MAKALAH

BIOTEKNOLOGI KELAUTAN
Studi Kasus Tentang Aplikasi dan Permasalahan Genetic
Engineering di Bidang Perikanan dan Kelautan
Kelompok 1 / I03
0810860035 YOGI ENDRIYANTO
125080600111005 AFRITA AYU SRI HARTANTI
125080600111009 CITRA DWI ANGGRAENI
125080600111019 ANTHON ANDRIMIDA
125080600111020 IRWAN WAHYUDI
125080600111030 SAIFUL FUAD
125080600111041 DYAH AYU DHAMAYANTI
125080600111051 ISTI NURUL AFIFAH
125080600111053 MAYANG SETIANINGSIH
125080600111055 ANNISA SHAFIRA K
PROGRAM STUDI ILMU KELAUTAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2014
1
KATA PENGANTAR
Makalah ini dirancang dan di tulis untuk mencapai beberapa tujuan.Tujuan utama
untuk memenuhi tugas mata kuliah Bioteknologi Kelautan. Kedua untuk membantu dalam
memberikan gambaran tentang aplikasi dan permasalahan genetic engineering di bidang
perikanan dan kelautan .
Dalam pencapaian tujuan-tujuan tersebut, kami mencoba memadukan berbagai
pikiran dari para ahli teori dengan pusat bahas pada konsep-konsep yang terap dan
berguna .Pembahasan pada makalah ini telah dipilih dengan dua pertimbangan pemikiran
yaitu untuk memberikan informasi yang berguna dan relevan, dan untuk memberikan suatu
pemahaman pada bidang bioteknologi.
Salah satu bagian yang menggembirakan dalam penulisan suatu makalah adalah
kesempatan untuk menyampaikan terimakasih kepada kawankawan yang membantu
dalam penulisan makalah ini atas ide dan sarannya, serta kesempatan yang telah diberikan
kepada kami dalam pembuatan makalah ini. Tidak lupa puji syukur kami sampaikan
kepada Allah SWT atas kehendaknya dan rahmat serta kasihnya yang telah dilimpahkan
kepada kami, sehingga kami dapat menyelesaikan makalah ini dengan baik. Kami sebagai
penyusun merasa masih banyak kekurangan dalam penulisan makalah ini. Maka dari
itu kami meminta kritik dan saran yang membangun dari pembaca, semoga makalah ini
berguna bagi siapapun yang membacanya. Amin
Malang, 28 September 2014
Penyusun
Kelompok 1
2
DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR 2
DAFTAR ISI 3
BAB I 4
PENDAHULUAN 4
1.1 Latar Belakang 4
1.2 Rumusan Masalah 4
1.3 Tujuan 4
BAB II 5
PEMBAHASAN 5
2.1 Penerapan dan Pemanfaatan Genetic Engineering pada Alga 5
2.1.1 Penjelasan Umum 5
2.1.2 Permasalahan yang muncul 8
2.1.3 Pemanfaatan Algae Masa depan 9
2.1.4 Concluding remarks 11
2.2 Penerapan dan Pemanfaatan Genetic Engineering Pada Ikan Salmon Atlantik 11
BAB III 15
PENUTUP 15
3.1 Kesimpulan 15
3.2 Saran 15
DAFTAR PUSTAKA 16
3
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Laut adalah suatu ekosistem yang mendominasi wilayah bumi. Selain sifat
oseanografi yang banyak dikaji di dalam laut banyak hal yang harus di eksplorasi dan
ekploitasi untuk pemenuhan kebutuhan manusia mengingat meningkatnya jumlah populasi
manusia tiap kurun waktu tertentu. Transgenik adalah salah satu cara yang banyak
digunakan dewasa ini unntuk mendapatkan produk unggulan dalam pemenuh kebutuhan
yang meningkat. Namun, tidak semua hasil dari produk transgenik dapat menjadi produk
unggulan.
Pada pembahasan yang pertama tentang transgenik mengacu pada jurnal
dengan judul Algal Transgenics and Biotechnology. Seperti yang diketahui sebelumnya,
alga merupakan tumbuhan yang hidup di air laut yang merupakan penyumbang utama
dalam produktivitas primer. Kebanyakan alga merupakan prokariot dan alga disebut juga
tumbuhan yang tidak sempurna karena tidak mempunyai akar, daun yang tidak sejati. Alga
merupakan tumbuhan yang mampu melakukan fotosintesis. Alga dengan filum eukariotik
antara lain : Rhodophyta (alga merah), Chlorophyta (alga hijau), Phaeophyta (alga coklat),
Bacillariophyta (diatom), dan Dinoflagellata. Alga dengan filum prokariotik antara lain alga
hijau-biru (Cyanobacteria). Alga dapat ditemukan dalam ukuran mikro hingga ke ukuran
yang sangat besar. Alga ukuran terkecil ditemukan dalam diameter kurang dari 1m
sebaliknya alga terbesar juga telah ditemukan hingga mencapai tinggi 60m yang disebut
dengan kelp.
