TUGAS

PENENTUAN STRUKTUR
Dosen Pengampu: Prof. Drs. Sentot Budi Rahardjo, Ph.D.

Pembahasan Jurnal Four Cobalt (III) Schiff Base Complexes

Structural, Spectroscopic and Electrochemical Studies

Oleh:
Dyah Muawiyah
S091702003

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN KIMIA PASCASARJANA

UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA
2017
 ABSTRAK
Empat senyawa kompleks dengan rumus umum [Co(Ln)Cl] (dimana Ln adalah
dianion dari Schiff ligan dasar pentadentat N,N-bis(2-hidroksibenzilidin)-1,6-
diamino-3-azaheksana = H2L1, N,N-bis(2-hidroksi-3-metoksi-benzilidin)-1,6-
diamino-3-azaheksana = H2L2, N,N-bis(3-etoksi-2-hidroksi-benzilidin)-1,6-
diamino-3-azaheksana = H2L3 atau N,N-bis(2-hidroksibenzilidin)-1,7-diamino-4-
metil-4-azaheptana = H2L4) telah disintesis dan dikarakterisasi menggunakan
analisis unsur, IR dan UV-VIS. Sifat redoks yang dimiliki telah dipelajari
mengunakan voltametri siklik. Selain itu, struktur kristal dari kompleks 1, 2, dan 3
telah ditentukan menggunakan difraksi sinar X (XRD) dan spektra 1H NMR untuk
kompleks 4 telah diperoleh.

A. Pendahuluan
Pada jurnal ini terdapat empat jenis senyawa kompleks yang atom
pusatnya adalah Kobalt (III). Keempat senyawa kompleks tersebut dapat
dirumuskan sebagai [Co(Ln)Cl]. Huruf n menentukan jenis senyawa kompleks,
n=1 menunjukkan senyawa kompleks 1, n=2 menunjukkan senyawa kompleks
2, dst. Pada pembahasan jurnal ini, yang akan dibahas hanyalah senyawa
kompleks 1 dengan Ln adalah dianion dari Schiff ligan dasar pentadentat

2
N,N-bis(2-hidroksibenzilidin)-1,6-diamino-3-azaheksana = H2L1 untuk
senyawa kompleks 1.
Adapun rumus umum senyawa kompleks 1 adalah [Co(L 1)Cl] dan
ligan penghubungnya adalah H2L1. Rumus struktur dari ligan L ditunjukkan
pada Gambar 1 sedangkan rumus struktur senyawa kompleks 1 ditunjukkan
pada Gambar 2. Senyawa kompleks 1 yang memiliki rumus empiris
C19H23ClCoN3O3 ini telah dianalisis dan dikarakterisasi menggunakan analisis
unsur, IR dan UV-VIS. Selain itu, struktur kristalnya juga telah diketahui
menggunakan XRD.

Gambar 1. Rumus Struktur Ligan L

(R1 = R2 = H, n = 2, m = 3 untuk senyawa kompleks 1)

Gambar 2. Rumus Struktur Senyawa Kompleks 1

3
B. Analisis Unsur

Hasil sintesis senyawa kompleks 1 berupa monokristal atau bubuk

polikristalin. Adapun perbandingan analisis unsur dari senyawa kompleks 1
dengan rumus kimia C19H21ClCoN3O2 (Mr = 417,768 gr/mol) pada jurnal
dengan rinciannya ditunjukkan pada Tabel 1.

Tabel 1. Hasil Analisis Unsur Senyawa Kompleks 1

Unsur Berdasarkan Teori Berdasarkan Penelitian
C Kadar = 52,37 % Kadar = 52,46 %
0, 5237 0, 5246
J umlah atom= x 417, 768J umlah atom= x 417, 768
12, 01 12, 01
= 18, 21 18 = 18, 24 18
H Kadar = 5,32 % Kadar = 5,36 %
0, 0532 0, 0536
J umlah atom= x 417, 768J umlah atom= x 417, 768
1, 008 1, 001
= 22, 04 22 = 22, 36 22
N Kadar = 9,64 % Kadar = 9,05 %
0, 0964 0, 0905
J umlah atom= x 417, 768J umlah atom= x 417, 768
14, 01 14, 01
= 2, 86 3 = 2, 69 3

