Materi Biokimia

BIOKIMIA
DOSEN PENGAMPU
Dr. apt. Dian Ratih Laksmitawati, M.Biomed

dian.ratih@univpancasila.ac.id
Dr. apt. Yati Sumiyati, M.Kes

yati.Sumiyati@univpancasila.ac.id
apt. Moordiani, S.F, M.Sc

mdiani@univpancasila.ac.id
KARBOHIDRAT
• Polihidroksi aldehida
• Polihidroksi keton
• Senyawa-senyawa yang jika dihidrolisis
akan menghasilkan polihidroksi aldehida
atau polihidroksi keton
Dian_revised 3
Fungsi Karbohidrat
Bagi Makhluk Hidup
• Sebagai sumber energi
• Fungsi
– Struktural: komponen membran sel, dll
– Fungsional: sebagai molekul signaling, dll
Dian_revised 4
Polihidroksi aldehida
& Polihidroksi keton
Dian_revised 5
Isomerisasi
Isomerisme aldosa-ketosa Isomerisme optikal

Dian_revised 7
Isomerisme Furan-Piran
Dian_revised 8
Penggolongan Karbohidrat
- Berdasarkan jumlah sakarida -
• Monosakarida
• Oligosakarida (2-10 sakarida)
– Disakarida
– Trisakarida
– Tetrasakarida, dst
• Polisakarida (>10 sakarida)
Dian_revised 9
Penggolongan Monosakarida
- Berdasarkan gugus fungsi -
aldosa
Dian_revised ketosa 10
Penggolongan Monosakarida
• Berdasarkan • Triosa
jumlah atom C • Tetrosa
• Pentosa
• Heksosa
• Heptosa
• dst
Dian_revised 11
Aldosa Ketosa
Triosa Gliseraldehida Dihidroksiaseton
Tetrosa Treosa, Eritrosa Erythrulosa
Pentosa Ribosa/ Deoksiribosa Ribulosa
Arabinosa Xylulosa
Heksosa Glukosa Fruktosa
Galaktosa
Mannosa
Dian_revised 12
Aldosa
2/25/2013 Dian_revised 13
Ketosa
Dian_revised 14
Contoh Monosakarida
glukosa fruktosa
Dian_revised 15
Contoh Monosakarida
• Galaktosa
• Mannosa
ribosa
Dian_revised 16
Rumus Bangun / Formula
Formula
Haworth
Formula Fisher
Dian_revised
Bentuk Kursi 17
Glukosa
• Sumber
energi utama
dalam sel
tubuh
• Monosakarida
• Aldosa
• Konsentrasi
dalam darah :
70-100 mg/dL
Dian_revised 18
Glukosa sebagai bahan bakar
Dian_revised 19
Glukosa sebagai sumber energi yang
utama pada sel
20
Fruktosa
Dian_revised 21
Ribosa
• Merupakan pentosa
• Terdapat pada asam
nukleat DNA dan RNA
Dian_revised 22
Contoh disakarida
laktosa maltosa
sukrosa
Ikatan Glikosidik
Dian_revised 24
Ikatan Glikosidik
• Ikatan glikosidik  → dapat dihidrolisis secara
kimia (misal dengan HCl) atau secara enzimatis
(oleh enzim -amilase)
• Ikatan glikosidik  → dapat dihidrolisis secara
kimia (misal dengan HCl) atau secara enzimatis
(oleh enzim -amilase)
Dian_revised 25
Sukrosa
Dian_revised 26
Laktosa
Maltosa
Contoh polisakarida
Dian_revised 30
Selulosa
Suatu glukosa dengan

rantai lurus , D
glukopiranosida
Dian_revised 31
POLISAKARIDA
Pati/amilum merupakan suatu glukosan.
Molekulnya terdiri dari 2 komponen:
Amilosa: berbentuk heliks tanpa cabang, 15-
20%, memiliki ikatan α(1-4) glukosida
Amilopektin: memiliki rantai bercabang, 80-
85% rantai lurus memiliki ikatan α(1-4)
glukosida sedangkan pada percabangannya
merupakan ikatan α(1-6 glukosida)
Dian_revised 32
Amilum: amilopektin + amilosa
Dian_revised 33
POLISAKARIDA
• Glikogen (Animal starch): Suatu glukosan
Struktur molekul bercabang dengan ikatan α(1-4)
glukosida pada rantai lurusnya dan ikatan α(1-6)
glukosida pada percabangannya
• Inulin: Suatu fruktosan
Di klinik digunakan untuk tes laju filtrasi glomerulus
ginjal.
• Dekstrin: Suatu senyawa antara pada hidrolisis
amilum
Dian_revised 34
Glikogen
• Energi cadangan
dalam otot dan
hati
• Penyedia energi
diantara 2 waktu
makan
• Merupakan
polimer glukosa
dengan ikatan
glikosidik
Dian_revised 35
Glikogen
lurus α (1→4),
cabang α (1→6)
Dian_revised 36
Dian_revised 37
• GLIKOSAMINOGLIKAN
Suatu polisakarida kompleks, unit-unitnya
bukan merupakan suatu monosakarida
tertentu, tetapi dua derivat monosakarida
yaitu: asam uronat dan gula amina
1. Asam hialuronat
unitnya terdiri dari asam -glukuronat dan
n asetil–glukosamine
Dian_revised 38
2. Heparin
Unitnya terdiri dari glukosamin sulfat
dan asam glukuronat sulfat
3. Kondroitin-4-sulfat dan kondroitin-6-sulfat
Asam -glukuronat dan N–asetil-
galaktosamin sulfat
Dian_revised 39
LIPID
• Senyawa-senyawa yang sukar

larut di dalam air, tetapi mudah
larut dalam pelarut organik
Dian_revised 40
Fungsi Lipid
• Sebagai sumber energi (cadangan), terutama dalam
bentuk triasilgliserol
• Sebagai komponen struktural
• Pelarut Vitamin
• Hormon
• Penyusun asam empedu (untuk solubilisasi lemak)
• Sebagai molekul signal → Diasil gliserol (DAG): 2nd
messenger
Dian_revised 41
LIPID BILAYER -
MEMBRAN SEL
Penggolongan Lipid
• Lipid sederhana (Simple Lipid)

• Lipid majemuk (Complex Lipid)
• Lipid turunan (Derived Lipid)
Dian_revised 43
Lipid Sederhana
• Ester asam lemak dan alkohol tertentu (gliserol
atau alkohol alifatik berantai panjang)
Tri asil gliserol Lilin/Malam

atau atau
Trigliserida Wax
Dian_revised 44
Tri asil gliserol
Dian_revised 45
Lilin/Malam/Wax
O
CH3 - (CH2)13 - O - C - (CH2)14 - CH3
mirisil palmitat
Ester asam lemak dengan alkohol monohidrat yang

lebih tinggi membentuk lilin
Dian_revised 46
Hidrolisis triasilgliserol
Dian_revised 47
Lipid Turunan
asam lemak
kolesterol
Dian_revised 48
Dian_revised 49
Asam Lemak
• Asam Lemak Jenuh: asam laurat (C12),
asam miristat (C14), palmitat (C16),
stearat (C18), asam arakhidat (C20)
• Asam Lemak Tak Jenuh: asam

palmitoleat (16:1), asam oleat (18:1),
linoleat (18:2), linolenat (18:3), asam
arakhidonat (20:4), eicosanoid: C20 (PG,
LT, TX, prostasiklin)
Dian_revised 50
Isomer
• Asam lemak tdk jenuh memberikan bentuk-bentuk
senyawa isomer CIS dan TRANS yang ditentukan
oleh letak atom atau gugus sekitar poros ikatan
rangkap.
• CIS = asam maleat dan oleat
• TRANS = Fumarat dan Elaidat
Dian_revised 51
Asam-asam Lemak Jenuh
Asam Lemak Jumlah Formula

Atom C
Asam Laurat 12 CH3(CH2)10COOH
Asam Miristat 14 CH3(CH2)12COOH
Asam Palmitat 16 CH3(CH2)14COOH
Asam Stearat 18 CH3(CH2)16COOH
Asam Arakhidat 20 CH3(CH2)18COOH
Dian_revised 52
Dian_revised 53
Asam-asam Lemak Tak Jenuh
CH3 - (CH2)7 - CH = CH - (CH2)7 - COOH
asam oleat
CH3 - (CH2)4 - CH = CH - CH2 - CH = CH –

(CH2)7 - COOH
asam linoleat
CH3- CH2 - CH = CH - CH2 - CH = CH CH2-

CH=CH- (CH2)7 -COOH
asam linolenat
Dian_revised 54
asam linoleat (omega-6)
asam linolenat (omega-3, 6, 9)
Dian_revised 55
Asam lemak essensial
1. Asam linoleat (18:2 ; Δ9,12): ω6

2. Asam linolenat (18:3 ; Δ9,12, 15): ω3
3. Asam arakhidonat (20:4 ; Δ5,8,11,14): ω6
Dian_revised 56
Steroid
Kolesterol
Estradiol,
hormon seks perempuan
Testosteron,
hormon seks laki-laki
Dian_revised 57
Lipid Majemuk
• Senyawa lipid yang jika dihidrolisis akan
menghasilkan satu atau lebih senyawa lain yang
bukan lipid.
• Senyawa-senyawa lipid majemuk yang banyak
terdapat di alam antara lain fosfolipid, dan
glikolipid.
Fosfolipid
Dian_revised 59
Ester Fosfatidat
• Fosfatidilcholin (lesitin)
• Fosfatidiletanolamin (sefalin)
• Fosfatidilserin
• Fosfatidilgliserol
• Fosfatidilinositol (lipositol)
Dian_revised 60
Ester Fosfatidat
(Fosfoasilgliserol)
Fosfatidil cholin
(lesitin)
Fosfatidil etanolamin
(sefalin)
Sfingolipid
• Struktur rangka bukan

gliserol tetapi sfingosin
contoh: sfingomielin,
serebrosid
• Sfingomielin dengan
gugus KH terdapat di
jaringan syaraf
Dian_revised 62
Glikolipid
• Serebrosida
• Gangliosida
Dian_revised 63
TERIMAKASIH
BIOKIMIA
Overview Biomakromolekul
Dosen Pengampu Biokimia
Kelas Hari Jam Dosen
A Senin 07.55-09.35 Dr. Dian Ratih L, M.Biomed, Apt
B Selasa 15.15-16.55 Dr. Yati Sumiyati, M.Si.,
Apt/Moordiani, M.Sc
C Rabu 15.15-16.55 Dr. Yati Sumiyati, M.Si.
D Kamis 07.55-09.35 Dr. Dian Ratih L, M.Biomed, Apt
E Jumat 07.55-09.35 Dr. Yati Sumiyati, M.Si.,
Apt/Moordiani, M.Sc
Materi Kuliah Biokimia, Semester Genap TA 2019/2020
PENDAHULUAN
OUTLINE:
• Perkembangan ilmu biokimia dan manfaatnya
dalam meningkatkan kesejahteraan masyarakat
• Pengertian biomolekul, serta hirarkhi organisasi
molekular sel
BIOKIMIA
• Ilmu yang mempelajari tentang senyawa-senyawa
yang terdapat dalam tubuh makhluk hidup, dan
reaksi-reaksi kimia yang terjadi pada senyawa-
senyawa tersebut.
• Aplikasi dari ilmu kimia untuk mempelajari

proses biologi.
• Dapat memberi penjelasan tentang penyebab

penyakit manusia, hewan, tumbuhan.
PERAN BIOKIMIA PADA TINGKAT
KLINIK
 Mengungkap penyebab fundamental dan mekanisme terjadinya
penyakit.
Misalnya: Penyakit-penyakit metabolik.
 Merekomendasikan terapi yang rasional dan efektif
(berdasarkan no.1)
Misalnya: Pengaturan diet pada penyakit metabolik.
 Menegakkan diagnosis.
Misalnya: Pemeriksaan lab. penyakit jantung, liver, dll.
 Memantau Perjalanan Penyakit.
 Menilai respon penyakit terhadap terapi.
BIOKIMIA MENJADI DASAR:
1. ILMU FAAL 4. PATOLOGI.

2. IMUNOLOGI 5. FARMASI.
3. GENETIKA 6.MIKROBIOLOGI.
Apa yang dipelajari
➢ Struktur kimia dan bentuk tiga dimensi molekul biologi
(Biomolekul)
➢ Interaksi antar biomolekul
➢ Sintesis dan degradasi biomolekul dalam sel
➢ Perolehan dan pemanfaatan energi oleh sel
➢ Mekanisme pengorganisasian biomolekul dan
pengkoordinasian aktifitasnya
➢ Penyimpanan, pemindahan dan ekspresi informasi
genetika
Organisasi Kehidupan
Organisme Morfologi
Organ Anatomi
Jaringan Histologi
Sel Sitologi
Molekul Biokimia - Biomol

5 Kingdom
Makhluk hidup
1. Monera
2. Protista
3. Fungi
4. Planta
5. Animalia
• Semua makhluk hidup tersusun oleh sel
• Sel adalah unit terkecil organisasi kehidupan
Uniseluler Multiseluler
Unit terkecil sistem kehidupan

Ukuran Sel
150-250 nm small bacteria such as Mycoplasma

(1 - 10 µm) the general sizes for Prokaryotes
1 µm human nerve cell
2 µm E. coli - a bacterium
9 µm Human red blood cell
(10 - 30 µm) Most Eukaryotic animal cells
(10 - 100 µm) Most Eukaryotic plant cells
90 – 800 µm Amoeba
100 µm Human Egg
2 mm frog egg
Nucleoid region contains the DNA Contain 3 basic cell structures:
• Cell membrane & cell wall • Nucleus
• Contain ribosomes (no membrane) • Cell Membrane
to make proteins in their cytoplasm • Cytoplasm with organelles
16
Sel Prokariota
Sel Eukariota : Hewan
Sel Eukariota : Tumbuhan
Perbandingan Sel
Prokariota dan Eukariota
Organel Prokariota Eukariota
Nukleus Nukleoid Ada
Mitokondria Tidak ada Ada

(enzim utk reaksi oksidasi
terletak di membran plasma)
RE Tidak ada Ada
Kloroplas Tidak ada Ada pada sel

(reaksi fotosintesis berlangsung tumbuhan
di kromatofor)
Membran/ Membran dan dinding sel Membran (hewan)
Dinding sel Dinding (tumbuhan)
Komponen Sel
• Membran Sel
• Sitoplasma: • Mitokondria
– Organel sel • Kloroplas
– Cairan sel (Sitosol) • Ribosom
• Retikulum Endoplasmik
• Badan Golgi
• Nukleus
• Lisosom, Peroksisom,
Granula sekretori
Membran Plasma
Nukleus
Biolog. Nanostructures
Biochemistry
28
Many Important Biomolecules
are Polymers
• Biopolymers - macromolecules created by

joining many smaller organic molecules
(monomers)
30
Molecular Organization of a Cell
31
Biomolecules – Structure
Anabolic
Building block Macromolecule

• Simple sugar • Polysaccharide
• Amino acid • Protein (peptide)
• Nucleotide • RNA or DNA
• Fatty acid • Lipid
Catabolic
32
Komposisi Kimia Membran Sel
• 90% air
• 5% protein
• 1,5% karbohidrat
• 1,5% asam nukleat
• 1,0% lipid
• 1,0% lain-lain
Komposisi Tubuh Makhluk Hidup
Karbohidrat
• Basic unit: Monosakarida
• Jumlahnya paling banyak diantara biomolekul lain
Fungsi Karbohidrat
Sumber kalori
Komponen Struktural
Senyawa Fungsional: sebagai antigen, marker,
signal (komunikasi antar sel)
Ikatan Glikosidik
LIPID
• Senyawa-senyawa yang sukar larut di dalam air, tetapi

mudah larut dalam pelarut organik
• Triacylglycerol, steroids (cholesterol, sex hormones), fat
soluble vitamins.
• Two types: saturated (C-C sb) and unsaturated (C-C db)
Fungsi Lipid
• Sebagai sumber energi (cadangan), terutama
dalam bentuk triasilgliserol
• Sebagai komponen struktural (membran)
• Sintesis hormon dari kolesterol
• Penyusun asam empedu (untuk solubilisasi
lemak)
• Insulator
Triglyceride
Glycerol Fatty Acid Chains
39
Structure of a biological membrane
• A lipid bilayer with associated proteins
40
Steroids
• The carbon skeleton of
steroids is bent to form 4
fused rings
Cholesterol
Cholesterol is the “base
steroid” from which your
body produces other
steroids Estrogen
Testosterone
Estrogen & testosterone

are also steroids
Synthetic Anabolic Steroids are variants of testosterone
41
Protein
• Polimer asam amino, dihubungkan oleh
ikatan peptida
• 20 macam asam amino pembentuk
protein
ASAM AMINO
• Building blocks (penyusun makromolekul

proteins)
• Rantai sampingnya menentukan sifat

kimia masing2 asam amino) dan
menentukan struktur pelipatan protein
dan fungsi biologinya.
Fungsi Protein
• Pembangun struktur tubuh (protein
struktural): keratin, kolagen, elastin
• Enzim: amilase, protease, lipase, fosforilase
• Hormon: insulin, glukagon
• Pertahanan tubuh: immunoglobulin
(antibodi), bisa ular
• Transportasi (protein transport):
hemoglobin, mioglobin, transferin, albumin,
lipoprotein
• Cadangan: ovalbumin, gluten
Proteins as Enzymes
• Enzim mengatur kecepatan reaksi kimia dengan

menurunkan energi aktivasi yang dibutuhkan oleh
suatu reaksi kimia.
• Enzim tidak mempengaruhi kesetimbangan reaksi
• Enzim tidak ikut bereaksi
• Enzim dapat digunakan kembali
44
Nucleic Acids
• Menyimpan informasi genetik untuk membuat semua protein tubuh.
Two types exist --- DNA & RNA
45
Macromolecules
46
Macromolecules
47
• Proses kehidupan
membutuhkan energi
• Energi diperoleh dari
reaksi kimia
• Reaksi kimia dalam sel
hidup banyak melibatkan
enzim
• Reaksi kimia yang terjadi
dalam sel hidup disebut
dengan metabolisme
Metabolisme
ANABOLISME KATABOLISME
Rangkaian reaksi kimia Rangkaian reaksi kimia untuk
untuk mensintesis molekul memecah makromolekul
yang lebih kompleks dari menjadi bentuk yang lebih
molekul yang lebih sederhana
sederhana Reaksi bersifat eksergonik
Reaksi bersifat endergonik
Polymerization Cellular respiration

