Museum Kebangkitan Nasional menempati sebuah komplek bangunan

bersejarah yang dibangun pada tahun 1899. Bangunan tersebut pada

awalnya diperuntukan sebagai gedung sekolah dan asrama School tot
Opleiding van Inlandsche Artsen (STOVIA), atau Sekolah Dokter
Bumiputra.Museum ini adalah sebuah gedung yang dibangun
sebagai monumen tempat lahir dan berkembangnya kesadaran nasional
dan juga ditemukannya organisasi pergerakan modern pertama kali
dengan nama Budi utomo pada 20 Mei 1908

Pendirian STOVIA merupakan penyempurnaan sistem pendidikan

kedokteran sebelumnya, Sekolah Kedokteran Jawa, yang didirikan tahun
1851 di Rumah Sakit Militer Weltevreden (Rumah Sakit Pusat Angkatan
Darat Gatot Soebroto). Awalnya Sekolah Kedokteran Jawa didirikan
karena keterbatasan tenaga medis pemerintah untuk mengatasi berbagai
penyakit yang mewabah masa itu. Namun kegiatan belajar mengajar dan
asrama yang berada di areal rumah sakit mengganggu kenyamanan,
sehingga Dr. H.F. Rool selaku direktur pendidikan merasa perlu
membangun gedung baru di samping rumah sakit. Tahun 1899 gedung
baru mulai dibangun, sempat terhenti karena kekurangan biaya, tetapi
kemudian mendapat sumbangan dari pengusaha Belanda (P.W. Janssen,
J.Nienhuys, H.C. van de Honert) hingga akhirnya selesai di bulan
September 1901, dan diresmikan penggunaannya pada 1 Maret 1902. 
Museum ini menyimpan berbagai koleksi perabotan, jam dinding, lampu
antik, genta, perlengkapan medis, pakaian, senjata, foto, diorama,
lukisan, patung, peta, miniatur dan koleksi lainnya. Di antaranya terdapat
miniatur kapal tradisional Bugis pinisi, salinan lukisan tua yang
menggambarkan tentara Pangeran Diponegoro yang tengah melakukan
latihan perang , serta karya instalasi seukuran manusia sebenarnya yang
diletakkan dalam salah satu ruang belajar, memperlihatkan para pelajar
STOVIA dengan pakaian semi-tradisional mereka.