SIKLUS NITROGEN /

FIKSASI NITROGEN
Nitrogen is an important constituent
of biological molecules.
The availability of N can affect plant
growth and thus primary Production.
Microbes are intimately involved in this
process.

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

 SIKLUS NITROGEN

Ada tiga proses

biologi dalam
siklus alami
nitrogen: fiksasi,
nitrifikasi dan
denitrifikasi,
yang melibatkan
BAKTERI
fiksasi nitrogen,
nitrifikasi dan
denitrifikasi.

SUMBER: http://www.intechopen.com/books/biotechnology-molecular-studies-and-novel-applications-for-improved-
quality-of-human-life/ammonia-accumulation-of-novel-nitrogen-fixing-bacteria
 SIKLUS NITROGEN
Reactions and molecular mechanisms of biological nitrogen fixation.

SUMBER: http://www.intechopen.com/books/biotechnology-molecular-studies-and-novel-applications-for-improved-
quality-of-human-life/ammonia-accumulation-of-novel-nitrogen-fixing-bacteria
 FIKSASI NITROGEN
Biologi fiksasi nitrogen dapat diwakili oleh persamaan berikut , di mana dua mol
amonia yang dihasilkan dari satu mol gas nitrogen , dengan mengorbankan 16 mol ATP
dan pasokan elektron dan proton ( ion hidrogen ) :

N2 + ​8H + + 8e - + 16 ATP = 2NH3 + H2 + 16ADP + 16 Pi

Reaksi ini dilakukan secara eksklusif oleh prokariota ( bakteri dan organisme yang
terkait ) , menggunakan sebuah kompleks enzim disebut nitrogenase . Enzim ini terdiri
dari dua protein - protein besi dan protein molibdenum - besi ( lihat gambar ) .
Reaksi terjadi saat N2 terikat pada kompleks enzim nitrogenase . The Fe protein
pertama dikurangi dengan elektron yang disumbangkan oleh ferredoxin . Kemudian
protein Fe berkurang mengikat ATP dan mengurangi protein molibdenum - besi, yang
menyumbangkan elektron ke N2 , memproduksi HN = NH . Dalam dua siklus lanjut
dari proses ini ( elektron masing-masing membutuhkan disumbangkan oleh ferredoxin )
HN = NH direduksi menjadi H2N - NH2 , dan ini pada gilirannya dikurangi menjadi
2NH3 .
Tergantung pada jenis mikroorganisme , yang ferredoxin berkurang yang memasok
elektron untuk proses ini dihasilkan oleh fotosintesis , respirasi atau fermentasi .
SUMBER: http://www.com.univ-mrs.fr/IRD/atollpol/fnatoll/ukn2biol.htm
 FIKSASI NITROGEN

SUMBER: Nitrogen fixation

(http://opbs.okstate.edu/~Blair/Bioch4113/
1999%20Student%20Presentations/
Jacobs%20Nitrogenase%20folder/sld005.htm)
 FIKSASI NITROGEN
Mekanisme biologis fiksasi nitrogen
Biologi fiksasi nitrogen dapat diwakili oleh persamaan berikut , di mana dua mol amonia yang
dihasilkan dari satu mol gas nitrogen , dengan mengorbankan 16 mol ATP dan pasokan elektron
dan proton ( ion hidrogen ) :

N2 + ​8H + + 8e - + 16 ATP = 2NH3 + H2 + 16ADP + 16 Pi

Reaksi ini dilakukan secara eksklusif oleh prokariota ( bakteri dan organisme yang terkait ) ,
menggunakan sebuah kompleks enzim disebut nitrogenase . Enzim ini terdiri dari dua protein -
protein besi dan protein molibdenum - besi , seperti yang ditunjukkan di bawah ini .
Reaksi terjadi saat N2 terikat pada kompleks enzim nitrogenase . The Fe protein pertama
dikurangi dengan elektron yang disumbangkan oleh ferredoxin . Kemudian protein Fe berkurang
mengikat ATP dan mengurangi protein molibdenum - besi, yang menyumbangkan elektron ke N2
, memproduksi HN = NH . Dalam dua siklus lanjut dari proses ini ( elektron masing-masing
membutuhkan disumbangkan oleh ferredoxin ) HN = NH direduksi menjadi H2N - NH2 , dan ini
pada gilirannya dikurangi menjadi 2NH3 .

Tergantung pada jenis mikroorganisme , yang ferredoxin berkurang yang memasok elektron
untuk proses ini dihasilkan oleh fotosintesis , respirasi atau fermentasi .

SUMBER: http://archive.bio.ed.ac.uk/jdeacon/microbes/nitrogen.htm
 SIKLUS NITROGEN

Ada tingkat konservasi

fungsional antara protein
nitrogenase dari semua
bakteri penambat
nitrogen.

