MODEL MOLEKUL
1. TUJUAN
1.1. Memberikan pengalaman bekerja dengan model molekul.
1.2. Memberikan pengalaman mengenai visualisasi senyawa-senyawa organik
dalam 3 dimensi.
1.3. Mampu menentukan sudut ikatan suatu struktur molekul.
2. DASAR TEORI
Teori Umum
Kimia organik sebagai kimia karbon, variasi struktur molekul organik
sangat tergantung pada kondisi atom karbon. Kondisi dimaksud salah satunya
adalah orbital hybrid atom karbon. Orbital hibrid sp3 menciptakan suatu molekul
dengan sudut ikatan sekitar 109,5o, sp2 (120o) dan sp (180o). Selain itu, dalam
kimia organik sering ditemukan senyawa yang memiliki rumus molekul sama
tetapi rumus strukturnya berbeda atau isomer, seperti n- butana dan isobutana
dengan rumus molekul C4H10. penggunaan model molekul dapat menolong
dalam memvisualisasikan berbagai senyawa organik, sehingga struktur tiga
dimensi dari tiap molekul dapat dipahami lebih real.
Reaksi kimia pada dasarnya merupakan pemutusan ikatan pereaksi dan
pembentukan kembali ikatan baru. Visualisasi persamaan reaksi sederhana akan
lebih jelas dengan menggunakan model molekul.
Dalam latihan ini, model molekul akan digunakan untuk memberikan
pemahaman secara real tentang struktur tiga dimensi suatu molekul serta isomer
struktur Haworth maupun struktur Shawhorse serta mampu menentukan sudut
ikatan dari suatu molekul.
Molymod merupakan media pembelajaran kimia yang terdiri atas bola
warna warni yang menggambarkan suatu atom dan mempunyai lubang sesuai
dengan jumlah atom lain yang dapat diikat oleh atom tersebut serta pasak yang
menggambarkan ikatan yang terjadi antara dua atom tersebut. Molimod dapat
digunakan untuk menerangkan materi pokok ikatan kovalen (Sari, 2013).
Bentuk geometri molekul merupakan materi kimia yang menjelaskan
teori jumlah pasangan elektron di sekitar inti atom dan teori hibridisasi untuk
meramalkan bentuk molekul. Karakteristik materi bentuk geometri molekul ialah
bersifat abstrak serta gabungan antara pemahaman konsep dan aplikasi
(Syafriani, 2014).
1
2-metilheksana (alkana) , 2-butanol (alkohol sekunder), 2-butena (alkena), 1-
propanol (alcohol primer), metiletileter (eter)
4
Gambar 2.2 Molymod (Maulana, 2019)
Hyperchem adalah sebuah perangkat lunak yang dapat digunakan
untuk membuat pemodelan molekul. Perangkat ini memiliki kemampuan
membuat model tiga dimensi dari struktur atom, molekul-molekul
tersebut juga dapat dirotasikan dan disesuaikan ukurannya sesuai
keinginan pengguna. Pemanfaatan teknologi berupa software Hyperchem
dapat membantu peningkatan pengetahuan mengenai struktur atom
secara lebih mendalam (Septiyani, dkk., 2018).
5
2. Bola putih (H) Untuk memperagakan bentuk
molekul yang memiliki 1 lubang.
6
6. Bola biru (N) Untuk memperagakan bentuk
molekul yang memiliki 3 lubang.
7
10. Bola ungu (P) Untuk memperagakan bentuk
molekul yang memiliki 5 lubang
3.2 Bahan
-
4. PROSEDUR KERJA
4.1 Penyusunan bentuk molekul
Susun dan gambar dalam bentuk 2 dimensi dari :
a. sp3 (tetrahedral). Contoh: CH4
- Molymod :
1. Siapkan molymod yang terdiri atas 1 buah molymod berwarna hitam
sebagai unsur karbon, 4 buah molymod berwarna putih sebagai unsur
hidrogen, dan 4 buat batang valensi medium.
8
2. Hubungkan molymod berwarna hitam (karbon) dengan keempat batang
valensi tersebut dengan antar batang valensi membentuk sudut 109,5
derajat.
3. Pasangkan keempat molymod berwarna putih (hidrogen) ke setiap batang
valensi yang telah terpasang pada molymod berwarna hitam (karbon).
4. Digambarkan bentuk orbital dari molekul CH4 yang didapatkan pada
lembar hasil pengamatan.
