Enzim

1. PENGERTIAN, PENAMAAN DAN KLASIFIKASI ENZIM

Salah satu fungsi protein yang paling utama adalah katalisis. Tanpa katalisis, kebanyakan
reaksi-reaksi biologis akan berjalan sangat lambat untuk menghasilkan produk reaksi
pada metabolisme organisme. Katalis yang menjalankan fungsi ini dalam organisme yang
disebut sebagai enzim. Enzim adalah kompleks molekul biologis yang utamanya adalah
protein yang berfungsi sebagai katalis biologis. Kebanyakan enzim merupakan protein
dalam bentuk protein globuler. Sebagai katalis, enzim merubah laju reaksi kimia tanpa
terlibat di dalam atau mengalami reaksi tersebut. Enzim dapat meningkatkan laju reaksi
1020 kali dari reaksi biasa tanpa katalisis. Sebagai perbandingan reaksi dengan katalisator
non-enzim hanya mampu menaikan laju reaksi sampai 102-104. Karakteristik enzim itu
sangat spesifik, menargetkan satu reaksi spesifik.

Analogi yang dapat dipakai menjelaskan fungsi enzim adalah perjalanan mobil melalui
satu bukit ke bukit yang lain. Yang seharusnya jalannya berputar baru sampai di tujuan
tapi dengan adanya jembatan, maka laju perjalanan semakin cepat sampai ditujuan.
Jembatan ini ibarat katalsis (enzim) yang mempercepat proses reaksi sampai tujuan
menghasilkan produk tertentu.

Enzim memiliki berbagai macam bentuk. Beberapa enzim ada yang terdiri dari murni
protein, sedangkan ada yang lain yang memiliki bagian non-protein yang dinamakan
kofaktor. Kofaktor dapat berupa ion logam, seperti magnesium(Mg) ataupun senyawa
organik. Kofaktor organik biasanya disebut sebagai koenzim. Enzim tanpa kofaktornya
disebut apoenzim, sedangkan kombinasi apoenzim dengan kofaktornya disebut sebagai
holoenzim. Dengan demikian istilah metaloenzim sering dipakai untuk apoenzim
dengan kofaktor logam. Koenzim yang berikatan kuat dengan enzim merupakan gugus
prostetik.

Salah satu wilayah dari enzim, sisi aktif, merupakan wilayah yang secara langsung
bertanggungjawab dalam berinteraksi dengan molekul yang akan bereaksi, yang biasa
disebut sebagai substrat. Saat substrat melekat pada sisi aktif enzim, reaksi dapat
berlangsung.

Penamaan dan klasifikasi enzim

Penamaan enzim diatur oleh Enzyme Commision (EC) of the International Union of
Biochemistry. Nama biasa enzim biasa diakhiri dengan akhiran –ase yang diikuti oleh
nama substratnya. Misalnya amylase, enzim yang mengkatalisis reaksi dengan substrat
amilum (pati). Namun ada juga enzim yang namanya ditentukan sebelum penetapan
enzim –ase seperti, tripsin, pepsin, dan lain-lain. EC sudah mengembangkan satu sistem
numerik untuk mengklasifikasikan enzim. Namanya dimulai dengan EC untuk Enzyme
Commision dan diikuti oleh 4 angka yang dipisahkan dengan titik untuk mendeskripsikan
tiap jenis enzim. Contoh nomenklatur ini seperti berikut EC 2.7.4.4. angka pertama (2)
mereujuk pad akelas enzim utama. Ada 6 kelas enzim utama yang dapat dilihat pada table
1.Sesuai contoh tadi maka angka 2 mengindikasikan kelas transferase. Angka kedua(7)
mengindikasikan gugus yang ditransfer enzim. Angka ketiga (4) mengindikasikan tujuan
gugus yang ditansfer, dan angka terakhir (4) menjelaskan kembali informasi yang
diberikan pada angka ketiga.

