Dia lahir dan besar di aceh pada tahun 1550 dan merupakan keluarga bangsawan
yang dimana ayah dan kakeknya adalah laksamana angkatan laut kesultanan
aceh. Meskipun seorang wanita , malahayati bercita cita menjadi seorang pelaut
dan bisa menjadi seperti ayah dan kakeknya.
Singkat cerita malahayati beranjak dewasa , dan dia dibebaskan oleh ayahnya
untuk bersekolah dimanapun yang dia inginkan . malahayati pun memilih
bersekolah di akademi militer kesultanan aceh . akademi tersebut terdiri atas
angkatan laut dan angkatan darat, dimana para instruktur disana merupakan
perwira dari kesultanan ottoman turki.