Pada pembahasan kedua menggunakan rujukan jurnal dengan judul Cultured growth
hormone transgenic salmon are reproductively out-competed by wild-reared salmon in semi-
natural mating arenas. Penelitian ini dilakukan untuk menguji keberhasilan untuk kawin dari
ikan salmon coho yang diberi hormon GH dalam kompetisi untuk berkembangbiak dengan
ikan salmon liar di arena semi natural.
1.2 Rumusan Masalah
1). Bagaimana contoh penerapan Genetic Engineering / Transgenik pada biota perairan ?
2). Bagaimana contoh pemanfaatan biota perairan hasil Genetic Engineering /
Transgenik ?
3). Apa permasalahan yang dihadapi dalam pemanfaatan biota perairan hasil Genetic
Engineering / Transgenik ?
1.3 Tujuan
1). Mengetahui contoh penerapan Genetic Engineering / Transgenik pada biota perairan
2).Mengetahui contoh pemanfaatan biota perairan hasil Genetic Engineering /
Transgenik
3). Memahami permasalahan yang dihadapi dalam memanfaatkan biota perairan hasil
Genetic Engineering / Transgenik
4
BAB II
PEMBAHASAN
2.1 Penerapan dan Pemanfaatan Genetic Engineering pada Alga
2.1.1 Penjelasan Umum
Pemanfaatan alga pertama kali digunakan sebagai makanan namun bukan sebagai
makanan utama, pada masa itu belum ditemukan adanya bioteknologi. Setelah ditemukan
bioteknologi, pemanfaatan alga semakin berkembang dan semakin besar besaran
digunakan sebagai pengolahan air limbah, penggunaan dalam dunia farmasi, kosmetik,
bahan pangan, dalam aspek budidaya perairan, dan bahkan digunakan dalam pembuatan
bahan bakar.
Transgenik alga mempunyai beberapa keunggulan yag diantaranya pertumbuhan
lebih cepat, produk jenis baru, meningkatkan rasio pertubuhan alga, dan lebih murah.
Normalnya dalam satu spesies dapat menghasilkan berbagai macam produk yang dapat
dikembangkan.
Hal umum yang perlu diperhatikan dalam transgenik adalah pertumbuhan
organisme target dalam kondisi laboratorium. Kondisi laboratorium untuk kultur organisme
harus sesuai dengan kondisi lingkungan spesies target. Kebanyakan alga adalah
photoautotroph yang merupakan organisme yag membutuhkan cahaya, air dan nutrien
untuk pertumbuhan. Dalam transgenik sebaiknya digunakan spesies yang secara jelas
diketahui daur hidupnya. Dalam hal ini, persilangan genetik dapat dilakukan. Dapat sangat
membantu apabila alga mutan dapat dihasilkan karena alga mutan diketahui secara jelas
urutan genomenya.
Penelitian genome alga sangat diperlukan sebagai dasar dari aplikasi dari
bioteknologi dan teknologi gen dan menentukan sukses/tidaknya produk yang dihasilkan.
Pada dasarnya, genome tidak hanya dari alga itu sendiri, tetapi juga dari bentuk lain.
Terdapat beberapa project genome dari microalga yang sangat menguntungkan yang
didapat dari alga merah Cyanodoshyzon merolae , diatom Thallassiosira pseudonan , dan
beberapa alga hijau. Daftar terkait tentang genome project dapat ditemukan di berbagai
database dan GenBank . Sejauh ini , genome projects spesies alga lain dapat dimungkinkan
muncul.
Seiring dengan adanya genome projects , terjadi pula peningkatan dalam Expressed
Sequences Tags (ESTS). ESTs maksudnya adalah penanda dalam tiap tiap sequences
yang dihasilkan . ESTs data dapat didapatkan dari database National Center Biotechnology
Information ( NCBI ).
Selain teknik sequence menggunakan EST, sequence lain adalah dengan
menggunakan genome dari mitochondrial dan chloroplast. Alga eukariot merupakan alga
yang mengandung kloroplas sehingga kloroplasnya bisa di-sequence.
Kebutuhan akan informasi sekuen yang banyak pada alga yang diinginkan serta
pemenuhan akan beberapa keperluan sebagai dasar agar percobaan membuat transformasi
dapat dilaksanakan dan sukses. Sebelum memulai eksperimen, sesorang yang ingin
5
melakukan trasnformasi untuk membentuk spesies baru harus mengkaji beberapa hal.
Apakah antar spesies yang ingin digabungkan memiliki kekerabatan yang dekat, bagian
DNA mana yang akan sesuai dengan alga trasngenik, bagian mana yang harus ditambah
untuk mendapatkan hasil yang maksimal, dan lain sebagainnya.