4
 Berdasarkan Tabel 1 di atas, tampak bahwa jumlah atom C, H, dan N
berdasarkan teori sudah sesuai dengan jumlah atom ketika percobaan. Namun
terdapat perbedaan jumlah atom C dan H berdasarkan teori dan percobaan jika
dibandingkan dengan Mr senyawa kompleks 1. Pada jurnal diketahui bahwa
Mr senyawa kompleks 1 dengan rumus kimia C 19H21ClCoN3O2 = 417,768
gr/mol dimana jumlah atom C = 19 dan atom H = 21 sedangkan berdasarkan
teori dan percobaan, jumlah atom C dan H berturut-turut adalah 18 dan 22.
Pada bagian pendahuluan disebutkan bahwa rumus empiris senyawa
kompleks 1 adalah C19H23ClCoN3O3, namun pada analisis unsur tampak bahwa
dari rumus empiris tersebut telah kehilangan 2 atom H dan 1 atom O. Atom-
atom tersebut dapat dianalogikan sebagai 1 molekul air kristal atau kisi kristal
(H2O) yang dilepaskan atau molekul H2O tersebut berperan sebagai ion
penyeimbang (ion counter) pada senyawa kompleks tersebut. Adapun
senyawa kompleks 1 dengan ion counter-nya ditunjukkan pada Gambar 3.

Gambar 3. Senyawa Kompleks 1 dan Ion Counter

C. Data Kristalografi
Data kristalografi senyawa kompleks 1 diperoleh menggunakan metode
Kristalografi Sinar-X (X-Ray Crystallography). Kristalografi sinar-X adalah
suatu metode atau alat yang digunakan untuk menentukan struktur atom dan
molekul sebuah kristal dengan cara mendifraksikan seberkas sinar-X ke
segala arah. Kristalografi sinar-X digunakan untuk menentukan ukuran atom,
panjang dan jenis ikatan kimia, serta perbedaan skala atom pada berbagai

5
materi. Saat ini, kristalografi sinar-X masih menjadi metode utama untuk
menentukan karakteristik struktur atom pada materi baru dan untuk
membedakan struktur suatu materi dengan yang lainnya (Wikipedia, 2016a).
Berdasarkan informasi di website CCDC (2016), sejak tahun 1965 hasil
analisis berbagai unsur menggunakan kristalografi sinar-X dan difraksi
neutron dikumpulkan dan dituliskan dalam bentuk elektronik yang kini
dikenal sebagai Cambridge Structural Database (CSD) yang dikelola oleh
The Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Data kristalografi
senyawa kompleks 1 secara lengkap terdapat pada CCDC No. 1507220.
Dokumen CCDC ini jika dibuka menggunakan aplikasi Mercury akan
memberikan berbagai informasi tentang data kristalografi. Adapun data
kristalografi untuk senyawa kompleks 1 ditunjukkan pada Gambar 4.

Gambar 4. Data Kristalografi Senyawa Kompleks 1

1. Sistem Kristal
Berdasarkan Gambar 3, diketahui bahwa senyawa kompleks 1
memiliki sistem kristal berbentuk monoklinik yang ditunjukkan pada
Gambar 5 dan Gambar 6.

6
 Gambar 5 Gambar 6

Monoklin artinya hanya mempunyai satu sumbu yang miring dari

tiga sumbu yang dimilikinya. Sumbu a tegak lurus terhadap sumbu b; b
tegak lurus terhadap sumbu c, tetapi sumbu c tidak tegak lurus terhadap
sumbu a. Ketiga sumbu tersebut mempunyai panjang yang tidak sama,
umumnya sumbu c yang paling panjang dan sumbu b paling pendek.
Sistem monoklin memiliki axial ratio (perbandingan sumbu) a b c dan
memiliki sudut kristalografi = = 90 . Hal ini berarti, pada ancer ini,
sudut dan saling tegak lurus (90), sedangkan tidak tegak lurus atau
miring (Geografi, 2014).
Sumbu sistem kristal Monoklin pada senyawa kompleks 1
ditunjukkan pada Gambar 7.

7
 Gambar 7. Sumbu Sistem Kristal Monoklin Senyawa Kompleks 1

2. Space Group
Space group adalah perwujudan unsur-unsur dan titik simetri
dalam bentuk 3D. Jika dalam bentuk 2D disebut sebagai plane groups.
Space group dari senyawa kompleks 1 adalah P21/n. P21/n merupakan
bentuk alternatif dari P21/c dimana mendekati sudut 90o.
3. Panjang Ikatan (r12)
Untuk menentukan panjang dan sudut ikatan, diperlukan data
koordinat masing-masing atom pada posisi x, y, dan z. Letak koordinat x,
y, dan z dari suatu atom diketahui menggunakan metode difraksi sinar X
atau X-Ray Diffraction (XRD). Berkas sinar-X dipantulkan dari
sekumpulan bidang kristal yang berjarak d. Seluruh data koordinat suatu
atom dikumpulkan dalam CSD yang dikelola oleh CCDC. Data koordinat
atom-atom pada senyawa kompleks 1 terdapat pada CCDC No. 1507220.
Panjang ikatan terjadi antar dua atom. Pada CCDC juga terdapat
data panjang ikatan antar-atom. Panjang ikatan juga bisa ditentukan
menggunakan rumus sebagai berikut:
(r12)2 = (X2-X1)2 a2 + (Y2-Y1)2 b2 + (Z2-Z1)2 c2 + 2(Y2-Y1) (Z2-Z1) bc cos
+ 2(Z2-Z1) (X2-X1) ac cos + 2(X2-X1) (Y2-Y1) ab cos

