LAPORAN TUGAS JURNAL READING BLOK BIOLOGI

MOLEKULER 2021/2022
NO KOMPONEN PEMAPARAN
1. Identitas Jurnal Judul : Individual DNA Methylation Pattern Shifts in
Artikel Nanoparticles-Exposed Workers Analyzed in
Four Consecutive Years
Judul Jurnal : Internasional Journal of Molecular Sciences
DOI : https://doi.org/10.3390/ijms22157834
Penulis : Andrea Rossnerova, Katerina Honkova, Irena
Chvojkova, Daniela Pelclova, Vladimir Zdimal,
Jaroslav A. Hubacek, Lucie Lischkova, Stepanka
Vlckova, Jakub Ondracek, Stepanka
Dvorackova, Jan Topinka, dan Pavel Rossner, Jr.
2. Abstrak Pola metilasi DNA mendasari regulasi dan pengaturan fungsi sel
maupun jaringan pada setiap individu. Dasar perkembangan dan
perubahannya selama hidup manusia sudah diketahui, tetapi detail
terkait dengan modifikasi individual selama bertahun-tahun belum
dipelajari. Paparan lingkungan dapat menyebabkan perubahan
dalam pengaturan metilasi DNA yang selanjutnya juga akan
memberikan efek pada fungsi gen. Dalam penelitian ini, peneliti
menganalisis efek paparan kronis terhadap nanopartikel (NP) pada
pekerja yang terpapar di tempat kerja dengan pengambilan sampel
berulang kali selama empat tahun berturut-turut (2016-2019).
Sebuah analisis pola metilasi DNA didapatkan rincian 14 orang (10
terpapar dan 4 kontrol) yang dilakukan secara individual.
Pendekatan berbasis microarray menggunakan chip akan
memungkinkan penilaian lebih dari 850K lokus CpG. Pola metilasi
DNA individu dibandingkan dengan analisis komponen utama
(PCA). Hasilnya menunjukkan pergeseran pola metilasi DNA di
setiap tahun pada semua subjek baik yang terpapar maupun kontrol.
Perbedaan hasil antara tahun pertama dan terakhir pemeriksaan
(periode waktu tiga tahun) secara konsisten lebih besar efeknya
pada subjek yang terpapar NP dibandingkan dengan yang kontrol.
 Singkatnya, jenis spesifik dari paparan jangka panjang dapat
berkontribusi pada penetapan perubahan epigenetik terkait dengan
lingkungan seperti contohnya inhalasi nanopartikel (NP).
3. Introduction/ Istilah "epigenetika" awalnya didefinisikan sebagai "cabang ilmu
Pendahuluan biologi yang mempelajari interaksi kausal antara gen dan
produknya yang membawa fenotipe. Pada era saat
ini, "epigenetika" berkaitan dengan modifikasi histon, metilasi
DNA, atau ekspresi miRNA merupakan isu-isu yang menjadi
fenomena di berbagai bidang penelitian biomedis. Pengetahuan
baru tentang pengaturan fungsi DNA, terlepas dari urutan
nukleotida yang sama untuk semua sel dalam suatu organisme
penting dan diperlukan dalam banyak bidang penelitian biologi
termasuk toksikologi genetik.
Pengetahuan saat ini mengidentifikasi dua alasan utama metilasi
DNA dan perubahannya yang umumnya mempengaruhi fungsi
gen. Pertama, terkait dengan perkembangan setiap manusia yang
umumnya paling dinamis selama perkembangan
prenatal. Perubahan epigenetik paling signifikan terjadi pada
perkembangan awal. Oleh karena itu, kesalahan dalam proses
metilasi, terutama pada fase awal kehamilan disebabkan oleh
kondisi lingkungan yang merugikan yang bertindak sebagai
teratogen, dapat menjadi alasan untuk menghasilkan pola metilasi
yang menyimpang yang menyebabkan aborsi atau cacat
perkembangan. Dalam kehidupan pascanatal, termasuk periode
masa kanak kanak, dewasa, dan usia yang lebih tua, perubahan
metilasi DNA tampaknya jauh lebih lambat, bahkan dapat
diabaikan dibandingkan dengan periode pranatal. Epigenom juga
dapat dimodifikasi oleh stresor kronis yang dapat mempengaruhi
perkembangan penyakit, seperti kanker, diabetes dan
obesitas, infertilitas, penyakit pernapasan, alergi, atau gangguan
neuro degeneratif. Selain itu, di dalam epigenom yang relatif
tenang yang diidentifikasi oleh metode metilasi global, banyak
penataan ulang yang seimbang juga dapat terjadi.