Protein Fe dan protein

Mo-Fe telah diisolasi dari
banyak bakteri ini, dan
fiksasi nitrogen terjadi
pada sistem sel di
laboratorium ketika
protein Fe dari satu
spesies dicampur dengan
protein Mo-Fe bakteri
lain, bahkan jika spesies
sangat jauh terkait.

SUMBER: http://archive.bio.ed.ac.uk/jdeacon/microbes/nitrogen.htm
 SIKLUS NITROGEN
Diagram berikut menunjukkan sebuah gambaran dari siklus
nitrogen di lingkungan tanah atau air.
Sebagian besar dari nitrogen berada dalam biomassa atau di
sisa-sisa organisme mati (secara kolektif disebut "bahan
organik").
Salah satu nitrogen yang tersedia untuk mendukung
pertumbuhan baru diberikan oleh fiksasi nitrogen dari
atmosfer (jalur 6) atau dengan pelepasan amonium atau
senyawa nitrogen organik sederhana melalui dekomposisi
bahan organik (jalur 2) .

Beberapa tahap lain dalam siklus ini dimediasi oleh

kelompok-kelompok khusus mikroorganisme dan dijelaskan
berikut ini.

SUMBER: http://archive.bio.ed.ac.uk/jdeacon/microbes/nitrogen.htm
 SIKLUS NITROGEN

SUMBER: http://archive.bio.ed.ac.uk/jdeacon/microbes/nitrogen.htm
 NITRIFIKASI
Nitrifikasi merujuk pada konversi ammonium menjadi nitrat (
jalur 3-4 ) . Hal ini disebabkan oleh bakteri nitrifikasi , yang
khusus untuk mendapatkan energi mereka dengan
mengoksidasi amonium , ketika menggunakan CO2 sebagai
sumber karbon untuk mensintesis senyawa organik .
Organisme semacam ini disebut chemoautotrophs - mereka
mendapatkan energi mereka dengan oksidasi kimia dan
mereka autotrof karena mereka tidak bergantung pada
bahan organik pra - terbentuk .
Pada prinsipnya oksidasi amonium oleh bakteri ini tidak
berbeda dari cara di mana manusia energi keuntungan
dengan mengoksidasi gula . Penggunaan CO2 untuk
menghasilkan bahan organik tidak berbeda secara prinsip
dari perilaku tanaman .

SUMBER: http://archive.bio.ed.ac.uk/jdeacon/microbes/nitrogen.htm
 NITRIFIKASI

Bakteri nitrifikasi yang ditemukan di sebagian besar tanah

dan air dari pH moderat , tetapi tidak aktif dalam tanah
sangat asam .
Bakteri ini hampir selalu ditemukan sebagai komunitas
campuran spesies ( konsorsium disebut ) karena beberapa
dari mereka - misalnya Spesies Nitrosomonas - khusus untuk
mengubah amonium menjadi nitrit ( NO2 - ) sementara yang
lain - misalnya Spesies nitrobacter - mengkonversi nitrit
menjadi nitrat ( NO3 - ) .
Akumulasi nitrit menghambat Nitrosomonas , jadi itu
tergantung pada Nitrobacter untuk mengubah ini menjadi
nitrat , sedangkan Nitrobacter tergantung pada
Nitrosomonas untuk menghasilkan nitrit .

SUMBER: http://archive.bio.ed.ac.uk/jdeacon/microbes/nitrogen.htm
 NITRIFIKASI

Bakteri nitrifikasi memiliki beberapa konsekuensi lingkungan

yang penting , karena mereka begitu umum bahwa sebagian
besar amonium dalam tanah beroksigen atau perairan alami
adalah mudah dikonversi menjadi nitrat .
Kebanyakan tanaman dan mikroorganisme dapat mengambil
baik nitrat atau amonium ( panah ditandai " 1 " dalam
diagram ) .

Proses nitrifikasi memiliki beberapa konsekuensi yang tidak

diinginkan . Ion amonium ( NH4 + ) memiliki muatan positif
dan begitu juga mudah terserap ke tanah liat koloid
bermuatan negatif dan bahan organik tanah , mencegah dari
yang dicuci dari tanah dengan curah hujan .

