Analisa DNA Polycystic Ovarian Syndrome Dengan Metode

Elektroforesis.
I Gusti Ngurah Agung Oka Dhana, Rizqya Lailatul Ramadhana dan NS Fajar
Program Magang Laboratorium Tropical Disease Diagnostic Center, Institut Tropikal Disease
Center Universitas Airlangga Surabaya

Abstrak
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis DNA Polycystic Ovarian Syndrome (PCOS)
menggunakan sampel darah mentruasi. Metode yang digunakan yaitu elektroforesis.
Elektroforesis merupakan metode pemisahan yang memanfaatkan medan listrik yang dihasilkan
dari elektroda-elektroda untuk memisahkan senyawa-senyawa yang memiliki muatan berupa
kation ataupun anion. Hasil penelitian menunjukan bahwa sampel darah menstruasi untuk
mengetahui potensi PCOS terhadap gen target tidak sesuai dan pasien yang diduga mengidap
PCOS tidak terpapar.

Kata Kunci : Polycystic Ovarian Syndrome (PCOS), Elektroforesis

Abstract

This study aims to analyze Polycystic Ovarian Syndrome (PCOS) DNA using menstrual
blood samples. The method used is electrophoresis. Electrophoresis is a separation method that
utilizes the electric field generated from the electrodes to separate compounds that have a charge
in the form of cations or anions. The results showed that menstrual blood samples to determine
the potential of PCOS against target genes were not appropriate and patients suspected of
having PCOS were not exposed.

Keywords: Polycystic Ovarian Syndrome (PCOS), Electrophoresis

A. Pendahuluan. jasmani maupun mental, pewarisan
Polycystic Ovarian Syndrome ciri-ciri dan kelainan bawaan,
(PCOS) merupakan Gangguan bahkan sampai merekayasa gen.
hormonal yang menyebabkan gen adalah suatu protein yang
pembesaran ovarium dengan kista tersusun atas DNA yang berada
kecil di tepi luar. pada kromosom.
Gejala berupa menstruasi yang Deoxyribonucleic Acid (DNA)
tidak teratur, pertumbuhan rambut merupakan biomolekul yang
berlebih, jerawat, dan menyimpan dan menyandi
obesitas.Perawatan termasuk pil instruksi-instruksi genetika setiap
KB untuk mengatur menstruasi, organisme. DNA adalah asam
obat yang disebut metformin untuk nukleat yang tersusun bersamaan
mencegah diabetes, statin untuk dengan protein dan karbohidrat,
mengendalikan kolesterol tinggi, asam nukleat adalah makromolekul
hormon untuk meningkatkan esensial bagi seluruh makhluk
kesuburan, dan prosedur medis hidup yang diketahui.
untuk menghilangkan kelebihan Kebanyakan molekul DNA
rambut. terdiri dari dua unting biopolimer
Penyebab sindrom ovarium yang berpilin satu sama lainnya
polikistik belum begitu dipahami, membentuk heliks ganda. Dua
tetapi dapat melibatkan perpaduan unting DNA ini dikenal sebagai
faktor lingkungan dan genetik. polinukleotida karena keduanya
Genetik merupakan ilmu yang terdiri dari satuan-satuan molekul
mempelajari tentang keturunan yang disebut nukleotida. Tiap-tiap
berbagai problematika manusia nukleotida terdiri atas salah satu
seperti kesehatannya, cacat lahirnya jenis basa nitrogen (guanina (G),
adenina (A), timina (T), atau yang dihasilkan berasal dari
sitosina (C)), gula monosakarida elektroda-elektroda yang diberikan
yang disebut deoksiribosa, dan energi listrik dari sumber energi
gugus fosfat. seperti arus listrik searah maupun
Sehubungan dengan analisis Arus listrik bolak-balik. Hukum
sampel DNA Polycystic Ovarian Coulomb menjadi prinsip dasar
Syndrome (PCOS) dengan metode pemisahan elektroforesis
menggunakan metode yaitu gaya pada salah satu titik
elektroforesis Elektroforesis muatan berbanding lurus dengan
merupakan metode pemisahan yang besar muatannya. Medan listrik
memanfaatkan medan listrik yang merupakan efek yang dihasilkan
dihasilkan dari elektroda-elektroda oleh muatan listrik seperti elektron,
untuk memisahkan senyawa- ion atau proton, dalam ruangan
senyawa yang memiliki muatan yang ada disekitarnya.
berupa kation ataupun anion. B. Prinsip Kerja Elektroforesis
Teknik elektroforesis sudah Menurut George Stokes
sangat lamaditemukan sekitar abad besarnya gaya gesek pada fluida
ke 19 hanya saja pengembangannya disebabkan viskositas
secara signifikan dimulai tahun fluida.Semakin besar viskositas
1956 oleh Hunter dan Moller (kekentalan) fluida maka akan
melakukan penelitian tentang sifat- semakin sulit suatu fluida
sifat enzim sebagai katalisatoruntuk untukmengalir dan juga
melihat pengaruh kimia pada menunjukkan semakin sulit suatu
perkembangannya. benda bergerak dalam fluida
Dalam kajian teori pada tersebut. Didalam zat cair
elektroforesis ini tidak terlepas dari viskositas dihasilkan oleh gaya
kajian medan listrik. Medan listrik kohesi antara molekul zat cair.
Gaya ini disebutgaya Stoke. Suatu asam pada medium juga
molekul bermuatan Q dalam medan mempengaruhi dari besar muatan
listrik berkekuatan x akan pada saat ionisasi berlangsung
bergerakdengan kecepatan v karena sehingga diperlukan larutan buffer
mengalami gaya sebesar qx. Jika f untuk penyangga. Dan juga perlu
merupakan koefisien dilakukan analisis terhadap
gesekan(friksi), maka molekul kemampuan media untuk
tersebut akan mengalami gaya memisahkan molekul - molekul
hambat sebesar vf, sehingga qx = agar lebih efektif dan maksimal.
vf. Maka koefisien gesekan (f) Alat elektroforesis terdiri dari
adalah sebagai berikut: medium pemisah yang terhubung
dengan dua elektrodadan kertas
saring. Media pemisah dapat
Pada metode elektroforesis berupa gel Agarosa, pati atau
mediapemisahnya berupa gel poliakrilamida. Mediaterdiri dari
Agarosa atau lainnya yang dua bagian yang dihubungkan
memiliki tingkatviskositas tinggi. dengan sumbu asbes dengan satu
Dengan demikian dapat dihitung bagian berisi elektrodaplatina dan
laju molekulnya adalah sebagai yang lain kontak dengan medium
berikut: elektroforesis.
C. Komponen Elektroforesis
𝑉 𝑞
= Elektroforesis terdiri dari
𝑋 6 𝜋п𝑟