Photosynthesis C6H1206 + 6O2→ 6CO2 +6H20 +
6CO2 +6H20 + light → C6H1206 + 6O2 ENERGY
ANABOLISME KATABOLISME
• Glukoneogenesis • Rantai Pernafasan

• Glikogenesis (Fosforilasi Oksidatif)
• Pentosa Phosphate pathway • Glikolisis
• Biosintesis asam lemak • Oksidasi beta
• Biosintesis kolesterol • Glikogenolisis
• Ketogenesis
INTERMEDIATE
• Siklus Krebs (Citric Acid Cycle)
Biosintesis Protein
Sintesis protein tergantung dari susunan basa dalam
gen
Terdiri dari 2 proses dasar :
Transkripsi
Translasi
Dilanjutkan dengan proses modifikasi post translasi
sehingga struktur protein menjadi kompleks dan
menentukan fungsi biologisnya.
Metabolisme Purin Pirimidin
Basa nitrogen Purin dan Pirimidin dapat membentuk

kompleks dengan gula ribosa dan fosfat membentuk
nukleotida.
Metabolisme Purin pada manusia menghasilkan asam
urat.
Abnormalitas metabolisme purin dapat menjelaskan
penyakit gout.
Dengan mengetahui metabolisme Pirimidin dapat
dimengerti prinsip pengobatan tumor seperti pada
obat2 metotreksat, dll.
Cakupan Bahasan
Biokimia
• Asam nukleat
Molekul
• Protein
• Karbohidrat
Metabolisme
• Lipid
DAFTAR PUSTAKA
• Berg, J.M., Tymoczko, J.L., and Stryer, L. Biochemistry.
5th edition. Freeman and Co. 453-487
• Koolman J, Roehm KH, 2005, Color Atlas of
Biochemistry, 2nd Ed, New York.
• Murray RK., Biokimia Harper, 27th , EGC, Jakarta
• Pantjita H., Ikhtisar Biokimia Dasar, Balai Penerbit
FKUI, 2002
TERIMAKASIH
BIOKIMIA
Protein & Asam Nukleat
DOSEN PENGAMPU



CENTRAL DOGMA
3/20/2019 Dian_ revised
2
Protein
Polimer asam amino (AA) yang
dihubungkan oleh ikatan peptida
20 macam AA pembentuk protein
10 macam asam amino essensial, 10 macam
asam amino non-essensial
3
Fungsi Protein
Pembangun struktur tubuh (protein struktural):
keratin, kolagen, elastin
Enzim: amilase, protease, lipase, fosforilase
Hormon: insulin, glukagon
Pertahanan tubuh: imunoglobulin (antibodi)
Transportasi (protein transpor): hemoglobin,
mioglobin, transferin, albumin, lipoprotein
Cadangan: ovalbumin, gluten
4
ASAM AMINO
Ada 2 gugus fungsional :
- Amin primer
- Asam karboksilat
Dian_ revised 3/20/2019 6

Asam-asam Amino Penyusun Protein
3/20/2019 Dian_ revised 7

Asam Amino Penyusun
Protein-1
Nama Simbol 3 Huruf Simbol 1 Huruf
Glisin Gli G
Alanin Ala A
Prolin Pro P
Valin Val V
Leusin Leu L
Isoleusin Ile I
Fenilalanin Phe F
Metionin Met M
Serin Ser S
Treonin Tre T
Asam Amino Penyusun
Protein-2
Nama Simbol 3 Huruf Simbol 1 Huruf
Tirosin Tyr Y
Asparagin Asn N
Glutamin Gln Q
Histidin His H
Triptofan Trp W
Sistein Cys C
Asam Aspartat Asp D
Asam Glutamat Glu E
Lisin Lys K
Arginin Arg R
3/20/2019 Dian_revised
8
20 asam amino pembentuk protein
9
Ikatan
peptida
10
Protei
n
Komponen penting/utama dalam sel hewan dan
manusia (dari membran s/d inti)
Merupakan hasil ekspresi informasi genetik
Komposisi: C, H, O, N, S
Unsur tambahan: P, Fe, Zn, Cu
Bila dihidrolisis menghasilkan asam amino α
11
Penggolongan Protein
Protein dapat digolongkan menjadi:
a. Protein sederhana: pada hidrolisis hanya
menghasilkan asam amino
Contoh: enzim ribonuklease, kimotripsinogen
b. Protein konjugat: pada hidrolisis menghasilkan
asam amino dan komponen lain
Contoh: lipoprotein, glikoprotein dan fosfoprotein
12
Penggolongan berdasar
fungsi
1. Protein dinamik
2. Protein struktural
Yang termasuk protein dinamik:

1. Enzim
2. Protein transpor: Hb, lipoprotein, transferin
3. Protein cadangan: ovalbumin, casein, feritin
4. Protein kontraktil: aktin, miosin, tubulin, dinein
5. Protein pengatur: hormon pertumbuhan, insulin, protein G
6. Protein pertahanan: Ig, fibrinogen, trombin, toksin bakteri
Yang termasuk protein struktural: kolagen, elastin, keratin

Penggolongan berdasarkan
konformasinya:
1. Protein Fibrous
2. Protein Globuler
3. Protein Fibrous - globuler
14
Protein
fibrous
Terdiri dari polipeptida yang tersusun sejajar pada sumbu searah
membentuk serat memanjang atau lipatan memanjang.
Kaku, tidak larut air, banyak asam amino
hidrofob
Elemen struktural dasar pada jaringan ikat vertebrata
Contoh Protein fibrous

Kolagen: komponen dari tulang, gigi, tulang rawan, tendon
Keratin: komponen rambut, tanduk
Elastin: pada jaringan ikat kuning di paru- paru, dinding
pembuluh darah.
Protein
globuler
Rantai polipeptida melipat menjadi bentuk lonjong
atau globuler yang kompak
Larut air
Biasanya mempunyai fungsi dinamik dalam sel
Terdiri dari senyawa-senyawa yang sangat beragam
fungsinya
Contoh: enzim, antibodi, albumin, Hb, dll
16
Protein fibrous-
globuler
Bentuk fibrous tetapi larut air
Contoh: miosin, fibrinogen
17
Struktur
Protein
Struktur Primer
Struktur sekunder
Struktur tersier
Struktur kuarterner
18
Struktur Primer
Sekuens asam amino dalam rantai
polipeptida pembentuk molekul
protein
Struktur primer Insulin

Terdiri dari dua rantai:  dan 
Rantai : asam amino
Rantai : asam amino
Struktur
Sekunder -heliks
Putaran atau lekukan berulang
dari rantai polipeptida :
❖ -heliks
❖ -pleated sheet
❖ random coil
-pleated sheet
Struktur
Tersier
• Lekukan, putaran, lipatan khas dari rantai polipeptida
pembentuk molekul protein yang menggambarkan
keseluruhan konformasi dari suatu molekul protein
ribonuklease
Struktur
Kuarterner
• Keseluruhan konformasi dari suatu molekul protein
oligomerik, yang juga menunjukkan bagaimana hubungan
antar rantai polipeptida pembentuk molekul protein
tersebut.
Struktur kwarterner Hb memperlihatkan hubungan antara 4 unit polipeptida

Empat Tingkat Struktur
Protein
23
Ikatan kimia dalam
protein
1. Ikatan kovalen
- Ikatan peptida
- Ikatan disulfida
- Ikatan hidrogen
2. Ikatan ionik
3. Ikatan van der Waals
Denaturasi Protein
Perubahan struktur protein alamiah dapat terjadi pada
struktur sekunder, tersier, kwarterner.
Penyebab denaturasi
1. Suhu
2. Asam dan basa
3. Pengocokan dan pemusingan
4. Penggerusan
5. Radiasi uv
6. Gelombang ultrasonik
7. Senyawa kimia urea dan derivat guanidin
Denaturasi
Protein
Denaturasi : a. Reversibel
b. Irreversibel
• Denaturasi dapat berpengaruh pada: viskositas, ukuran
partikel, kelarutan, ketahanan terhadap aksi enzim
proteolitik, pembentukan atau penghilangan gugus
sulfhidril, hilangnya sejumlah asam amino atau peptida
dengan BM rendah, fungsi biologis protein.
Pemisahan
protein
1. Dialisis memisahkan protein dengan senyawa lain dengan BM
rendah. Protein adalah senyawa dengan BM tinggi.
2. Filtrasi gel
Pemisahan molekul protein berdasarkan ukuran. Protein
besar akan keluar lebih dahulu, protein kecil dapat
terperangkap di pori-pori.
3. Elektroforesis
Pemisahan protein berdasarkan jumlah muatan listrik pada
gugus R,terminal amino dan karboksil
4. Kromatografi pertukaran ion
Pemisahan berdasarkan perbedaan densitas, muatan listrik
protein pada pH tertentu.
ASAM NUKLEAT
(DNA & RNA)

The distribution of nucleic
acids in the
eukaryotic cell
DNA is found in the nucleus with small amounts in
mitochondria and chloroplasts
RNA is found throughout the cell
ASAM
NUKLEAT
DNA
Peran asam nukleat
DNA:
Pembawa informasi genetic untuk sintesis RNA dan protein.
Mengandung segmen yang melakukan regulasi ekspresi gen
(promoter)
RNA:
Messenger RNAs (mRNAs): membawa informasi genetik
dari inti ke sel ribosom
Transfer RNAs (tRNAs): menerjemahkan informasi dalam
mRNA menjadi urutan asam amino.
Ribosomal RNAs (rRNAs): berperan dalam sintesis protein.
RNAs: ada yang berperan sebagai katalisator

Struktur Asam
Nukleat
Nucleic acids are polynucleotides,
their building blocks are nucleotides
Struktur asam nukleat adalah polinukleotida yang merupakan

rantai deoksiribonukleotida/ribonukleotida yang dihubungkan
melalui ikatan 3’ → 5’ fosfodiester.
Komponen asam nukleat terdiri basa nitrogen, gula dan fosfat.
Basa nitrogen terdiri turunan purin dan pirimidin, sedangkan
gula adalah pentosa.
Pada DNA ditemukan basa turunan purin adalah adenin (A) dan
guanin (G), sedangkan turunan pirimidin adalah timin (T) dan
citosin (C).
Pada RNA turunan purin adalah adenin (A) dan guanin (G),
sedangkan turunan pirimidin adalah urasil (U) dan citosin (C).
© 2007 Paul Billiet ODWS

Nucleotides and nucleic acids
Nucleotides are the building blocks of nucleic acids
Nucleotide
RNA DNA
Nucleotides also play other important roles in th e cell

Structure of
nucleosides
Remove the phosphate group, and you have a nucleoside
H
Nukleotida → Nukleosida →
Basa
AMP → Adenosin → basa: adenin
GMP → Guanosin → basa: guanin
IMP → Inosin → basa: hipoxanthin
UMP → Uridin → basa: urasil
TMP → Timidin → basa: timin
CMP → Sitidin → basa: sitosin
BASA NITROGEN
Some minor bases
Fig. 8-5
Fig. 8-5
• 5-Methylcytidine occurs in DNA of animals and higher plants

• N6-methyladenosine occurs in bacterial DNA
Nucleic acids
Nucleotide monomers can be
linked together via a
phosphodiester linkage
formed between the 3'-OH of a
nucleotide
and the phosphate of the next
nucleotide.
Two ends of the resulting poly- or
oligonucleotide are defined:
The 5' end lacks a nucleotide at the 5'
position,
and the 3' end lacks a nucleotide at the 3'
end position.
• Gula fosfat sbg backbone
Struktur primer as nukleat
• Urutan basa sebagai

penentu informasi
genetik
Struktur Sekunder dan
Tersier
• Sugar-phosphate backbone
• Menyebabkan setiap untai DNA berpilin
membentuk heliks atau “tangga spiral”
• Ikatan Hidrogen antar basa

• Basa-basa pada satu untai DNA akan berpasangan
membentuk ikatan hidrogen dengan basa-basa pada
untai DNA komplementernya. Ini menyebabkan
terbentuknya struktur “heliks ganda”.
Base pairing
DNA
strands
• The antiparallel strands of DNA are not
identical, but are complementary.
• This means that they are positioned to
align complementary base pairs: C with
G, and A with T.
• So you can predict the sequence of one
strand given the sequence of its
complement.
• Useful for information storage and
transfer!
• Note sequence conventionally is given
from the 5' to 3' end
Struktur tersier
DNA
Sering ditemukan
secara alamiah
DNA berbentuk
sirkuler (kedua
ujungnya terikat).
DNA yang besar
dapat membentuk
supercoiled.
Bentuk-bentuk
circle dapat
berupa relaxed
circle atau strained
cicle tergantung
dari jumlah
interlinks dan
twist-nya.
RNA has a rich and varied structure
Watson-
Crick base pairs
(helical segments;
Usually A-form). Helix
is secondary structure.
Note A-U pairs in RNA.
DNA can
form
structures
like this as
well.
RNA displays interesting tertiary structure
Single- Yeast tRNAPhe

stranded (1TRA)
RNA
right-
handed Hammerhead ribozyme
helix (1MME)
T. thermophila intron,
A ribozyme (RNA enzyme)
(1GRZ)
Struktur tertier
RNA Molekul RNA
mempunyai ukuran
yang lebih kecil dari
DNA dan biasanya
berupa single stranded.
Tetapi ditemukan juga
pembentukan double stranded
seperti pada transfer
RNA (t-RNA).
Bagian penting dari t-RNA
adalah basa anti kodon yang
berperan dalam pembacaan kodon
pada m-RNA, dan ujung CAA yang
berperan mengikat
asam amino yang sesuai
kodon.
Nucleotide nomenclature
Peran Biomedis
Nukleotida
Koenzim
Donor gugus fosforil, gula, lipid
Second messenger
Kontrol fosforilasi oksidatif
Regulasi alosterik aktivitas enzim
Analog purin dan pirimidin yang mengandung halogen,
tiol, nitrogen lain → kemoterapi, AIDS, penekan respon
imun selama transplantasi organ
TERIMAKASIH
BIOKIMIA
ENZIM
Struktur dan Nomenklatur
DOSEN PENGAMPU



Pendahuluan
Enzim merupakan Katalisator semua proses hidup
(pemecahan makanan, pembentukan protein
membran, DNA, dll)
Enzim menjaga homeostasis tubuh
Kerusakan enzim menyebabkan terganggunya
keseimbangan
Contoh: sirosis hati (amonia gagal diubah menjadi urea
disebabkan karena kerusakan enzim pada siklus urea di
hati)
Enzim Protein
• Massa molekul 10.000 – 2.000.000 Da

• Terdenaturasi oleh suhu & pH ekstrim, logam
berat, garam, pelarut dan pereaksi tertentu
Holoenzim
Apoenzim + Kofaktor = Holoenzim
• Protein tertentu disintesis dan disekresikan sebagai

protein prekursor inaktif → proprotein
• Proprotein enzim → proenzim atau zimogen
• Isozim: Enzim berbeda yang mengkatalisis reaksi
yang sama
Kofaktor
• Koenzim – senyawa non-protein yang

dapat terdialisa, termostabil dan terikat
secara “longgar” dengan bagian protein
dari enzim (apoenzim).
• Gugus prostetik
• Aktivator ion logam - K+, Fe++, Fe+++,
Cu++, Co++, Zn++, Mn++, Mg++, Ca++, dan
Mo+++.
Koenzim
• Molekul organik kecil non-protein: vitamin atau

turunan vitamin (B2, B5, B12, nikotinamida), atau
senyawa lain, misalnya: ATP, NADH, NADPH, FAD,
Koenzim A
• Disebut juga ko-substrat
• Terikat secara reversibel
• Dipergunakan dalam reaksi, misalnya NADH
dikonversi menjadi NAD+ oleh enzim
oksidoreduktase, namun diregenerasi dan kadarnya
dalam sel selalu dalam kesetimbangan
Koenzim
• Fungsi: sebagai transporter gugus kimia

tertentu dari satu reaktan ke reaktan lainnya.
• Gugus kimia yang ditransporkan dapat
berupa gugus sederhana, misalnya (H+ + 2e-)
yang dibawa oleh NAD atau H+ yang dibawa
oleh FAD; namun dapat juga berupa gugus
kompleks, misalnya gugus amin (-NH2) yang
dibawa oleh piridoksal fosfat
Anggota Vitamin B kompleks
yang berperan sebagai koenzim
• Vitamin B2 (Riboflavin): banyak terdapat dalam
makanan. Riboflavin digunakan untuk membentuk
koenzim FAD yang penting dalam reaksi-reaksi yang
menggunakan oksigen di dalam sel
• Vitamin B5 (Asam pantotenat): komponen struktur
koenzim A
• Vitamin B7 (Biotin) → gugus prostetik
• Vitamin B12 (Sianokobalamin)
• Nicotinamida (B3): membentuk bagian struktur NAD
(Nikotinamida Adenin Dinukleotida) dan NADP
(Nikotinamida Adenin Dinukleotida Fosfat) → berperan
penting dalam reaksi oksidasi biologi
Vitamin B2 → FAD
Koenzim A
Sianokobalamin (vit. B12)
NAD = Nikotinamida Adenin
Dinukleotida
NAD+ & NADP+
Adenosin Tri Fosfat (ATP)
Gugus Prostetik
• Merupakan kofaktor yang terikat kuat pada

enzim, dan tidak dilepaskan ketika reaksi
berlangsung
• Contoh: biotin (Vitamin B7), molibdopterin,
lipoamida
Biotin
• Nama lain: Vitamin B7, vitamin H, koenzim R, Biopeiderm