 Penelitian sebelumnya masih banyak kesenjangan dalam
memahami dinamika perubahan metilasi DNA pada orang
dewasa. Data secara individual dan dalam konteks yang lebih
banyak masih jarang ditemukan. Baru-baru ini, suatu studi
menyoroti pentingnya pemetaan epigenom dan exposome dan
memperluas jangka waktu pengamatan jauh sebelum
kelahiran. Para penulis lain mengikuti selama 2 tahun sekelompok
anak-anak dengan penganiayaan di lima titik waktu dan
menunjukkan beberapa pola metilasi DNA yang stabil selama
jangka waktu ini dibandingkan dengan kontrol. Banyak penulis lain
menyelidiki dan mengkonfirmasi perubahan metilasi DNA secara
individual setelah intervensi khusus, seperti penurunan berat badan
dalam jangka waktu hingga dua tahun.
Hipotesis penelitian ini adalah bahwa epigenom subjek yang
terpapar akan semakin dimodifikasi karena peristiwa paparan yang
terjadi sepanjang hidup, sebagai akibat dari paparan kerja yang
ditandai dengan pola paparan yang berubah secara dinamis yang
bergantung pada dosis dan bahan yang diproses.
4. Material dan a. Material
Metode • Populasi
Subyeknya yaitu peserta biomonitoring jangka panjang
penelitian yang dilakukan setiap tahun (2015-2020).
Sebanyak 14 peserta (10 terpapar dan 4 kontrol) memenuhi
kriteria pengambilan sampel antara tahun 2016-2019.
• Sampel darah vena utuh dikumpulkan dari semua peserta
(total 56 sampel diperoleh selama periode waktu tiga tahun)
dicampur dengan antikoagulan EDTA dan disimpan pada
suhu 4-10oC.
b. Metode
• Monitoring Kegiatan Kerja Tahunan
Pemantauan stasioner tahunan dari polutan beresiko
diselenggarakan pada bulan September setiap tahun antara
2016 dan 2019. Pemantauan dilakukan di bengkel-bengkel
 yang melakukan pengelasan aktif logam, peleburan, serta
penggilingan tempat dimana pekerja menghabiskan waktu
terpapar nanokomposit selama shift kerja harian mereka.
Metode pemantauan paparan online melibatkan penggunaan
dua spektrometer aerosol standart (APS 3321 (Aerodynamic
Particle Sizer) dan SMPS 3936L (Scanning Mobility Particle
Sizer)), keduanya dari TSI Inc., St. Paul, MN, USA.
• Analisis Microarray Metilasi DNA (Teknik Biomolekuler)
Metode salting out yang dijelaskan oleh Miller digunakan
untuk ekstraksi DNA dari darah vena utuh yang
dikumpulkan ke dalam tabung reaksi dengan EDTA. Aliquot
dari DNA genomik terisolasi (Gdna) disimpan dalam suhu -
20oC sampai analisis metilasi DNA. Kualitas DNA
dikendalikan oleh spektrofotometer Nanodrop ND-1000.
Metilasi DNA genom-wide dianalisis dengan pendekatan
berbasis array menggunakan Qualitative Infinium HD
Methylation Assay. Methylation EPIC BeadChips (Infinium)
microarray, memungkinkan interogasi lebih dari 850.000
situs metilasi CpG tersebar melalui seluruh genom manusia.
Secara singkat, langkah-langkah utama termasuk (i)
fragmentasi enzimatik, (ii) pengendapan, (iii) resuspensi, (iv)
hibridisasi semalam, (v) pencucian, dan (vi) ekstensi dan
pewarnaan BeadChip.
• Pendekatan statistik
Statistik deskriptif dasar, termasuk mean, standar deviasi
(SD), median, minimum, maksimum, dan uji-t untuk variabel
terdistribusi normal, dihitung menggunakan Microsoft
Excel. Analisisi statistik lanjutan dianalisis menggunakan
skrip di lingkungan R dan paket minfi di Biokonduktor.