beberapa komponen utama dalam

Laju dalam elektroforesis penggunaanya yaitu larutan
sangat bergantung pada kekentalan elektrolit yang berfungsi sebagai
medium (n),ukuran atau bentuk(r), pembawa komponen, Larutan yang
dan muatan molekul (q).Kekuatan berupabuffer dengan pH tertentu
 sesuai dengan karakteristik fragmenDeoxyribo Nucleic Acid
senyawa yang akan (DNA) dan Ribose Nucleic Acid.
dipisahkan.Berikutnya media Senyawaan tersebut
pemisah merupakan tempat proses merupakanpembawa genetika pada
pemisahan. makhluk hidup-dilakukan pada
Media pemisah iniberupa kertas medan listrik horizontal.
(selulosa asetat, selulosa nitrat), gel Kelebihan darigel ini lebih mudah,
kanji, gel polikrilamid, busa sederhana dan laju pemisahannya
poliuretan atau agar-agar. lebih cepat membentuk fragmen -
Selanjutnya yang paling penting fragmen dan tidak bersifat toksik.
adalah elektroda yang berfungsi Hanya saja kelemahannya gel ini
sebagaipenghubung arus listrik memiliki sensitifitas tinggidan
dengan media pemisah dan baterai mudah rusak sehingga
atau arus listrik sebagai memerlukan ketelitian dan kehati-
sumberenergi (source) pada hatian pada prosespengerjaannya.
rangkaian alat.
kedua gel poliakrilamida. Gel
D. Penggunaan Medium Pemisah.
ini memiliki memiliki resolusi
Keberhasilan dari teknik tinggi padahasil pemisahannya.
elektroforesis dipengaruhi Membutuhkan tegangan listrik
pemilihan medium pemisahnya. yang tinggi pada pengerjaannya
Ada duamedium yang sering dandilakukan pada medan listrik
digunakan dalam menggunakan vertical. Persiapan pengerjaan
elektroforesis yaitu pertama gel membutuhkan waktu relatif
Agarosa merupakan metode lama,mahal dan memiliki laju
standar untuk mengidentifikasi pemisahan yang lebih lambat
serta memurnikan fragmen-
 dibandingkan gel Agarosa (Rita perpindahan, konsentrasi muatan
Elfianis) yang bermigrasitergantung pada
pH. Untuk ukuran molekul apabila
yang diperoleh lebih
besarmenyebabkan perpindahan
molekul menurun dan
membutuhkan energi
perpindahanyang cukup besar
Gambar Rangkaian Elektroforesis dibandingkan dengan bentuk
Faktor-faktor yang molekul yang berbeda dengan
mempengaruhi elektroforesis yaitu ukuranyang sama.
Proses pemisahan dengan b. Larutan Buffer
elektroforesis sangat dipengaruhi
Larutan buffer berfungsi untuk
oleh teknik pengerjaan
mempertahankan pH di dalam
dalampengoperasian alat tersebut.
medium pemisah, dan berfungsi
Disamping medium pemisah yang
sebagai media penyedia elektrolit
sudah dielaskan diatas, adabeberapa
pada proses pergerakan aliran
faktor penentu lainnya yang dapat
listrik.
mempengaruhi proses pemisahan
Larutan buffer harus memiliki
yaitu :
interkasi dengan molekul yang
a. Sampel
dipisahkan, dan pH yang
Sampel yang akan dipisahkan
digunakan menjadi perhatian
sangat memungkinkan memberi
sehingga kumpulan molekul dapat
pengaruh lajuperpindahan ditinjau
dipisahkan satu sama lain tetapi
dari muatan, ukuran, dan bentuk
tidak mengalami perubahan
molekul. Jumlah muatan totalakan
struktur. Larutan penyangga harus
berbanding lurus dengan laju
dipilih dengan cermat, keterkaitan produksi panas yang lebih tinggi
ion buffer dalam berinteraksi dan terjadipergerakan molekul pada
dengan senyawa yang diteliti, pH jarak yang pendek.
dipilih berdasarkan jenis campuran c. Medan listrik
yang akan dipisahkan. Sumber suatu listik yang stabil
sangat diperlukan untuk
Teknik pemisahan dapatdicapai
