ISSN 1978-9513

VIS VITALIS, Vol. 01 No. 2, tahun 2008

MIKROBA, DARI HABITAT KE INDUSTRI*

Yulneriwarni
Fakultas Biologi Universitas Nasional

ABSTRAK
Dalam biologi industri, mikroba mempunyai peranan yang sangat besar dalam menghasilkan berbagai macam produk. Jenis dan jumlah mikroba yang bersifat menguntungkan ini juga tersedia secara melimpah di alam, yang masih perlu digali dan dikembangkan dalam industri. Mikroba tersebut dapat ditemukan mulai dari dasar samudra sampai kepuncak gunung dan dapat hidup pada berbagai macam habitat, termasuk pada lingkungan yang ekstrim. Persiapan dalam mengeksploirasi mikroba dari habitat, agar dapat diaplikasikan dalam industri dilakukan dengan langkahlangkah sebagai berikut: Menentukan jenis produk yang akan dihasilkan; Mengetahui kelompok mikroba yang dapat digunakan; Mempelajari jalur biosintesis produk; Menentukan medium untuk pertumbuhan mikroba dan substrat yang bisa digunakan dalam menghasilkan produk yang diinginkan; Isolasi mikroba; Seleksi mikroba; Karakterisasi dan identifikasi; Pemeliharaan kultur;; Propagasi kultur dan pembuatan starter; Fermentasi; Scale up; Pengembangan mutan jika diperlukan; Aplikasi dalam Industri. Kata Kunci : mikroba, habitat, industri

PERAN MIKROBA DALAM INDUSTRI

Mikroba dengan ukuran mikroskopis, jenis dan sifat fisiologis yang bervariasi, menem-pati habitat di alam tanpa batas ruang. Dengan kata lain mikroba dapat ditemukan dimana saja, yakni di tanaman, hewan, manusia, air, tanah, udara, limbah dan sebagai-nya. Dalam biologi industri mikroba merupakan pabrik molekuler, yang mampu memproduksi ribuan macam produk yang dapat dimanfaatkan manusia. Dewasa ini, aplikasi mikroba dalam industri terus berkembang baik di bidang kimia, pangan, tekstil, kertas, pertanian

ataupun lingkungan dan lain sebagainya (tabel 1). Sementara di alam, mikroba yang bersifat mengun-tungkan ini, merupakan harta kekayaan yang masih banyak tersembunyi dan tak kan pernah habis untuk digali dan dikembangkan.

MENGGALI POTENSI MIKROBA DARI ALAM

Pemanfaatan aktivitas mikroba dalam industri, perlu mempertim-bangkan beberapa hal sebagai : 1. Jenis produk yang akan dihasilkan: biomasa, enzim, pangan, metabolit.

Makalah disampaikan dalam Simposium Biologi Industri, Fakultas Biologi Universitas Nasional pada tanggal 11 November 2008 di Jakarta.

Yulneriwarni

13

VIS VITALIS, Vol. 01 No. 2, tahun 2008

2. Kelompok mikroba yang dapat digunakan. - Mikroba : kapang, khamir, bakteri, dan alga - Fisiologis: aerob, anaerob, anaerob fakultatif, mesofilik, termofilik, kebutuhan nutrien dan lain-lain - Kelompok mikroba yang akan digunakan berkaitan dengan habitat atau sumber isolat mikroba ataupun dengan prosedur selanjutnya dalam fermentasi. 3. Jalur biosintesis produk: jalur sintesis akan menentukan sistem dan kondisi fermentasi yang akan dilakukan. 4. Medium untuk pertumbuhan mikroba atau substrat yang dapat digunakan. Medium pertum-buhan akan sangat menentukan keberhasilan proses isolasi dan pemeliharaan biakan mikroba. Sedangkan jenis dan keterse-diaan substrat akan menentukan keberhasilan proses fermentasi dan kelangsungan proses produksi. Langkah-langkah yang perlu dilakukan dalam menggali potensi mikroba dari alam, antara lain adalah: 1. Isolasi mikroba 2. Seleksi mikroba 3. Karakterisasi dan Identifikasi 4. Pemeliharaan kultur 5. Propagasi kultur 6. Pembuatan starter 7. Fermentasi 8. Scale up 9. Pengembangan mutan jika diperlukan 10. Aplikasi dalam Industri Isolasi Mikroba Cara untuk mendapatkan biakan murni disebut isolasi. Isolasi merupakan salah satu tahapan yang sangat penting dalam Industri. Isolat yang diperoleh dan bersifat unggul akan digunakan untuk memproduksi senyawa yang bernilai
Yulneriwarni

