Sistem pemerintahan berdasarkan amandemen UUD NRI Tahun 1945 terlihat mengambil
unsur-unsur dari sistem pemerintahan parlementer dan melakukan pembaharuan. Tujuannya
untuk menghilangkan kelemahan-kelemahan yang ada dalam sistem presidensial. Jika
dibandingkan dengan UUD NRI Tahun 1945 sebelum amandemen, terdapat beberapa variasi
yaitu sebagai berikut.
a) Presiden sewaktu-waktu dapat diberhentikan oleh MPR atas usul dari DPR. Dengan
demikian, DPR tetap memiliki kekuasaan mengawasi presiden meskipun secara tidak
langsung (terdapat di amandemen ketiga UUD NRI Tahun 1945).
b) Dalam mengangkat duta dan konsul negara, presiden tetap memerlukan pertimbangan
atau persetujuan dari DPR (terdapat di amandemen pertama UUD NRI Tahun 1945).
d) Parlemen diberi kekuasaan yang lebih besar dalam hal membentuk undang-undang dan
hak budget (anggaran) (terdapat di amandemen pertama dan kedua UUD NRI Tahun
1945).
Berbagai perubahan baru dalam sistem pemerintahan Indonesia disusun agar dapat
memperbaiki sistem presidensial yang lama. Perubahan baru tersebut, antara lain adanya
pemilihan secara langsung, sistem bikameral (DPR dan DPD), mekanisme checks and balances,
serta pemberian kekuasaan yang lebih besar kepada DPR untuk melakukan pengawasan dan
fungsi anggaran.