menghasilkan aliran listrikdengan
pada titik isolistrik (yaitu titik
tegangan yang konstan. Kekuatan
ketika pH suatu makromolekul
ionik medan listrik pada kisaran2-8
bermuatan nol akibat bertambahnya
V/cmsesuai pada suhu ruang.
atau kehilangan muatan), salah satu
Kekuatan medan magnet yang
senyawa yang dipilihsebaiknya
dihasilkan jika lebih besar dari10
tidak mengakibatkan perubahan
V/cm, maka dapat memberikan
kimia atau perubahan struktur
efek pemanasan yang dapat
molekul yangakan diteliti. Kisaran
menyebabkan padamedia
kekuatan ionik larutan buffer pada
penyangga terjadi kehilangan air
0,05-0,15 mol/L dan
yang diakibatkan proses
biasanyadiambil nilai di antara
penguapan. Haltersebut juga
kedua nilai ekstrem.
mengakibatkan pergeseran hasil
Pada kekuatan ionik yang
fragmen-fragmen.
rendah akanterjadi pergerakan
Pemanasanmerupakan salah satu
molekul yang cepat dan produksi
faktor yang mengakibatkan
panas yang rendah, akan
senyawa-senyawa terdenaturasi.
tetapiterjadi difusi yang nyata. Di
Disamping kekurangan dengan
pihak lain, pada kekuatan ionik
menggunakan tegangan yang
yang tinggi, diperoleh pita- pita
tinggi, keuntunganelektroforesis
yang tajam, namun akan terjadi
pada voltase tinggi mengakibatkan
 pemisahan yang sangat Inkubasi pada suhu 560C selama 10
cepat.Sehingga senyawa-senyawa menit.Tambahkan 200 μl ethanol
dengan berat molekul rendah akan 96% dan campur dengan cara di
mengalami prosesdifusi yang vortex selama 15 detik, kemudian
paling baik dipisahkan dalam spin down.
kondisi elektroforesis tegangan Masukkan campuran step 3
tinggi. kedalam QIAamp Mini spin
E. Metode Penelitian column (2 ml colection
a. Alat dan Bahan Ekstraksi DNA tube).Sentrifuge 8.000 rpm selama
QIAMP DNA Mini Kit 1 menit.Buang 2 ml collection tube
(Qiagen), Tube 1,5 ml, Yellow Tip, yang berisi filtrat dan ganti dengan
Blue Tip, Mikrosentrifuge, 2 ml collection tube yang
Spindown, Vortex, Mikropipet, baru.Tambahkan 500 μl Buffer
Thermostat. AW1, lalu sentrifuge 8000 rpm
selama 1 menit.Buang 2 ml
collection tube yang berisi filtrat
dan ganti dengan 2 ml collection
tube yang baru.Tambahkan 500 μl
Buffer AW2, lalu sentrifuge 13.000
rpm selama 3 menit.Buang 2 ml
collection tube yang berisi filtrat
b. Prosedur Ekstraksi DNA
dan ganti dengan 2 ml collection
Masukkan 200μl Darah EDTA
tube yang baru. Sentrifuge lagi
kedalam tube 1,5 ml. Kemudian
13.000 rpm selama 1 menit.Pindah
pipet 20 μl QIAGEN Protease (atau
QIAamp Mini spin column pada
proteinase K) dan 200 μl buffer AL.
1,5 ml mikrosentrifuge tube.
Vortex selama 15 detik, spindown.
 Tambahkan 60 μl Buffer AE
atau distilled water.Inkubasi pada Sampel dimasukkan ke dalam
suhu ruang (15-250C) selama 1 sumuran masing-masing 5 µl,
menit kemudian sentrifuge 8.000 kemudian dilakukan elektroforesis
rpm selama 1 menit. pada 100 Volt selama ±30
c. Pembuatan Gel Elektroforesis menit.Visualisasi hasil elektroforesis
Tahap pertama, untuk membuat dilakukan pada UV Transilluminator
cetakkan gel berisi 20 ml PBS (GelDoc).
dengan konsentrasi agar 2% : F. Intepretasi Hasil
dengan menimbang 0,4 gr agarose Base pare
kemudian masukkan ke dalam 20
ml TBE 1X. Panaskan pada
microwave ±2 menit (sampai
benar-benar larut).
Tambahkan pewarna gel
RedSafe sebanyak 2 µl, campur Gambar. Ukuran DNA Marker
hingga homogen.Masukkan ke 100 bp
dalam cetakan sesuai dengan Gen CYP-19 Gen
ukuran. Tunggu hingga padat. CYP-17