ekonmis. Mikroba dapat diisolasi dari alam: sayur, buah-buahan (segar atau busuk) tanaman, hewan tanah, lumpur danau atau sungai, limbah dan sebagainya. Namun untuk mendapatkan isolat yang lebih spesifik, isolasi dilakukan dari lingkungan khusus atau kondisi lingkungan yang ekstrim, seperti mikroba temofilik dapat diisolasi dari lingkungan air panas. Isolasi mikroba dapat diaku-kan dengan cawan gores (penipisan Koch) atau cawan tuang (sistem pengenceran). Sumber mikroba diberi perlakuan yang dapat me-rangsang pertumbuhan mikroba khusus yang diinginkan dan sekaligus menghambat pertumbuhan mikroba yang tidak diinginkan atau mikroba ditumbuhkan dalam medium yang bersifat selektif. Untuk mendapatkan kelompok mikroba khusus digunakan media yang diberi tambahan nutrisi khusus yang sesuai dengan habitat alami, yang disebut dengan media diperkaya. Mikroba yang berhasil diisolasi harus dimurnikan berulang kali, sehingga koloni yang tubuh dapat dipastikan berasal dari satu sel. Karena tidak semua mikroba mampu membentuk mikrokoloni yang terpisah secara sempurna. Selanjutnya biakan murni dipin-dahkan secara steril pada perbenihan baru dan disebut sebagai isolat. Seleksi mikroba Dari sejumlah isolat yang didapat, perlu dilakukan seleksi untuk memilih isolat terbaik atau unggul dalam produksi. Seleksi yang dilakukan hendaklah bersifat cepat, sensitif, murah dan mudah. Isolat terpilih akan menentukan keberhasilan proses industri fermentasi. Sifat-sifat yang harus dimiliki isolat terpilih adalah a. Murni, bebas dari segala kontaminan b. Dapat tumbuh dengan subur, fase adaptasi singkat atau tidak ada 14

VIS VITALIS, Vol. 01 No. 2, tahun 2008

c. Dapat menghasilkan produk yang diinginkan (aktivitas spesifik) d. Mampu menghasilkan produk yang diinginkan dengan konsentrasi tinggi dalam waktu singkat

e. Mudah dalam

disimpan jangka

dan dipelihara waktu lama

Tabel 1. Contoh aplikasi mikroba dalam industri (Atlas dan Bartha, 1981; Zahner, 1987; Dordick, 1991 dan Ray 2004)

Produk Isopropanol, aseton, butanol (pelarut) Bacillus As. akrilat (bahan pembuat plastk) Bacillus subtilis Subtilisin (bahan detergen) Xanthomonas campestris Xantan (pengental) Methanobacterium Metan Micrococcus luteus Hidrokarbon (petroleum) Magnetospirilium magneticum Mineral (biomineralisasi) Acetobacter aceti Asam cuka Pangan Brevibacterium As. amino (Alanin, triptofan, as.glutamat) Propionobacterim Vitamin ( Cyanocobalamin) B. amyuloliquifaciens Enzim ( amilase dan glukosidase) Gibberella fujikuroi Hormon tumbuhan (Giberelin) Pertanian Bacillus thuringiensis Insektisida Rhizobium leguminosorum Biofertilizer Bacillus brevis Antibiotik ( Gramisidin, Tirosidin) Kesehatan Bacillus polimyxa Antibiotik (Polimiksin B) Pseudomonas sp Dospatin ( menurunkan tekanan darah) Thiobacillus ferrooxidans Tembaga, uranium, seng, timah Pertambangan hitam, emas, cobalt, nickel Leptospirilium ferrooxidans Trichoderma viride, Selulase Enzim Penicillium funiculosum Aspergilus ochraceus, Xylanase B. subtilis B. subtilis, B. licheniformis Protease

Industri Kimia

Mikroba Clostridium

Karakterisasi dan Identifikasi Karakterisasi atau penentuan sifat fisiologis mikroba, merupakan dasar dalam identifikasi mikroba secara sistematik. Selain itu pengetahuan tentang sifat
Yulneriwarni

fisologis isolat juga diperlukan dalam kemudahan proses pemeliharaan dan optimisasi proses fermentasi. Beberapa karakter yang perlu diketahui dari isolat, antara lain adalah; a. Morfologi dan struktur sel (spora, flagel) 15

VIS VITALIS, Vol. 01 No. 2, tahun 2008

b. c. d. e. f. g.

