Tugas Akhir Modul 6 BIOTEKNOLOGI

Oleh : Titis Permatasari, S.Pd

(201503173893)

Program Profesi Guru Dalam Jabatan Biologi

Universitas Muhammadiyah Jember

2020
 TUGAS AKHIR MODUL BIOTEKNOLOGI

OLEH TITIS PERMATASARI, S.Pd

1. Menurut pendapat anda, jelaskan penemuan yang menjadi milenstone

berkembangnya bioteknologi modern!
Era bioteknologi modern lahir dari penemuan struktur DNA oleh Watson dan Crick pada
tahun 1953, serta teknik DNA rekombinan oleh Cohen dan Boyer. Diikuti dengan
pengembangan kemampuan bakteri yang dapat menerima gen asing, dan memproduksi
protein dari organisme lain, termasuk dari manusia. Ciri era baru bioteknologi ini adalah
kemampuan merubah, bahkan merancang susunan materi genetika suatu organisme, yang
selanjutnya kita kenal dengan istilah populer, rekayasa genetika. James Watson dan Francis
Crick menjelaskan struktur 3 dimensi DNA, menggunakan data difraksi sinar X yang
dikembangkan oleh Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins, hasilnya yaitu DNA memiliki
struktur seperti rantai ganda. Model ini mampu menjelaskan berbagai fenomena terkait
dengan replikasi DNA dan peran DNA dalam pewarisan sifat. Jacob dan Monad (1961)
memperkenalkan konsep operon sementara kohler dan Milestein (1975) memperkenalkan
prinsip hibridisasi sitoplasma dan menghasilkan antibody monoclonal pertama yang
merevolusi prosedur diagnostic.

2. Jelaskan peran plasmid dalam pembentukan DNA rekombinan!

Teknologi DNA rekombinan merupakan teknik penggabungan DNA dari spesies yang
berbeda sehingga akan diperoleh organisme baru dengan sifat-sifat yang diinginkan.
Dengan kemajuan teknologi molekuler ini, perpindahan gen dapat terjadi antar organisme
yang sama sekali tidak berkerabat dekat, misalnya gen manusia dipindahkan ke bakteri atau
gen manusia dipindahkan ke ternak babi dan lain sebagainya (Muladno, 2002).
Kemungkinan memindahkan gen dari satu organisme ke organisme lain merupakan prospek
yang sangat memikat, karena rekayasa genetika dapat mengurangi biaya dan meningkatkan
penyediaan sejumlah besar bahan yang sekarang dipergunakan di dalam kedokteran,
farmasi (Murdiyatmo, 1992), pertanian, dan industri (Prentis, 1990), maupun bidang
kelautan.
Sejumlah vektor dari prokariotik, eukariotik dan vektor sintesis telah banyak digunakan
dalam sistem kloning DNA. Secara garis besar ada 4 vektor yang sering digunakan dalam
proses pengklonan gen (sebagai vektor kloning), yaitu plasmid, fage, kromosom buatan dari
khamir (YAC=yeast artificial chromosome). Penggunaan jenis vektor tergantung dari
tujuan pengklonan. Pembuatan pustaka cDNA biasanya menggunakan plasmid sebagai
vektornya, sedangkan pembuatan pustaka genom yang mengandung fragmen DNA besar
biasanya menggunakan fage, kosmid atau YAC. Karakteristik penting yang harus dimiliki
oleh suatu vektor kloning adalah: (1) stabil dalam sel inang, (2) mengandung gen resistensi
 antibiotik tertentu, sehingga memudahkan seleksi dari gen rekombinan (Artama, 1991), (3)
memiliki titik ori (sebagai titik awal replikasi), sehingga bisa bereplikasi atau multiplikasi
sendiri. Dengan kata lain, plasmid tersebut dapat berbiak autonom (Marx, 1991) serta dapat
mengontrol replikasinya sendiri, (4) memiliki daerah restriksi atau MCS, yang dapat
dipotong dengan enzim restriksi endonuklease tertentu (Artama, 1991), (5) berukuran kecil,
(6) dipotong pada situs tunggal oleh endonuklease restriksi, (7) tidak ditransfer dengan
konjugasi, (8) cirinya dengan mudah dideteksi, dan (9) dengan mudah diisolasi dari sel.
Dari ulasan tersebut dapat kita ketahui bahwa peran plasmid adalah sebagai vector kloninng
yang dapat membawa DNA asing ke dalam sel inang(bakteri rekombinan) dan bereplikasi
pada sel tersebut.

