TATA NAMA DAN KLASIFIKASI ENZIM

Menurut IUBMB (International Union of Biochemistry and Molecular Biology), enzim-enzim

dikelompokkan menjadi 6 golongan atau kelas, sebagaimana yang disajikan dalam tabel 3-3. Masing-
masing kelas ini dikelompok-kelompokkan lagi menjadi beberapa subkelas. Misalnya, enzim kelas (1)
yaitu kelas Oksidoreduktase, dibagi menjadi beberapa subkelas, antara lain subkelas (1) yaitu enzim
oksidoreduktase yang bekerja pada gugus CH-OH donor dan subkelas (2) yaitu enzim yang bekerja pada
gugus aldehida atau gugus okso senyawa donor, dan lain-lain. Demikian pula enzim kelas (2), (3), (4) dan
selanjutnya, masing-masing juga dibagi-bagi lagi menjadi beberapa subkelas.

Kemudian, masing-masing subkelas juga masih dibagi-bagi lagi menjadi beberapa sub-subkelas. Misal,
enzim subkelas (1) dari kelas (1) yaitu enzim oksidoreduktase yang bekerja pada gugus CH-OH donor,
dibagi lagi menjadi beberapa sub-subkelas, antara lain sub-subkelas (1) yaitu yang bekerja dengan NAD
or NADP sebagai akseptor dan sub-subkelas (2) yaitu yang bekerja dengan sitokrom sebagai akseptor.
Masing-masing sub-subkelas ini beranggotakan beberapa enzim yang memenuhi kriteria dalam
pengelompokannya. Untuk memudahkan memahami pembagian enzim ini dapat dilihat skemanya pada
Tabel 3-4.

Tabel 3-3. Pengelompokan enzim menurut IUBMB

No. Kelompok/Kelas Sifat Biokimia

Mengkatalisis reaksi reduksi-oksidasi terhadap berbagai

1. Oksidoreduktase
gugus

Mengkatalisis berbagai reaksi transfer gugus fungsional dari

molekul donor ke molekul akseptornya. Salah satu
2. Transferase subkelompok enzim transferase adalah enzim-enzim kinase
yang mengendalikan metabolisme dengan jalan
mentransfer gugus fosfat dari ATP ke molekul lain.

Mengkatalisis reaksi penambahan molekul air pada suatu

3. Hidrolase ikatan, yang kemudian dilanjutkan dengan reaksi
penguraian (hidrolisis)

Mengkatalisis reaksi penambahan molekul air, ammonia

atau karbon dioksida pada suatu ikatan rangkap, atau
4. Liase
melepaskan air, ammonia, atau karbon dioksida dan
membentuk ikatan rangkap.

Mengkatalisis berbagai reaksi isomerisasi, antara lain

5. Isomerase isomerisasi L menjadi D, reaksi mutasi (perpindahan posisi
suatu gugus), dan lain-lain.
 No. Kelompok/Kelas Sifat Biokimia

Mengkatalisis reaksi dimana dua gugus kimia disatukan atau

6. Ligase diikatkan (ligasi) dengan menggunakan energi yang berasal
dari ATP.

Penamaan enzim menurut IUBMB dilakukan dengan memberikan awalan EC, berasal dari singkatan
Enzyme Commitee, lalu diikuti oleh 4 angka yang berturut-turut menunjukkan kelas, subkelas, sub-
subkelas, dan nomor individual pengenal masing-masing enzim.
 ENZIM DIKLASIFIKASIKAN BERDASARKAN TIPE DAN MEKANISME REAKSI

Satu abad lalu, baru ada beberapa enzim yang dikenal dan kebanyakan di antaranya mengatalisis

reaksi hidrolisis ikatan kovalen. Semua enzim ini diidentifikasi dengan penambahan akhiran –ase pada

nama substansi atau substrat yang dihidrolisisnya. Jadi, lipase menghidrolisis lemak (Yunani lipos),

amilase menghidrolisis pati (Yunani amylon), dan protease menghidrolisis protein. Meskipun banyak sisa

peristilahan ini masih tetap bertahan sampai sekarang, pemakaiannya sudah terbukti tidak memadai

ketika ditemukan berbagai enzim yang mengatalisis reaksi yang berbeda terhadap substrat yang sama,

misal, oksidasi atau reduksi terhadap fungsi alcohol suatu gula. Sementara akhiran -ase tetap digunakan,

nama enzim yang ada sekarang ini lebih menekankan pada tipe reaksi yang dikatalisisnya. Sebagai

contoh, enzim dehidrogenase mengatalisis pengeluaran hidrogen, sementara enzim transferase

mengatalisis reaksi pemindahan gugus. Dengan semakin banyaknya enzim yang ditemukan,

ketidakjelasan juga semakin tak terelakkan, dan kerap kali tidak jelas enzim mana yang tengah

dibicarakan oleh seorang penyelidik. Untuk mngatasi permasalahan ini, International Union of

Biochemistry (IUB) telah mengadopsi sebuah sistem yang kompleks tetapi tidak meragukan bagi

peristilahan enzim yang didasarkan pada mekanisme reaksi. Meskipun kejelasan dan pengurangan

keraguan tersebut membuat sistem nomenklatur IUB dipakai untuk ujian riset, nama yang lebih pendek

tetapi kurang begitu jelas tetap digunakan dalam buku ajar dan laboratorium klinik. Karena alasan

tersebut, sistem IUB hanya disampaikan secara sepintas.