8
 Berdasarkan data koordinat x, y, z masing-masing atom dan rumus
di atas, maka perbandingan panjang ikatan berdasarkan rumus dengan data
panjang ikatan dalam CCDC ditunjukkan pada Tabel 2 dan dapat
disesuaikan dengan Gambar 7.

Tabel 2. Perbandingan Panjang Ikatan Senyawa Kompleks 1

No. Ikatan Rumus CCDC
1. Co1 Cl1 2.302865385 2.3029
2. Co1 O1 1.883762537 1.884
3. Co1 O2 1.883694847 1.884
4. Co1 N1 1.927632905 1.928
5. Co1 N2 1.970097082 1.97
6.
Co1 N3 1.88753025 1.888
dst

Berdasarkan data pada Tabel 2, sudah terdapat kesesuaian nilai

panjang ikatan antara hasil perhitungan menggunakan rumus dengan nilai
pada CCDC. Jika terdapat perbedaan hanyalah perbedaan dengan nilai
yang sangat kecil.
4. Sudut Ikatan (123)
Sudut ikatan terjadi antara tiga atom. Data sudut ikatan dapat
ditemukan di dalam CCDC, juga dapat diketahui melalui perhitungan
dengan rumus sebagai berikut:
cos 123 = r122 + r232 r132
2(r12 . r23)

Berdasarkan data koordinat x, y, z masing-masing atom dan rumus

di atas, maka perbandingan sudut ikatan berdasarkan rumus dengan data
panjang ikatan dalam CCDC ditunjukkan pada Tabel 3 dan dapat
disesuaikan dengan Gambar 7.

Tabel 3. Perbandingan Sudut Ikatan Senyawa Kompleks 1

No. Ikatan Rumus CCDC

9
 1. O1 Co1 Cl1 174.4936181 174.49(8)
2. O1 Co1 O2 90.58226142 90.58(10)
3. O1 Co1 N1 90.48379565 90.48(11)
4. O1 Co1 N2 87.55236115 87.56(11)
5. O1 Co1 N3 85.98303117 85.98(11)
6. O2 Co1 Cl1 89.25830347 89.25(7)
7. O2 Co1 N1 88.3074137 88.31(10)
dst

Berdasarkan data pada Tabel 3, sudah terdapat kesesuaian nilai

sudut ikatan antara hasil perhitungan menggunakan rumus dengan nilai
pada CCDC. Jika terdapat perbedaan hanyalah perbedaan dengan nilai
yang sangat kecil.
5. Volume Unit Sel (Vc)
Pada Tabel 3, terdapat data volume unit sel yang disimbolkan
dengan V dan satuannya (3). Volume unit sel juga dapat diperoleh
menggunakan rumus berikut:

Vc = abc (1-cos2-cos2-cos2 + 2.cos.cos.cos)1/2

Berdasarkan rumus di atas, diperoleh nilai Vc menurut CCDC

sebesar 1902.63 (16) 3 sedangkan berdasarkan rumus dan perhitungan
excel sebesar 1902.6257983774 3. Hal ini menunjukkan bahwa nilai Vc
menurut CCDC sudah sesuai dengan perhitungan. Meskipun ada
perbedaan hanyalah perbedaan angka yang sangat kecil.
6. Ikatan Hidrogen
Ikatan hidrogen adalah interaksi atraktif antara atom hidrogen dari
suatu molekul atau bagian suatu molekul X-H dimana atom X merupakan
atom yang memiliki keelektronegatifan lebih besar daripada H, dan atom
tersebut terletak pada molekul yang sama (intra-molekul) atau molekul
yang berbeda (antar-molekul) (Wikipedia, 2017b).
Senyawa kompleks 1 dan kisi air kristal membentuk ikatan
hidrogen supramolekul. Kimia supramolekul menggunakan ikatan non-

10
 kovalen yang jauh lebih lemah dan reversible, seperti ikatan hidrogen,
koordinasi logam, gaya hidrofob, gaya Van der Waals, interaksi pi-pi,
dan/atau efek elektrostatik untuk menggabungkan molekul-molekul
menjadi kompleks multi molekul (Wikipedia, 2017c).
Atom oksigen dari molekul air berikatan dengan atom nitrogen
pada molekul kompleks (N2 . O1W dengan jarak 2,97 ), dan atom
oksigen dari sisi lainnya serta atom hidrogen juga berikatan dengan atom
Cl pada senyawa kompleks tersebut (O1W-H2WCl1 dengan O1WCl1
dengan jarak 3,23 ). Adapun ikatan hidrogen yang terjadi ditunjukkan
pada Gambar 8.