3. Jelaskan perbedaan potensi sel punca embrionik dan sel punca dewasa dalam
dunia kedokteran saat ini?
Pada tahun 2012, seorang peneliti dari Jepang yang bernama Shinya Yamanaka berhasil meraih
hadiah nobel di bidang fisiologi dan obat. Yamanaka menemukan teknologi sel punca
pluripotensi terinduksi (iPS) yang merupakan generasi baru dari teknologi terapi sel punca
yang dapat digunakan untuk pengobatan regenerasi sel dengan cara mengganti sel-sel yang
rusak yang diakibatkan oleh penyakit, seperti jantung, syaraf dan hati. Sel punca embrionik
(embryonic stem (ES) cells) adalah sel punca yang memiliki sifat pluripoten, yang berarti
memiliki kemampuan dapat berubah menjadi sel semua jaringan dan organ tubuh yang juga
mampu dalam memperbaharui dan meregenerasi dirinya sendir Untuk mendapatkan sel
punca embrionik, sel-sel diisolasi dari massa sel bagian dalam dan dikultur secara in vitro.
Sel induk embrional dapat berkembang membentuk berbagai jaringan dan organ. Untuk
mendapatkan sifat sel induk yang memiliki kemampuan berkembang menjadi seluruh sel
tubuh (pluripotensi), harus dilakukan pengambilan sel dari embrio pada fase blastosit (5-7
hari setelah pembuahan) sebelum terjadi proses penempelan pada rahim Para peneliti
meyakini bahwa dengan penggunaan sel punca embrionik untuk terapi dan pengobatan
akan menurunkan angka penderita penyakit degeneratif, seperti penyakit syaraf, jantung
dan hati (Mc Laren, 2001). Di samping itu, pengembangan sel punca embrionik dapat
memiliki manfaat yang lain, diantaranya untuk mencari mekanisme suatu penyakit dan juga
dapat mengurangi penggunaan hewan percobaan dan manusia sebagai objek untuk
pengujian obat secara in vivo (Murnaghan, 2010).
Penelitian teknonologi sel punca sebagai terapi tidak hanya menggunakan sel punca
embrionik. Pengembangan teknologi sel punca dengan menggunakan sel punca dewasa
(adult stem cells) yaitu sel yang berasal dari jaringan dewasa dengan kemampuan
memperbaharui diri dan berdiferensiasi menjadi sel yang sesuai dengan jaringan
asalnya, telah berhasil diterapkan untuk terapi berbagai penyakit dan diperkirakan akan
meraih keberhasilan untuk pengobatan penyakit lainnya. Beberapa jenis penyakit seperti
 limpoma dan leukemia dapat diobati dengan terapi sel punca dewasa menggunakan
hematopoietik sel punca yang bersumber dari sumsum tulang (Kumar & singh, 2006). Pada
tahun 2008, hasil penelitian mengungkapkan keberhasilan terapi sel punca dewasa dalam
menolong banyak pasien dengan berbagai penyakit, seperti penyakit autoimun penyakit
genetis dan kerusakan hati (Saunders dkk., 2008) Dibandingkan sel punca embrionik terapi
sel punca dewasa memiliki kelebihan yang terkait dengan tidak adanya benturan dengan
masalah kode etik. Namun, terapi tersebut memiliki beberapa kelemahan diantaranya
sifat multipotensi, yaitu terbatasnya kemampuan dalam pembentukan jaringan dan organ
lain. Tantangan lainnya terdapat pada sedikitnya jumlah sel yang bisa diisolasi dari sel
