DNA Barcoding.

Jurnal 1.
DNA Barcoding of Freshwater Fish in SIberut Island, Mentawai, Archipelago, Indonesia.
Metode:
- Pengambilan sampel ikan menggunakan jaring 3-5 mm dan jaring besar berukuran
10-15 mm pada sungai di Pulau Siberut. Ikan yang tertangkap dicatat dan
didokumentasikan karakter morfologinya. Tiap ikan disimpan dalam rencaman 4%
formalin.
- Sampel DNA diisolasi dari jarngan hati tiap ikan, disimpan dalam mikrotube dan
diberikan etanol pro analyst 96%
- Sampel ikan dibilas dengan air mengalir selama 4-6 jam dan direndam dalam alkohol
70% untuk penyimpanan jangka lama.
- Ekstrasi DNA dengan alat KIT Extragene Gene All DNA Mini Kit Prototcol.
- Dilakukan pengecekan kualitas DNA yang telah diisolasi menggunakan elektroforesis
dengan gel agarose 1.2%
- DNA sampel dimplifikasi menggunakan primer foward F1dan primer reverse Fish R1.
- Amplikasi menggunakan PCR untuk gen COI total sebanyak 25 mikrolit yang
tersusun atas komposisi; 11 mikrolit super mix, 3 mikrolit Isolat DNA; 10 mikrolit
DDH2O, dan 0.5 mikrolit primer foward dan primer reverse masing-masing.
- Tahapan PCR terdiri atas denaturasi awal (95C selama 2 menit) dan denaturasi
selanjutnya (94C selama 0.5 menit); annealing (54C selama 0.5 menit) dan extention
(72C selama 1 menit), dan final extention (72C selama 10 menit).
- Fragmen hasil amplifikasi divisualisasi menggunakan sinar UV, dengan gel agarose
2% dan gel stain berupa etidium bromida.
- Hasil PCR dimurnikan dengan Agaose Gel Extraction Kit (Promega)
- Dilakukan sequensing di First Base Malaysia

DNA Barcoding for Identification of Fish Species in The Taiwan Straits