• Larut dalam air, merupakan komponen vit B komplek
• RM: C10H16N2O3S
• Cincin tetrahidroimidizalon (ureido) berikatan dengan cincin
tetrahidrotiofen. Salah satu atom C dalam cincin
tetrahidrotiofen tersubstitusi dengan asam valerat
• Berperan penting a.l. dalam reaksi biosintesis asam lemak,
glukoneogenesis, dan metabolisme leusin
Molibdopterin
• Dalam strukturnya terdapat cincin piranopterin yang

terkoordinasi dengan Mo (molibdenum). Cincin piranopterin
merupakan fusi dari cincin piran dan pterin. Cincin pirannya
tersubstitusi oleh dua gugus tiol dan satu alkil fosfat
• Kofaktor dari berbagai enzim a.l. xanthin oksidase, DMSO
reduktase, sulfit oksidase, dan nitrat reduktase
Kofaktor ion logam
Logam Enzim Peran
Fe Sitokrom oksidase Redoks
Cu Asam askorbat oksidase Redoks
Zn Alkohol dehidrogenase Mengikat NAD
Mn Histidin ammonia liase Pengambilan e
Co Glutamat mutase
Ni Urease
Mo Xanthin oksidase redoks
V Nitrat reduktase redoks
Se Glutation peroksidase
ENZIM
Intraselular Ekstraselular
Enzim Intraseluler
• Glutamic oxaloacetic transaminase (GOT)

• Glutamic piruvate transaminase (GPT)
• Enzim-enzim pada glikolisis
– Heksokinase
– Fosfofruktokinase
• Enzim-enzim siklus Krebs:
– Akonitase
– Isositrat dehidrogenase
– dll
Glikolisis EMP
Glikolisis emp-2
Enzim Ekstraseluler
• Enzim-enzim pencernaan:
– Ptialin
– Pepsin
– Tripsin
– Protease
– Lipase
Penggolongan Enzim
• EC 1. Oksidoreduktase
• EC 2. Transferase
• EC 3. Hidrolase
• EC 4. Liase
• EC 5. Isomerase
• EC 6. Ligase
Penggolongan Enzim
No Klasifikasi Kerja
1 Oksidoreduktase Bekerja pada berbagai gugus kimia untuk

menambahkan atau melepaskan hidrogen
2 Transferase Mentransfer gugus fungsi tertentu dari molekul

donor ke molekul akseptor
3 Hidrolase Menambahkan air/H2O pada suatu ikatan, dan

menghidrolisis ikatan tersebut
4 Liase menguraikan atau membentuk ikatan C-C
5 Isomerase mengubah struktur geometri suatu molekul
6 Ligase menggabungkan dua molekul melalui hidrolisis

ikatan pirofosfat dalam ATP atau senyawa
trifosfat lainnya
Klasifikasi Enzim-1
A. Oksidoreduktase → transfer elektron

1. Oksidase
2. Dehidrogenase
Klasifikasi Enzim
B. Hidrolase → addisi atau pelepasan air

1. Hidrolases: a.l. esterase, amilase, selulase,
nuklease, deaminase, amidase, dan protease
2. Hidrase: a.l. fumarase, enolase, akonitase dan
karbonik anhidrase
Klasifikasi Enzim - lanjutan
C. Transferase → transfer radikal/gugus

1. Transglikosidase – transfer monosakarida
2. Transfosforilase dan fosfomutase – transfer
gugus fosfat
3. Transaminase - transfer gugus amin
4. Transmetilase - transfer gugus metil
5. Transasetilase - transfer gugus asetil
Klasifikasi Enzim - lanjutan
D. Liase → menguraikan atau membentuk

ikatan C-C
– Desmolase
E. Isomerase → mengubah struktur geometri
suatu molekul
– Triosa isomerase
F. Ligase → menggabungkan dua molekul
melalui hidrolisis ikatan pirofosfat dalam ATP
atau senyawa trifosfat lainnya
– DNA ligases
Nomenklatur /
Tata Cara Penamaan
• Dulu: akhiran –ase

• Trivial
• Sekarang: IUBMB
Nomenklatur Enzim
• IUBMB (International Union of Biochemistry and

Molecular Biology)
• Nama enzim menunjukkan baik substratnya
maupun jenis reaksi yang dikatalisisnya (terdiri
dari nama substrat, produk dan kelas fungsional
enzim.
• Contoh 1: enzim uricase nama resminya adalah
urate: O2 oxidoreductase
• Contoh 2: glutamic oxaloacetic transaminase (GOT)
nama resminya adalah L-aspartate: 2-oxoglutarate
aminotransferase (AST)
Nomenklatur Enzim
Contoh Lain
EC 2.7.1.1
• Enzim kelas 2: transferase
• Subkelas ke 7: transfer gugus fosfat
• Sub-subkelas 1: alkohol sebagai aseptor fosfat
• Digit terakhir adalah enzim tersebut yaitu
heksokinase atau ATP: D-heksosa 6-
fosfotransferase, yaitu enzim yang mengkatalisa
transfer gugus fosfat dari ATP ke gugus
hidroksil pada atom karbon ke -6 molekul
glukosa
Penggolongan Enzim
• EC 1. Oksidoreduktase
• EC 2. Transferase
• EC 3. Hidrolase
• EC 4. Liase
• EC 5. Isomerase
• EC 6. Ligase
EC 1. Oksidoreduktase
• EC 1.1. Acting on the CH-OH group of donors

• EC 1.2. Acting on the aldehyde or oxo group of
donors
• EC 1.3. Acting on the CH-CH group of donors
• Dst
EC 1.1. Oxydoreductase
Acting on the CH-OH group of
donors
• EC 1.1.1 With NAD or NADP as
acceptor
– EC 1.1.1.1
– EC 1.1.1.2
– dst
• EC 1.1.2 With a cytochrome as
acceptor
• Dst
Contoh Enzim Redoks
• EC 1.1.1.1 alcohol dehydrogenase

• EC 1.1.1.2 alcohol dehydrogenase (NADP+)
• EC 1.1.1.3 homoserine dehydrogenase
• EC 1.1.1.4 (R,R)-butanediol dehydrogenase
• EC 1.1.1.5 acetoin dehydrogenase
• EC 1.1.1.6 glycerol dehydrogenase
• EC 1.1.1.7 propanediol-phosphate dehydrogenase
• EC 1.1.1.8 glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+)
• EC 1.1.1.9 D-xylulose reductase
• EC 1.1.1.10 L-xylulose reductase
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/
Contoh Enzim Transaminase
• EC 2.6.1.1 aspartate transaminase

• EC 2.6.1.2 alanine transaminase
• EC 2.6.1.3 cysteine transaminase
• EC 2.6.1.4 glycine transaminase
• EC 2.6.1.5 tyrosine transaminase
• EC 2.6.1.6 leucine transaminase
• EC 2.6.1.7 kynurenine—oxoglutarate transaminase
• EC 2.6.1.8 2,5-diaminovalerate transaminase
• EC 2.6.1.9 histidinol-phosphate transaminase
Enzim membantu menegakkan
diagnosis
1. Digunakan di laboratorium untuk menetapkan kadar

suatu substrat
contoh: glukosa oksidase untuk mengetahui kadar glukosa
darah
2. Kadar suatu enzim dalam darah dapat menggambarkan
kondisi organ tempat enzim tersebut berasal.
Contoh : GPT (ALT/alanin amino transferase) kerusakan
sel hati.
TERIMAKASIH
BIOKIMIA
Kinetika Enzim
DOSEN PENGAMPU



Enzim = Biokatalisator
Mempercepat reaksi kimia,

tanpa mengubah reaksi
tanpa mengubah kesetimbangan reaksi
tanpa mengalami perubahan yang permanen
Tahapan Kerja Enzim
Enzim dan substrat harus berada dalam lokasi yg

sama.
Substrat berikatan dengan bagian tertentu enzim

(situs aktif/situs pengikatan): Konformasi molekul
substrat harus “fit” dengan situs aktif enzim. Jika
substrat diumpamakan anak kunci, maka situs aktif
enzim merupakan lubang kuncinya
Tahapan Kerja Enzim
Terjadi proses katalitik → substrat berubah
menjadi bentuk lain
Terjadi pelepasan ikatan antara enzim dengan

“bentuk lain” tersebut
Bentuk lain terlepas sebagai produk
Enzim kembali ke bentuk semula
Reaksi Enzimatis
Reaksi enzimatis
Situs Aktif Enzim
Spesifisitas Enzim
Spesifisitas Enzim
Spesifisitas Absolut - enzim hanya dapat mengkatalisis satu

reaksi.
Spesifisitas gugus – enzim akan bekerja hanya pada senyawa-
senyawa yang memiliki gugus fungsional tertentu, misalnya
gugus amina, fosfat, metil dan lain sebagainya.
Spesifisitas ikatan – enzim akan bekerja hanya pada senyawa-
senyawa yang memiliki jenis ikatan kimia tertentu, tanpa
dipengaruhi oleh struktur molekul secara keseluruhan.
Spesifisitas Stereo-chemical/optik - enzim akan bekerja hanya
pada isomer optis atau isomer steris tertentu.
Mekanisme Reaksi Enzimatis
Penurunan Energi Aktivasi
oleh aktivitas enzim
Faktor yang Mempengaruhi
Kerja Enzim
• Suhu
• pH
• Aktivator
• Inhibitor
• Konsentrasi enzim
• Konsentrasi substrat
Efek pH dan suhu
Activator & Inhibitor
Inhibisi kompetitif
Inhibisi non-kompetitif
Pengaruh konsentrasi enzim
Proportional terhadap
E3
konsentrasi enzim
E2
Kecepatan reaksi
E1
[S] = tetap
Kinetika Enzim
Mekanisme Reaksi Enzimatis
Pada kondisi steady-state

(kecepatan pembentukan {ES} = kecepatan penguraian {ES}
Plot V vs S
• Vmax is maximal rate under saturating [S]
• Km = [S] saat v = ½ Vmax
• Vmax is maximal rate under saturating [S]
• Km, the Michaelis constant, is defined as the
concentration of substrate at which initial rate, v, is
equal to ½ of Vmax
• Thus when v = ½ of Vmax; [S] = Km.
Persamaan Michaelis-Menten
Vmax [S]
v = ----------------
Km + [S]
Plot V vs S
(Michaelis-Menten)
Konstanta Michaelis (Km): konsentrasi substrat dengan vi adalah

1/2Vmax yg dapat dicapai pada konsentrasi tertentu enzim.
Soal-1
Anda adalah seorang peneliti yang sedang mempelajari

karakteristik satu enzim yang baru ditemukan. Untuk itu Anda
mengukur kecepatan reaksi enzimatis pada kadar substrat yang
berbeda. Data yang diperoleh sebagai berikut:
[substrat] Kecepatan awal reaksi

(mM) (mmol/min)
----------------------------------------------------
3,0 10,4
5,0 14,5
10,0 22,5
30,0 33,8
90,0 40,0
120,0 40,0
Soal-1
a) Buat kurva yang menunjukkan hubungan antara

konsentrasi substrat dengan kecepatan reaksi, lalu
tentukan nilai Vmax
b) Hitung Km. Perlihatkan semua persamaan dan
perhitungan yang Anda gunakan.
c) Anda kemudian melakukan eksperimen kedua
terhadap enzim ini menggunakan konsentrasi
enzim yang lebih rendah, yaitu sepertiganya. Buat
kurvanya kembali, dan tentukan nilai Vmax dan Km
dari kurva yang kedua ini.
Plot V vs S
(Michaelis-Menten)
Jawaban
• Km = (approximately) 10mM
• Vmax = (approx) 40 mmol/min
• Km stays the same as in part a, Vmax =
1/3 original → Vmax = (approx) 13
Plot Lineweaver-Burk
Plot 1/v versus 1/[S] menghasilkan kurva garis
lurus, dengan slope adalah Km/Vmax dan intercept
pada ordinat adalah 1/Vmax.
Inhibitor
Inhibitor Type Binding Site on Enzyme Kinetic effect
Specifically at the catalytic site, where it

Vmax is unchanged; Km, as
Competitive competes with substrate for binding in a
defined by [S] required for 1/2
Inhibitor dynamic equilibrium- like process. Inhibition
maximal activity, is increased.
is reversible by substrate.
Binds E or ES complex other than at the

Km appears unaltered; Vmax is
Noncompetitive catalytic site. Substrate binding unaltered,
decreased proportionately to
Inhibitor but ESI complex cannot form products.
inhibitor concentration.
Inhibition cannot be reversed by substrate.
Binds only to ES complexes at locations

Apparent Vmax decreased;
other than the catalytic site. Substrate
Uncompetitive Km, as defined by [S] required
binding modifies enzyme structure, making
Inhibitor for 1/2 maximal activity, is
inhibitor- binding site available. Inhibition
decreased.
cannot be reversed by substrate.
Lineweaver-Burk Plots of Inhibited
Enzymes
Suatu eksperimen dilakukan untuk mempelajari
karakteristik suatu enzim menggunakan enzim
dengan kadar 10-9 M . Data yang diperoleh sebagai
berikut:
Soal-2
Soal-2
a. Hitung nilai Km and Vmax, menggunakan plot

Lineweaver-Burke
b.Apabila eksperimen diulang menggunakan enzim
dengan kadar lima kali lipat, bagaimana
pengaruhnya terhadap nilai Km dan Vmax? Kalau
ada perubahan, hitung nilai Km dan Vmax tersebut
c. Sebuah toksin ditambahkan pada campuran reaksi,
dan diketahui toksin tersebut terikat dengan enzim
pada suatu tempat yang berbeda dengan tempat
pengikatan substrat. Toksin ini tidak menghalangi
ikatan antara substrat dengan enzim, tetapi
menghambat pembentukan produk. Jelaskan apa
pengaruh racun ini terhadap nilai Km dan Vmax
enzim tersebut.
Regulasi Aktivitas Enzim
Dalam Sistem Biologi
Regulasi Aktivitas Enzim
dalam Sistem Biologi
Jumlah molekul enzim:
Kecepatan sintesis dan degradasi
Modifikasi kovalen:
Aktivasi Prekursor/proenzim
Fosforilasi-defosforilasi
Jumlah substrat dan produk

Efisiensi katalisis:
Pengikatan kovalen
Efek alosterik:
Feed back inhibition
Aktivasi prekursor
Regulasi enzim melalui kecepatan
sintesis
Regulasi ekspresi gen akan

mempengaruhi kecepatan dan jumlah
enzim yang disintesis
Pengendalian kecepatan sintesis enzim
berlangsung antara lain melalui sistem
operon
Contoh lac-operon
Regulasi enzim melalui kecepatan
degradasi
Enzim yang mendegradasi enzim → enzim

proteolitik. Kecepatan kerja enzim
proteolitik tersebut akan menentukan
kecepatan degradasi enzim
Kecepatan degradasi enzim dalam sistem
biologis berbeda-beda → half life (waktu
paruh)
Ornithine decarboxylase: t½ dalam sel
mamalia 10 menit
Regulasi enzim (aktivasi-
deaktivasi enzim) melalui
modifikasi kovalen
Modifikasi kovalen dari proenzim yang

inaktif (umumnya proenzim sudah
tersedia → pool koenzim) akan
menghasilkan enzim yang aktif
Kecepatan reaksi modifikasi ini akan
mempengaruhi jumlah enzim yang aktif
di dalam sel/tubuh
Regulasi enzim melalui fosforilasi-
defosforilasi
Feedback Inhibition
Contoh Feedback Inhibition
Efek Allosterik
➢ In feedback inhibition, the allosteric effect

lowers the affinity of the enzyme for its
substrate
Efek Allosterik → Inhibisi non
kompetitif
TERIMAKASIH
BIOKIMIA
Bioenergetika
DOSEN PENGAMPU



Outline sesuai RPKPS
1. Hukum termodinamika
2. Proses transfer energi dari reaksi eksergonik
ke reaksi endergonik
3. Senyawa-senyawa berenergi tinggi
4. Fungsi dan peran ATP
5. Pengantar metabolisme
Pengertian
 Bioenergetika adalah bagian dari biokimia yang
membahas tentang aliran energi di dalam tubuh makhluk
hidup.
 Bioenergetika membahas tentang energi (yang
dibutuhkan atau yang dilepaskan) pada saat pembentukan
atau pemecahan ikatan kimia di dalam molekul yang
terdapat dalam tubuh makhluk hidup.
 Merupakan bidang riset yang mencakup penelitian
tentang berbagai proses seluler, antara lain respirasi sel
dan proses metabolisme lainnya yang melibatkan
penggunaan dan pembentukan energi dalam bentuk
senyawa berenergi tinggi seperti misalnya ATP
Pengertian
• Bioenergetika atau termodinamika biokimia

menerangkan berbagai macam perubahan energi
yang menyertai reaksi-reaksi biokimia
• Bioenergetika atau termodinamika biokimia
memberikan prinsip dasar untuk menjelaskan
mengapa sebagian reaksi dapat terjadi sedangkan
sebagian yang lain tidak.
Energi Bebas (Free Energy)
• ΔG
• Adalah energi yang tersedia untuk melakukan
kerja
• Perubahan energi bebas Gibbs (∆G) adalah bagian
energi dari energi total yang dimiliki sistem, yang
tersedia untuk melakukan kerja — disebut juga
potensial kimia
Entalpi
• ΔH
• panas atau kalor dalam suatu
sistem
Entropi
 ΔS
 Tingkat keacakan/kesembarangan suatu sistem
 Pada saat kesetimbangan tercapai →
ΔS positif → Jika tingkat keacakan suatu sistem bertambah

Pada suhu & tekanan tetap:
▪ Energi bebas : ΔG
▪ Entalpi : ΔH
▪ Entropi : ΔS
ΔG = ΔH - T ΔS
Hukum Termodinamika Pertama
Energi total dalam suatu sistem selalu tetap
➢ Energi tidak dapat dimusnahkan ataupun diciptakan
➢ Energi dapat diinterkonversikan menjadi bentuk
energi lain ataupun menjadi massa
ΔE = EB - EA
➢ Dalam sistem biologis, energi kimia dapat diubah
menjadi energi panas, energi listrik, energi cahaya,
atau energi mekanik.
Hukum Termodinamika Kedua
▪ Dalam suatu sistem yang tertutup entropi akan

selalu meningkat
▪ Reaksi akan berlangsung spontan apabila entropi

dalam sistem meningkat
▪ Entropi maksimum pada saat kesetimbangan

tercapai
Hubungan ΔG dengan
kesetimbangan reaksi
➢ Jika ΔG = 0 → reaksi berada dalam keseimbangan