Pada beberapa tahun terakhir, perubahan genentik yang berhasil dilakukan adalah
pada alga ke 25 (dalam tabel 3), dan hal ini dicapai dengan menggunakan transformasi
intisel. Sepuluh spesies laga hijau telah berhasil diubah, dan perubahan yang stabil
ditunjukkan oleh tujuh dari sepuluh alga tersebut dan salah satu alga merupakan organisme
multiseluler yakni Chlamydomonas reinhardtii. Dan sisanya menunjukkan perubahan
yang sementara. Pada umumnya alga yang digunakan dalam eksperimen menunjukkan
hasil yang stabil kecuali pada beberapa alga yang hanya menunjukkan perubahan
sementara. Dan pada beberapa laporan yang ada hanya melaporkan perubahan yang
terjadi pada kloroplas saja. Kemudian perubahan yang terjadi pada spesies Cyanobacteria
menggunakan electroporation ataupun konjugasi.
Pada laporan sebelumnya mengenai perubahan genetik pada alga yang
menguntungkan dan jumlah dari hasil transformasi yang dapat digunakan. Misalnya
pada alga Cyanidioschyzon merolae terdapat plasmid DNA sebanyak 3-4 x 10
8
sel yang
tersebar pada media agar. Pada alga Porphyridium sp juga memiliki sel sebanyak 10
8
pada
sebuah media dan mendapatkan DNA sebanyak 2.5 x 10
-4
transformants/g. Dan pada
Chlamydomonas reinhardtii dapat menghasilkan sel yang berubah sebanyak 10
-4
dan 10
-
5
kemudian sel yang tersebar di dalam media sebanyak 8 x 10
6
, jumlah yang dihasilkan
alga Chlamydomonas reinhardtii mungkin lebih sedikit dibandingkan alga Cyanidioschyzon
6
merolae dan juga Porphyridium. Tetapi terdapat sekitar 1000 sel Chlamydomonas reinhardtii
yang akan dihasilkan kembali dari satu media agar. Pada Volvox carteri kemampuannya
hampir sama dengan Chlamydomonas reinhardtii, tetapi Volvox hidup dalam media cair,
dan tidak menyukai kepadatan organisme yang terlalu tinggi, sehingga pengamatannya
dilakukan menggunakan mikroskop. Sehingga jumlah alga yang dapat ditangani pada saat
yang sama lebih sedikit dibandingkan dengan Chlamydomonas meskipun kemampuannya
hampir sama dengan Chlamydomonas. Terdapat peraturan yang umum dan ketat mengenai
alga, jika alga semakin besar dan kompleks maka akan semakin kecil keberhasilan
trasnformasi genetik yang akan dicapai, oleh karena itu hal ini menjadi satu alasan penting
mengapa banyak eksperimen lab yang menggunakan alga mikroskopis.
Penggunaan gen yang terpilih merupakan hal yang dibutuhkan dalam
percobaan dengan tujuan membuat alga trasngenik yang stabil, karena terdapat presentase
yang kecil untuk mendapatkan alga yang benar-benar bisa bertransformasi. Gen yang
terpilih biasanya merupakan gen yang tahan terhadap antibiotik. Karena gen ini biasanya
dominan untuk membawa ciri baru terhadap DNA yang dituju pada spesies yang diinginkan,
tidak perduli bagaimanapun tipe gennya. Karena menggunakan gen yang dominan, maka
juga terdapat beberapa gen resesif yang digunakan dalam sistem alga. Meskipun gen
resesif membutuhkan mutasi sebagai respon yang cocok dari gen yang dimasukkan dan
juga gen yang utuh sebagai bentuk keseimbangan, mereka memiliki keuntungan yang
banyak dalam melengkapi gen yang berasal dari luar sel dengan yang sudah ada di dalam
sel. Kebalikan dari gen dominan yang bersifat membangun, fungsi dari gen resesif yang
digunakan untuk membentuk suatu gen yang utuh telah diketahui sebelumnya. Gen resesif
yang biasanya digunakan adalah gen pereduksi nitrat yang telah digunakan pada mutan
Chlamydomonas reinhardtii, Volvox carteri, Dunaliella viridis, Chlorella sorokiniana, dan
Ulva lactuca yang mereduksi nitrat. Dengan menggunakan gen ini mutan yang sebelumnya
dikembangkan dan akan menggunakan nitrat sebagai satu-satunya sumber nitrogen dalam
eksperimen yang dilakukan. Pengurangan nitrat tidak hanya mengurangi nitrat yang ada
tetapi juga klorat, klorin yang berpasangan dengan nitrat, dan hasil dari pengurangan klorat
adalah klorit, dimana klorit merupakan zat yang beracun. Karena itu banyak mutan yang
mati karena adanya klorat jika dibandingkan dengan alga yang berasal dari alam.