Oksidoreduktase mengkatalisis reaksi oksidasi dan reduksi secara simultan. Oksidasi

meliputi peningkatan fase oksidasi dari satu unsur, sedangkan reduksi meliputi
penurunan fase oksidasi dari satu unsur. Reaksi oksidasi dan reduksi ini berjalan
bersama dan tidak pernah dapat dipisahkan. Contoh tipe reaksi redoks dapat dilihat pada
Tabel 2. Secara umum substrat mengalami oksidasi atau reduksi, sedangkan akan
melakukan fungsinya dan kembali ke bentuk semula. Sebagai contoh, suksinat
dehydrogenase mengkatalisis oksidasi ion suksinat. Dalam hal ini oksidasi meliputi
kehilangan 2 atom hidrogen dengan pembentukan ikatan rangkap trans. Enzim alkohol
dehydrogenase menghilangkan 2 atom hidrogen dari alkohol untuk meghasilkan produk
satu aldehida. Bentuk umum reaksi adalah sebagai berikut


sinat
OOCCH 2 CH 2 COO  suk dehidrogenase
   OOCH  CHCOO 
CH 3CH 2 OH alkohol
 dehidrogen
 ase
  CH 2CHO

Tabel 1. Enam kelas utama enzim

Nomor Kelas enzim Substrat yang dikatalisis

1 Oksidoreduktase Reaksi-reaksi redoks

2 Transferase Transfer gugus-gugus atom

3 Hidrolase Hisrolisis

4 Liase Penambahan pada ikatan rangkap,

atau pembentukan ikatan rangkap
5 Isomerase Isromerasi molekul

6 Ligase atau sintetase Penggabungan dua molekul

Tabel 2. Beberapa kemungkinan tipe reaksi redoks

Oksidasi Reduksi

Kehilangan satu atau lebih elektron Penambahan satu atau lebih elektron

Penambahan oksigen Kehilangan oksigen

Kehilangan hidrogen Penambahan hidrogen

Kelas yang kedua adalah transferase. Fungsi dari transferase adalah untuk mengkatalisis
transfer gugus dari satu molekul ke molekul yang lain. Aminotransferase, mengkatalisis
pemindahan gugus amino, fosfotransferase pada transfer gugus fosforil.

Kelas yang ketiga adalah hidrolase. Hidrolase mengkatalisis pemutusan ikatan melalui
insersi molekul air (dalam bentuk H dan OH). Reaksi ini dapat juga bergantung pada pH,
yang berakibat pada kehilangan ion hidrogen. Contohnya: fosfatase mengkatalisis
hidrolisis monofosfat ester, dan peptidase yang mengkatalisis hidrolisis ikatan peptide.
Bentuk reaksinya secara umum:

Kelas enzim yang keempat adalah Liase. Liase mengkatalisis reaksi pelepasan satu gugus.
Proses ini disertai dengan pembentukan ikatan rangkap atau penambahan gugus ke
ikatan rangkap. Contohnya: deaminase membantu penghilangan amonia, dan
dekarboksilase yang mengkatalisis penghilangan CO2. Bentuk umum reaksinya adalah :
Kelas enzim yang kelima adalah isomerase. Isomerase mengkatalisis konversi satu
isomer ke bentuk yang lainnya. Contohnya rasemase yang mengkatalisis reaksi
rasemisasi enansiomer, dan epimerase yang mengkatalisis perubahan satu epimer ke
yang lainnya.

Kelas enzim yang keenam adalah ligase atau sintetase. Ligase mensintesis reaksi
penggabungan dua molekul dengan ikatan kovalen yang terbentuk antar dua molekul
dimaksud. Proses ini sering menggunakan ikatan berenergi tinggi seperti ATP.
Contohnya: piruvat karboksilase yang mengkatilis pembentukan ikatan C-C, dan
asetilCoA sintetase yang mengkatalis pembentukan ikatan C-S.

