BIOKIMI
A
1
SILABUS BIOKIMIA
TUJUAN
INSTRUKSIONAL
UMUM
Setelah mengikuti mata
Pokok Bahasan
I:
Protein
Enzim
Karbohidrat
Lipid
Asam
Nukleat
Pokok Bahasan
II:
PENGANTAR MIKROBIOLOGI
CONTROL
KUANTIFIKASI & KULTIVASI MIKROBA
Selamat Datang
di dunia Biokimia
Mengajar tidak bertujuan mengisi
botol kosong,
tetapi mengajar adalah untuk
menyulut api dari suatu obor"
Michel de Montaigne
5
5
Cara Belajar
Baca bab yang akan dikuliahkan
sebelum perkuliahan
Belajar 3-5 jam untuk setiap jam
perkuliahan
Latihan pemecahan masalah
Ingat istilah-istilah, struktur, dan jalur-jalur
metabolisme
Belajar berkelompok
6
6
Filosofi Pembelajaran
Menjelaskan, bukan mengindoktrinasi
Menunjukkan hal yang perlu diketahui dan
BIOKIMI
A
biolog
i
Kimia
organ
ik
BIOMOLEKUL DAN
Hirarkhi organisasi molekular
SEL
SEL
Inti, mitokondria
Kloroplast, badan
golgi
Organel
Ribosom,mikrotubul,
Kompleks enzim,
Sistem kontraktil
Supramolekul
Asam nukleat,
Protein, lipid
Polisakarida
9
Makromolekul
Metabolisme
Biomolekul
Anabolik
Senyawa penyusun
Gula sederhana
Asam amino
Nukleotida
Asam lemak
Katabolik
1
0
Makromolekul
Polisakarida
Protein (peptida)
RNA atau DNA
Lipida
Biosintesis
Membutuhkan
Molekul
Sederhana
untuk
Digabung
secara Kovalen
melalui Berbagai
Cara
1
1
PROTEIN
1
2
PROTEIN
Berasal dari bahasa Yunani :
Protos
Gerardus Mulder (1838)
of prime importance
yang pertama atau yang
terpenting
Molekul yang sangat vital untuk organisme
13
1
3
PROTEIN
KOMPOSISI UNSUR-UNSUR
PENYUSUN PROTEIN
1
5
Fungsi protein
Source of energy
(4kcal/gram)
Growth, Maintenance ,Repair
Enzymes
Hormones and Antibodies
Fluid Balance
Acid/Base Balance (buffers)
Transporter of substances
1
6
Fungsi Protein
Pada sebagian besar jaringan tubuh, protein
Source of energy
Protein merupakan
Kebutuhan Protein
Kebutuhan protein untuk tubuh manusia rata-rata
Example of
proteins
Digestive enzymes
e.g. trypsin,
2
1
Functions
Catalyzes the
hydrolysis of proteins to
polypeptides
amylase
Catalyzes the
hydrolysis of starch to
maltose
lipase
Catalyzes the
hydrolysis of fats to
acids and glycerol
fatty
2
2
Example of
proteins
Functions
Respiration
and
transport
Haemoglobin
Immune
response
Antibodies
Essential to the
defence of the body
(e.g. against bacterial
invasion)
Growth
Hormones
(e.g. tyrosine)
Vital activity
Support and
movement
Sensitivity and
coordination
2
3
Example of
proteins
Functions
Hormones
(e.g. insulin)
Controls blood
sugar level
KLASIFIKASI
Berdasarkan
komposisi
PROTEIN
Berdasarkan konformasi
Berdasarkan fungsi biologis
I.