➢Jika ΔG > 0 → reaksi tidak dapat berlangsung spontan
➢Jika ΔG < 0 → reaksi berlangsung spontan
A+B C+D
K = [C] [D] = Hasil Reaksi

[A] [B] Pereaksi
ΔG = ΔG° + RT ln K (pT konstan)
Jika reaksi berada dalam keseimbangan, K → Keq.
Dalam keadaan setimbang (ekilibrium), ΔG = 0.
Maka: ΔG° = - RT ln Keq
ln x = 2,303 log x
Tetapan keseimbangan suatu reaksi (Keq)

dipengaruhi oleh nilai ΔG°
• ΔG° = ΔG pada konsentrasi pereaksi 1,0 mol/L
• ΔG dapat lebih besar atau lebih kecil dari pada ΔG°,

bergantung pada konsentrasi pereaksi-pereaksi yang
terlibat
Soal-1
Tentukan arah reaksi-reaksi berikut ini apabila

konsentrasi senyawa-senyawa pereaksi berada dalam
keadaan ekimolar dengan senyawa-senyawa hasil
reaksinya.
a. ATP + Kreatin <--------> Kreatin-P + ADP

b. ATP + Gliserol <--------> Gliserol-3-P + ADP
c. ATP + Piruvat <--------> Fosfoenolpiruvat + ADP
Diketahui, energi bebas standar (ΔG°) untuk reaksi

hidrolisis ATP, kreatin fosfat, gliserol-3-fosfat, dan
fosfoenolpiruvat berturut-turut -7,3; -10,3; -2,2 dan -
14,8 Kcal/mol.
Diketahui:
a. ATP ---------> ADP + Pi ΔG° = - 7,3 Kcal/mol
b. C-P ---------> Creatin + Pi ΔG° = - 10,3 Kcal/mol
c. G3P ---------> G + Pi ΔG° = - 2,2 Kcal/mol
d. PEP ---------> piruvat + Pi ΔG° = - 14,8 Kcal/mol

Soal-2
 Katabolisme glukosa merupakan salah satu

mekanisme penting tubuh untuk memperoleh
energi. Jalur biokimia ini diawali dengan reaksi
fosforilasi glukosa menjadi glukosa fosfat, yang
merupakan reaksi pertama dalam jalur glikolisis
 Secara teoritis, sel-sel tubuh dapat melakukan
fosforilasi glukosa langsung dengan fosfat
anorganik (H3PO4/Pi)
Glukosa + Pi → Glukosa-6-P + H2O
ΔG° = +3,3 Kcal/mol
Soal-2
Secara faktual, sel melakukan fosforilasi glukosa

dengan menggunakan ATP, reaksi ini dikatalisis oleh
enzim heksokinase. Hidrolisis ATP menjadi ADP
berlangsung sbb:
ATP + H2O → ADP + Pi
ΔG° = - 7,3 Kcal/mol
Tuliskan persamaan reaksi fosforilasi glukosa dengan
menggunakan ATP tersebut, dan hitung ΔG° nya.
Apakah reaksi fosforilasi glukosa dengan ATP ini
dapat berjalan spontan? Jelaskan
Tipe Reaksi
• Eksergonik: reaksi-reaksi yang melepaskan energi

bebas → yaitu reaksi-reaksi pemecahan atau
oksidasi molekul bahan bakar → reaksi dalam
proses katabolisme
• Endergonik: reaksi-reaksi yang memerlukan
energi bebas → reaksi sintesis → reaksi dalam
proses anabolisme
• Dalam proses biokimia: Reaksi-reaksi
eksergonik selalu dirangkaikan dengan reaksi-
reaksi endergonik
Reaksi endergonik & eksegonik
Reaksi endergonik berjalan terangkai
pada reaksi endergonik
A+B→X→C+D
Reaksi endergonik berjalan dengan
terangkai pada reaksi endergonik
ATP = Adenosin Tri Fosfat
ΔG° hidrolisis
beberapa senyawa organofosfat
ATP berfungsi seperti uang
dalam pertukaran energi sel
►Senyawa berfosfor dengan energi tinggi yang

terbentuk selama katabolisme
►Sebagai senyawa yang dapat mengaktifkan senyawa
lain untuk transformasi kimia selanjutnya
►Senyawa kaya energi yang stabil secara kinetika
– Memiliki potensi mentransfer gugus intermediate
– Penerima gugus intermediate sangat beragam
►Mengubah senyawa berenergi rendah menjadi reaktif
Hidrolisis ATP
merupakan cara mentransfer gugus
►Hidrolisis ATP yang

mendorong reaksi (a)
sebenarnya adalah
transfer gugus fosfat ke
substrat membentuk
senyawa antara (b) yang
meningkat energinya
Zat nutrisi adalah sumber energi yang
“dibakar” di dalam sel
Langkah awal pembakaran glukosa: Glikolisis
►Setengah awal dari jalur 10-langkah adalah

pemecahan glukosa yang berkarbon-6 menjadi 2
senyawa berkarbon-3, membutuhkan energi (2 ATP)
►Setengah akhir adalah langkah-langkah penataan
dan oksidasi senyawa berkarbon-3, menghasilkan
piruvat, 4 ATP, dan senyawa pereduksi (2 NADH)
Glikolisis - Bioenergetika
►5 langkah awal adalah fase persiapan

– Glukosa diaktivasi (2 kali, dengan menambahkan
gugus fosfat dari ATP)
– Pemecahan menjadi dua molekul berkarbon-3,
masing-masing terfosforilasi dan dapat dikonversi
Bioenergetika: - 2 ATP
Glikolisis – Fase Persiapan
Energetika aktual glikolisis
►Catatan: 7 reaksi hampir tidak mengubah energi bebas

(ekuilibrium) – hanya 3 reaksi yang secara energetik tidak
dapat balik.
Balik ke Pengaruh Energetika
Pembebasan energi dalam oksidasi
glukosa terjadi secara bertahap
►Perubahan energi bebas total dalam perubahan glukosa menjadi

CO2 dan H2O adalah sebesar – 2840 kJ/mol
►Setiap langkah oksidasinya hanya menghasilkan ~ 60 kJ/mol
►Hanya cukup untuk membentuk 1 molekul ATP,
►Elektron yang hilang dalam langkah oksidasi tersebut ditransfer
ke molekul koenzim yang memiliki kemampuan membawa
elektron, misalnya NAD+ dan FAD
Bagaimana NAD+ (atau NADP+)
membawa elektron
Turunan Nicotinamide
Adenine Dinucleotide
direduksi dengan
P
penambahan ion hidrida (2
elektron dan 1 proton)
Sebagai koenzim, NAD+ (atau NADP+) memiliki ikatan yang lemah dengan
protein penyusun enzimnya, dan berfungsi sebagai pembawa elektron yang
larut air
Bagaimana Turunan Riboflavin
membawa elektron
Turunan flavin direduksi melalui

penambahan secara bertahap 2
atom hidrogen (2 elektron dan 2
proton)
Sebagai koenzim, molekul ini

terikat kuat dengan kompleks
flavoprotein
Glikolisis - Bioenergetika
►5 langkah selanjutnya adalah fase perolehan

▪ Senyawa berkarbon-3 diaktivasi lebih lanjut (dengan
fosfat anorganik)
▪ Membentuk senyawa berenergi tinggi (1,3 BPG dan PEP)
▪ Energi kemudian dibebaskan ketika senyawa-senyawa
tersebut berkonversi menjadi piruvat oleh enzim
piruvat kinase (4 ATP + 2 NADH)
Bioenergetika: + 2 ATP, + 2 NADH

Glikolisis – Fase Perolehan
6. Gliseraldehida 3-Fosfat
dehidrogenase
7. Fosfogliserat kinase
8. Fosfogliserat mutase
9. Enolase
10. Piruvat kinase
DGo = - 31,4 kJ/mol

Jalur metabolik dan energi
►Nutrien berenergi biasanya tingkat

oksidasinya rendah (bentuk
tereduksi). Contoh: lemak dan
polisakarida.
►Hasil akhir yang habis energinya
memiliki tingkat oksidasi tinggi
(bentuk teroksidasi). Contoh: CO2.
►NADH dan FADH2 adalah senyawa
pereduksi yang dapat mengubah
prekursor berenergi rendah
menjadi makromolekul.
TERIMAKASIH
BIOKIMIA
Oksidasi Biologi,
Rantai Pernafasan & Transfer energi
DOSEN PENGAMPU



Reaksi Redoks
• Melibatkan transfer elektron
– Reduksi : Pengikatan/mendapatkan elektron
– Oksidasi : pelepasan/kehilangan elektron
• Reaksi reduksi selalu berlangsung berpasangan (coupled)

dengan reaksi oksidasi → Reaksi REDOKS
• Higher forms of lives – completely rely on O2 for life processes i.e.
respiration – a process by which cells derive energy with a controlled
reaction between H+ and O2; the end product being water.
• The reactions are catalyzed by a set of enzymes called as Dehydrogenases.
• However there do occur large no. of reactions in living system
without the involvement of molecular O2.
Redox reaction = reduction-oxidation reaction
Several forms of Biological Reduction
1. Gain of electrons
2. Hydrogenation
3. Deoxygenation
Several forms of Biological Oxidation

1. Loss of electrons
2. Dehydrogenation
3. Oxygenation
Transfer elektron
Dapat berlangsung dengan salah satu dari 4 cara berikut:
1. Transfer langsung sebagai e– :
Transfer e – dari Fe2+/Fe3+ ke Cu+/Cu2+ → (Fe2+ + Cu2+ = Cu+
+Fe3+)
2. Transfer sebagai atom H :

AH2  A + 2e - + 2H+ ;
dimana AH2 & A merupakan pasangan redoks konjugat dan
memiliki kecenderungan untuk mereduksi senyawa berikutnya B
(B/BH2 = pasangan redoks) → AH2 + B  A + BH2
Transfer elektron
3. Transfer sebagai ion hidrida (:H- ) yang memiliki 2

elektron : AH + H+  A+ + :H - + H+
4. Kombinasi langsung dengan oksigen molekuler:
A – H + ½ O2  A – OH
A + O2  AO2
Enzim yang Terlibat pada
Reaksi Redoks/Oksidasi Biologi
Dikenal sebagai enzim-enzim Oksidoreduktase
1. Enzim-enzim Oksidase: menggunakan Oksigen sebagai

akseptor elektron
2. Enzim-enzim dehidrogenase (transfer elektron dalam
bentuk ion hidrida (H−) :
a. Aerobik
b.Anaerobik
3. Enzim-enzim Hidroperoksidase: menggunakan H2O2
sebagai substrat
4. Enzim-enzim Oksigenase: transfer langsung O2 ke substrat
Enzim yang Terlibat pada
Reaksi Redoks/Oksidasi Biologi
1. Enzim-enzim Oksidase dan Dehidrogenase berperan dalam
reaksi-reaksi redoks di jalur rantai pernafasan sel (respirasi sel)
2. Hidroperoksidase berperan dalam netralisasi radikal bebas
3. Oksigenase berperan dalam proses biotransformasi
Enzim-enzim Oksidase
• Mengkatalisis transfer elektron (dalam bentuk hidrogen) dari
substrat dengan menggunakan Oksigen sebagai akseptor
elektron → membentuk H2O atau H2O2
Contoh enzim Oksidase
• Sitokrom oksidase → rantai pernafasan

• Glukosa oksidase
• Monoamine oksidase
• NADPH oksidase
• Xanthine oksidase
• L-gluconolakton oksidase
Sitokrom Oksidase
• Mitokondria
• Transfer elektron dari NADH/substrat lain langsung
kepada oksigen membentuk air
• Komponen terminal rantai pernafasan
• Inhibitor: monooksida, sianida, hidrogen sulfida
Enzim-enzim Dehidrogenase
• Disebut juga DHO, adalah enzim yang mengoksidasi substrat dengan
jalan mentransferkan satu atau lebih ion hidrida (H−) ke akseptor
• Ada dua tipe:

1. Enzim-enzim dehidrogenase aerobik (katalisis pelepasan ion hidrida (H−) dari
substrat, menggunakan oksigen sebagai akseptor)
2. Enzim-enzim dehidrogenase anaerobik (katalisis pelepasan ion hidrida (H−) dari
substrat, menggunakan substrat lain selain oksigen sebagai akseptor)
• Menggunakan koenzim – nikotinamida & riboflavin – sebagai pembawa hidrogen

(hydrogen carriers); (umumnya adalah NAD+/NADP+ atau koenzim flavin seperti
misalnya FAD atau FMN)
Dehidrogenase
Contoh Enzim Dehidrogenase
TCA cycle:
• isocitrate dehydrogenase
• alpha-ketoglutarate dehydrogenase
• succinate dehydrogenase
• malate dehydrogenase
Hidroperoksidase
Ada dua tipe : katalase dan peroksidase
• Peroksidase mereduksi H2O2 dengan menggunakan
berbagai senyawa lain sebagai oksidator (akseptor
elektron)
H2O2 + AH2 → 2H2O + A
o Katalase menggunakan H2O2 baik sebagai akseptor
maupun donor elektron
2H2O2 → 2H2O + O2
Oksigenase
Ada 2 jenis oksigenase:

1. Dioksigenase: menginkorporasikan kedua atom Oksigen
kepada substrat
A + O2 → AO2
2. Monooksigenase: menginkorporasikan salah satu atom
Oksigen kepada substrat, dan satu atom Oksigen lainnya
direduksi menjadi air
A – H + O2 + ZH2 → A – OH + H2O + Z
Dioksigenase
(Oksigen transferase)
• Adisi 2 atom oksigen molekuler (O2) ke atom karbon &

nitrogen suatu senyawa organik
• Contoh:
– Indolamine-2,3-dioxygenase
– 3-hydroxy-2-methylpyridinecarboxylate dioxygenase
– Cysteine dioxygenase
– Pyrimidine-deoxynucleoside 1'-dioxygenase
Monooksigenase = Mixed Function Oxidase
• Transfer 2 elektron secara sekuensial dari NADH/NADPH
ke salah satu atom oksigen dari O2 membentuk H2O dan R-
OH
NADH + (1/2) O2 + H+ -----> NAD+ + H2O
R-H + (1/2) O2 -------------> R-OH

Contoh Enzim Monooksigenase
• Sitokrom P450 (CYP)

• Steroid-21-monooksigenase
• Skualen monooksigenase
• Fenilalanin monooksigenase
• Tirosin-3-monooksigenase
Salah satu contoh proses Oksidasi Biologi
adalah
Rantai Pernafasan
• Oksidasi bahan makanan seperti asam lemak, asam amino,
glukosa, selain menghasilkan asetil ko A, ATP secara
langsung, juga menghasilkan sejumlah reducing equivalent
(ekuivalen pereduksi)
• Ekuivalen pereduksi adalah elektron atau atom hidrogen.

Biasanya terikat dengan koenzim NAD (Nikotinamid Adenin
Dinukleotida) atau FAD (Flavin Adenin Dinukleotida)→
sehingga sering ditulis :NADH + H atau FADH2
MAKANAN
ASAM
LEMAK
PEN
LEMAK CER
NA GLISEROL
AN
&
PE
NYE
KARBO RAP GLIKOLISIS ASETIL
GLUKOSA
AN KO A
HIDRAT
MA
KAN
AN
ASAM
PROTEIN AMINO SITOSOL
O2
ATP
ASETIL SIKLUS RANTAI

KO A 2H PERNAFASAN H2O
KREBS
ADP
MITOKONDRIA
• Ekuivalen pereduksi ini terkumpul dalam matriks mitokondria
• Di dalam mitokondria ekuivalen pereduksi mengalir melalui beberapa

kompleks protein enzim (mitochondrial electron transport protein)
Rantai Pernafasan
• Rantai Transport Elektron
• Fosforilasi oksidatif
• Aliran elektron bergerak dari senyawa dengan potensial
redoks yang lebih rendah (NADH+H+ dan ubikinon) ke O2
yang potensial redoksnya lebih tinggi
Pernyataan tsb dikenal dengan Rantai pernafasan
• Pada akhirnya aliran elektron mengakibatkan terbentuknya

sejumlah energi yang digunakan untuk sintesis ATP melalui
fosforilasi ADP sehingga proses ini disebut juga dengan
fosforilasi oksidatif
Komponen Rantai Pernafasan
• NADH dehydrogenase (complex I)
• Succinate coenzyme Q reductase (complex II)
• Coenzyme Q (CoQ) (also called ubiquinone)
Transport Elektron
• Cytochrome bc1 complex (complex III)
• Cytochrome c (Cyt c)
• Cytochrome oxidase (complex IV)
Fosforilasi oksidatif
• ATP Synthetase (Complex V)
Mitochondrial redox carriers
Dimanakah proses fosforilasi oksidatif terjadi?
Mitokondria
• Membran mitokondria terdiri

dari 2 lapis luar dan dalam.
Membrannya berlipat-lipat
(krista) sehingga
permukaannya lebih luas.
• Mitokondria dikenal sebagai
power house karena disinilah
pembentukan ATP terbesar
terjadi.
• Proses2 yang terjadi di
mitokondria adalah :
Fosforilasi oksidatif, siklus
krebs dan oksidasi asam
lemak
• Pada saat elektron mengalir melalui kompleks protein, maka sejumlah
proton (H+) dipompakan ke dalam ruang antar membran dalam dan luar
(intramembrane space) mitokondria, sehingga terjadi perbedaan
konsentrasi proton.
• Pada suatu saat proton di ruang antar membran ini kembali ke matrix
mitokondria menghasilkan energi yang mampu menggerakkan ATP
synthase
• Model penggabungan aliran elektron dengan produksi ATP seperti ini

disebut :
chemiosmotic coupling
Prinsip Teori Chemiosmotic pada fosforilasi oksidatif
• Pada saat elektron

bergerak di sepanjang
rantai terdapat energi
yang dilepaskan. Energi
tersebut digunakan untuk
memompa proton (H+)
keluar dari matriks
mitokondria. Pada suatu
saat akan terjadi
perbedaan elektrokimia
antara kedua sisi
membran dalam
mitokondria. Akibatnya
proton akan kembali
kebagian dalam melalui
saluran ATP sintase dan
mensintesis ATP
• Dari mana elektron-elektron tersebut
berasal?
Elektron (e-) atau ekuivalen pereduksi (H+)
berasal dari oksidasi bahan makanan melalui
jalur :
- glikolisis,
- oksidasi asam lemak,
- katabolisme kerangka karbon as. amino
- siklus krebs.
• Siapa yang membawa elektron2 tersebut
mengalir?
Pembawa elektron tersebut adalah :
1. NAD (Nikotinamid Adenin Dinukleotida)
2. FMN (Flavin Mono Nukleotida)
3. Ubikinon atau koenzim Q
4. Pusat besi sulfur (FeS)
5. Sitokrom
6. Tembaga pada sitokrom aa3
Aliran Transport Elektron
Inhibitor Rantai Pernafasan
Name Function Site of Action

Rotenone e- transport inhibitor Complex I
Amytal e- transport inhibitor Complex I
Antimycin A e- transport inhibitor Complex III
Cyanide e- transport inhibitor Complex IV
Carbon Monoxide e- transport inhibitor Complex IV
Azide e- transport inhibitor Complex IV
2,4,-dinitrophenol Uncoupling agent transmembrane H+ carrier
Pentachlorophenol Uncoupling agent transmembrane H+ carrier
OSCP fraction of ATP
Oligomycin Inhibits ATP synthase
synthase
Transfer Energi
• Reaksi eksergonik adalah reaksi yang mengeluarkan
energi. Biasanya reaksi katabolisme
(penguraian/pemecahan molekul-molekul besar) bersifat
eksergonik.
• Reaksi endergonik adalah reaksi yang membutuhkan

energi. Biasanya reaksi anabolisme (pembentukan/sintesis
molekul-molekul besar) bersifat endergonik.
• Total rangkaian Katabolisme + anabolisme = Metabolisme
Dian Ratih L, Biokimia 37

Bagaimana caranya energi dari reaksi eksergonik itu
dipindahkan/ditransfer untuk reaksi endergonik?
1. Melibatkan zat antara

A+C→I→B+D
I = zat antara
Contoh : reaksi dehidrogenasi dan hidrogenasi.
AH2 Pembawa BH2
A Pembawa-H2 B
2. Melalui pembentukan senyawa berenergi tinggi.

