Definisi

Ekologi : Studi tentang hubungan timbal balik antara organisme dan beberapa faktor
lingkungannya.

Ekologi virus : Hubungan antara virus, organisme lain, dan lingkungan yang dihadapi oleh virus
ketika berusaha untuk memenuhi kebutuhan biologis dasar untuk kelangsungan hidup dan
replikasi genetiknya.

Biotik
Ekosistem • suhu, air, kelembaban, cahaya dan topografi
Abiotik
Komunitas • manusia, hewan, tumbuhan dan mikroba

Populasi
Salah satu entitas biologis paling banyak di biosfer adalah virus. Ada sekitar 1031 dari mereka di
planet ini yang cukup untuk melampaui 60 galaksi terdekat di alam semesta, jika berbaris dan
digantung ujung ke ujung (Suttle, 2005).
Meskipun partikel inert di luar inang mereka, tidak mampu mengkatalisasi reaksi kimia, virus
sebenarnya secara langsung dan tidak langsung mempengaruhi banyak proses biogeokimia,
termasuk siklus karbon.

Kita mungkin tidak melupakan penyakit yang disebabkan oleh virus, tetapi pada akhirnya kita akan
melihat ekosistem yang sangat berbeda jika virus secara ajaib dihapuskan.

Bab ini akan membahas bagaimana virus memainkan peran yang tak tergantikan dalam ekologi dan
evolusi mikroba dan semua organisme. Bisa dibilang hidup tidak akan ada tanpa virus.

Karakteristik yang menentukan dari virus adalah bahwa ia harus menginfeksi inang untuk dapat
bereplikasi, meskipun virus dari archaeon hipertermofilik tampaknya merupakan pengecualian dari
aturan ini (Haring et al., 2005).

Karena infeksi oleh virus dapat berakibat fatal bagi sel inang, virus adalah bentuk kontrol top-down
dari populasi mikroba, sebagaimana telah disebutkan dalam Bab 7. Dalam bab ini, kita belajar lebih
banyak tentang virus untuk memahami kontrol top-down ini dan untuk mengeksplorasi peran
ekologis lainnya dari virus di tanah dan habitat perairan. Mungkin ada virus atau beberapa untuk
setiap organisme di planet ini, tetapi virus yang paling umum di alam diperkirakan adalah yang
menginfeksi bakteri karena bakteri adalah bentuk kehidupan seluler yang paling banyak jumlahnya.
Virus ini disebut bakteriofag atau hanya fag.
interaksi antara spesies dan organisme individu
Interaksi antara spesies dan organisme
penyusunnya individu penyusunnya
Seperti yang ditunjukkan pada Gambar 1.2,
interaksi antara spesies dan organisme
individu penyusunnya (entitas biologis) terjadi
di daerah di mana terdapat tumpang tindih
dalam aspek temporal, fisik, dan biomolekuler
(atau biokimiawi) dari zona ekologis dari
spesies berbeda tersebut.

Banyak jenis interaksi dapat berkembang di

antara spesies karena mereka berbagi
lingkungan.
Salah satu jenis interaksi yang mungkin
adalah predasi. Ketika mikroorganisme adalah
predator, predator itu disebut sebagai
patogen dan mangsa disebut sebagai inang.
 Jenis siklus ini ada, dalam bentuknya yang paling mendasar, pada
tingkat virus individu atau individu seluler.

Namun, harus dipahami bahwa dalam kasus mahluk multiseluler, siklus

hidup biologis ini ada tidak hanya pada tingkat setiap sel individu, tetapi
juga pada tingkat jaringan atau sistem jaringan, dan pada tingkat organ.

Siklus hidup biologis ini juga ada pada skala yang lebih besar, di mana ia
beroperasi pada tingkat yang menggambarkan keberadaan setiap
spesies secara keseluruhan, pada tingkat genus biologis, dan juga
tampaknya beroperasi lebih jauh ke atas setidaknya pada tingkat
keluarga biologis.