1) Reksi dan enzim yang mengatalisis reaksi tersebut membentuk enem kelas, masing-masing

mempunyai 4-13 subkelas.

2) Nama enzim terdiri atas 2 bagian. Nama pertama menunjukkan substrat. Nama kedua, yang

berakhir dengan akhiran –ase, menyatakan tipe reaksi yang dikatalisis.

3) Informasi tambahan, bila diperlukan untuk menjelaskan reaksi, dapat dituliskan dalam tanda

kurung pada bagian akhir; misal, enzim yang mengatalisis reaksi L-malat + NAD+  piruvat + CO2 +

NADH + H + diberi nama 1.1.1.37 L-malat: NAD+ oksidoreduktase (dekarboksilasi).

4) Setiap enzim mempunyai nomor kode (EC) yang mencirikan tipe reaksi ke dalam kelas (digit

pertama), subkelas (digit kedua), dan subsubkelas (digit ketiga). Digit keempat adalah untuk enzim

spesifik. Jadi, EC 2.7.1.1 menyatakan kelas 2 (transferase), subkelas 7 (transfer fosfat), subsubkelas 1

(alcohol merupakan aseptor fosfat). Digit terakhir menyatakan heksokinase atau ATP: D-heksosa 6-

fosfotrasferase, sebuah enzim yang mengatalisis pemindahan fosfat dari ATP ke gugus hidroksil pada

atom karbon keenam molekul glukosa.

 5) Enzim dibagi ke dalam 7 golongan besar yaitu :

a. Oksidoreduktase.

Enzim oksidoreduktase berperan dalam pemindahan elektron (sebagai e -, atom H, atau ion

hidrida) dari suatu senyawa ke suatu akseptor.

b. Transferase.

Enzim transferase memiliki fungsi dalam pemindahan gugus fungsional misalnya gugus asil,

amino, metil atau fosfat.

c. Hidrolase.

Jenis reaksi yang dikatalisis oleh enzim hidrolase adalah pemisahan ikatan C-O, C-N, atau C-S

dengan penambahan H2O pada ikatan. Hidrolase merupakan enzim-enzim yang menguraikan suatu zat

dengan pertolongan air. Hidrolase dibagi atas kelompok kecil berdasarkan substratnya yaitu :

1. Karbohidrase, yaitu enzim-enzim yang menguraikan golongan karbohidrat.

2. Kelompok ini masih dipecah lagi menurut karbohidrat yang diuraikannya, misal :

3. Amilase, yaitu enzim yang menguraikan amilum (suatu polisakarida) menjadi maltosa 9 suatu

disakarida).

4. 2 (C 6H10O5)n + n H2O
amilase
n C12H22O11

amilum

maltosa

5. Maltase, yaitu enzim yang menguraikan maltosa menjadi glukosa

6. C 12H22O11 + H20 2
maltase
C6H12O6

maltosa glukosa

7. Sukrase, yaitu enzim yang mengubah sukrosa (gula tebu) menjadi glukosa dan fruktosa.

8. Laktase, yaitu enzim yang mengubah laktase menjadi glukosa dan galaktosa.
9. Selulase, emzim yang menguraikan selulosa ( suatu polisakarida) menjadi selobiosa ( suatu disakarida)

10. Pektinase, yaitu enzim yang menguraikan pektin menjadi asam-pektin.

d. Liase.

Enzim liase mengkatalisis reaksi penambahan gugus ke ikatan rangkap atau pembentukan suatu

ikatan rangkap yang baru.

e. Isomerase.

Jenis reaksi yang dikatalisis oleh enzim isomerase adalah reaksi pemindahan gugus di dalam

molekul untuk menghasilkan bentuk isomerik.

f. ligase.

Enzim ligase mengkatalisis reaksi pembentukan ikatan C-C, C-S, C-O dan C-N disertai

penguraian berenergi tinggi misalnya ATP.(2)

g. Polymerase

Reaksi berantai polimerase atau lebih umum dikenal sebagai PCR (kependekan dari istilah

bahasa Inggris polymerase chain reaction) merupakan suatu teknik atau metode perbanyakan (replikasi)

DNA secara enzimatik tanpa menggunakan organisme. Dengan teknik ini, orang dapat menghasilkan

DNA dalam jumlah besar dalam waktu singkat sehingga memudahkan berbagai teknik lain yang

menggunakan DNA. Teknik ini dirintis oleh Kary Mullis pada tahun 1983 dan ia memperoleh hadiah

Nobel pada tahun 1994 berkat temuannya tersebut. Penerapan PCR banyak dilakukan di bidang biokimia

dan biologi molekular karena relatif murah dan hanya memerlukan jumlah sampel yang sangat kecil.

