Outline

PJ : Korrie Salsabila dan Anggi Pratama

1. DNA

secara

umum&Perbedaan

DNA

eukariot

dan

prokariot
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik
dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh
bentuk kehidupan secara

seluler.

Berdasarkan organismenya,

struktur DNA prokariot berbeda dengan struktur DNA eukariot. DNA

prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular,
sedangkan DNA eukariot berbentuk linear dan memiliki protein
histon.
2. Tahap isolasi DNA kromosom bakteri :

1. Perusakan dan pembuangan dinding sel

2. Lisis sel
3. Pembuangan remukan sel
4. Pemisahan DNA dari protein dan RNA
5. Pengendapan DNA.
3. Perbedaan bakteri gram positif dan negatif
Dinding sel bakteri gram positif hanya tersusun dari satu
lapoisan saja, yaitu lapisan peptidoglikan yang relatif tebal
dibandingkan dengan lipid, sebaliknya pada bakteri Gram negatif,
kandungan lipid lebih banyak daripada peptidoglikan. Bakteri gramnegatif memperlihatkan tiga lapis pembungkus sel, yaitu membran
bagian luar (OM/outer membran), lapisan tengah yang merupakan
dinding sel atau lapisan murein, dan membran plasma dalam.

4. Perbedaan isolasi DNA bakteri gram positif&gram

negatif

Bakteri gram positif sangat baik menggunakan detergen

CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide) yang lebih sesuai untuk
sampel yang mengandung karbohidrat tinggi, sedangkan bakteri
gram negatif cukup dengan menggunakan detergen SDS. SDS
berfungsi membantu disosiasi kompleks DNA-protein sehingga DNA
dapat terlepas dari protein. Selanjutnya debris sel termasuk protein
dan polisakarida dihilangkan dengan penambahan CTAB. CTAB
digunakan untuk membersihkan asam nukleat dari detergen.
Interaksi CTAB dengan asam nukelat bersifat ionik,

melalui

kelompok fosfat dalam asam nukelat yang bermuatan negatif

dengan deterjen yang bermuatan positif.
5. Prinsip isolasi DNA
Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2, yaitu
sentrifugasi dan presipitasi.
1. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi
berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan
gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan
berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan
terletak di atas.
2. Prinsip presipitasi adalah penggumpalan protein non-enzim
dengan penambahan listrik di sekitar protein, yang akan
menarik air dari koloid protein. Peristiwa hidrofobik antar
molekul protein pada suasana ionik tinggi akan menurunkan
kelarutan protein. Peristiwa tersebut dikenal dengan salting
out. Molekul air yang berikatan dengan ion-ion garam yang
semakin banyak menyebabkan penarikan selubung air yang
mengelilingi permukaan protein. Peristiwa ini mengakibatkan
protein

saling

berinteraksi,

beragregasi

dan

kemudian

mengendap.
6. Fungsi-fungsi
1. Sentrifugasi kultur bakteri : Memisahkan bakteri dengan
mediumnya.

2. STE (Sodium Tris-EDTA) : Secara umum berfungsi sebagai

pencuci sel bakteri. Terdiri dari NaCl, Tris dan EDTA. Sodium
berfungsi untuk menciptakan suasana hipertonis, agar sel
lisis. EDTA menginaktivasi DNAse. Tris menjaga pH larutan
sehingga DNA tetap stabil. Tris-EDTA dapat mengikat Mg 2+
dan Ca2+ --> mendestabilisasi membran (karena ion Mg
yang ada pada protein membran hilang), sehingga dapat
memecah membran sel.
3. Tenderizer : Fungsi sama dengan lisozim, yaitu untuk
menghancurkan dinding sel.
4. Kloroform : Degradasi dan pengendapan protein.
5. Isoamil alkohol : Agar kloroform tidak mudah menguap.
6.
Isopropanol : Bersifat non-polar, DNA bersifat
polar, sehingga mampu membuat DNA tidak
larut
7.

lagi.

Isopropanol

yang

dingin

mampu

menggumplkan DNA.
Etanol 70% : Mencuci DNA dari sisa-sisa larutan.
DNA

dalam

etanol

akan

terpresipitasi

(menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan

8.

larut, tetapi protein tidak dapat larut dalam air.

TE (Tris-EDTA) : Melarutkan DNA yang dihasilkan
dan menjaga DNA agar tidak mudah rusak. Dalam
buffer TE mengandung EDTA yang berfungsi
sebagai senyawa pengkelat yang mengikat ion
Magnesium, yaitu kofaktor yang diperlukan untuk

9.

altivtas berbagai enzim nuclease

SDS : Reagen pelisis membran sel supaya komponen
DNA dalam sitoplasma sel bisa keluar dan diisolasi.