MAKALAH KIMIA MEDISINAL

SENYAWA 1,5-BENZOTHIASEPINE SEBAGAI INHIBITOR DENGUE DENV-2

NS2B/NS3 SERINE PROTEASE

KELOMPOK 1
Nama Anggota:

Atqillah Irbah Alfitri 185070500111008

Annis Rahma Kusuma Wardani 185070500111025

PROGRAM STUDI FARMASI FAKULTAS KEDOKTERAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2023
 BAB I
PENDAHULUAN
1. Latar belakang
Virus dengue (DENV) merupakan masalah kesehatan global yang semakin
meningkat, dengan perkiraan 390 juta infeksi terjadi setiap tahunnya di seluruh dunia.2
Karena obat antivirus atau vaksin spesifik tidak tersedia, beban penyakit global yang
disebabkan oleh infeksi DENV cukup besar. Perspektif ini berupaya untuk memberikan
gambaran kimia obat ditujukan untuk pengobatan infeksi DENV. World Health
Organization (WHO) mencatat negara Indonesia sebagai negara dengan kasus demam
berdarah dengue tertinggi di Asia Tenggara.
Demam Berdarah Dengue (DBD) disebabkan oleh virus dengue. Virus ini termasuk
dalam group B Arthropod Borne Viruses (Arbovirusis) kelompok 10 Flafivirus dari famili
Flaviviridae yang terdiri dari empat serotipe yaitu virus dengue-1 (DEN1), virus dengue-2
(DEN2), virus dengue-3 (DEN3), virus dengue-4 (DEN4). Keempat jenis virus ini
masing-masing saling berkaitan sifat antigennya dan dapat menyebabkan sakit pada
manusia. Keempat tipe virus ini telah ditemukan di berbagai daerah di Indonesia. DENV-
2 memiliki proporsi yang tinggi terhadap dengue yang berat dibandingkan DENV-1 dan
DENV-4 (Mardhatillah, 2021).
Benzothiazepine adalah senyawa heterosiklik lingkar tujuh yang mengandung
nitrogen dan sulfur. Senyawa 1,5- benzothiazepine merupakan senyawa bioaktif yang
memiliki aktivitas biologis seperti antimikroba, agen antikonvulsan, penghambat
Plasmodium Falciparum sitokrom bc1, anti-HIV (Santo, 2005), dan antikanker).
Senyawa-senyawa 1,5-benzothiazepine dapat disintesis dengan menggunakan senyawa
analog kalkon dan 2-aminothiopene sebagai senyawa awal (starting materials)
(Frimayanti et al, 2021).
Molecular docking adalah prosedur komputasional yang dapat digunakan untuk
memprediksi ikatan kimia dari makromolekul (reseptor) dengan sebuah molekul kecil
(ligan) secara efisien menggunakan struktunya melalui simulasi moleculer docking.
Tujuan dari docking adalah untuk mencapai konformasi protein dan ligan yang optimal.
Docking membantu dalam mempelajari obat / ligan atau interaksi reseptor / protein
dengan mengidentifikasi situs aktif yang cocok pada protein, mendapatkan geometri
terbaik dari kompleks ligan – reseptor. Docking menjadi dasar untuk penemuan obat
secara simulasi komputasi (Frimayanti et al, 2021; Setiawan et al, 2017).
2. Tujuan
Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui potensi dari 6 senyawa 1,5-
benzothiazepine sebagai inhibitor NS2B/ NS3 Protease virus dengue-2 dengan
menggunakan studi molecular docking.
 BAB II
METODE PENELITIAN
2.1 Preparasi ligan
Struktur 6 ligan dan kontrol positif (panduratin A) digambarkan menggunakan
ChemDraw dan dapat dilihat pada tabel 1.

Tabel 1. Struktur 6 Senyawa 1,5-Benzothiazepine dan Kontrol Positif (Panduratin A)

MA01 MA02

MA03 MA10
 MA11 MA12

Panduratin A

2.2 Preparasi Protein

Struktur 3D protein 2FOM diunduh melalui situs www.rcsb.org/pdb dalam
format .pdb.

