Adapun beberapa kelemahannya adalah sebagai berikut :

1. Bagi rumah sakit yang main business-nya bergerak di bidang jasa,

metode ini menjadi kurang bisa dimanfaatkan. Selain itu terjadi beberapa
kesulitan untuk menggunakan metode ini di rumah sakit karena masih
lemahnya aktivitas akuntansi biaya di rumah sakit. Rendahnya quantity
atau output dari pelayanan sedangkan biaya yang dikeluarkan sama maka
akan membuat tarif melambung tinggi dikarenakan rumus untuk mencari
unit cost adalah biaya dibagi dengan quantity.
2. Dukungan IT teknologi rumah sakit yang kurang atau belum maksimal
menyebabkan metode ABC ini sulit digunakan di rumah sakit karena
dalam proses perhitungan unit cost menggunakan metode ABC ini
memerlukan banyak data perhitungan sehingga jika rumah sakit tidak
memiliki sistem yang kuat maka akan kesulitan mencari data untuk
perhitungan unit cost.
3. Kesulitan dalam menelusuri harga penerimaan barang atau aset misalnya
jika ada barang hibah maka tidak dapat di telusuri harganya maka akan
kesulitan menentukan harga perolehan dalam proses perhitungan biaya
investasi alat yang digunakan.
4. Lebih rumit karena memerlukan analisa keterkaitan hubungan antara
aktivitas yang terjadi dengan unit penunjang dan unit produksi di RS.
5. Jika ada tarif yang belum ada sebelumnya maka data menggunakan
asumsi yang menjadikan perhitungan tarif menjadi tidak real.