- Hyperchem :
1. Buka aplikasi hyperchem pada laptop ataupun media lainnya.
2. Tekan tombol build dan pilih default molekul.
3. Klik C (karbon) 1 kali dan tekan pada papan berwarna hitam.
4. Klik H (hidrogen) 4 kali dan tekan pada papan berwarna hitam.
5. Hubungkan atom C dan H, lalu tekan tombol build.
6. Tekan tombol rendering pada taskbar display untuk melihat bentuk
molekul yang sudah terbentuk.
7. Tekan pilihan balls and cylinder, lalu klik ok.
8. Klik ikon 3 dimensi pada hyperchem untuk melihat struktur secara 3
dimensi.
- Hyperchem :
1. Buka aplikasi hyperchem pada laptop ataupun media lainnya.
2. Tekan tombol build dan pilih default molekul.
3. Klik C (karbon) 1 kali dan tekan pada papan berwarna hitam.
4. Klik O (oksigen) 2 kali dan tekan pada papan berwarna hitam.
5. Hubungkan atom C dan O, lalu tekan tombol build.
10
6. Tekan tombol rendering pada taskbar display untuk melihat bentuk
molekul yang sudah terbentuk.
7. Tekan pilihan balls and cylinder, lalu klik ok.
8. Klik ikon 3 dimensi pada hyperchem untuk melihat struktur secara 3
dimensi.
- Hyperchem :
1. Buka aplikasi hyperchem pada laptop ataupun media lainnya.
2. Tekan tombol build dan pilih default molekul.
3. Klik P (fosfor) 1 kali dan tekan pada papan berwarna hitam.
4. Klik Cl (klor) 5 kali dan tekan pada papan berwarna hitam.
5. Hubungkan atom P dan Cl, lalu tekan tombol build.
6. Tekan tombol rendering pada taskbar display untuk melihat bentuk
molekul yang sudah terbentuk.
7. Tekan pilihan balls and cylinder, lalu klik ok.
8. Klik ikon 3 dimensi pada hyperchem untuk melihat struktur secara 3
dimensi.
- Hyperchem :
1. Buka aplikasi hyperchem pada laptop ataupun media lainnya.
2. Tekan tombol build dan pilih default molekul.
3. Klik S (sulfur) 1 kali dan tekan pada papan berwarna hitam.
4. Klik F (fluor) 6 kali dan tekan pada papan berwarna hitam.
5. Hubungkan atom S dan F, lalu tekan tombol build.
6. Tekan tombol rendering pada taskbar display untuk melihat bentuk
molekul yang sudah terbentuk.
7. Tekan pilihan balls and cylinder, lalu klik ok.
8. Klik ikon 3 dimensi pada hyperchem untuk melihat struktur secara 3
dimensi.
12
3. Hubungkan 6 buah molymod berwarna hitam sebagai karbon
menggunakan 5 batang valensi secara berurutan.
4. Pasangkan batang valensi yang lainnya pada lubang yang terdapat di 6
molymod hitam yang dijadikan karbon.
5. Hubungkan molymod warna putih sebagai hidrogen pada masing-masing
batang valensi, kecuali pada satu batang valensi yang terdapat pada
molymod hitam atau karbon nomor 2.
6. Hubungkan satu molymod warna hitam sebagai karbon dengan 3 batang
valensi lalu masing-masing batang valensi dihubungkan dengan molymod
putih sebagai hidrogen.
7. Sambungkan molymod warna hitam sebagai karbon yang telah
dipasangkan dengan 3 batang valensi tersebut lalu setiap batang valensi
dipasangkan dengan molymod warna putih atau hidrogen dan pasangkan
ke batang valensi di molymod warna hitam atau karbon nomor 2.
8. Gambarkan senyawa 2-metilheksana pada lembar hasil pengamatan
- Hyperchem :
1. Buka aplikasi hyperchem pada laptop ataupun media lainnya.
2. Setelah itu klik tombol build lalu pilih default molekul.
3. Klik atom C sebagai karbon sebanyak 7 kali lalu tekan pada papan
berwarna hitam dan klik atom H sebagai hidrogen sebanyak 16 kali lalu
tekan pada papan berwarna hitam.
4. Hubungkan atom C dengan H kemudian klik tombol build.
5. Pilih dan tekan add H and model build .
6. Apabila sudah terbentuk dan terlihat dengan garis, maka tekan tombol
display.
7. Setelah tombol display, pilih pilihan balls and cylinder dan bentuk
molekul sudah dapat terbentuk.
8. Untuk memutar dan melihat struktur dalam bentuk 3 dimensi, tekan ikon 3
dimensi pada hyperchem.
