yaitu
perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino . Mutasi ini
diyakini dapat meningkatkan kemampuan virus untuk mengikat sel manusia.

GENETIKA

PENYEBARAN
Kasus varian Alpha (B.1.1.7) mungkin lebih rendah di kebanyakan negara karena pengujian
yang dipakai tidak membedakan varian ini dengan varian SARS-CoV-2 lainnya, terlebih lagi
banyak infeksi SARS-CoV-2 yang tidak terdeteksi sama sekali. Pengurutan RNA diperlukan
untuk mendeteksi varian ini.
Pada tanggal 2 Maret 2021, Indonesia melaporkan kasus pertamanya untuk varian ini. Per 4
Juli 2021, terdapat 49 kasus di Indonesia yang terkena varian Alpha. Secara epidemiologis,
varian Alpha banyak ditemukan pada pasien berusia muda, namun tidak menutup
kemungkinan bahwa ini merupakan artefak statistik. Tidak ada pengaruh signifikan dari
varian ini terhadap kecepatan reinfeksi, muatan viral, dan deteksi oleh tes cepat diagnostik
antigen. Namun pada tes RT-PCR, varian ini berpotensi tak terdeteksi karena genSebuah
artikel pracetak terbitan Departemen Kesehatan Masyarakat Inggris menunjukkan vaksin
Pfizer 93% efektif terhadap varian B.1.1.7 pada dua Minggu setelah dosis kedua dan vaksin
AstraZeneca 66% Efektif terhadap B.1.1.7 pada dua minggu setelah dosis Kedua. Namun
kedua merek vaksin hanya 50% efektif Terhadap gejala dari varian B.1.1.7 tiga minggu
setelah Dosis pertama.35 Studi in vitro menunjukkan efikasi Vaksin Moderna terhadap varian
Alpha, namun terdapat Penurunan level antibodi penetralisir secara signifikan Terhadap
varian ini, dikarenakan mutasi E484.3