Terkadang gen yang digunakan tidak menampakkan dominasinya karena sel yang
menerima tidak menunjukkan tanda-tanda apapun, kecuali ketika spesies yang digunakan
memiliki kekerabatan yang dekat. Selanjutnya banyak peneliti yang mengambil keuntungan
dari organisme trasngenik, karena mereka dapat memepelajari perubahan yang terjadi
meskipun hanya sementara. Untuk mendeteksi perubahan dari ekspresi protein, gen yang
berasal dari sel trasngenik akan mengirimkan sinyal pada sel yang dipasangkan dengannya
yang mudah diukur dan diidentifikasi, dan memiliki beberapa perbedaan dari sel yang
ditambahkan. Dan biasanya akan berupa enzim yang berubah menjadi warna, ataupun
buangan yang kecil, atau menghasilkan protein fluorescent. Disamping penggunaan gen
yang telah dipilih, kecocokan antara gen yang asli dengan gen yang ditambahkan juga
diperlukan sebagai kunci dalam transformasi genetik. Penggunaan elemen genetik pada
percobaan ini harus dipertimbangkan secara matang terkait (ataupun tidak) dengan
organisme sebelumnya alami. Alternatifnya jika elemen gen asing digunakan, kloning
dapat digunakan untuk membuktikannya, menggunakan DNA dari organisme yang penting,
mungkin akan menjadi cara tercepat untuk membentuk spesies yang baru.
7
Kemudian hal yang mendasar untuk membentuk suatu organisme trasngenik
adalah metode yang digunakan. Karena setiap sel memiliki perbedaan dalam perlakuan,
kemudian permeabilitas sementara yang dimiliki membran sel, kemampuan molekul DNA
untuk memasuki inti sel. Masuknya DNA kedalam sel terjadi tanpa bantuan dari luar.
Penyatuan DNA terjadi pada saat rekombinasi dan nantinya akan menghasilkan perubahan
yang diharapkan stabil. Terdapat beberapa metode dalam membuat alga transgenik,
metode yang umumnya digunakan adalah Mikro-partikel bombardement atau mikro-
projectile bombardement, particle gun transformation, gene gun transformation, atau biolistik
sederhana. Metode ini menggunakan mikro-projectile DNA yang berselimut logam (biasanya
emas) dan akan bekerja pada semua jenis sel, tanpa didasari oleh tebal atau kakunya
dinding sel, juga dapat merubah organel sel. Metode lain yang sederhana dan juga murah
adalah dengan menyiapkan mikro alga yang tersuspensi dan kemudian dicampurkan pada
polyethylene glycol mikro ataupun makro serta DNA. Beberapa peneliti menggunkan karbit
silikia (SiC) dengan tebal ~0.3- 0.6 mdan panjang ~5-15 m sebagai partikel mikro.Karbit
silika merupakan campuran dari silika dan karbon. Partikel yang keras dan kaku ini akan
membantu dalam transformasi yang terjadi. Bagaimanapun keadaan dinding sel yang sudah
berkurang akan mempermudah pelaksanaan metode ini. Kemudian dengan protoplast tanpa
dinding sel , yang dapat berubah tanpa adanya partikel mikro ataupun makro.
Adapula metode electroporation, yakni metode yang menggunakan elektroda khusus
yang akan mengalirkan listrik melewati membrane plasma dan hal ini akan mengganggu
membrane sel sehingga DNA dapat melewatinya. Adapula metode yang menggunakan
Argobacterium tumefaciens (dengan plasmid yang berisi tumor). Plasmid dari Argobacterium
akan menyebabkan tumor dan beberapa alga akan diberi plasmid tersebut, tetapi tidak
dapat membetuk tumor. Plasmid ini hanya berfungsi sebagai vektor dalam rantai DNA,
pernah diuji cobakan pada alga merah multiseluler Porphyra yezoensis dan juga alga hijau
uniseluler Chlamydomonas reinhardtii. Jika melihat dari segi keuntungan, maka metode
Mikro-partikel bombardement merupakan metode terbaik untuk memulai proses trasngenik
pada suatu organisme yang sebelumnya bukan merupakan organisme trasngenik, ang
dilatarbelakangi oleh kepentingan penelitian. Meskipun metode ini memerlukan biaya yang
banyak tetapi metode ini memiliki tingkat keberhasilan yang tinggi pada sel apapun tanpa
membedakan sel berdasarkan tingkat kekakuan selnya.Kekuatan dari masuknya mikro-
partikel dapat meningkat tanpa kendala yang berarti, seperti melewati dinding silika dari
diatom yang tidak membentuk dinding yang tidak dapat ditembus apapun.
2.1.2 Permasalahan yang muncul
Meskipun kepentingan bioteknologi alga dan rekayasa genetika meningkat dengan
cepat, masih ada permasalahan sulit yang harus diselesaikan.
Masalah di bidang rekayasa genetika
Selama produksi alga transgenik, para peneliti sering harus berjuang dengan
permasalahan bahwa mengkonstruksi sebuag gen tidak secepat yang diinginkan, meskipun
semua elemen yang dibutuhkan untuk transkripsi dan translasi telah dimasukkan dan
diintegrasikan ke dalam genom. Penghilangan gen ini disebabkan oleh efek posisional dan
mekanisme epigenetic yang sering dihubungkan dengan kotrol perkembangan dan respon
dari sebuah sel pada virus, perubahan elemen, atau DNA asing lain atau penempatan DNA
buatan. Ketika kodon umum dari donor DNA spesies jarang ditemukan dalam gen dari
organisme sasaran, kelimpahan tRNA akan rendah dan ini akan merugikan untuk proses
8
translasi. Jika kodon sama sekali tidak ditemukan dalam gen target, maka strateginya
adalah dengan mencari gen heterolog yang memiliki penggunaan kodon yang mirip dengan
organism target. Strategi lain untuk mengatasi masalah ini mensintesis kembali gen
heterolog dengan mengikuti dengan penggunaan kodon dari spesies sasaran.