13
b. 2-butanol
- Molymod :
1. Struktur dari 2-butanol adalah C4H10O.
2. Siapkan molymod berwarna hitam sebagai atom karbon sejumlah 4 buah,
molymod berwarna putih sebagai hidrogen sebanyak 10 buah, molymod
berwarna merah sebagai oksigen sebanyak 1 buah, dan batang valensi
sebanyak 14 buah.
3. Gugus alkohol (-OH) disusun dengan menggunakan 1 buah atom hidrogen
berwarna putih, 1 buah atom oksigen berwarna merah dan 1 buah batang
valensi.
4. Setelah itu, bentuk rantai utama yaitu butana (C4H9) dengan menggunakan
4 atom karbon berwarna hitam dan 9 buah atom hidrogen berwarna putih
dengan batang valensi sebanyak 12 batang menghubungkan tiap atom.
5. Kemudian, rantai utama dengan gugus alkohol digabungkan pada atom
karbon kedua dari gugus butana dengan menggunakan 1 buah batang
valensi.
6. Gambarkan struktur molekul tersebut pada lembar hasil pengamatan.
- Hyperchem :
1. Buka aplikasi hyperchem pada laptop ataupun media lainnya.
2. Setelah itu klik tombol build lalu pilih default molekul.
3. Klik atom C sebagai karbon sebanyak 4 kali lalu tekan pada papan
berwarna hitam dan klik atom H sebagai hidrogen sebanyak 10 kali. Lalu
tekan pada papan berwarna hitam.
4. Hubungkan atom C dengan H kemudian klik tombol build.
5. Pilih dan tekan add H and model build.
6. Apabila sudah terbentuk dan terlihat dengan garis, maka tekan tombol
display.
7. Setelah tombol display, pilih pilihan balls and cylinder dan bentuk
molekul sudah dapat terbentuk.
14
8. Untuk memutar dan melihat struktur dalam bentuk 3 dimensi, tekan ikon 3
dimensi pada hyperchem.
c. 2-butena
- Molymod :
1. Struktur dari 2-butena adalah C4H8.
2. Siapkan molymod berwarna hitam sebanyak 4 buah sebagai atom karbon,
8 buah molymod berwarna putih sebagai atom hidrogen, dan 12 buah
batang valensi.
3. Bentuk C4H8 dengan molymod yang sudah disiapkan. Terdapat ikatan
rangkap dua di antara atom karbon kedua dengan atom karbon ketiga,
sehingga terdapat 2 buah batang valensi yang menghubungkan kedua atom
karbon tersebut.
4. Gambarkan struktur molekul tersebut pada lembar hasil pengamatan.
- Hyperchem :
1. Buka aplikasi hyperchem pada laptop ataupun media lainnya.
2. Setelah itu klik tombol build lalu pilih default molekul.
3. Klik atom C sebagai karbon sebanyak 4 kali lalu tekan pada papan
berwarna hitam dan klik atom H sebagai hidrogen sebanyak 8 kali lalu
tekan pada papan berwarna hitam.
4. Hubungkan atom C dengan H kemudian klik tombol build.
5. Pilih dan tekan add H and model build .
6. Apabila sudah terbentuk dan terlihat dengan garis, maka tekan tombol
display.
7. Setelah tombol display, pilih pilihan balls and cylinder dan bentuk
molekul sudah dapat terbentuk.
8. Untuk memutar dan melihat struktur dalam bentuk 3 dimensi, tekan ikon 3
dimensi pada hyperchem.
d. 1-propanol
15
- Molymod :
1. Struktur dari 1-propanol adalah C3H8O.
2. Siapkan molymod berwarna hitam sebagai atom karbon sebanyak 3 buah,
molymod warna putih sebagai atom hidrogen sebanyak 8 buah, molymod
warna merah sebagai atom oksigen sebanyak 1 buah, dan batang valensi
sebanyak 11 buah.
3. Susun gugus alkohol (-OH) menggunakan 1 buah atom hidrogen berwarna
putih, 1 buah atom oksigen berwarna merah dan 1 buah batang valensi.
4. Bentuk rantai utama propana dengan menggunakan 3 buah atom karbon
berwarna hitam, 7 atom hidrogen berwarna putih, dan 9 buah batang
valensi untuk menghubungkan setiap atom. Disisakan satu tangan pada
atom karbon pertamanya untuk melakukan ikatan dengan gugus alkohol.
5. Setelah itu, gugus alkohol digabungkan dengan atom karbon pertama pada
gugus propana yang telah dibuat tadi dengan 1 buah batang valensi.