Hidrolisis ATP
merupakan cara mentransfer gugus
►Hidrolisis ATP yang mendorong

reaksi (a) sebenarnya adalah
transfer gugus fosfat ke
substrat membentuk senyawa
antara (b) yang meningkat
energinya
Pembentukan senyawa berenergi tinggi
A
D
E
Energi bebas
~E
B C
C
Senyawa berenergi tinggi (lambang ~ E) memperantarai

pemindahan energi dari reaksi eksergonik (A → B) ke
reaksi endergonik (C →D).

1 Proses sintesa
2 Kontraksi otot
Reaksi eksergonik ~ E Proses endergonik
3 Eksitasi sel syaraf
4 Transpor aktif
◼ Contoh proses eksergonik dalam tubuh

1. glikolisis
2. Oksidasi asam lemak
3. Fosforilasi oksidatif
4. Siklus asam sitrat
Dian Ratih L, Biokimia
41
Senyawa berenergi tinggi
1. Golongan senyawa fosfat :
- Fosfoenol piruvat (PEP)

- Karbamoil fosfat
- 1,3 bisfosfogliserat (1,3 BPG)
- Kreatin Fosfat
- ATP
- ADP

2. Golongan non fosfat
- KoA – SH
- Asil Carrier protein (ACP)
- S – adenosil metionin

• Posisi ATP yang nilai G
nya berada di tengah,
memungkinkan ATP
memainkan peranan
penting dalam
pengalihan energi.

Peranan siklus ATP/ADP pada
pemindahan fosfat berenergi tinggi
• ADP menangkap fosfat
berenergi tinggi yang berasal
dari reaksi2 eksergonik (PEP,
suksinil ko A, 1,3 BPG dan
fosforilasi oksidatif) dan
membentuk ATP. ATP juga
dapat terbentuk dari hasil
pemecahan kreatin P pada otot.
• Energi yang dikandung ATP
digunakan kembali untuk
menggerakkan proses
endergonik (Fosforilasi,
aktivasi, dll)
Dian Ratih L, Biokimia
45
Sumber senyawa berenergi tinggi
1. Fosforilasi oksidatif (rantai pernafasan): ATP

2. Glikolisis: PEP, 1,3 BPG
3. Siklus asam sitrat: suksinil ko A
4. Fosfagen (simpanan fosfat berenergi tinggi) yaitu : kreatin
fosfat, arginin fosfat

Jalur metabolik dan energi
►Nutrien berenergi biasanya tingkat

oksidasinya rendah (bentuk
tereduksi). Contoh: lemak dan
polisakarida.
►Hasil akhir yang habis energinya
memiliki tingkat oksidasi tinggi
(bentuk teroksidasi). Contoh: CO2.
►NADH dan FADH2 adalah senyawa
pereduksi yang dapat mengubah
prekursor berenergi rendah
menjadi makromolekul.
• SEKIAN

LATIHAN SOAL
Fosforilasi Oksidatif & Bioenergetika

TERIMAKASIH
BIOKIMIA
Metabolisme Karbohidrat
DOSEN PENGAMPU



JADWAL KULIAH BIOKIMIA TA 2019-2020
1 5,6,7 METABOLISME KARBOHIDRAT YS
Mei 1. Macam2 jalur metabolisme karbohidrat
2. Proses glikolisis aerob dan anaerob
3. Menghitung jumlah ATP yang dihasilkan dikaitkan dengan siklus Krebs dan fosforilasi
oksidatif
4. Glikogenesis dan glikogenolisis, enzim fosforilase dan glikogen sintase
5. Glukoneogenesis, enzim-enzim yang irreversibel
6. Fungsi dari jalur pentosa fosfat dan kaitannya dengan sintesis asam lemak
2 12,13, METABOLISME LEMAK YS
15 Mei 1. Pencernaan lemak
2. Transpor lipid dalam darah / fungsi lipoprotein
3. sintesis asam : prekursor kaitannya dengan glikolisis
4. oksidasi asam lemak : Menghitung jumlah ATP yang dihasilkan dan
membandingkannya dengan glikolisis
5. ketogenesis : kaitannya dengan oksidasi asam lemak, manfaat dan akibatnya
6. metabolisme asam lemak tidak jenuh : proses penambahan ikatan rangkap dan
elongasi asam lemak.(membuat DHA dari asam lemak essensiat linolenat)
3 19,20, METABOLISME ASAM AMINO MD

29Mei 1. sintesis asam amino non essensial dari senyawa antara dalam siklus krebs, piruvat
dan asam amino lain
2. prinsip katabolisme asam amino : katabolisme Nitrogen dan rangka karbon
3. Siklus Krebs sebagai jalur amfibolisme
4. katabolisme nitrogen amino mulai dari reaksi transaminasi, deaminasi oksidatif dan
sintesis urea
6. Beberapa inborn error of amino acid metabolism terutama Phenylketonuria
JADWAL KULIAH BIOKIMIA TA 2018-2019
4 2,3,5 METABOLISME PURIN PIRIMIDIN MD
Juni 1. tahap-tahap biosintesis de novo purin dan pirimidin
2. Biosintesis pirimidin dan konsep obat antikanker
3. reaksi penyelamatan: salvage pathway
4. Reaksi salvage pathway, enzim yang terlibat dan manfaatnya
5. membandingkan katabolisme purin dan pirimidin
6. penyakit gout akibat penumpukan katabolit purin
5 9,10, Metabolisme XENOBIOTIK YS
12 Juni
6 16,17, DISKUSI dan LATIHAN SOAL MD
19 Juni
Metabolisme
• Proses perubahan atau reaksi

kimiawi yang terjadi pada
senyawa-senyawa kimia yang
terdapat dalam tubuh makhluk
hidup
METABOLISME
KATABOLISME ANABOLISME
Katabolisme
Metabolisme Karbohidrat
• Glikolisis • Glikogenesis
• Siklus Krebs • Glukoneogenesis
• Rantai pernafasan
• HMP Shunt/PPP
• Glikogenolisis
Glikolisis EMP
(Embden-Meyerhof
Pathway)
Glikolisis EMP
► 5 langkah awal adalah fase

persiapan
– Glukosa diaktivasi (2 kali,
dengan menambahkan
gugus fosfat dari ATP)
– Pemecahan menjadi dua
molekul berkarbon-3,
masing-masing terfosforilasi
dan dapat dikonversi
Bioenergetika: - 2 ATP
Glikolisis EMP-2
► 5 langkah selanjutnya adalah

fase perolehan
▪ Senyawa berkarbon-3 diaktivasi
lebih lanjut (dengan fosfat
anorganik)
▪ Membentuk senyawa berenergi
tinggi (1,3 BPG dan PEP)
▪ Energi kemudian dibebaskan
ketika senyawa-senyawa
tersebut berkonversi menjadi
piruvat oleh enzim piruvat
kinase (4 ATP + 2 NADH)
Bioenergetika:
+ 2 ATP, + 2 NADH
Reaksi Glikolisis
Metabolisme Fruktosa
Metabolisme Galaktosa
3 kemungkinan proses piruvat
selanjutnya
1. Bila tidak tersedia oksigen maka piruvat di

konversi menjadi laktat, proses ini disebut
glikolisis anaerob
2. Bakteri anaerob dapat mengkonversi piruvat
menjadi alkohol.
3. Pada kondisi aerobic, piruvat dikonversi menjadi
asetil ko A di mitokondria dengan reaksi
dekarboksilasi oksidatif piruvat menjadi asetil
ko A.
Fermentasi laktat
Fermentasi alkohol
Dekarboksilasi piruvat
aerob
Asetil Ko A Siklus
piruvat krebs
Jalan Biokimia
Asetil Koenzim A
• Dioksidasi lebih lanjut dalam

siklus Krebs
• Prekursor asam lemak
• Prekursor senyawa-senyawa
steroid
• Prekursor senyawa lain yang
diperlukan tubuh
Siklus Krebs (siklus asam sitrat)
Terdiri dari 9 langkah yang pada intinya mengambil asetat dari asetil koA dan
mengubahnya menjadi CO2.
Pada reaksi ini dihasilkan ekuivalent pereduksi (NADH dan FADH2) serta GTP
Reaksi Total
Siklus Krebs
Asetil Ko A + 3NAD+ + FAD + GDP + Pi + 2H2O
2CO2 + 3NADH + FADH2 + GTP + 3H+

NADH dan FADH2 memasuki
FOSFORILASI OKSIDATIF
Untuk setiap :
• 1 molekul NADH yang memasuki rantai
pernafasan, dihasilkan 3 molekul ATP
• 1 molekul FADH2 dihasilkan 2 molekul ATP
Berapa ATP yang dihasilkan dari

oksidasi lengkap 1 molekul
glukosa ?
Bioenergetika
Katabolisme Glukosa
• Glikolisis (4 ATP – 2 ATP + 2 NADH) = 2+2(3)=8
• Dekarboksilasi oksidatif {2 x (1 NADH)} = 2(3)=6
• Siklus Krebs {2 x (3 NADH + 1 FADH+ + 1 GTP)} =
6(3)+2(2)+2(1)=24
Total 38 ATP per mol glukosa

(Oksidasi sempurna)
Fosforilasi Oksidatif
• Tahap terakhir dalam respirasi sel

• Berlangsung “coupling” dengan rantai transfer
elektron
• Generator ATP dari NADH, NADPH, FADH dan
senyawa-senyawa ekivalen pereduksi lainnya
Asam laktat: produk akhir glikolisis
anaerob
Untuk dapat digunakan lagi asam laktat
diangkut ke sel hati via siklus Cori
Fermentasi Jamur
Pentose Phosphate Pathway
(PPP) atau
Hexose Monophosphate
Shunt (HMS)
Pentose Phosphate Pathway (PPP)
Hexose Monophosphate Shunt (HMS)
• Menghasilkan “reducing equivalent” (NADPH)

untuk reaksi reduktif di dalam sel
• Menghasilkan pentosa (ribosa-5 fosfat) yang
diperlukan untuk sintesis nukleotida dan asam
nukleat
• Berlangsung di sitoplasma
PPP-1
PPP-2
Reaksi Total PPP
2 Fructose-6-Phosphate
3 Glucose-6-Phosphate
+ Glyceraldehyde-3-Phosphate
+ 6 NADP+ + 3 H2O
+ 6 NADPH + 6 H+ + 3 CO2
• 6 NADPH → rantai respirasi →
menghasilkan 18 ATP
• 2 Fruktosa-6-fosfat → glikolisis
• Gliseraldehida-3-fosfat → glikolisis
Metabolisme Glikogen
Metabolisme Glikogen
• Glikogen adalah bentuk cadangan karbohidrat

utama, banyak terdapat di hati dan otot.
• Berfungsi menjaga kadar glukosa darah
• Glikogen merupakan polimer bercabang dari
glukosa
• Metabolisme glikogen, meliputi :
– Glikogenolisis
– Glikogenesis
Glikogenolisis
• Pemecahan glikogen menjadi glukosa

• Mempertahankan kadar glukosa darah
• Terutama berlangsung di hati dan otot
• Enzim yang berperan: debranching enzyme dan
glikogen fosforilase.
Glikogenolisis
Glikogenesis
• Pembentukan glikogen dari glukosa

• Glukosa yang masuk ke dalam tubuh sebagian
digunakan untuk pembentukan energi dan
kelebihannya disimpan dalam bentuk glikogen.
• Enzim yang berperan dalam glikogenesis terutama
adalah: glikogen sintase dan branching enzyme (enzim
percabangan)
• Glukosa yang akan diikat dalam molekul glikogen
harus dalam bentuk UDP glukosa
• Note: Uridine diphosphate glucose is a nucleotide sugar; UDP-glucose is a key

intermediate in carbohydrate metabolism. Serves as a precursor of glycogen
Glikogenesis
• Glikogen sintase mengkatalisis pembentukan
ikatan a-1, 4 glikosida antar residu glukosa
Bila sudah terdapat 11 residu, maka akan
terjadi percabangan (ikatan a-1,6-glikosidik)
yang dikatalisis oleh branching enzyme
Glukoneogenesis
• Sintesis karbohidrat (glukosa) dari senyawa-

senyawa bukan karbohidrat
• Substrat: asam laktat, asam piruvat, asam
amino glikogenik, gliserol, asam propionat
Glikoneogenesis
glikoneogenesis
Pengaturan kadar glukosa
• Pengaturan metabolik, yaitu dengan enzim

glukokinase yang memiliki Km yang tinggi
• Pengaturan hormonal yaitu dengan :
– Insulin
– Glukagon
– Hormon lain: hormon pertumbuhan, ACTH,
epinefrin, tiroid
Control:
Feed Back
Inhibition
TERIMAKASIH
BIOKIMIA
Metabolisme Lipid
DOSEN PENGAMPU



RENCANA PROGRAM KEGIATAN PEMBELAJARAN
SEMESTER( RPKPS )
• Pencernaan lemak
• Transpor lipid dalam darah/fungsi lipoprotein
• Sintesis asam lemak: prekursor kaitannya dengan glikolisis
• Oksidasi asam lemak: Menghitung jumlah ATP yang dihasilkan
dan membandingkannya dengan glikolisis
• Ketogenesis: kaitannya dengan oksidasi asam lemak, manfaat dan
akibatnya
• Metabolisme asam lemak tidak jenuh: proses penambahan
ikatan rangkap dan elongasi asam lemak (membuat DHA dari asam
lemak essensial linolenat)
• Proses lipogenesis dan lipolisis
• Menjelaskan proses biosintesis kolesterol, ekskresi dan
transpornya dalam darah.
• Konsep obat antikolesterol
Metabolisme Lipid
• Reaksi kimiawi atau perubahan

kimiawi yang terjadi pada
senyawa-senyawa lipid yang
terdapat dalam tubuh makhluk
hidup
Lipid
• Triasilgliserol (trigliserida = TAG)
• Asam Lemak
• Kolesterol
• Fosfolipid
• dll
Pencernaan lipid
• Lipid yang terdapat dalam makanan sebagian besar
berupa trigliserida
• Pencernaan TAG terutama terjadi dalam usus karena
adanya enzim lipase.
• Hasil akhir pencernaan TAG: asam lemak, gliserol,
monogliserida, digliserida.
Hidrolisis
Ester Gliserol - Asam Lemak
R – COOH
asam lemak
CH2 – CH – CH2
OH OH OH
gliserol
Pencernaan lipid
• Bentuk lipid yang diabsorpsi:
– Asam lemak (70%)
– Monogliserida (20 %)
– Diasilgliserida (DAG), dll (10%)
• Setelah diabsorbsi asam lemak mengalami esterifikasi

kembali menjadi TAG
• Transpor ke seluruh tubuh oleh kilomikron
(lipoprotein)
Lipoprotein
• Kilomikron: disintesis di usus, bertugas mengangkut
lipid terutama TAG dari saluran cerna untuk
ditranspor ke seluruh tubuh
• VLDL: disintesis di hati, bertugas mengangkut lipid
terutama TAG yang berasal dari hati
• LDL: mengangkut lipid terutama kolesterol dari hati
ke jaringan
• HDL: mengangkut lipid terutama kolesterol dari
jaringan ke hati
Lipoprotein
Metabolisme
Lipid
Katabolisme
METABOLISME
KATABOLISME
ANABOLISME
• Oksidasi b as. lemak
• Biosint. Triasilgliserol
• Oksidasi a as. lemak
• Biosint. Asam Lemak
• Oksidasi w as. lemak
• Biosint. Kolesterol
• dll
• dll
OKSIDASI
β ASAM LEMAK
Oksidasi b asam lemak
berlangsung di dalam matriks mitokondria
• Asam Lemak Bebas

ataupun asil Ko A
tidak dapat menembus
membran mitokondria
Transport asam lemak
ke dalam mitokondria
Reaksi Aktivasi dan Transport
Asam Lemak
Asam Lemak + ATP + Koenzim A →Asil KoA + PPi + AMP
Penguraian 1 molekul ATP menjadi AMP,

setara dengan penguraian 2 ATP menjadi ADP
Transport Asam Lemak
1. Aktivasi Asam Lemak menjadi Asil Ko A (enzim:

Asil Ko A sintetase di membran luar
mitokondria, memerlukan 2 ATP per molekul
asam lemak)
2. Asil-KoA diubah menjadi asil-karnitin (oleh
enzim karnitin-palmitoil transferase I di
permukaan dalam membran luar mitokondria)
3. Asil karnitin akan diubah kembali menjadi asil
KoA (enzim: karnitin palmitoil transferase II di
permukaan dalam dari membran-dalam
mitokondria.
Oksidasi b Asam Lemak
Asetil ko A
Oksidasi b Asam Lemak
1. Asil-KoA + FAD+ → trans-enoil-S-KoA + FADH2

(enzim: asil-KoA dehidrogenase)
2. Trans-enoil-KoA + H20 → 3-hidroksi-asil-S KoA
(enzim: enoil-KoA hidratase)
3. 3-hidroksiasil-S-KoA + NAD+ → 3-keto-asil-S-KoA +
NADH + H+ (enzim: 3-hidroksiasil Ko A
dehidrogenase)
4. 3-ketoasil-S-KoA + KoA-SH → 3-keto-asil-S-KoA
(yang sudah berkurang 2 buah atom C nya) + asetil-
KoA (enzim: asetil-KoA asetil transferase)
Hasil akhir oksidasi β: asetil ko A
• Asetil ko A selanjutnya masuk ke dalam siklus

Krebs menghasilkan ATP dan ekuivalen
pereduksi (NADH dan FADH2)
• Ekuivalen pereduksi selanjutnya dioksidasi dalam
rantai pernafasan, menghasilkan ATP
Bioenergetika
Katabolisme Asam Palmitat (16C)
• Aktivasi Asam Lemak -2 ATP

• 7x b-oksidasi (7 x 5 ATP ) + 35 ATP
• 8 Asetil Ko A dioksidasi dalam siklus Krebs
(8 x 12 ATP) + 96 ATP
Total + 129 ATP

Oksidasi asam lemak tak jenuh
Oksidasi asam lemak dengan
jumlah C-ganjil
Benda Keton
Benda Keton
Keton Bodies
• Ketone bodies are produced as by-products when

fatty acids are broken down for energy in the liver
and kidney.
• They are used as a source of energy in the heart
and brain.
• Ketone bodies are transported from the liver to other
tissues, where acetoacetate and beta-
hydroxybutyrate can be reconverted to acetyl-CoA
to produce energy, via the Krebs cycle.
Keton Bodies
• The heart gets much of its energy from ketone bodies,
although it also uses fatty acids.
• In the brain, they are a vital source of energy during fasting.
• The brain gets its energy from ketone bodies when
insufficient glucose is available (e.g., when fasting).
• In the event of low blood glucose, most other tissues have
additional energy sources besides ketone bodies (such as
fatty acids), but the brain does not.
• After the diet has been changed to lower blood glucose for 3
days, the brain gets 30% of its energy from ketone bodies.
After 4 days, this goes up to 70% (during the initial stages the
brain does not burn ketones, since they are an important
substrate for lipid synthesis in the brain). The brain
retains some need for glucose, because ketone bodies can
be broken down for energy only in the mitochondria, and
brain cells' long thin axons are too far from mitochondria.
Ketogenesis meningkat:
Oksidasi asam lemak di hati tinggi (penggunaan

lipid sebagai sumber energi meningkat):
Diabetes tidak terkontrol
Kelaparan
Puasa
Lari maraton
Berlangsung di mitokondria sel-sel hati
Biosintesis
Benda
Keton
Ketosis & Ketoacidosis
• Any production of these compounds is called

ketogenesis, and this is necessary in small
amounts.
• But, when excess ketone bodies accumulate, this
abnormal (but not necessarily harmful) state is
called ketosis. Ketosis can be quantified by sampling
the patient's exhaled air, and testing for acetone by
gas chromatography.
• When even larger amounts of ketone bodies
accumulate such that the body's pH is lowered to
dangerously acidic levels, this state is called
ketoacidosis.
HATI DARAH JAR. EXTRA HEPATIK
Asil-CoA FFA
β Ox Glukosa Glukosa Asil-CoA

Kec
Asetil-CoA urin Asetil – CoA
Benda Keton Benda Keton Benda Keton
TCA TCA
Aseton
Paru-paru
2 CO2 2 CO2
Pembentukan, Penggunaan dan Ekskresi BK

SINTESIS ASAM LEMAK
Lipid di dalam tubuh
• Berasal dari makanan

• Biosintesis:
1. Sintesis de novo
2. Perpanjangan rantai
Biosintesis Asam Lemak
de novo
• Berlangsung di sitosol
• Maksimal 16C
• Enzim acetyl-CoA carboxylase (ACC) dan kompleks
enzim fatty acid sintase
• Kebutuhan akan pereduksi (NADPH) disuplai a.l
dari jalur HMP shunt
• Prekursor:
– Untuk asam lemak genap: asetil Ko A
– Untuk asam lemak ganjil: propionil ko A
Biosintesis Asam Lemak
de novo
• enzim acetyl-CoA carboxylase (ACC)

Kompleks enzim fatty
acid sintase
• Suatu komplek multienzim

• Dimer
• Masing-masing monomer :
– terdiri 7 jenis aktivitas
– mempunyai protein pengangkut gugus asil
yaitu 4 fosfopanthetheine-SH berikatan
dengan residu sistein enzim ketoasil sintase.
HS-Pan- -Cys-SH
1
HS-Cys- -Pan-SH
2
7 jenis reaksi dijalankan oleh 1 kompleks enzim fatty acid sintase
Perpanjangan Rantai
Asam Lemak
• Berlangsung di RE
• Prekursor: asam lemak hasil biosintesis asam
lemak de novo
• Tiap siklus → penambahan 2 C dari malonyl
• Membutuh NADPH sebagai kofaktor (reduktor)
SINTESIS TRIASIL GLISEROL
Biosintesis Triasil gliserol
Lipolisis & Lipogenesis
Jaringan Adiposa
SINTESIS KOLESTEROL
Biosintesis Kolesterol
Biosintesis
Kolesterol
Kolesterol: prekursor
hormon seks & hormon steroid lain
Katabolisme Kolesterol
• Produk akhir penggunaan kolesterol adalah asam-
asam empedu, yang disintesis di dalam hati.
• Sintesis asam-asam empedu merupakan
mekanisme utama ekskresi kelebihan kolesterol.
• Namun demikian, ekskresi kolesterol dalam
bentuk asam-asam empedu ini tidak cukup untuk
mengatasi konsumsi kolesterol yang berlebihan
melalui makanan.
Asam-asam Empedu
• Asam-asam empedu yang paling banyak adalah:

chenodeoxycholic acid (45%) dan cholic acid (31%).
• Asam-asam empedu akan dikonjugasikan dengan
glisin atau taurin (gugus karboksil dengan gugus
hidroksil membentuk ikatan amida) menjadi asam
glikokolat/ glikochenodeoksikolat atau asam
taurokolat/taurochenodeoksikolat, sebelum di
sekresikan ke dalam kanal empedu (bile canaliculi).
Asam-asam empedu
Katabolisme Kolesterol:
Asam-asam Empedu
• Asam-asam empedu dibawa dari hati melalui duktus

empedu ke kantung empedu (gallbladder) untuk
disimpan dan digunakan apabila diperlukan.
• Sebagian besar akan disekresikan ke dalam usus,
untuk membantu emulsifikasi lipid dalam makanan.
• Di dalam usus, residu glisin dan taurin akan
dilepaskan, dan asam-asam empedu diekskresikan
(sebagian kecil) atau direabsorpsi oleh usus dan
dikembalikan ke dalam hati.
• Proses ini disebut Sirkulasi enterohepatik.
Biosintesis asam empedu
Fungsi Fisiologis
Pembentukan Asam-asam Empedu
1. Eliminasi kelebihan kolesterol

2. Mencegah pembentukan batu kolesterol di
dalam empedu
3. Membantu pencernaan dan penyerapan
lemak/lipid makanan
4. Membantu penyerapan vitamin-vitamin ADEK
TERIMAKASIH
BIOKIMIA
Metabolisme Asam Amino
DOSEN PENGAMPU



Protein
hidrolisis
asam amino
Asam amino
Katabolisme asam amino terdiri dari 2 bagian:

1. Katabolisme nitrogen asam amino
2. Katabolisme rantai/rangka karbon
I. Katabolisme Nitrogen Asam Amin
• Tiap hari 1-2% dari total protein dipecah

menjadi asam amino:
– 75-80% dari asam amino untuk sintesis protein
kembali
– 20-25% dibuang nitrogennya dalam bentuk
urea (pada manusia) → biosintesis urea
Biosintesis Urea
• Terjadi di hepar
• Terdiri dari 4 tahap reaksi:
1. Reaksi transaminasi di jaringan
2. Reaksi deaminasi oksidatif di jaringan
3. Transpor ammonia
4. Reaksi2 siklus urea (sintesis urea) di hati
1. Reaksi Transaminasi
GOT = Glutamat Oksaloasetat
Transaminase
GPT = Glutamat Piruvat
Transaminase
2. deaminasi oksidatif
GluDH = Glutamat Dehidrogenase
3. Transaminasi - Deaminasi
4. Siklus Urea
• Dikenal juga sebagai ornithine cycle

• Mengubah ammonia → urea
• Pada mamalia → hanya berlangsung di
hati
Siklus Urea
Reaksi Siklus Urea
Catalyzed
Step Reactant Product Location
by
ctions of cycle:
carbamoyl phosphate +
1 2ATP + HCO3- + NH4+ CPS1 mitochondrial
2ADP + Pi
carbamoyl phosphate +
2 citrulline + Pi OTC mitochondrial
ornithine
citrulline + aspartate + argininosuccinate + AMP +
3 ASS cytosolic
ATP PPi
4 argininosuccinate Arg + fumarate ASL cytosolic
5 Arg + H2O ornithine + urea ARG1 cytosolic
Summary reaction:
2 NH3 + CO2 + 4 ATP + aspartate → urea + fumarate + 4 ADP + 4 Pi
II. Katabolisme Rangka karbon asam
amino
❑conserved as carbohydrate, via

gluconeogenesis → glucogenic amino acids
❑conserved as fatty acid via fatty acid synthesis
pathways → ketogenic amino acids
Glucogenic amino acids
• Their carbon skeletons are degraded to

pyruvate, or to one of the 4- or 5-carbon
intermediates of Krebs Cycle that are
precursors for gluconeogenesis.
• Glucogenic amino acids are the major carbon
source for gluconeogenesis when glucose
levels are low.
• They can also be catabolized for energy or
converted to glycogen or fatty acids for
energy storage.
Ketogenic amino acids
• Their carbon skeletons are degraded to acetyl-

CoA or acetoacetate.
• Carbon skeletons of ketogenic amino acids can
be catabolized for energy in Krebs Cycle, or
converted to ketone bodies or fatty acids.
• They cannot be converted to glucose.
20
Asam amino glikogenik:
• Aspartat • Arginine
• Asparagin • Ornithine
• Glutamat • Prolin
• Glutamin • Cysteine
• Alanine • Histidine
• Glycine
• Serine
Asam Amino Ketogenik
• Leusin
hanya ketogenik
• Lisin
• Isoleusin
• Fenilalanin
• Triptofan
• Tirosin
4 asam amino paling banyak
di dalam tubuh
Katabolisme Glutamin/Glutamat
• Glutaminase is an important kidney tubule enzyme

involved in converting glutamine (from liver and from other
tissue) to glutamate and NH3+, with the NH3+ being excreted
in the urine. Glutaminase activity is present in many other
tissues as well, although its activity is not nearly as
prominent as in the kidney.
glutamine + H2O -------> glutamat + NH3+

Katabolisme Glutamin/Glutamat
• The glutamate produced from glutamine is converted

to a-ketoglutarate (by glutamate dehydrogenase),
making glutamine a glucogenic amino acid.
Katabolisme Asparagin/Aspartat
• Asparaginase is also widely distributed within the

body, where it converts asparagine into ammonia and
aspartate.
• Aspartate transaminates to oxaloacetate , which
follows the gluconeogenic pathway to glucose.
Katabolisme Glutamine/Glutamate
dan Asparagine/Aspartate
• Glutamate and aspartate are important in collecting and

eliminating amino nitrogen via glutamine synthetase
and the urea cycle, respectively.
• The catabolic path of the carbon skeletons involves

simple 1-step aminotransferase reactions that directly
produce net quantities of a TCA cycle intermediate.
Glutamin sintetase &
Glutaminase
glutamate + NH4+ + ATP -------> glutamine + ADP + Pi + H+
glutamine + H2O -------> glutamate + NH3

Katabolisme alanin
• Alanine is also important in intertissue nitrogen transport as
part of the glucose-alanine cycle.
• Alanine's catabolic pathway involves a simple
aminotransferase reaction that directly produces pyruvate.
• Generally pyruvate produced by this pathway will result in the
formation of oxaloacetate, although when the energy charge of
a cell is low the pyruvate will be oxidized to CO2 and H2O via the
PDH complex (reaksi dekarboksilasi oksidatif piruvat) and the
TCA cycle. This makes alanine a glucogenic amino acid.
The glucose-alanine cycle is used primarily as a mechanism for skeletal muscle to eliminate nitrogen while replenishing its
energy supply. Glucose oxidation produces pyruvate which can undergo transamination to alanine. This reaction is catalyzed by
alanine transaminase, ALT (ALT used to be called serum glutamate-pyruvate transaminase, SGPT). Additionally, during periods of
fasting, skeletal muscle protein is degraded for the energy value of the amino acid carbons and alanine is a major amino acid in
protein. The alanine then enters the blood stream and is transported to the liver. Within the liver alanine is converted back to
pyruvate which is then a source of carbon atoms for gluconeogenesis. The newly formed glucose can then enter the blood for
delivery back to the muscle. The amino group transported from the muscle to the liver in the form of alanine is converted to urea in
the urea cycle and excreted.
Katabolisme Glisin
• The main glycine catabolic pathway leads to

the production of CO2, ammonia, and one
equivalent of N5,N10-methyleneTHF by the
mitochondrial glycine cleavage complex.
• Glycine is classified as a glucogenic amino
acid, since it can be converted to serine by
serine hydroxymethyltransferase, and serine
can be converted back to the glycolytic
intermediate, 3-phosphoglycerate or to
pyruvate by serine/threonine dehydratase.
Konversi Glisin → Serin
Katabolisme Serin
1. The conversion of serine to glycine and then

glycine oxidation to CO2 and NH3, with the
production of two equivalents of N5,N10-
methyleneTHF.
2. Serine can be catabolized back to the
glycolytic intermediate, 3-phosphoglycerate,
by a pathway that is essentially a reversal of
serine biosynthesis. However, the enzymes
are different.
3. Serine can also be converted to pyruvate
through a deamination reaction catalyzed by
serine/threonine dehydratase.
Katabolisme Fenilalanin →
Tirosin
PKU (Phenylketonuria)
• Phenylketonuria (PKU) is a disorder that causes a

build up of the amino acid phenylalanine, which is
an essential amino acid that cannot be
synthesized in the body but is present in food.
• Excess phenylalanine is normally converted to
tyrosine, another amino acid, and eliminated from
the body. Without the enzyme that converts it to
tyrosine, phenylalanine builds up in the blood and
is toxic to the brain, causing mental
retardation.
Valine, Leucine and Isoleucine
Catabolism
BCAAs ; essential amino acids
• The catabolism of all three compounds initiates in

muscle and yields NADH and FADH2 which can be
utilized for ATP generation.
• The catabolism of all three of these amino acids uses
the same enzymes in the first two steps. The first step
in each case is a transamination using a single BCAA
aminotransferase, with a-ketoglutarate as amine
acceptor. As a result, three different a-keto acids are
produced and are oxidized using a common branched-
chain a-keto acid dehydrogenase, yielding the three
different CoA derivatives.
Valine, Leucine and Isoleucine
Catabolism
• Subsequently the metabolic pathways diverge,

producing many intermediates. The principal
product from valine is propionylCoA, the
glucogenic precursor of succinyl-CoA.
• Isoleucine catabolism terminates with production
of acetylCoA and propionylCoA; thus isoleucine is
both glucogenic and ketogenic.
• Leucine gives rise to acetylCoA and
acetoacetylCoA, and is thus classified as strictly
ketogenic.
Maple Syrup Disease
• Children with maple syrup urine disease are

unable to metabolize certain amino acids (esp.
BCAA).
• By-products of these amino acids build up,
causing neurologic changes, including seizures
and mental retardation. These by-products also
cause body fluids, such as urine and sweat, to
smell like maple syrup.
Maple syrup urine disease
• The most common defect is in the branched-chain a-keto acid

dehydrogenase. Since there is only one dehydrogenase enzyme
for all three amino acids, all three a-keto acids accumulate and
are excreted in the urine. The disease is known as Maple syrup
urine disease because of the characteristic odor of the urine
in afflicted individuals. Mental retardation in these cases is
extensive.
• Unfortunately, since these are essential amino acids, they
cannot be heavily restricted in the diet; ultimately, the life of
afflicted individuals is short and development is abnormal The
main neurological problems are due to poor formation of
myelin in the CNS.
BIOSINTESIS ASAM AMINO
Asam Amino Essensial
• Valin • Metionin
• Leusin • Treonin
• Isoleusin • Triptofan
• Lisin • Arginin
• Fenilalanin • Histidin
Asam Amino Non Essensial
• Aspartat • Prolin
• Asparagin • Serin
• Glutamat • Tirosin
• Glutamin • Sistein
• Alanin • Glisin
Biosintesis Aspartat dan Glutamat
• Glutamate and aspartate are synthesized from their widely
distributed a-keto acid precursors (a-ketoglutarat/
oksaloasetat) by simple 1-step transamination reactions. The
.
former catalyzed by glutamate dehydrogenase and the latter by
aspartate aminotransferase, AST.
• Aspartate is also derived from asparagine through the action of
asparaginase.
Reactions of glutamate dehydrogenase

