MEKANISME DAN KOMPONEN REGULASI GEN SEBAGAI RESPON

TERHADAP DNA DAMAGE PADA EUKARIOTA

Keadaan ketidakstabilan genetik dapat terjadi pada tingkat kromosom
dan nukleotida yaitu pada saat translokasi kromosom dan penggandaan
gen. DNA adalah molekul sel yang sangat rentan terhadap kerusakan.
Kerusakan DNA (DNA damage) adalah perubahan dalam struktur dasar
dan fungsi rantai DNA.
Instabilitas genetik akan meningkatkan kecepatan mutasi yang bila
terjadi akumulasi dapat menyebabkan kanker. Mekanisme repair DNA
berguna untuk mengembalikan kestabilan dan mencegah proses
keganasan.
Kerusakan DNA tidak dapat dihindari, terutama disebabkan oleh
adanya kesalahan replikasi (replication errors) dan kerusakan kimiawi
(chemical damage).
Kesalahan replikasi yang dibuat oleh DNA polimerase dapat terjadi
pada 1:1 juta pasangan basa. Sedangkan pada kerusakan kimiawi yang
meliputi depurinasi, deaminasi, radikal bebas dan lingkungan asam, dapat
menyebabkan tiap sel tubuh kehilangan 10.000 bp per hari. Tanpa adanya
mekanisme repair, kelangsungan hidup organisme akan terganggu.
Penyebab kerusakan DNA sendiri dapat dibagi dalam 2 faktor. Faktor
intrinsik, meliputi: oksigen dan hasil metabolismenya (ROS), rekombinasi
sintesis imunoglobulin dan kegagalan proses replikasi DNA. Sedangkan
faktor ekstrinsik tergantung kadar dan durasi rangsangan, yang akan
mempengaruhi sensivitas sel, meliputi: irradiasi sel, misalnya Ultra Violet
Radiation (UVR) dan Ionizing Radiation (IR), yang akan menyebabkan
terjadinya croos link dan rusaknya rantai DNA. Selain itu bahan kimia
yang bersifat mutagenik/karsinogenik juga dapat mempengaruhi
integritas DNA dan replikasinya. Timbulnya kerusakan DNA ini akan
menginduksi terjadinya apoptosis.
Alur Sinyal Kerusakan DNA
Jalur yang banyak terlibat dalam pemeliharaan integritas genetik selalu
dihubungkan dengan siklus sel. Siklus sel sangat penting bagi kehidupan
sel karenan disini terjadi pertumbuhan dan perkembangan sel
selanjutnya. Checkpoint adalah salah satu dari mekanisme pengontrol
siklus sel. Mekanisme yang mengatur dan mengendalikan siklus sel ini
sangat penting karena jika tidak terkontrol, maka sel akan tumbuh tak
terkendali. Checkpoint dapat berupa jaringan kerja sistem pengawasan
seperti sistem transduksi sinyal yang menghambat laju siklus sel ketika

terjadi kerusakan gen atau kegagalan aktivitas siklus sel dengan jalan
apoptosis beberapa sel untuk mencegah resiko perubahan genetik.
Checkpoint
akan
mengontrol
loaksi
kerusakan
DNA
dan
menginformasikan untuk repair DNA. Kegagalan dari mekanisme
pengontrol ini akan menyebabkan sel dengan kerusakan DNA melaju ke
tahan M (mitosis). Respon yang berperan setelah timbulnya kerusakan
DNA dan berfungsi sebagai penyalur sinyal proksimal (sinyal transducer)
adalah dua protein phosphatidyl inositol kinase yaitu Ataxia
Teleangiectasia Mutated (ATM) dan ATM-Rad 3-related (ATR). Jalur siklus
sel yang terinduksi oleh adanya kerusakan DNA yang terlihat pada skema
dibawah ini, diatur melalui beberapa jalur genetik.

Jalur Sinyal ATM

Gen ATM diaktifkan dalam penyakit autosomal resesif Ataxia
Telangiectasia (AT), yang berhubungan dengan imunodefisiensi,
instabilitas kromosom , penuaan dini, predisposisi kanker dan cell-cycle
abnormalities. ATM yang merupakan serine protein kinase terlibat
dalam respon putusnya rantai DNA yang diinduksi oleh IR dan