Intron menimbulkan kesulitan lain untuk transgenesis. Gen heterolog tidak boleh
mengandung intron mereka sendiri karena mereka kemungkinan besar tidak akan
disambung dengan benar; cDNA harus digunakan. Namun, gen tanpa intron seringkali tidak
diekspresikan. Masalah ini dapat diselesaikan dengan memperkenalkan intron homolog ke
heterolog daerah pengkode. Masalah lain telah dilaporkan mengenai pengiriman cukup
DNA, kegagalan untuk mengintegrasikan ke dalam genom, atau transportasi yang salah ke
dalam kloroplas atau melalui membran plasma ke dalam kompartemen ekstraseluler.
Sejauh ini, Chlamydomonas reinhardtii adalah satu-satunya alga dengan repertoar hampir
sempurna dengan alat molekuler yang memungkinkan untuk rekayasa genetika yang
komprehensif.
Masalah di bidang bioteknologi
Salah satu faktor pembatas untuk pertumbuhan adalah cahaya. Di satu sisi hal ini
menguntungkan bahwa (mikro) ganggang tumbuh kepadatan tinggi dalam foto-bioreaktor
atau bahkan sistem kolam terbuka, namun di sisi lain menjadi pembatas dalam kultur padat
di luar beberapa sentimeter pertama dan ini membatasi pertumbuhan sel.
Kultur alga dalam bioreaktor biasanya axenic, tetapi volumenya terbatas dan
sterilisasinya cukup mahal.. Jadi Jelas banyak pekerjaan yang diperlukan untuk
mengoptimalkan bioteknologi alga untuk penggunaan komersial yang luas
Penerimaan Publik dan Biosafety Transgenik
Tujuan dari keduanya (alga) transgenik dan pemuliaan tradisional adalah untuk
meningkatkan genetik karakteristik suatu spesies tertentu, sehingga organisme yang
dihasilkan memiliki sifat baru yang diinginkan. Perbedaan mendasar antara teknik ini
adalah bagaimana tujuan ini tercapai. Sebenarnya, penilaian biosafety dan perhatian
publik harus fokus pada sifat-sifat efektif dari organisme dimodifikasi dan bukan pada
proses yang diproduksi; tapi penerimaan publik transgenik jauh lebih rendah dibandingkan
dengan pemuliaan tradisional, terlepas dari kualitas dan tingkat keparahan perubahan yang
disebabkan dalam genom dari organisme yang bersangkutan.
Sejak saat perusahaan komersial menjual ganggang atau alga produk hanya dari
organisme tipe liar, tidak ada pelanggaran umum yang nyata terhadap transgenik alga
sejauh iniMasalah yang berhubungan dengan kesehatan mungkin adalah kekhawatiran
tentang peningkatan level senyawa alga beracun, produksi alergen (penyebab alergi), dan
masalah diet. Masalah yang berhubungan dengan lingkungan mungkin adalah kekhawatiran
tentang transfer gen baru dari satu jenis ganggang yang lain, terutama dalam sistem air
lebih atau kurang terbuka, evolusi strain baru di alam liar, dan dampak pada spesies non
target termasuk manusia. Selain itu, sebagian besar kelompok yang mengajukan keberatan
terhadap tanaman transgenik atau hewan karena masalah agama atau etika juga akan
bertentangan dengan bioteknologi menggunakan alga transgenik. Mungkin, hanya produksi
bahan kimia yang bermanfaat dari ganggang transgenik dalam sistem tertutup untuk
digunakan dalam obat-obatan akan menghadapi resistensi agak kurang umum.
2.1.3 Pemanfaatan Algae Masa depan
9
Sama seperti hampir semua teknologi baru, transgenik alga dan bioteknologi juga
menghadapi beberapa tantangan dan masalah yang dibahas di atas. Namun, masalah-
masalah potensial harus diminimalkan sebagai perkembangan teknologi. Dalam konteks
ini mungkin mendorong insinyur genetik alga untuk mengingat situasi di tahun 1995, ketika
pertama kali ditanam secara komersial tanaman transgenik lebih tinggi ditanam, tetapi tidak
banyak orang yang pada waktu itu mampu membayangkan bahwa akan ada 70 juta hektar
tanaman transgenik di Amerika Serikat dalam 4 tahun kemudian.
Alga telah digunakan dalam aplikasi di berbagai bidang termasuk gizi, budidaya, produksi
bahan kimia dan obat-obatan, seperti yang dibahas dalam bagian "Pemanfaatan Alga -
situasi sekarang". Sebagian besar daerah ini memiliki kapasitas potensi untuk mendapatkan
keuntungan dan memperluas melalui penggunaan dari pengoptimalan organisme
transgenik. Tapi transgenik alga dan alga bioteknologi juga membuka peluang untuk daerah
baru yang menarik dan dengan demikian menjanjikan bidang aplikasi yang lebih luas,
seperti diuraikan di bawah.