2. MEKANISME KERJA ENZIM

Kerja enzim dimulai dengan pembentukan kompleks enzim-substrat. Dalam formasi ini,
substrat harus berikatan pada sisi aktif enzim. Interaksi antara enzim dan substrat harus
memfasilitasi reaksi, dan membuka jalur reaksi baru. Ada 2 model yang menjelaskan
mekanisme kerja enzim
 Gambar 2.1. Mekanisme kerja enzim

Model kunci dan anak kunci (lock and key)

Model kunci dan anak kunci adalah mekanisme enzim dimana substrat berlaku seperti
anak kunci yang pas untuk satu kunci, yaitu enzim. Model ini menjelaskan kekhasan atau
spesifitas dari enzim, sama seperti hanya anak kunci tertentu yang pas untuk satu kunci,
maka hanya substrat tertentu yang pas dengan satu enzim.

Gambar 2.2. Model kunci dan anak kunci

Salah satu keterbatsan model ini adalah bahwa model ini tidak menjelaskan
mengapa reaksi sebenarnya terjadi dan sebenarnya enzim lebih fleksibel dan tidak
sekaku yang diimplikasikan oleh teori ini dimana tidak memperhatikan sifat protein
yang penting yaitu fleksibilitas konformasinya.
Model induced-fit

Model yang kedua model induced-fit, dikembangkan untuk mengatasi keterbatasan dari
model yang pertama. Pada model ini, substrat masih tetap harus pas dengan enzim sama
seperti anak kunci, tetapi tidak hanya harus pas untuk lubang kuncinya. beberapa
modifikasi diinduksi pada substrat, enzim, maupun keduanya. Pengikatan substrat
menginduksi perubahan konformasi pada enzim yang berakibat terjadinya kesesuaian
komplementer setelah substratnya terikat pada enzim. Modifikasinya memulai proses
reaksi.

Gambar 2.3. Model induced-fit

Semua proses reaksi melibatkan energi. Reaksi terjadi dimulai dari reaktan dengan
tingkatan energy tertentu, energy tambahan akan diserap untuk mencapai tahap transisi
(ΔG*) asterisk mengindikasikakn tahap transisi, setelah itu energi dilepaskan untuk
memperoleh produk. Perbedaan jumlah energi antara reaktan dan produk adalah energi
bebas (ΔG). Jika tingkatan energi produk lebih besar dari reaktan (energi diserap),
reaksinya adalah reaksi endergonik dan non-spontan. Sedangkan jika tingkat energi
produk kurang dari reaktan (energi dilepaskan), reaksinya eksergonik dan spontan.

Walau reaksinya bersifat sponton tidak berarti dapat berjalan dengan laju reaksi yang
cepat. Laju reaksi tergantung pada nilai energy bebas pada tahap transisi ΔG*. Semakin
besar nilai ΔG*, reaksinya makin lambat. Enzim, seperti halnya katalis yang lain
menurunkan nilai ΔG*, dan akibatnya meningkatkan laju reaksi. Sedangkan perbedaan
energi antara reaktan dan produk tidak berubah, sama halnya dengan distirbusi
equilibriumnya. Enzim memfasilitasi pembentukan tahap transisi.

Cara enzim bekerja untuk meningkatkan laju reaksi adalah dengan cara
menurunkan energi aktivasi reaktan sehingga energi bebas pada tahap transisi
(tahap dimana konformasi atom siap membentuk produk) juga menurun

Gambar 2.4. Cara kerja enzim dalam mempercepat reaksi

3. KINETIKA ENZIM

Model kinetika reaksi yang dikatalisis enzim yang umum digunakan pertama kali
dikembangkan oleh Leonor Michaelis dan Maud Menten tahun 1913 dikenal dengan
persamaan Michaelis-Menten, yang masih digunakan sampai sekarang, walaupun sudah
mengalami modifikasi.