2.3 Simulasi Docking

Proses simulasi molecular docking dilakukan dengan menggunakan software Molegro
Molecular View pada ligan dan protein 2FOM yang telah dipreparasi.
 BAB III
HASIL DAN PEMBAHASAN
3.1 Prediksi Sifat Fisikokimia
Perangkat lunak Chem Bio Draw Ultra digunakan untuk menghasilkan representasi
struktur molekul 2D dari MA01, MA02, MA03, MA10, MA11 dan MA12. Setelah itu,
dilakukan pengecekan terhadap berat molekul (BM), logaritma koefisien partisi oktanol/air
(Log P), jumlah Hydrogen Bond Acceptors (HBA), dan jumlah Hydrogen Bond Donor
(HBD) dari masing-masing senyawa. Selain itu, senyawa-senyawa yang dipilih harus
mematuhi kriteria yang dikenal sebagai hukum Lipinski (Lipinski, 2004). Lipinski et al.
(1997) menyatakan bahwa senyawa akan memiliki tingkat penyerapan yang rendah dan
permeabilitas yang kurang baik jika memenuhi beberapa kriteria berikut: memiliki berat
molekul lebih dari 500; memiliki nilai log koefisien partisi oktanol/air (log P) lebih besar dari
+5; memiliki jumlah Hydrogen Bond Donor (HBD), yang dinyatakan dengan jumlah gugus
O-H dan N-H, lebih besar dari 5; dan memiliki jumlah Hydrogen Bond Acceptors (HBA),
yang dinyatakan dengan jumlah atom O dan N, lebih besar dari 10. Hasil yang diperoleh
terdapat pada tabel dibawah ini.

No senyawa Log P CLog MR CMR TotE RS Interak As.amino

P si

1. MA01 6.61 6.425 95.66 9.7452 46.635 - Interaks Leu 85

2,4- cm3/m 2 83.55 i Sterik Ile 165
diphenylbenzo[b ol kcal/m 8 Trp 89
][1,4]thiazepine ol

2. MA02 6.22 6.0972 97.48 9.8983 51.129 - Ikatan Ikatan

2-(2- cm3/m 7 83.73 Hidroge Hidrogen
phenylbenzo[b] ol 13 n Gly 87
[1,4]thiazepin-4- Interaks
yl)phenol i Sterik Interaksi
Sterik
Leu 85
Val 147
Gly 87
Ile 165

3. MA03 6.09 6.0162 104.73 10.515 56.775 - Ikatan Ikatan

2-(2-(4- 2 7 93.28 Hidroge Hidrogen
methoxyphenyl) 02 n Gly 87
benzo[b] Interaks Val 147
 [1,4]thiazepin-4- i Sterik Asn 152
yl)phenol
Interaksi
Sterik
Leu 85
Ile 165
Gly 87
Val 147
Asn 152

4. MA10 7.65 7.637 106.17 10.700 46.968 - Interaks Gly 148

2-(4- 4 0 83.67 i Sterik Leu 85
chlorophenyl)-4- 24 Ile 165
(p-tolyl)benzo[b]
[1,4]thiazepine

5. MA11 7.25 7.067 101.97 10.224 46.402 - Interaks Ile 165

2-(4- 5 9 83.72 i Sterik Leu 86
fluorophenyl)-4- 06 Trp 89
(p-tolyl)benzo[b]
[1,4]thiazepine

6. MA12 6.92 6.944 109.7 11.096 56.917 - Interaks Lys 26

4-(2-(2,4- 7 4 89.37 i Sterik Tyr 23
dichlorophenyl)b 95 Leu 18
enzo[b]
[1,4]thiazepin-4-
yl)aniline

7. Panduratin A 5.23 7.0828 122.84 11.959 40.511 - Ikatan Ikatan

(2,6-dihydroxy- 5 8 2 89.41 Hidroge Hidrogen
4- 91 n Lys 74
methoxyphenyl) Interaks Val 147
((1R,2R,3S)-4- i Sterik
methyl-3-(3- Interaksi
methylbut-2-en- Sterik
1-yl)-1,2,3,6- Trp 83
tetrahydro-[1,1'- Leu 76
biphenyl]-2- Ile 165
yl)methanone Val 147
Lys 74
Ala 166

Dimana pada percobaan kali ini hanya parameter BM yang sesuai dengan peraturan
Lipinski. Berdasarkan tabel 1, senyawa MA01, MA02, MA03, MA10, MA11 dan MA12
memiliki bobot molekul sesuai dengan aturan Lipinski yakni kurang dari 500 maka senyawa
tersebut cenderung mengalami kesulitan dalam difusi melalui membran sel. Berat molekul
suatu obat memiliki pengaruh pada kemampuannya untuk berdifusi secara pasif melalui
membran sel.
Nilai LogP pada senyawa MA01, MA02, MA03, MA10, MA11 dan MA12 yakni >5
dimana melebihi ketentuan Lipinski <5. Semakin tinggi nilai Log P, semakin zat itu dianggap
hidrofobik. Zat yang sangat hidrofobik menjadi berpotensi berbahaya karena cenderung
bertahan lebih lama di dalam lapisan ganda lipid dan dapat menyebar dengan lebih luas ke
seluruh tubuh, yang pada akhirnya dapat mengurangi selektivitasnya dalam berinteraksi
dengan target yang diinginkan. Namun, ketika nilai Log P suatu bahan kimia turun, zat
tersebut menjadi lebih sulit untuk menembus lapisan ganda lipid.
Oleh karena itu, dapat diasumsikan bahwa senyawa ini sukar diserap dan mempunyai
permeabilitas yang tidak baik karena tidak mengikuti lima aturan Lipinski.
3.2 Penentuan Energi Minimal
Senyawa MA01, MA02, MA03, MA10, MA11 dan MA12 direpresentasikan secara
grafis menggunakan ChemBioDraw Ultra sebelum pengujian in silico, dan model struktur 3D
dibuat menggunakan program Chem 3D Ultra. Kemudian dengan pendekatan MM2,
penentuan energi minimum diulangi sebanyak tiga kali. Produk akhir disimpan dalam
format .mol2 dan dalam bentuk stereokimia yang paling dapat diandalkan. Hasil dari
penentuan energi minimal ditunjukkan pada tabel dibawah ini.