SUMBER: http://archive.bio.ed.ac.uk/jdeacon/microbes/nitrogen.htm
 NITRIFIKASI

Ion nitrat bermuatan negatif tidak diadakan pada partikel

tanah dan sebagainya dapat dicuci profil tanah - proses
disebut pencucian. Dengan cara ini , nitrogen berharga bisa
hilang dari tanah , mengurangi kesuburan tanah . Nitrat
kemudian dapat terakumulasi dalam tanah , dan akhirnya
dalam air minum .
Baku mutu ketat yang mengatur jumlah nitrat dalam air
minum , karena nitrat dapat direduksi menjadi nitrit yang
sangat reaktif oleh mikroorganisme dalam kondisi anaerob
usus .
Nitrit diserap dari usus dan mengikat hemoglobin , mengurangi
kapasitas darah membawa oksigen. Pada bayi muda ini dapat
menyebabkan gangguan pernapasan - kondisi yang dikenal sebagai "
sindrom bayi biru " . Nitrit dalam usus juga dapat bereaksi dengan
senyawa amino , membentuk nitrosamin yang sangat karsinogenik .

SUMBER: http://archive.bio.ed.ac.uk/jdeacon/microbes/nitrogen.htm
 DENITRIFIKASI
Denitrifikasi mengacu pada proses di mana nitrat diubah menjadi
senyawa gas ( oksida nitrat , dinitrogen oksida dan N2 ) oleh
mikroorganisme . Urutan biasanya melibatkan produksi nitrit (
NO2 - ) sebagai langkah menengah ditampilkan sebagai " 5 "
dalam diagram di atas . Beberapa jenis bakteri melakukan
konversi ini ketika tumbuh pada bahan organik dalam kondisi
anaerobik . Karena kurangnya oksigen untuk respirasi aerobik
normal, mereka menggunakan nitrat di tempat oksigen sebagai
akseptor elektron terminal . Hal ini disebut respirasi anaerob dan
dapat digambarkan sebagai berikut :

Dalam respirasi aerobik ( seperti pada manusia ) , molekul organik

yang dioksidasi untuk mendapatkan energi , sedangkan oksigen
direduksi menjadi air :

C6H12O6 + 6 O2 = 6 CO2 + 6 H2O + energi

SUMBER: http://archive.bio.ed.ac.uk/jdeacon/microbes/nitrogen.htm
 DENITRIFIKASI

Dengan tidak adanya oksigen , zat direduksi seperti nitrat ( NO3 - )

bisa melayani peran yang sama dan direduksi menjadi nitrit , nitrat
oksida , nitrous oxide atau N2 .

Dengan demikian , kondisi di mana kita menemukan denitrifikasi

organisme dicirikan oleh ( 1 ) pasokan bahan organik teroksidasi ,
dan ( 2 ) tidak adanya oksigen tetapi ketersediaan sumber
nitrogen direduksi . Campuran produk nitrogen gas sering
dihasilkan karena penggunaan bertahap nitrat , nitrit , nitrat
oksida dan oksida nitrat sebagai akseptor elektron dalam
respirasi anaerob . Bakteri denitrifikasi umum termasuk beberapa
spesies Pseudomonas , dan Bacillus Alkaligenes . Kegiatan
mereka mengakibatkan kerugian besar nitrogen ke atmosfer , kira-
kira menyeimbangkan jumlah fiksasi nitrogen yang terjadi setiap
tahun .

SUMBER: http://archive.bio.ed.ac.uk/jdeacon/microbes/nitrogen.htm
SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies
SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies
 Nitrogen is a very stable and common
molecule.
A lot of energy is required to break the NN
bond.
Most organic nitrogen is recycled from the
more easily available forms nitrate and NH4+.

But N fixation is a critically important

process in the environment and in agriculture

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

 DENITRIFIKASI

Dissimilatory (anaerobic process), nitrate is used as an electron acceptor,

producing N2. It is beneficial in waste water treatment, removing nitrate,
thus reducing algal growth (blooms), eutrophication.
Note they will grow aerobically using O2 as an electron acceptor if it is
available (THIS IS NOT FERMENTATION).

Pseudomonas denitrificans

2NO3- + 10e- +2H+  N2 + 6H2O The electrons come from

metabolism of carbohydrates etc.

NO3-  NO2-  NO  N2O  N2

Thought to be an enzyme for each stage. Nitric and nitrous oxide can
be released into the atmosphere causing potential problems.

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

 NITRIFIKASI

It is oxidation of ammonia to nitrate (via nitrite).

Occurs in well drained, aerated soils by two nitrifying bacteria,
Nitrosomas and Nitrobacter together (example of syntrophism).

Manure and sewage promote nitrification.

Nitrate is rapidly absorbed by plants but as it is very soluble
it is easily leached out by rain, so it is not always of benefit.
Ammonia at neutral and acid pH, is cationic and is absorbed by
clay minerals.
Anhydrous ammonia is used as a fertiliser, chemicals are added
to inhibit nitrification. This (nitrapyrin) increases efficiency
of the fertiliser and reduces run off water pollution.