Contoh reaksi dapat berupa perubahan substrat ke produk

SP

Michaelis dan Menten berkesimpulan bahwa kecepatan reaksi tergantung pada

konsentrasi kompleks enzim-substrat (ES), sebab apabila tergantung pada konsentrasi
substrat (S), maka penambahan konsentrasi substrat akan menghasilkan pertambahan
kecepatan reaksi yang apabila digambarkan akan merupakan garis lurus. Jadi secara
umum reaksi dengan enzim dituliskan sebagai berikut

k1, k-1, dan k2, masing-masing ialah tetapan kecepatan reaksi pembentukan kompleks ES,
tetapan pembentukan kembali E dan S, tetapan kecepatan reaksi penguraian kompleks
ES menjadi enzim dan hasil reaksi. Dari persamaan reaksi ini diuraikan sampai diketahui
persamaan Michaelis-Menten sebagai berikut :

Vmax ( S )
V
K m  (S )

Dimana , V : kecepatan reaksi; (S) : konsentrasi substrat; Vmax: kecepatan reaksi

maximum; dan Km: tetapan Michaelis-Menten.

Untuk menentukan nilai Km dapat dipakai beberapa cara. Salah satu cara ialah
menggunakan grafik kecepatan reaksi-konsentrasi substrat seperti dibawah ini:
Dari persamaan dan grafik diatas kita dapat mengetahui apabila harga V= ½ Vmax, maka
nilai Km = (S). Ini berarti harga Km sama dengan konsentrasi substrat ( mol per liter)
yang menghasilkan kecepatan reaksi sebesar setengah dari kecepatan maksimum.

Cara lain yaitu merubah grafik hiperbola ke persamaam garis lurus dengan cara membuat
persamaan 1/V dan 1/S dari persamaan.

Vmax ( S )
V
K m  (S )

1 Km  ( S )

V V max ( S )

1 Km (S )
 
V V max ( S ) V max ( S )

1 Km 1 1
  
V V max S V max
Dari persamaam diatas terlihat bahwa 1/V adalah fungsi dari 1/S. Oleh karena Km dan
Vmax adalah tetapan maka apabila 1/V diganti dengan Y dan 1/S diganti dengan X, maka
persamaan garis lurusnya

Km 1
Y  aX  b a b
V max V max

Dengan demikian terlihat sebagai garis lurus dan dikenal sebagai metode Lineweaver-
Burk (Gambar 2.5)
 Gambar 2.5. Metode grafik Lineweaver-Burk

Pada titik potong antara grafik dengan sumbu Y, harga 1/S = 0 dimasukkan di persamaan
diatas grafik, maka didapatkan harga V= Vmax

Pada titik potong antara grafik dengan sumbu X, harga 1/V =0, dengan demikian harga
1/S pada titik potong tersebut sama dengan -1/Km

Kegiatan 2.1

Masing-masing mahasiwa memecahkan masalah berdasarkan data hasil penelitian untuk

menghitung kinetika enzim

Data berikut ini mendiskripsikakn satu reaksi yang dikatalisis enzim. Plot hasil data ini
dengan menggunakan metode Lineweaver-Burk, dan tentukan nilai Km dan Vmax.
Satuan mM (millimole per liter) 1 mM = 1×10 -3 mol L-1. (Konsentrasi enzim sama pada
semua eksperimen)

Konsentrasi substrat (mM) Kecepatan (mM s-1)

2.5 0.024

5.0 0.036

10.0 0.053
 15.0 0.060

20.0 0.061

Tentukan nilai 1/S dan 1/V untuk nilai eksperimen diatas

1/S (mM-1) 1/V (mM s-1)-1

Plot data yang didapat pada tabel diatas pada grafik dengan nilai 1/S sebagai sumbu X
dan nilai 1/V sebagai sumbu Y di excel. Tentukan persamaan best fit linier Y=aX +b . atau
1/V= a. (1/S) +b. Dengan persamaan ini , tentukan nilai Km dan Vmax

