EKSTRASI DNA

Oleh :
Nama : Salman Zaul ‘Ammar
NIM ; B1A021070
Kelompok :1
Rombongan :I
Asisten : Berliana Amelia

KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2023
A. Tujuan

Tujuan dari praktikum Rekayasa Genetika Acara 1 yaitu untuk

mengisolasi DNA genome tanaman
B. Materi

Bahan-bahan yang digunakan pada acara ekstrasi DNA yaitu meliputi

sampel daun kedelai (Glycine max), kit isolasi DNA Pure Genome Tissue
DNA Extraction Kit (Novagen), dengan komposisi (Genome lysis buffer, 2×
Digestion buffer, Protease K, DNA pre-wash buffer, g-DNA wash buffer,
DNA elution buffer), pasir kwarsa, RNAse, dan ddH20.
Alat-alat yang digunakan pada acara ekstrasi DNA yaitu meliputi
mortar dan pestle, mikropipet beserta tip, waterbath, tabung
mikrosentrifugasi, mesin sentrifugasi, freezer, lemari es, parafilm, microtube,
vortex, gelas ukur, masker dan sarung tangan serta alat tulis.
C. Prosedur Kerja

Elution buffer dan Protese K ddipanaskan menggunakan

waterbath dengan suhu 55℃ selama 1 jam.

Sampel daun kedelai ditambahkan 1 sendok teh pasir kwarsa

dan dihaluskan. Kemudian dimasukkan ke dalam microtube dan
ditambahkan H20 (95µL), 2× Digestion buffer (95µL), dan
Protease K (10µL), lalu diinkubasi selama 1-3 jam dengan suhu
55℃.

Ditambahkan 700µL Genomic lysis buffer dan divortex hingga

homogen lalu disentrifugasi dengan kecepatan 10.000rpm
selama 1 menit.

Sebanyak 800µL supernatant diambil dan dipindahkan pada

microtube baru. Kemudian ditambahkan 10µL RNAse lalu
divortex dan selanjutnya diinkubasi selama 3 menit pada suhu
ruang.

Sebanyak 700µL supernatant diambil dan dipindahkan pada

spin column pada collection tube. Kemudian disentrifugasi
dengan kecepatan 10.000 rpm selama 1 menit lalu buang cairan
supernatant-nua.
 Sebanyak 200µL DNA pre-wash buffer ditambahkan pada spin
column lalu disentrifugasi dengan kecepatan 10.000 rpm selama
1 menit lalu buang cairan pada collection tube.

Sebanyak 400µL g-DNA wash buffer ditambahkan pada spin

column diambil dan disentrifugasi dengan kecepatan 10.000
rpm selama 1 menit.

Spin column dipindahkan pada microtube kemudian

ditambahkan DNA elution buffer sebanyak 100µL pada spin
column dan diinkubasi selama 2-5 menit pada suuhu ruang.
Kemudian disentrifugasi dengan kecepatan 10.000 rpm selama
1 menit.

DNA hasil ekstrasi ditutup rapat kemudian dilapisi parafilm dan

disimpan pada suhu -20℃..

D. Hasil dan Pembahasan

Praktikum Rekayasa Genetika Acara 1”Ekstrasi DNA” yaitu bertujuan

untuk mengisolasi DNA genome tanaman. Pada acara ini isolasi DNA
genome menggunakan sampel daun tanaman kedelai (Glycine max) dengan
menggunakan kit isolasi DNA Pure Genome Tissue DNA Extraction Kit
(Novagen). Hasil ekstrasi kemudian dicek kualitasnya menggunakan metode
elektroforesis.

Gambar 1. Hasil Elektroforesis pada DNA Daun Kedelai

 Gambar 1 di atas menunjukkan hasil elektroforesis dari DNA daun tanaman
kedelai. Dari hasil tersebut ukuran pita DNA yang terbentuk baik pada kelompok 1,
kelompok 2, kelompok 3, maupun kelompok 4 memiliki nilai di atas 100bp namun
tidak diketahui secara pasti ukuran aslinya. Menurut Sundari dan Priadi (2019),
Elektroforesis dapat digunakan untuk mengetahui ukuran DNA dengan
menggunakan DNA marker yang sudah diketahui ukurannya. DNA marker ini
berfungsi sebagai pembanding sehingga bisa diketahui perkiraan ukuran DNA
sampel. Berdasarkan pustaka tersebut, maka ukuran pita DNA pada praktikum yang
kami lakukan tidak dapat diketahui secara pasti namun dapat dikatakan memiliki
nilai di atas 100bp dikarenakan posisi pita DNA sampel berada lebih tinggi atau
terletak di atas pita DNA marker ladder yang berukuran 100bp.
Berdasarkan gambar 1 hasil elektroforesis DNA daun kedelai pada kelompok
1 memiliki hasil yang cukup jelas (clear) namaun pada kelompok lainnya (kelompok
2 dan 4) memiliki hasil pita DNA yang berbentuk noda memanjang (smear) atau
bahkan hampir tak terdeteksi (kelompok 3). Dari gambar 1 dapat dikatakan hasil
yang kami peroleh kurang baik. Menurut Sundari dan Priadi (2019), Smear ini dapat
disebabkan DNA mengalami degradasi atau DNA terfragmentasi (tidak utuh).
Dengan demikian, semakin tebal, tegas, dan utuh DNA yang diperoleh akan
membuat kuantitas dari DNA semakin bagus. Sedangkan menurut Tilawah et al.
(2019), faktor mempengaruhi elektroforesis salah satunya yaitu volume sampel hasil
amplifikasi dan volume DNA marker. Volume DNA hasil amplifikasi mempengaruhi
hasil visualisasi pada elektroforesis. Hasil pita DNA yang baik memudahkan dalam
penentuan ukuran DNA hasil amplifikasi. Berat molekul dari suatu fragmen DNA
dapat diperkirakan dengan membandingkan laju migrasinya dengan laju migrasi
fragmen-fragmen DNA yang telah diketahui ukurannya sebagai penanda (DNA
marker atau DNA ladder). Kendala dalam penggunaan DNA marker yang ditemui
dalam elektroforesis adalah separasi fragmen yang kurang baik, fragmen yang tipis
atau kurang tegas dan bentuk fragmen yang tidak lurus (smile effect), sehingga
menyulitkan pembacaan hasil elektroforesis. Hasil fragmen DNA marker yang baik
akan memudahkan pembacaan hasil fragmen DNA yang diamplifikasi.
Referensi :

Sundari, S., & Priadi, B., 2019. Teknik Isolasi dan Elektroforesis Dna Ikan Tapah.
Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur, 17 (2), pp. 87-90. Doi:
http://dx.doi.org/10.15578/blta.17.2.2019.87-90.
Tilawah, S., Sari, R., Apridamayanti, P., 2019. Optimasi Volume DNA Marker dan
Volume DNA Hasil Amplifikasi Gen Tetl Resistensi Antibiotik Tetrasiklin
dari Bakteri Bacillus cereus Pada Pasien Ulkus Diabetik. Jurnal Mahasiswa
Farmasi Fakultas Kedokteran UNTAN, 4(1), pp. 1-7.