6. Gambarkan struktur molekul tersebut pada lembar hasil pengamatan.
- Hyperchem :
1. Buka aplikasi hyperchem pada laptop ataupun media lainnya.
2. Setelah itu klik tombol build lalu pilih default molekul.
3. Klik atom C sebagai karbon sebanyak 3 kali lalu tekan pada papan
berwarna hitam dan klik atom H sebagai hidrogen sebanyak 8 kali dan
atom O sebagai oksigen sebanyak 1 kali lalu tekan pada papan berwarna
hitam..
4. Hubungkan atom C dengan H dan O kemudian klik tombol build.
5. Pilih dan tekan add H and model build .
6. Apabila sudah terbentuk dan terlihat dengan garis, maka tekan tombol
display.
7. Setelah tombol display, pilih pilihan balls and cylinder dan bentuk
molekul sudah dapat terbentuk.
8. Untuk memutar dan melihat struktur dalam bentuk 3 dimensi, tekan ikon 3
dimensi pada hyperchem.
16
e. metiletileter
- Molymod :
1. Struktur dari molekul metiletileter adalah C3H8O.
2. Siapkan molymod berwarna hitam sebagai atom karbon sebanyak 3 buah,
8 buah molymod berwarna putih sebagai atom hidrogen, 1 buah molymod
berwarna merah sebagai atom oksigen, dan 11 buah batang valensi untuk
menghubungkan setiap atom.
3. Gugus metil (-CH3) dibentuk terlebih dahulu yang tersusun dari 1 buah
atom karbon dan 3 buah atom hidrogen serta batang valensi sebanyak 3
buah sebagai penghubung.
4. Bentuk gugus etil (-C2H5) dengan menggunakan 2 buah atom karbon
berwarna hitam, 5 buah atom hidrogen berwarna putih, dan 7 buah batang
valensi sebagai penghubung.
5. Atom oksigen diletakkan di antara gugus etil dan gugus metil, lalu
ketiganya digabungkan dengan 1 buah batang valensi.
6. Gambarkan struktur molekul tersebut pada lembar hasil pengamatan.
- Hyperchem :
1. Buka aplikasi hyperchem pada laptop ataupun media lainnya.
2. Setelah itu klik tombol build lalu pilih default molekul.
3. Klik atom C sebagai karbon sebanyak 3 kali lalu tekan pada papan
berwarna hitam dan klik atom H sebagai hidrogen sebanyak 8 kali dan
atom O sebagai oksigen sebanyak 1 kali lalu tekan pada papan berwarna
hitam..
4. Hubungkan atom C dengan H dan O kemudian klik tombol build.
5. Pilih dan tekan add H and model build .
6. Apabila sudah terbentuk dan terlihat dengan garis, maka tekan tombol
display.
7. Setelah tombol display, pilih pilihan balls and cylinder dan bentuk
molekul sudah dapat terbentuk.
17
8. Untuk memutar dan melihat struktur dalam bentuk 3 dimensi, tekan ikon 3
dimensi pada hyperchem.
4.3 Susun, gambarkan, dan simpulkan kestabilan senyawa siklik dari 3 atom C
sp3, 4 atom C sp3, 5 atom C sp3, 6 atom C sp3, 7 atom C sp3, 8 atom C sp3.
Tentukan dahulu sudut-sudutnya.
a. 3 atom C sp3 (siklopropana/C3H6)
1. Siapkan molymod yang terdiri atas 3 bola yang berwarna hitam sebagai
unsur karbon, 6 bola putih sebagai unsur hidrogen, dan 9 buah batang
berwarna abu sebagai valensi (ikatan tunggal).
2. Hubungkan ketiga bola hitam (karbon) dengan batang valensi sehingga
antar batang valensi terbentuk sudut 60 derajat.
3. Pasangkan 2 buah batang valensi di setiap bola hitam (karbon), kemudian
disambungkan bola putih (hidrogen) di masing-masing batang valensi
tersebut.
4. Gambarkan struktur yang terbentuk dan tentukan sudut serta
kestabilannya.
18
1. Siapkan molymod yang terdiri atas 5 bola yang berwarna hitam sebagai
unsur karbon, 10 bola putih sebagai unsur hidrogen, dan 15 buah batang
berwarna abu sebagai valensi (ikatan tunggal).
2. Hubungkan kelima bola hitam (karbon) dengan batang valensi sehingga
antar batang valensi terbentuk sudut 108 derajat.
3. Pasangkan 2 buah batang valensi di setiap bola hitam (karbon), kemudian
disambungkan bola putih (hidrogen) di masing-masing batang valensi
tersebut.
