Genom Durian in Malaysia Id
Genom Durian in Malaysia Id
Akses
terbuka
www.bioinformation.net
Ulasan
Volume 14 (6)
Tropis dan Platform Biologi, Universitas Monash Malaysia, Jalan Lagoon Selatan, 47500, Kota Sunway, Selangor, Malaysia; 3Unit Biokimia,
Fakultas Kedokteran, Universitas AIMST, Semeling, 08100 Bedong, Kedah, Malaysia; Subhash Janardhan Bhore; E-mail:
subhash@aimst.edu.my; subhashbhore@gmail.com; Telp: +60 4 429 8176; Faks: +60 4 429 8009;
*Penulis korespondensi
Diterima 14 Mei 2018; Direvisi 9 Juni 2018; Diterima 9 Juni 2018; Dipublikasikan 30 Juni 2018
doi: 10.6026/97320630014265
Abstrak:
Durian (Durio zibethinus L.; Famili Bombacaceae) adalah tanaman buah tropis ikonik yang dibudidayakan di Malaysia dan negara-
negara Asia Tenggara. Di Malaysia, durian dikenal sebagai Raja buah dan dikenal sebagai sumber yang kaya akan senyawa sulfur yang
mudah menguap yang membuatnya unik. Daging buahnya merupakan sumber nutrisi yang sangat baik karena mengandung protein,
lemak makanan, serat, dan karbohidrat. Rebusan daun dan akar durian dikenal memiliki khasiat penurun panas dan anti malaria.
Pemahaman tentang biologi molekuler tanaman ini akan membantu para pemulia untuk mengembangkan strategi pengembangan lebih
lanjut. Oleh karena itu, ada kebutuhan untuk mengidentifikasi dan memahami gen-gen yang diperlukan untuk peningkatan kualitas
buah durian. Genom durian mengandung sekitar 46.000 gen, hampir dua kali lipat dari genom manusia (Homo sapiens). Pemahaman
tentang gen durian akan berguna tidak hanya dalam pemuliaan molekuler tetapi juga dalam produksi protein dan atau enzim baru oleh
mikroba. Ulasan ini menyoroti atribut nutrisi dan obat dari durian. Studi molekuler termasuk pentingnya melakukan pekerjaan
transkriptomik dan wawasan dari rancangan genom yang baru-baru ini dilaporkan juga disoroti.
Kata kunci: DNA, Tanaman eksotis, Ekspresi gen, Methionine gamma lyases (MGL), Penanda molekuler, Transkriptomik, Senyawa
sulfur yang mudah menguap (VSC).
Latar Belakang: (Viverra zibetha) yang terkenal dengan baunya yang khas [3]. Arti
Buah-buahan merupakan bagian integral dari makanan kita kata 'musang' adalah
sehari-hari karena kandungan nutrisinya. Setidaknya ada 500
spesies buah-buahan tropis yang dapat dimakan di wilayah Asia
[1]. Buah-buahan tropis dapat dikategorikan ke dalam dua
kelompok, yaitu mayor dan minor. Buah durian dikelompokkan
di bawah buah-buahan minor [2]. Di Malaysia, buah durian
dianggap sebagai raja buah. Buah ini merupakan buah yang
ikonik, mahal, dan musiman di banyak negara Asia Tenggara,
terutama di Malaysia, Thailand, Indonesia, dan Filipina. Nama
durian berasal dari bahasa Melayu, 'Duri' yang berarti 'duri' buah.
Nama spesies 'zibethinus' diambil dari nama musang India
ISSN 0973-2063 (online) 0973-8894 (cetak)
Secara umum, buah durian memiliki aroma yang khas dan kuat.