Teknologi bioenergi
Melalui deplesi bahan bakar fosil melaju, meningkatnya polusi udara, dan
pemanasan global akibat semua faktor, alternatif sumber daya energi telah menjadi yang
paling penting dan ganggang dapat dimanfaatkan sebagai alternatif semacam itu, dan
terlebih lagi, seperti sumber energi dapat diperbarui. Salah satu cara adalah dengan
menggunakan biomassa mikroalga untuk menghasilkan metana sebagai bahan bakar. Cara
lain yang paling menjanjikan adalah dengan menggunakan ganggang untuk menghasilkan
hidrogen. Selama bertahun-tahun, manfaat hidrogen sebagai pembawa energi telah
terkenal. Banyak prokariotik fotosintetik dan mikroorganisme eukariotik mengubah
kemampuan untuk mengurangi proton hidrogen selama penyerapan cahaya oleh agen
fotosintesis. Beberapa proyek yang sedang berlangsung untuk mengoptimalkan salah satu
spesies ini, Chlamydomonas reinhardtii, berdasarkan teknologi gen dan sarana lainnya,
untuk produksi hidrogen efisien.
Bioremidiasi Air dan Tanah
Timah, Cadmium, dan merkuri adalah polutan logam berat yang paling banyak di
air dan tanah. Industri seperti pabrik plastik, electroplating, produksi baterai Ni-Cd, dan
sebagainya akan mengeluarkan sejumlah substansi logam berat ke lingkungan. Untuk
mengembalikannnya ke keadaan semula adalah dengan cara bioremidiasi. Algae mudah
mengambil logam berat dan kemudian menginduksi respon logam berat tersebut, termasuk
produksi pengikat logam berat dan protein. Meskipun, tingkat logam berat yang tinggi dapat
menghalangi proses utama yang lain dan akhirnya membunuh selnya.
Chlamydomonas reinhardtii mentolerir sejumah cadmium selama reproduksinya
yang cepat, tapi diubah secara genetic Chlamydomonas, heterolog ekspresi gen P5CS,
tumbuh dalam konsentrasi logam berat yang lebih tinggi, dimana dia akan mengkatalisis
langkah pembuka pertama pada sintesis proline. Pada rekayasa genetic, hasilnya lebih
dari 80% bebas dari level proline dan 4 kali lipat peningkatan dalam pengikatan cadmium
kapasitas relatif tipe sel liar. Selain itu, ekspresi gen ini menghasilkan pertumbuhan yang
cepat pada konsentrasi cadmium dinyatakan mematikan. Terutama karena pendekatan ini
dapat dengan mudah ditransfer ke ganggang lain, generasi transgenic dari Chlamydomonas
ini adalah langkah signifikan untuk remidiasi wilayah dan air yang terkontaminasi.
10
Molekular farming
Ide dari molecular farming alga adalah untuk menghasilkan biomolekul berharga untuk
obat atau industri yang sulit atau bahkan tidak mungkin untuk menghasilkan atau yang
membutuhkan biaya produksi sangat tinggi pada sistem lain. Salah satu kegiatan di bidang
ini adalah produksi antibody alga dalam skala besar. Ekspresi sukses dan perakitan
rekombinan monoclonal manusia IgA antibodi telah ditunjukkan pada Chlamydomonas
reinhardtii. Pencapaian ekspresi tinggi pada transgenic alga dan penyederhanaan purifikasi
antibody dibutuhkan optimalisasi dari kodon dari gen yang sesuai dan fusi dari rantai berat
IgA ke wilayah variable rantai cahaya oleh rekayasa genetika menggunakan penghubung
yang fleksibel. Dengan cara ini, produksi antibodi bukan hanya menjadi lebih baik, namun
akan lebih murah daripada ekspresi dengan sistem lain.
Alga juga menunjukkan kesesuaian untuk mensintesis vaksin. Dalam hal ini,
permukaan antigen gen ekspresi stabil dari hepatitis B telah ditunjukkan pada Dunaliella
salina. Mikroalga juga berguna untuk ekspresi protein insektisida. Karena alga hijau
Chlorella adalah salah satu makanan yang mungkin dari larva nyamuk, hormone nyamuk
trypsin-modulating oostatic factor (TMOF) terekspresi secara heterolog pada Chlorella.
Pemanfaatan alga sebagai sistem ekspresi tidak terbatas hanya sebagai antibodi, antigen,
atau protein insektisida namun juga menawarkan sistem ekspresi berbasis mamalia yang
mahal. Untuk eksploitasi bioteknologi alga lebih jauh lagi, beberapa peneliti menyaring
ekstrak dari keanekaragaman spesies alga dengan tujuan untuk menemukan komponen
organik yang efektif seperti metabolit sekunder, antifungi atau biomolekul antibakteri, racun
alga, atau bahan farmasi aktif sebagai obat. Lebih dari itu, senyawa metabolit primer seperti
polisakarida, protein, dicoba dan dievaluasi untuk pemanfaatan potensi farmasi.