Gambar 8. Ikatan Hidrogen pada Senyawa Kompleks 1

D. Karakterisasi
Sintesis senyawa kompleks 1 menghasilkan kristal coklat tua yang
dapat dianalisis struktur kristalnya menggunakan kristalografi sinar-X.
Apabila proses kristalisasi gagal, maka analisis struktur menggunakan NMR
seperti yang terjadi pada senyawa kompleks 4. Untuk senyawa satu, analisis
strukturnya menggunakan Spektroskopi Infra Merah dan UV-Vis.

1. Spektroskopi Infra-Merah
Spektroskopi infra-merah (infra-red atau IR) digunakan untuk
mengetahui gugus fungsi yang terkandung dalam suatu senyawa. Setiap
gugus fungsi memiliki transisi vibrasi yang berbeda sehingga

11
 menghasilkan serapan yang berbeda. Pada spektroskopi IR, hasil serapan
inilah yang digunakan untuk menganalisis gugus fungsi tersebut. Adapun
spektra IR untuk senyawa kompleks 1 ditunjukkan pada Gambar 9.

Gambar 9. Spektra IR Senyawa Kompleks 1

Pada senyawa kompleks 1, gugus amino N-H terdeteksi pada

serapan panjang gelombang 3201 cm-1, sedangkan gugus C = N memiliki
serapan pada 1645 cm-1. Dari spektra juga terlihat adanya cincin aromatis
yang dibuktikan dengana danya serapan pada 3599 dan 3421 cm -1 yang
menandakan adanya vibrasi simetris dan anti-simetris dengan molekul air
kristal.
2. Spektroskopi UV-Vis
Pada spektroskopi UV-Vis terjadi interaksi antara sinar UV dengan
senyawa yang menyebabkan terjadinya transisi elektron dari keadaan dasar
menuju keadaan tereksitasi yang membutuhkan energi (E). Adapun
spektra UV-Vis dari senyawa kompleks 1 disajikan pada Gambar 10.

12
 Gambar 10. Spektra UV-Vis Senyawa Kompleks 1

Pada senyawa kompleks 1 terdapat serapan pada panjang

gelombang 251-271 nm yang menandakan adanya transisi dari *
dari Schiff ligan dasar. Serapan juga terdapat pada panjang gelombang
390-420 nm dan di daerah tampak pada 500-510 nm serta 594-620 nm.

E. Kesimpulan
Spektroskopi IR dan UV-Vis dapat digunakan untuk menganalisis
struktur dari senyawa kompleks 1-4 dan memberikan hasil spektra yang
hampir sama. Perbedaan hanya terjadi karena adanya variasi struktur. Untuk
senyawa kompleks 1, jika ditinjau dari supramolekul terdapat rantai yang
menghubungkan kisi air kristal dengan senyawa kompleks.

REFERENSI

13
CCDC. (2016). The CCDC Profile: History.
https://www.ccdc.cam.ac.uk/theccdcprofile/history/. Diakses pada 12 Mei
2017.
Fajar, Adil. (2012). Kristalografi.
https://ceritageologi.wordpress.com/2012/12/10/kristalografi/. Diakses pada
17 Mei 2017.
Geografi. (2014). Sistem Isometrik. http://geografi-
geografi.blogspot.co.id/2014/04/sistem-kristal.html. Diakses pada 17 Mei
2017
Widya, Made. (2015). Monoklin.
https://balitheree.wordpress.com/2015/12/08/monoklin/. Diakses pada 17
Mei 2017.
Wikipedia. (2016a). Kristalografi Sinar-X.
https://id.wikipedia.org/wiki/Kristalografi_sinar-X. Diakses pada 12 Mei
2017.
Wikipedia. (2017b). Hydrogen Bond.
https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_bond. Diakses pada 19 Juni 2017.
Wikipedia. (2017c). Kimia Supramolekul.
https://id.wikipedia.org/wiki/Kimia_supramolekul. Diakses pada 19 Juni
2017.

14