Korban pemerkosaan terutama di Aceh, sering dianggap aib dan memalukan. Akibatnya korban
atau keluarga selalu berusaha untuk menutupi kejadian tersebut.
Adanya ancaman dari pelaku untuk tidak "mengungkap" kejadian tersebut kepada orang lain,
karena pelakunya aparat yang sedang bertugas di daerah tersebut, membuat korban/keluarga
selalu berada dalam kondisi diintimidasi.
Penderitaan dan trauma yang dialami oleh korban sangat mendalam, sehingga sangat sulit bagi
korban untuk menceritakan pengalaman buruknya, apalagi kepada orang yang tidak terlalu
dikenalnya.
Adanya ancaman dari pihak-pihak tertentu terhadap orang ataupun LSM yang mendampingi
korban.
PEMBANTAIAN DILI
Kasus pelanggaran Ham di Indonesia berikutnya yakni pembantaian yang dilakukan anggota TNI
atau militer dengan cara menembaki warga sipil pada tanggal 12 november 1991 di sebuah
pemakaman yang bernama Santa Cruz di Dili, Timor timur. Peristiwa penembakan ini dialami
oleh warga sipil yang tengah menghadiri pemakaman kala itu, Kebanyakan mereka mengalami
luka-luka namun ada juga yang meninggal karena tembakan dari anggota militer. Banyak yang
menilai dan berpendapat bahwa peristiwa penembakan ini murni disebabkan oleh TNI atau
anggota militer Indonesia yang merupakan bentuk penentangan timor timur yang menyatakan
ingin keluar dari Negara Kesatuan Republik Indonesia dan membentuk Negara sendiri.
PENCULIKAN AKTIVIS DEMOKRASI
Salah satu contoh kasus pelanggaran HAM di Indonesia yang dikategorikan sebagai kasus
pelanggaran Ham berat yangs selanjutnya adalah kasus penculikan aktivis pro demokrasi pada
tahun 1997/1998.Pada tahun ini setidaknya 23 orang aktivis pro demokrasi telah diculik.Peristiwa
ini tidak hanya dikenal sebagai kasus penculikan namun juga kasus penghapusan
demokrasi.Peristiwa ini terjadi pada saat menjelang pelaksanaan pemilu tahun 1997 dan Sidang
Umum MPR RI 1998 silam.Sekitar 9 orang aktivis telah dibebaskan, satu orang diketahui
meninggal dunia dan 13 lainnya belum diketahui keberadaannya hingga sekarang ini.Banyak
yang berpendapat bahwa para aktivis demokrasi ini tidak hanya mengalami penculikan semata,
namun juga mendapatkan penyiksaan dari anggota militer atau TNI.
Kasus ini sampai sekarang masih belum ada titik jelas, bahkan kasus ini telah diajukan ke Amnesty
Internasional dan tengah diproses. Pada tahun 2005, Pollycarpus Budihari Priyanto selaku Pilot Garuda
Indonesia dijatuhi hukuman 14 tahun penjara karena terbukti bahwa ia merupakan tersangka dari kasus
pembunuhan Munir, karena dengan sengaja ia menaruh Arsenik di makanan Munir dan meninggal di
pesawat.
KASUS MARSINAH
Kasus Marsinah terjadi pada 3-4 Mei 1993.Seorang pekerja dan aktivitas wanita PT Catur Putera Surya
Porong, Jatim.Peristiwa ini berawal dari aksi mogok yang dilakukan oleh Marsinah dan buruh PT
CPS.Mereka menuntun kepastian pada perusahaan yang telah melakukan PHK mereka tanpa alasan.
Setelah aksi demo tersebut, Marsinah malah ditemukan tewas 5 hari kemudian. Ia tewas di kawasan hutan
Wilangan, Nganjuk dalam kondisi mengenaskan dan diduga menjadi korban pelanggaran HAM berupa
penculikan, penganiayaan dan pembunuhan. Penyelidikan masih belum menemukan titik terang hingga
sekarang.