Sebelum analisis ini, data disiapkan dengan serangkaian
penyaringan pada probe metilasi. Sebanyak 99.660 lokus
CpG dikeluarkan terkait dengan kedua subjek jenis kelamin,
mereka berada di bawah batas deteksi karena non-spesifisitas
 probe di situs polimorfisme nukleotida tunggal dan
reaktivitas silang yang dilaporkan sebelumnya. Selain itu,
proporsi jenis sel darah individu pada tahun individu baik
untuk yang terpapar dan kontrol, dihitung menggunakan
paket ENmix, yang merupakan alat Biokonduktor untuk
kontrol kualitas metilasi DNA BeadChips.
• Analisis komponen utama (PCA) (Teknik Biomolekuler)
Merupakan alat utama untuk perbandingan status metilasi
DNA keseluruhan dari semua peserta dalam empat tahun
berturut-turut, 2016–2019, dan untuk analisis lintasan
individu dan rentang perubahan. Selanjutnya, tingkat
metilasi DNA dalam 14 CpG termetilasi yang paling berbeda
antara yang terpapar dan kontrol dibandingkan berdasarkan
nilai beta (β), yang memperkirakan rasio intensitas sinyal
fluoresen antara situs termetilasi dan tidak termetilasi.
Nilainya masing-masing antara 0 dan 1 untuk CpG yang
tidak termetilasi hingga sepenuhnya termetilasi.
5. Result/Hasil Kumpulan data ini melibatkan 14 peserta (10 orang yang terpapar
NP di tempat kerja (#1-#4) dan 4 kontrol yang tidak terpapar (#11-
#14)). Tidak ada perbedaan antara subkelompok ini yang diamati
untuk jenis kelamin (p=0,852), usia (p=0,705), dan BMI
(p=0,380;p=0,407;p=0,492;p=0,396 untuk tahun individu, masing-
masing) serta dalam karakteristik yang diterbitkan sebelumnya
untuk kelompok penuh dari 20 subjek kontrol yang terpapar dan 20
subjek kontrol yang tidak terpapar. Spektrum usia subjek penelitian
mencakup hampir seluruh rentang orang dewasa yang produktif
secara ekonomi dari 30 hingga 66 tahun. Kontrol yang tidak
terpapar sedikit lebih tua dibandingkan dengan yang terpapar (44
vs 42 tahun, masing-masing), tetapi kelompok yang terpapar NP
mencakup spektrum rentang usia yang lebih luas. Wanita disajikan
dalam minoritas (21%; 20% pada terpapar dan 25% pada kontrol),
berbeda dengan 78% pria (80% pada terpapar dan 75% pada
kontrol). BMI semua peserta mencakup nilai dari berat badan
normal (minimal 19,2) hingga obesitas (maksimum 38,9).
Peningkatan tertinggi dalam BMI tercatat untuk peserta #7
(ditambah 3,5 antara tahun pengambilan sampel pertama dan
ketiga). Sebaliknya, penurunan berat badan yang paling signifikan
diamati pada peserta #6 (BMI menurun 5,1 antara tahun
pengambilan sampel ketiga dan keempat). Semua peserta adalah
bukan perokok (86%) atau perokok lemah (14%: #2 dan #4). Data
menunjukkan riwayat paparan yang berbeda untuk 90% peserta.
Total paparan terlama adalah 33 tahun untuk peserta #6 (seluruh
karir), dan paparan terpanjang di pekerjaan terakhir adalah 23 tahun
untuk peserta #10. Paparan NP terpendek (baik total dan pekerjaan
terakhir) adalah 8 dan 7 tahun, masing-masing, untuk peserta #5.

Menurut data kuesioner, semua peserta yang terpapar dalam

penelitian ini menghabiskan sebagian shift kerja mereka selama
hari pengambilan sampel di salah satu dari dua bengkel yang
terkontaminasi NP (yang pertama melakukan pengelasan dan
peleburan, yang kedua melakukan penggilingan). Data yang
diperoleh menunjukkan bahwa risiko paparan berbeda sesuai
dengan proses kerja dan bahan yang diproses. Penggilingan dan
penggilingan umumnya disertai dengan produksi fraksi nano yang
lebih tinggi dibandingkan dengan pengelasan, yang menghasilkan
proporsi PM utama yang lebih besar. Selain itu, bahan yang
diproses, serta intensitas pekerjaan, memengaruhi produksi akhir
fraksi nano.