Sifat Gram Morfologi koloni pada media padat Sifat petumbuhan pada medium cair Kebutuhan oksigen Kebutuhan energi dan nutrien Suhu dan pH optimal untuk pertumbuhan h. Kurva pertumbuhan Selanjutnya identifikasi isolat dapat dilakukan dengan berbagai cara, antara lain ber-dasarkan: a. Reaksi enzimatik/tes biokimia: fermentasi gula, TSIA, Indol, Metilred, Vouges Pros kauer, Citrat, Urease, katalase, oksidase dan sebagainya b. Tes serologi: yakni reaksi antigen dengan antibodi c. Sifat genetik: yakni dengan menentukan komposisi basa, urutan basa nukleotida dan hibridisasi DNA d. Urutan asam amino: urusan asam amino yang menyusun protein adalah spesifik, karena merupakan merupakan refleksi dari urutan basa DNA, dan lain-lain. Pemeliharaan Kultur Pemeliharaan kultur bertujuan untuk mencegah kontaminasi dan perubahan genetik serta untuk mempertahankan tingkat aktivitas dan viabilitas sel serta mutu genetik. Oleh karena itu, tahap ini merupakan tahap yang paling menentukan kelangsungan industri. Bila tidak dipertahankan, maka mutu dan jumlah produksi akhir juga tidak bisa dipertahankan. Mikroba mudah sekali mengalami mutasi secara spontan, sehingga mutu genetik kultur relatif sulit dipertahankan dan dapat menyebab-kan penurunan kemampuan dalam menghasilkan metabolit. Dalam industri fermentasi terdapat dua katagori kultur, yaitu:
Yulneriwarni

1. Kultur induk, adalah kultur yang digunakan sebagai stock, dipelihara dengan sangat teliti dan hati-hati, diperbaharui paling banyak sekali dua tahun. Setiap kali diperbaharui biakan berpeluang untuk mengalami kontaminasi atau mutasi sehingga mutu strain perlu diperiksa kembali. Kultur ini tidak pernah dipergunakan untuk keperluan rutin atau sebagai starter. 2. Kultur kerja, yaitu kultur yang dibiakan dari kultur induk. Kultur digunakan sebagai inokulum dalam proses fermentasi selanjutnya, diperba-harui dan dibiakan / diperbanyak secara periodik. kultur ini harus diperiksa pada setiap kali diperbaharui dan digunakan Penyimpanan mikroba dalam laboratorium dapat dilakukan untuk jangka pendek ataupun jangka panjang. Penyimpanan jangka pendek mikroba dilakukan dengan memindahkan secara berkala jangka pendek misalnya sebulan sekali dari media lama ke media baru. Beberapa cara penyimpanan jangka pendek antara lain adalah penyimpanan dalam medium agar, minyak mineral, parafin cair, tanah steril, air steril, manik-manik porselin. Penyimpanan jangka pendek hanya dilakukan untuk penyimpanan kultur kerja. Sedangkan penyimpanan jangka panjang ditujukan untuk menyimpan kultur induk. Metode penyimpanan jangka panjang yang paling efektif dan banyak dilakukan ialah metode liofilisasi atau kering beku (freeze drying) dan kriopreservasi (cryopreservation). Propagasi Kultur dan Pembuatan Starter Propagasi kultur bertujuan untuk mendapatkan inokulum yang sehat dan aktif serta tersedia dalam jumlah mencukupi. Inokulum yang berupa kultur kerja tidak dapat langsung digunakan untuk 16