Km 1
Y  aX  b a b
V max V max

4. INHIBITOR DAN REGULASI ENZIM

Inhibitor adalah senyawa-senyawa yang menurunkan aktivitas enzim, dan terbagi atas 2
kelas inhibitor: inhibitor kompetitif , yang berkompetisi dengan substrat dan inhibitor
non kompetitif , yang tidak berkompetisi dengan substrat. Secara umum proses ini
bersifat dapat balik (reversible), tapi ada juga inhibitor yang bersifat tidak dapat balik
(ireversibel) yang secara permanen merubah enzim atau berikatan sangat kuat pada
enzim. Semua jenis hambatan (inhibitor) dapat berfungsi dalam regulasi aktivitas
enzimatik.
 Gambar 2.6. Mekanisme inhibitor enzim

Inhibitor kompetitif

Inhibitor kompetitif disebabkan karena ada molekul yang mirip dengan substrat yang
dapat pula membentuk kompleks yaitu kompleks enzim inhibitor (EI). Pembentukan
kompleks EI sama dengan pembentukan kompleks ES, yaitu melalui penggabungan
inhibitor dan enzim pada bagian sisi aktif enzim. Dengan demikian terjadi persaingan
antara inhibitor dengan substrat terhadap bagian aktif enzim.

Contoh : Asam malonat, oksalat dan oksaloasetat dapat menghambat kerja enzim
suksinat dehydrogenase dalam reaksi dehidrogenasi asam suksinat. Asam malonat,
oksalat dan oksaloasetat mempunyai struktur yang mirip dengan rumus asam suksinat.

Inhibitor kompetitif menghalangi terbentuknya kompleks ES dengan cara membentuk

kompleks EI. Berbeda dengan kompleks ES, kompleks EI ini tidak dapat membentuk hasil
reaksi. Dengan demikian adanya inhibitor kompetitif dapat mengurangi peluang bagi
terbentuknya kompleks ES dan hal ini menyebabkan berkurangnya kecepatan reaksi.

Pengaruh inhibitor ini tidak tergantung pada konsentrasi inhibitor semata, tetapi juga
pada konsentrasi substrat. Pengaruh inhibitor dapat dihilangkan dengan cara menambah
substrat dalam konsentrasi besar.
 Gambar 2.7. Persamaaan Lineweaver-Burk untuk inhibitor kompetitif

Untuk inhibitor kompetitif titik potong Y (Y intercept) untuk tanpa inhibitor dan
dengan inhibitor sama atau tidak berubah

1 Km  (I )  1 1
 1   
V V max  K1  S V max
Y  ax  b
Km  (I )  1 1
a 1   x b
V max  K1  S V max

Inhibitor non-kompetitif

Inhibitor ini tidak dipengaruhi oleh besarnya konsentrasi substrat. Dalam hal ini
inhibitor dapat bergabung dengan enzim pada suatu bagian di luar sisi aktif.
Penggabungan antara inhibitor dan enzim ini terjadi pada enzim bebas, atau pada enzim
yang telah mengikat substrat yaitu kompleks ES. Penggabungan inhibitor dengan enzim
bebas menghasilkan kompleks EI, sedangkan penggabungan dengan kompleks ES
menghasilkan kompleks ESI. Baik kompleks EI maupun ESI bersifat inaktif. Ini berarti
bahwa kedua kompleks tersebut tidak dapat menghasilkan hasil reaksi yang diharapkan.
Inhibitor non-kompetitif pada suatu reaksi tidak dapat diatasi dengan jalan
memperbesar konsentrasi substrat.

Contoh inhibitor non-kompetitif : ion-ion logam berat (Cu2+, Hg2+, Ag2+) yang dapat
berhubungan dengan gugus –SH yang terdapat pada sistein dalam enzim. Dengan cara
berikatan dengan ion logam berat maka gugus –SH tidak lagi memiliki aktivitas katalitik
bagi enzim.

Gambar 2.8. Persamaaan Lineweaver-Burk untuk inhibitor non-kompetitif

Untuk inhibitor non-kompetitif titik potong Y (Y intercept) untuk tanpa inhibitor

dan dengan inhibitor berbeda.