Beta
Beta Awalnya diidentifikasi di Afrika Selatan pada awal Oktober 2020. Sejak itu sudah
terdeteksi pada setidaknya 4 negara lain, termasuk Amerika Serikat. B.1351 berisi beberapa mutasi
protein lonjakan yang terdapat pada B.117. Saat ini tidak terdapat bukti bahwa B.1351 mengakibatkan
penyakit yang lebih parah daripada versi sebelumnya menurut virus korona. Salah satu perhatian
primer mengenai varian ini merupakan dampak mutasinya dalam kekebalan. Ada beberapa bukti yang
memberitahuakn bahwa mutasi dalam B.1.351 melemahkan antibodi. Antibodi merupakan protein
kekebalan krusial yang bisa mengikat dan menetralkan penyerang asing misalnya virus, yang
diproduksi menjadi respons terhadap infeksi alami atau vaksinasi. B.1351 bisa menghindari antibodi,
sebagai akibatnya orang yang tertular virus corona baru lebih awal bisa tertular varian baru ini,
meskipun kekebalan mereka telah terdapat. Ada kemungkinan vaksin ketika ini kurang efektif buat
varian ini, sebagai akibatnya B.1351 pula bisa menular lebih cepat. Sebuah studi di Zambia
menemukan bahwa 22 dari 23 sampel yang dikumpulkan selama periode 1 minggu merupakan
B.1351, yang belum terdeteksi dalam 245 sampel yang dikumpulkan sebelumnya. Studi epidemiologi
dan pemodelan memberitahuakn bahwa varian B.1.351 lebih menular dibandingkan menggunakan
garis keturunan yang tersebar selama gelombang pertama pandemi.
Saat ini, terdapat ketidakpastian sehubungan menggunakan kemampuan B.1.351 untuk
memengaruhi taraf keparahan COVID-19. B.1.351 sepertinya tidak mempengaruhi RT-PCR yang
ketika ini dipakai pada Ontario, yang berarti mereka masih akan mendeteksi B.1.351. Bukti yang
timbul menyebabkan kekhawatiran akan peningkatan risiko infeksi ulang sang B.1.351. Studi awal
menemukan bahwa mutasi B.1.351 menaruh pelarian sebagian atau seluruhnya menurut 3 kelas
antibodi monoklonal yang relevan secara terapeutik dan antibodi penetralisir pada plasma konvalesen
covid-19.
Pertama kali didokumentasikan di Afrika Selatan pada Mei 2020, varian Beta dikaitkan
dengan peningkatan rawat inap dan kematian selama gelombang kedua negara itu. Vaksin juga
tampaknya kurang efektif dalam mencegah COVID-19 dari varian Beta. Dalam satu penelitian, para
peneliti menemukan bahwa dua dosis vaksin Pfizer 75% efektif melawan infeksi apa pun dari varian
Beta, dan 89,5% efektif melawan infeksi apa pun dari varian Alpha. Namun, efektivitas vaksin
terhadap penyakit parah atau fatal baik dari varian Alpha atau Beta sangat tinggi yaitu 97,4%. Uji
klinis Novavax menunjukkan kemanjuran 89% di Inggris, dibandingkan dengan hanya 60% di Afrika
Selatan, di mana strain Beta adalah umum. Demikian pula, uji coba vaksin Johnson & Johnson
melaporkan tingkat perlindungan yang lebih rendah terhadap COVID-19 sedang hingga parah di
Afrika Selatan daripada di Amerika Serikat.
Sementara itu, Afrika Selatan menghentikan rencana peluncuran vaksin AstraZeneca karena
uji klinis tidak menunjukkan perlindungan terhadap penyakit ringan atau sedang yang disebabkan
oleh varian Beta. Studi terbaru menunjukkan bahwa mutasi pada protein lonjakan varian Beta
memungkinkannya lolos dari respons imun yang dilatih oleh vaksin. “Semua orang khawatir tentang
Beta terutama karena ada masalah pelepasan vaksin ini,” kata Evans. “Jika [lebih] menular seperti
Alpha, kami akan berada dalam masalah, tetapi tidak. Tampaknya tidak lebih menular [daripada jenis
virus awal].” Sampai saat ini, Kanada telah mendokumentasikan lebih dari 1900 kasus. Beta (B.1.351)
Varian Beta (B.1.351) memiliki kemampuan transmisi 1,5 kali lebih tinggi dari strain
referensi dan berpotensi meningkatkan laju fatalitas. Belum ada data terkait gejala yang dijumpai pada
varian ini. Secara demografis, varian ini dijumpai pada pasien berusia muda. Satu studi menunjukkan
reinfeksi oleh varian ini tidak tergantung terhadap status serologi. Kemampuan mendeteksi materi
virus oleh RT-PCR maupun tes cepat diagnostik antigen tidak dipengaruhi oleh varian ini, namun
dilaporkan muatan viral varian ini cenderung tinggi. Fitur signifikan dari varian tersebut adalah laju
transmisi yang lebih tinggi. Varian ini mempunyai 12 mutasi non-sinonim dan satu delesi
dibandingkan dengan strain referensi dari Wuhan. Sekitar 77% dari mutasi berlokasi di protein
S[L18F, D80A, D215G, LAL242−244 del, R246I, K417N, E484K, N501Y, D614G, dan A701V] dan
sisanya berlokasi di ORF1a [K1655N], protein E [P71L], dan protein N [T205I]. Kebanyakan mutasi
berada pada area imunodominan, yaitu NTD dan RBD sehingga varian ini diperkirakan dapat
menghindar dari antibodi penetralisir dan membahayakan efikasi vaksin.
Varian B.1.351 tidak hanya refrakter terhadap netralisasi antibodi monoklonal kebanyakan
melawan NTD, namun juga oleh antibodi monoklonal individual melawan RBD, yang disebabkan
oleh mutasi substitusi E484K. Lebih lanjut, dibandingkan dengan SARS-CoV-2 tipe liar, B.1.351
lebih resisten terhadap plasma konvalesen dan serum orang yang telah divaksin. B.1.351 dan berbagai
varian yang muncul dengan mutasi serupa di protein S menghadirkan tantangan bagi terapi antibodi
monoklonal dan mengancam efikasi dari vaksin yang tersedia saat ini.37 Vaksin AstraZeneca
dilaporkan tidak efektif melawan varian Beta, oleh karena itu distribusi vaksin ini dihentikan
sementara di Afrika Selatan.