Biosintesis Glutamin
Biosintesis Alanin
glutamate + pyruvate <------> a-KG + alanine
glutamate-pyruvate aminotransferase
(also called alanine transaminase, ALT).
. Biosintesis Sistein
RESUME
Deaminasi/Transaminasi
Rangka
Karbon NH3
Siklus Siklus
KREBS Urea
54
Degradasi asam
amino menjadi
piruvat
Degradasi asam amino

menjadi α-ketoglutarat
55
Degradasi
asam amino
menjadi
suksinil-KoA
Degradasi Phenylalanin
e
asam amino
menjadi Tyrosine P- Homogentisate Maleylacetoacetate
fumarat Hydroxyphenylpyruvate
Fumarylacetoacetat
e
Acetoacetate Fumarate
Degradasi asam
amino menjadi
oksaloasetat 56
BIOSINTESIS ASAM AMINO
NONESSENSIAL
SIKLUS KREBS GLIKOLISIS
α-Ketoglutarat Oksaloasetat 3-Fosfogliserat Piruvat
Glutamat Aspartat Serin Alanin
Glutamin Prolin Asparagin Sistein Glisin
ASAM AMINO ESENSIAL
Metionin Fenilalanin
Sistein Tirosin 57
Asam-asam Amino Penyusun Protein

BIOKIMIA
Metabolisme
Purin & Pirimidin
DOSEN PENGAMPU



Basa-basa purin
Adenin = 6-amino purin

Guanin = 2-amino-6-oksi purin
Hipoxanthin = 6-oksi purin
Xanthin = 2,6-dioksi purin
Basa-basa pirimidin
Uracil = 2,4-dioxy pyrimidine

Thymine = 2,4-dioxy-5-methyl pyrimidine
Cytosine = 2-oxy-4-amino pyrimidine
Orotic acid = 2,4-dioxy-6-carboxy pyrimidine
Nukleotida & Nukleosida
Oligonukleotida
Struktur primer as nukleat
(potongan asam nukleat)

METABOLISME
KATABOLISME ANABOLISME
metabolisme
Katabolisme
Purin & Pirimidin
Hidrolisis Asam Nukleat
• Endonuklease: asam nukleat → oligonukleotida
• Eksonuklease/Fosfodiesterase: oligonukleotida
→ nukleotida
• Nukleotidase: nukleotida → nukleosida
• Nukleosidase/nukleosida fosforilase: nukleosida

→basa purin/basa pirimidin + pentosa
Produk akhir
Katabolisme Purin-Pirimidin
• Basa purin asam urat
• Basa pirimidin b-alanin dan b-

aminoisobutirat, NH3 dan CO2.
• Pada beberapa mamalia (sapi, kerbau, kambing, dll)
asam urat diubah menjadi allantoin yang lebih mudah
larut (enzim urat oksidase/uricase/ uratase )
• Amfibi, burung dan reptil sama dengan manusia
mengekskresikan asam urat sebagai produk
katabolisme purin
Oksidasi
Asam Urat
Alantoin
Pada beberapa hewan lain, asam
urat dapat diubah lebih lanjut
menjadi urea atau amonia + CO2
Katabolisme Nukleotida Purin
• Dalam cairan tubuh, asam urat berada dalam
bentuk asam dan garam natrium.
• Na urat lebih mudah larut daripada bentuk
asamnya.
• pH urin normal 5,8, pada pH ini urat yang
dapat larut hanya 15 mg/dL.
• Kristal Na urat pada saluran kemih dapat
ditingkatkan kelarutannya dengan cara
alkalinisasi urin.
Katabolisme pirimidin
Anabolisme
Purin & Pirimidin
Sumber nukleotida
• Makanan
• Salvage pathway
• Biosintesis de novo
Hidrolisis Asam Nukleat
• Endonuklease: asam nukleat → oligonukleotida
• Fosfodiesterase/eksonuklease:
oligonukleotida → nukleotida
Salvage pathway of Purin nucleotides
Ada 2 enzim yang berperan dalam transfer
residu ribosa dari PRPP ke basa purin
(disertai dengan pelepasan PPi)
• Adenine phosphoribosyl transferase:
Adenine + PRPP → adenylate + PPi
• Hypoxanthine-guanine phosphoribosyl
transferase (HGPRT; defective in Lesch-Nyhan
disease)
Hypoxanthine + PRPP → inosinate + PPi

Guanine + PRPP → guanylate + PPi
Biosintesis
de novo
Nukleotida
Purin
Biosintesis PRPP
PRPP synthetase
Asal atom C & N
pada biosintesis purin
Biosintesis Nukleotida Purin
Basa-basa purin
Adenin = 6-amino purin

Guanin = 2-amino-6-oksi purin
Hipoxanthin = 6-oksi purin
Xanthin = 2,6-dioksi purin
Konversi IMP → AMP & GMP
Biosintesis Pirimidin
Pembentukan Karbamoil Fosfat
Pembentukan cincin pirimidin
Basa-basa pirimidin

Biosintesis Nukleotida Pirimidin
Biosintesis CTP (dari UMP)
Biosintesis
CTP (dari
UTP)
Basa-basa pirimidin

Biosintesis dTMP
Metotreksat (4-amino-10-metil folat)
dan Aminopterin (4-amino folat)
sebagai Obat Kanker → Sitotoksik
Disorders of Purine Metabolism
Disorder Defect Nature of Defect Comments
increased enzyme activity

Gout PRPP synthetase hyperuricemia
due to elevated Vmax
enzyme is resistant to feed-

back inhibition
enzyme has increased

affinity for ribose-5-
phosphate (lowered
Km)
loss of feed-back inhibition

Gout PRPP amidotransferase hyperuricemia
of enzyme
Gout HGPRTa partially defective enzyme hyperuricemia
Lesch-Nyhan
HGPRT lack of enzyme see above
syndrome
SCID ADAb lack of enzyme see above
Immunodeficiency PNPc lack of enzyme see above
2,8-dihydroxyadenine
Renal lithiasis APRTd lack of enzyme
renal lithiasis
hypouricemia and xanthine

Xanthinuria Xanthine oxidase lack of enzyme
renal lithiasis
von Gierke's
Glucose-6-phosphatase enzyme deficiency see above
disease
Allopurinol: Obat Gout
• Allopurinol is a substrate for xanthine oxidase, but the product

binds so tightly that the enzyme is now unable to oxidized its
normal substrate. Uric acid production is diminished and
xanthine and hypoxanthine levels in the blood rise. These are
more soluble than urate and are less likely to deposit as crystals
in the joints.
• Another approach is to stimulate the secretion of urate in the
urine.
Disorders of Pyrimidine Metabolism
Disorder Defective Enzyme Comments
Orotic aciduria, orotate phosphoribosyl transferase

see above
Type I and OMP decarboxylase
Orotic aciduria,
OMP decarboxylase see above
Type II
Orotic aciduria
increased mitochondrial carbamoyl phosphate
(mild, no the urea cycle enzyme, ornithine
exits and augments pyrimidine biosynthesis;
hematologic transcarbamoylase, is deficient
hepatic encephalopathy
component)
Transaminase, affects urea cycle

b-aminoisobutyric
function during deamination of a- benign, frequent in Orientals
aciduria
amino acids to of a-keto acids
Allopurinol and 6-azauridine treatments cause

Drug induced orotic acidurias without a hematologic component;
OMP decarboxylase
orotic aciduria their catabolic by-products inhibit OMP
decarboxylase
Soal Latihan:
– Jika sebuah molekul DNA dihidrolisis secara
bertahap sampai menjadi basa purin/pirimidin,
senyawa-senyawa apakah yang diperoleh pada
setiap tahap hidrolisis ? Jelaskan.
– Apa perbedaan antara nukleotida dengan
nukleosida ? Gambarkan struktur sebuah
nukleotida dan sebuah nukleosida!
– Apa pula perbedaan antara basa purin dengan
basa pirimidin ? Gambarlah sebuah basa purin
dan sebuah basa pirimidin yang Saudara
ketahui, dan sebutkan namanya.
PRPP adalah senyawa yang sangat
penting dalam anabolisme atau
biosintesis nukleotida
• Apa kepanjangan dari PRPP? Tuliskan nama
kimianya dengan lengkap.
• Apa fungsi PRPP dalam biosintesis
nukleotida?
• Tuliskan reaksi biosintesis PRPP dari
prekursornya (ribose-5-fosfat), enzim apa
yang mengkatalisis reaksi ini? Menurut
Saudara, reaksi ini (reaksi biosintesis PRPP
dari ribose-5-fosfat) merupakan reaksi yang
menghasilkan energi atau justru
membutuhkan energi ? Jelaskan alasan
Saudara.
• Gambar secara skematis biosintesis de novo untuk
nukleotida purin
• Apa senyawa prekursor awal dari rangkaian reaksi
biosintesis de novo nukleotida purin
• Sebutkan nukleotida purin yang pertama kali
terbentuk dalam rangkaian reaksi biosintesis de
novo nukleotida purin, yang merupakan prekursor
untuk pembentukan AMP dan GMP
• Gambar secara skematis biosintesis de novo untuk
nukleotida pirimidin
• Apa senyawa prekursor awal dari rangkaian reaksi
biosintesis de novo nukleotida pirimidin
• Sebutkan nukleotida pirimidin yang pertama kali
terbentuk dalam rangkaian reaksi biosintesis de
novo nukleotida pirimidin, yang merupakan
prekursor untuk pembentukan nukleotida-
nukleotida pirimidin yang lain
• Nukleotida untuk biosintesis DNA berbeda
dengan nukleotida yang diperlukan untuk
biosintesis RNA. Jelaskan dimana perbedaannya
• Bagaimana membentuk nukleotida-nukleotida
untuk biosintesis DNA
• Susunlah jalur biosintesis nukleotida-nukleotida
purin menggunakan senyawa-senyawa berikut
ini: IMP, PRPP, AMP, GMP dan Ribosa-5-fosfat.
Beri penjelasan secukupnya.
TERIMAKASIH
BIOKIMIA
BIOTRANSFORMATION/
DETOXIFICATION REACTIONS
METABOLISM OF XENOBIOTICS
Biochemistry for Medics http://www.namrata.co/

Xenobiotics
• A xenobiotic (Gk xenos "stranger") is a compound that
is foreign to the body.
Xenobiotics can be-

a) Exogenous- The foreign molecules which are not
normally ingested or utilized by the organism but they
gain entry through dietary food stuffs, or in the form of
certain medicines/drugs used for a therapeutic cause
or are inhaled through environment.
Examples- Drugs, food additives, pollutants,

insecticides, chemical carcinogens etc.
Xenobiotics
Xenobiotics can be-

• b)Endogenous – Though they are not foreign substances
but have effects similar to exogenous xenobiotics. These
are synthesized in the body or are produced as
metabolites of various processes in the body.
Examples-Bilirubin, Bile acids, Steroids, Eicosanoids and
certain fattymetabolites acids.
Xenobiotics
Xenobiotics can produce a variety of biological effects
including:
❑ Pharmacological responses
❑ Activation of Pro-drug
❑ Termination of drug action
❑ Immunological responses
❑ Toxicity
❑ Cancers
❑ Teratogenic
Activation of Pro-drug
L-dopa Dopamine
5
Termination of Drug Action
atropine tropic acid and tropine
6
Some Xenobiotics Are Metabolized
to Carcinogenic Agents
• 3,4-Benzopyrene
• Aflatoxin
• N-Acetylaminofluorene
Metabolites of these agents interact with DNA

7
Small Amounts of Acetaminophen is Converted to the
Reactive Metabolite N-Acetylbenzoquinoneimine
bioactivation
Bioactivation of acetaminophen; under certain conditions, the electrophile N-

acetylbenzoquinoneimine reacts with tissue macromolecules, causing liver necrosis.
8
Thalidomide is a Teratogen
– THALIDOMIDE: Fetal malformations in humans,
monkeys, and rats occur due to metabolism of the
parent compound to a teratogen. This occurs very
early in gestation.
9
Metabolism of Xenobiotics
Metabolism of xenobiotics occurs in two phases-

Phase 1, the major reaction involved is hydroxylation. In
addition to hydroxylation, a wide range of reactions also
take place including-
❑ Deamination,
❑ Dehalogenation,
❑ Desulfuration,
❑ Epoxidation,
❑ Peroxygenation, and
❑ Reduction
Metabolism of Xenobiotics
• Phase 2, the hydroxylated or other compounds produced in

phase 1 are converted by specific enzymes to various polar
metabolites by conjugation with-
❑ Glucuronic acid,
❑ Sulfate, acetate,
❑ Glutathione, or
❑ Certain amino acids, or
❑ By methylation.
Biotransformation/
Detoxification Reactions
❑ All the biochemical reactions involved in the conversion of
foreign, toxic and water insoluble molecules to non toxic,
water soluble and excretable forms are called
Detoxification/Biotransformation reactions
❑ The overall purpose of the two phases of metabolism of
xenobiotics is to increase their water solubility (polarity)
and thus excretion from the body.
❑ In certain situations these reactions may instead increase
the toxicity of a foreign compound, then these are called,
Entoxification reactions
Role of Liver
❑Main organ involved

❑Hepatocytes contain wide variety of enzymes to
process xenobiotics
❑Enzymes are present in cytosol, endoplasmic
reticulum and to lesser extent in other organelles
❑Each enzyme represents a large family of gene
product
❑Each gene product may be induced by different
xenobiotics
First-pass Effect
❖ The first-pass effect is the term used for the hepatic

metabolism of a pharmacological agent when it is
absorbed from the gut and delivered to the liver via the
portal circulation.
❖ The greater the first-pass effect, the less the agent will
reach the systemic circulation when the agent is
administered orally
Drug Metabolism
General
circulation
Dian Ratih/Biokimia D3 16
Hepatic Metabolism
CYPs are found in the smooth endoplasmic reticulum (ER). Hepatocytes contain the full complement of
the major DMEs including cytosolic (e.g. Sulfotransferases, Aldehyde Dehydrogenase, Xanthine Oxidase),
membrane-bound (CYPs, UGTs, FMOs) and Dian mitochondrial
Ratih/Biokimia (e.g.
D3 MAOs) 17
Overview of
biotransformation reactions
❑ Phase 1 reactions can limit the toxicity of a drug.
❑ Phase 1 reactions can also convert xenobiotics from inactive
to biologically active compounds (Metabolic activation). In
these instances, the original xenobiotics are referred to as
"prodrugs" or "procarcinogens.“
❑ Phase 2/conjugation reactions can convert the active
products of phase 1 reactions to less active or inactive species,
which are subsequently excreted in the urine or bile.
❑ In a very few cases, conjugation may actually increase the biologic
activity of a xenobiotic (Metabolic activation).
Biotransformation
Potentially toxic xenobiotic Relatively harmless
Detoxification Metabolic activation
Inactive metabolite Reactive intermediate

Overview of
detoxification reactions
Comparing Phase I & Phase II
Factors affecting
Biotransformation of drugs
❑ Prior administration of the drug or co-administration
of other drugs
❑ Diet
❑ Hormonal status
❑ Genetics
❑ Disease (e.g., decreased in cardiac and pulmonary
disease)
❑ Age and developmental status
❑ Functional status of Liver and Kidney
Phase I Metabolism
Polar groups are exposed on or introduced to a molecule
R ROH R RCOOH
R RSH R RNH 2
Phase 1 reactions - Overview
❖ Phase I reactions include:
❑ Oxidation
❑ Reduction
❑ Hydrolysis reactions
❖ They are also called Hydroxylation reactions since

they introduce or expose a functional group (e.g., -OH)
that serves as the active center for sequential
conjugation in a phase II reaction.
Phase 1 reactions
A) Oxidation
• A large number of foreign substances are destroyed by oxidation
in the body.
• Examples-
❖ Oxidation of methyl group containing compounds
• Methyl group- is oxidized to acid through formation of alcohol
and aldehyde
• CH3 → CH2OH → CHO → COOH

Phase 1 reactions
A) Oxidation
❖ Oxidation of Alcohols- Primary aliphatic and aromatic
alcohols are oxidized to corresponding acids
Methanol → Formaldehyde → Formic acid
Ethanol → Acetaldehyde → Acetic acid
Benzoyl Alcohol → Benzaldehyde → Benzoic acid

Methanol toxicity
❑ Methanol has a relatively low toxicity; metabolized in the liver.
❑ In the first step of degradation, methanol is transformed to
formaldehyde via the enzyme alcohol dehydrogenase (ADH).
❑ Transformation of formaldehyde to formic acid via the enzyme aldehyde
dehydrogenase is faster
❑ The metabolism of formic acid is very slow; thus, it often
accumulates in the body, which results in metabolic acidosis.
❑ The major damage occurs to the optic nerve.
It is an example of Entoxification
Phase 1 reactions
A) Oxidation
Oxidation of Aromatic Hydrocarbons
❖Aromatic hydrocarbons are oxidized to phenolic compounds,
which can further be conjugated with Glucuronic acid or
Sulfuric acid in phase 2 reactions so as to be excreted through
urine.
Benzene Phenol
Phase 1 reactions
A) Oxidation
❖ Oxidation of Aldehydes
Aldehydes are oxidized to corresponding acid. Acid thus formed is further

conjugated in phase 2; e.g.
❑ Benzoic acid is conjugated with Glycine to form Hippuric acid.