Gambar Pembuatan Gel

Elektroforesis
 Target gen CYP-17 dan CYP- H. Kesimpulan
19 adalah 414 bp dan 189 bp. M
Bahwa dari hasil dan pembahasan
adalah DNA marker 100 bp; no.1,2,
menyimpulkan sampel darah
dan 3 adalah hasil positif gen CYP-
menstruasi untuk mengetahui potensi
19; no. 4,5 dan 6 adalah hasil positif
PCOS terhadap gen target tidak sesuai
gen CYP-17.
dan pasien yang diduga mengidap
G. Pembahasan.
PCOS tidak terpapar.
Berdasarkan nilai running Gen
CYP 19 sebesar 189 bp dan Gen CYP
17 sebesar 414, data running primer
F2/R2 tanggal 13/7/2023
menghasilkan nilai sebesar 400 bp
dan primer F3/R3 menghasilkan nilai
200 bp yang dimana ada kesamaan
gen DNA Polycystic Ovarian
Syndrome.
Running tanggal 18/7/2023
Kontrol (PK 1-Pk10)F2/R2 memiliki
nilai 300 bp dan F3/R3 memiliki
nilai 100 bp. SedangkanRunning Tgl
24-25/7/2023 Kontrol (PK 11
PK15)F2/R2 memiliki nilai 300 bp
dan F3/R3 memiliki nilai 100 bp.