Analisis sebelumnya didapatkan profil metilasi DNA dalam
sekelompok pekerja penelitian NP dan kontrol yang diambil
sampelnya pada tahun 2018 dalam 80 analisis individu. Dalam
karya ini, total 341 lokus CpG secara signifikan mengalami
hipermetilasi dan 364 hipometilasi.
Sebanyak 10 pekerja penelitian terpajan NP jangka panjang (40
data array individu diperoleh selama empat tahun berturut-turut)
dan 4 kontrol (16 data array individu diperoleh selama empat tahun
berturut-turut) dinilai. Hasilnya menunjukkan tidak ada perbedaan
dalam pola metilasi DNA untuk seluruh kumpulan data array CpG.
Sebaliknya, tren pemisahan ditemukan pada komponen pertama
ketika kumpulan data array 705 CpG yang dipilih dianalisis.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa pola metilasi DNA cenderung

berubah antara tahun untuk subjek yang terpapar dan kontrol.
Rentang perubahan berbeda antara tahun dan subjek (misalnya,
perbedaan antara 2017 dan 2018 pada pekerja penelitian yang
terpapar NP #3 dan #4 secara substansial lebih besar dibandingkan
dengan #2 dan #7). Lintasan pola metilasi DNA individu untuk 14
lokus CpG paling signifikan untuk subjek yang terpapar dan
kontrol. Bertentangan dengan perbedaan yang lebih tinggi dalam
dispersi pola metilasi DNA pada subjek yang terpapar, terkait
dengan seluruh set data CpG dan subset dari 705 lokus CpG per
subjek, pola metilasi DNA yang relatif stabil untuk 14 lokus ini
 diamati pada subjek yang terpapar (perbedaan rata-rata sekitar 16%
lebih rendah) dibandingkan dengan kontrol.
6. Diskusi a. Hasil Penelitian dan Perbandingan dengan Penelitian
Sebelumnya
Dalam penelitian sebelumnya, tidak menemukan perbedaan
dalam pola metilasi DNA setelah paparan NP akut selama satu
shift kerja, berbeda dengan perubahan metilasi DNA yang
terkait dengan paparan kronis jangka panjang. Dinamika
perubahan metilasi DNA selama periode waktu tiga tahun
pada populasi orang dewasa, dengan rincian secara individual.
Keuntungan lain dari penelitian ini adalah bahwa profil
metilasi orang dewasa yang disajikan secara stabil sebelum
menopause pada wanita serta sebelum dimulainya proses
penuaan secara keseluruhan, umumnya kurang dipelajari
dibandingkan dengan, misalnya, bayi baru lahir. Selain itu,
sebagian besar penelitian yang diterbitkan masih berfokus
pada perubahan metilasi global, yang dapat disembunyikan
oleh jumlah lokus CpG hiper dan hipometilasi yang seimbang.
Penerapan chip array tercanggih saat ini memungkinkan
pendeteksian perbedaan seimbang ini di seluruh genom
manusia.
b. Realita Hipotesis
Penelitian ini dengan jelas menunjukkan perubahan metilasi
DNA keseluruhan dari tahun ke tahun baik pada subjek yang
terpapar maupun subjek kontrol. Pengamatan ini sesuai
dengan hipotesis bahwa epigenom subjek yang terpapar
semakin dimodifikasi karena peristiwa paparan yang terjadi
sepanjang hidup, sebagai akibat dari paparan kerja yang
ditandai dengan pola paparan yang berubah secara dinamis
yang bergantung pada dosis dan bahan yang diproses.