❑ This reaction exclusively takes place in liver.
❑ Hippuric acid excretion test is undertaken to determine the
detoxification functions of liver.
Benzaldehyde Benzoic Acid

Phase 1 reactions
A) Oxidation
❖ Oxidation of Anilides
• Anilides are oxidized to corresponding phenols

• e.g.- Acetanilide is a constituent of analgesic drug. It is oxidized in
the body to form p-Acetyl amino phenol.
• Acetanilide → p-Acetyl -Amino phenol

Phase 1 reactions
A) Oxidation
❖ Oxidation of Amines
• Many primary aliphatic amines undergo oxidation to form

the corresponding acids and nitrogen is converted to urea.
• Benzyl amine → Benzoic acid + Urea
• Aromatic amines like Aniline is oxidized to corresponding

phenol.
Phase 1 reactions
A) Oxidation
❖ Oxidation of Sulphur containing compounds
• The sulphur present in organic compounds is oxidized to Sulphate

(SO4-2)
❖ Oxidation of Drugs
• Meprobamate → OH- Meprobamate
• Chloral → Trichloracetic acid

Phase 1 reactions
A) Oxidation
Oxidation of certain compounds may result in the production
of more toxic compounds (Entoxification). Therefore their
formation is prevented.
For example-
Methanol → Formic acid
Halogenated Alcohol → Halogenated Acid
Ethylene Glycol → Oxalic Acid

Phase 1 reactions
B) Reduction
Reduction does not occur extensively in human beings
Examples-
❖ Reduction of Aldehydes
Chloral → Trichloroethanol
Trichloroethanol is excreted after conjugation with D-

Phase 1 reactions
B) Reduction
❖ Reduction of Nitro compounds
• p- nitrobenzene → p-Amino benzene
• p- nitro phenol → p-Aminophenol
p-nitrophenol
Phase 1 reactions
C) Hydrolysis
Certain therapeutic compounds undergo hydrolysis,
• Examples-
• Acetyl Salicylic acid → Acetic acid + Salicylic acid
• Atropine → Tropic acid + Tropine
• Digitalis → Sugar + Aglycone
Phase 1 reactions- Enzymes
❑ Mainly Catalyzed by members of a class of enzymes referred
to as Monooxygenases, Mixed Function oxidases or
Cytochrome P450s.
❑ Other enzymes of significance are-

o Aldehyde and alcohol dehydrogenase
o Deaminases
o Esterases
o Amidases
o Epoxide hydrolases
Enzim yang berperan pada fase 1
Extrahepatic microsomal enzymes

(oxidation, conjugation)
Hepatic microsomal enzymes

(oxidation, conjugation)
Hepatic non-microsomal enzymes

(acetylation, sulfation, GSH,
alcohol/aldehyde dehydrogenase,
hydrolysis, ox/red)
38
Human Phase I Enzymes of
Drug Metabolism
CYP2D6
CYP2E1 CYP3A4/5/7
CYP2E1
CYP2C19
CYP2D6
CYP2C9 CYP2C19
CYP2C9
CYP2C8 CYP2C8
CYP2B6 CYP2B6
CYP2A6 CYP2A6
CYP1B1 CYP1B1
CYP3A4/5/7 CYP1A1/2 CYP1A1/2
others
others epoxide hydrolase
esterases
epoxide hydrolase NQ01
Esterases/amidases DPD
ALDH NQ01 ADH
ADH
DPD ALDH
CYP: cytochrome P450, NQ01: NADPH:quinone oxidoreductase (DT diaphorase); DPD:

dihydropyrimidine dehydrogenase; ADH: alcohol dehydrogenase; ALDH: aldehyde
dehydrogenase Evans and Relling, Science (1999)
Human Phase II Enzymes of
Drug Metabolism
COMT HMT STs
TPMT UGTs
TPMT
COMT
HMT
GST-A
STs
GST-P GST-A
UGTs GST-P
GST-T
GST-M GST-T
GST-M
NAT2 NAT2
NAT1
NAT1 others
others
HMT: histamine methyltransferase; TPMT: thiopurine methyltransferase;
COMT: catechol O-methyltransferase; UGT: Uridine Glucuronosyl-S-Transferases;
ST: Sulfotransferase; GST: Glutathione-S-Transferases
Evans and Relling, Science (1999)
Microsomal Enzyme
Cytochrome P450:
A superstar of xenobiotic metabolism
41
Cytochrome P450 Enzyme system
❑ The reaction catalyzed by a monooxygenase (cytochrome P450)
is as follows:
❑ RH above can represent a very wide variety of xenobiotics,

including drugs (>50%), carcinogens, pesticides, petroleum
products, and pollutants
❑ In addition, endogenous compounds, such as certain steroids,
Eicosanoids, fatty acids, and retinoids, are also substrates.
❑ The substrates are generally lipophilic and are rendered more
hydrophilic by hydroxylation.
Properties of
Human Cytochrome P450s
❑ Involved in phase I of the metabolism of innumerable

xenobiotics
❑ Involved in the metabolism of many endogenous compounds
❑ All are haemoproteins
❑ Exhibit broad substrate specificity, thus act on many
compounds
❑ Extremely versatile catalysts, perhaps catalyze about 60
types of reactions
❑ Basically they catalyze reactions involving introduction of
one atom of oxygen into the substrate and one into water
Properties of
Human Cytochrome P450s (cont’d)
❑ Liver contains highest amounts, but found in most if

not all tissues, including small intestine, brain, and
lung
❑ Located in the smooth endoplasmic reticulum or in
mitochondria (steroidogenic hormones)
❑ In some cases, their products are mutagenic or
carcinogenic
Properties of
Human Cytochrome P450s (cont’d)
❑ 6 CYP specieses are available (minimum)

❑ Many are inducible, resulting in one cause of drug
interactions
❑ Many are inhibited by various drugs or their
metabolic products, providing another cause of drug
interactions
❑ Some exhibit genetic polymorphisms, which can
result in atypical drug metabolism
Alcohol modulates P450 activity
Alcohol – induced toxicity of acetaminophen (Tylenol)

• Acetaminophen in small amounts is metabolized by
glucuronidation and sulfation.
• Larger ingestions result in production of a toxic metabolite N-
acetyl-p-benzoquinoneimine (NAPQI) by P450.
– The NAPQI is normally detoxified by glutathione.
• However, chronic alcoholism depletes glutathione, and also
induces P450 to increase toxicity.
• Thus, previous chronic alcohol ingestion increases the risk for
acetaminophen toxicity.
Smoking modulates P450 activity
• Polycyclic hydrocarbons in cigarette smoke induce the

metabolism of CYP1A substrates as a result of CYP1A
induction
• The average content of CYP1A in the liver biopsies from
smokers (16.3 pmol/mg of protein) was significantly higher
than that from nonsmokers (4.7)
• Theophylline, caffeine, fluvoxamine, clozapine, and
olanzapine clearance is significantly increased in smokers
compared with nonsmokers
Herbal supplements modulate P450
activity
• St. John’s Wort (Hypericum perforatum) extracts,
preparations that are used in the treatment of depression,
inhibit CYP1A2, CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6, and CYP3A4
• Ginseng (CYP1A1, 1A2, 1B1)-inhibition
• The Licorice Root derived Isoflavan Glabridin inhibits P450s
3A4, 2B6, and 2C9
Multiple drug interactions modulate P450
activity
A 63 year old man receiving medication for major depression showed he
boarded a plane in Toronto to fly to London. On arrival he was unrousable.
In his Carry-on bag he had Mefadazone (for depression), Ketoconazole (for
fungal infection) and Triazolam (an antipsychotic also used for insomnia).
All three of these drugs bind to CYP3A4. Ketoconazole inhibits CYP3A4 and
caused the other two drugs to become overdosed during 6 hr flight (sitting
still is a factor).
Ketoconazole
CYP3A4
+ +
Triazolam Mefadazone
Overdose
Non-CYP drug oxidations
• Monoamine Oxidase (MAO), Diamine Oxidase (DAO) - MAO
(mitochondrial) oxidatively deaminates endogenous
substrates including neurotransmitters (dopamine, serotonin,
norepinephrine, epinephrine); drugs designed to inhibit MAO
used to affect balance of CNS neurotransmitters (L-DOPA)
• Alcohol & Aldehyde Dehydrogenase - non-specific enzymes
found in soluble fraction of liver; ethanol metabolism
• Xanthine Oxidase - converts hypoxanthine to xanthine, and
then to uric acid. Drug substrates include theophylline, 6-
mercaptopurine. Allopurinol is substrate and inhibitor of
xanthine oxidase; delays metabolism of other substrates;
effective for treatment of gout.
50
PHASE 2 METABOLISM
A molecule endogenous to the body donates a portion of
itself to the foreign molecule
D+ENDOX DX+ENDO
ENDO = UDP glukuronat, sulfat, glutathion, metil, asetil, asam amino glisin, dll
51
Phase 2 - Conjugation
❑ Conjugation is a process by which the foreign molecules and their

metabolites are coupled with a conjugating agent and are
converted to soluble, non toxic derivatives which are easily
excreted in urine
❑ Conjugation reactions can occur independently or can follow
phase 1 (hydroxylation) reactions
❑ Conjugation takes place primarily in liver but can occur in kidney
also
❑ After conjugation the products are generally rendered non toxic
but in certain conditions they are left unchanged or become more
toxic.
Types of Phase 2 Reactions
1. Glucuronidation
2. Sulfation
3. Acetylation
4. Methylation
5. Conjugation with Amino acids
6. Conjugation with G-SH

1) Glucuronidation
Glucuronidation is the most frequent conjugation reaction.
❑ UDP-glucuronic acid, is the Glucuronyl donor, which is

formed in the uronic acid pathway of Glucose metabolism
❑ Glucuronosyl transferases, present in both the endoplasmic

reticulum and cytosol, are the catalysts.
❑ The glucuronide may be attached to oxygen, nitrogen, or

sulfur groups of the substrates.
1) Glucuronidation
Compounds conjugated with Glucuronic acid are-
1) Bilirubin
2) Aromatic acids- Benzoic acid
3) Phenols, Secondary and Tertiary aliphatic alcohols
4) Antibiotics like Chloramphenicol
5) Hormones- Thyroid hormone, derivatives of
corticosteroids and sex hormone metabolites
6) 2-Acetylaminofluorene (a carcinogen)
7) Aniline
8) Meprobamate (a tranquilizer)
Glucuronidation
Glucuronidation of Bilirubin
UDP- G dehydrogenase
1) UDP Glucose UDP Glucuronic acid
2 NAD+ 2 NADH +2H+

2) UDP Glucuronic acid + Bilirubin
UDP- Glucuronyl
Transferase
Bilirubin Monoglucuronide +UDP
Glucuronidation
Glucuronidation of Bilirubin
Bilirubin Monoglucuronide + UDP Glucuronic acid
UDP- Glucuronyl Transferase
Bilirubin Diglucuronide + UDP
Most of the bilirubin excreted in the bile of mammals is in the form of

bilirubin diglucuronide.
Bilirubin-UGT activity can be induced by a number of clinically useful drugs,

including Phenobarbital.
2) Sulfation
❑ The sulfate donor is adenosine 3'-phosphate-5'-phosphosulfate
(PAPS) this compound is called "active sulfate“
❑ The enzyme is sulfo transferase
❑ Compounds which are conjugated with sulphate are as follows-
o Phenols, Cresols, Indole
o Steroids, Oestrogen and Androgens
o Tyrosine to form Tyrosine-O- Sulphate, which is required for the
formation of Fibrinogen
o Glycosaminoglycans, glycolipids, and glycoproteins
2) Sulfation
Active Sulfate
Phenol Phenyl Sulfuric Acid
Sulfotransferases are localized in the cytosol and transfer sulphate

moiety mainly to OH group. The donor of sulphate is PAPS (Active
sulphate) which is synthesized from 2 mol of ATP and one mol of
sulphate.
3) Acetylation
❑ Acetylation is represented by
• where X represents a xenobiotic.

❑ Acetyl-CoA (active acetate) is the acetyl donor.
❑ These reactions are catalyzed by acetyltransferases present in
the cytosol of various tissues, particularly liver
❑ Polymorphic types of acetyltransferases exist, resulting in
individuals who are classified as slow or fast acetylators, and
influence the rate of clearance of drugs from blood.
❑ Slow acetylators are more subject to certain toxic effects of
drug because the drug persists longer in these individuals.
3) Acetylation
Compounds conjugated by Acetylation-
❑ Sulphanilamide
❑ PABA (Para Amino Benzoic Acid)
❑ Isoniazid
Acetyl co A
Condensing Enzyme
PABA Acetylated PABA

4) Methylation
❑ Methylation is limited in the body
❑ S- Adenosyl Methionine (Active Methionine) acts as a

Methyl group donor
❑ Reactions are called Transmethylation reactions
❑ Enzymes catalyzing the reactions are Methyl transferases

4) Methylation
Compounds conjugated by Methylation are-
❑ Nicotinamide
CH3
Nicotinamide N- Methyl Nicotinamide
❑ p- Methyl Amino Azo benzene

CH3
p- Dimethyl Amino Azo Benzene (Hepatic Carcinogen)
❑ O- Methylation of estrogen, norepinephrine, epinephrine and their

metabolites.
5) Conjugation with Amino acids
1) Conjugation with Glycine
❑ Benzoic acid + Glycine → Hippuric acid
❑ Nicotinamide + Glycine → Nicotinuric Acid
❑ Cholic and deoxy Cholic acid are conjugated to form Glyco

cholic acid and Glycodeoxy cholic acid
2) Conjugation with Cysteine

• A few aromatic compounds are conjugated with Cysteine in
the presence of Acetic acid to form Mercapturic acid
❑ Bromo Benzene + Cysteine + Acetic acid
Bromo phenyl Mercapturic acid
❑ Naphthalene + Cysteine + Acetic Acid
Naphthyl Mercapturic acid

• 3) Conjugation with Glutamine
• Phenyl Acetic acid + Glutamine
Phenyl Acetyl Glutamine
• This reaction is important in patients of Phenyl

ketonuria, since excess of Phenyl acetyl glutamine is
excreted in urine, that imparts a mousy odor to the urine.
6) Conjugation with Glutathione
•
❑ Glutathione (Υ-glutamyl-cysteinylglycine) is a tripeptide consisting
of glutamic acid, cysteine, and glycine
❑ Glutathione is commonly abbreviated GSH (because of the
sulfhydryl group of its cysteine, which is the business part of the
molecule).
❑ A number of potentially toxic electrophilic xenobiotics (such as
certain carcinogens) are conjugated to the nucleophilic GSH in
reactions that can be represented as follows:
where R = an electrophilic xenobiotic.

6) Conjugation with Glutathione
❑The enzymes catalyzing these reactions are called glutathione S-

transferases
❑A variety of glutathione S-transferases are present in human tissue. They

exhibit different substrate specificities and can be separated by
electrophoretic and other techniques.
❑If the potentially toxic xenobiotics were not conjugated to GSH, they
would be free to combine covalently with DNA, RNA, or cell protein and
could thus lead to serious cell damage.
❑GSH is therefore an important defense mechanism against certain toxic

compounds, such as some drugs and carcinogens.
Effects of Xenobiotics
Effects of Xenobiotics
❑ Reactions of activated species of chemical carcinogens with DNA are

of great importance in chemical carcinogenesis
❑ Some chemicals (eg, benzo[α]pyrene) require activation by
monooxygenases in the endoplasmic reticulum to become
carcinogenic (they are thus called indirect carcinogens).
❑ The products of the action of certain monooxygenases on some
procarcinogen substrates are epoxides.
❑ Epoxides are highly reactive and mutagenic or carcinogenic or
both.
❑ Epoxide hydrolase—like cytochrome P450 acts on these
compounds, converting them into much less reactive dihydrodiols.
Summary
❑Xenobiotics are chemical compounds foreign to the body
❑Xenobiotics are metabolized in two phases. The major reaction of
phase 1 is hydroxylation catalyzed by a variety of
monooxygenases, also known as the cytochrome P450s. In phase
2, the hydroxylated species are conjugated with a variety of
hydrophilic compounds such as glucuronic acid, sulfate, or
glutathione. The combined operation of these two phases renders
lipophilic compounds into water-soluble compounds that can be
eliminated from the body.
❑ Xenobiotics can produce a variety of biologic effects, including
pharmacologic responses, toxicity, immunologic reactions, and
cancer.
TERIMAKASIH

Materi Biokimia

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Materi Biokimia

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

BIOKIMIA

Dr. apt. Dian Ratih Laksmitawati, M.Biomed

Dr. apt. Yati Sumiyati, M.Kes

apt. Moordiani, S.F, M.Sc

Isomerisme aldosa-ketosa Isomerisme optikal

- Berdasarkan gugus fungsi -

Suatu glukosa dengan

• Senyawa-senyawa yang sukar

• Lipid sederhana (Simple Lipid)

Tri asil gliserol Lilin/Malam

CH3 - (CH2)13 - O - C - (CH2)14 - CH3

Ester asam lemak dengan alkohol monohidrat yang

• Asam Lemak Tak Jenuh: asam

Asam Lemak Jumlah Formula

CH3 - (CH2)4 - CH = CH - CH2 - CH = CH –

CH3- CH2 - CH = CH - CH2 - CH = CH CH2-

asam linolenat (omega-3, 6, 9)

1. Asam linoleat (18:2 ; Δ9,12): ω6

• Struktur rangka bukan

• Aplikasi dari ilmu kimia untuk mempelajari

• Dapat memberi penjelasan tentang penyebab

1. ILMU FAAL 4. PATOLOGI.

Molekul Biokimia - Biomol

Unit terkecil sistem kehidupan

150-250 nm small bacteria such as Mycoplasma

Mitokondria Tidak ada Ada

Kloroplas Tidak ada Ada pada sel

• Biopolymers - macromolecules created by

Building block Macromolecule

• Senyawa-senyawa yang sukar larut di dalam air, tetapi

Glycerol Fatty Acid Chains

• A lipid bilayer with associated proteins

Estrogen & testosterone

Synthetic Anabolic Steroids are variants of testosterone

• Building blocks (penyusun makromolekul

• Rantai sampingnya menentukan sifat

• Enzim mengatur kecepatan reaksi kimia dengan

Two types exist --- DNA & RNA

Polymerization Cellular respiration

• Glukoneogenesis • Rantai Pernafasan

• Pentosa Phosphate pathway • Glikolisis

• Biosintesis asam lemak • Oksidasi beta

• Biosintesis kolesterol • Glikogenolisis

Basa nitrogen Purin dan Pirimidin dapat membentuk

Dr. apt. Dian Ratih Laksmitawati, M.Biomed

Dr. apt. Yati Sumiyati, M.Kes

apt. Moordiani, S.F, M.Sc

3/20/2019 Dian_ revised

3/20/2019 Dian_ revised

3/20/2019 Dian_ revised

Dian_ revised 3/20/2019 6

3/20/2019 Dian_ revised 7

Yang termasuk protein dinamik:

Yang termasuk protein struktural: kolagen, elastin, keratin

Contoh Protein fibrous

Struktur primer Insulin

Struktur kwarterner Hb memperlihatkan hubungan antara 4 unit polipeptida

3/20/2019 Dian_ revised

(DNA & RNA)

RNAs: ada yang berperan sebagai katalisator

Struktur asam nukleat adalah polinukleotida yang merupakan

© 2007 Paul Billiet ODWS

Nucleotides also play other important roles in th e cell