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

 Nitrification is a two stage process

The process in energetically fairly inefficient,

generating few ATP molecules the bacteria grow slowly.

Nitrosomas
NH4 + 3/2O2- NO2- +2H+ + energy

Nitrobacter
NO2- + 3/2O2 – NO3- + energy

The energy generated is used to fix CO2

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

 Assimililatory

is is the conversion of nitrate

(or NH3) to NH3
and then to nitrogenous
compounds like amino acids.

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

 FIKSASI N

This reaction is very important. N2 is very stable and

there is a large a reservoir of N in the atmosphere.

It requires a lot of energy to break the triple bond, and

only a small number of organisms can do it, all
prokaryotes.

Both free living and in symbiotic associations.

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

 CONTOH PEM-FIKSASI N

Free living aerobes Azotobacter, Azomonas,

Cyanobacteria (some)
Free living anaerobes Closridium, Rhodobacter etc

Symbiotic Rhizobium and Bradyrhizobium with

legumes
(Soya, peas, clover etc)
Frankia with woody shrubs
Anabaena with azolla (fern) in paddy fields .

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

 BIOKIMIA FIKSASI N

Nitrogen has a triple bond and this requires a lot of energy to break
it.
940 kj compared to 493kj for O2.
6 electrons are required to reduce N2 to 2NH3.
This reduction process is catalysed by Nitrogenase.

Made up of two proteins – dinitrogenase and dinitrogen reductase.

Both contain Fe and DR also has Mo.
In DR the Fe and Mo are contained in a cofactor
FeMo-co and the reduction of N2 occurs here.
The formula is MoFe7S9.
Two molecules of FeMo-co per molecule. FeS forms a cage.

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

 Kompleks FeMo dalam FIKSASI N

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

 Sifat & Ciri FIKSASI N

Nitrogen fixation is inhibited by O2.

As it is a highly reducing process.

Both enzymes are rapidly and irreversibly inactivated by O2.

In aerobic bacteria, nitrogenase is protected from O2
either by rapid respiration, production O2 retarding slime
or production of special cells (heterocysts),
or O2 is removed by special chemicals.

For every molecule of N2 fixed. 16-24 molecules ATP are used.

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

 Aliran Elektron dalam FIKSASI N

Ferredoxin, flavodoxin or low potential iron-sulphur protein

are the electron donors.
They transfer electrons to dinitrogen reductase.
For each cycle of e- transfer, dintrogen reductase binds two ATP,
which is then able to interact with dinitrogenase and transfer
electrons to it. ATP is hydrolysed and the two proteins disassociate
to begin another cycle of reduction.

Only 6 electrons used in the useful reduction, another two are

wasted to make H2, which can
back react withN2H2.

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies
 Steps in Nitrogen Fixation

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

Assay Nitrogenase activity by acetylene
to ethylene

Artificial substrate

HCCH  H2C=CH2

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

 Soybean Root Nodules

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies
 SIMBIOSIS LEGUME DALAM FIKSASI N

Leguminous plants are at an advantage in poor soils.

These bacteria are unable to fix, N2 alone, they need the plant.

In the nodule O2 levels are controlled by leghaemolobin.

The bacteria and plant form this iron containing compound

which binds O2.

Bound: free O2 is 10,000:1

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

 PEMBENTUKAN BINTIL AKAR
Stages in Root Nodule Formation

1. Recognition and attachment of bacterium to root hair

2. Invasion of root hair, by formation of an infection
thread.
3. Travel to main root
4. Formation deformed cells, bacteroids to get to N fixing
state
5. Formation of Nodule.

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

 Rhizobium FIKSASI N
Rhizobia grow well in the rhizopsphere, responding well to plant
secretions. Rhicadhesin on the surface of bacterium may bind
calcium complexes on the root hair surface.
Invasion of the root hair is via the tip as a result of the action of
bacterial encoded nod factors, inducing formation of a cellulosic
tube, the infection thread.
Root cells adjacent to this thread also become infected.
Nod factors stimulate plant cell division.
Bacteria multiply rapidly in the root.
Bacterial cells become swollen into bacteroids, become
surrounded singly, or in groups by plant cell membrane to
become symbiosome. Only then does nit fix take place.

When the plant dies, nodule deteriorate, bacteroid cannot divide, but
some dormant rods always there which proliferate on the
products released from the dying nodules. The fixed N is released to the soil.

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies
SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies
SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies
SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies
 Stem nodulating legumes in
tropics
Sesbania (water plant).

Soils get leached because of high

microbial activity.

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

Azolla pinnata (left) 1cm. Anabaena from crushed
leaves Of Azolla.

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies

SUMBER: www.mona.uwi.edu/.../5thLectureAppEnv...University of the West Indies