GAMMA

KAPPA

N439K
N439K Dari Skotlandia, mutasi virus corona N439K dianggap sama dengan D641G yang juga
ditemukan di Indonesia. Sebuah studi melaporkan, N439K mampu bersembunyi atau melakukan
kamuflase pada antibodi. Varian tersebut disinyalir melekat lebih kuat dengan ace receptor di tubuh
manusia, sehingga berpotensi lebih menular. Sebuah studi berjudul Circulating SARS-CoV-2 Spike
N439K Variants Maintain Fitness while Evading Antibody-mediated Immunity melaporkan kondisi
tersebut. Menurut peneliti, protein N439K telah meningkatkan pengikatan ke reseptor ACE2. Virus
N439K memiliki kesesuaian replikasi in vitro yang lebih mirip dan menyebabkan infeksi dibandingkan
tipe awal. Mutasi N439K menunjukkan reaksi resistensi terhadap beberapa penawar, termasuk salah
satu yang diizinkan oleh Food and Drug Administration (FDA) (Thomson et al., 2021).

Juru bicara vaksinasi Kementerian Kesehatan Dr Siti Nadia Tarmizi mengatakan, mutasi virus
corona baru N439K yang pertama kali terdeteksi di Indonesia pada November 2020 belum mendapat
perhatian khusus dari Organisasi Kesehatan Dunia (WHO). "Ini sebenarnya mutasi tunggal. Hanya
ada satu mutasi pada varian jenis ini. Jenis varian ini bukan yang mendapat perhatian khusus dari
WHO," Dia mengatakan mutasi N439K ditemukan lebih awal dari varian B117. Namun, WHO baru
memberikan perhatian khusus pada virus corona baru B117 dari Inggris Raya (UK), B1351 dari Afrika
Selatan, dan P1 dari Brasil.Kementerian Kesehatan menuding ada berbagai varian virus corona di
Indonesia, seperti D614G, B117, dan N439K.

Varian coronavirus baru N439K sama dengan varian D614G, mutasi pada virus. Menurut
jurnal baru-baru ini, varian baru coronavirus N439K dapat menyamarkan produksi antibodi. biasanya
WHO akan membuat pengumuman setelah melakukan studi dengan para ahli dari berbagai negara,
termasuk studi tentang tingkat keganasan. dari coronavirus N439K yang dapat memperburuk
penyakit COVID-19. “Jadi memang virus ini adalah varian baru dari virus corona. Varian ini masuk
dan menempel pada ace receptor. Virus ini dikabarkan lebih kuat. Tapi temuan itu berdasarkan hasil
uji coba. Artinya hanya satu Jurnal telah melaporkan varian baru. Dan kami belum mendengar
seperti apa virus ini dari WHO.Dia memastikan pemerintah selalu mewaspadai penyebaran mutasi
virus corona. “Mutasi selalu dipantau oleh pemerintah, seperti yang kita ketahui mutasi selalu
terjadi, dan itulah karakter virus. Sejak awal pandemi COVID-19, pemerintah telah mengatakan
bahwa memang negara harus memperhatikan perkembangannya. mutasi virus ini," katanya.
Sementara itu, ia juga terus menghimbau kepada masyarakat untuk menerapkan protokol kesehatan
5M dengan menggunakan masker, cuci tangan pakai sabun, menjaga jarak, menjauhi keramaian, dan
membatasi mobilitas sebagai cara efektif mencegah penularan virus COVID-19. selain protokol 3T
dengan pengujian, penelusuran dan pengobatan.