2.1.4 Concluding remarks
Kesempatan menjanjikan dalam penggunaan alga transgenic berasal dari investigasi
yang baik, spesies yang tumbuh dengan cepat, seperti Chlamydomonas, sebagai
bioreactor, telah menghasilkan beberapa langkah awal bisnis pada bidang ini selama
beberapa tahun terakhir dan juga beberapa perusahaan bioteknologi mempertimbangkan
pemanfaatan dari transgenik. Modifikasi genetik yang menambah kelengkapan fisiologi dari
strain alga dan optimalisasi sistem produksi alga harus lebih diperbaiki potensial dari
bantuan teknologi ini untuk masa depan.
2.2 Penerapan dan Pemanfaatan Genetic Engineering Pada Ikan Salmon Atlantik
Meski penerapan penggunaan organisme transgenik telah umum dilakukan di
laboratorium dan bidang agrikultur. Kecemasan mengenai dampak ekologis organisme
tersebut muncul di benak masyarakat apabila organisme tersebut lepas menuju alam bebas.
Kebanyakan aplikasi Genetic Engineering pada hewan adalah untuk menambahkan hormon
pertumbuhan pada hewan tersebut untuk memperoleh hewan dengan sifat unggul yang
menguntungkan. Namun dibalik itu,, organisme yang memilik fisik sempurna ini memiliki
kecacatan yang tidak dapat dilihat begitu saja. Pada bahasan kedua nini akan dijelaskan
mengenai keuntungan dan kerugian aplikasi genetic engineering pada ikan salmon yang
ditelaah menggunakan beberapa metode penelitian, yaitu Fish stocks and experimental
arenas, competitive spawning experiments, sperm quality of transgenic and wild salmon,
dan Statistical analyse.
11
Sebelum itu, perlu diketahui bagaimana salmon trasgenik diciptakan. Ikan salmon
transgenik sebenarnya adalah ikan salmon atlantik (Salmo salar) yang telah mendapatkan
donor gen dari ikan salmon chinook (Oncorhynchus tshawytscha) dan ikan Ocean
Pout (Zoarces americanus). Ikan salmon chinook berperan sebagai pendonor hormon
pertumbuhan bagi ikan salmon atlantik yang dapat menyebabkan meningkatnya konsentrasi
hormon di darah ikan tersebut. Membuat ikan yang mendapatkan donor geni memiliki laju
pertumbuhan yang tinggi daripada ikan yang alami. Selain itu, ikan yang ikut berperan
dalam terciptanya ikan salmon trasngenik adalah ikan ocean pout yang dikenal memiliki
protein antifreeze yang memberikan ikan ini kemampuan untuk tetap bertahan pada kondisi
lingkungan yang dingin. Gen-gen pilihan itu selanjutnya akan dikultur dengan media plasmid
bakteri. Gen yang dikultur kemdian akan disisipkan atau disuntikkan pada telur telut
salmon atlantik. Dimana anakan salmon yang menetas diharapkan sudah membawa sifat
unggul ini.
Fish stocks and experimental arenas, pada langkah pertama mempersiapkan
ikan salmon yang akan digunakan. Ikan yang digunakan dari wild-type coho salmon yang
berasal dari Chehalis River (southwestern British Columbia). Dalam penelitian ini akan
dilakukan dua experiment dengan Experiment 1: cultured vs. wild salmon dan Experiment
2: transgenic vs. wild salmon. Ikan salmon akan dikelompokkan menjadi, 1)hatcheryfish
(dewasa, 3 tahun, juvenil dibesarkan diair tawar, dilepaskan dilaut sebagai smolt, dan
kembali memijah di air tawar. 2) culturedfish: dewasa, dikembangkan di laboratorium,
3 tahun nontransgenik, berasal dari persilangan tunggal dari indukan yang berasal dari
Chehalis Rive. 3)transgenic fish: dewasa dilaboratorium selama 2 tahun, pertumbuhan
dipercepat dengan hormon growth-enhanced (GH), hemizygous untuk transgen berasal dari
persilangan betina liar dan jantan homozygous. Ikan transgenik lebih cepat pertumbuhannya
dan dewasa lebih awal dibanding ikan liar.
Competitive spawning experiments, metode ini dilakukan untuk mengetahui proses
pemijahan dan tingkah laku ikan pada saat memijah. Pada metode ini juga akan dilakukan
Pedigree analyses dan Behavioural observations. Pada competitive spawning experiment
diletakkan 16 ikan didua arena (A dan B), pada experiment 1, diletakkan dengan culture
coho dan wild coho, pada experiment 2 transgenic coho and wild coho. Ikan yang digunakan
adalah ikan yang benar-benar sudah dewasa. Dengan spesifikasi arena diameter 4,88 meter
dengan diameter pembatas 0,91 meter. Dengan sediment gravel (1-10cm) diletakkan pada
kedalaman 15-12cm. Kecerahan 10:14, yang mirip dengan pancaran sinar matahari pada
bulan januari-februari. Ikan dibiarkan memijah secara alami dan ikan dewasa yang mati
setelah memijah dikeluarkan dari arena dan dilakukan pengukuran berat, panjang, dibedah,
dan pengukuran masa gonad. Selanjutnya ketika ikan semua sudah mati, arena dibiarkan
untuk perkembangan telur yang sudah dibuahi.