punca dewasa yang menjadikan tantangan bagi para peneliti untuk menumbuhkan sel
tersebut secara in vitro (Science Daily, 2015). Selain sel punca embrionik dan sel punca
dewasa terdapat jenis ketiga yaitu Sel punca pluripotensi terinduksi (iPS) Pada tahun 2006,
peneliti dari Jepang yang bernama Shinya Yamanaka dan Kaztoshi Takahashi telah berhasil
menemukan teknologi baru sel punca dengan menggunakan sel dewasa yang diprogram
ulang sehingga memiliki sifat pluripotensi seperti halnya pada sel punca embrionik
sehingga mampu berkembang menjadi seluruh sel tubuh. Pada eksperimen awal, mereka
menggunakan retrovirus sebagai “kendaraan” bagi keempat gen tersebut untuk
diintroduksikan ke dalam genom. Pada metode ini, gengen tersebut memprogram ulang
sel somatik menjadi seperti sel punca embrionik yang memiliki sifat pluripotensi.
Teknologi ini dinamakan sel punca pluripotensi terinduksi (induced pluripotent stem (iPS)
cells) (Hyun dkk, 2007). Tidak seperti sel punca embrionik, teknologi sel punca generasi
baru ini tidak terbentur etika atau isu moral karena tidak memerlukan perusakan embrio.
Oleh karena itu, banyak peneliti yang meyakini bahwa teknologi iPS ini akan lebih aplikatif
dan menjanjikan dalam pengembangan riset.
4. Jelaskan peran bakteri Bacillus thuringiensis dalam bidang pertanian yang
menghasilkan tanaman dengan resistensi terhadap serangga?
Dengan berkembangnya teknik rekombinan, beberapa gen yang mengkode Bt-toksin telah
berhasil diklon dan diintroduksikan ke dalam tanaman. Dengan terintegrasinya gen Bt di
dalam sel tanaman dapat memperpanjang peluang Bt dalam mengendalikan hama dan
meningkatkan efektifitas pengendalian. Bacillus thuringiensis (Bt) adalah bakteri gram positif
yang berbentuk batang, aerobik dan membentuk spora. Banyak strain dari bakteri ini yang
menghasilkan protein yang beracun bagi serangga. Sejak diketahuinya potensi dari protein Kristal /
cry Bt sebagai agen pengendali serangga, berbagai isolat Bt dengan berbagai jenis protein kristal
yang dikandungnya telah teridentifikasi. Sampai saat ini telah diidentifikasi protein kristal yang
beracun terhadap larva dari berbagai ordo serangga yang menjadi hama pada tanaman pangan dan
hortikultura. Kebanyakan dari protein kristal tersebut lebih ramah lingkungan karena mempunyai
target yang spesifik sehingga tidak mematikan serangga bukan sasaran dan mudah terurai sehingga
tidak menumpuk dan mencemari lingkungan.
Kristal protein yang bersifat insektisidal ini sering disebut dengan δ-endotoksin. Kristal ini
 sebenarnya hanya merupakan pro-toksin yang jika larut dalam usus serangga akan berubah menjadi
polipeptida yang lebih pendek (27149 kd) serta mempunyai sifat insektisidal. Pada umumnya kristal
Bt di alam bersifat protoksin, karena ada-nya aktivitas proteolisis dalam system pencernaan serangga
dapat mengubah Bt-protoksin menjadi polipeptida yang lebih pendek dan bersifat toksin. Toksin