VIS VITALIS, Vol. 01 No. 2, tahun 2008

fermen-tasi, sebelumnya perlu dipropagasi: yaitu menumbuhkan kembali agar didapat inokulum yang kaya dengan sel vegetatif. Selanjutnya dapat langsung digunakan sebagai starter pada skala lab / pilot-plan, tapi harus dibiakan kembali (sekali/ beberapa kali) untuk skala industri Fermentasi dalam kapasitas besar memerlukan inokulum yang cukup banyak. Biasanya inokulum hasil propagasi tidak mencukupi sehingga perlu dibiakan kembali untuk mencapai jumlah yang diinginkan. Inokulum yang siap diinokulasikan ke fermentor disebut dengan starter (biakan aktif). Starter biasanya dibuat dalam fermentor kecil dengan kondisi medium terkendali menyerupai fermentor besar. Fermentasi Fermentasi adalah suatu proses untuk menghasilkan produk dengan melibatkan aktivitas mikroba secara terkontrol, baik dalam kondisi aerob maupun anaerob. Fermentasi dilakukan dalam fermentor yang berisi medium dengan kandungan nutrien yang cukup dan kondisi medium yang optimal untuk pertumbuhan dan sintesis produk yang diinginkan, baik suhu, pH, aerasi maupun homogenitas. Selanjutnya fermentor dihubungkan dengan monitor untuk mengatur parameter-parameter yang terkait dengan proses fermentasi. Proses fermentasi dapat dilakukan dengan sistem batch, fed-batch, continuous dan semibatch, ter-gantung pada substrat yang digunakan dan produk atau metabolit yang diinginkan. Fermentasi dilakukan dalam skala laboratorium, skala pilot plan dan skala industri. Fermentasi skala laboratorium digunakan untuk uji coba kemampuan mikroba atau untuk penelitian yang terkait dengan peningkatan produksi oleh mikroba. Fermentasi skala pilot plan
Yulneriwarni

digunakan untuk mendisain proses fermentasi yang akan diterapkan dalam industri. Sedangkan fermentasi skala industri adalah untuk memproduksi produk dalam jumlah maksimal hingga dapat digunakan oleh konsumen. Prosedur perpindahan fermentasi dari skala laboratorium ke skala industri disebut juga dengan scale-up atau peningkatan proses. Scale-up perlu dilakukan karena selama fermentasi terjadi perubahan lingkungan internal fermentor, yang dapat mem-pengaruhi aktivitas dan produk-tivitas mikroba. Pada fermentasi skala laboratorium digunakan fermentor gelas 1-5 liter, skala pilot plan 300 - 3000 liter dan pada tahap industri digunakan fermentor 10.000 400.000 liter. Pengembangan Mutan Mikroba yang berperan dalam industri perlu ditingkatkan aktivitas metabolismenya, sebab isolat alami hanya mampu menghasilkan produk dalam jumlah sedikit. Pengembangan mutan dapat dilakukan dengan transformasi lisogeni, rekombinasi dan pem-buatan mutan auxotrof. Sifat-sifat mutan yang diinginkan adalah: waktu fermen-tasi lebih singkat, tidak mem-produksi senyawa yang tidak diinginkan, dapat menggunakan substrat yang lebih murah, mampu menghasilkan produk dalam jumlah tinggi dan lain sebagainya. Perubahan setelah mutasi dapat berupa: perubahan sumber karbon dan sumber nitrogen; perubahan kebutuhan akan faktor pertumbuhan (auksotrof) misalnya asam amino dan vitamin; perubahan ketahanan terhadap senyawa antimikroba, antimetabolit dan end product inhibition; serta perubahan kemampuan dalam mensintesis komponen sel dan lainlain

17

VIS VITALIS, Vol. 01 No. 2, tahun 2008

Selanjutnya mikroba dengan sifatsifat yang menguntungkan tersebut digunakan dalam industri, untuk menghasilkan produk yang berkualitas dalam jumlah maksimal.

Prave P, Faust U, Sittig W dan Sukatsch DA. Fundamentals of Biotechnology, VCH, Weinheim. 1987 Ray B. Fundamental Food Microbiology, CRC Press, London. 2004. Zahner H. Antibiotics and other secondary metabolites. Dalam: Fundamentalls of Biotechnology. Prave P, Faust U, Sittig W dan Sukatsch DA (Eds). VCH, Weinheim. 1987.

DAFTAR PUSTAKA
Atlas RM dan Bartha R. Microbial Ecology Fundamental and Applications. Addison-Wesley, London. 1981 Dordick JS (ed). Biocatalysts For Industry, Plenum Press, London. 1991.

Yulneriwarni

18