Secara ekologis, siklus hidup individu-individu yang berbeda dan spesies

masing-masing yang saling mempengaruhi akan saling berhubungan
baik secara temporal, geografis, dan biologis.
Dengan demikian, akan terjadi evolusi dari keseluruhan kumpulan
biologis dan, pada gilirannya, proses evolusi biotik ini wajib untuk
beradaptasi dengan setiap perubahan abiotik yang terjadi di lingkungan
tempat organisme tersebut berbagi. Sementara kapasitas fisiologis
spesies menetapkan batas potensial ceruk yang dapat ditempati dalam
lingkungan bersama ini, batas operasional aktual ceruk itu lebih dibatasi
dan ditentukan oleh koneksi antarspesies dan kompetisi biologis.
Ketika kita mempelajari ekologi virus, kita memahami tidak hanya
interkoneksi yang ada antara entitas virus dan inang, tetapi juga
interkoneksi antara kedua entitas ini dan vektor atau kendaraan
apa pun yang dapat dimanfaatkan oleh virus. Seperti yang
ditunjukkan pada Gambar 1.4, interaksi ini dapat diwakili oleh
empat simpul tetrahedron.

Rute yang memungkinkan virus dapat berpindah dari satu

organisme inang ke organisme inang lain dapat diilustrasikan
sebagai garis interkoneksi antara simpul-simpul yang mewakili
dua host (sekarang dan terdekat) plus satu simpul masing-
masing mewakili konsep vektor dan kendaraan (udara, air, dan
makanan). Gambar 1.5, yang mewakili bentuk pipih tetrahedron
yang ditunjukkan pada gambar sebelumnya

(Gambar 1.4) dapat dianggap sebagai titik rujukan kami saat

kami bergerak maju dalam memeriksa ekologi virus. Virus harus
bertahan hidup ketika berhubungan dengan inang saat ini dan
kemudian berhasil berpindah dari organisme inang (terinfeksi)
(pusat Gambar 1.5) ke organisme inang lain. Gerakan ini, atau
transmisi, dapat terjadi melalui kontak langsung antara dua
organisme inang atau melalui rute yang melibatkan vektor dan
kendaraan (Hurst dan Murphy, 1996).
Menurut definisi,
Vektor adalah objek yang hidup (hidup).
Vehicle adalah, menurut definisi, benda mati (tidak hidup).

Setiap virus yang menggunakan vektor atau vehicle harus

memiliki sarana untuk bertahan hidup ketika berhubungan
dengan vektor dan kendaraan tersebut untuk mempertahankan
siklus penularannya dalam populasi organisme inang.

Jika suatu virus bereplikasi cukup untuk meningkatkan

populasinya sementara dalam hubungannya dengan suatu
vektor, maka vektor tersebut disebut sebagai "biologis" secara
alami. Jika populasi virus tidak meningkat saat berhubungan
dengan vektor, maka vektor tersebut disebut "mekanis". Karena
virus adalah parasit intraseluler wajib, dan kendaraan menurut
definisi tidak hidup, maka kita harus berasumsi bahwa virus
tidak dapat meningkatkan populasinya saat berhubungan
dengan kendaraan.
Faktor-faktor ekologi berperan sangat penting terhadap penyebaran dan stabilitas virus Avian
Influenza (AI) di lingkungan. Virus AI adalah virus influenza tipe A dan termasuk famili
Orthomyxoviridae.

Virus ini dapat menginfeksi berbagai jenis vertebrata terutama spesies unggas serta dapat
menginfeksi mamalia termasuk manusia.

Penyebaran virus AI dapat terjadi melalui migrasi unggas. Pola migrasi unggas biasanya terjadi
pada daratan yang luas dengan jarak tempuh yang jauh pada rentang waktu tertentu sehingga
dapat menularkan virus AI ke unggas lainnya dan akan menyebar ke lingkungan.

Faktor biotik (mikroba flora normal) dan abiotik (fisik dan kimia) berperan dalam penularan virus
AI ke spesies unggas yang peka dan berpengaruh pada stabilitas virus AI di lingkungan.
Disinfektan dapat menonaktifkan virus AI yang ada di lingkungan dan efektivitasnya dipengaruhi
oleh konsentrasi, waktu, pH, suhu dan bahan organik.
Ringkasan

1. Virus terdiri dari asam nukleat yang dikelilingi oleh lapisan protein. Asam nukleat terjadi dalam setiap variasi DNA dan
RNA yang mungkin dan bervariasi di antara berbagai jenis virus.

2. Virus berkembang biak dengan mengambil alih mesin inang biokimia yang terinfeksi. Virus virus hanya memiliki fase
litik sedangkan virus memiliki fase lisogenik dan fase litik. Lisogen mungkin lebih disukai di lingkungan oligotrofik.