yang telah aktif berinteraksi dengan sel-sel epithelium di midgut serangga. Bukti-bukti telah
menunjukkan bahwa toksin Bt ini menyebabkan terbentuknya pori-pori (lubang yang sangat kecil) di
sel membrane di saluran pencernaan dan mengganggu keseimbangan osmotik dari sel-sel tersebut.
Karena keseimbangan osmotik terganggu, sel menjadi bengkak dan pecah dan menyebabkan matinya
serangga. Beberapa subspesies dari bakteri Bt, yaitu kurstaki, aizawai, sotto, entomocidus,
berliner, san diego, tenebroid, morrisoni, dan islaelensis. Dalam satu subspesies Bt
dijumpai beberapa jenis strain Bt seperti HD-1, HD-5, dan sebagainya. Umumnya lebih dari
satu jenis kristal protein ditemukan dalam strain Bt. Gen yang mengkode kristal pro-tein
yang dihasilkan oleh bakteri ini telah diisolasi dan dikarakterisasi, dikenal dengan sebutan
gen cry yang berasal dari kata crystal. Kristal endotoksin Bt telah dikelompokkan menjadi
delapan kelas utama, yaitu cry1A sampai cryX berdasarkan homologi sekuen asam amino
di N-terminalnya, berat molekulnya, dan aktivitas insektisidalnya (Margino dan
Mangundihardjo, 2002). Delapan kelas tersebut adalah:
1. Cry 1 yang menyerang serangga lepidoptera
2. Cry II yang menyerang lepidoptera dan diptera
3. Cry III yang menyerang koleoptera
4. Cry IV yang menyerang diptera
5. Cry V yang menyerang lepidoptera dan koleoptera
6. Cry VI yang menyerang nematoda
7. Cry IXF yang menyerang lepidoptera
8. CryX yang menyerang lepidoptera
Pengetahuan tentang mekanisme daya kerja dari endotoksin ini penting untuk menentukan
proses kunci (key process) yang bertanggung jawab terhadap kespesifikan dari sebuah
kristal protein. Faktor utama yang menentukan kisaran ruang (host range) dari kristal
protein adalah perbedaan pada larva midgut yang mempengaruhi pro-ses kelarutan
(solubilization) dan prosesing kristal dari tidak aktif menjadi aktif, dan keberadaan dari
spesifik (binding-site) protoksin di dalam gut dari spesies-spesies serangga. Secara
keseluruhan Btendotok-sin baik yang digunakan secara microbial spray maupun yang beru-
pa tanaman transgenik mempunyai pengaruh terhadap musuh alami. Namun demikian,
pengaruh Bt endotoksin terhadap musuh alami lebih kecil dibandingkan dengan pestisida
buatan. Pengaruh ini sa-ngat spesifik tergantung jenis gen tahan yang diekspresikan
tanaman transgenik, jenis hama, dan jenis predator/parasitnya. Penelitian tentang pengaruh
Bt-endotoksin terhadap musuh alami telah dilakukan baik di laboratorium maupun di
lapang.
Cara Perakitan Tanaman Transgenik Tahan Hama
 1. Menentukan prioritas jenis atau spesies hama
yang akan dikendalikan dengan tanaman
transgenik yang akan dirakit. Untuk keperluan
ini umumnya akan dicari hama yang tidak
mempunyai sumber gen tahan dari spesies
tanaman inangnya, misalnya hama penggerek
batang padi, penggerek batang jagung, hama
kepik, dan hama pengisap polong. Setelah itu