Aroma yang terkenal (yang menyerupai telur busuk atau bawang)
disebabkan oleh senyawa sulfur yang mudah menguap (VSC)
yang diatur oleh methionine gamma lyases (MGL). Karena
baunya yang menyengat, buah durian dilarang di bandara, hotel,
dan ada pembatasan dalam pengangkutan dan penyimpanannya
[7]. Berbagai cara dan atau alternatif digunakan untuk
menghindari masalah ini. Buah durian juga digunakan untuk
membuat jus buah, anggur, dan produk lainnya untuk
menghilangkan aroma yang kuat sehingga dapat dengan mudah
diangkut di pasar global [8]. Produsen utama durian di Asia
adalah Malaysia dan Thailand [8, 9]. Indonesia, Filipina, dan
beberapa negara Asia lainnya juga membudidayakan durian tetapi
dalam skala kecil dan sebagian besar hanya untuk keperluan
domestik. Pengimpor utama buah durian adalah Taiwan, Hong
Kong, dan Singapura, sedangkan total 90% ekspor berasal dari
Malaysia, Thailand, dan Indonesia [10]. Artikel ulasan ini
menyoroti atribut nutrisi dan obat dari durian dan studi molekuler
yang melibatkan pekerjaan transkriptomik dan wawasan tentang
rancangan genom.
Tabel 2: Beberapa atribut penting dari genom Durian (Durio zibethinus L.) kultivar 'Musang King' berdasarkan rancangan genomnya [36]
Tid Fitur Genom Spesifikasi rancangan genom
ak. Durian
1. Ukuran genom (perkiraan) 738 Mb
2. Panjang total urutan perakitan genom (dengan celah) (bp) 715,230,256
3. Panjang total urutan perakitan genom (tanpa celah) (bp) 712,186,256
4. Gen dan pseudogen 44,795
5. Gen pengkode protein 35,832
6. Gen non-pengkodean 1,329
7. Panjang rata-rata gen (bp) 3,160
8. Panjang rata-rata gen (bp) 4,117
9. Panjang minimum gen (bp) 68
10. Panjang maksimum gen (bp) 117,665
11. Panjang urutan pengkodean rata-rata (bp) 1,700.4
12. Rata-rata ekson per gen 5.8
13. Jumlah maksimum ekson per transkrip 79
14. Konten GC 32.5%
rahasia Raja Buah, dan ini akan membuka jalan bagi para pemulia
Berdasarkan rancangan analisis genom, Teh et al. menyatakan
untuk menciptakan varietas durian baru yang tahan kekeringan,
bahwa kelas gen yang disebut sebagai methionine gamma lyases
tahan suhu tinggi, dan atau dengan kandungan gula rendah untuk
(MGL) bertanggung jawab atas bau durian yang unik dan
penderita diabetes.
menyengat [36]. MGL mengatur senyawa bau yang disebut
sebagai senyawa sulfur yang mudah menguap (VSC) yang
menyebabkan bau telur busuk atau bawang. Biasanya, sebagian
besar tanaman hanya mengandung dua (2) salinan MGL. Jumlah
salinan MGL dalam genom durian adalah empat (4), dan hal ini
dapat menjelaskan mengapa buah durian menghasilkan lebih
banyak senyawa bau, VSC.
Umur simpan standar buah durian adalah sekitar 2-3 minggu saja
[10]. Studi molekuler, khususnya transkriptomik akan membantu
untuk
Kesimpulan:
Durian merupakan sumber yang baik dari berbagai nutrisi dan
senyawa obat yang bermanfaat bagi kesehatan manusia.
Rancangan genom durian menunjukkan adanya empat salinan
MGL, yang memberikan wawasan tentang sintesis tinggi VSC
yang bertanggung jawab atas aroma unik buah durian. Analisis
lebih lanjut dari genom yang dilaporkan akan menjelaskan gen-
gen yang mengatur sifat genetik kualitatif dan kuantitatif yang
berbeda dari buah durian. Studi transkriptomik dari daging buah
durian akan membantu dalam memahami berbagai pola ekspresi
gen di dalamnya dan dalam merancang strategi baru untuk
manipulasi genetik tanaman ini untuk melumpuhkan ekspresi gen
yang tidak diinginkan dan atau mengekspresikan gen yang
diinginkan secara berlebihan dengan cara yang spesifik pada
jaringan buah untuk meningkatkan kualitas gizinya.