Senyawa Struktur 3D setelah Energi minimal (kcal/mol)

meminimasi energi

MA01 46,6352

MA02 51,1297
MA03 56,7767

MA10 46,9685

MA11 46,4029

MA12 56,9174

3.4 hasil docking menggunakan molegro

Nilai MolDock Score mewakili hasil molecular docking. Jumlah energi yang
dibutuhkan untuk docking dikenal sebagai MolDock Score (Pratoko, 2013). Nilai
MolDock Score ditentukan oleh energi ikatan yang dihitung berdasarkan total energi
yang diperlukan untuk membentuk ikatan antara ligan dan reseptor (Ayuningrum M,
2021). Ketika MolDock Score menurun, itu mengindikasikan bahwa ikatan antara
ligan dan reseptor dapat terbentuk dengan lebih sedikit energi. Untuk mengevaluasi
apakah suatu molekul memiliki afinitas yang dapat diterima, perlu menggunakan
senyawa pembanding sebagai acuan. Berikut tabel hasil molDock score.

Senyawa MolDock Score

MA01 -102.241

MA02 -111.291

MA03 -124.728

MA10 -144.68

MA11 -115.235

MA12 -115.391

Panduratin A -132.534

Dari nilai moldock pada tabel diatas nilai senyawa MA01, MA02, MA03,
MA10, MA11 dan MA12 lebih bessar dibandingkan dengan nilai panduratin A, maka
mengindikasikan bahwa ikatan antara reseptor dan senyawa MA01, MA02, MA03,
MA10, MA11 dan MA12 tidak lebih stabil dibandingkan dengan Panduratin A.
Sejumlah asam amino aktif reseptor 2FOM berinteraksi dengan ligan.
Kemampuan reseptor untuk terhubung dengan ligan untuk memutuskan bagaimana
ligan berinteraksi dengan asam amino adalah salah satu cirinya. Pada percobaan kali
ini senyawa MA01, MA02, MA03, MA10, MA11 dan MA12 tidak menghasilkan
ikatan hidrogen namun hanya menghasilkan ikatan sterik, sedangkan panduratin A
menghasilkan ikatan hidrogen maupun sterik.

Senyawa Ikatan Hidrogen Ikatan Sterik

MA01 - - Leu 85
- Ile1 65
- Trp 89

MA02 - Leu 85
- Gly 87 - Gly 87
- Ile 165
- Val 147

MA03 - Gly 87 - Leu 85

- Val 147 - Ile 165
 - Asn 152 - Gly 87
- Val 147
- Asn 152

MA10 - - Gly 148

- Leu 85
- Ile 165

MA11 - - Leu 85
- Ile 165
- Trp 89

MA12 - - Lys 26
- Leu 18
- Tyr 23

Panduratin A - Val147 - Trp 83

- Lys74 - Leu 76
- Ile165
- Val 174
- Lys 74
- Ala 166

Ikatan hidrogen memiliki peran penting dalam proses molecular docking, yang
menjaga stabilitas protein. Keberadaan banyak ikatan hidrogen bisa dianggap sebagai
tanda kuatnya ikatan antara reseptor dan ligan. Senyawa pengujian yang memiliki
kesamaan dalam residu asam amino dan jumlah ikatan hidrogen dengan ligan alami
menunjukkan kemungkinan adanya interaksi tidak serupa, yang mengindikasikan
bahwa aktivitas mereka tidak sebanding.
 BAB IV
KESIMPULAN

Berdasarkan percobaan yang dilakukan dapat disumoulkan bahwa:

1. Sifat fisikokimia 6 Senyawa 1,5-Benzothiazepine tidak memenuhi persyaratan
yang telah ditentukan oleh peraturan Lipinski.
2. Hasil percobaan menunjukkan bahwa senyawa 6 Senyawa 1,5-
Benzothiazepine memiliki nilai MolDock Score masing-masing adalah -
102.241, -111.291, -124.728, -144.68, -115.235, dan -115.391. Nilai-nilai ini
lebih tinggi dibandingkan dengan senyawa pembanding, yaitu Panduatin A
yakni -132.534 . Ini mengindikasikan bahwa ikatan antara reseptor dan s6
Senyawa 1,5-Benzothiazepine tidak lebih stabil dibandingkan dengan
Panduatin A .