Isolasi DNA Bakteri,

Hewan, dan Tumbuhan

Praktikum Biologi Molekuler
Departemen Biologi
2020
Tujuan Praktikum Isolasi DNA

1. Mahasiswa mengetahui fungsi dari setiap bahan dan

cara kerja dalam isolasi DNA dari bakteri, hewan, dan
tumbuhan
2. Mahasiswa mengetahui metode-metode isolasi DNA
dari bakteri, hewan, dan tumbuhan dengan metode kit
maupun metode konvensional
3. Mahasiswa mengetahui prinsip isolasi DNA dari
bakteri hewan dan tumbuhan
Prinsip Isolasi DNA Bakteri, Hewan dan Tumbuhan

● Melisiskan sel
Perusakan dinding sel serta membran sel agar DNA dapat diekstraksi.
Metode : pemanasan untuk meningkatkan fluiditas, DTT untuk mengurangi ikatan
disulfida.

● Memisahkan DNA dari komponen sel lainnya atau purifikasi

Seperti Protein, karbohidrat, RNA

● Mengisolasikan DNA atau presipitasi

Memisahkan DNA dari komponen pengotor dengan cara sentrifugasi.
Isolasi DNA Bakteri
Bacillus subtilis Escherichia coli
DNA Bakteri
DNA berbentuk sirkular yang
terletak di dalam struktur nucleoid
sel bakteri

● •DNA Ekstrakromosomal
(DNA Plasmid)
● DNA kromosomal (DNA untai
ganda)
Metode Isolasi DNA bakteri
Konvensional Modern

(+) Lebih murah (+) Hasil isolasi tinggi

(+) (+) DNA yang disimpan lebih
(--) Hasil isolasi rendah
(--) Stabilitas DNA rendah stabil
(--) Harga mahal
Metode Isolasi DNA bakteri (Modern)
Fungsi Larutan

● RNase : Mendegradasi RNA

● Isopropanol : Menarik air dari sampel dan untuk presipitasi DNA
● Ethanol70% : untuk menghilangkan garam dan untuk pencucian
DNA
● Fenol-Kloroform : Memisahkan asam nukleat dengan zat pengotor (protein dan
lipid)
● Lysis Buffer : Melisiskan membran sel
● TE Buffer : Elusi dan menjaga DNA dari degradasi
Isolasi DNA Hewan
DNA Pada Sel Hewan

Sel mengandung 2 jenis asam nukleat

yakni RNA dan DNA

Komponen utama kromosom pada sel

eukariota : molekul DNA dan protein

Sel pada jaringan hewan tidak memiliki

dinding sel
Metode Isolasi DNA Hewan

1. 1. Metode CHELEX
Metode Isolasi DNA Hewan

1. 2. Metode Pelarut Organik (Phenol-Chloroform)

Metode Isolasi DNA Hewan
1. 3. Metode Pelarut Non-Organik/Garam
Metode Isolasi DNA Hewan
1. 4. Metode Membran Silika
Fungsi Larutan pada Isolasi DNA Hewan

Aquades = Pelarut serbuk chelex resin 100

Chelex resin 100 = Materi pengikat ion logam

Isolasi DNA Tumbuhan
Isolasi DNA Tumbuhan

Molekul DNA terdapat di dalam

nukleus (DNA kromosomal), dan
di luar nukleus, yaitu pada
mitokondria dan kloroplas (DNA
ekstrakromosomal)
 Metode Isolasi DNA
Tumbuhan
1. 1. Metode CTAB
 Metode Isolasi DNA Tumbuhan
1. 2. Metode Isolasi DNA menggunakan Plant Genomic DNA mini Kit [GeneAid]
Fungsi Komponen Plant Genomic DNA Mini Kit (GP100)

•GP1 Buffer dan GPX1 Buffer : melisiskan dinding dan membran sel
•GP2 Buffer : membantu proses lisis dari
organel
•Filter Column : menyaring biomolekul berukuran
besar seperti
dinding sel dan membran sel
•GP3 Buffer : presipitasi (memadatkan)
DNA
•W1 Buffer dan Wash Buffer : membersihkan DNA dari biomolekul (karbohidrat , lipid,
protein) dan garam yang menempel pada DNA
Fungsi Komponen Plant Genomic DNA Mini Kit (GP100)

•GD Column : menjadi penyaring tempat terikatnya DNA agar

bisa
dibersihkan dan dielusi
•2ml Collection Tube : tempat penampungan filtrat baik dari Filter Column atau
GD Column)
•Elution Buffer : melarutkan DNA yang terikat dalam GD Column dan
menjadi buffer dari DNA hasil isolasi untuk disimpan
Metode Isolasi DNA Tumbuhan
Figure 1. Genomic DNA was extracted from a
variety of 100 mg plant sample species using the
Genomic DNA Mini Kit (Plant). A 3 µl aliquot from
each 200 µl eluate was analyzed by
electrophoresis on a 1% agarose gel.
M = Geneaid 1 Kb DNA ladder
1. Cinnamomun camphora (Camphor tree)
2. Pisum sativum (Pea sprout)
3. Arabidopsis thaliana (Thale cress)
4. Oryza sativa (Rice)
5. Ipomoea batatas (Sweet potato vine)
6. Rhizoma dioscoreae (Chinese yam )
7. Populus tremula (Aspen)
8. Flammulina velutipes (Mushroom)
9. Oxalis comiculats (Clover)