ditentukan kandidat gen tahan yang akan dipakai,
misalnya Bt-toksin, proteinase inhibitor (PI)
2. Setelah gen yang diinginkan didapat maka
dilakukan perbanyakan gen yang disebut dengan
istilah kloning gen. Pada tahapan kloning gen,
DNA yang mengkode protein cry akan
dimasukkan ke dalam vektor kloning (agen
pembawa DNA), contohnya plasmid Bacillus
thuringiensi. Kemudian, vektor kloning akan
dimasukkan ke dalam bakteri sehingga DNA tersebut dapat diperbanyak seiring dengan
perkembangbiakan bakteri.
3. Apabila gen yang diinginkan telah diperbanyak dalam jumlah yang cukup maka akan dilakukan
transfer gen tersebut ke dalam sel tumbuhan yang berasal dari bagian tertentu, salah satunya adalah
bagian daun. Transfer gen ini dapat dilakukan dengan beberapa metode, yaitu metode senjata gen,
metode transformasi DNA yang diperantarai bakteriAgrobacterium tumefaciens,
dan elektroporasi (metode transfer DNA dengan bantuan listrik). Berikut adalah penjelasan tentang
beberapa metode transfer gen.
• Metode senjata gen atau penembakan mikro-proyektil. Metode ini sering digunakan
pada spesies jagung dan padi. Untuk melakukannya, digunakan senjata yang dapat menembakkan
mikro-proyektil berkecepatan tinggi ke dalam sel tanaman. Mikro-proyektil tersebut akan
mengantarkan DNA untuk masuk ke dalam sel tanaman. Penggunaan senjata gen memberikan hasil
yang bersih dan aman, meskipun ada kemungkinan terjadi kerusakan sel selama penembakan
berlangsung.
• Metode transformasi yang diperantarai oleh Agrobacterium tumefaciens.
Bakteri Agrobacterium tumefaciens dapat menginfeksi tanaman secara alami karena
memiliki plasmid Ti, suatu vektor (pembawa DNA) untuk menyisipkan gen asing.Di dalam plasmid
Titerdapat gen yang menyandikan sifat virulensi untuk menyebabkan penyakit tanamantertentu. Gen
asing yang ingin dimasukkan ke dalam tanaman dapat disisipkan di dalam plasmid Ti.
Selanjutnya, A. tumefaciens secara langsung dapat memindahkan gen pada plasmid tersebut ke
dalam genom (DNA) tanaman. Setelah DNA asing menyatu dengan DNA tanaman maka sifat-sifat
yang diinginkan dapat diekspresikan tumbuhan.
• Metode elektroporasi.Pada metode elektroporasi ini, sel tanaman yang akan menerima gen
asing harus mengalami pelepasan dinding sel hingga menjadi protoplas (sel yang
kehilangan dinding sel). Selanjutnya sel diberi kejutan listrik dengan voltase tinggi untuk membuka
 pori-pori membran sel tanaman sehingga DNA asing dapat masuk ke dalam sel dan bersatu
(terintegrasi) dengan DNA kromosom tanaman. Kemudian, dilakukan proses pengembalian dinding
sel tanaman.
4. Setelah proses transfer DNA selesai, dilakukan seleksi sel daun untuk mendapatkan sel yang berhasil
disisipi gen asing. Hasil seleksi ditumbuhkan menjadi kalus (sekumpulan sel yang belum terdiferensiasi)
hingga nantinya terbentuk akar dan tunasApabila telah terbentuk tanaman muda (plantlet), maka dapat
dilakukan pemindahan ke tanah dan sifat baru tanaman dapat diamati.

