Nama : Hanindhiya Ailsha

NIM : 2011012220007

Pertemuan 1: Introduction to Biochemistry & Metal Ions and Proteins: Binding,

Stability, and Folding.
- Terdapat 4 tipe utama biomolekul, yakni karbohidrat (sumber energi, support
fungsi tubuh), protein (enzim, pembawa sinyal, transport pigmen), lipid
(penyimpanan energi sel membran), dan asam nukleat (keturunan, informasi
protein, pembawa sinyal).
- Secara kimia, protein merupakan polimer asam amino yang dihubungkan oleh
ikatan peptida (bisa disebut juga sebagai polipeptida)
- Protein memiliki lebih dari 50 asam amino, sedangkan peptida memiliki asam
amino kurang dari 50.
- Fungsi protein adalah sebagai biokatalis (enzim), penyimpanan dan transport,
pembawa informasi dalam sel, antibodi, dan lain-lain
- Struktur asam amino terdiri dari: karbon utama, gugus amino, gugus karboksil,
serta gugus samping (gugus R)
- Fungsi protein bergantung pada strukturnya, struktur protein merupakan susunan
3D dari rantai asam amino yang membentuk protein. Setiap protein memiliki
struktur yang unik dan menentukan fungsi yang dimilikinya. Sebagai contoh,
beberapa protein berfungsi sebagai enzim untuk membantu reaksi kimia dalam
tubuh dan struktur enzim tersebut memungkinkan protein untuk berinteraksi
secara spesifik dengan substratnya. Selain itu, ada pula protein yang memiliki
fungsi structural seperti kolagen yang membentuk struktur tulang dan jarigan
ikat dalam tubuh. Protein yang berfungsi sebagai transporter ialah hemoglobin
yang memungkinkan protein mengikat oksigen secara efisien dan membawanya
ke seluruh tubuh.
- Kofaktor, merupakan satu atau lebih ion anorganik. Seperti Fe2+, Mg2+, Mn2+,
atau Zn2+. Kofaktor berfungsi untuk aktivitas katalitik, kemudian juga menjadi
salah satu penyusun holoenzim. Holoenzim adalah enzim yang komponen
penyusunnya berupa protein dan gugus bukan protein, sedangkan apoenzim
hanya memiliki komponen penyusun protein saja.
- Koenzim, merupakan kompleks organik atau molekul metalorganic
- Gugus prostetik, merupakan koenzim atau logam yang berikatan dengan protein
enzim
- Ion metal merupakan kofaktor yang dapat membentuk 1 atau lebih ikatan
koordinasi dengan substrat.

Pertemuan 2: Special Cofactor & Metal Cluster, Transport & Storage of Metal
Ions in Biological System
- Kofaktor relatif kecil dan dibutuhkan oleh makromolekul untuk melakukan
fungsi biologi. Molekul kecil dari kofaktor terkadang disebut sebagai gugus
prostetik yang mengindikasikan kemampuan untuk membantu makromolekul
melakukan fungsinya.
- Protein nitrogenase memiliki 2 kofaktor, yakni Fe dan MoFe dalam 1 protein
- Pada tahun 2005, ditemukan 120 tipe protein yang mengandung klaster Fe-S.
Banyak ditemukan pada reaksi redoks untuk menghasilkan energi dan terjadi di
mitokondria. Semua klaster ditentukan secara alami dan memiliki kemungkinan
untuk berubah dan memasuki klaster baru
- Metal di dalam tubuh mampu menyerap elektron dan menghasilkan ATP
- Gugus prostetik heme mengandung ion Fe yang berikatan dengan senyawa
organik yang disebut dengan porfirin
- Salah satu contoh transportasi dan penyimpanan ion logam adalah oleh bakteri
E.coli, di mana bakteri ini mengeluarkan molekul bernama siderophores berupa
khelat, kemudian menangkap Fe dari lingkungan. Umumnya Fe3+ karena lebih
stabil, lalu masuk ke dalam sel. Fe ditangkap oleh protein transferrin dan dibawa
ke bagian yang membutuhkan, tetapi dapat juga disimpan di hati dengan
membentuk kompleks dengan ferritin.

Pertemuan 3: Metaloenzymes-Metalloprotein
- Sebanyak 33% enzim mengandung ion logam transisi
- Ion logam umumnya digunakan untuk pemutusan-pembentukan ikatan, transfer
elektron dan atom, mengatur radikal, dan masih banyak lagi
- Beberapa peran dari ion logam, yakni replikasi sel, sintesis ATP, transport dan
penyimpanan O2, sintesis RNA, fotosintesis, dan lain-lain
- Ion logam yang banyak digunakan dalam studi biologi ialah Fe, Cu, dan Zn. Fe
penting dalam transport oksigen dalam darah melalui hemoglobin serta berperan
dalam produksi sel darah merah dan fungsi enzim. Cu berperan dalam traspor
oksigen, produksi energy seluler, dan pengaturan fungsi enzim. Sementara itu,
Zn berperan dalam sintesis protein, pengaturan fungsi enzim, dan sistem
kekebalan tubuh.
- Ion logam berguna sebagai akseptor (asam Lewis), di mana asam amino akan
menjadi basa Lewisnya. Asam amino membutuhkan logam untuk berikatan
dengan substrat dan membentuk ikatan logam. Namun, apabila ion logamnya
tidak ada maka asam amino tersebut tidak rusak karena logam berperan sebagai
kofaktor
- Protein mencari keadaan sebaik mungkin, dimana nilai ∆G sekecil mungkin
- Untuk permodelan sendiri yang terlihat hanya asam aminonya saja sehingga jika
ingin melihat logamnya dapat melalui eksperimen kristalisasi
- Carbonic anhydrase membutuhkan Zn untuk mengikat dioksida. Zn banyak
dipakai untuk reaksi non-redoks karena dipakai untuk asal Lewis dan tidak
bersifat redoks. Hal ini dikarenakan Zn tidak bisa mengikat O2 sehingga tidak
bersifat redoks
- Zn memiliki sifat unik yang tidak dimiliki oleh ion logam lain atau senyawa
organik, yaitu Keasaman Lewisnya sangat tinggi, tidak ada reaksi redoks,
bilangan koordinasi dan geometrinya fleksibel, serta pertukaran ligan terjadi
dengan cepat
- Kapabilitas Zn dipengaruhi oleh lingkungan proteinnya