mempunyai target fosforilasi gen p53, MDM2, CHK2, dan BRCA1. ATM
merupakan keluarga P13K (phosphatidyl inositol kinase) yang terlibat
dalam respon kerusakan DNA dan mengaktivasi gen-gen repair DNA.
Jalur p53
P53 berperan dalam responseluler pada kerusakan DNA. Bila level
protein p53 rendah maka akan menginduksi cell-cycle arrest, yaitu
menghambat laju siklus sel untuk proses repair. Namun bila level
protein tinggi, maka akan menginduksi terjadinya apoptosis, untuk
mencegah terjadinya mutasi. Sedangkan MDM2 sebagai merupakan
oncoprotein yang berperan dalam regulasi p53 melalui jalur degradasi
yaitu ikatan langsung MDM2 pada p53 akan menghambat aktivitasnya.
P53 bertanggung jawab mengontrol checkpoint siklus sel untuk
memelihara integritas genetik, yaitu dengan menginduksi penghentian
siklus sel (cell cycle arrest) sebagai respon terhadap adanya kerusakan
DNA. Mutasi dalam supressor tumor p53 ini dapat menyebabkan
perubahan genetik ke arah kanker.
Stabilitas p53 dipengaruhi oleh proses fosforilasi, asetilasi dan
interaksi dengan protein selular lain, misalnya fosforilasi pada serine
15/20 dan asetilasi pada lysin 320/382. Timbulnya ionizing radiation
(IR) berperan pada fosforilasi serin 15/20 yang mempengaruhi
stabilissai p53. Serin 15 difosforilasi IR melalui ATM, atau difosforilasi
UVR mellaui ATR, sedangkan serin 20 difosforilasi IR melalui ATM yang
akan memfosforilasi chk2. Aktivasi chk2 oleh ATM akan berperan pada
fosforilasi CDC25C.
Peran BCRA1 Pada Kerusakan DNA
Sekitar 50% kasus kanker rahim dan payudara dihubungkan dengan
adanya mutasi gen BRCA1. Pada fungsi normalnya, BRCA1 diduga
mengkode protein penting dalam respon seluler terhadap kerusakan
DNA. Menurut Lee dkk, fosforilasi BRCA1 yang terjadi setelah timbulnya
kerusakan DNA, berhubungan dengan protein kinase yang dimonitor
oleh gen Ckk2. Protein BRCA1 berperan penting dalam pemeliharaan
integritas genetik dan berpotensi mencegah rusaknya kromosom
(chromosomal breaks). Beberapa bukti awal tentang hubungan BRCA
dan kerusakan DNA didapat melalui observasi terapi sel dengan radiasi
ion, suatu metode yang efektif dalam perusakan rantai ganda DNA.
Protein kinase yang memfosforilasi BRCA1 adalah gen ATM dan ChK2.
BRCA1 terletak dalam nukleus bersama dengan protein lain yaitu
RAD51 yang berperan dalam perbaikan kerusakan kromosom mellaui
rekombinasi homolog, yaitu perbaikan rusaknya rantai ganda DNA
dengan sister chromosom sebagai cetakan (template).
Ekspresi BRCA1 juga menyebabkan peningkatan ekspresi gen lain
yaitu p21 yang terlibat dalam apoptosis dalam siklus sel. Bila tidak ada
BRCA1 akan memicu respon kerusakan DNA dan berhentinya

pertumbuhan (growth arrest). Oleh karena itu protein ini sangat

dibutuhkan sebelum terjadi priliferasi maligna.
Peran p21 dan CDK
Gen p21 berperan sebagai regulator siklus sel bila terjadi kerusakan
DNA, yaitu pada checkpoint fase G1/S. Kerusakan DNA akan ditahan
pada checkpoint G! Melalui transaktivasi p53-dependent yaitu p21.
Sel-sel yang masuk prematur ke fase S setelah mellaui fase G1 yang
singkat akan menunjukkan instabilitas genetik, sehingga bila kerusakan
DNA terjadi sebelum fase S, maka tidak dapat direpair selama replikasi.
Hal ini akan menyebakan bentuk abnormal nukleotida dan kegagalan
replikasi sebelum masuk ke fase M dari siklus sel.
CDK (cyclin-dependent kinase) mengawali regulasi siklus sel dan
berhubungan dengan diferensiasi dan apoptosis. Perkembangan
tumorv sendiri dihubungkan dengan sejumlah perubahan dari CDK.
CDK merupan enzim yang mengatur laju siklus sel, yaitu intgrasi
kontrol sinyal pertumbuhan dengan komponen siklus sel.
P21 merupakan inhibitor CDK yang berperan sebagai perantara G1
arrest. Sel-sel yang kekurangan p21 akan mengalami kerusakan DNA
sehingga menginduksi G1 arrest. C-terminus p21 berikatan dengan
PCNA (proliferating cell nuclear antigen) untuk menghambat replikasi
DNA.
Pada checkpoint fase G2/M, p21 dapat memisahkan kompleks CARBcyclin B1 pada C-terminus, dimana pemisahan CARB dimaksudkan
untuk regulasi komplek CDK1-cyclin B1. Aktivitas utama kompleks
CDK1/cyclin B1 mengawali sel masuk ke fase M (mitosis), yang ditandai
dengan tranlokasi ke nukleus dan mengawali perubahan mitotik,
seperti kondensasi kromosom dan penghancuran membran inti.
Aktivasi kompleks CDK1-cyclin B1 memerlukan inhibisi fosforilasi
oleh CDC25C. Sedangkan CARB (CIP1-assosiated regulator of cyclin B1)
adalah protein yang meregulasi cyclin B1 dalam p21, dan berguna
untuk retensi sitosolik cyclin B1 ke sentrosom sehingga melindungi
cyclin B1 dari degradasi proteolitik.