1 Km  ( I )  1 1  (I ) 
 1    1  
V V max  K1  S V max  K1 
Y  ax  b
Km  ( I )  1 1  (I ) 
a 1   x b 1  
V max  K1  S V max  K1 
Kegiatan 2.2.

Sukrosa dihidrolisis menjadi glukosa dan fruktosa melalui percobaan kinetika klasik.
Reaksinya dikatalisis oleh enzim invertase. Dengan menggunakan data ekeperimen
berikut, tentukan apakah inhibisi dari reaksi ini oleh 2M urea adalah bersifat kompetitif
atau non-kompetitif. Guanakan metode Lineweaver-Burk.

Konsentrasi gula (mol L-1) V, tanpa inhibitor V, dengan inhibitor

0.0292 0.182 0.083

0.0584 0.263 0.119

0.0876 0.311 0.154

0.117 0.330 0.167

0.175 0.372 0.192

Tentukan nilai 1/S dan 1/V untuk kedua tanpa inhibitor dan dengan inhibitor

1/S 1/V, tanpa inhibitor 1/V, dengan inhibitor

Plot nilai 1/S sebagai sumbu X dan kedua nilai 1/V sebagai sumbu Y menggunakan
program excel. Setelah di plot lihat grafiknya dan titik potong Y. Tentukan bahwa data
hasil experimen ini inhibitornya kompetitif atau non-kompetitif.
Rangkuman

1. Katalis adalah senyawa yang mempercepat reaksi kimia.Enzim adalah katalisator

biologis yang mempercepat reaksi metabolisme yang ada dalam tubuh
organisme.Kebanyakan enzim adalah protein globuler.
2. Sebelum satu reaksi dapat dikatalisis, enzim dan substrat harus bergabung.
Substrat bergabung pada enzim di bagian sisi aktif enzim. Dua model yang sering
digunakan untuk menggambarkan penggabungan enzim dan substrat : model lock
and key dan model induced-fit
3. Michaelis dan Menten mengembangkan hubungan matematik untuk menjelaskan
mekanisme kerja enzim
4. Inhibitor adalah senyawa yang bergabung dengan enzim untuk menurunkan
kecepatan katalisis Dua tipe inhibitor utama. Kompetitif dan non-kompetitif
5. Inhibitor kompetitif bergabung pada sisi aktif enzim dan menghalangi
penggabungan substrat ke enzim. Inhibitor non-kompetitif bergabung ke bagian
lain enzim selain sisi aktif dengan cara tertentu yang merubah sisi aktif enzim dan
menurunkan efektivitas katalitik enzim.

Soal Latihan

1. Jelaskan bagaimana efektivitas katalitik enzim dibandingkan dengan katalisis non-

enzim!
2. Jelaskan bagaimana terbentuknya kompleks Enzim substrat!
3. Jelaskan mekanisme enzim dalam mempercepat reaksi dalam hubungan dengan
energi aktivasi reaksi!
4. Jelaskan dengan grafik ketergantungan kecepatan reaksi pada konsentrasi substrat
yang mengikuti persamaan Michaelis-Menten!
Daftar Pustaka

CAMPBELL, M. K. & FARELL, S. O. 2009. Biochemistry, Belmont, CA, USA, Thomson

Brookscole. Halaman 143-168.

MOORE, J. T. & LANGLEY, R. 2008. Biochemistry for Dummies, Hoboken, NJ, USA, Wiley
Publishing, Inc. Halaman 85-107.

POEDJIADI, A. 1994. Dasar-Dasar Biokimia, Jakarta, Indonesia, Universitas Indonesia

Press. Halaman 140-189.

Senarai

Apoenzim : Bagian protein dari enzim

Holoenzim : Kombinasi apoenzim dan kofaktor

Kofaktor : Bagian non-protein dari enzim

Koenzim : Kofaktor organic