Pedigree analyses dilakukan untuk menilai atau mengetahui tingkat kesehatan
reproduksi induk dalam eksperimen pemijahan. Pada eksperimen 1, semua anakan
ikan salmon genotip dan pada experimen 2 dihasilkan anakan yang positif mengandung
transgen. Behavioural observations dikukan untuk melengkapi data genetik anakan yang
dihasilkan. Pengamatan dilakukan 5 menit setiap harinya pada pagi hari (8:3011:30 ) dan
sore hari (16:0017:30 ). Maka diperoleh hasil seperti berikut :
12

Berikutnya yaitu pengukuran kualitas sperma. Pengukuran kulitas sperma dilakukan
karena berhubungan dengan tingkat kesuksesan pembuahan. Pada penelitian ini kualitas
sperma dinilai dari 8 ikan salmon jantan liar dan 7 ikan salmon transgenik dalam cohort
yang sama. Kerapatan sperma diukur dengan menempatkan subsamples dari milt dalam
dua pipa kapiler, kemudian diputar menggunakan microhaematocrit selama sepuluh menit.
Pergerakan sperma diukur dengan merekam sperma yang aktif berenang dengan
mikroskop dengan perbesaran 100x. Kecepatan sperma ditentukan dengan mengukur jarak
linier setiap sperma yang dibagi dengan durasi waktu yang ditempuh. Hasil dari pengukuran
kualitas sperma dihasilkan dalam grafik berikut :
13

Dari data data hasil percobaan diatas diperoleh hasil bahwa ikan salmon
transgenik memiliki morfologi yang lebih unggul dari ikan kultur dan ikan salmon liar,
dapat dilihat dari ukuran ikan salmon trasngenik yang lebih besar. Namun jika ditinjau dari
kemampuan reproduksinya melalui pengukuran kualitas sperma, ikan salmon transgenik
menghasilkan sperma yang lebih sedikit, sel spermanya memiliki durasi bertahan yang lebih
pendek dan sel spermanya berenang lebih lambat sehingga mengalami kesulitan untuk
membuahi sel telur.
Di alam liar, salmon transgenik cenderung lebih sering dipilih sebagai pasangan oleh
salmon betina karena morfologinya yang baik. Namun, karena kualitas sperma dari salmon
transgenik kurang baik, maka hanya sedikit anakan yang dapat dihasilkan. Hal tersebut
justru akan membuat keseimbangan keberadaan ikan salmon di alam menjadi terganggu
karena banyak ikan salmon yang kawin, lalu setelah memijah mereka akan mati tetapi tidak
banyak atau bahkan sangat sedikit anakan yang dihasilkan. Oleh karena itu, sebaiknya
dilakukan penelitian yang lebih lanjut sebelum melepaskan ikan transgenik ke alam agar
tidak mengganggu keseimbangan ekosistem.
14
Diagram data densitas sperma Diagram data kecepatan sel sperma
Diagram sperm longevity
BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Melalui bahasan di atas dapat ditarik kesimpulann bahwa organisme perairan yang
telah melalui proses geneti engineering akan memiliki suatu sifat yang lebih unggul daripada
organisme liar yang masih belum dimodifikasi genetiknya. Namun dibalik semua
keuntungan itu, terdapat beberapa kerugian yang menyertainya. Kerugian itu tidak hanya
berdampak kepada organisme yang dirubah struktur gennya tersebut, namun dapat pula
berdampak secara ekologis pada ekosistem apabila organisme tersebut lepas menuju alam
liar. Selain itu pula produk hasil rekayasa genetik telah melalui beberapa proses rumit yang
hasilnya belum sepenuhnya menguntungkan bagi manusia maupun alam sektarnya.
3.2 Saran
Sebaiknya dampak penerapan genetic engineering pada biota perairan dikaji lebih
jauh untuk mengetahui apakah penerapan tersebut tepat guna dan tidak merugikan baik itu
ditinjau dari segi ekologis maupun dari segi dampaknya terhadap kehidupan manusia.
15
DAFTAR PUSTAKA
Fitzpatrick, John L., et,al. 2011. Cultured Growth Hormone Transgenic Salmon are
Reproductively Out-Competed by Wild-Reared Salmon in Semi-Natural Mating
Arenas. Aquaculture Vol. 312, 185-191. Canada
Hallmann, Armin. 2007. Algal Transgenic and Biotechnology. Transgenic Plan Journal 2007
Global Science Books. Departement of Cellular and Developmental Biology of
Plants. University of Bielfeld. Germany
16