5. Terobosan terbaru bidang bioteknologi mampu menghasilkan organisme

dewasa dengan memanfaatkan kemampuan sel menggunakan sel donor dan
nukleus donor dengan teknologi kloning. Beberapa percobaan berhasil dan
percobaan lainnya gagal menghasilkan individu dengan organ tubuh yang
tidak lengkap (cacat) maupun membawa penyakit seperti pada domba Dolly.
Penelitian baru-baru ini menggunakan teknologi kloning menghasilkan janin
tikus tanpa kepala karena gen yang bertanggung jawab terhadap
pembentukan kepala dinonaktifkan. Janin tikus tersebut tidak bertahan lama
dan akhirnya mati. Janin tanpa kepala dapat digunakan sebagai sumber sel
punca embrionik untuk mengobati hewan sejenis yang membutuhkan.
a. Berikan tanggapan anda terhadap peristiwa diatas.
Saya tidak setuju dengan penggunaan teknologi cloning yang menghasilkan janin
tikus tanpa kepa dengan menonaktifkan gen yang bertanggung jawab terhadap
pembentukan kepala, karena hal tersebut tidak sesuai dengan etika penggunaan
hewan sebagai objek penelitian. Peniadaan kepala pada hewan objek penelitian
menurut saya masuk dalam kategori memperlakukan hewan secara tidak
manusiawi.
b. Berikan 3 alasan utama yang mendukung tanggapan anda
Alasan utama yang mendukung ketidaksetujuan pembuatan janin tikus tanpa
kepala yaitu :
a. Prinsip Dasar Etik Pelaksanaan Penelitian Biomedis menggunakan Hewan Coba
adalah memperlakukan hewan coba secara humane(manusiawi). Dalam hal ini
menonaktifkan gen pembentuk kepala menurut saya adalah Tindakan yang
tidak manusiawi, karena sengaja membuat hewan uji coba dalam keadaan
cacat(tanpa kepala) sehingga kemungkinan hidup janin tersebut menjadi kecil
karena tidak memiliki pusat control(otak) yang normalnya dimiliki oleh tikus
lainnya.
b. Salah satu hak asasi hewan riset adalah hewan layak untuk menjalani
kehidupan, bebas dari penderitaan dan eksploitasi. Menonaktifkan gen
 pembentuk kepala masuk dalam ke ranah eksploitasi.
c. Prinsip dasar etik penelitian adalah menghormati hewan coba sebagai makhluk
hidup yang bernyawa bukan sebagai benda mati. Dalam hal ini menonaktifkan
gen pembentuk kepala dalam tahapan cloning untuk dijadikan sumber sel
punca embrionik menurut saya termasuk tidak menghormati janin tersebut
sebagai makhluk yang bernyawa, sengaja membuat janin tidak nyaman atau
cacat tanpa tujuan tertentu yang sesuai dengan penelitian.

6. Seekor kucing peliharaan membutuhkan ginjal untuk bertahan hidup.

Pemilik kucing mencari kucing donor untuk memanfaatkan ginjalnya agar
kucing peliharaan sipemilik dapat terus hidup. Karena sulitnya
menemukan kucing donor, maka pemilik mencari kucing liar untuk
diambil ginjalnya dan ditransplantasikan ke kucing peliharaan.
Keuntungannya adalah, kucing liar tidak memiliki pemilik dan tidak perlu
membuat ganti rugi dan jika pun kucing liar mati, tidak ada resiko yang perlu
ditanggung.
a. Apakah menurut anda prosedur itu melanggar sebuah etika?
Ya menurut saya prosedur dalam kasus tersebut melanggar bioetika.
b. Fakta apa yang mendukung tanggapan anda?
Salah satu hak asasi hewan riset adalah hewan layak untuk menjalani kehidupan,
bebas dari penderitaan dan eksploitasi, kucing liar yang menjadi donor akan
mengalami penderitaan yang tidak diperlukan karena tidak bisa menjalani kehidupan
yang normal akibat kehilangan ginjal.
c. Apakah ada prinsip moral yang mendukung tanggapan anda?
Alasan pemilihan kucing liar sebagai hewan donor agar tidak perlu membuat
ganti rugi jika kucing tersebut mati atau agar memperkecil resiko bagi pemilik
kucing yang sakit menurut saya sangat tidak manusiawi. Karena setiap hewan
memiliki hak untuk hidup dengan layak dan nyaman, bebas dari penderitaan dan
eksploitasi. Mengambil ginjal kucing liar sebagai donor termasuk eksploitasi
dan tidak bertanggung jawab.
d. Apakah ada cara yang lebih baik untuk menyelamatkan kucing peliharaan
tersebut tanpa harus mengorbankan kehidupan individu yang lain?
Cara yang lebih baik digunakan adalah dengan pengobatan jalan, dan perawatan
khusus bagi kucing yang mengalami masalah pada ginjalnya. Selain itu
penggunaan sel punca dewasa dari sel hewan tersebut sendiri menurut saya
merupakan teknologi yang cocok digunakan untuk mengatasi masalah ginjal
pada kucing tersebut. Sehingga tidak diperlukan hewan donor yang harus
menderita karena mendonorkan ginjalnya pada kucing lain.