ELEKTROFORESIS DNA
Laporan Praktikum Genetika
Diajukan Untuk Memenuhi Salah Satu Tugas Mata Kuliah Genetika (BI409)
Disusun oleh :
Kelompok 1, Kelas B
Ridwan Maulana (0704739)
Adriana (0706685)
Eva Hafida (0704558)
Jeina Kranimulia Putri (0608383)*
Noviyanti F (0704401)
Ratna Sari Murti (0700733)
Zea Zetina (0704479)
JURUSAN PENDIDIKAN BIOLOGI
FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
2010
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat
pada nukleus, mitikondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus
berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA
mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon.
Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan
sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan
sifat dari kedua orangtua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot tidak
memiliki protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linier
dan memiliki protein histon.
DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan komponenkomponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat dan pasangan basa. Sebuah
sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh
sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimiliki
suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom.
baik pada manusia maupun tumbuhan. DNA manusia dapat diisolasi melalui darah.
Komponen darah yang diisolasi yaitu sel darah putih, karena memiliki nukleus dimana
terdapat DNA didalamnya.
DNA yang diisolasi dari tanaman seringkali terkontamoinasi oleh polisakarida
dan metabolit sekunder
kesulitan isolasi DNA dari tanaman tinggi adalah proses destruksi dinding sel untuk
melepaskan isi sel. Hal ini disebabkan karena tanaman memiliki dinding sel yang kuat,
dan pada beberapa tanaman kontaminasi sulit dipisahkan dari ekstrak asam nukleat.
Kehadiran kontaminasi diatas dapat menghambat aktivitas enzim, misalnya DNA tidak
sensitive oleh enzim retriksi dsan mengganggu proses amplifikasi DNA dengan PCR.
Elektroforesis dengan Agarose merupakan metode standar untuk memisahkan,
mengidentifikasi, mengkarakterisasi dan purifikasi dari molekul DNA/RNA. Cara
pemisahan dengan elektroforesisi ini merupakan alat pendukung yang sangat pokok
dalam teknologi DNA rekombinan, dengan aplikasi yang begitu luas baik untuk
pemisahan untai tunggal atau untai ganda molekul DNA.
1.2 Tujuan
1. Dapat melakukan isolasi DNA dari berbagai jenis tanaman
2. Dapat memahami cara kerja senyawa yang digunakan untuk mengisolasi DNA
1.3 Dasar Teori
Isolasi DNA
Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting
dalam makhluk hidup. DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik
makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya (Suryo 2004: 57).
Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom meliputi bagian gen
yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme. DNA genom meliputi gen
danintergen(Campbell dkk.2004:221).
DNA organisme prokariot dan eukariot mempunyai perbedaan bentuk. Organisme
prokariot memiliki DNA berbentuk sirkular, sedangkan organisme eukariotik mempunyai
DNA berbentuk linier. DNA eukariot terletak dalam inti sel, sedangkan DNA prokariot
terletak dalam sitoplasma (Jusuf 2001:7).
Struktur DNA pertama kali dijelaskan oleh James Watson dan Francis Crick. Mereka
memperoleh model DNA dari hasil foto difraksi sinar X yang dibuat oleh Rosalind
Franklin dan Maurice Wilkins. Watson dan Crick menyimpulkan bahwa struktur DNA
merupakan rantai ganda (double helix). Untai ganda tersusun dari dua rantai
polinukelotida yang terpilin. Kedua rantai memiliki susunan antiparalel, yaitu satu rantai
berorientasi dari ujung 5 ke 3sedangkan yang lain berorientasi ujung 3 ke 5. Ujung 5
merupakan ujung yang berakhir dengan gugus 5-fosfat dan ujung 3 berakhir dengan
gugus OH. Kedua rantai dihubungkan dengan ikatan hidrogen yang memghubungkan
kedua basa nitrogen (Sadava dkk.2004:218--220).
Komponen nukleotida DNA adalah gula, fosfat, dan basa nitrogen. Komponen gula pada
DNA adalah gula deoksiribosa, yaitu gula ribose yang kehilangan satu atom oksigen.
Basa yang ada pada DNA ada dua macam, yaitu purin dan pirimidin. Purin terbagi lagi
menjadi dua macam, yaitu adenin dan guanin. Pirimidin terdiri dari dua jenis, yaitu timin
dansitosin (Sadava dkk.2004:219).
DNA mempunyai fungsi-fungsi yang sangat penting bagi tubuh kita. Hal tersebut
dikarenakan DNA merupakan molekul kehidupan utama di dalam sel makhluk hidup.
Fungsi-fungsi tersebut adalah:
1. Tempat menyimpan dan menyalurkan informasi genetik suatu makhluk hidup (Sadava
dkk.2004:220).
2. Fungsi heterokatalis, yaitu fungsi untuk melaksanakan pengaturan pembuatan molekulmolekul lain yang penting dalam tubuh dan fungsi autokatalis, yaitu fungsi DNA untuk
mereplikasi dirinya sendiri (Suryo 1999:59).
