Lecture Note 2 KIS2104-Biokimia Semester III

PEPTIDA

Peptida adalah polimer asam amino yang dihubungkan oleh ikatan peptida. Ikatan peptida
terjadi antara gugus amino (NH2) dari satu asam amino dengan gugus karboksil (COOH) asam
amino yang berdekatan. Ikatan peptida tersebut terbentuk dari reaksi kondensasi yang
melepaskan molekul air. Polipeptida yang terdiri dari 30 asam amino disebut oligopeptida atau
peptida saja. Panjang polipeptida pada mahluk hidup bervariasi dari 40 1000 asam amino.

Gambar 1. Reaksi kondensasi pembentukan ikatan peptida

Pada peptida, gugus amino berada pada sebelah kiri dengan gugus amino bebas (NH3+) dan
disebut sebagi ujung-N (N-terminal). C-terminal adalah asam amino terakhir pada rantai
dengan gugus karboksil bebas (-COO-).

Gambar 2. Contoh peptida yang terdiri dari 7 asam amino

Peptida dapat dibedakan berdasarkan sifat ionisasinya. Peptida hanya mengandung satu
gugus -amino bebas dan satu gugus -karboksil bebas pada ujung rantainya. Gugus
tersebut terionisasi sama seperti pada asam amino bebas tapi konstanta ionisasinya berbeda
karena gugus yang muatannya berlawanan tidak lagi berikatan pada karbon . Pada peptida
gugus -amino dan -karboksil non-terminal (yang tidak berada di ujung) berikatan kovalen
dengan dalam ikatan peptida dan tidak dapat mengalami ionisasi, sehingga tidak memberi
kontribusi pada muatan total sifat asam-basa peptida. Tetapi rantai samping pada beberapa
asam amino pembangun peptida dapat diionisasi dan berkontribusi pada muatan total
peptida. Oleh karena itu muatan total peptida dapat diprediksi dari ionisasi -amino bebas
dan -karboksil bebas dikombinasikan dengan ionisasi rantai samping untuk gugus R yang
dapat diionisasi.

RFK-INSTITUT TEKNOLOGI DEL 1

Lecture Note 2 KIS2104-Biokimia Semester III

Gambar 3. Tetrapeptida alanilglutamilglisillisin, memiliki satu gugus -amino bebas dan satu
gugus -karboksil bebas, serta dua asam amino dengan rantai samping yang dapat diionisasi.
Gugus yang diionisasi pada pH 7,0 digambarkan dengan warna pink.

Sama seperti pada asam amino, peptida juga memiliki karakteristik kurva titrasi dan pH
isoelektrik (pI). Peptida akan memiliki muatan total nol pada pH isoelektriknya. Sifat ini menjadi
dasar dari beberapa tehnik pemisahan peptida dan protein.

Nilai pKa dari gugus samping (R) yang dapat diionisasi dapat berubah ketika asam amino
tersebut berada dalam peptida. Kehilangan muatan dari gugus -karboksil dan -amino,
interaksi dengan gugus R peptida lain dan faktor lingkungan lain dapat mempengaruhi nilai
pKa.

Referensi

David L. Nelson and Michael M. Cox, 2013, Lehninger: Principles of Biochemistry, 6th ed., Freeman
Company, New York, USA.

RFK-INSTITUT TEKNOLOGI DEL 2