E484K
 Pengertian
E484K adalah sebuah mutasi pada SARS-CoV-2, virus penyebab penyakit
koronavirus 2019 (COVID-19), yang mengubah asam glutamat (E) menjadi lisina (K) pada
posisi asam amino 484. Mutasi ini diberi nama mutasi Eek. Mutasi ini dilaporkan termasuk
mutasi kabur, yaitu mutasi yang memudahkan virus untuk kabur dari sistem kekebalan
tubuh inangnya, dari setidaknya satu bentuk antibodi monoklonal terhadap SARS-CoV-
2. Mutasi E484K ada dalam varian garis keturunan P.1 (Jepang dan Manaus), garis keturunan
P.2 (Brazil, juga dikenal dengan B.1.1.248), dan varian 501.V2 (Afrika Selatan). Mutasi
“Eek” atau E484K terjadi pada spike protein, dimana spike protein krusial buat menempelnya
virus menggunakan sel insan dan sosialisasi sel imun terhadap virus. Mutasi ini
mengakibatkan virus penyebab COVID-19 mampu “menghindar” menurut beberapa jenis
antibody terhadap COVID-19. Mutasi iniberpotensi menurunkan kemampuan antibody untuk
menetralisir virus.
 Pengantar
Munculnya strain SARS-CoV-2 dari coronavirus manusia telah menyebabkan
pandemi baru. Menurut data Organisasi Kesehatan Dunia (WHO), per 31 Juli 2021, ada
sekitar 194 juta kasus terkonfirmasi Covid-19, termasuk lebih dari 4 juta kematian secara
global.1 SARS-CoV-2 adalah virus berselubung, milik genusVirus corona, dengan genom
RNA untai tunggal rasa positif yang tidak tersegmentasi, berukuran 29.903
kilobyte.2Masuknya SARS-CoV-2 ke dalam sel inang dimediasi oleh transmembran spike
(S) glikoprotein. Glikoprotein S terdiri dari dua subunit fungsional. Asam amino subunit S1
318-510 (S318-510) mengandung receptor-binding domains (RBD), yang mengikat reseptor
sel inang, enzim pengubah angiotensin 2, sedangkan subunit S2 bertanggung jawab untuk
fusi membran seluler.3,4Mutasi pada protein lonjakan adalah ciri umum dari banyak varian
SARS-CoV-2.
Mutasi domain pengikat reseptor (RBD) meningkatkan stabilitas struktural dan
meningkatkan kapasitas pengikatan reseptor ACE2 manusia dari protein lonjakan, yang bisa
menjadi karakteristik penting yang akan menjelaskan penyebaran virus yang tinggi dan
infektivitas yang parah.5E484K, mutasi salah satu residu RBD, memiliki substitusi glutamat
(E) menjadi lisin (K) pada posisi 484.
Mutasi pada protein lonjakan berdampak pada serum penyembuhan, pengobatan
antibodi monoklonal, dan kemanjuran vaksin. E484K telah diidentifikasi sebagai mutasi
pelarian yang muncul selama plasma konvalesen.6E484K mengurangi afinitas pengikatan
antibodi serum penyembuhan lebih dari urutan besarnya. Hasil eksperimen serupa yang
dilaporkan oleh Andreano et al, Greaney et al, Liu et al dan Weisblum et al menunjukkan
bahwa mutasi pada situs E484 mengurangi potensi netralisasi beberapa plasma manusia
hingga >10 kali lipat.
 Dalam penelitian Liu et al, 0,03% isolat yang diurutkan menunjukkan variasi pada
E484, pada Oktober 2020, dan ini meningkat menjadi 0,09% dari substitusi pada posisi ini
pada Januari 2021.10Variasi pada E484 muncul lebih sering dengan replikasi virus. Dalam
studi mutasi pelarian, yang menggunakan 19 antibodi monoklonal, substitusi ditemukan pada
E484 dengan insiden lebih tinggi daripada residu lainnya, dan empat varian pada posisi ini
(E484A, E484D, E484G, dan E484K) menunjukkan resistensi terhadap masing-masing
pemulihan manusia.
Mutasi pengikatan E484K dapat memainkan peran penting dalam pengembangan
infektivitas, transmisibilitas, dan/atau antigenisitas, dan oleh karena itu penting untuk
mendapatkan wawasan tentang mekanisme yang mendasari yang terlibat. Di sini, kami
menganalisis persentase E484K yang ada dalam varian dan prevalensi global berdasarkan
lokasi geografis untuk mengawasi pandemi yang sedang berlangsung, memahami peran
variabel epidemiologi, mengidentifikasi varian SARS-CoV-2 dan urutan genetiknya, dan
merekomendasikan publik strategi kebijakan kesehatan.

 Signifikansi E484K dalam Varian SARS-CoV-2

Mutasi E484K hadir dalam beberapa varian dan muncul secara berurutan di berbagai
wilayah geografis di lima benua, terutama di Afrika Selatan dan Amerika Selatan. Mutasi
E484K pertama kali diidentifikasi pada varian Beta (B1.351) di Afrika Selatan dan juga
terdeteksi pada varian Alpha (B.1.1.7) di Inggris, serta pada varian Gamma (P.1) di Brasil,
yang semuanya diklasifikasikan sebagai SARS-CoV-2 varians of concern (VOC). Varian ini
ditemukan memiliki penularan yang lebih tinggi, peningkatan tingkat kematian, dan menurut
WHO, efektivitas vaksin, terapi, dan tindakan kesehatan lainnya yang digunakan terhadap
varian ini secara signifikan lebih rendah.11Menurut data Outbreak Information, keberadaan
mutasi E484K pada varian Gamma adalah 91%, dibandingkan dengan 86% pada varian Beta,
dan kurang dari 0,5% pada varian Alpha.