DNA eukariot tidak hanya dijumpai pada nukleus, tetapi dapat ditemukan pada
mitokondria dan kloroplas. DNA yang diisolasi dari kloroplas menunjukkan sifat
berbentuk sirkular, terdiri dari untai ganda, replikasi semikonservatif, dan bebas dari
protein histon. DNA kloroplas penting dalam proses fotosintesis (Raven & Johnson 2002:
94). DNA juga dijumpai pada organisme prokariotik. DNA prokariot mempunyai DNA
ekstranuklear yang dinamakan plasmid. Plasmid merupakan DNA yang tidak terlalu
esensial bagi fungsi kehidupan bakteri, tetapi penting dalam pengaturan siklus hidup dan
perumbuhan dalam lokasi hidupnya.
Kebanyakan plasmid adalah sirkular dan tersusun dari beberapa ribu pasangan
basa. Plasmid mempunyai titik ori (origin of replication) sehingga mampu mereplikasi
diri tanpa pengaturan dari DNA kromosom. Replikasi dimulai dari titik ori hingga semua
plasmid tereplikasi (Pierce2005:203).
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya ada
dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan
bisa
diukur
dengan
memotong
DNA
dengan
enzim
restriksi,
menjalankannya pada gel agarosa, pewarnaan dengan bromida etidium atau noda yang
berbeda dan membandingkan intensitas DNA dengan penanda DNA konsentrasi dikenal.
Menggunakan teknik Southern blot ini diukur DNA dapat diisolasi dan diperiksa lebih
lanjut menggunakan analisis PCR dan RFLP. Prosedur ini memungkinkan diferensiasi
diulang dalam urutan genom. Ini adalah teknik-teknik yang ilmuwan forensik digunakan
untuk perbandingan, identifikasi, dan analisis.
Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat
dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain: preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA
dari ekstrsk sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan
berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil
yang berbeda, hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan
dengan sample buah, maka kadar air pada masing-masing buah berbeda, dapat memberi
hasil yang berbeda-beda pula. Semakin tinggi kadar air, maka sel yang terlarut di dalam
ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit.
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane sel,
melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak
pada membrane membentuk senyawa lipid protein-deterjen kompleks. Senyawa
tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan
hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan
kimia. KIRSMAN83.2010.isolasi DNA
Elektroforesis
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan
berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik . Medan listrik
dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan. Teknik ini
dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul,
misalnya DNA yang bermuatan negatif. Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan
melalui suatu medium, kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang
berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub
positif.
[2]
massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya. Pergerakan ini dapat dijelaskan
dengan gaya Lorentz, yang terkait dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati
dan kondisi elektris lingkungan:
Keterangan: F adalah gaya Lorentz, q adalah muatan yang dibawa oleh objek, E adalah
medan
listrik.
Secara
umum,
elektroforesis
digunakan
untuk
memisahkan,
tabung 1,5 ml
saringan
gelas kimia
sendok
penangas
vorteks
mini sentrifuga
blender / lumping
Bahan :
Potasium asetat 5 M
SDS 20%
Buah strowberi
CTAB 2%
Elektoforesis DNA
Range pemisahan molekul DNA dengan agarose gel
Agarose %
0,3
0,6
1,0-20
0,7
0,8-10
0,9
0,5-7,0
1,2
0,4-6,0
1,5
0,2-4,0
2,0
0,1-3,0
Bahan kimia :
Eidium bromida
Loading buffer
DNA Marker
Agarose
Power suply
Mikropipet digital
Transilluminator UV
BAB II
HASIL PENGAMATAN
Keterangan
Sampel di homogenkan
dengan cara dibolak-balik sebanyak
50x
Setelah di sentrifuge dengan
kecepatan 14.000 rpm selama 10
menit
Larutan Bening
DNA
BAB III
PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA, dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry.
Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap. Tahap pertama yang dilakukan yaitu
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang
buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung. Tahap selanjutnya yaitu melisiskan
dinding dan membran sel dengan larutan pelisis, yaitu menggunakan larutan buffer
ekstraksi.
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry, maka jaringan tanaman tersebut
yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih. Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan
pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan
hipotonis. Karena larutan tersebut hipotonis, maka akan terjadi hemolisis. Larutan pelisis
sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam, seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse. Selain itu
dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan
larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya.
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi
tadi, diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur. Pada saat proses destruksi jaringan
tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim
endonuklease, karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris,
EDTA, CTAB, potassium asetat, dan SDS. Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen, yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein. Selain itu CTAB dan
EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease.
karena
pengaruh
konsentrasi
agarose
yang
menyebabkan
DNA
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi, baik pada manusia maupun pada tumbuhan. Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan, yaitu menggunakan daging buah. Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan, yaitu isolasi jaringan, dinding dan membran sel dilisiskan, ekstraksi dalam
larutan, purifikasi, dan presipitasi.
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan.
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan. Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk. Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu.
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad, Wendy. 2010. Isolasi DNA.
http://www.macnature.com/2010/02/isolasi-dna-referensi-terpercaya.html
http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_extraction )
http://kirsman83.weebl..com/2/post/2010/01/isolasi-dna
buah.htmly.com/2/post/2010/01/isolasi-dna-buah.html
http://id.wikipedia.org/wiki/Elektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Sentrifuge
Pipet Ukur