4. Gambarkan struktur yang terbentuk dan tentukan sudut serta
kestabilannya.
19
3. Pasangkan 2 buah batang valensi di setiap bola hitam (karbon), kemudian
disambungkan bola putih (hidrogen) di masing-masing batang valensi
tersebut.
4. Gambarkan struktur yang terbentuk dan tentukan sudut serta
kestabilannya..
5. SKEMA KERJA
5.1. Molymod
20
Molymod disiapkan terlebih dahulu.
↓
Molymod disusun kemudian digambarkan dari bentuk molekul
3 2 3 2 3
s p , s p , sp , ds p , dan d s p
↓
Molymod disusun kemudian digambarkan dari senyawa 2-metilheksana, 2-butanol,
2-butena, 1-propanol, metiletileter
↓
Molymod disusun kemudian digambarkan dengan sudut-sudutnya ditentukan
terlebih dahulu dari senyawa siklik 3 atom C s p 3 , 4 atom C s p 3, 5 atom C s p 3, 6
atom C s p 3, 7 atom C s p 3, 8 atom C s p 3, lalu kestabilan senyawa siklik tersebut
disimpulkan
↓
Software Hyperchem digunakan untuk membentuk model 3 dimensi dari senyawa
yang diminta
↓
Hasil dari bentuk 3 dimensi tersebut disimpan dan didokumentasikan
21
6. TUGAS
a) Tuliskan proses pembentukan orbital hibrida sp² untuk atom C!
Pada orbital hibrida sp², satu orbital 2s hanya menghibridisasi dua orbital
2p, dan satu orbital 2p tidak terhibridisasi. Pada atom C dengan konfigurasi
elektron 1s² 2s² 2p², terbentuk diagram orbital sebagai berikut:
Kemudian elektron tereksitasi atau terjadi promosi elektron dan terbentuk tiga
orbital sp² dengan sudut 120°.
2) 2-butanol (C4H9OH)
22
Gambar 6.5 Struktur senyawa 2-butena (C4H8) (Ainillana, 2018)
4) 1-propanol (C3H7OH)
5) metiletileter (C3H8O)
23
1) Susunan 3 atom C sp3 Siklopropana (C3H6)
24
Gambar 6.11 Struktur senyawa Sikloheksana (C6H12) (Faradisa. 2020)
DAFTAR PUSTAKA
25
Diniaty, A. 2017. Studi Pendahuluan: Penerapan Praktikum Kimia Organik
Berorientasi Aplikasi (Application-Oriented). Jurnal Pendidikan Sains
Universitas Muhammadiyah Semarang, 5(1), 41-46.
Estiningsih, Elly. 1994. Penggunaan Alat Peraga dalam Pengajar Matematika
SD. Yogyakarta: PPPG Matematika.
Fessenden, R.J. dan J.S Fessenden. 1986. Kimia Organik. Edisi Ketiga. Jilid 1.
Jakarta: Erlangga.
Maulana, A. 2019. Pengembangan Mageroyd (Magnetic Paper Molymod) sebagai
Media Pembelajaran Kimia SMA/MA Pada Materi Pokok Hidrokarbon.
Skripsi. Yogyakarta: Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga.
Ramadhan, R.F., Y. Manoppo, dan S. Unwakoly. 2019. Pengaruh Penggunaan
Media Molymod pada Praktikum Kimia Organik II Terhadap Hasil Belajar
Mahasiswa Pendidikan Kimia FKIP UNPATTI. Science Map Journal.
1(1): 43-49.
Sari, A. P., Ashadi, dan Agung Nugroho. 2013. Studi Komparasi Model
Pembelajaran Stad Dengan Menggunakan Media Animasi Macromedia
Flash Player Dan Molymod Pada Pembelajaran Kimia Materi Pokok
Ikatan Kovalen Ditinjau Dari Kreativitas Siswa Kelas X SMAN 2
Sukoharjo Tahun Pelajaran 2011/2012. Jurnal Pendidikan Kimia. 2(2):
110-116.
Septiyani, S.U., Abdul Hamid, dan Atiek Winarti. 2018. Meningkatkan
Kemampuan Berpikir Kritis dan Hasil Belajar Menggunakan Model
Accelerated Learning Berbantuan Hyperchem Materi Hidrokarbon di
SMA PGRI 6 Banjarmasin. Journal of Chemistry and Education. 2(1): 10-
16.
Wardiyah. 2016. Kimia Organik. Jakarta: Kementerian Kesehatan Republik
Indonesia.
26