3. Metode mikroskopis menunjukkan bahwa virus sangat berlimpah, sekitar sepuluh kali lebih banyak daripada bakteri,
inang yang paling memungkinkan. Sebaliknya, tes plak memulihkan sangat sedikit virus dari lingkungan alami, yang
berarti bahwa beberapa virus dapat diisolasi dan tumbuh di laboratorium.

4. Viral lisis menyumbang sekitar 50% dari kematian bakteri dengan 50% lainnya karena penggembalaan, meskipun
persentase ini sangat bervariasi antara lingkungan. Virus juga bisa menjadi penting dalam menghentikan pertumbuhan
fitoplankton. Mereka mempengaruhi biologi dan ekologi semua organisme di biosfer.

5. Host dapat mengembangkan pertahanan terhadap virus, seperti mengubah reseptor yang digunakan oleh virus untuk
mengenali host. Pertahanan ini harus dibayar. Virus juga dapat berkembang sebagai respons terhadap inang.

6. Virus memiliki banyak efek positif pada mikroba, termasuk pelepasan DOM selama lisis. Mereka juga memediasi
pertukaran materi genetik antara inang, memengaruhi evolusi mikroba dan organisme lain.
 Penularan virus endemik dalam populasi inang diwakili oleh model kompartemen jenis ini (Hurst dan Murphy, 1996).

Model ini pada dasarnya merupakan perpanjangan dari model yang disajikan
pada Gambar 1.7.
Model ini mengandung tiga kompartemen yang sama (rentan, menular, dan
kebal) yang secara aktif termasuk individu dan kategori individu yang
dihilangkan oleh mortalitas terkait infeksi seperti yang dijelaskan pada
Gambar 1.7.
Model ini berbeda dalam hal itu juga harus mempertimbangkan berbagai
kategori yang mungkin dari individu yang dihilangkan secara langsung yang
dapat bergerak masuk dan keluar dari kompartemen individu yang terlibat
secara aktif. Pemindahan mereka mewakili fakta bahwa mereka tidak
berinteraksi dengan individu yang termasuk aktif sedemikian rupa sehingga
virus dapat menjangkau mereka, seringkali karena isolasi spasial. Model ini
juga mencakup fakta bahwa status kekebalan individu secara alami dapat
berkurang atau berkurang seiring waktu sehingga individu yang kebal kembali
ke kompartemen berlabel rentan; produksi keturunan inang, yang mewakili
keberhasilan reproduksi anggota spesies inang; kematian alami, sebagai cara
untuk menghilangkan anggota populasi; dan kemungkinan penggunaan
vaksinasi untuk menghindari proses infeksi plus kematian terkait vaksin. Harap
perhatikan bahwa keturunan dari individu yang terinfeksi dapat rentan,
menular, atau kebal pada saat kelahiran mereka tergantung pada jenis virus
yang terlibat dan apakah infeksi virus ditularkan kepada keturunan atau tidak.
Digunakan dengan izin penulis dan Cambridge University Press
 Masing-masing level organisasi ini mewakili lingkungan yang berbeda yang harus dihadang oleh virus.
 Virus mempengaruhi host-hostnya dan vektor-vektor akan menarik respons yang harus dipertahankan oleh virus itu sendiri
jika virus ingin bertahan hidup.
 Selain itu, virus harus selalu siap untuk melawan pesaing biologis potensial itu.
 Sebaliknya, virus harus terbuka untuk mempertimbangkan spesies yang baru dijumpai (atau didatangkan kembali) sebagai
inang atau vektor yang memungkinkan.
 Karena sifat aselularnya, ketika virus dilihat di lingkungan Ambiental (udara, tanah, dan air) mereka tampak ada dalam
bentuk yang pada dasarnya inert secara biologis. Namun, mereka memiliki perilaku yang sangat aktif ketika dilihat di
banyak lingkungan organisme lainnya.
1. Bodini A, Klotz S. The Science of Ecology for a Sustainable World. :9.
2. Hewajuli DA, Dharmayanti NI. The Influence of Ecological Factors on the Transmission and Stability of Avian
Influenza Virus in the Environment. Indones Bull Anim Vet Sci. 2014;24(3). doi:10.14334/wartazoa.v24i3.1069
3. Hurst CJ, ed. virus Ecology. San Diego: Academic Press; 2000.
4. Hurst CJ. The Connections between Ecology and Infectious Disease. 1st edition. New York, NY: Springer Berlin
Heidelberg; 2019.
https://www.cdc.gov/vhf/rvf/resources/virus-ecology.html