 Proses Reaksi Rantai Polimerase(Pcr)

PCR adalah proses enzimatik dimana suatu area spesifik dari DNA direplikasikan berulang-

ulang untuk menghasilkan banyak kopi dari sekuen tertentu. ( Saiki et al. 1988, Reynolds et al. 1991 ).

Pengkopian molekuler ini meliputi proses pemanasan dan pendinginan sampel dalam suatu siklus panas

tertentu yang melebihi dari 30 siklus ( gambar 4.1 ). Dalam setiap periode siklus, sebuah kopi dari sekuen

target DNA tersebut dihasilkan untuk setiap molekul yang mengandung sekuan target ( gambar 4.2 ).

Keterbatasan dari produk ini ditegaskan dengan oligonukleotida primer yang melengkapi buntut 3’- dari

sekuen tersebut.
gambar 4.1

Berkenaan dengan panas beredar profil temperatur untuk PCR. beredar yang berkenaan dengan

panas Secara khas melibatkan tiga temperatur berbeda yang diulangi berulang-ulang kali 25--35 kali.

Pada 95 derajat celcius, DNA memisahkan atau mengubah sifanya. Pada 60 derajat C, dasar mengikat

atau ' mendinginkan (logam)' kepada DNA template dan daerah target ke atas yang diperbesar. Pada 72

derajat C, DNA polimerase meluas dasar dengan pengcopian daerah target yang menggunakan

deoxynucliotide tripospate yang menghalangi. Hak masuk PCR proses adalah sekitar 3 jam di dalam

jangka waktu dengan siklus masing-masing yang mengambil 5 beberapa menit pada yang berkenaan

dengan panas konvensional cyclers: 1 menit masing-masing pada 94 derajat C, 60 derajat C dan 72

derajat C dan sekitar 2 beberapa menit yang lereng antara ke tiga temperatur

gambar 4.2

DNA pembesaran memproses dengan polimerase reaksi berantai. pada setiap siklus dua DNA

template dulu dipisahkan (yang diubah sifat) dengan memanaskan. Contoh kemudian mendinginkan ke

suatu temperatur sesuai untuk mengikat (mendinginkan (logam)) oligonucleotide dasar akhir temperatur

contoh diangkat kepada temperatur yang optimal untuk DNA polymerasenya meluas dasar itu untuk
menghasilkan suatu salinan masing-masing DNA template. Karena masing-masing siklus, banyaknya

DNA molekul (dengan urutan antara kedua PCR dasar) ganda.

Secara teoritis setelah 30 siklus, telah tercipta kopi dari area target cetakan DNA sebanyak satu

milyar ( tabel 4.1 ). Produk PCR ini, yang terkadang disebut sebagai ‘amplicon’, dalam jumlah yang

cukup dapat diukur dengan mudah menggunakan berbagai teknik yang akan dibahas lebih lanjut dalam

bab teknologi.

PCR umumnya dilakukan dengan jumlah sampel sebanyak 5 – 100 µL. Dengan jumlah yang sangat

rendah itu, penguapan dapat menjadi masalah dan akurasi dari pengambilan sampel dapat menjadi

tantangan. Di sisi lain, volume sampel yang lebih besar mengarahkan pada masalah keseimbangan panas

bagi reaksi pencampuran karena dibutuhkan waktu yang lebih lama bagi perubahan suhu eksternal agar

dapat ditransmisikan ke pusat sampel ( bagi sampel yang lebih banyak dibandingkan dengan sampel

yang sedikit . Maka, dibutuhkan waktu yang lebih lama untuk setiap suhu, sehingga keseluruhan waktu

siklus panas yang dibutuhkan juga memanjang. Sebagian besar protokol biologi molekuler untuk sampel

PCR adalah antara 20 - 50 µL.

Sampel dipipetkan ke dalam berbagai tabung reaksi yang didesain untuk digunakan dalam

siklus panas PCR. Tabung yang paling umum digunakan untuk sampel sebanyak 20 – 50 µL adalah

tabung berukuran 0,2 mL dengan dinding tipis. Tabung – tabung ini dapat dibeli satuan, dengan atau

tanpa tutup, atau juga dibeli berkelompok, yaitu 8 atau 12 tabung berderet dalam kolom. Pada lab yang

lebih besar, dalam penjabaran DNA menggunakan PCR, secara rutin digunakan plat berisikan 96 atau

384 tempat.

PCR telah disederhanakan dalam beberapa tahun belakangan ini dengan adanya perangkat

reagen yang memudahkan Laboratorium DNA forensik untuk menambahkan cetakan DNA ke dalam

campuran PCR yang siap pakai, yang mengandung seluruh komponen yang diperlukan untuk reaksi
penjabaran DNA. Perangkat ini telah dioptimisasi melalui usaha penelitian ekstensif oleh pabrik

komersiil. Perangkat ini dibuat secara khusus sehingga pemakai tinggal menambahkan larutan dari

perangkat ke dalam genom DNA dalam jumlah tertentu. Hasil terbaik dengan perangkat komersiil ini

didapatkan jika cetakan DNA ditambahkan dalam jumlah yang cukup untuk berinteraksi dengan larutan

dari perangkat tersebut.