Kerusakan DNA dan Transisi Fase G2/M

Chk2 adalah kinase yang meregulasi checkpoint siklus sel dan
menyebakan sel berhenti berproliferasi setelah terjadinya kerusakan
DNA, untuk mengadakan repair sebelum melanjutkan ke fase mitosis.
Chk2 juga merupakan kinase yang bertanggung jawab terhadap
fosforilasi p53 yang merupakan komponen penting pada checkpoint
kerusakan DNA.
Chk1, Chk2 dan p53 difosforilasi bila terjadi kerusakan DNA. Chk1
dan 2 juga memfosforilasi langsung CDC25C, fosforilasi akan
meningkatkan p21 (p53-dependent G2 arrest) melalui pengikatan 14-33 dan bloking CDK1 sehingga keluar dari G2 dan akhirnya mitosis
dicegah selama ada kerusakan DNA. Pembuatan 14-3-3 binding site
untuk mencegah transisi G2/M.
Protein 14-3-3 diketahui mengatur interaksi komponen-komponen
jalur transduksi sinyal. Protein ini diregulasi secara p53-dependent
manner dan terlibat dalam G2 checkpoint arrest. Sel-sel yang
kekurangan 14-3-3 akan rusak saat G2 arrest dan mengalami mitotic
catastrophe pada kerusakan DNA. Sedangkan sel yang kekurangan 143-3 sekaligus p21 lebih senstif terhadap kerusakan DNA. Hilangnya
kontrol checkpoint siklus sel sebagai penyebab utama instabilitas
genetik dan dapat mengaraj ke timbulnya kanker.

Mekanisme Pernaikan DNA (DNA Repair)

Repair DNA merupakan mekanisme seluler dalam pernaikan bagian
DNA yang rusak. Mekanisme ini bertujuan untuk meminimalkan proses
instabilitas genetik diantaranya, mutasi, kesalahan replikasi dan
kerusakan DNA.
Kegagalan repair lesi DNA dapat menyebabkan perubahan
permanen/mutasi. Bila hal ini terjadi pada saat sel menjadi gamet
(bereproduksi) akan mengakibatkan mutasi pada generasinya. Mutasi
yang terjadi pada sel yang tidak bereproduksi akan mengganggu
proses transkripsi dan replikasi sehingga menuju transformasi
keganasan sel (cancer) atau percepatan proses menua (aging).
Sel-sel mempunyai beberapa mekanisme repair terhadap kerusakan
DNA untuk mempertahanakan sel tetap pada keadaan homeostasis.
Baik pada organisme prokariot maupun eukariot mempunyai
bermacam enzim yang dapat mengawasi DNA untuk mencari bentuk
distorsi atau perubahan yang dapat direpair.
Sebagian besar sistem repair memerlukan pemotongan (excision)
bagian DNA yang rusak. Bila satu/lebih nukleotida rusak dikeluarkan
dari untai (strand) DNA, maka strand pasangannya akan menjadi
cetakan (template) untuk rekontruksi.
Ada dua jalur reapir pada DNA mamalia yaitu: single step (direct
reverse) dimana kerusakan DNA diperbaiki langsung secara enzimatik,
contohnya enzim yang memecah ikatan 2 pirimidin dalam pirimidin
dimer sehingga mengembalikan molekul pada kondisi semula.
Jalur kedua yaitu multi step, meliputi:
a. Nucleotide Excision Repair
Mekanisme repair berupa pemotongan bagian strand DNA yang
mengandung bulky lesion pada nukleotida/pirimidin. Proses
dimulai oleh enzim endonuklease, dengan membuat incisi pada
backbone strand di 2 sisi lesi.
Oligonukleotida yang rusak ditahan dalam dupleks dengan ikatan
hidrogen pada basa dari strand lainnya. Selama replikasi DNA
dipisahkan oleh DNA helikase. Setelah dipotong dan dibuang,
maka celah diisi oleh DNA polimerase dan strand yang di repair
dilekatkan dengan DNA ligase. Rad1 diketahui sebagai protein
yang terlibat dalam proses ini.
b. Base Excision Repair
Terjadi pemisahan total dalam eksisi sel prokariot dan eukariot
untuk membuang sejumlah nukleotida yang disebabkan distorsi
double heliks. Enzim glikosilase mengawali repair dengan
mengenal adanya perubahan, dan membuang basa dengan
memisahkan ikatan glikosidik antara basa dan gula. Perubahan
basa purin/pirimidin dibuang oleh endonuklease, dan celah

diperbesar oleh fosfodiesterase, kemudian diisi dengan DNA

polimerase. Strand ditutup/dilekatkan dengan DNA ligase.
c. Mismatch Repair
Pasangan basa mismatch menyebabkan distorsi dalam bentuk
double helix yang timbul karena adanya kesalahan replikasi. Pada
E. Coli, basa mismatch direpair oleh enzim:
- Mut S : mengenali lesi dan mengawali penyusunan kompleks
repair
- Mul L : memotong pada sekuen GATC pada rantai
unmethylated
- Mut H : memindahkan bagian DNA yang mengandung GATC
site mismatch.
Kemudian celah pada rantai tunggal diisi DNA polimerase III.