Berdasarkan Komposisi :
2
4
2
5
26
Structur 3 D myoglobin,
warna menunjukkan alpha helic
3
0
3
1
3
2
e. Hormon
Tidak semua hormon merupakan
3
3
3
5
3
6
ASAM AMINO /
AMINO ACID
CHO
HO - C - H
CH 2OH
L - Gliseral dehid
3
8
COOH
H 2N - C - H
R
Asam - L- amino
3
9
Conditionall
y
essential (3)
Cysteine
Glutamine
Tyrosine
Perbedaan rantai
samping R
menyebabkan
perbedaan dari jenis
asam amino, seperti :
-. Struktur
-. Ukuran
-. Muatan elektrik
-. Sifat kelarutan di
dalam air
Asam amino yang
paling sederhana
adalah Glycine,
dimana R = H
4
3
SIFAT-SIFAT ASAM
AMINO
1). Dalam larutan, kedua gugus (asam dan amino) bersifat dipolar ion (zwitter ion)
4
4
Bentuk
4
5
R- HC - C OOH
+NH
3
pada pH rend ah
(asam)
sebagai basa
OH
H+
_
R- HC - COO
+
NH3
di p olar ion
(netral)
_
OH
H+
_
R- HC - COO
NH 2
pada pH ti nggi
(bas a)
seb agai asam
4
7
4
8
4
9
Klasifikasi Asam
amino
Diklasifikasikan berdasar gugus R (rantai samping)
Biasanya mempunyai sifat-sifat seperti: hidrofobik /
AROMATIK
NON
POLAR
Asam amino
BASIC (+)
51
ACIDIC (-)
POLAR
hidrofobik
Tirosin gugus hidroksil , triptofan cincin indol
Sehingga mampu membentuk ikatan hidrogen
penting untuk menentukan struktur ensim
Asam amino aromatik mampu menyerap sinar UV
280 nm sering digunakan untuk menentukan kadar
protein
54
mengikat air.
Histidin mempunyai muatan mendekati netral (pada
gugus imidazol) dibanding
lisin gugus amino
arginin gugus guanidino
Histidin dpt terionisasi pada pH mendekati pH fisioligis
sering berperan dalam reaksi ensimatis yang melibatkan
pertukaran proton
55
56
57
58
59
60
61
Degradasi Edman
Degradasi Edman untuk pemutusan rangkaian dan
64
HPLC
asam amino
standar
65
65
66
Kadar (% b/ b)
6,19
9,17
10,46
0,26
5,72
4,25
5,78
3,05
2,05
0,25
6,16
4,10
3,96
6,20
0,77
6
8
6
9
PEPTIDA
7
0
Dipeptida
Dipeptida terjadi melalui penggabungan dua molekul
as.amino dengan melepaskan satu molekul air,(H20)
7
1
TRIPEPTIDA
Tripeptida terjadi melalui penggabungan tiga
molekul as.amino
aa
1
7
2
aa2
ikatan peptida
aa3
Polypeptida
Suatu rantai polypeptida, residu Nterminal berada sebelah kiri dan
residue C-terminal disebelah kanan
7
3
74
7
4
7
5
2. Struktur Sekunder
Struktur sekunder protein distabilkan oleh
ikatan Hidrogen
Bila ikatan hidrogen terjadi antara atom H
7
7
7
8
3. Struktur Tersier :
Struktur sekunder yang membelok dan berlipat
ke dalam tiga dimensi, membentuk protein
serat dan globular
7
9
4. Struktur Kwarterner :
Merupakan gabungan antara struktur-struktur
tertier.
Banyak protein BM tinggi merupakan agregat
dari beberapa sub unit. Agregat ini
menyebabkan terjadinya struktur kwarterner
Hemoglobin
protein.
Misal pada hemoglobin
81
STRUKTUR
ASAM
AMINO
dalam
Protein :
Primer
Sekunder
Tertier
kuarterner
8
2
Hierarkhi Struktur
Protein
Struktur
Primer : berbentuk rantai asam amino
linear sebagaimana polipeptida yang dihasilkan
oleh suatu translasi
Struktur sekunder : perkembangan berupa
pelipatan dari struktur primer akibat adanya
ikatan Hidrogen antar asam amino (tiap 5 aa)
Struktur tertier : bentuk tiga dimensi hasil
pelipatan struktur sekunder karena ikatan ion,
ikatan disulfida antar gugus R asam amino
Struktur kuarterner : gabungan beberapa
polipeptida berstruktur tersier
83
8
4
Makanan sumber
protein
Makanan yang
mengandung
protein:
Daging, ikan, telur
47%
Cereals 19%
Sayur dan buahbuahan 7%
Dairy products
21%
Tumbuhan
polong2an 5.4%
8
6
Soybeans / kedele
sbg sumber protein
Kedele termasuk
tumbuhan polong2an
Mengandung semua
jenis asam amino
essensial yang
dibutuhkan untuk
kesehatan
Kualitas asam amino
essensial nya ekivalen
dengan protein dalam
daging, susu dan telur
8
7
What
do we
do now??
8
8