c. Persamaan Perbedaan dan Penemuan Unik dalam Penelitian
Kemungkinan perubahan metilasi DNA moderat yang
dipelajari pada tingkat individu selama empat tahun berturut-
turut diselidiki dalam penelitian ini. Kisaran perubahan ini
berbeda antara tahun dan individu. Umumnya, stabilitas relatif
dari fluktuasi metilasi DNA dan kemungkinan reversibilitas
dari proses ini dapat ditunjukkan, misalnya, untuk
perbandingan epigenom antara tahun pertama dan kedua
pemeriksaan ketika perbedaan secara keseluruhan lebih jelas
daripada antara tahun keempat dan pertama. Dalam penelitian
ini, berfokus pada subjek yang terpapar NP, tetapi penting
untuk mempertimbangkan bahwa setiap orang juga memiliki
paparan individu yang terdiri dari interaksi lingkungan
mereka, termasuk faktor gaya hidup, yang memengaruhi
organisme selama bagian umum kehidupan yang dihabiskan
di luar lingkungan. lingkungan kerja. Menariknya, ketika
membandingkan fluktuasi pola metilasi DNA antara subjek
yang terpapar dan kontrol, peneliti mengamati perbedaan yang
lebih tinggi antara keseluruhan metilasi yang terdeteksi pada
tahun pertama (2016) dan tahun lalu (2019) pada kelompok
terpapar. Besarnya perbedaan ini (dari keseluruhan perubahan
metilasi yang dinilai oleh PCA dalam Angka3 dan 4) rata-rata
72% dalam kasus kumpulan data CpG lengkap dan 60% untuk
kumpulan data 705 CpG yang dipilih tetapi dengan dispersi
lebih dari 1000 kali lipat.
Penelitian sebelumnya berfokus pada pembuatan profil
metilasi dengan teknologi susunan di beberapa kelompok
populasi (anak-anak dan orang dewasa) yang dicirikan oleh
berbagai risiko paparan polusi udara permanen dan NP
pekerjaan. Hasil yang diperoleh menunjukkan tingkat yang
jauh lebih rendah dari lokus CpG termetilasi yang berbeda
secara signifikan dibandingkan dengan penelitian yang
melibatkan anak-anak. Selain itu, hasil ini hanya terungkap
karena penerapan metode array yang berfokus pada perubahan
spesifik lokus, dan memungkinkan untuk membedakan jumlah
lokus CpG yang hipometilasi dan hipermetilasi yang hampir
 seimbang dan untuk mengidentifikasi perbedaan dalam
penataan ulang metilasi DNA dibandingkan dengan metode
hiper/hipometilasi global secara keseluruhan.
d. Implikasi Penelitian terhadap Perkembangan IPTEK
Pengembangan pola penelitian metilasi DNA untuk orang
dewasa sebelum penuaan (disebutkan sebelum menopause
pada wanita) dan efeknya terkait paparan nanopartikel
sehingga dapat segera ditemukan teknologi pencegahannya.
Pengembangan hipotesis penelitian yang berantai dengan
realisasi hipotesis penelitian yang berkelanjutan sehingga
semakin berkembangnya ilmu pengetahuan dan teknologi
ditemukan kunci regulasi dan pencegahan metilasi dna pada
manusia terpapar NP.
e. Limitasi / Keterbatasan
Keterbatasan dalam penelitian ini adalah sumber terkait
penelitian sebelumnya sebagai pendukung penelitian ini yang
belum sepenuhnya terealisasi dan tidak menjawab hipotesis
yang dilayangkan.
7. Kesimpulan Penelitian ini sesuai dengan hipotesis yang disampaikan peneliti
dan berfokus pada pertanyaan tentang dinamika perubahan metilasi
DNA selama periode tiga tahun selama empat tahun berturut-turut
pada kelompok subjek dan kontrol dewasa yang terpajan NP.
Berbeda dengan penelitian sebelumnya, data metilasi DNA juga
disajikan pada tingkat individu. Meskipun epigenom di masa
dewasa dianggap relatif stabil dibandingkan dengan periode
kehidupan berikutnya, data menunjukkan dinamika berkelanjutan
yang lambat, yang tampaknya lebih tinggi pada subjek yang
terpapar. Sebagai perbandingan, lokus CpG termetilasi paling
berbeda yang dipilih umumnya sangat stabil pada kelompok yang
terpapar kronis ini, yang dapat dikaitkan dengan proses adaptasi
terhadap paparan NP dan penetapan status ini oleh memori
epigenetik.